样本编号：20B12999998

DX-WESP-B13 V1.5

全外显子组测序检测报告
98 9 8
9 9 医院信息
9 9
9 9 送检医院 送检医生
9 9 门诊号/住院号

1 2 12
0 B 中南大学湘雅医院
B
袁琼婧 -
B
2 20
样本信息 2 0
到样日期 样本编号 样本类型 姓名 性别 民族 出生日期/年龄

2020-12-12 20B12999998 全血 邓宇帆 男 - 1999-09-03/-

确诊患者; 患者 8 个月前无明显诱因出现反复乏力，查低钾，酸中毒，尿
临床表现和家族史 PH=8，24 小时尿钾 39.92mmol\d，湘雅二医院诊断为：低钾型周期性麻痹，
间断予以补钾; 无家族遗传病史

表型匹配标准术语 -/-

9 8 9 8
9 9
临床怀疑疾病/重点分析基因集 -/-

9 9 检测信息
9 9
2 9 9
2 检测编号
1检测项目
B 检测区域
临床全外显子组检测-单人（B 类）
B 1 DX1616
B
20 20 2 0
人类基因组中约 2 万个基因的外显子区

检测策略 针对受检者主诉，对 OMIM 数据库收录的明确致病关系基因进行分析。

检测方法 芯片捕获高通量测序

检测结论
主要检测结果为：
在常染色体显性远端肾小管酸中毒/疟疾/球型红细胞溶血症/Waldner 血型/Diego 血型/Wright 血型/血型，Froese 型/
椭圆形红细胞增多症 4 型/血型，Swann 型/远端肾小管性酸中毒伴溶血性贫血/球形细胞增多症 4 型相关的 SLC4A1 基因
上检出与受检者表型相关的 1 个致病变异。
次要检测结果为：
9 8 9 8
9 9
未检出其他与临床表型相关的变异。
99
9 9
意外发现检测结果为：
9 9
1 2
在肝豆状核变性相关的 ATP7B 基因上检出与受检者表型不相关的 1 个致病变异。
1 2
B B B
20 20
本次检测，经高通量数据信息分析，未检出与先证者表型相关的 1M 以上致病染色体 CNV 变异和 5M 以上的 LOH
变异。基于高通量全外的 CNV 和 LOH 检测不属于全外的常规检测范围，如需更精准的染色体 CNV 和 LOH 结果，建
2 0
议送检相关染色体检测。

主要检测结果
转录本编号
基因 致病性 参考
序号 基因 染色体位置 核苷酸变化 基因型 相关疾病/遗传模式
亚区 分类 文献
(氨基酸变化)

9 8 9 8
9 9
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9
9
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B B B
20 20 20
 样本编号：20B12999998

DX-WESP-B13 V1.5

Diego 血型(OMIM:110500)/-

98 98 Waldner 血型(OMIM:112010)/-

9 9 9 9 Wright 血型(OMIM:112050)/-

9 9 9 9 疟疾(OMIM:611162)/-

1 2 1 2 血型，Froese 型
(OMIM:601551)/-

0 B 0 B 0 B
2 2 2
血型，Swann 型
(OMIM:601550)/-
NM_000342.3: EX15
chr17:4233 常染色体显性远端肾小管酸中 [1-6]
1 SLC4A1 c.1825G>A(p.G /CDS 杂合 致病
2640 毒(OMIM:179800)/AD
ly609Arg) 14
椭圆形红细胞增多症 4 型
(OMIM:166900)/AD
球型红细胞溶血症
(OMIM:185020)/AD
球形细胞增多症 4 型

