ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI

TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y DƯỢC

NGUYỄN THỊ THANH TÂM

Đánh giá tác dụng điều trị bệnh

Alzheimer của các hợp chất trong
cây Rau đắng biển (Bacopa
monnieri (L.) Wettst.) bằng
phương pháp docking phân tử

KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC NGÀNH DƯỢC HỌC

Hà Nội – 2022
 ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI
TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y DƯỢC

NGUYỄN THỊ THANH TÂM

Đánh giá tác dụng điều trị bệnh

Alzheimer của các hợp chất trong
cây Rau đắng biển (Bacopa
monnieri (L.) Wettst.) bằng
phương pháp docking phân tử

KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC NGÀNH DƯỢC HỌC

Khóa: QH.2017.Y
Người hướng dẫn: PGS.TS. Bùi Thanh Tùng

Hà Nội – 2022
 LỜI CẢM ƠN

Trong 5 năm học tập, với sự giảng dạy tận tâm của các thầy cô, em đã tiếp
thu được nhiều kiến thức quý báu làm hành trang sau này bước ra ngoài xã hội.
Trong quãng thời gian học tập và rèn luyện trên giảng đường của trường đại học,
em nhận được rất nhiều sự quan tâm, giúp đỡ của quý thầy cô, bạn bè và gia đình.
Lời đầu tiên, em xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới gia đình, đặc biệt là bố
mẹ và những người thân đã nuôi dạy và cho em cơ hội, tạo động lực, kích lệ, động
viên em vượt qua những khó khăn, luôn cổ vũ, động viên em trong suốt quá trình
học tập cũng như trong khoảng thời gian làm khoa luận.
Em xin cảm ơn PGS.TS.Bùi Thanh Tùng, Trưởng bộ môn Dược lý – Dược
lâm sàng, Trường Đại học Y Dược – Đại học Quốc gia Hà Nội đã tận tình giúp đỡ,
động viên và tạo điều kiện thuận lợi trong suốt thời gian nghiên cứu và chỉ dẫn
trong việc định hướng nghiên cứu. Người luôn cho em những lời khuyên quý báu
để kịp thời sửa chữa những sai sót trong suốt thời gian làm khóa luận.
Tôi xin chân thành cảm ơn tới các bạn sinh viên lớp K62 Dược học, cảm ơn
các bạn cùng nhóm nghiên cứu sàng lọc ảo đã động viên, khích lệ tôi trong suốt quá
trình thực hiện đề tài. Đặc biệt, tôi xin cảm ơn bạn Tạ Thị Thu Hằng đã nhiệt tình
hỗ trợ và hướng dẫn tôi sửa chữa những sai xót trong quá trình thực hiện khóa luận.
Bên cạnh đó, em xin gửi lời cảm ơn tới lãnh đạo, các thầy cô Trường Đại học
Y Dược – Đại học Quốc gia Hà Nội đã giúp đỡ và tạo điều kiện để cho em được
học tập, nghiên cứu, rèn luyện tại đây trong suốt 5 năm qua và thực hiện đề tài này.
Sau cùng, tôi xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới anh chị em và bạn bè luôn
sát cánh, đồng hành, ủng hộ, động viên tôi trong quá trình học tập, nghiên cứu hoàn
thành khóa luận.
Vì kiến thức chuyên môn còn nhiều hạn chế, bản thân còn thiếu kinh nghiệm
thực tiễn, nên không tránh khỏi những thiếu sót trong quá trình thực hiện đề tài. Rất
mong nhận được sự chỉ dẫn và những ý kiến đóng góp của quý Thầy Cô
Em xin chân thành cảm ơn.
Hà Nội, ngày 25 tháng 5 năm 2022
Sinh viên
Nguyễn Thị Thanh Tâm

i
DANH MỤC KÝ HIỆU VÀ CHỮ VIẾT TẮT

ii
 DANH MỤC HÌNH VẼ

Hình 1.1: Cấu trúc của não và tế bào thần kinh trong khỏe mạnh (a) và tế bào thần
kinh trong não bị bệnh Alzheimer (b) .........................................................................2
Hình 1.2: Các yếu tố nguy cơ của bệnh Alzheimer ....................................................4
Hình 1.3: Cơ chế bệnh sinh của bệnh Alzheimer và sự can thiệp điều trị .................5
Hình 1.4: Vị trí phân bố của cây Rau đắng biển ......................................................11
Hình 1.5: Lá và hoa của cây Rau đắng biển .............................................................12
Hình 1.6: Nguyên lý docking ...................................................................................14
Hình 1.7: Các thuộc tính ADMET có thể được đánh giá bởi ADMETlab ..............18

Hình 2.1: Cấu trúc 3D của các protein đích .............................................................19

Hình 2.2: Công cụ trực tuyến SCFBio thực hiện tính toán các thông số RO5 ........24
Hình 2.3: Công cụ trực tuyến pkCSM thực hiện dự tính các thông số ADMET .....25

Hình 3.1: Tóm tắt quá trình sàng lọc in silico ..........................................................26
Hình 3.2: Kết quả re-dock và tương tác của phối tử đồng tinh thể 5,7-
dichlorokynurenic acid với NMDA ..........................................................................27
Hình 3.3: Kết quả re-dock và tương tác của phối tử đồng tinh thể LY2886721 với
BACE-1 .....................................................................................................................28
Hình 3.4: Kết quả re-dock và tương tác của phối tử đồng tinh thể Harmine với
MAO A ......................................................................................................................28
Hình 3.5: Kết quả re-dock và tương tác của phối tử đồng tinh thể Donepezil với
AChE .........................................................................................................................29
Hình 3.6: Tương tác của 4 chất đối chứng với 4 protein đích .................................37
Hình 3.7: Tương tác của Apigenin với 4 protein đích NMDA (a), BACE-1 (b),
MAO A (c) và AChE (d) ...........................................................................................39
Hình 3.8: Tương tác của Apigenin với 4 protein đích NMDA (a), BACE-1 (b),
MAO A (c) và AChE (d) ...........................................................................................41
Hình 3.9: Tương tác của Luteolin với 4 protein đích NMDA (a), BACE-1 (b),
MAO A (c) và AChE (d) ...........................................................................................43

iii
 DANH MỤC BẢNG

Bảng 3.1: Kết quả re-dock và RMSD của phối tử đồng kết tinh với protein ...........26
Bảng 3.2: Kích thước hộp tìm kiếm và tọa độ vị trí hoạt động của protein .............30
Bảng 3.3: Kết quả dock của 50 hợp chất trong cây rau đắng biển và 4 chất đối
chứng với 4 protein đích ...........................................................................................30
Bảng 3.4: Kết quả RO5 của 15 hợp chất được lựa chọn từ kết quả docking ...........33
Bảng 3.5: Kết quả phân ADMET của Apigenin, Ebelin lactone và Luteolin ..........34

iv
 MỤC LỤC

LỜI CẢM ƠN ............................................................................................................. i

DANH MỤC KÝ HIỆU VÀ CHỮ VIẾT TẮT ......................................................... ii
DANH MỤC HÌNH VẼ ............................................................................................ iii
DANH MỤC BẢNG ................................................................................................. iv
ĐẶT VẤN ĐỀ.............................................................................................................1
CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN .......................................................................................2
1.1. Tổng quan về bệnh Alzheimer ......................................................................2
1.1.1. Giới thiệu về bệnh Alzheimer ..............................................................2
1.1.3. Nguyên nhân và cơ chế bệnh sinh .......................................................4
1.1.4. Các giả thuyết về các đích phân tử trong bệnh Alzheimer..................4
1.1.5. Điều trị.................................................................................................7
1.1.6. Trung tâm hoạt động của các đích phân tử.........................................8
1.2. Tổng quan về cây Rau đắng biển (Bacopa monnieri (L.) Wettst.) .............10
1.2.1. Giới thiệu – vị trí – phân loại – phân bố ...........................................10
1.2.2. Đặc điểm thực vật ..............................................................................11
1.2.3. Thành phần hóa học ..........................................................................12
1.2.4. Tác dụng dược lý ...............................................................................12
1.3. Phương pháp docking phân tử .....................................................................13
1.3.1. Docking phân tử ................................................................................14
1.3.2. Quy tắc Lipinski về các hợp chất giống thuốc ..................................17
1.3.3. Dự đoán các thông số dược động học và độc tính (ADMET) ...........17
CHƯƠNG 2: NGUYÊN LIỆU, THIẾT BỊ, NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP
NGHIÊN CỨU ..........................................................................................................19
2.1. Nguyên liệu và thiết bị.................................................................................19
2.2. Nội dung nghiên cứu ...................................................................................21
2.3. Phương pháp nghiên cứu .............................................................................21
2.3.1. Sàng lọc bằng docking phân tử .........................................................21

v
 2.3.2. Nghiên cứu các đặc điểm giống thuốc ..............................................24
CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ ...........................................................................................26
3.1. Mô phỏng protein docking ..........................................................................26
3.2. Tìm kiếm hợp chất tiềm năng từ kết quả docking .......................................29
3.3. Sàng lọc các hợp chất giống thuốc ..............................................................33
3.4. Dự đoán các thông số ADMET ...................................................................34
CHƯƠNG 4: BÀN LUẬN ........................................................................................45
4.1. Về kết quả ....................................................................................................45
4.2. Về phương pháp ..........................................................................................47
KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ...................................................................................48
TÀI LIỆU THAM KHẢO ........................................................................................... i
PHỤ LỤC .................................................................. Error! Bookmark not defined.

vi
 ĐẶT VẤN ĐỀ

Alzheimer được biết đến là một loại bệnh thoái hóa thần kinh tiến triển chậm
và là một trong những nguyên nhân phổ biến của chứng sa sút trí tuệ và chủ yếu
được phân biệt bởi sự suy giảm dần dần của trí nhớ và nhận thức [51]. Hiện tại, có
khoảng 50 triệu bệnh nhân AD trên toàn thế giới và con số này được dự báo sẽ tăng
gấp đôi sau mỗi 5 năm và sẽ tăng lên tới 152 triệu vào năm 2050 [23]. Tỷ lệ mắc là
5% ở quãng tuổi 65 và 20% cho người trên 85 tuổi [6]. Tại Việt Nam, yếu tố gây
bệnh đáng kể đầu tiên là chất độc da cam từ chiến tranh, vào năm 2020 sẽ khoảng
432.000 cựu chiến binh mắc bệnh Alzheimer, trong đó có khoảng 140.000 trường
hợp liên quan đến phơi nhiễm chất độc chiến tranh [96].
Nguyên nhân cơ bản của những thay đổi bệnh lý trong bệnh Alzheimer vẫn
chưa được biết. Một số giả thuyết được suy giảm chức năng cholinergic là một yếu
tố nguy cơ quan trọng đối với bệnh Alzheimer, trong khi những giả thuyết khác cho
rằng nguyên nhân do sự thay đổi trong sản xuất amyloid β-protein. Tuy nhiên, hiện
nay, không có lý thuyết nào được chấp nhận để giải thích cơ chế bệnh sinh của bệnh
Alzheimer [19, 75]. Số lượng các giả thuyết được đề xuất trong suốt nhiều năm để
mô tả nguyên nhân gốc rễ của AD như sản xuất β-amyloid, giả thuyết cholinergic,
độc tính kích thích và giả thuyết stress oxy hóa [62].
Các loại thuốc được sử dụng hiện nay chỉ giải quyết các triệu chứng của
bệnh Alzheimer và có nhiều phương pháp tiếp cận bao gồm các hợp chất tự nhiên
và tổng hợp đã được áp dụng để chống lại bệnh Alzheimer [37]. Bacopa monnieri
(hay còn gọi là Brahmi) là một loại thảo mộc Ayurvedic được biết đến là có hiệu
quả trong các chứng rối loạn thần kinh từ thời cổ đại [2].
Trên cơ sở đó, đề tài “Đánh giá tác dụng điều trị bệnh Alzheimer của các
hợp chất trong cây Rau đắng biển (Bacopa monnieri (L.) Wettst.) bằng phương
pháp docking phân tử” được tiến hành với 2 mục tiêu chính:
1. Sàng lọc các hợp chất có trong cây Rau đắng biển có tác dụng ức điều
trị bệnh Alzheimer bằng phương pháp docking phân tử
2. Nghiên cứu các đặc điểm giống thuốc và tính toán các thông số dược
động học và độc tính của các hợp chất tốt nhất thu được sau quá trình
sàng lọc.

