REPARACIJA DNK

MOLEKULA
 LEZIJE DNK MOLEKULA

3 1a A A 3 4 1b

A T U A G G G C T G C T C
T A G T C C 2 C A A C G G

T T
1a 5

1. Jednolančani i dvolančani prekidi

2. Pirimidinski dimeri

3. Pogrešno sparene baze

4. Kovalentni ‘’crosslink’’ komplementarnih baza

5. Apurinska i apirimidinska mesta

 DEPURINACIJA

O
N
H
N
H
0
N H 0
0 P 0 CH2 N N
H 0 P 0 CH2 OH
0 0
H2O 0 0
C1

O
N
guanin H depurinisani šećer
N
H
N H
N N
H
 DEAMININACIJA

H H
N
o
H N H
H N

0 H O 0 H O
0 P 0 CH2 N H2O
0 P 0 CH2 N
0 0
0 0

NH3

citozin uracil
 DIMER TIMINA

P
O
O N H
N O
C C CH3
P H
O N H
O
N O
C C
H CH3

P
O
O N H
N O

H CH3
P
 DIMER TIMINA

G G A C A A T A G C

C C T G T T A T C G

A A
G G A C T A G C

C C T G A T C G
T T
TRI STRATEGIJE REPARACIJE

VRATITI U PRETHODNO STANJE

ISEĆI I PONOVO SINTETISATI

TOLERISATI GREŠKU
DIREKTNA REPARACIJA

 FOTOREAKTIVACIJA

 DEALKILACIJA METILTRANSFERAZOM
 DIREKTNA REPARACIJA PIRIMIDINSKIH DIMERA
FOTOREAKTIVACIJOM

Svetlost
(350-500 nm)

e
timin
-
timin DNK-fotoliaza

fotoreaktivacija
UV zračenje
e-

dimer timina
 DIREKTNA REPARACIJA METIL-TRANSFERAZOM

metil transferaza (MGMT)

H C H
H3C
S-H cistein
P 0
OH
G 6

OH
P

narušeno sparivanje G i C usled vezivanja metil- grupe za atom kiseonika na

poziciji 6 guanina (metilrani guanin se ponaša kao adenin tj. sparuje se sa T a
ne sa C)
 DIREKTNA REPARACIJA METIL-TRANSFERAZOM

metil transferaza (MGMT)

H C H
H3C
S-H cistein
P 0
OH
G 6

OH
P

narušeno sparivanje G i C usled vezivanja metil- grupe za atom kiseonika na

poziciji 6 guanina (metilrani guanin se ponaša kao adenin tj. sparuje se sa T a
ne sa C)
 metil transferaza

H C H
S S-
H3C metilcistein

P 0 C OH
G

OH
P
normalno sparivanje G i C
 REPARACIJA ISECANJEM

 ISECANJE ( MODIFIKOVANIH ) BAZA (BER)

 ISECANJE NUKLEOTIDA (NER)

 MISMATH REPARACIJA
BER
 izmenjena baza

1. Isecanje izmenjene baze i kreiranje

AP mesta

2. Isecanje fosfodiestarske veze u 5’

smeru od AP mesta
3’ 5’
3. DNK polimeraza I uklanja nukleotide
nizvodno od preseka i zamenjuje ih
ispravnim nukleotidima

4. Deluje DNK ligaza

DNK glikozilaze prepoznaju izmenjene baze u molekulu DNK
i katalizuju njihovu hidrolizu.

•hipoksantin koji je produkt deaminacije adenina

•uracil koji je produkt deaminacije citozina
•različite tipove oksidovanih baza: 8-oxoguanin

•različite tipove alkiliranih baza: 3-metiladenin

•baze sa otvorenim prstenom;
•baze u kojima su C-C dvostruke veze pretvorene u
jednostruke veze.
 DNK GLIKOZILAZA

deaminirani
C T A C A U G C A T C
citozin
5’

3’
G A T G T G C G T A G

U Uracil DNK glikozilaza (ung gen)

C T A C A G C A T C
5’
3’
AP endonukleaza

C T A C A G C A T C

DNK polimeraza I + ligaza

C T A C A C G C A T C
BER kod Eukariota – short patch BER

C T A C A # G C A T C
5’

3’
G A T G T G C G T A G

# DNK glikozilaza
C T A C A G C A T C
5’

3’
AP endonukleaza

C T A C A G C A T C
 DNK polimeraza b

C T A C A G C A T C

ligaza

C T A C A C G C A T C
 REPARACIJA AP MESTA kod Eukariota – long patch BER

AP endonukleaza prepoznaje AP mesto i seče lanac

PNKP obradjuje oba kraja prekida

PNKP= polinukleotidna kinaza-fosfataza

 REPARACIJA AP MESTA kod Eukariota – long patch BER

DNK polimeraza d odmiče nukleotide oštećenog DNK

lanca i zamenjuje ih ispravnim
REPARACIJA AP MESTA kod Eukariota – long patch BER

FEN1 uklanja istureni deo

Ligaza povezuje novosintetisani deo sa ostatkom lanca

NER
 REPARACIJA ISECANJEM NUKLEOTIDA

nukleaze
C T A C G G T C T A C T A T G G
5’
3’
G A T G C C A G A T G A T A C C
C G G T C T A C T A T G

C T A helikaza
G
5’
3’
G A T G C C A G A T G A T A C C

DNK polimeraza I + ligaza

C T A C G G T C T A C T A T G G
5’
3’
G A T G C C A G A T G A T A C C
 ISECANJE NUKLEOTIDA KOD E. coli

Uvr B
Uvr A dimer
5’ 3’
3’ 5’

ATP ADP+P

Uvr – ultraviolet repair

5’ 3’
3’ 5’
 Uvr C

5’ 3’
3’ 5’
 Uvr B
OH Uvr C P

Uvr D
8n 4n
OH P
OH P
 DNK polimeraza I

OH P
OH P
 ligaza

OH P
ISECANJE NUKLEOTIDA KOD Eukariota

Složeniji reparozom:

XPA, XPB, ... XPG

CSA, CSB
ERCC1, RAD23 ...
 ISECANJE NUKLEOTIDA KOD Eukariota

GG-NER : senzor defekta je RAD23+XPC

TC-NER : senzor defekta je sama RNK polimeraza

TFIIH i XPG prvi stižu na mesto oštećenja.

