Yrd.Doç.Dr.

Yosun MATER
Gebze Yüksek Teknoloji Enstitüsü Fen Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü

Yrd.Doç.Dr.Yosun MATER
 *

* Karbonhidratlar polyhydroxyaldehitler, polyhydroxyketonlar ve bunların

basit türevleri, ya da daha büyük bileşenleri olarak tanımlanır.
* Karbonhidratları birimlerine ayırmak için hidrolize edildiğinde,
monosakaritlere kadar ayrılabilirler. Daha basit bir forma hidrolize
edilemezler.
* Bu karbon zincirinin ucunda potansiyel bir karbonil (bir aldehit grubu) ya
da bir iç karbon (bir keton grubu) vardır.
* Bu monosakaritlerin iki tipi vardır. Bunlara aldozlar ve ketozlar olarak
adı verilir (Şekil 7.1). Serbest monosakkaritlerin açık-zincirli ya da halka
oluşturan yazılım şekilleri mevcuttur (Şekil 1.2).
Yrd.Doç.Dr.Yosun MATER
Yrd.Doç.Dr.Yosun MATER
* Halka şeklinde monosakkaritlerin ve oligosakkaritlerin oluşturmasında
belli kuralları vardır.
* Oligosakkaritler, glikosidik bağlar vasıtasıyla birbirlerine bağlanmış
monosakkaritlerin doğrusal ya da dallanmış zincirlerini içerir.
* "Polisakkarit" terimi ise oligosakkarit tekrarlarından oluşan büyük
glukanlar için kullanılır.
* Burada kullanılan "glukan" genel bir terimdir. Mono-, oligo-, ya da poli-
herhangi bir biçimdeki şekerleri ifade etmek için kullanılır.
* Doğada en sık görülen 5 veya daha fazla karbon atomu içeren
monosakkaritlerdir. Bunlarda genellikle molekül iskeletini oluşturan C
atomlarına bağlı hidroksil grupları gözlenir (Şekil 7.3).

Yrd.Doç.Dr.Yosun MATER
Yrd.Doç.Dr.Yosun MATER
* Kovalent bağlarla bağlı, fonksiyonel gruplar içeren biyolojik makromoleküllerin üç boyutlu (3D)
yapıları yani uzayda bulunma şekillerine bağlıdır. Bu uzaysal şekli, konformasyonu belirlemeye çalışan
Kimya bilim dalına Stereokimya adı verilir.
* Stereokimya, bir moleküllün karbon atomlarına bağlı, farklı şekillerini çalışılır. Bu farklı şekillerde
fonksiyonel olan aynı kimyasal birimlere sahip moleküllere stereoizomerler denir (Şekil 1.18). Yani
aynı molekülün, sadece uzayda farklı konformasyonda, şekilde-duruşta olması ve buna bağlı olarak
görevinin ve fonksiyonun değişmesini inceleyen bilim dalı Stereokimyadır.

Yrd.Doç.Dr.Yosun MATER
* Halka şeklindeki bir monosakkarit genellikle kiral bir anomerik merkez içerir (Şekil 7.2).
* Bu ya birinci karbona (C-1) bağlı aldo şekerler ya da ikinci karbona (C-2) bağlı keto şekerlerdir.
Bir glikozidik bağlantı ile başka bir monosakkarit bağlanır.
* Tüm monosakkaritler dihidroksiaseton hariç bir veya daha fazla asimetrik karbon atomu içerir ve
böylece molekülün aktif izomerik formlarını oluşturur. Basitçe aldozlar ve aldehitler tek bir kiral
merkez içerir (ortadaki C atomu). Böylece iki farklı optik izomer veya enantiomer oluşturur (Şekil
1.20).
* Eğer molekül aynı birimlere sahipse kiral bir izomeri göstermez bu tip moleküllere akiral moleküller
adı verilir (Şekil 1.19).