1
 CHƯƠNG 1: TỔNG QUAN

1.1. Tổng quan về bệnh Alzheimer

1.1.1. Giới thiệu về bệnh Alzheimer
Bệnh Alzheimer (được đặt theo tên của nhà tâm thần học người Đức Alois
Alzheimer) là loại bệnh mất trí nhớ phổ biến nhất và được biết đến như là một bệnh
thoái hóa thần kinh tiến triển chậm. Đây là một trong những nguyên nhân phổ biến
của chứng sa sút trí tuệ và chủ yếu được phân biệt bởi sự suy giảm dần dần của trí
nhớ và nhận thức [51].
Bệnh Alzheimer đặc trưng bởi các mảng thần kinh và đám rối sợi thần kinh
(Hình 1.1) là kết quả của sự tích tụ amyloid-beta peptide (Aβ) trong vùng bị ảnh
hưởng nhiều nhất của não, thùy thái dương trung gian và các cấu trúc thần kinh
[23].

Hình 1.1: Cấu trúc của não và tế bào thần kinh trong khỏe mạnh (a) và tế bào thần
kinh trong não bị bệnh Alzheimer (b)
Bệnh Alzheimer, một bệnh lý nhận thức thần kinh, là nguyên nhân phổ biến
nhất của sa sút trí tuệ; chiếm tới 60 tới 80% nguyên nhân sa sút trí tuệ ở người cao
tuổi. Trên thế giới có hàng triệu người mắc bệnh Alzheimer và sa sút trí tuệ, Tổ
chức Y tế Thế giới (WHO) ước tính số người mắc bệnh Alzheimer đang tăng nhanh

2
[56]. Hiện tại, có khoảng 50 triệu bệnh nhân AD trên toàn thế giới và con số này
được dự báo sẽ tăng gấp đôi sau mỗi 5 năm và sẽ tăng lên tới 152 triệu vào năm
2050 [23]. Ở Mỹ, ước tính có khoảng 13% số người ≥ 65 và 45% người ≥ 85 bị
bệnh Alzheimer. Bệnh này tỷ lệ mắc ở phụ nữ như nam giới, một phần vì phụ nữ có
tuổi thọ dài hơn. Tỷ lệ hiện mắc ở các nước công nghiệp hóa dự kiến sẽ tăng lên do
tỷ lệ người cao tuổi tăng lên [12].
Theo Hội thần kinh học Việt Nam, Bệnh Alzheimer là bệnh của người cao
tuổi. Tỷ lệ mắc là 5% ở quãng tuổi 65 và 20% cho người trên 85 tuổi [6]. Tại Việt
Nam, yếu tố gây bệnh đáng kể đầu tiên là chất độc da cam từ chiến tranh, các nhà
nghiên cứu ước lượng, vào năm 2020 sẽ khoảng 432.000 cựu chiến binh mắc bệnh
Alzheimer, trong đó có khoảng 140.000 trường hợp liên quan đến phơi nhiễm chất
độc chiến tranh [96].
1.1.2. Các giai đoạn của bệnh
Các giai đoạn lâm sàng của bệnh Alzheimer có thể được phân loại thành:
1. Giai đoạn tiền lâm sàng hoặc giai đoạn tiền triệu chứng, có thể kéo dài
vài năm hoặc hơn. Giai đoạn này được đặc trưng bởi mất trí nhớ nhẹ
và thay đổi bệnh lý sớm ở vỏ não và hồi hải mã, không có suy giảm
chức năng trong các hoạt động hàng ngày và không có các dấu hiệu và
triệu chứng lâm sàng của bệnh Alzheimer [16, 33, 38].
2. Giai đoạn nhẹ hoặc giai đoạn đầu của bệnh, một số triệu chứng bắt
đầu xuất hiện, chẳng hạn như bệnh nhân gặp khó khăn trong cuộc
sống hàng ngày, mất tập trung và trí nhớ, mất phương hướng về địa
điểm và thời gian, thay đổi tâm trạng, và sự phát triển của bệnh trầm
cảm [16, 98].
3. Giai đoạn bệnh Alzheimer phát triển trung bình, trong đó bệnh lây lan
đến các vùng vỏ não dẫn đến mất trí nhớ ngày càng tăng, khó nhận
biết gia đình và bạn bè, mất kiểm soát xung động và khó đọc, viết và
nói [16].
4. Alzheimer giai đoạn nặng hoặc giai đoạn muộn, bao gồm sự lây lan
của bệnh đến toàn bộ vùng vỏ não với sự tích tụ nghiêm trọng của các
mảng thần kinh và các đám rối sợi thần kinh, dẫn đến suy giảm chức
năng và nhận thức tiến triển mà bệnh nhân không thể nhận ra gia đình
của và có thể nằm liệt giường, khó khăn trong việc nuốt và đi tiểu, và

3
 cuối cùng dẫn đến cái chết của bệnh nhân do những biến chứng này
[20, 33].
1.1.3. Nguyên nhân và cơ chế bệnh sinh
Bệnh Alzheimer đã được coi là một bệnh đa yếu tố liên quan đến một số yếu
tố nguy cơ (Hình 1.2) chẳng hạn như tuổi tác ngày càng tăng, các yếu tố di truyền,
chấn thương đầu, bệnh mạch máu, nhiễm trùng và các yếu tố môi trường (kim loại
nặng, kim loại vi lượng, và các yếu tố khác) [23].

Hình 1.2: Các yếu tố nguy cơ của bệnh Alzheimer

Nguyên nhân cơ bản của những thay đổi bệnh lý trong bệnh Alzheimer vẫn
chưa được biết. Một số giả thuyết được đưa ra như một nguyên nhân gây ra bênh
Alzheimer nhưng hai trong số chúng được cho là nguyên nhân chính: một số người
tin rằng sự suy giảm chức năng cholinergic là một yếu tố nguy cơ quan trọng đối
với bệnh Alzheimer, trong khi những giả thuyết khác cho rằng nguyên nhân do sự
thay đổi trong sản xuất amyloid β-protein. Tuy nhiên, hiện nay, không có lý thuyết
nào được chấp nhận để giải thích cơ chế bệnh sinh của bệnh Alzheimer [19, 75].
1.1.4. Các giả thuyết về các đích phân tử trong bệnh Alzheimer
Các dấu hiệu bệnh lý chính của bệnh Azheimer bao gồm mất tế bào thần
kinh và khớp thần kinh lan rộng, sự hiện diện quá mức của tế bào hình sao, và sự

4
kết tụ của nhiều chất lắng đọng protein, ví dụ như mảng β-amyloid và đám rối sợi
thần kinh (NFT) [70]. Số lượng các giả thuyết được đề xuất trong suốt nhiều năm để
mô tả nguyên nhân gốc rễ của AD như sản xuất β-amyloid, giả thuyết cholinergic,
độc tính kích thích và giả thuyết stress oxy hóa [62] như được tóm tắt trong Hình
1.3.

Hình 1.3: Cơ chế bệnh sinh của bệnh Alzheimer và sự can thiệp điều trị
(1) Kích hoạt chất ức chế acetylcholine (ACh) dẫn đến thâm hụt ACH trong
não bị ảnh hưởng và thuốc ức chế acetylcholinesterase (Donepezil).
(2) Sự tạo và tổng hợp aβ và các vị trí của nó để can thiệp điều trị. Tất cả các
loại thuốc hiện được sử dụng trong lĩnh vực này đều đang trong giai đoạn thử
nghiệm lâm sàng.
(3) Ứng suất oxy hóa; ROS có thể làm trầm trọng thêm và kích hoạt bệnh,
chất chống oxy hóa có thể hữu ích.
(4) Rối loạn chức năng glutamatergic và sự kích thích đóng vai trò trong cơ
chế bệnh sinh của bệnh Alzheimer. Thuốc đối kháng thụ thể NMDA (Memantine)
là lựa chọn điều trị
Các mảng lão hóa là đặc điểm thần kinh chính và phân biệt của AD liên quan
trực tiếp đến sự khởi phát và tiến triển của nó [4]. Việc sản xuất amyloid beta (Aβ)
diễn ra bởi sự phân cắt protein của protein beta-secretase trên protein tiền thân
amyloid (APP) [58]. Aβ chủ yếu được chia thành hai dạng đồng dạng, dựa trên độ
dài của axit amin, Aβ của 40 gốc axit amin (Aβ40) và Aβ của 42 gốc axit amin
(Aβ42) là hai dạng đồng dạng. Mặc dù Aβ42 chỉ khác nhau ở 2 axit amin, nhưng nó
lại gây độc cho thần kinh hơn nhiều và tổng hợp nhanh hơn so với Aβ40. Trong

5
dịch não tủy (CSF), sự hiện diện của Aβ42 là một dấu ấn sinh học nổi tiếng của
bệnh Alzheimer, và được sử dụng trong cả nghiên cứu và trong thực hành lâm sàng
[53]. Mức độ tăng của Aβ42 so với Aβ40 thường được coi là đóng một vai trò quan
trọng. Tỷ lệ Aβ42/Aβ40 tăng lên có liên quan chặt chẽ đến sự đột biến presenilin và
liên quan đến khởi phát sớm của bệnh Alzheimer [47]. Mặc dù Aβ40 có mặt ở trong
não nhiểu hơn Aβ42, nhưng Aβ42 là thành phần chính trong mảng amyloid, do tính
chất dễ kết tụ của nó [47].
Alzheimer cũng được đặc trưng bởi sự thiếu hụt cholinergic trong não bị ảnh
hưởng. Các tế bào thần kinh giải phóng acetylcholine, đặc biệt là ở các thân tế bào
nằm trong não trước bị thoái hóa trong bệnh Alzheimer, ảnh hưởng đến các chức
năng nhận thức và trí nhớ vì những tế bào thần kinh này rất quan trọng trong hoạt
động bình thường của vỏ não và các cấu trúc liên quan. Trong bệnh Alzheimer có
sự biến đổi và thay đổi tính đa hình của acetylcholinesterase (AChE) trong não [27].
Mức độ AChE tăng lên xung quanh các mảng Aβ và NFT là đặc điểm thường được
báo cáo trong bệnh Alzheimer. Liệu pháp điều trị bệnh Alzheimer hiện tại chủ yếu
dựa trên việc sử dụng các chất ức chế AChE (AChE-I). Tác dụng của những AChE-
I này là tạm thời do sự điều hòa hoạt động của AChE sau khi điều trị AChE-I mãn
tính [41].
Một cơ chế khác của bệnh Alzheimer là do sự hiện diện quá mức của các loại
oxy phản ứng (ROS) trong ty thể. Sự gia tăng ROS này là do lão hóa hoặc căng
thẳng và nếu hệ thống chống oxy hóa của cơ thể không thể đối phó với tình trạng
này thì bệnh có thể phát triển. Vai trò của stress oxy hóa trong Alzheimer được thể
hiện rõ ràng từ thực tế là não của những bệnh nhân này bị tổn thương oxy hóa đáng
kể [50]. Monoamine oxidase (MOA), cũng tham gia vào AD bằng cách tăng ROS
trong não. MAO và các isoenzyme của nó tức là MAO-A và MAO-B có trách
nhiệm xúc tác các amin sinh học, như serotonin, dopamine và norepinephrine, do
đó, sự ức chế của nó dẫn đến tăng mức độ dẫn truyền thần kinh trong CNS [88].
Tương tự, glutamate dẫn truyền thần kinh kích thích quan trọng có liên quan
đến sự dẻo dai của khớp thần kinh và cũng có liên quan đến bệnh Alzheimer. Rối
loạn chức năng trong hệ thống glutamate được phát hiện có liên quan đến căng
thẳng oxy hóa liên kết peptit Aβ. Stress oxy hóa dẫn đến giảm hoạt động của
glutamate synthase, dẫn đến mức glutamate trong não cao hơn đáng kể [24]. Sự
kích hoạt quá mức của thụ thể N-methyl-D-aspartate (NMDA) do quá nhiều
glutamate dẫn đến dòng chảy liên tục các ion canxi (Ca2+) vào các tế bào thần kinh,

