PGD评估和案例分享

技术支持：李文璐
2019年2月16日
 目录
CONTENTS

PGD评估的目的意义

染色体病PGD的评估和样本采集

单基因病PGD的评估和样本采集

案例分享和讨论
一、PGD评估的目的意义
对于我们来说只想解决1个问题：

这个染色体病/单基因病能不能做PGD?
PGD项目初步评估的目的

目的只有一个：对客户和患者的疑问，给予初步的建议
 染色体病PGD项目评估 单基因病PGD项目评估

1. 根据基因诊断报告，初步评估是否为单基
因单位点致病；
1. 根据核型或芯片检测结果，明确染
2. 家系是否符合孟德尔遗传，是否符合遗传
色体异常的类型和片段长度。
共分离；
→告知初步评估结果： 3.家系成员能否满足检测需求。

可以送检CPGD或MaReCs/无法检测 →告知评估结果：可以送检/有风险/无法检
测。
二、染色体PGD评估标准和样本采集
染色体结构和常见表示符号
染色体核型报告中的常用符号
chr 染色体 dup 重复

p 染色体短臂 del 缺失

q 染色体长臂 inv 倒位

+（加号） 获得 t 易位

-（减号） 丢失 rob 罗宾逊易位

方括号[ ] 描述细胞数目 der 衍生染色体

?（问号） 对某一染色或染色体结构的疑问 mos 嵌合体

s 随体 ins 插入

ter 末端(染色体末端) r 环状染色体

cen 着丝粒 mar 标记染色体

h 异染色体质 add 额外未知起源的物质

arr 芯片结果 seq NGS结果

核型书写

• 在定义一个特定的带时，需要下列四个条件：
（1）染色体号；（2）臂的符号；（3）区号；（4）该带在所属区的带号。
连续列出，中间不要有空格和间断。
例如：1p31：1号染色体短臂3区1带。
8q11.23：8号染色体长臂1区1带2亚带3次亚带

• 核型书写标准：性染色体→常染色体→常染色体编号→数目异常→结构异常→字母顺序
染色体核型的认识

可以针对性检测的染色体异
含义 举例 可送检项目
常类型

t 平衡易位 46,XY,t(2;6)(p23;q15)

rob 罗氏易位 45,XY,rob(21;22) (q10;q10)

dup 重复 46,XX, dup(1)(q22q25)

CPGD
del 缺失 46,XX,del(3)(p25.3)

inv 倒位 46,XX,inv(20)(p11.1q13.3)

ins 插入 46,XY,ins(19;20)(q13.4;p11.2p12)
CPGD项目无法针对性检测的区域 含义 示例

p/q +/- 长臂或断臂 增加或减少 46,XN,16p+

h+/- 异染色体质区 增加或减少 46,XN,16qh+
s+/- 随体增加或减少 46,XN,15s+
ss+ 双随体 46,XN,15ss+
stk+ 随体柄 46,XN,15pstk+
cenh+/- 着丝粒异染色体质增加或减少 46,XN,15cenh+
r 环状 46,XX,r(12)(p13q24)
mar+ 未知来源染色体 47,XY,+mar
add 额外未知来源的物质 46,XX,add(19)(p13.3)
dic 双着丝粒 45, XX, dic(13;15)(q22;q24)
Y≥18/Y≤21 大Y/小Y 46,XY,大Y
fra 脆性位点 46, X, fra(X)(q27.3)
inv(9)(p12q13) 9号染色体的臂间倒位 46,XN, inv(9)(p12q13)
inv(2)(p11.2q13) 2号染色体的臂间倒位 46,XN, inv(2)(p11.2q13)
相互易位产生配子类型的比例

相间分离

相邻-1

相邻-2

①平衡易位：1/32正常，1/32携带，30/32异常；
3:1分离
罗氏易位产生配子类型的比例

②罗氏易位：1/6正常，1/6携带，4/6异常；
倒位产生配子类型的比例

③倒位：1/4正常，1/4携带，1/2异常；
染色体病PGD评估需要的材料

1、染色体核型/芯片报告-完整

2、家系成员情况
染色体核型报告
染色体核型报告和芯片报告
核型报告 芯片报告
染色体病PGD的样本采集

检测类型 特点 样本 周期

染色体病 对于易位和倒位的患者， 10个

活检样本 自然日
PGD 仅筛选染色体数目正常的胚胎

对于易位的患者， 14+21
MaReCs 外周血+活检样本 自然日
区分携带和完全正常胚胎
检测流程

CPGD，10个自然日；MaReCs 第一阶段， 14个自然日

活检样本 出具CPGD报告
胚胎活检 常规CNV 生信分析评
样本
MALBAC 或MaReCs第一阶段报
检测 估
扩增 告
完整的核型分析报告；
男女双方外周血；