9 8 9 8 (OMIM:612653)/AD

9 9 9 9 远端肾小管性酸中毒伴溶血性

9 9 9 9 贫血(OMIM:611590)/AR

1 2 1
**遗传模式：AD 表示常染色体显性遗传，AR 表示常染色体隐性遗传，XL 表示 X 染色体连锁遗传，YL 表示 Y 染色体连锁遗传。
2
B **主要检测结果包括：与临床表型相关的致病/疑似致病变异；与临床表型相关，且遗传模式相符的临床意义未明变异。
B B
20 结果说明： 20 2 0
1、检出 SLC4A1;NM_000342.3:c.1825G>A(p.Gly609Arg) 变异，已有该变异致病性的相关报道[1-6]。依据 ACMG 指南（附
录），该变异被判断为致病变异，PS4_Moderate+PM2+PP1_Strong+PP3+PP4，证据项如下：
PS4_Moderate：PS4 降级情况。
PM2：ESP 数据库、千人数据库、EXAC 数据库中正常对照人群中未发现的变异（或隐性遗传病中极低频位点）。
PP1_Strong：PP1 升级情况。
PP3：多种统计方法预测出该变异会对基因或基因产物造成有害的影响，包括保守性预测、进化预测、剪接位点影
响等。

9 8
PP4：变异携带者的表型或家族史高度符合某种单基因遗传疾病。
9 8
9 9 9 9
9 9
人群频率（各数据库版本见附录）：
9 9
1 2 数据库 千人基因组 ESP6500
1 2 ExAC GnomAD GnomAD-EAS
B B - B
20 20 0
频率值 - - - -
纯合个数 - - - - - 2
软件预测（各预测软件版本见附录）：
错义预测 剪切位点预测 核酸保守预测
PhyloP
Mutation dbscSNV_ dbscSNV_ PhyloP
SIFT Condel SpliceAI Placetal GERP++
Taster RF ADA Vertebrates
Mammals
有害 有害 有害 多态 - - 保守 保守 保守

9 8 9 8
疾病介绍:
9 9
9 99 第 2 / 10 页 9
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B B B
20 20 20
 样本编号：20B12999998

DX-WESP-B13 V1.5

致病基因：SLC4A1

8
疾病名称：Diego 血型(OMIM:110500)
9 9 8
遗传模式：-
9 9 9 9
9 9
疾病特点：Diego 血型系统由两对对立抗原 Di(a)、Di(b)、Wr(a)、Wr(b)组成，SLC4A1 中氨基酸取代至少产生 17 个低
9 9
1 2 1 2
频抗原，编码红细胞带 3 蛋白。低频 Di(a)和高频 Di(b)抗原分别代表 leu854 和 pro854。低频 Wr(a)和高频 Wr(b)
抗原分别代表 lys658 和 glu658 。没有健康的人与饮食零表型的报告，反映了 SLC4A1 的功能重要性

0 B (summarybyDaniel,2002)。
0 B 0 B
2 2 2
致病基因：SLC4A1
疾病名称：Waldner 血型(OMIM:112010)
遗传模式：-
疾病特点：Lewis 和 Kaita(1981)在 Waldner 家族的 Hutterites 中发现了一种新的红细胞抗原。Zelinski 等(1995)指出，WD
血型抗原已在南非的 Khoisans 和荷兰的一个家庭中得到鉴定。/通过遗传连锁分析，WD 在 17q12-q24 位点
与参考标记 D17S41 松散连接，在 17q12-q21 位点与 SLC4A1 位点紧密连接。Bruce 等(1995)证实 Wd(a)是由
红细胞带 3(109270.0011)中蛋氨酸替代缬氨酸-557 引起的。

