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1 胺基酸 127
殊的化學試劑來和胺基酸作用,而所形成的衍生物則能夠以靈敏的紫外光/可見光(uv /
vis)吸收光譜和螢光光譜等技術來測定。其中,茚三酮試劑(ninhydrin)和胺基酸作用會
產生紫色色素的衍生物(但脯胺酸則是呈現黃色),桑格試劑(Sanger’s reagent,1-氟-2,4-
二硝基苯)和胺基酸中的胺基反應,則生成黃色衍生物,這些結果都能利用光譜技術加以
鑑定(圖 4.9)。
圖 4.9 分析胺基酸的各種試劑:茚三酮試劑會和胺基酸作用形成紫色,桑格試劑則能和胺基酸作
用形成黃色。
例題 4.1
下列方程式表示離胺酸離子化的過程,請計算離胺酸的等電酸鹼值(等電點)為何?
+ + +
NH3 NH3 NH3 NH2
例題 4.2
預測蛋白質溶解在水中時,何種胺基酸會摺疊埋藏在蛋白質的內部?
(A) 丙胺酸 (B) 白胺酸 (C) 甘胺酸 (D) 絲胺酸 (E) 酪胺酸
答: 非極性的胺基酸會摺疊埋藏在蛋白質的內部,以避開極性的水分子,故丙胺酸、白
胺酸及甘胺酸會埋藏在蛋白質內部。
R1 O R2 O R3 O
+ − 6M HCl(aq)
H3N C C N C C N C C O
110˚C
H H H H H 12 ~ 24 hr
多胜肽或蛋白質
(polypeptide or protein)
R1 R2 R3
+ − + − + −
H 3N C COO + H 3N C COO + H3N C COO
H H H
α-胺基酸
(α-amino acid)
(式 4.4)
一級結構的決定
在分析蛋白質及辨識胺基酸殘基序列的方法中,不同於僅能鑑定 N 端胺基酸殘基
種 類 的 1-氟-2,4-二 硝 基 苯(FDNB) 標 定 法, 艾 德 曼 降 解 法(Edman degradation) 是
一種能夠快速準確地對整個蛋白質序列進行分析的方法(圖 4.18),利用苯異硫氰酸
(phenylisothiocyanate)試劑在不破壞其餘胜肽鏈的情形下,結合及移除蛋白質的 N 端胺
基酸殘基。而 N 端的胺基酸與苯異硫氰酸作用後,形成苯胺硫甲醯基結合物,並接續被
無水三氟乙酸解離,而生成乙內醯苯硫脲(phenylthiohydantoin;PTH)的衍生物,經萃
取及加酸處理後,可以將其分離純化,並加以鑑定其所含胺基酸殘基種類。殘留的蛋白質
胜肽鏈上的新 N 端殘基(原蛋白質胜肽鏈上的第二個胺基酸)則會繼續和苯異硫氰酸進
行艾德曼反應,每次都會再切下一個 N 端的胺基酸殘基。如此地重複操作之後,就可以
將整個蛋白質中胺基酸殘基定序,目前已有利用艾德曼降解法原理而製造的蛋白質定序儀
(sequenator),能夠更快速準確地針對蛋白質中胺基酸的組成序列,進行完整的定序。
但是由於在操作艾德曼降解法時,每次胺基酸的移除率未能達到 100%,故每次循環
中殘餘在胜肽鏈的胺基酸,會逐漸累積到影響序列判斷的結果,所以待測胜肽鏈上胺基酸
的數量會受到限制。若蛋白質或多胜肽中含有超過 50 個胺基酸,可以利用特殊的化學試
劑或酵素,將胜肽鏈切割成較小的片段後,再進行艾德曼降解法定序。溴化氰是一種具選
擇性的切割試劑,可以將蛋白質上甲硫胺酸羧基端的胜肽鍵切斷。胰蛋白酶只會水解連接
在精胺酸或離胺酸羧基端的胜肽鍵,而胰凝乳蛋白酶則會切割連接在色胺酸、苯丙胺酸與
酪胺酸羧基端的胜肽鍵(圖 4.19)。
例題 4.3
胰島素是含有 52 個胺基酸的多胜肽,則其分子量大約是多少道爾頓?
例題 4.4
請簡單描述以下這一段多胜肽的結構?
−
COO
答: 這是由四個胺基酸所形成的胜肽,其胺基酸殘基(從左至右)分別為 Pro-Ala-Asp-
Ser。N-端胺基酸為脯胺酸,C-端胺基酸為絲胺酸,其中共含有三條醯胺鍵(或胜肽
鍵)。
例題 4.5
以胰凝乳蛋白酶處理下列胜肽鏈時,會有哪些胺基酸及短胜肽產生?