Kada se sve komponente vežu dolazi do isecanja sa obe strane
greške (od 25 do 30 nukleotida)
Prazninu popunjava DNK polimeraza delta sa PCNA, RPA i RFC
 REPARACIJA
POGREŠNO SPARENIH
NUKLEOTIDA
 ‘’MISMATCH’’ REPARACIJA

+ M
+ +

CH3
5’ GA*TC

5’ GATC

Dam – dezoksiadenozin metilaza - katalizuje dodavanje metil grupe na C-6 poziciju svih
adenina koji su deo 5'GATC3' sekvence
‘’MISMATCH’’ REPARACIJA KOD E. coli

2 MutH
MutS CH3

G G A T C
5’ 3’
3’ 5’
T C T A G

MutL
‘’MISMATCH’’ REPARACIJA KOD E. coli

2 MutH
MutS CH3

G G A T C
5’ 3’
3’ 5’
T C T A G

MutL
 2 MutH
CH3
G A T C
3’
5’
C T A G

MutL
T
3’

5’
G
MutS
 2 MutH
CH3
G A T C
3’
5’
C T A G

MutL
T
3’

5’
G
MutS
 MutH
CH3
G A T C
3’
5’
A G

MutL

3’

5’
G
MutS
 CH3

G G A T C
5’ 3’
3’
5’
A G

DNK polimeraza III

 CH3

G G A T C
5’ 3’
3’ 5’
C C T A G
ligaza
 CH3

G G A T C
5’ 3’
3’ 5’
C C T A G
MSH2-6
MLH1, PMS1,2
Egzonukleaza 1, Dnaza IV...
POSTREPLIKATIVNA
REKOMBINATIVNA
REPARACIJA
 POSTREPLIKATIVNA REKOMBINATIVNA
REPARACIJA
5’
1 5’ 3’
2
3’
3’
5’
lezija
5’ 5’
3’ 3’

3 RecA nukleaza (+RecBCD) 4 DNK polimeraza I + ligaza

5’ 5’
3’ 3’

5’ 5’
3’ 3’
REPARACIONI MEHANIZMI KOJI
TOLERIŠU GREŠKE

 SOS SISTEM
 DNK polimeraza III
clamp

b b
 transdimerska sinteza

DNK polimeraza III

umuC
izmenjeni
clamp

umuD

(umu – UV induced mutagenesis)

SOS
geni proteini funkcija

lex A Lex A Represor transkripcije SOS gena

rec A Glavni protein homologe rekombinacije

Rec A

ruv AB Ruv Migracija homologih lanaca

sul A Sul A Inhibitor ćelijske deobe

umu C Umu C
Substituišu beta subjedinicu DNA pol
III
umu D Umu D

uvr A Uvr A
uvr B Uvr B Reparacija isecanjem
uvr C Uvr C
 INAKTIVNI SOS SISTEM REPARACIJE

operator represija SOS gena

5’

3’
LexA RecA UvrA UvrB
...
mRNK

LexA
represor

5’
3’
neoštećena DNK
5’
3’
 AKTIVIRANI SOS SISTEM REPARACIJE

operator transkripcija SOS gena

5’

3’
LexA RecA UvrA UvrB
. .
mRNK

LexA represor

recA proteaze

degradirani LexA represor

aktivirani RecA
5’
3’
oštećena DNK
5’
3’
 MUTATORI

mutH-, mutL- i mutS- (utiču na ''mismatch'‘ reparaciju)

dam- deoksiadenozin metilaza negativni soj (ne može da

metilira adenin u GATC sekvenci tj. ''mismatch'' sistem ne
može da razlikuje stari i novosintetisani lanac DNK)

Ung- uracil- DNK- glikozilaza negativni soj (mutanti ne mogu

da ispravljaju deaminirane citozine i imaju povećan nivo C-T
tranzicija)

MutD (DnaQ- ) (tri puta im je povećan nivo mutacija jer

utiče na e subjedinicu i ''proofreading'' funkciju DNK
polimeraze III.
 NHEJ

RAD50-Mre11-NBS1 kompleks prepoznaje grešku

Potrebno je da postoje dva slepa kraja (ako postoje jednolančani
delovi njih će ukloniti Artemis ili će polimeraza lambda da doda
nkleotide i produži drugi lanac)
Zatim se vezuju Ku proteini za krajeve prekida i privuku DNA-PKcs
(protein kinazu). Oni naprave neku vrstu mosta koja spaja dva kraja
DNK.
PK fosforiliše i aktivira ligazu IV koja u kompleksu sa XRCC4 spaja
dva kraja
 Reparacija putem homologe rekombinacije

Prvo se isecaju oba lanca u 5’-3’ smeru da bi se napravili

jednolančani krajevi.
Za te repove se vezuje RPA da spreče da oni naprave petlje.
Zatim BRCA2 dovodi RAD51 koji će da pronadje homologu
sekvencu na sestrinskoj hromatidi.
RAD51 sa drugim proteinima katališe invaziju isečenog lanca,
nakon čega će on biti produžen koristeći kao model
komplementarni lanac sestrinske hromatide.