9 8 9 8
9
致病基因：SLC4A1
9 9 9
9
疾病名称：Wright 血型(OMIM:112050)
9 9 9
2
遗传模式：-
1 1 2
B B
疾病特点：莱特抗原是一个“私人”血型，由霍尔曼(1953)发现。虽然它非常罕见，但它的早期发现和随时可用的检测
B
20 20
血清导致了大量的人和各种人群被检测。欧洲人 Wr(a)抗原基因的频率约为万分之 3(Mourantetal.，1978)。
2 0
致病基因：SLC4A1
疾病名称：疟疾(OMIM:611162)
遗传模式：-
疾病特点：疟疾是全球儿童死亡的一个主要原因，是由蚊子传播的血液原虫疟原虫属寄生虫引起的疾病。在 4 种感染人
类的疾病中，最严重的是恶性疟原虫引起的疟疾，是主要的死亡原因。虽然不像恶性疟原虫一样致命，但三
日疟原虫、卵形疟原虫、特别是间日疟原虫感染是发病的主要原因。疟疾有一个广泛的临床症状，从无症状
感染到发烧和轻度贫血等轻微的疾病表现，到脑型疟疾、贫血、呼吸窘迫等严重的疾病表现。遗传因素影响

9 8
患者对疾病的反应，以及疾病的恶化和严重程度。
9 8
9 9 9 9
9 9
致病基因：SLC4A1
9 9
1 2
疾病名称：血型，Froese 型(OMIM:601551)
1 2
B 遗传模式：-
B B
20 20
疾病特点：Lewis 等人(1978)在马尼托巴省门诺奈特族中描述了低发生率的红细胞抗原 Fr(a)。它被证明是一种常染色体
显性遗传性状，虽然在一般人群中它不是很多态性，但在大的亲族中被研究。
2 0
致病基因：SLC4A1
疾病名称：血型，Swann 型(OMIM:601550)
遗传模式：-
疾病特点：Swann 血型系统里的低发生率红细胞抗原 Sw(a)是 1959 年提出的。它具有常染色体显性遗传特点，虽然在大
规模群体中他并不是多态。在相当大的家系共分离中找到了 SW 的位点。

致病基因：SLC4A1
9 8 9 8
9 9
9 99 第 3 / 10 页 9
9
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B B B
20 20 20
 样本编号：20B12999998

DX-WESP-B13 V1.5

疾病名称：常染色体显性远端肾小管酸中毒(OMIM:179800)

8
遗传模式：常染色体显性遗传，杂合致病变异可导致疾病的发生
9 9 8
9
疾病特点：常染色体显性远端肾小管酸中毒是一种常染色体显性遗传疾病，主要临床特征为尿液酸化能力降低、高氯低
9 9 9
9 9 9
钾性代谢性酸中毒、肾钙化沉着及肾结石。SLC4A1 基因的显性负效应突变导致常染色体显性远端肾小管酸
9
2 中毒。
1致病基因：SLC4A1 1 2
0 B 0 B 0 B
2 疾病名称：椭圆形红细胞增多症 4 型(OMIM:166900) 2 2
遗传模式：常染色体显性遗传，杂合致病变异可导致疾病的发生
疾病特点：椭圆形红细胞增多症 4 型是一种恒河猴连锁的遗传异质性血液疾病。其临床表现为不同程度的溶血性贫血和
椭圆形或卵圆形红细胞的形成。

致病基因：SLC4A1
疾病名称：球型红细胞溶血症(OMIM:185020)
遗传模式：常染色体显性遗传，杂合致病变异可导致疾病的发生

8
疾病特点：球型红细胞溶血症是一种极其罕见的疾病，其特征为轻度裂口红细胞溶血伴高胆红素血症。红细胞阳离子渗
9 9 8
9 9
透性在 37 摄氏度时增加，在低温环境中红细胞中钠含量增加。患者出现疲劳、轻度贫血和假性高钾血症。
9 9
9 9 9 9
2
致病基因：SLC4A1
2
B1疾病名称：球形细胞增多症 4 型(OMIM:612653) B 1 B
20 遗传模式：常染色体显性遗传，杂合致病变异可导致疾病的发生
20
疾病特点：球形细胞增多症是可导致慢性溶血性贫血的一类疾病，其特点为血液中包含大量不规则形状的红细胞（多数
2 0
为球型）。