Yrd.Doç.Dr.Yosun MATER
Yrd.Doç.Dr.Yosun MATER
* Özellikle şekerler ve amino asitleri yazarken
kullanılan D- ve L- ön ekleri o molekülde yer
alan grupların büyüklüğüne bağlı olarak,
molekülün ışığı sola (Levorotatory=L) kırması
veya sağa (Dextrorotatory=D) kırmasını
gösterir. Molekülün konformasyonunda büyük
grubun, aktif grubun nerede yer aldığını
anlamak mümkün olur (Şekil 3.3).

* Epimer terimi iki şeker arasında sadece tek

bir C atomunda gözlenen konfügürasyon farkını
anlatmak için kullanılır. Buna en iyi örnekler,
D-glukoz ve D-mannoz arasındaki C-2
karbonunda yer alan sterokimyasal fark yada
yine D-glukoz ve D-galaktoz C-4 karbonları
arasında yer alan farkı verilebilir (Şekil 7.4).

Yrd.Doç.Dr.Yosun MATER
Disakkaritlerin Bağlanması ve Okunması
* Tipik olarak iki monosakkarit yapısındaki birimlere göre isim alırlar ve bir disakkarit oluşturmak için
glikosidik bağlar ile bağlanırlar. Sonuçta oluşan disakkaritte bağlanma şekline göre adlandırılır. Tipik
olarak, bu monosakkaritlerin her birinin anomerik merkezinde bir hidroksil grubu yer alır.
* Buna göre; Anomerik merkeze ilk bağlanan monosakkarit sağdan bağlanırsa α, soldan bağlanırsa β yapılı
monosakkarit oluşur. Bunların oluşturacağı disakkaritte hangi karbonlardan bağlandıysa ilk birim
monosakkaritten sonraki monosakkarite doğru okunur (Şekil 7.11).
* Bu grup genellikle α veya β bağları yardımıyla oksijen atomunu, anomerik karbona ve halkaya bağlar
(Şekil 7.12).
* Bu iki bağlantı türü çok farklı yapısal özellikleri ve biyolojik fonksiyonları gerçekleştirmek için
kullanılırlar. Bu şekerin bileşimini ve işlevini değiştirir.
* Bunun en klasik örneği olarak, belirgin farklılıkları içeren nişasta ve selüloz (her ikiside aynı glikoz
homopolimerlerini içerir) molekülü verilebilir. Bu iki polisakkarit arasında yer alan tek fark birinde
homopolimer glikoz alt birimlerinin α 1-4, diğerinde β 1-4 bağları içermesidir (Şekil 7.21, 7.16).
* Farklı polisakkaritler yine benzer şekilde farklı bağlar içerebilirler. Örneğin amilaz-kitin, dekstran-
amilaz vbg (Şekil 7.15, 7.18, 7.19).

Yrd.Doç.Dr.Yosun MATER
Yrd.Doç.Dr.Yosun MATER
Yrd.Doç.Dr.Yosun MATER
Yrd.Doç.Dr.Yosun MATER
Yrd.Doç.Dr.Yosun MATER
Yrd.Doç.Dr.Yosun MATER
Glikokonjugatlar
* Glikokonjugat bir bileşik şeker yapısıdır. Bu yapıda bir ya da daha fazla
monosakkarit veya oligosakarit birimleri (glycone-glikon) kovalent bir bağ
ile karbonhidrat yapısında olmayan (=noncarbohydrate = aglikon) bir birime
(Lipit veya protein vbg) bağlı olarak bulunur.
* Bu durumda glikokonjugat, bir oligosakkarit ve terminalin de yer alan
aldehit veya ketonu indirgeyici güce sahip bir aglikon takılı değilse
indirgenme yeteneğini kaybeder.
* Bu yapı, nükleotit zincirlerinde görülen 5 've 3' uçlarına ya da
polipeptidlerin amino ve karboksil terminaline uçlarına benzer bir yapıdır.

Yrd.Doç.Dr.Yosun MATER
 *

* Doğal olarak meydana gelen glikokonjugatların yapıları, glikanları

oluşturan moleküllerin yapısına bağlı olarak büyük ölçüde değişebilir.