6
tạo ra độc tính kích thích chậm ở mức sau synap, cuối cùng dẫn đến tác dụng thoái
hóa thần kinh dần dần ở bệnh nhân Alzheimer [72]. Do đó, các chất đối kháng thụ
thể NMDA có thể có lợi về mặt điều trị trong điều trị bệnh Alzheimer.
1.1.5. Điều trị
Việc ức chế các mục tiêu này riêng lẻ bằng các loại thuốc hiện đang được
phê duyệt hoặc đang phát triển đã được chứng minh là tương đối không thành công
trong việc đảo ngược sự tiến triển của bệnh Alzheimer [63].
Triệu chứng liên quan đến nhận thức ảnh hưởng đến trí nhớ, khả năng nhận
biết, ngôn ngữ, óc phán đoán và các quá trình tư duy khác. Hiệp hội Quản lý Thuốc
và Thực phẩm (FDA) Hoa Kỳ đã phê chuẩn lưu hành hai loại thuốc dùng để điều trị
các triệu chứng liên quan đến nhận thức của bệnh Alzheimer's.
Chất ức chế cholinesterase giúp ngăn ngừa sự giảm hàm lượng acetylcholine,
một chất dẫn truyền thần kinh quan trọng cho quá trình ghi nhớ và học hỏi. Bằng
cách giữ cho hàm lượng acetylcholine ở mức cao, những loại thuốc này sẽ hỗ trợ
cho quá trình truyền tín hiệu giữa các tế bào thần kinh. Ba loại chất ức chế
cholinesterase thường được kê trong đơn thuốc là:
1. Donepezil (Aricept), được cấp phép dùng để điều trị trong tất cả các
giai đoạn của bệnh Alzheimer's.
2. Rivastigmine (Exelon), được cấp phép dùng để điều trị bệnh
Alzheimer's trong giai đoạn nhẹ và vừa.
3. Galantamine (Razadyne), được cấp phép dùng để điều trị bệnh
Alzheimer's trong giai đoạn nhẹ và vừa.
Memantine (Namenda) giúp điều hòa hoạt động của glutamate, một loại chất
chuyển dẫn truyền thần kinh khác liên quan đến quá trình ghi nhớ và học hỏi. Loại
thuốc này được cấp phép dùng để điều trị bệnh Alzheimer trong giai đoạn vừa và
giai đoạn nặng [15].
Một giải pháp nằm trong phương pháp tiếp cận đa dược lý để thay đổi các
hoạt động của nhiều mục tiêu trong số này cùng một lúc, đặc biệt là những mục tiêu
liên quan đến sự tiến triển của bệnh. Nhiều loại thuốc đích như vậy được phát triển
cho bệnh Alzheimer đã nhắm vào hai hoặc nhiều mục tiêu đã biết (cholinesterase,
BACE1, MAO, NMDA) hoặc có các đặc tính làm chậm tiến triển của bệnh, chẳng
hạn như thải sắt, giảm stress oxy hóa hoặc có khả năng chống viêm, hoặc có thể
ngăn ngừa Aβ hoặc tập hợp protein tau [101]. Các phối tử để phối hợp thuốc mục

7
tiêu nên được đánh giá dựa trên sự tiến triển của bệnh để xác định các phối hợp tốt
nhất có thể.
1.1.6. Trung tâm hoạt động của các đích phân tử
Acetylcholinesterase (AChE)
Vai trò sinh học chính của acetylcholinesterase (AChE) là chấm dứt sự
truyền xung động tại các khớp thần kinh cholinergic bằng cách thủy phân nhanh
chóng chất dẫn truyền thần kinh, acetylcholine (ACh) [3]. Các chất ức chế AChE
được sử dụng trong điều trị các rối loạn thần kinh cơ khác nhau [8], và đã cung cấp
thế hệ thuốc đầu tiên để điều trị bệnh Alzheimer [46].
Nghiên cứu cấu trúc ban đầu của Acetylcholinesterase cho thấy vị trí hoạt
động của AChE là một khe sâu 20 Å [91]. Vị trí xúc tác nằm ở đáy dưới cùng của
khe và chứa bộ ba xúc tác (H447, E334, và S203 trong AChE của con người). Vị trí
thứ hai hoặc vị trí ngoại vi vượt ra ngoài Y337 (AChE của con người) tại giao diện
vị trí xúc tác/ngoại vi đến lối vào của khe và chứa nhiều chuỗi bên thơm. Các
nghiên cứu động học và nhiệt động học đã chỉ ra rằng chất ức chế có thể tương tác
với một trong hai hoặc cả hai vị trí liên kết trong AChE. Vị trí ngoại vi góp phần
vào hiệu quả xúc tác bằng cách đảm bảo rằng hầu hết các phân tử cơ chất va chạm
và liên kết tạm thời với vị trí ngoại vi sẽ tiến tới vị trí xúc tác [92].
Monoamine oxidase A (MAO A)
Monoamine oxidase A là một flavoenzyme ngoài màng ngoài ty thể xúc tác
quá trình oxy hóa các chất dẫn truyền thần kinh như serotonin, dopamine và
norepinephrine. Các nghiên cứu gần đây đã chứng minh rằng sự thiếu hụt hoặc biểu
hiện thấp của enzym này dẫn đến tình trạng hung hăng trong hành vi cư xử [26].
MAO A có độ phân giải khoảng 3,0 Å. Cấu trúc ba chiều của MAO A bao
gồm ba miền như sau:
- Miền liên kết FAD (không cộng hóa trị)
- Miền liên kết cơ chất
- Miền xoắn ốc
Các phần tử cấu trúc chính của miền liên kết FAD (không cộng hóa trị) là
một tấm có hai cạnh β và  song song trung tâm [42]. Sự sắp xếp này tương ứng với
cấu trúc liên kết gấp cổ điển được quan sát thấy trong một số enzym liên kết
dinucleotide. Dựa trên cấu trúc tinh thể ba chiều polyamine oxidase, người ta cho

8
rằng Lys305, Trp397 và Tyr407 trong MAO A có thể tham gia vào liên kết không
cộng hóa trị với FAD. Tyr407 và Tyr444 trong MAO A giúp ổn định liên kết cơ
chất [88].
N-methyl-D-aspartate (NMDA)
Các thụ thể N-methyl-D-aspartate (NMDA) chiếm một vị trí độc nhất trong
số các kênh ion do phối tử tạo ra vì chúng yêu cầu cả glycine và glutamate để kích
hoạt, và sự khử cực màng để làm giảm sự ngăn chặn bởi Magie [28]. Các thụ thể
NMDA yêu cầu cả glycine và glutamate để kích hoạt với NR1 và vùng nhận dạng
chủ vận của tiểu đơn vị thụ thể NMDA được xác định bởi các phân đoạn polypeptit
S1 và S2 [89]. Cấu trúc NR1 S1S2 liên kết với glycine bộc lộ rõ ràng cấu trúc hai
lớp hoặc cấu trúc “vỏ sò” bao gồm các miền 1 và 2. Cấu trúc chất chủ vận toàn phần
và một phần của NR1 S1S2 chỉ ra rõ ràng rằng chất chủ vận ổn định tương tác liên
kết hydro giữa các gốc trên vùng 1 (Gln405) và vùng 2 (Trp731 và Asp732) trong
vùng lân cận của túi liên kết phối tử
Trong cấu trúc NR1 S1S2, Ala714 nằm ở đầu tận cùng N của chuỗi xoắn 1
và chỉ cách chuỗi bên của Gln405 3,8 Å. Chúng tôi gợi ý rằng đột biến Ala714
thành leucine làm mất ổn định cấu trúc khe hở khép kín liên kết với glycine của
NR1 S1S2, và do đó tác động của đột biến này là lớn nhất đối với chất chủ vận toàn
phần và một phần [39].

-secretase 1 (BACE-1)
Amyloid beta peptide (Aβ) được tạo ra thông qua quá trình phân giải protein
của một protein xuyên màng, protein tiền thân amyloid (APP), bởi β- và γ-secretase.
Sự tích tụ aβ trong não được cho là một sự kiện độc hại sớm trong cơ chế bệnh sinh
của bệnh Alzheimer, đây là dạng sa sút trí tuệ phổ biến nhất liên quan đến các mảng
và đám rối trong não. Cấu trúc của amyloid beta peptit, tạo thành cấu trúc chủ yếu
là xoắn alpha có thể được chuyển đổi thành cấu trúc tấm beta trong môi trường
giống như màng chính là thành phần protein của amyloid lắng đọng trong bệnh
Alzheimer. Các chuỗi bên của histidine-13 và lysine-16 nằm trên cùng một mặt của
chuỗi xoắn là gần nhau [31].
Vị trí hoạt động BACE1 chứa 2 Asp gồm hai gốc amino aspartate như Asp32
và Asp228. Các nghiên cứu gây đột biến chỉ ra tại địa điểm cho thấy rằng BACE1
mất hiệu lực đối với đột biến của một trong hai aspartate. Asp32 và Asp228 hoạt
động như axit - bazơ bằng cách thường xuyên thay đổi trạng thái proton hóa của

9
chúng. Do đó, việc xác định các trạng thái proton hóa chính xác của 2 aspartate là
rất quan trọng để khám phá các tương tác liên kết của các phối tử đối với BACE1.
Một số nghiên cứu đã được thực hiện để khám phá vai trò của 2 Asp32 và Asp228
đối với hoạt tính xúc tác của BACE1. Trạng thái proton của OD1 (nguyên tử hydro
không proton bên trong) trong Asp32 có lợi hơn về mặt năng lượng so với trạng thái
proton của OD1 trong Asp228 [52].
1.2. Tổng quan về cây Rau đắng biển (Bacopa monnieri (L.) Wettst.)
1.2.1. Giới thiệu – vị trí – phân loại – phân bố
Các loại thuốc được sử dụng hiện nay chỉ giải quyết các triệu chứng của
bệnh Alzheimer, nhưng không có tác dụng nào ảnh hưởng đến các quá trình làm cơ
sở cho sự phát triển của bệnh. Nhiều phương pháp tiếp cận bao gồm các hợp chất tự
nhiên và tổng hợp đã được áp dụng để chống lại bệnh Alzheimer [37]. Vì vậy, thuốc
thảo dược đã thu hút sự chú ý đáng kể trong những năm gần đây.
Trong giới thực vật, cây Rau đắng biển có trí như sau [13]:
Giới: Thực vật
Ngành: Ngọc Lan (Magnoliophyta)
Lớp: Ngọc Lan (Magnoliopsida)
Phân lớp: Hoa Môi (Lamiidae)
Bộ: Hoa Mõm Chó (Scrophulariales)
Họ: Hoa Mõm Chó (Scrophulariacese)
Chi: Bacopa
Loài: Bacopa monnieri (L.) Wettst.
Tên khác: Rau sam trắng, Rau sam đắng, cây Ruột gà, Ba kích.
Tên khoa học: Bacopa monnieri (L.) Wettst.
Tên đồng nghĩa: Herpetis monnieri (L.) H.B.K., Gratiola monniera L.,
Septas repens Lour., Bramia indica Lamk.
Bacopa monnieri (hay còn gọi là Brahmi) là một loại thảo mộc Ayurvedic
được biết đến là có hiệu quả trong các chứng rối loạn thần kinh từ thời cổ đại [2].
Nó thuộc họ Scrophulariaceae, đại diện cho 220 chi với hơn 4.500 loài.

10
 Cây Rau đắng biển phân bố rộng ở các vùng nhiệt đới và cận nhiệt đới,
thường mọc ở các vùng đất ngập nước ở miền nam Ấn Độ và Australia [85]. Ở Việt
Nam, cây phân bố ở khắp các vùng đồng bằng và trung du miền Bắc và miền Nam.
Cây ưa sáng thường mọc trên đất ẩm, pha cát lẫn với các loại cỏ thấp ở bờ ruộng,
các bãi cỏ ẩm từ vùng thấp lên tới độ cao 500 m, bãi sông, bờ kênh mương [13].

Hình 1.4: Vị trí phân bố của cây Rau đắng biển

1.2.2. Đặc điểm thực vật
Thân cỏ, mọc bò dài trên mặt đất, sống lâu năm. Thân nhẵn, màu xanh, thân
non đôi khi có màu hơi nâu đỏ, tiết diện tròn, mọng nước, có rễ ở mấu, phân nhánh
nhiều, mọc đứng. Thân dài từ 5 – 20 cm, lá có vị đắng [1].
Lá đơn, mọc đối, không lông, dày, mọng nước, có dạng hình muỗng hay hình
trứng ngược, tà ở đầu, dài 2-2,8 cm, rộng 0,5-0,7 cm, mép nguyên, không lông, ở 2
mặt lá có nhiều chấm lõm. Lá có màu xanh đậm ở mặt trên, xanh nhạt ở mặt dưới, 1
gân chính, gân phụ không rõ [1].
Hoa đơn độc, mọc ở nách lá, màu trắng hay màu tím nhạt. Hoa không đều,
lưỡng tính mẫu. Cuống hoa dài 2,6-5,6 cm, không lông, hai lá bắc con hình dải, dài
0,6 cm, ở đỉnh cuống hoa. Cánh hoa có lông, mỗi cánh hoa có 3 gân, dính nhau bên
dưới tạo thành ống dài 0,4 cm, đáy ống màu tím nhạt hay màu trắng [1].
Quả nang, hình trứng, kích thước 5 x 3 mm, có mũi, đựng trong đài nhẵn, vòi
nhụy tồn tại. Hạt nhỏ, nhiều, hình tam giác, có cạnh [1].