致病基因：SLC4A1
疾病名称：远端肾小管性酸中毒伴溶血性贫血(OMIM:611590)
遗传模式：常染色体隐性遗传，纯合或复合杂合致病变异可导致疾病的发生
疾病特点：远端肾小管性酸中毒伴溶血性贫血是一种罕见的远端肾小管酸中毒疾病，主要临床特征为肾脏酸化功能缺陷
和遗传性溶血性贫血。SLC4A1 基因的功能缺失突变导致远端肾小管性酸中毒伴溶血性贫血。

9 8 9 8
9 9
99 9
次要检测结果
9 9 9
1 2 转录本编号
基因
1 2 致病性 参考

0 B 序号 基因 染色体位置 核苷酸变化
B
基因型 相关疾病/遗传模式
B
20 0
亚区 分类 文献
2 - - -
(氨基酸变化)

- - - - - -
2
**次要检测结果包括：其他与临床表型相关的变异。

结果说明：
未检出其他与临床表型相关的变异。

意外发现

9 8 9 8
9 9
9 99 第 4 / 10 页 9
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B B B
20 20 20
 样本编号：20B12999998

DX-WESP-B13 V1.5

转录本编号
基因 致病性 参考
序号 基因
9 8 染色体位置 核苷酸变化
亚区
基因型
分类
9 8 相关疾病/遗传模式
文献

9 9 (氨基酸变化)
9 9
19
9 chr13:5252
NM_000053.3: EX13
9 9致病 肝豆状核变性

12 2
ATP7B c.2975C>T(p.Pr /CDS 杂合 [7, 8]
0505
1 (OMIM:277900)/AR

0B B B
o992Leu) 13

2 20
**意外发现检测结果包括：受检者知情同意报告 SecondaryFinding_Var 数据库中的致病或疑似致病变异位点，此类变异关联疾病可能与患
2 0
者目前临床表现及诊断无关。

结果说明：
1、检出 ATP7B;NM_000053.3:c.2975C>T(p.Pro992Leu) 变异，已有该变异致病性的相关报道[7, 8]。依据 ACMG 指南（附
录），该变异被判断为致病变异，PS3+PM1+PM2+PM3_Very Strong+PP4，证据项如下：
PS3：体内、体外功能实验已明确会导致基因功能受损的变异。
PM1：位于热点突变区域，和/或位于已知无良性变异的关键功能域。
PM2：ESP 数据库、千人数据库、EXAC 数据库中正常对照人群中未发现的变异（或隐性遗传病中极低频位点）。

9 8
PM3_Very Strong：PM3 升级情况。
9 8
9 9
PP4：变异携带者的表型或家族史高度符合某种单基因遗传疾病。
9 9
9 9 9 9
1 2
人群频率（各数据库版本见附录）：
1 2
B 数据库 B ExAC B
20 20 0
千人基因组 ESP6500 GnomAD GnomAD-EAS
频率值 - - 0.000045 0.000036 0.000464 2
纯合个数 - - 0 0 0

软件预测（各预测软件版本见附录）：
错义预测 剪切位点预测 核酸保守预测
PhyloP
Mutation dbscSNV_ dbscSNV_ PhyloP
SIFT Condel SpliceAI Placetal GERP++
Taster RF ADA Vertebrates
Mammals

98 98
有害 有害 有害 多态 - - 保守 保守 保守

9 9 9 9
疾病介绍:
9 9 99
1 2致病基因：ATP7B
1 2
0 B 疾病名称：肝豆状核变性(OMIM:277900)
0 B 0 B
2 遗传模式：常染色体隐性遗传，纯合或复合杂合致病变异可导致疾病的发生
疾病特点：肝豆状核变性又称 Wilson 病，会导致不同程度的肝细胞损害、脑退行性病变和铜在角膜后缘的沉积。肝豆
2 2
状核变性好发于青少年，通常 5～10 岁发病，主要临床表现为发音障碍、吞咽困难、角膜色素环、震颤、假
性延髓性麻痹、急性肝功能衰竭、短期谷丙转氨酶增高、脾脏肿大等。目前，该病仍以药物治疗为主，除此
之外患者还需要进行终身的监测，坚持低铜饮食以防复发，预后较差。全世界发病率约为 1:30000-
1:100000。

参考文献

8 8
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9 9
9 9
dominant distal renal tubular acidosis caused by SLC4A1 mutation[J]. CEN case reports, 2020 ,4: 442-445.

