学术会议精华分享

2018 年 4 月 19 日
目 录

ART 三十周年

1 、二代测序技术用于染色体异常 PGT 的实验室质控 - 林戈

2 、 PGS 与胚胎嵌合 - 姚元庆
3 、挑选较高发育潜能胚胎方法的新进展 - 靳镭
4 、全基因组 SNP 芯片技术在平衡易位 PGD 中的应用 - 张月萍
5 、 PGD-SNP 连锁分析和案例分享 - 马慜悦

遗传咨询分会年会

6 、不同公司和平台的 PGS 结果分析

7 、 PGS 、 PGD 适应症和禁忌症和遗传咨询的难点 - 陈子
江
1 、二代测序技术用于染色体异常 PGT 的实验室质控 - 林戈
2 、 PGS 与胚胎嵌合 - 姚元庆
• PGS 存在的问题

 有效性：无 NGS-PGS 的 RCT 研究证

据
 效率：囊胚培养
 精确性：嵌合
 安全性：胚胎活检

• 胚胎嵌和的来源：
 父源（着丝粒）；
 母源（线粒体）；
 外源（卵巢过度刺激综合征和胚胎培养条
件）
PGS-RCT 研究
3 、挑选较高发育潜能胚胎方法的新进展 - 靳镭
4 、全基因组 SNP 芯片技术在平衡易位 PGD 中的应用 - 张月
萍
小结

1 、断裂点查找：
• 采用流产物或胚胎的结果推断；
• 核型结果的误差比较大；

2 、结果准确性：
• 断裂点精确 1M 范围，无法避免重组的影响；
• 采用 SNP 芯片，总位点数多，但位于断裂点附近的有效位点数目不确
定，分析困难；
5 、 PGD-SNP 连锁分析和案例分享 - 马慜悦

基本概念
• SNPs （单核苷酸多态性） ： SNPs 指染色体 DNA 序列中的某个位点由于单个核苷酸的变化而引起的多态
性，如下图。

• 人体除性染色体外，每个染色体都有两份个体所拥有的一对等位基因的类型称作基因型。
例如，一个 SNPs(A/G) ，则个体在该位点的基因型则有以下三种：
影响 PGD 准确性因素和解决方案

• 影响因素：
1. 扩增成功率 - 直接影响检测成功率；
2. 扩增均一性、覆盖度 - 影响检测单基因病的种类；
3. 等位基因脱扣（ ADO ） - 影响致病位点检测的准确性；

• 解决方案：
1. 单细胞全基因组扩增 MALBAC ：成功率高，均一性好，脱扣率低；
2. 位点直接检测： NGS+Sanger 验证；
3. SNP 连锁分析推断胚胎的致病位点携带情况：避免脱扣造成结果的假阴性；
SNP 连锁分析原理

• SNP 连锁分析是建立在遗传家系的基础上， SNP 遗传标记位点与致病基因位点同时在家系中进行传

递，所以进行致病基因位点检测的同时进行 SNP 信息分析，可以提高检测的准确性。

G/T A/G C/T

C/T A/C G/T
A/G C/A T/G
T/G C/T A/G
A/T C/A G/T
T/A C/T G/A

先证者 父 母 胚胎
MALBAC-PGD 检测的 SNP 连锁分析流程

1. 获取胚胎遗传相关个体的全基因组，其中，相关个体包括胚胎的父亲、母亲和先证者。
收集完整家系样本和胚胎，进行 MALBAC 单细胞全基因组扩增和外周血样本的 gDNA 提取

2. 确定父亲、母亲以及先证者的与突变位点连锁的 SNP 信息。

目的基因上下游 2M 范围内查找 SNP 位点，设计 SNP 引物，使用多重 PCR 扩增，凝胶电泳检测

3. 基于父亲 SNP 信息和母亲 SNP 信息，确定区分型 SNP 信息。

区分型 SNP 指的是可以有效区分父母单体型的碱基，即在某一位置父母双方 4 个碱基中其中 1 个碱基（常染色体）与该位置的其它碱基不同，该碱基可以确定父母双方 4 条单体
型中的唯一一条，如某位置父母基因型分别为 AA,AG ，则 G 碱基即为区分型 SNP 。

4. 基于区分型 SNP 和先证者的 SNP 信息，确定父亲 SNP 单体型和母亲 SNP 单体型。

即根据孟德尔遗传原理与连锁交换定律，结合父母区分型 SNP 位点和先证者 SNP 信息构建父母 SNP 单体型。

5. 推断胚胎的 SNPs 的单体型结果

由于胚胎的 2 个单体型分别遗传自父母各一条，可以根据胚胎 SNPs 信息结合父母双方的 SNP 单体型进行分析，判断胚胎 SNPs 是哪两条单体型的组合，确定是否遗传父母的致
病单体型，从而判断胚胎是否携带致病位点。
SNP 互推图示 -AR A B C D

SNP SNP
致病基
SNP 因位点
SNP

A D A C B D B C

正常 携带 患儿
SNP 连锁分析中有效 SNP 位点标准：
1. 根据位点测序深度≥ 100X 标准筛选出 SNP 位点，检测成功的位点比例≥ 50% ；

2. 每个 case 的有效 SNP≥10 个，并平均分布于目的基因上下游 ;