Glu-Ile-Trp-Pro-Phe-Arg
答:由於胰凝乳蛋白酶會切割連接在色胺酸(Trp)、苯丙胺酸(Phe)與酪胺酸(Tyr)
羧基端的胜肽鍵,所以產物為:Glu-Ile-Trp、Pro-Phe 及 Arg。
4.3 蛋白質的結構與功能
4.3.1 綜觀蛋白質結構
因為每一種蛋白質合成都是由一段特定的 DNA 基因轉錄及轉譯而來,因此,以相同
的基因轉譯而成的蛋白質,都具有相同的胺基酸殘基組成與順序,而胺基酸殘基摺疊排列
組合的三度空間差異,會提供蛋白質不同的結構與功能。
蛋白質組成與功能
只含單一條胜肽鏈的的蛋白質,稱為單體蛋白質(monomeric protein),利用非共價
鍵作用力結合兩條或兩條以上的胜肽鏈所組成的蛋白質,稱為寡聚體蛋白質(oligomeric
protein)。若將每一條胜肽鏈當作一個次單元(subunit),則寡聚體也可稱為多次單元
(multisubunit),其中的每一個次單元可以是相同,也可以是相異的。
分子量也是蛋白質重要的特性,可以從中估算所含胺基酸殘基的數目,而分子量的差
異也是分離純化不同蛋白質的關鍵性質。表 4.5 中列出部分蛋白質分子的特性。
若依蛋白質的組成來分類,其組成中僅含有胺基酸,而不含其他分子者,稱為簡單蛋
白質(simple protein),例如胰蛋白酶及胰凝乳蛋白酶。若還含有其他小的有機分子或金
屬離子者(稱為輔基,prosthetic group),則稱為複合蛋白質(conjugated protein),例如
血紅蛋白中含有四條胜肽鏈,每一條胜肽鏈中結合一輔基,為含鐵離子的血基質(heme)。
失,造成原本穩定的離子性交互作用明顯降低,而破壞原本的自然構形,某些界面活性劑
也會破壞蛋白質內部的疏水性交互作用。穩定蛋白質自然構形的力量其實相當地弱,主要
是一些非共價性的交互作用力,因此也很容易遭到破壞。然而蛋白質的變性只會影響二、
三級結構或四級結構,不會破壞一級結構。
另外,在蛋白質溶液中加入包含有機溶劑(如乙醇、丙酮)、重金屬離子(Ag+,
Pb2+, Hg2+)、尿素、鹽等試劑,甚至是強力攪拌,都會造成其變性作用,若能夠從系統
中移除導致變性的因素,由於蛋白質的胜肽鏈共價結構並沒有被破壞,有機會將已經變化
的結構透過摺疊作用,再回復到原本的自然構形,這個過程稱為復性(renaturation),而
復性現象再次說明證實蛋白質的一級結構會決定其三級結構(圖 4.28)。
圖 4.28 蛋白質變性與復性變化的示意圖。通常必須在有控制的反應條件下,才能再將不具活性
的蛋白質回復到具生物活性的狀態。
例題 4.6
下列胜肽鏈片段是否容易形成 α-螺旋構形的二級結構?請說明理由。
Ala-Val-Asn-Asn-Cys-Thr-Tyr-Ile-Ala-Gly-Lys-Lys-Lys-Ala-Arg
例題 4.7
當蛋白質因變性而溶解度變小,進而產生沉澱的原因為何?
答: 蛋白質產生變性是因為其二、三、四級結構被破壞,而當蛋白質所含疏水性側鏈胺
基酸露出外面與水接觸時,就會造成溶解度變小而形成沉澱。
膠原蛋白的結構與功能之異常,很容易造成一些代謝上的疾病;例如膠原蛋白中的
甘胺酸被半胱胺酸或是絲胺酸取代後,會讓嬰兒罹患一種稱為骨骼不全症(osteogenesis
imperfecta)的遺傳性疾病,患者骨骼的結構會較正常人脆弱許多。此外,抗壞血酸是催
化體內脯胺酸合成 4-羥基脯胺酸反應所需的輔因子,若缺乏抗壞血酸,脯胺酸則無法羥化
成 4-羥基脯胺酸到一定數量,膠原蛋白結構的不穩定,進而造成牙齦出血、皮膚灰白等壞
血病症狀。
例題 4.8
蛋白質具有催化、免疫、儲存等多種功能,其最大的共通性為何?
答: 當蛋白質的一級結構確定之後,其二、三、四級結構則會因其生物需求而逐步形
成;因此不論該蛋白質最後會具有何種生物功能,都是它以非共價性交互作用,且
有選擇性地與另一分子結合。
例題 4.9
膠原蛋白是一種常見的纖維狀蛋白,通常會出現在骨骼及筋腱中,原因為何?
答: 膠原蛋白的三股螺旋結構是由三條多胜肽鏈,利用胺基酸側鏈間所形成的氫鍵及共
價鍵,彼此纏繞在一起形成。因為三螺旋具有強張力及可輕微伸展,故常會出現在
骨骼及筋腱中。
例題 4.10
相對於肌肉中的肌紅蛋白是以儲存氧氣、供應局部區域組織所需,為何血紅蛋白可以在
血液中長距離地攜帶氧氣至需氧組織?
答: 血紅蛋白結合氧氣的親和力會隨著不同的生理狀況而有所改變,故可以在不同組織
結合氧氣或是釋放出氧氣。
本章習題
(A) 天門冬胺酸、離胺酸、精胺酸
H H H
(B) 天門冬胺酸、麩胺酸、甘胺酸
A B C
(C) 丙胺酸、麩胺酸、離胺酸
− −
COO COO (D) 半胱胺酸、離胺酸、精胺酸
= 2.4 + pK2 = 9.6
H3 N C H + H
+
H2N C H + H
+ 7. 下列何種胺基酸在離子化的過程中,具
H H 有三個 pK 值?
(A) 甘胺酸 (B) 天門冬醯胺酸
B C
CH SH
4.2 胜肽與蛋白質 H 3C CH3
12. 下列有關蛋白質中胜肽鍵的敘述,何者
錯誤? OH
(A) 是一種非共價鍵
4.3 蛋白質的結構與功能
(B) 是由兩個胺基酸鍵結脫水而形成
18. 過氧化氫酶的分子量為 250 K,是由四
(C) 是一種醯胺鍵結
個相同次單元所組成的四聚體,則每一
(D) 可以被 6M HCl 加熱水解成個別胺
條胜肽鏈所含胺基酸數目為多少?