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B B B
20 20 20
 样本编号：20B12999998

DX-WESP-B13 V1.5

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0 B 0 B
[4] Juan Gómez, Helena Gil-Peña, Fernando Santos, et al. Primary distal renal tubular acidosis: novel findings in patients
0 B
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[8] Min Zhu, Yi Dong, Wang Ni, et al. Defective roles of ATP7B missense mutations in cellular copper tolerance and copper

8
excretion[J]. Molecular and cellular neurosciences, 2015 ,67: 31-6.
9 9 8
9 9 建议
9 9
9 9 9 9
2
建议受检者其他亲属进行家系验证并接受遗传咨询。
1 1 2
B B B
20 0 0
检测方法和局限性
检测方法： 2 2
本方法以受检者血液、唾液或其他组织来源的基因组 DNA 为检测材料，首先将 DNA 打断并制备文库，然后通过
Roche KAPA HyperExome 芯片对目标基因外显子及临近剪切区的 DNA 进行捕获和富集，最后使用 MGISEQ-2000 测
序平台进行变异检测。测序数据质控指标为：目标区域平均测序深度≥180X，其中目标区平均深度>20X 的位点所占
比例>95%。

数据分析：
测序片段通过 BWA 与 UCSC hg19 人类参考基因组进行比对，去除重复。使用 GATK 进行碱基质量值校正

8
SNV、INDEL 和基因型检测。使用 ExomeDepth 进行外显子水平的拷贝数变异检测。
9 9 8
9 9 9 9
9
变异筛选与解读：
9 9 9
1 2基因命名按照人类基因组组织基因命名委员会（HGNC）命名规范；变异命名按照人类基因组变异学会（HGVS）
1 2
B 命名规范。基于受检者临床信息、人群数据库、疾病数据库和生物信息预测工具进行变异注释和筛选（参考数据库及
B B
20 版本见附录）。变异致病性分类依据美国医学遗传学和基因组学学会（ACMG）和美国分子病理学会（AMP）序列变
异解释指南（附录），并参考 ClinGen 序列变异解读工作组和英国临床基因组科学学会（ACGS）等对该指南细化解
20 2 0
读。

检测局限性：
鉴于当前医学检测技术水平的限制和受检者个体差异等原因，本检测无法保证100%的准确性以及100%的成功
率。该方法适用于所送检基因的外显子区（不包括启动子区等非编码区）及外显子相邻20bp的内含子区中的点突变
（检测准确率为99%以上）、小的缺失插入突变（20bp以内）（检测准确率为99%以上），以及外显子水平的缺失重
复变异（包括SMN1基因7号外显子的缺失情况）（检测准确率为95%以上）。该方法可提示与受检者表型相关的其它

9 8
变异类型，包括大片段的基因组拷贝数变异（例如缺失/重复区间≥1Mb）、染色体非整倍体、三倍体、杂合性缺失
9 8
9 9
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B B B
20 20 20
 样本编号：20B12999998

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（LOH，区间≥5Mb），对于这部分结果，因其准确性相对较低，仅供临床参考。

8
本方法不能检测大片段的基因组拷贝数变异（缺失/重复区间<1Mb）和基因组结构变异（例如易位、倒位、<5Mb
9 9 8
9
的LOH）。本方法不适于检测特殊类型变异（包括但不限于体细胞突变、深度内含子变异、动态突变、基因甲基化、
9 9 9
9
假基因区域变异、复杂重组等，上述情形均为不适用于高通量检测的技术局限性范畴）。本方法不适于线粒体基因的
9 9 9
1 2
检测。
1 2
B B B
由于部分基因存在高重复低复杂度区域或假基因，以致检测不能完全覆盖其所有外显子区，但总体覆盖度可达