11
 Hình 1.5: Lá và hoa của cây Rau đắng biển
1.2.3. Thành phần hóa học
Các thành phần chính của cây Rau đắng biển (Bacopa monnieri) được cho là
các loại saponin triterpenoid được gọi là bacoside, với các đơn vị jujubogenin hoặc
pseudojujubogenin là đơn vị aglycone [87]. Bacoside bao gồm một họ gồm 12
saponin được gọi là bacopasides I – XII đã được xác định gần đây [29, 40]. Các
alkaloid như brahmine, nicotine và herpestine cùng với d-mannitol, apigenin,
hersaponin, monnierasides I – III, cucurbitacins và plantainoside B [5, 95]. Thành
phần được nghiên cứu nhiều nhất là bacoside A, được tìm thấy là sự kết hợp của
bacoside A3, bacopaside II, bacopasaponin C, và một đồng phân jujubogenin của
bacopasaponin C [34]. Những hợp chất trong cây Rau đắng biển được chiết xuất
thử nghiệm này được tiến hành bằng cách sử dụng chiết xuất từ toàn bộ cây và nồng
độ các hợp chất tìm được phụ thuộc vào bộ phận chúng được chiết xuất [18].
Trong một mẫu cây Rau đắng biển đã được xác định bacopaside I (5,37%),
bacoside A3 (5,59%), bacopaside II (6,9%), đồng phân của bacopasaponin C
(7,08%) và bacopasaponin C (4,18%). Việc thử nghiệm để tìm ra hoạt chất trong
cây Rau đắng biển là một nỗ lực không ngừng [79].
1.2.4. Tác dụng dược lý
Bacopa monnieri (L.) Wettst là một cây thuốc quan trọng trong các loại
thuốc Ayurvedic truyền thống của Ấn Độ, đã được sử dụng như một chất tăng

12
cường trí nhớ trong hệ thống y học Ayurvedic trong hơn 3000 năm [9]. Nó được sử
dụng trong y học cổ truyền để điều trị các rối loạn thần kinh khác nhau, hỗ trợ tiêu
hóa, cải thiện khả năng học tập, trí nhớ, và khả năng tập trung và giúp giảm bớt các
bệnh nhân lo âu và rối loạn, động kinh. Loại thảo mộc Bacopa giúp sửa chữa các tế
bào thần kinh bị tổn thương, tổng hợp tế bào thần kinh và phục hồi hoạt động của
khớp thần kinh, và cải thiện chức năng não [25, 57, 59].
Cây Rau đắng biển có các tác dụng dược lý bao gồm tăng cường trí nhớ, an
thần, chống trầm cảm, lo âu, chống oxy hóa, tăng cường nhận thức, chống ung thư,
chống động kinh, tác dụng tiêu hóa, nội tiết, tiêu hóa, tác dụng giãn cơ trơn, tim
mạch, giảm đau, hạ sốt, các hoạt động chống đái tháo đường, chống loạn nhịp,
chống ung thư, hạ huyết áp, kháng khuẩn, hạ sốt, chống viêm, bảo vệ thần kinh và
bảo vệ gan [78, 82]. Nó có một vai trò rất quan trọng trong các liệu pháp Ayurvedic
để điều trị các rối loạn nhận thức của quá trình lão hóa [ 8 , 11 ]. Các cơ chế đối với
tác dụng nhận thức của nó đã được đề xuất khá đa dạng, bao gồm ức chế
acetylcholinesterase (AChE), bảo vệ thần kinh chống oxy hóa, giảm β-amyloid,
điều biến chất dẫn truyền thần kinh như acetylcholine (Ach), 5-hydroxytryptamine
(5-HT), dopamine (DA), kích hoạt choline acetyltransferase, và tăng lưu lượng máu
não [18].
Tuy nhiên, người ta còn biết khá về khả năng của cây Rau đắng biển trong
việc chữa trị chứng viêm ở thần kinh trung ương (viêm thần kinh). Viêm thần kinh
được cho là có vai trò trong nhiều rối loạn thần kinh trung ương bao gồm các bệnh
thoái hóa thần kinh như bệnh Alzheimer và các bệnh tâm thần như lo âu, trầm cảm,
rối loạn lưỡng cực và tâm thần phân liệt. Viêm thần kinh ngắn hạn xảy ra khi thần
kinh trung ương bị thương hoặc trong thời gian bị bệnh, và là một phương tiện để
dọn sạch các mảnh vụn tế bào hoặc tiêu diệt mầm bệnh. Ngược lại, tình trạng viêm
dây thần kinh lâu dài lại gây bất lợi và có thể dẫn đến thoái hóa thần kinh, như đã
thấy trong các bệnh như bệnh Alzheimer, bệnh Parkinson và đa xơ cứng [71].
1.3. Phương pháp docking phân tử
Sự gia tăng hiểu biết về cấu trúc các protein bằng tinh thể học tia X (X-ray
crystallography) và cộng hưởng từ hạt nhân (NMR) dẫn đến việc sử dụng protein-
ligand docking để đánh giá ligand phù hợp cho các vị trí liên kết trở nên phổ biến.
Trong một thập kỷ vừa qua, docking là một trong những công cụ phổ biến nhất
trong thiết kế thuốc dựa trên máy tính (computer-aided drug design), được ứng

13
dụng để sàng lọc một lượng lớn các hợp chất nhằm hỗ trợ nghiên cứu và phát triển
thuốc.
1.3.1. Docking phân tử
Docking phân tử (Molecular Docking) là một kỹ thuật mô phỏng phân tử
nhằm dự đoán vị trí, định hướng và định lượng liên kết ưu tiên của một phân tử
thường được gọi là phối tử (ligand) với phân tử thứ hai thường được gọi là thụ thể
(receptor protein hay enzyme) [67]. Docking như một bài toán tìm vị trí và cấu hình
phù hợp nhất của một cơ chất gắn lên protein. Về mặt nhiệt động lực học, mục tiêu
chính là tìm ra cấu hình mà năng lượng tự do của toàn hệ là thấp nhất. Kỹ thuật
docking thường được sử dụng nhằm sàng lọc, chọn ra những hợp chất phù hợp nhất
trong quá trình thiết kế thuốc.
Về cơ bản, mục đích của việc ghép nối phân tử là đưa ra dự đoán về cấu trúc
phức hợp phối tử – thụ thể bằng cách sử dụng các phương pháp tính toán. Việc liên
kết phân tử bao gồm 2 bước có liên quan tới nhau. Đầu tiên, cần tìm kiếm cấu hình
phối tử phù hợp với vị trí hoạt động của protein bằng cách tạo cấu hình 3D hợp lý
cho ligand và liên kế chúng với protein (thuật giảo tìm kiếm – Search algorithm).
Sau đó, xếp hạng các sự phù hợp này thông qua một chức năng cho điểm (hàm tính
điểm – Scoring function) và đánh giá tương tác protein - ligand [67].
Nguyên lý docking như sau:

Hình 1.6: Nguyên lý docking

14
 Về lý thuyết, vùng tìm kiếm bao gồm tất cả sự định hướng và cấu dạng khi
liên kết protein và ligand. Tuy nhiên, trong thực tế, do giới hạn của máy tính, hầu
hết các chương trình chỉ sử dụng không gian đặc trưng cho sự linh động của ligand.
Rất nhiều kỹ thuật đã được ứng dụng như thuật toán so khớp (MA) dựa trên hình
dạng phân tử ánh xa phối tử vào vị trí hoạt động của protein về đặc điểm hình dạng
và thông tin hóa học. Phương pháp xây dựng tăng dần (IC) đưa phối tử vào một vị
trí hoạt động theo kiểu phân mảnh và tăng dần. Ngoài IC, phương pháp MCSS và
LUDI là các phương pháp dựa trên phân đoạn cho de novo thiết kế phối tử và sửa
đổi các phối tử đã biết có thể tăng cường liên kết của chúng với protein đích. Các
phương pháp ngẫu nhiên tìm kiếm không gian bằng cách sửa đổi ngẫu nhiên một
cấu trúc phối tử hoặc một tập hợp các phối tử như phương pháp Monte Carlo (MC)
tạo ra các tư thế của phối tử thông qua chuyển động quay liên kết, tịnh tiến thân
cứng hoặc quay. Các thuật toán di truyền (GA) tạo thành một lớp khác của các
phương pháp ngẫu nhiên. Phương pháp động lực học phân tử (MD) được sử dụng
rộng rãi như một phương pháp mô phỏng mạnh mẽ trong nhiều lĩnh vực mô hình
phân tử [67].
Hàm tính điểm (scoring function) được sử dụng để ước lượng các năng
lượng liên kết của phức hợp cấu tử – receptor. Năng lượng này được cho bởi hằng
số liên kết (Kd) và năng lượng tự do Gibbs (ΔGL). Các chức năng tính điểm dựa
trên trường lực cổ điển đánh giá năng lượng liên kết bằng cách tính tổng các tương
tác không liên kết (tĩnh điện và van der Waals). Phần mở rộng của các chức năng
cho điểm dựa trên trường lực xem xét các liên kết hydro, solvat hóa và entropi.
Trong các hàm cho điểm thực nghiệm, năng lượng liên kết phân hủy thành một số
thành phần năng lượng như liên kết hydro, tương tác ion, hiệu ứng kỵ nước và
entropy liên kết. Các hàm cho điểm theo kinh nghiệm có các thuật ngữ năng lượng
tương đối đơn giản để đánh giá, mỗi thuật ngữ trong các chức năng tính điểm theo
kinh nghiệm có thể được xử lý theo cách khác nhau bằng phần mềm khác nhau và
số lượng các thuật ngữ khác nhau. Các hàm tính điểm dựa trên kiến thức sử dụng
phân tích thống kê cấu trúc tinh thể phức hợp phối tử – protein để thu được tần số
tiếp xúc giữa các nguyên tử hoặc khoảng cách giữa phối tử và protein. Tính điểm
đồng thuận là một chiến lược gần đây kết hợp một số điểm số khác nhau để đánh
giá cấu trúc gắn kết [67].
Quy trình docking

15
 Quy trình docking được thực hiện qua ba bước: chuẩn bị cấu tử, chuẩn bị
protei, mô phỏng docking.
Chuẩn bị cấu tử
Cấu trúc các cấu tử có thể được tải về từ Pubchem, Asinex database hoặc
ZINC. Nếu cấu trúc phân tử đó không có sẵn, có thể xây dựng lại bằng các phần
mềm chuyên dụng như ChemDraw, ChemSketch, MarvinSketch…dựa trên công
thức phân tử, cấu trúc 2D và SMILES của phối tử. Sau khi có cấu trúc 3D, các phân
tử cần phải chỉnh sửa điện tích, gắn trường lực và tối ưu hóa năng lượng để chuẩn bị
cho docking.
Các thuật toán docking không thay đổi góc và độ dài liên kết, do vậy các
chương trình trên phải tối ưu phối tử trên phương diện mức năng lượng thấp nhất và
cấu trúc phù hợp với mức năng lượng đó.
Chuẩn bị protein
Cấu trúc tinh thể tia X của protein được lấy từ Ngân hàng dữ liệu protein
(Protein Data Bank – https://www.rcsb.org/). Ngoài ra, có thể tự xây dựng cấu trúc
protein bằng nhiều cách khác nhau, ví dụ như phương pháp mô hình hóa tương
đồng (Homology modeling) nếu cấu trúc không có sẵn. Sử dụng các phần mềm
chuyên dụng để loại nước và các cấu tử nhỏ (nếu có), gắn hydro, gắn trường lực và
chuẩn bị cho quá trình mô phỏng docking.
Mô phỏng docking
Trước khi tiến hành mô phỏng docking, cần khoanh vùng tìm kiếm (grid
box) cho thuật toán. Kích thước của vùng tìm kiếm cần được cân đối, không nên
quá lớn gây tốn kém thời gian và độ lặp lại không cao, cũng không nên quá nhỏ vì
phần mềm chỉ tìm kiếm được một vùng rất nhỏ, không có ý nghĩa. Thông thường, vị
trí vùng tìm kiếm được đặt ở trung tâm hoạt động của protein.
Phân tử nước đóng một vai trò quan trọng trong tương tác protein-ligand. Nó
tạo liên kết hydro, định hình và phân cực vị trí liên kết. Hầu hết các chương trình
docking giả định rằng vị trí của phân tử nước được biết từ cấu trúc tinh thể, và
người dùng chỉ phải chọn nên giữ lại phân tử nước nào.
Khi thực hiện docking, phần mềm sẽ tự động tìm kiếm và đưa ra cấu dạng
phù hợp với năng lượng thấp nhất. Việc phân tích các tương tác của các cấu dạng