扩增胚胎、男女
设计SNP引
方外周血样本， NGS 生信分析 出具报告
物
建库

MaReCs 第二阶段 ，21个自然日

三、单基因病PGD评估标准和样本采集
单基因病PGD评估需要参考的材料

 基因诊断报告-完整

 家系遗传图谱-家系患病情况
PGD项目评估案例-基因诊断报告
基因诊断报告
家系遗传图谱

• 系谱(pedigree)：一个家族中，各成员中间的遗传学关系，常常是某种疾病发病情况的一个图
解。
根据系谱特征可以判断疾病的遗传方式，是否符合孟德尔遗传规律。
单基因遗传病的再发风险

• 常染色体显性遗传：50% 多囊肾PKD1

• 常染色体隐性遗传：25% 地贫（HBA）

• X染色体连锁显性遗传：男女50% 甲型血友病（F8基因）

• X染色体连锁隐性遗传：男50%，女根据外显率评估。

杜氏肌营养不良（DMD）

• 线粒体病(母系遗传)：≤ 100% 耳聋（12sRNA）

单基因病PGD的评估标准

多基因突变 否

是否是单基因病 临床意义未明

单基因
单位点突变 疑似致病

致病突变
初步认为可以进入
家系验证阶段

符合 是
基因诊断报告 （AD、AR、XLD、XLR） 知情同意书
家系成员的病症和
表型符合遗传方式
是否能进入PGD周期，根
不符合 否 据家系验证报告结果
家系样本采集的类型

样本：家系血样、口腔黏膜上皮细胞、家系基因诊断报告和家系遗传图谱
（至少两代人的情况和样本）

致病位点扩增
口腔粘膜上 Sanger验证/micro-
MALBAC /NGS-CNV分析
皮细胞 CNV分析

家系样本
基因组gDNA SNP位点扩增 构建SNP单体
外周血 提取 测序 型

MLPA(根据突变类型)
家系样本采集的目的

验证突变位点：
当先证者的表型通过基因诊断明确了突变位点，需要对其父母双方进行家系验证。以证
实此突变位点是遗传还是新发突变，是否可以通过PGD的方式进行遗传阻断。

确定遗传模式
AD、AR、XLD、XLR、YL

构建SNP单体型：
在PGD过程中对致病位点相连锁的SNP进行检测可以扩大检测面，降低误诊和漏诊的可
能。
SNP连锁分析

基本概念
• SNPs（单核苷酸多态性） ：SNPs指染色体DNA 序列中的某个位点由于单个核苷酸的变化而引
起的多态性，如下图。

• 人体除性染色体外，每个染色体都有两份个体所拥有的一对等位基因的类型称作基因型。
例如，一个SNPs(A/G)，则个体在该位点的基因型则有以下三种：
SNP连锁分析原理
T C C C
C T T T
A G G G
父-男方 G G A G 母-女方
• SNP连锁分析是建立在遗传 A A G A
A A G A
家系的基础上，SNP遗传标
记位点与致病基因位点同时
在家系中进行传递，所以进
C C T C T C
行致病基因位点检测的同时 T T C T C T
G G A G A G
进行SNP信息分析，可以提
G G G G G A
高检测的准确性。 A A A A A G
A A A A A G

先证者 胚胎01 胚胎02

图1. SNP分型技术分析胚胎的突变位点连锁情况
预实验样本采集

①有患儿的情况：男女双方和患儿的外周血或gDNA，患儿的口腔黏膜上皮细胞。

②无患儿的情况：
 男女双方一方携带致病位点
 男方携带致病位点，女方不携带致病位点：需要男方父母和男女双方外周血或gDNA，男方口腔黏膜上皮细胞。
 若男方父母不在，采集男方精液（需评估）。
 女方携带致病位点，男方不携带致病位点：需要女方父母和男女双方外周血或gDNA，女方口腔黏膜上皮细胞。
 若女方父母不在，采集极体（第一极体和第二极体，需评估）。
 男女双方均携带致病位点：
 需要男方父母、女方父母、男女双方外周血或gDNA，男女双方口腔黏膜上皮细胞。
 无男女双方父母，但有一个孩子是完全正常，男女双方外周血或gDNA，男女双方口腔黏膜上皮细胞（需评
估）。
③无先证者和父母，但兄弟姐们中有患有相同疾病的情况

 男女双方一方携带致病位点

男方携带致病位点，女方不携带致病位点：

若男方父亲已知患有与男方相同的疾病，但男方父亲已故，男方的兄弟或姐
妹携带相同的疾病位点，可使用兄弟姐妹的样本构建SNP，但存在SNP位点少的风险；

女方同理；
单基因病MALBAC-PGDTM检测流程

胚胎检测 30个自然日
预实验 30个自然日
MALBAC扩增

进
构 染色体筛查(CNV) 致病位点检测
一 SNP连锁分析
确 建
步
定 S
确
遗 N
验证通过，
定
传 P
进入PGD流程
致 NGS NGS 一代测序 NGS
模 单
病
式 体
位
型
点
综合考虑，
选择正常胚胎
不同基因突变类型的检测方案