20 95%以上。受捕获效率影响，不同基因及外显子区段的覆盖度可能无法达到100%（低覆盖度区域列表链接
http://db.bgidx.cn/）。 20 2 0
本次检测按照受检者主诉，对应OMIM数据库（2020.03）中已明确的单基因遗传病致病基因进行分析，多基因易
感疾病相关基因、线粒体基因及复杂疾病相关基因不包含在此次分析范围内。若受检者选择分析指定基因集，则非指
定基因不在本次分析范围。指定基因集的基因命名，需规范使用检测项目目录中的基因名。
限于目前人类对疾病认识水平的局限性，如未检出能完全解释受检者临床表型的特定基因及致病变异位点（即阴
性结果），并不能排除受检者存在某种遗传疾病的可能性，因为某些疾病的发病可能与其它未知基因或本方法难以检
测到、或无法确定的基因变异类型有关。
本检测所用 DNA 源自受检者血液或其他体细胞样本，不能排除嵌合现象所致的解读偏差。

9 8 9 8
检测声明：
9 9 9 9
9 9
本报告仅限与受检者临床表型相关且与受检者家族遗传病史不冲突的致病/疑似致病/意义未明变异。实验室无法对
9 9
2
医生或受检者提供的临床表型及临床怀疑疾病的真实性、准确性、全面性做出保证。由于临床表型和家族史提供不准确
1 1 2
B 或不完善的样本，存在报告位点提报不精准的风险。特定变异的遗传性是基于向实验室描述的家庭关系，非母（源）性
B B
20 或非父（源）性的可能性未被排除。
报告结论均为实验室检测数据，仅用于变异检测之目的，仅供临床医生参考，不代表最终诊断结果。本报告中所列
20 2 0
变异未必都会导致受检者发病，是否致病需结合变异影响、遗传方式及临床特征等多因素综合分析。本报告中与疾病相
关性、相关性说明、基因变异关联疾病及疾病临床特征等信息均来自现有已报道的研究结果，解读规则参考 ACMG 相
关指南（附录），变异致病性的判定依据现有的临床表型、文献报道和数据库及生物信息学软件判定，受科学发展的阶
段性限制，仅供参考。
本报告无法排除在该受检者的基因组中存在本项目检测范围之外的其它致病性改变。
根 据 受 检 者 签 署 知 情 同 意 书 中 有 关 意 外 发 现 （ secondary findings ） 的 情 况 ， 本 报 告 将 包 含 或 不 包 含
SecondaryFinding_Var(V1.1_2020.3)数据库中位点。

9 8
**本报告采纳 T/SZGIA 4—2018 团体标准。
9 8
9 9
**本报告结果只对送检样品负责。本中心对以上检测结果保留最终解释权，如有疑义，请在收到结果后的 7 个工作日内与我们联系。
9 9
9
请到相关遗传咨询门诊或生殖医学门诊就诊！
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1 2 1 2
B 实验操作人： 报告撰写人：罗婷婷
B 审核者： 报告日期：2021-01-05
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B
20 20 0
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附录
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1．ACMG指南[1-5]证据项说明和致病性计算方法
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9 9
ACMG指南证据项说明：
9 9
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PVS1：当一个疾病的致病机制为功能丧失（LOF）时，检出变异为无功能变异（无义突变、移码突变、经典±1