16
thu được thực hiện trên các phần mềm chuyên dụng như MOE, Pymol, Discovery
studio...[14]
1.3.2. Quy tắc Lipinski về các hợp chất giống thuốc
Trong giai đoạn đầu phát hiện ra thuốc, khái niệm về chất giống thuốc là một
hướng dẫn hữu ích để đánh giá phân tử nào đó có khả năng tiếp tục được phát triển
thành thuốc hay không. Do đó, Lipinski và các cộng sự đã đề xuất “Quy tắc năm”
(Rule of 5 – RO5) vào năm 1997, đây là bộ lọc dựa trên quy tắc ban đầu và nổi
tiếng nhất về độ giống thuốc để phân biệt liệu một phân tử có được hấp thụ tốt qua
đường uống hay không:
- Trọng lượng phân tử (MW ) ≤ 500 Dalton
- Hệ số phân bố octanol/nước (log P ) ≤ 5
- Số lượng nhóm cho liên kết hydro (HBD) ≤ 5
- Số lượng nhóm nhận liên kết hydro (HBA) ≤ 10
- Độ khúc xạ mol (MR) từ 40 – 130 [11]
Theo “Quy tắc năm”, một phân tử sẽ không được tiếp tục nghiên cứu để phát
triển thành thuốc sử dụng đường uống nếu nó vi phạm nhiều hơn 3 quy tắc. Tuy
nhiên, các quy tắc này không phù hợp với các sản phẩm tự nhiên phức tạp vì chúng
được suy ra từ các phân tử nhỏ tương đối đơn giản. Các bộ quy tắc về các hợp chất
giống thuốc dựa trên các đặc tính lý hóa giúp đẩy nhanh quá trình phát triển thuốc
[65]. Các thông số hóa lý này liên quan đến khả năng hòa tan trong nước, tính thấm
ở ruột và bao gồm các bước đầu tiên trong sinh khả dụng đường uống. Nếu một hợp
chất không vượt qua quy tắc RO5, nó sẽ có nguy cơ gặp vấn đề khi sử dụng đường
uống. Tuy vậy một chất đáp ứng RO5 không đảm bảo nó sẽ trở thành thuốc, vì RO5
không đề cập đến các đặc điểm cấu trúc hóa học cụ thể được tìm thấy trong thuốc
và hợp chất không phải thuốc [64].
1.3.3. Dự đoán các thông số dược động học và độc tính (ADMET)
Các yếu tố liên quan đến dược động học hấp thụ, phân phối, chuyển hóa, thải
trừ và độc tính (ADMET) đóng những vai trò quan trọng trong việc phát hiện và
phát triển thuốc. Một ứng cử viên thuốc không chỉ phải có đủ hiệu quả so với mục
tiêu điều trị mà còn phải thể hiện các đặc tính ADMET thích hợp ở liều điều trị. Do
đó, rất nhiều mô hình in silico được phát triển để dự đoán các đặc tính ADMET.
Phát hiện và phát triển thuốc là một nỗ lực rất phức tạp và tốn kém, bao gồm
lựa chọn bệnh, xác định và xác nhận mục tiêu, khám phá và tối ưu hóa quy trình,

17
thử nghiệm tiền lâm sàng và lâm sàng. Với sự phát triển của phương pháp in silico
trong những năm gần đây, số lượng các phân tử mới (NME) được Cơ quan Quản lý
Thực phẩm và Dược phẩm Hoa Kỳ (FDA) chấp thuận đã tăng lên rõ ràng [69]. Tuy
nhiên, vẫn có rất nhiều ứng cử viên thuốc không trở thành thuốc. Sự thiếu hiệu quả
về dược động học và độc tính là hai nguyên nhân chính dẫn đến thất bại của thuốc
[86]. Hơn nữa, các phương pháp thực nghiệm để đánh giá ADMET vẫn còn tốn
kém và mất thời gian và cần nhiều thử nghiệm trên động vật. Để giảm thiểu thất bại,
các chiến lược tính toán được các nhà hóa dược học tìm kiếm để dự đoán số phận
của thuốc trong cơ thể sinh vật, và xác định sớm nguy cơ độc tính [81, 99].
ADMET liên quan đến các mô hình in silico thường được sử dụng để sàng lọc
nhanh và sơ bộ các đặc tính của ADMET trước khi các hợp chất được nghiên cứu
thêm trong ống nghiệm [49, 97]. Hiện tại, có một số công cụ tính toán thương mại
và miễn phí để dự đoán các thuộc tính ADMET như ADMETlab, pkCSM,
Sanjeevini…

Hình 1.7: Các thuộc tính ADMET có thể được đánh giá bởi ADMETlab
Hầu hết các công cụ tính toán hiện có là các mô hình tập trung vào các thuộc
tính ADMET cụ thể và một số công cụ có thể đánh giá các thuộc tính ADMET khác
nhau đồng thời do kích thước và phương pháp dữ liệu còn hạn chế [7, 73]. Các nhà
phát triển công cụ tính toán ADMET cung cấp cho người dùng một giao diện thuận
tiện, dễ sử dụng và thân thiện với người dùng

18
 CHƯƠNG 2: NGUYÊN LIỆU, THIẾT BỊ, NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG
PHÁP NGHIÊN CỨU

2.1. Nguyên liệu và thiết bị

Chuẩn bị cấu trúc protein:
Cấu trúc tinh thể tia X của thụ thể N-metyl-D-aspartate (PDB ID: 1PBQ)
[39], enzyme -secretase 1 (PDB ID: 4X7I) [66], enzyme monoamine oxidase A
(PDB ID: 2Z5X) [88] và enzyme acetylcholinesterase (PDB ID: 4EY7) [32] được
lấy từ Ngân hàng dữ liệu protein (Protein Data Bank – https://www.rcsb.org/).

a b

c d

Hình 2.1: Cấu trúc 3D của các protein đích

a. Cấu trúc của thụ thể NMDA (PDB ID: 1PBQ)
b. Cấu trúc của enzyme BACE-1 (PDB ID: 4X7I)
c. Cấu trúc của enzyme MAO A (PDB ID: 2Z5X)
d. Cấu trúc của enzyme AChE (PDB ID: 4EY7)

19
 Chuẩn bị cấu trúc phối tử:
Bao gồm 50 hợp chất trong cây Rau đắng biển (Bacopa monnieri (L.)
Wettst.) được thu thập được từ các tài liệu [35, 55, 77], 4 thuốc đối chứng là
Memantine, LY2886721, Isocarboxazid (tên thương hiệu là Marplan), Donepezil;
trong đó, LY2886721 và Donepezil là phân tử đồng kết tinh của enzyme BACE-1
(PDB: 4X7I) và enzyme AChE (PDB: 4EY7). Cấu trúc của các hợp chất được tải về
từ cơ sở dữ liệu Pubchem (https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/). Đây là cơ sở dữ liệu
lớn nhất thế giới có thể truy cập thông tin miễn phí của các hợp chất hóa học, duy trì
bởi Trung tâm Thông tin Công nghệ sinh học Quốc gia, thuộc Thư viện Y khoa
Quốc gia Hoa Kỳ.
Thiết bị sử dụng:
Máy tính Dell Latitude E7450 – Hệ điều hành Windows 10.
Phần mềm:
Các phần mềm và công cụ sử dụng trong bài nghiên cứu này được tải về từ
trang web của nhà phát triển, bao gồm:
1. AutodockTools-1.5.6 (http://mgltools.scripps.edu/)
2. AutoDock Vina 1.1.2 (http://vina.scripps.edu/)
3. UCSF Chimera 1.15 (https://www.cgl.ucsf.edu/)
4. Avogadro (http://avogadro.cc/)
5. Discovery Studio 2021 Client (https://discover.3ds.com/)
6. Công cụ online pkCSM thực hiện tính toán các thông số ADMET
(http://biosig.unimelb.edu.au/pkcsm/)
7. Công cụ trực tuyến SCFBio thực hiện tính toán các thông số RO5
(http://www.scfbio-iitd.res.in/software/drugdesign/lipinski.jsp)
8. Chemdraw 19.0
9. Microsoft Office 2016

20
2.2. Nội dung nghiên cứu
Bước 1: Sàng lọc các hợp chất trong cây Rau đắng biển có tác khả năng ức
chế từ 2 trong 4 đích NMDA, BACE-1, MAO A, AChE của bệnh Alzheimer bằng
phương pháp docking phân tử
Bước 2: Nghiên cứu đặc điểm giống thuốc của các hợp chất có kết quả sàng
lọc docking phân tử tốt nhất thông qua các thông số lý hóa của hợp chất
Bước 3: Nghiên cứu đặc tính dược động học về hấp thu, phân bố, chuyển
hóa, thải trừ và độc tính (ADMET) của các hợp chất thỏa mãn tiêu chí về đặc điểm
giống thuốc, từ đó chọn ra các hợp chất tiềm năng có thể phát triển thành thuốc
2.3. Phương pháp nghiên cứu
2.3.1. Sàng lọc bằng docking phân tử
Cần thực hiện re-dock để đánh giá quá trình docking. Trong 4 cấu trúc
protein đã chọn chứa sẵn các ligand đồng kết tinh. Sau khi tách các phân tử đồng
kết tinh khỏi protein, xây dựng file .pdbqt, các phối tử đồng kết tinh được gắn lại
vào vị trí hoạt động trước khi sàng lọc. Đánh giá sự tương đồng của phân tử đồng
kết tinh gốc và sau khi re-dock, nếu giá trị độ lệch bình phương trung bình (RMSD)
nhỏ hơn hoặc bằng 1,5Å, tức là kết quả quá trình docking được chấp nhận [45].
Các bước thực hiện re-dock:
Bước 1: Tách phân tử đồng kết tinh khỏi protein, lưu phân tử ở định dạng
.pdb và chuyển sang định dạng .pdbqt
Bước 2: Chuẩn bị protein
Bước 3: Tiến hành dock phân tử đồng kết tinh đã tách ra bằng phần mềm
Autodock
Bước 4: Biểu diễn phức hợp protein-ligand bằng phần mềm Discovery
Studio, tiến hành loại bỏ protein và các phân tử khác, chỉ giữ lại cấu hình ligand có
kết quả tốt nhất.
Bước 5: Tính toán RMSD giữa ligand đồng kết tinh được tách ra và sau khi
thực hiện re-dock bằng phần mềm Chimera.
Chuẩn bị protein
Cấu trúc tinh thể tia X của thụ thể NMDA (PDB ID: 1PBQ), enzyme BACE-
1 (PDB ID: 4X7I), enzyme MAO A (PDB ID: 2Z5X) và enzyme AChE (PDB ID:

21
4EY7) được lấy từ Ngân hàng dữ liệu protein (Protein Data Bank –
https://www.rcsb.org/).
Tất cả các phân tử nước và các tinh thể bị loại bỏ khỏi phân tử protein bằng
phần mềm Discovery Studio 2021 Client. Sau đó, thêm vào các nguyên tử hydro bị
thiếu, tối ưu hóa hydro, gắn trường lực Kollman bằng AutodockTools 1.5.6. Thiết
lập thông số vùng hoạt động của protein thông qua kích thước hộp tìm kiếm (grid
box) và vị trí trục tọa độ. Vị trí vùng hoạt động để thực hiện phân tích docking được
xác định bởi vị trí của phối tử đồng kết tinh. Kích thước và tọa độ hộp lưới như sau
[63]:
Thụ thể NMDA (PDB ID: 1PBQ) có kích thước hộp tìm kiếm là 88.44 ×
75.98 × 62.82, tọa độ trục là 𝑥 = 34.69, 𝑦 = 28.13, 𝑧 = −20.09

Enzyme BACE-1 (PDB ID: 4X7I) có kích thước hộp tìm kiếm là 80 × 54 ×
62, tọa độ trục là 𝑥 = 27.692, 𝑦 = 54.44, 𝑧 = 86.58
Enzyme MAO A (PDB ID: 2Z5X) có kích thước hộp tìm kiếm là 55.36 ×
49.88 × 48.12, tọa độ trục là 𝑥 = 2.535, 𝑦 = 39.35, 𝑧 = −17.65
Enzyme AChE (PDB ID: 4EY7) có kích thước hộp tìm kiếm là 59.75 ×
61.25 × 72.51, tọa độ trục là 𝑥 = −2.91, 𝑦 = −40.11, 𝑧 = 30.86
Khoảng cách giữa các ô lưới mặc định là 0.375Å
Protein được lưu ở định dạng .pdbqt để chuẩn bị cho quá trình docking.
Chuẩn bị phối tử
Bao gồm các phân tử đồng kết tinh 5,7-dichlorokynurenic acid (gắn với thụ
thể NMDA) [39], LY2886721(gắn với BACE-1) [66], Harmine (gắn với MAO A)
[88], Donepezil (gắn với AChE) [32], 50 hợp chất trong cây Rau đắng biển (Bacopa
monnieri (L.) Wettst.) được thu thập được từ các tài liệu [35, 55, 77], 4 thuốc đối
chứng là Memantine, LY2886721, Marplan và Donepezil; trong đó, LY2886721 và
Donepezil là phân tử đồng kết tinh của enzyme BACE-1 (PDB: 4X7I) và enzyme
AChE (PDB: 4EY7).
Cấu trúc của 50 hợp chất trong cây và cấu trúc của 2 chất đối chứng được tải
về từ cơ sở dữ liệu Pubchem. Các phối tử đồng kết tinh được tách ra khỏi protein
bằng phần mềm Discovery Studio 2021 Client. Sau đó, chúng được tối ưu hóa, sử
dụng phương pháp Gradient liên hợp (Conjugate Gradients) bằng phần mềm
Avogadro và được chuyển sang định dạng .pdbqt bằng phần mềm AutoDock Tools-