* Genel boyutuna bakıldığında çok küçük miktarda olmakla beraber,

baskın bileşen olarak hemen hemen tüm glikanların yapısına katılırlar.

* Birçok durumda, glikokonjugat kütlesinin önemli bir bölümünü oluşturur

(Şekil 1.3).

Yrd.Doç.Dr.Yosun MATER
Yrd.Doç.Dr.Yosun MATER
*Bu nedenle, bütün doğal hücre türlerinin yüzeyleri (ağır olan
glikokonjugatlar da farklı olmak koşuluyla) etkili ve yoğun olarak bir

dizi şeker ile kaplıdır.

*Bu tabakaya Glikokaliks adı verilir. Glikokaliks denilen bu
hücre-yüzey yapısı ilk kez elektron mikroskobu çalışan
araştırıcılar tarafından yıllar önce görülmüştür.
*Bu hücre zarı dış yüzeyinde yer alan tabakanın anyonik bir
tabaka olduğu, katyonik özelliğe sahip ferritin gibi
polikatyonik reaktifler yardımıyla anlaşılmıştır (Şekil 1.4).

Yrd.Doç.Dr.Yosun MATER
Yrd.Doç.Dr.Yosun MATER
*

* Nükleotidler ve proteinlerin monomerlerinin her biri arasındaki bağlantıyı sağlayan

bir tür temel bağ içeren doğrusal polimerlerdir.
* Bunun aksine, her bir monosakarit teorik olarak bir α veya bir β bağı yapabilir ve
bunlardan herhangi birine göre bir bağ oluşturabilir.
* Böylece oluşan her bir zincir ya da molekülün başka bir tür monosakkarite
dönüşebileceği (Ör: Nişasta ve Selüloz α ve β 1-4 glikoz homopolimerleri arasındaki
bağ ile şekillenir) bilinmektedir.
* Örneğin, 3 farklı nükleotid veya amino asit sadece 6 trimer oluşturabilir.
* Buna karşın, 3 farklı heksoz, 1.056 taneden 27,648 adede kadar benzersiz
trisakkarit üretebilir. Hangi formların kararlı olacağına bağlı olarak, bu
alternatiflerin tamamına doğada rastlanmaz.
Yrd.Doç.Dr.Yosun MATER
* Glikanın karmaşıklığına yani monosakkarit birimlerinin sayısına bağlı olarak bu fark
daha da büyük bir hale gelebilir.
* Örneğin, hekzosakkaritler(=hexasaccharide) altı farklı heksoz içerirse 1 trilyondan
fazla olası kombinasyona sahip olabilirler. Bu nedenle, mümkün olan sakkarit
birimlerinin teorik kombinasyonları neredeyse düşünülemez bir sayıda biyolojik
sistemlerde mevcut olabilir.
* Neyse ki Glikobiyoloji çalışan bir öğrenci için, bugüne kadar biyolojik sistemlerde
doğal olarak meydana gelen makromoleküllerin, olası monosakkarit birimlerinin
nispeten daha azdır. Varolan canlılarda, bilinen monosakkarit birimlerinin çeşitleri,
sayıları ve kombinasyonlarının sınırlı sayıda olduğu gözlenmiştir.
* Bununla beraber doğada glukanların büyük çoğunluğunun henüz keşfedilmediği ve
yapısal olarak tanımlanmadığı unutulmamalıdır.

Yrd.Doç.Dr.Yosun MATER
 *

* Birkaç yüz farklı monosakarit’in doğada meydana geldiği bilinmekle

beraber, sadece çok az sayıda glikan yaygın olarak hayvanlarda
gözlenmiştir. Bunları listelersek;
* Pentozlara: Beş-karbonlu, nötr şekerlerdir. Ör: D-ksiloz (Xyl)
* Heksozlar: Altı karbonlu, nötr şekerlerdir. Ör: D-glukoz (Glc), D-
galaktoz (Gal), ve D-mannoz (Man).
* Heksozaminler (Hexosamins): Heksozların 2. konumunda yer alan C-’a
bağlı bir amino grubu içerirler. Daha serbest, bağ yapar formda ya da
daha yaygın-sık görülürler. Genellikle N-asetillenmiş örnekleri vardır.
Ör:N-asetil-D-glukozamin (GlcNAc) ve N-asetil-D-galaktozamin (GalNAc).