1 2 或 2 的剪接突变、起始密码子变异、单个或多个外显子缺失）。
1 2
0 B PVS1_Strong：PVS1 降级情况。
0 B 0 B
2 PVS1_Moderate：PVS1 降级情况。 2 2
PVS1_Supporting：PVS1 降级情况。
PS1：与先前已确定为致病性的变异有相同的氨基酸改变。
PS2：患者的新发变异, 且无家族史（经双亲验证）。
PS2_Very Strong：PS2 升级情况。
PS2_Moderate：PS2 降级情况。
PS2_Supporting：PS2 降级情况。
PS3：体内、体外功能实验已明确会导致基因功能受损的变异。

8
PS4：变异出现在患病群体中的频率显著高于对照群体。
9 9 8
9
PS4_Moderate：PS4 降级情况。
9 9 9
9 9
PS4_Supporting：PS4 降级情况。
9 9
1 2 PM1：位于热点突变区域，和/或位于已知无良性变异的关键功能域。
1 2
B B B
PM2：ESP 数据库、千人数据库、EXAC 数据库中正常对照人群中未发现的变异（或隐性遗传病中极低频位点）。

20 20 2 0
PM3：在隐性遗传病中，在反式位置上检测到致病变异。
PM3_Very Strong：PM3 升级情况。
PM3_Strong：PM3 升级情况。
PM3_Supporting：PM3 降级情况。
PM4：非重复区框内插入/缺失或终止密码子丧失导致的蛋白质长度变化。
PM5：新的错义突变导致氨基酸变化，此变异之前未曾报道，但是在同一位点，导致另外一种氨基酸的变异已经
确认是致病性的。
PM6：未经父母样本验证的新发变异。
PM6_Very Strong：PM6 升级情况。

8
PM6_Strong：PM6 升级情况。
9 9 8
9
PM6_Supporting：PM6 降级情况。
9 9 9
9 9
PP1：突变与疾病在家系中共分离（在家系多个患者中检测到此变异）。
9 9
1 2 PP1_Strong：PP1 升级情况。
1 2
B PP1_Moderate：PP1 升级情况。
B B
20 20
PP2：对某个基因来说，如果这个基因的错义变异是造成某种疾病的原因，并且这个基因中良性变异所占的比例很
小，在这样的基因中所发现的新的错义变异。
2 0
PP3：多种统计方法预测出该变异会对基因或基因产物造成有害的影响，包括保守性预测、进化预测、剪接位点影
响等。
PP4：变异携带者的表型或家族史高度符合某种单基因遗传疾病。
BA1：ESP 数据库、千人数据库、EXAC 数据库中等位基因频率>5%的变异。
BS1：等位基因频率大于疾病发病率。
BS2：对于早期完全外显的疾病，在健康成年人中发现该变异（隐性遗传病发现纯合、显性遗传病发现杂合, 或
者 X 连锁半合子）。

9 8
BS3：在体内外实验中确认对蛋白质功能和剪接没有影响的变异。
9 8
9 9
99 9
BS4：在一个家系成员中缺乏共分离。
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BP1：已知一个疾病的致病原因是由于某基因的截短变异，在此基因中所发现的错义变异。
BP2：在显性遗传病中又发现了另一条染色体上同一基因的一个已知致病变异，或者是任意遗传模式遗传病中又发

9 8
现了同一条染色体上同一基因的一个已知致病变异。
9 8
9 9
BP3：功能未知重复区域内的缺失/插入，同时没有导致基因编码框改变。
9 9
9 9BP4：多种统计方法预测出该变异会对基因或基因产物无影响，包括保守性预测、进化预测、剪接位点影响等。
9 9
1 2 BP5：在已经有另一分子致病原因的病例中发现的变异。
1 2
0 B BP7：同义变异且预测不影响剪接。
0 B 0 B
2 2 2
致病性计算方法（各致病性等级对应序号间为“或”的关系）：
致病性等级 序号 判断规则
1 PVS+1 个 PS
2 PVS+2 个 PM
3 PVS+1 个 PM +1 个 PP
4 PVS+≥2 个 PP
Pathogenic
5 ≥2 个 PS
6 1 个 PS +≥3 个 PM