22
1.5.6. Các phân tử đồng kết tinh được chuẩn bị cho quá trình re-dock, các phân tử
còn lại được chuẩn bị cho quá trình docking.
Redock
Để xác thược giao thức docking, các phối tử đồng tinh thể được re-dock lại
vào vị trí hoạt động của protein mục tiêu. Phân tử đồng kết tinh sau khi dock cần
phải đánh giá khả năng tương tác với protein, sử dụng phần mềm Discovery Studio
2021 Client. Sau đó, đánh giá sự tương đồng về cấu dạng của phối tử trước và sau
khi dock, sử dụng phần mềm Chimera 1.14. Quá trình thực hiện đạt yêu cầu nếu có
giá trị độ lệch bình phương trung bình gốc (RMSD) nhỏ hơn hoặc 1.5Å.
Thực hiện docking phân tử
Sử dụng phần mềm Autodock Vina. Sau khi kết thúc quá trình docking, đối
với các chất cần dock, cần đánh giá khả năng gắn kết của chúng thông qua tương
tác với acid amin trong vùng phản ứng và năng lượng tương tác của phối tử với
protein. Năng lượng tương tác được tính bởi hàm tính điểm (scoring function) mặc
định của Autodock Vina.
Quy trình docking này được sử dụng để sàng lọc các hợp chất có trong cây
Rau đắng biển (Bacopa monnieri (L.) Wettst.) được tải về từ CSDL PubChem. Sau
khi re-dock các phối tử đồng kết tinh, cho thấy tính hợp lý của quy trình. So sánh
năng lượng liên kết của các hợp chất với protein và năng lượng liên kết của các chất
đối chứng có khả năng ức chế sự hoạt động của protein tương ứng để tìm ra hợp
chất thỏa mãn các tiêu chí sau:
- Điểm số docking của phối tử thấp hơn hoặc bằng điểm số docking của
chất đối chứng
- Có khả năng ức chế từ 3 đích trở lên
- Cấu dạng có RMSD thấp nhất
- Tạo liên kết tốt với các axit amin tại vị trí hoạt động
Biểu diễn liên kết
Sử dụng phần mềm Discovery Studio 2021 Client để tìm tương tác của phối
tử với cấu trúc tinh thế của protein. Kết quả trả về là hình ảnh trực quan 2D và 3D
về các tương tác giữa phối tử và các acid amin ở trung tâm hoạt động

23
2.3.2. Nghiên cứu các đặc điểm giống thuốc
Quy tắc 5 (RO5) của Lipinski giúp so sánh các phân tử giống thuốc và không
giống thuốc. Một hợp chất có thể phát triển thành thuốc dùng đường uống nếu phân
tử tuân thủ nhiều hơn 2 quy tắc trong 5 quy tắc sau:
- Khối lượng phân tử (MW) nhỏ hơn 500 Dalton.
- Hệ số phân bố octanol/nước (log P) nhỏ hơn 5
- Ít hơn 5 nhóm cho liên kết hydro (HBD) (Số lượng các nhóm –NH và –
OH)
- Ít hơn 10 nhóm nhận liên kết hydro (HBA) (Bao gồm nguyên tử O và N)
- Độ khúc xạ mol (MR) phải nằm trong khoảng 40-130.
Bài này sử dụng công cụ trực tuyến (http://www.scfbio-
iitd.res.in/software/drugdesign/lipinski.jsp) [54, 73] (Hình 2.2) để đánh giá quy tắc
năm của Lipinski. Cấu trúc của hợp chất được tải xuống từ CSDL PubChem ở dạng
.sdf, sau đó chuyển sang cấu trúc 3D bằng phần mềm Avogadro và lưu lại ở dạng
.pdb, đặt ở pH 7.0.

Hình 2.2: Công cụ trực tuyến SCFBio thực hiện tính toán các thông số RO5
2.3.3. Nghiên cứu các đặc tính dược động học và độc tính (ADMET)
Để phân tích các đặc tính lý hóa của các hợp chất thỏa mãn quy tắc 5 của
Lipinski để ức chế protein đích, nghiên cứu dược lý trong mô hình in silico được dự
đoán bởi ADMET. ADMET bao gồm năm thông số: hấp thu, phân bố, chuyển hóa,
thải trừ và độc tính. ADMET đóng vai trò quan trọng để chứng minh khả năng
thành công của một loại thuốc. Cấu hình ADMET được dự đoán bằng cách sử dụng

24
công cụ pkCSM (http://biosig.unimelb.edu.au/pkcsm/) [73] (Hình 2.3) Dữ liệu đầu
vào là cấu trúc phân tử SMILES chính tắc của các hợp chất được lấy từ Pubchem
(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov) [61].

Hình 2.3: Công cụ trực tuyến pkCSM thực hiện dự tính các thông số ADMET
Thực hiện dự đoán các thông số ADMET bằng pkCSM bao gồm 2 bước:
- Bước 1: nhập công thức SMILES của hợp chất
- Bước 2: chọn ADMET để hiển thị đầy đủ các thông số.
Kết quả thu được là các thông số về hấp thu (tính tan trong nước, tính thấm
màng Caco2, hấp thu ở ruột), phân bố (tính thấm qua hàng rào máu não và hệ thần
kinh trung ương...), chuyển hóa (ức chế các enzyme chuyển hóa ở gan), thải trừ ở
thận và độc tính (độc tính AMES, độc tính gan...). Các hợp chất cũng được lựa chọn
dựa trên tính không có độc tính của chúng [73].

25
 CHƯƠNG 3: KẾT QUẢ

50 hợp chất có trong cây Rau đắng

biển được tải về từ PubChem

Phương pháp Docking

15 hợp chất

Quy tắc Lipinski

3 hợp chất

ADMET
3 hợp chất tiềm năng

Hình 3.1: Tóm tắt quá trình sàng lọc in silico

3.1. Mô phỏng protein docking
Trước khi sàng lọc các hợp chất, quy trình docking cần được đánh giá tính
phù hợp. Phối tử đồng kết tinh của từng protein cần được re-dock lại vào vị trí hoạt
động của protein mục tiêu để xác định độ lệch bình phương trung bình gốc
(RMSD), từ đó đánh giá tính phù hợp của các thông số docking. Đánh giá sự chồng
chất và giống nhau về cấu trúc trước và sau khi dock bằng cách sử dụng phần mềm
Chimera 1.14. Kết quả re-dock của phối tử đồng kết tinh với protein được thể hiện
trong Bảng 3.1.
Bảng 3.1: Kết quả re-dock và RMSD của phối tử đồng kết tinh với protein

Năng lượng
Protein PDB ID Phối tử đồng kết tinh liên kết ∆G RMSD (Å)
(kCal/mol)
5,7-dichlorokynurenic
NMDA 1PBQ -5.9 0.687
acid

26
 BACE 1 4X7I LY2886721 -9.0 0.873
MAO A 2Z5X Harmine -6.4 0.261
AChE 4EY7 Donepezil -12.0 0.990

Kết quả thu được sự chồng khít về cấu trúc phối tử đồng kết tinh trước và sau khi
thực hiện re-dock với NMDA, BACE 1, MAO A, AChE) với giá trị RMSD lần lượt
là 0.687Å; 0.873Å; 0.261Å; 0.990Å. Các giá trị RMSD đều nhỏ hơn 1.5Å, chứng tỏ
rằng kết quả của quá trình docking phân tử vào protein mục tiêu là đáng tin cậy.
Đánh giá quy trình docking NMDA (PDB ID: 1PBQ)

a. RMSD của 5,7-dichlorokynurenic acid

đồng kết tinh trước và sau khi re-dock
b. Minh họa hai chiều các tương tác
của 5,7-dichlorokynurenic acid tại vị trí
hoạt động của NMDA

Hình 3.2: Kết quả re-dock và tương tác của phối tử đồng tinh thể 5,7-
dichlorokynurenic acid với NMDA
Kết quả docking 5,7-dichlorokynurenic acid cho năng lượng liên kết ∆G = -
5.9 kCal/mol. Biểu diễn tương tác giữa 5,7-dichlorokynurenic acid và NMDA được
thể hiện như Hình 3.2 (b). Có thể thấy được 5,7-dichlorokynurenic acid tạo liên kết
hydro với các axit amin Ser180, liên kết - với Tyr184, liên kết -alkyl và alkyl
với Phe246 và Leu146, liên kết lực hấp dẫn với Arg131.

27
 Đánh giá quy trình docking BACE-1 (PDB ID: 4X7I)

a. RMSD của LY2886721 đồng kết tinh

trước và sau khi re-dock

b. Minh họa hai chiều các tương tác của

LY2886721 tại vị trí hoạt động của
NMDA

Hình 3.3: Kết quả re-dock và tương tác của phối tử đồng tinh thể LY2886721 với
BACE-1
Kết quả docking LY2886721 cho năng lượng liên kết ∆G = -9.0 kCal/mol.
Biểu diễn tương tác tạo liên kết -anion với Asp228, tạo liên kết - với Tyr71, liên
kết hidro với Thr329 và liên kết H–C với Phe108. Bên cạnh đó, có liên kết cho-cho
không thuận lợi với Thr232.
Đánh giá quy trình docking MAO A (PDB ID: 2Z5X)

a. RMSD của Harmine đồng kết tinh

trước và sau khi re-dock b. Minh họa hai chiều các tương tác của
Harmine tại vị trí hoạt động của MAO A

Hình 3.4: Kết quả re-dock và tương tác của phối tử đồng tinh thể Harmine với
MAO A

28
 Kết quả docking Harmine cho năng lượng liên kết ∆G = -6.4 kCal/mol. Biểu
diễn tương tác giữa Harmine và MAO A được thể hiện như Hình 3.4 (b). Có thể
thấy được Harmine tạo liên kết alkyl và -alkyl với các axit amin Leu259, Lys280,
Ile281, Leu277, Tyr402, Ala44, Ile273.
Đánh giá quy trình docking AChE (PDB ID: 4EY7)

a. RMSD của Donepezil đồng kết tinh

trước và sau khi re-dock b. Minh họa hai chiều các tương tác của
Donepezil tại vị trí hoạt động của
AChE

Hình 3.5: Kết quả re-dock và tương tác của phối tử đồng tinh thể Donepezil với
AChE
Kết quả Donepezil cho năng lượng liên kết ∆G = -12.0 kCal/mol. Biểu diễn
tương tác giữa Donepezil và AChE được thể hiện như Hình 3.5 (b). Có thể thấy
được Donepezil tạo liên kết - với Trp86, His447,Tyr341, Trp286; tạo liên kết
hydro với Phe295; tạo liên kết - với Phe339, Tyr341, Trp286; tạo liên kết alkyl
và -alkyl với Tyr337, Tyr341, Trp286, Leu289.
3.2. Tìm kiếm hợp chất tiềm năng từ kết quả docking
Sau khi chuẩn bị các phối tử, tiến hành dock 50 hợp chất tìm được trong cây
Rau đắng biển và 4 chất đối chứng vào vị trí hoạt động của 4 protein bao gồm
NMDA, BACE 1, MAO A, AChE để sàng lọc các phân tử có khả năng ức chế đích
đã chọn. Tọa độ vị trí hoạt động của protein và kích thước hộp tìm kiếm (grid box)
được thể hiện trong Bảng 3.2. Số vòng lặp là 8, khoảng cách giữa các ô lưới mặc
định là 0.375Å.