基因点突变
DMD、HBB、GJB2、SLC26A4等基因

基因部分拷贝数变异
 脊肌萎缩症（SMA）：SMN1基因的exon7缺失，或exon7+8缺失
MLPA方法验证
 杜氏肌营养不良： DMD基因外显子重复或缺失

 脆性X染色体综合征（ FragileX ）: FMR1基因CGG重复数目异常

 亨廷顿舞蹈症（ HD ）: HTT/IT15基因CAG重复数目异常 毛细管电泳方法验证，后两种单基
因病可以用电泳方法验证
 脊髓小脑共济失调：SCA系列基因CAG重复数目异常

假基因干扰的基因
HBA、SMN1、PKD1、NF1、DPY19L2
四、案例分享和讨论
报告模板解读

 CPGD MALBACPGD-染色体分子遗传检测报告

 MaReCs染色体易位携带检测报告（一）模板
 MaReCs- 染色体易位携带状态检测报告（二）模板

 PGDFMALBACPGD单基因病分子遗传检测（预实验）
 SPGD MALBACPGD单基因病分子遗传检测（胚胎检测）
Case 1-染色体病PGD

• 男方核型：46XX,t(16;19)(p13;q13)
• 评估结果：
16p13→pter：1~17M ，臂端
19q13→qter： 1~27M，臂端
可送检CPGD或MaReCs项目
• MaReCs第一阶段结果：
本周期胚胎 CNV 结果显
示，该家系为 chr16、
chr17、chr19 三条染色体复
杂易位
• 后续补充核型：
46XX,t(16;19;17)(p13.3;q13.4;q25)
Case 2-单基因病PGD 常染色体显性多囊肾，家系完整

PKD1,
c.8335_8336insGGCG

PKD1,
c.8335_8336insGGCG
Embryo for PGD
胚胎检测结果
Case 3-单基因病PGD 杜氏肌营养不良，家系完整

DMD，exon44
杂合缺失

DMD，exon44
杂合缺失

Embryo for PGD

胚胎检测结果
Case 4-单病PGD 结节硬化症，无先证者

家系位点检测结果
家系遗传图谱

• 常染色体显性遗传：
• 检测基因名称： TSC2 ；
• 位置： c.5167_5168insT ；
• 无先证，父源突变，利用精子推断;
胚胎检测结果
致病位点及SNP检测结果汇总
样本名称 非整倍体检测结果
是否携带父源突变
1_1 46, XN 是
2_1 46, XN 否
3_1 46, XN 是
46, XN, -
4_1 是
7p(pter→p15.3,~26M,×1,mos*,~50%)
5_1 46, XN, +5(×3,mos*), +6(×3,mos*) 否
6_1 45, XN, -16(×1) 是
7_1 46, XN 否
8_1 46, XN 是
9_1 46, XN 是
10_1 46, XN 否
11_1 46, XN 是
2-1号胚胎检测结果

SNP连锁分析
染色体筛查

CNV分析结果：46, XN 突变位点结果显示该胚胎不携带c.5167_5168insT杂合突变

致病位点检测
胚胎02（正常）

 染色体正常

该胚胎不携带c.5167_5168insT突变
 不携带父源突变
8-1号胚胎检测结果

染色体筛查 SNP连锁分析

CNV分析结果：46, XN, +5(×3,mos*), +6(×3,mos*)

胚胎携带c.5167_5168insT（父源）杂合突变，与突变位点
检测结果一致

致病位点检测

胚胎8-1
 染色体数目正常
 携带父源突变
该胚胎携带c.5167_5168insT（父源）杂合突变
Case 5-单病PGD 家系样本不全

F8，内含子22倒位

Ⅴ Embryo for PGD

F8，内含子22倒位
胚胎检测结果
 Case 6-单病PGD 家系样本不全

Ⅲ Embryo for PGD

• 评估结果： • 家系验证结果：
常染色体显性遗传AD，家系样本不全，建议送检男方姐姐、 若进入PGD周期，存在SNP位点少的风险。
姐夫和姐姐孩子的样本。
Case 7-肿瘤PGD 髓母细胞瘤

SUFU，c.37_53del

Embryo for PGD

SUFU，c.37_53del
Case8-多基因变异

• 评估结果：多基因突变，不建议送检
总结

 判断某种疾病是否为单基因病
 染色体病PGD评估需求材料：
1、看家系遗传是否符合孟德尔遗传；
1、染色体核型报告/芯片报告
2、看基因诊断报告是否只有一个致病基因；
2、家系成员情况
3、百度、维基百科、疾因搜、OMIM等查询；

 PGD送检样本：
 单基因病PGD评估需求材料： 1、常规染色病PGD：①活检样本；②染色体检查报告；
1、基因诊断报告； 2、MaReCs：①男女双方外周血；②活检样本；③染色体检查报
2、家系遗传图谱/家系成员的 告；
患病情况； 3、单基因病PGD：
 家系验证：外周血+先证者的口腔粘膜上皮细胞+基因诊断报告
 胚胎检测：活检样本
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