9 8 7
8
1 个 PS +2 个 PM +≥2 个 PP
9
9 9 8
9
1 个 PS +1 个 PM +≥4 个 PP
9
9 9 1
9
PVS+1 个 PM
9
1 2 2
1 2 1 个 PS +1-2 个 PM

B Likely Pathogenic
3
B 1 个 PS +≥2 个 PP
B
20 20 0
4 ≥3 个 PM
5 2 个 PM +≥2 个 PP 2
6 1 个 PM +≥4 个 PP
1 BA1
Benign
2 ≥2 个 BS
1 1 个 BS +1 个 BP
Likely Benign
2 ≥2 个 BP
Uncertain Significance 1 以上标准均不符合或致病性有冲突
注：
主要参考文献：

9 8 9 8
[1] Richards S, Aziz N, Bale S, et al. Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants: a joint consensus recommendation of the

9 9 9 9
American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology. Genetics in medicine, 2015, 17(5): 405.

9 9
[2] 遗传变异分类标准与指南.中国科学:生命科学,2017(06):76-96.
9 9
1 2 1 2
[3] Biesecker L G, Harrison S M. The ACMG/AMP reputable source criteria for the interpretation of sequence variants. Genetics in Medicine, 2018,

B B B
20 20 0
20(12): 1687.
[4] Gelb B D, Cavé H, Dillon M W, et al. ClinGen’s RASopathy Expert Panel consensus methods for variant interpretation. Genetics in Medicine,
2018, 20(11): 1334.
2
[5] Zastrow D B, Baudet H, Shen W, et al. Unique aspects of sequence variant interpretation for inborn errors of metabolism (IEM): The ClinGen IEM
Working Group and the Phenylalanine Hydroxylase Gene. Human mutation, 2018, 39(11): 1569-1580.
参考数据库及预测软件版本如下：
ClinVar(2020-03-16) ， ESP6500(V2) ， 千 人 基 因 组 (Phase3) ， GnomAD(r2.0.1) ， ExAC(r0.3.1) ， BPGD*(V3.1) ，
SecondaryFinding_Var*(V1.1_2020.3)，dbscSNV(1.1)，SpliceAI(1.3), dbNSFP(2.9.1)，SIFT，MutationTaste，Polyphen2，Phylop，GERP 等。
*BPGD (BGI-Phoenix genetic database) 是 BGI 的综合性遗传病数据库。该疾病库以 OMIM 数据库的基因-疾病信息为基础，并整合了
OMIM、Genereview、Orphanet、Genetic Home Reference、Uniprot 等数据库内容，主要涵盖基因、疾病名称、遗传方式、临床特征等信息。

9 8
*SecondaryFinding_Var(V1.1_2020.3)是 BGI 的内部变异数据库，包含 59 个基因上的致病和疑似致病变异 2839 个。
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2. 目标区捕获高通量测序参数

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9
原始数据产出（Mb）
9
15364.31
9 9
29 9
目标区长度（bp） 35735556

1 目标区覆盖度 1 2
B
0 目标区平均深度（X） B99.53%
0 206.66 0 B
2 2 2
目标区平均深度>10X 位点所占比例 99.00%
目标区平均深度>20X 位点所占比例 98.76%

3. 检测结果相关附图

无
9 8 9 8
99 9 9
9 9
4．受检者 OMIM 数据库中已知致病基因上低频变异信息
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1 2 1 2
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见附录

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注：
本报告参考 hg19 人类基因组版本。
限于篇幅，本表仅列出检测范围内，OMIM 中已知致病基因上的频率低于或等于 1%的变异（参考数据库包括：千人基因组，ExAC，
ESP6500，GnomAD，BGI 本地数据库）。
*杂合性: Hom 表示此变异位点为纯合变异，Het 表示此变异位点为杂合变异，Hemi 表示此变异位点为性染色体半合子变异。
* “.”表示数据库没有记录。

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