29
 Bảng 3.2: Kích thước hộp tìm kiếm và tọa độ vị trí hoạt động của protein
Protein NMDA BACE 1 MAO A AChE
(PDB ID) (1PBQ) (4X7I) (2Z5X) (4EY7)
Kích thước 88.44 80 55.36 59.75
hộp tìm kiếm × 75.98 × 54 × 49.88 × 61.25
(grid box) × 62.82 × 62 × 48.12 × 72.51
𝑥 = 34.69 𝑥 = 27.692 𝑥 = 2.535 𝑥 = −2.91
Tọa độ vị trí
𝑦 = 28.13 𝑦 = 54.44 𝑦 = 39.35 𝑦 = −40.11
hoạt động
𝑧 = −20.09 𝑧 = 86.58 𝑧 = −17.65 𝑧 = 30.86

Sau khi thực hiện docking 50 hợp chất và 4 chất đối chứng ức chế các
protein đã chọn, kết quả được thể hiện trong Bảng 3.3.
Bảng 3.3: Kết quả dock của 50 hợp chất trong cây rau đắng biển và 4 chất đối
chứng với 4 protein đích

Năng lượng liên kết với protein

(kCal / mol)
STT Tên chất
NMDA BACE 1 MAO A AChE
(1PBQ) (4X7I) (2Z5X) (4EY7)
1 3,4-dimethoxynnamic acid -5.7 -6.8 -7.0 -7.4
2 Alpha-alanine -3.6 -4.2 -4.2 -4.8
3 Apigenin -8.4 -9.1 -9.0 -10.3
4 Ascorbic acid -5.5 -6.0 -5.9 -6.2
5 Asiatic acid -7.7 -8.9 -6.8 -9.3
6 Asiaticoside -10.3 -12.6 -8.5 -12.4
7 Bacopasaponin A -9.7 -11.3 -8.1 -10.9
8 Bacopasaponin B -9.4 -10.7 -8.0 -10.1
9 Bacopasaponin C -10.2 -11.4 -9.2 -10.4
10 Bacopasaponin D -9.1 -10.9 -8.0 -9.8
11 Bacopasaponin E -9.9 -11.1 -9.0 -8.7
12 Bacopasaponin F -9.7 -10.5 -8.5 -12.0
13 Bacopasaponin G -9.6 -10.8 -8.7 -10.8
14 Bacopaside I -8.0 -9.8 -7.5 -10.3
15 Bacopaside II -10.8 -11.2 -8.8 -10.4

30
 Năng lượng liên kết với protein
(kCal / mol)
STT Tên chất
NMDA BACE 1 MAO A AChE
(1PBQ) (4X7I) (2Z5X) (4EY7)
16 Bacopaside III -9.1 -11.4 -8.7 -10.9
17 Bacopaside IV -10.7 -11.8 -8.8 -11.8
18 Bacopaside VIII -8.8 -9.4 -8.4 -11.1
19 Bacopaside XII -9.3 -9.7 -8.3 -10.9
20 Bacoside A -8.8 -9.7 -6.9 -10.2
21 Bacoside A1 -10.3 -9.9 -7.7 -10.5
22 Bacoside A3 -9.0 -10.5 -8.4 -11.5
23 Bacosine -9.5 -10.1 -6.8 -9.3
24 Bacosterol -7.1 -7.7 -5.5 -7.7
25 Beta-sitosterol -5.4 -8.8 -6.6 -8.4
26 Betulinic acid -7.9 -10.1 -6.4 -8.8
27 Brahmic acid -8.7 -10.0 -7.1 -9.2
28 Cucurbitacin A -8.6 -9.3 -6.4 -9.2
29 Cucurbitacin B -9.1 -9.6 -6.6 -9.9
30 Cucurbitacin C -7.8 -9.2 -6.4 -9.5
31 Cucurbitacin D -8.3 -9.6 -6.8 -9.7
32 Cucurbitacin E -7.8 -9.5 -6.8 -9.6
33 D-Mannitol -4.7 -5.3 -5.6 -6.0
34 Ebelin lactone -9.3 -9.8 -8.2 -9.9
35 Glutamic acid -4.4 -5.3 -5.3 -5.6
36 Jujubogenin -9.2 -10.7 -7.4 -10.3
37 Liliolide -6.8 -6.8 -6.1 -7.8
38 Luteolin -8.4 -9.5 -8.8 -10.4
39 Nicotine -5.5 -5.9 -6.1 -6.9
40 Oroxindin -9.3 -9.4 -7.5 -9.6
41 Plantainoside B -9.1 -8.8 -6.4 -9.2

31
 Năng lượng liên kết với protein
(kCal / mol)
STT Tên chất
NMDA BACE 1 MAO A AChE
(1PBQ) (4X7I) (2Z5X) (4EY7)
42 Pseudojujubogenin -8.5 -10.1 -7.1 -10.8
43 Quercetin -8.6 -9.6 -6.9 -10.2
44 Rosavin -8.5 -9.4 -7.9 -9.5
45 Serine -3.5 -4.5 -4.7 -4.6
46 Stearic acid -2.9 -5.1 -5.6 -6.3
47 Stigmastanol -5.8 -5.1 -5.7 -7.6
48 Stigmasterol -6.5 -8.6 -6.0 -8.2
49 Ursolic acid -7.9 -10.2 -7.0 -9.5
50 Wogonin -8.4 -8.8 -7.6 -10.0
C1 Memantine -6.9
C2 LY2886721 -9.0
C3 Marplan -8.2
C4 Donepezil -12.0
Để đánh giá khả năng của các hợp chất trong việc ức chế các protein mục
tiêu, cần phải so sánh điểm số docking của các phối tử với 4 chất đối chứng là
Memantine, LY2886721, Isocarboxazid, Donepezil. Memantine là chất đối kháng
thụ thể N-methyl-D-aspartate (NMDA), được sử dụng trong điều trị bệnh
Alzheimer [80]. LY2886721 là một chất ức chế vị trí có hoạt tính BACE1 đã đạt
được thử nghiệm lâm sàng giai đoạn 2 ở bệnh Alzheimer. LY2886721 có độ chọn
lọc cao chống lại các protease chính, gây ra phản ứng dược lực học Aβ trung ương
mạnh mẽ ở chuột, chó và con người [66]. Isocarboxazid (với thương hiệu là
Marplan) là một chất ức chế monoamine oxidase, được sử dụng trong điều trị chứng
trầm cảm nặng, rối loạn tính khí, rối loạn không điển hình, rối loạn hoảng sợ [21].
Donepezil là một chất ức chế acetylcholinesterase, được sử dụng để điều trị hành vi
và nhận thức của bệnh Alzheimer và các loại bệnh sa sút trí tuệ khác. Donepezil lần
đầu được FDA chấp thuận vào năm 2014 để điều trị Alzheimer thể vừa và nặng
[84]. Bốn loại thuốc này được chọn làm đối chứng dương vì nó đã được công bố
trên các tài liệu chính thống.

32
 Từ kết quả trong Bảng 3.3, thu được 15 hợp chất trong số 50 hợp chất có
điểm số docking tốt, có khả năng ức chế đồng thời 3 mục tiêu đích vì năng lượng
của chúng thấp hơn so với năng lượng liên kết của chất đối chứng.
3.3. Sàng lọc các hợp chất giống thuốc
Từ kết quả trên, 15 hợp chất tiếp tục được sàng lọc dựa trên quy tắc 5 của
Lipinski (RO5). Sử dụng công cụ trực tuyến (http://www.scfbio-
iitd.res.in/software/drugdesign/lipinski.jsp) để tính toán các thông số, các hợp chất
đáp ứng 2 hoặc nhiều hơn 2 tiêu chí RO5 được chấp nhận là những ứng cử viên
tiềm năng. Kết quả sàng lọc dựa trên RO5 được thể hiện trong Bảng 3.4.
Bảng 3.4: Kết quả RO5 của 15 hợp chất được lựa chọn từ kết quả docking
Khối Nhóm
Nhóm cho Độ khúc Hợp
lượng nhận liên
liên kết Log P xạ mol chất
STT Hợp chất phân tử kết
hydrogen <5 (MR) giống
(<500 hydrogen
(HBD<5) (40-130) thuốc
Da) (HBA<10)
1 Apigenin 270 3 5 2.420 70.814 Có
2 Asiaticoside 958 12 19 -1.03 231.492 Không
3 Bacopasaponin C 898 9 17 2.566 233.352 Không
4 Bacopasaponin D 766 7 13 2.000 192.154 Không
5 Bacopasaponin E 1030 11 21 3.171 265.343 Không
6 Bacopasaponin F 1060 12 22 0.806 267.806 Không
7 Bacopasaponin G 736 6 12 2.782 186.195 Không
8 Bacopaside II 928 10 18 1.271 237.077 Không
9 Bacopaside III 846 7 16 2.945 205.713 Không
10 Bacopaside IV 766 7 13 4.384 204.032 Không
11 Bacopaside VIII 1060 12 22 -0.14 262.201 Không
12 Bacopaside XII 1060 12 21 1.007 266.152 Không
13 Bacoside A3 928 10 17 1.912 235.166 Không
14 Ebelin lactone 454 1 3 7.018 134.511 Có
15 Luteolin 286 4 6 2.125 72.479 Có

33
 Kết quả cho thấy trong 15 hợp chất, có 3 hợp chất có đặc tính giống thuốc.
Các hợp chất thỏa mãn nhiều hơn 2 tiêu chí trong 5 tiêu chí của RO5. Trong đó có 2
hợp chất là Apigenin và Luteolin thỏa mãn cả 5 tiêu chí của RO5.
3.4. Dự đoán các thông số ADMET
Sau khi xác định các hợp chất có đặc điểm giống thuốc, tiếp tục sàng lọc các
đặc tính dược động học và độc tính (ADMET), gồm 5 thông số chính, bao gồm: hấp
thu, phân bố, chuyển hóa, thải trừ và độc tính. Kết quả được trình bày ở Bảng 3.5.
Bảng 3.5: Kết quả phân ADMET của Apigenin, Ebelin lactone và Luteolin

Đặc tính Ebelin

Apigenin Luteolin
lactone
Hấp thu
Tính thấm qua màng Caco2
1.007 1.181 0.096
(log Papp trong 10 -6 cm/s)
Hấp thu ở ruột (HIA) (%) 93.25 93.949 81.13
Phân bố
Qua hàng rào máu não
-0.734 0.016 -0.907
(BBB) (log BB)
Qua hệ thần kinh trung ương
-2.061 -2.251 -2.251
(CNS) (log PS)
Phân bố trong cơ thể người
0.822 0.045 1.153
(VDss) (log L/kg)
Chuyển hóa
Xúc tác CYP2D6 Không Không Không
Xúc tác CYP3A4 Không Có Không
Ức chế CYP2D6 Có Không Không
Ức chế CYP3A4 Có Không Không
Thải trừ
Thanh thải toàn phần
0.566 0.349 0.495
(Clr.) (log mL/phút/kg)
Cơ chất OCT2 ở thận
Không Không Không
(OCT2)
Độc tính
Khả năng đột biến (AMES) Không Không Không

34
 Đặc tính Ebelin
Apigenin Luteolin
lactone
Khả năng ức chế kênh kali ở
Không Không Không
tim (hERG)
Độc tính cấp tính ở chuột
2.45 2.169 2.455
(LD50) (mol/kg)
Gây đọc trên gan Không Không Không
Gây độc trên da Không Không Không

Sau quá trình sàng lọc khả năng ức chế protein đích, các đặc tính giống
thuốc, đặc tính về dược động học và độc tính, các ứng cử viên tốt nhất được chọn để
nghiên cứu sâu hơn và có tiềm năng phát triển thành thuốc. Ba hợp chất sau khi
phân tích ADMET với tiêu chí ưu tiên là không có độc tính, phân bố tốt qua hàng
rào máu não và hệ thần kinh, có khả năng hấp thu tốt có thể nghiên cứu sâu hơn trở
thành thuốc.
Về khả năng hấp thu của hợp chất, dựa vào các thông số về tính thấm qua
màng Caco2 và khả năng hấp thu ở ruột (HIA) [74]. Tính thấm qua màng Caco2 là
tiêu chuẩn được sử dụng để đánh giá tính thấm thấu của dược chất vào cơ thể, với
giá trị Caco2 > 0.9 (log Papp trong 10-6 cm/s) được coi là thấm tốt [73]. Bảng 3.5
cho thấy Apigenin và Ebelin lactone thấm khá tốt qua màng Caco2. Sự hấp thu
thuốc ở ruột (HIA) cũng là một trong những bước quan trọng trong quá trình vận
chuyển thuốc tới đích mục tiêu. Các hợp chất được đánh giá có giá trị HIA “cao”
nằm trong khoảng 80% – 100%, giá trị HIA “trung bình” nằm trong khoảng 30% –
79% và giá trị HIA “thấp” nằm trong khoảng < 29% [100]. Dựa trên kết quả trên
Bảng 3.5, hầu hết các hợp chất đều có HIA nằm trong khoảng “cao” (> 80%).
Đối với khả năng phân bố của các hợp chất, có ba chỉ số quan trọng đánh giá
sự phân bố của của một phân tử là khả năng thấm qua hàng rào máu não (log BB),
khả năng thấm qua hệ thần kinh trung ương (log PS) và thể tích phân bố trong cơ
thể (VDss). Sự bố của các hợp chất giữa máu và não là một yếu tố rất quan trọng
cần xem xét đối với các phân tử thuốc ứng cử viên mới. Các phân tử có log BB >
0.3 dễ dàng vượt qua hàng rào máu não (BBB) trong khi các phân tử có log BB <−1
được phân phối đến não khá kém [17]. Việc đi qua hàng rào máu não là một đặc
tính cần thiết cho phép các chất đạt được các tác dụng dược lý đặc biệt như ức chế
enzym AChE. Ba hợp chất được chọn đều có giá trị log BB nằm trong khoảng từ -1
– 0.3. Các hợp chất được cho là phân bố tốt tới các mô nếu giá trị log VDss > 0.45