Yrd.Doç.Dr.Yosun MATER
* Deoksiheksozlar (Deoxyhexoses): 6-pozisyonunda hidroksil grubu eksik
olan 6 karbonlu nötral yapıda şekerlerdir. Ör: L-fukoz [Fuc].

* Üronik asit: 6. pozisyonunda yer alan C atomundaki karboksilat yapısı

nedeniyle negatif yüklü heksozlardır. Ör: D-glukuronik asit (GlcA) ve L-
iduronik asit (IdoA).

* Sialik asitler: Dokuz karbonlu asidik şeker ailesinde yer alır (genel
kısaltmaları Sia’dır). Bunların en sık görüleni ve en çok bilinen üyesi N-
asetilneuraminik asit (=N-acetylneuraminic acid= Neu5Ac)’tir. Bazen
NeuAc veya daha eski adı ile NANA olarak adlandırılır.

Yrd.Doç.Dr.Yosun MATER
* Şekerler tam olarak kimyasal yapıları ile yazıldığında büyük moleküller olması nedeniyle,
anlaşılmasında ve okunmasında güçlükler ile karşılaşılmıştır. Bu nedenle dünya çapında, konuyu
çalışan araştırıcılar tarafından, yazımlarının basitleştirilmesi ve tek bir ortak simgesel dile
dönüştürülmesine karar verilmiştir. İlk olarak, yazımlarının basitleştirilmesi için, şeker
sembollerinin kimyasal açık adında yer alan D-ve L- sembolleri, monosakkaritlerin
kısaltmalarından çıkarılmıştır.

* Zaman zaman sadece L sembolü uygun olduğunda kullanılabilir (Ör: L-fukoz ya da L-iduronik
asit vbg).

* Bu sınırlı sayıda monosakkaritlerde ve Glikobiyoloji konularında ağırlıklı olarak çalışılan hayvan

hücre ve dokularında (çok hücreli gelişmiş canlılarda) son zamanlarda geliştirilmiş ve neredeyse
tamamen uygulanmaya başlanmıştır.

* Ancak birkaç diğer canlı türünde yada daha az gelişmiş olarak kabul edilen, özellikle tek hücreli
ve nispeten daha basit canlılarda, yani bakterilerde (Ör: keto-deoksioktulosonik asit, ramnoz, L-
arabinoz ve muramik asit vbg) ve bitkilerde (Ör: arabinoz, apiose ve galakturonik asit)
geliştirilmeye ve uygulanmaya çalışılmaktadır.

Yrd.Doç.Dr.Yosun MATER
* Canlılarda görülen ve çeşitli modifikasyonlar geçiren glikanların, doğada çeşitliliği,
sıklığı ve önemli biyolojik fonksiyonları farklı şekillerde karşımıza çıkabilir.

* Buna göre glikanları oluşturan monosakkaritlerde yer alan farklı hidroksil grupları
yardımıyla canlıda görülen; fosforilasyon, sülfasyon, metilasyon, O-asetilasyon, ya
da yağ asillenmesi gibi olaylarda arabulucu olarak yer alabilirler.

* Yine bu monosakkaritlerde yer alan amino grupları (her ne kadar genel olarak N-
asetillenmiş olsa da) N-kararsız ya da sülfatlanmış olarak kalabilirler.

* Benzer şekilde karboksil gruplarına yakın hidroksil gruplarında veya amino

gruplarının yakınında laktonizasyon da gözlenebilir.