当有效 SNP 位点＜ 10 时，需补充 SNP 位点；若仅单侧有 SNP ，无法避免染色体交换，

检测有风险；

3. 错误率和 ADO 率≤ 10% ；

案例 1-PDS
T C C C
C T T T
A G G G
父 - 男方 G G A G 母 - 女方
A A G A
A A G A

C C T C T C
T T C T C T
G G A G A G

G G G G G A
A A A A A G
A A A A A G

先证者 胚胎 01 胚胎 02

图 1. SNP 分型技术分析胚胎的突变位点连锁情况
 A A A G
案例 2-EYA4 C
T
C
T
C
C
A
C

男方父亲 G G G A 男方母亲
C C A A
G A A A

A G A A
C A C C
T C T T
男方 女方
G A G G
胚胎样本 18 C A A A
G A A A
• 染色体整倍体；
• 位点检测：不携带突变；
A A
• SNP 连锁分析：不携带； C C
T T

G G
C A
G A

胚胎 18
图 . SNP 分型技术分析胚胎的突变位点连锁情况
6 、不同公司和平台的 PGS 结果分析 - 陈子江
同一样本在不同平台实验的分析结果
胚胎编号 PGM 平台 Illumina 平台 Array-CGH
（ Nextseq500 ）
1 芯片结果异常，未做 chrX:7118001-15494000_1 46,XN, -X(p11.21-qter)
chr4:1-191154276_2.3
2 正常，高风险（ -7 ） 46,XY
chr5:1-180915260_2.3

46,XX
4 正常，高风险（ -8,-14 ） chr8:1-146364022_1.8
14 号染色体偏下，但软件报可信度是 1.00
5 芯片结果异常，未做 chr4:1-19154276_2.3 45,XY,-16
7 正常 正常 46,XX
8 正常，高风险（ -7 ） chr21:2106001-2506000_1 46,XX

46,XX
9 正常 正常
19 号染色体偏下，但软件报可信度是 1.00

11 正常 正常 46,XY
15 正常 正常 46,XX

46,XY
16 正常 无结果
-6 （ q26-qter ），但软件报的可信度是 0.95
 同一样本实验后数据经不同公司的分析结果（ Illumina 平
台）
胚胎编号 公司 A 公司 B 公司 C 公司 D
46,XX,del(2)(q33.1-q33.2),
1 chrX:7118001-15494000_1 46,XX,-11(q14.1-qter) XX,-chrX(q11.3-q28)(79.45Mb)
46,XX,del(X)(q13.1-q28)
chr4:1-191154276_2.3 46,XY,-7q(q31.2-qter)
2 XY XY
chr5:1-180915260_2.3 ( 嵌合疑似 )
4 chr8:1-146364022_1.8 46,XX,-8-14( 嵌合疑似 ) XX(-chr14 嵌合疑似 ) 46,XX
46,XY,
del(16)(p13.3-p11.2)
5 chr4:1-19154276_2.3 45,XY,-16 XY,-chr16(p13.3-q24.2)(83.68Mb)
del(16)(q11.2-q22.1)
del(16)(q22.2-q24.1)
7 正常 46,XX XX 46,XX

8 chr21:2106001-2506000_1 46,XX （多条染色体嵌合疑 XX （ -chr7 疑似嵌合） 46,XX

似）
9 正常 46,XX XX 46,XX
46,XY,del(9)(p13.1-p11.2),del(18)
11 正常 46,XY XY
(p11.2)
15 正常 46,XX XX 46,XX
46,XY,
del(4)(q35.1-q35.2),
del(6)(q25.3-q27),
46,XY,-6 (q25.3-qter)
XY （ -6 疑似嵌合） del(7)(p11.2),
16 无结果 ( 嵌合疑似 )
del(7)(11.21),
del(10)(q26.2-q26.3),
del(16)(p11.21),
del(19)(p12-p11)
7 、 PGS 、 PGD 适应症和禁忌症和遗传咨询的难点

PGD 遗传方面 生殖方面

1 、所涉及的疾病在遗传学上确诊；
2 、所涉遗传病再发风险高（ >10% ）或由于夫妻双方染色体
适应证 ---
结构异常导致的复发性流产；
3 、所涉遗传病对健康造成严重损伤；

1 、所涉疾病未在遗传学上确诊；
2 、所涉遗传病再发风险低（ <10% ）； 所涉遗传病可能引起妇女在
禁忌症 3 、 PGD 不宜用于遗传性精神类疾病； 辅助生殖医疗过程中的并发
症；
PGS 遗传方面 生殖方面

1. 复发性胚胎植入失败
复发性流产（ >2 次）
适应证 （胚胎移植五周后超声显示无妊娠囊）；
确切数值可由每个生殖中心酌
2. 高龄妇女（ >36 周岁）
情而定；
确切数值可由每个生殖中心酌情而定；

1. 窦卵泡计数低（如 <7 个）；

禁忌症 ---
2. 胚胎质量差；
ACMG 对于 VUS 的解读
THANK YOU