Yrd.Doç.Dr.Yosun MATER
* Monosakkaritlerin yapısal bağlantıları ve oligosakkaritlerin yapısal tasviri ile ilgili olarak, bu şeker
zincirlerinin tasvirinde de benzer yazılım basitleştirilmesine karar verilmiştir ve bu basitleştirilmiş tarz
kullanılmaktadır (Şekil 1.5).
* Burada şekerler için kullanılan sayılar ve semboller Glikomiks konsorsiyumu tarafından oluşturulmuş
ve dünya çapında kabul edilmiştir.

Yrd.Doç.Dr.Yosun MATER
Yrd.Doç.Dr.Yosun MATER
Yrd.Doç.Dr.Yosun MATER
* Recommended symbols and conventions for drawing glycan structures. (Top panel) The monosaccharide symbol set from the first edition of
Essentials of Glycobiology is modified to avoid using the same shape or color, but with different orientation to represent different sugars. Each
monosaccharide class (e.g., hexose) now has the same shape, and isomers are differentiated by color/black /white/shading. The same shading/color
is used for different monosaccharides of the same stereochemical designation, e.g., Gal, GalNAc, and GalA. To minimize variations, sialic acids and
uronic acids are in the same shape, and only the major uronic and sialic acid types are represented. When the type of sialic acid is uncertain, the
abbreviation Sia can be used instead. Only common monosaccharides in vertebrate systems are assigned specific symbols. All other monosaccharides
are represented by an open hexagon or defined in the figure legend. If there is more than one type of undesignated monosaccharide in a figure, a
letter designation can be included to differentiate between them. Unless otherwise indicated, all of these vertebrate monosaccharides are assumed
to be in the D configuration (except for fucose and iduronic acid, which are in the L configuration), all glycosidically linked monosaccharides are
assumed to be in the pyranose form, and all glycosidic linkages are assumed to originate from the 1-position (except for the sialic acids, which are
linked from the 2-position). Anomeric notation and destination linkages can be indicated without spacing/dashes. Although color is useful, these
representations will survive black-and-white printing or photocopying with the colors represented in different shades (the color values in the figure
are the RGB triplet color settings)*. Modifications of monosaccharides are indicated by lowercase letters, with numbers indicating linkage positions,
if known (e.g., 9Ac for the 9-O-acetyl group, 3S for the 3-O-sulfate group, 6P for a 6-Ophosphate group, 8Me for the 8-O-methyl group, 9Acy for the
9-O-acyl group, and 9Lt for the 9-O-lactyl group). Esters and ethers are shown attached to the symbol with a number. For N-substituted groups, it is
assumed that only one amino group is on the monosaccharide with an already known position (e.g., NS for an N-sulfate group on glucosamine,
assumed to be at the 2-position). (Middle panel) Typical branched “biantennary” N-glycan with two types of outer termini, depicted at different
levels of structural details. (Bottom panel) Some typical glycosaminoglycan (GAG) chains. *Note: To reproduce precise colors in RGB format, use the
following triplet values: Galactose stereochemistry: Yellow (255,255,0); Glucose stereochemistry: BLUE (0,0,250); Mannose stereochemistry: GREEN
(0,200,50); Fucose: RED (250,0,0); Xylose: ORANGE (250,100,0); Neu5Ac: PURPLE (125,0,125); Neu5Gc: LIGHT BLUE (200,250,250); KDN: GREEN
(0,200,50); GlcA: BLUE (0,0,250); IdoA: TAN (150,100,50); GalA: Yellow (255,255,0); ManA: GREEN (0,200,50).

Yrd.Doç.Dr.Yosun MATER
 *
*A. Varki et al. Essential of Glycobiology Cold Spring
Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York
(1st.Ed.1999, 2nd Ed. 2009)
*Lehninger Principles of Biochemistry, D.L. Nelson and
M.M. Cox, Part 1, p: 1-272 University of Wisconsin–
Madison, 4th Ed. 2004.

Yrd.Doç.Dr.Yosun MATER