35
và phân bố kém nếu log VDss < -0.15 [22]. Khả năng thấm qua hệ thần kinh (CNS)
được tính bằng giá trị log PS, một thuốc được đánh giá là có khả năng thấm qua
thần kinh nếu có log PS > -3 [90]. Kết quả thu được cả ba hợp chất đều có khả năng
phân bố tới các mô và hệ thần kinh, trong đó, thấm tốt nhất là Luteolin có log PS =
1.153.
Hệ cytochrome P450 là hệ enzyme quan trong trong quá trình chuyển hóa
thuốc ở gan. Hai kiểu hình chính của cytochrome P450 là CYP3A4 và CYP2D6.
Kết quả dự đoán cho thấy chỉ có Ebelin lactone bị chuyển quá qua enzyme CYP3A4
ở gan. Apigenin được dự đoán là có khả năng ức chế cả enzym CYP2D6 và enzyme
CYP3A4, vì vậy, Apigenin có thể làm tăng sinh khả dụng của thuốc hoặc dược chất
bị chuyển hóa bởi hệ enzyme này nếu chúng được sử dụng cùng nhau.
Thải trừ thuốc qua thận phụ thuộc vào khối lượng phân tử và tính ưa nước
của hợp chất. Tất cả các chất đều không phải cơ chất của OCT2 (chất vận chuyển
cation hữu cơ 2), đóng vai trò quan trọng trong quá trình đào thải các dạng ion hóa
của thuốc và các hợp chất nội sinh ở thận khi nó chiết xuất các chất từ máu vào tế
bào ống thận như là bước đầu tiên trong quá trình thải trừ. Giá trị độ thanh thải toàn
phần được trình bày ở Bảng 3.5.
Dự đoán độc tính từ thử nghiệm AMES (xét nghiệm đột biến ngược
Salmonella typhimurium) cho thấy cả ba phân tử được chọn đều không gây đột
biến. Dự đoán kết quả Apigenin, Ebelin lacton, Luteolin đều không cho kết quả độc
tính trên da và gan, không có khả năng ức chế kênh kali ở tim (HERG).
3.5. Mô tả tương tác của hợp chất với protein đích
Sau khi phân tích kết quả ADMET, 3 chất hợp chất được chọn là Apigenin,
Ebelin lactone và Luteolin được đánh giá là không có độc tính và có hoạt tính dược
động học tốt khá tốt. Mô tả tương tác của 4 hợp chất đối chứng là Memantine,
LY2886721, Isocarboxazid, Donepezil với tại trung tâm hoạt động của 4 protein
đích NMDA, BACE-1, MAO A, AChE. Tiếp theo, đánh giá tương tác giữa từng
phân tử đã chọn tại trung tâm hoạt động của protein. Liên kết phân tử với acid amin
tại vị trí hoạt động được minh họa hai chiều bằng phần mềm Discovery Studio 2021
Client.

36
 a b

c d

Hình 3.6: Tương tác của 4 chất đối chứng với 4 protein đích
a. Liên kết của Memantin với NMDA (PDB ID: 1PBQ)
b. Liên kết của LY2886721 với BACE-1 (PDB ID: 4X7I)
c. Liên kết của Marplan với MAO A (PDB ID: 2Z5X)
d. Liên kết của Donepezil với AChE (PDB ID: 4EY7)
Liên kết giữa Memantin tại vị trí hoạt động của thụ thể NMDA cho năng
lượng liên kết G = -6.9 kCal/mol. Biểu diễn liên kết trên Hình 3.6 (a) cho thấy

37
Memantin chỉ tạo một liên kết duy nhất là - với Tyr184 và liên kết yếu Van der
Waals với một số acid amin xung quanh.
Tương tự kết quả redock, LY2886721 cho năng lượng liên kết ∆G = -9.0
kCal/mol. Tạo liên kết hidro với Thr329 và liên kết H–C với Phe108. Bên cạnh đó,
phân tử LY2886721 còn tạo liên kết quan trọng là liên kết -anion với acid amin
Asp228 và liên kết xếp chồng giữa các vòng thơm - với Tyr71. Tuy nhiên, có
liên kết cho-cho không thuận lợi với Thr232 (Hình 3.6 (b)). .

Liên kết giữa cho năng lượng liên kết G = -8.2 kCal/mol tại vị trí hoạt động
của thụ thể MAO A. Kết quả biểu diễn liên kết của chất đối chứng Marplan tạo liên
kết -alkyl với Pro274, liên kết hydro với Arg51 và Arg45, liên kết - với Ile273
và Ala44, thể hiện lực hấp dẫn với Glu43 và liên kết - với Tyr402. Tồn lại một
liên kết nhận-nhận không thuận lợi với Ser403 (Hình 3.6 (c)).
Tương tự như kết quả redock, Donepezil cho năng lượng liên kết khá thấp
∆G = -12.0 kCal/mol. Biểu diễn tương tác giữa Donepezil và AChE được thể hiện
như Hình 3.6 (d) . Có thể thấy được Donepezil tạo liên kết - xếp chồng giữa các
vòng thơm với Trp86, His447,Tyr341, Trp286; tạo liên kết hydro với Phe295; tạo
liên kết - với Phe339, Tyr341, Trp286; tạo liên kết alkyl và -alkyl với Tyr337,
Tyr341, Trp286, Leu289.

38
3.5.1. Tương tác của Apigenin

a b

c d

Hình 3.7: Tương tác của Apigenin với 4 protein đích NMDA (a), BACE-1 (b),
MAO A (c) và AChE (d)
Biểu diễn liên kết tại vị trí hoạt động của protein đích, với thụ thể NMDA,
Apigenin không cho thấy sự tương đồng nào so với chất đối chứng là Menamtin.
Apigenin tạo liên kết hydro với Arg131, liên kết xếp chồng nhau - với Phe92,
liên kết - với Ser180, liên kết -anion với Asp224, liên kết -alkyl với Pro124
(Hình 3.7 (a)).

39
 Đối với BACE-1, chỉ có liên kết hydro của Apigenin với Trp277, Arg61 và
liên kết -alkyl với Val361, Arg61 (Hình 3.7 (b)).
Tương tác giữa Apigenin với MAO A cho thấy liên kết hydro với Lys280,
Val244, Ala44, Leu42 và liên kết -alkyl với Lys280 và Ile273. Bên cạnh đó còn có
liên kết - với Ile273 và Ala44, liên kết - với Tyr402 giống như tương tác của
chất đối chứng Marplan với MAO A (Hình 3.7 (c)).
Có duy nhất một liên kết tương đồng với Donepezil trong biểu diễn liên kết
của Apigenin với AChE là liên kết - với Tyr341. Ngoài ra còn liên kết xếp chồng
- với Trp286 và Tyr341, liên kết hydro với Gly121 và Gly122 (Hình 3.7 (d)).
Xung quanh Apigenin còn có liên kết yếu Van der Waals với các acid amin
tại vị trí hoạt động.
Xét về năng lượng tương tác của Apigenin với 4 đích đã chọn, dễ nhận thấy
Apigenin liên kết tốt nhất với AChE với mức năng lượng G = -10.3 kCal / mol và
liên kết kém hơn với BACE-1 (-9.1 kCal / mol), MAO A (-9.0 kCal / mol) và
NMDA (-8.4 kCal / mol). Mức năng lượng liên kết của Apigenin với 4 protein đích
tại vị trí hoạt động xấp xỉ nhau và khá thấp, thể hiện phức hợp giữa cơ chất và
protein đích có khả năng ổn định cao. Điều này phù hợp với việc hợp chất với
protein tạo nhiều liên kết bền vững với nhiều acid amin tại trung tâm hoạt động.

40
3.5.2. Tương tác của Ebelin lacton

a b

c d

Hình 3.8: Tương tác của Apigenin với 4 protein đích NMDA (a), BACE-1 (b),
MAO A (c) và AChE (d)
Tại vị trí hoạt động của thụ thể NMDA, Ebelin lactone cho liên kết - với
Tyr184 tương tự Memantin, bên cạnh đó còn cho liên kết hydro với Ser180, tạo liên
kết alkyl và -alkyl với Trp223 và Leu146 (Hình 3.8 (a)).

Trong tương tác với BACE-1, Ebelin lactone thể hiện liên kết - và liên kết
hydro với hai acid amin quan trọng là Tyr71 và Thr72, cùng với một liên kết  cho
hydro với Phe108 (Hình 3.8 (b)).

41
 Tương tác phối tử trong MAO A cho thấy Ebelin lactone liên kết alkyl và -
alkyl với ba acid amin là Ala44, Ile273 và Tyr402, liên kết hydro với Tyr402, tương
tự như chất đối chứng Marplan trong MAO A. Ngoài ra, liên kết alkyl và -alkyl
còn gắn với Leu277 và Lys280 trong protein (Hình 3.8 (c)).

Xung quanh Ebelin lacton còn có liên kết yếu Van der Waals với các acid
amin tại vị trí hoạt động.
Xét về năng lượng tương tác của Ebelin lactone với 4 đích đã chọn, tương tự
như Apigenin, dễ nhận thấy Ebelin lacton liên kết tốt nhất với AChE với mức năng
lượng G = -9.9 kCal / mol và liên kết kém hơn với BACE-1 (-9.8 kCal / mol),
NMDA (-9.3 kCal / mol) và MAO A (-8.2 kCal / mol). Mức năng lượng liên kết của
Luteolin với 4 protein đích tại vị trí hoạt động khá thấp, thể hiện phức hợp giữa cơ
chất và protein đích có khả năng ổn định cao.

42
3.5.3. Tương tác của Luteolin

a b

d
c

Hình 3.9: Tương tác của Luteolin với 4 protein đích NMDA (a), BACE-1 (b),
MAO A (c) và AChE (d)
Luteolin tại vị trí hoạt động của NMDA không cho liên kết với Tyr184 tương
tự như Memantin, thay vào đó, nó liên kết với khá nhiều acid amin tại vị trí hoạt
động, cụ thể là liên kết - với Ser180, liên kết hydro với Gln13 và Arg131, liên
kết -alkyl với Pro124, liên kết xếp chồng nhau - với Phe92 và liên kết -anion
với Asp224 (Hình 3.9 (a)).

43
 Với BACE-1, Luteolin không có liên kết với acid amin nào trùng với acid
amin liên kết với chất đối chứng LY2886721 tại vị trí hoạt động của BACE-1. Nó
thể hiện liên kết hydro với Trp277, Asp62 và Asp64, liên kết -alkyl với Val361 và
Arg61. Có một liên kết cho-cho không thuận lợi với Arg61 (Hình 3.9 (b)).
Với MAO A, Luteolin thể hiện khá nhiều, trong đó có liên kết với Ala44 và
Ile273 tương nhự như Marplan. Mô phỏng Luteolin tại vị trí hoạt động của MAO A
có liên kết hydro với Ala44 và Glu43, liên kết - với Ala44, Ile273 và Thr245,
liên kết -alkyl với Lys280. Tồn tại một liên kết cho-cho không thuận lợi với Ala44
(Hình 3.9 (c)).
Tại vị trí hoạt động của AChE, Luteolin cho liên kết với hai acid amin giống
với Donepezil là liên kết - với Tyr341 và liên kết - với Trp286. Ngoài ra còn
Luteolin còn liên kết với Arg296 bằng liên kết hydro (Hình 3.9 (d)).
Xung quanh Luteolin còn có liên kết yếu Van der Waals với các acid amin
tại vị trí hoạt động.
Xét về năng lượng tương tác của Luteolin với 4 đích đã chọn, tương tự như
Apigenin và Ebelin lacton, dễ nhận thấy Luteolin liên kết tốt nhất với AChE với
mức năng lượng G = -10.4 kCal / mol và liên kết kém hơn với BACE-1 (-9.5 kCal
/ mol), MAO A (-8.8 kCal / mol) và NMDA (-8.4 kCal / mol). Mức năng lượng liên
kết của Luteolin với 4 protein đích tại vị trí hoạt động khá thấp, thể hiện phức hợp
giữa cơ chất và protein đích có khả năng ổn định cao với nhiều liên kết bền vững.

44
 CHƯƠNG 4: BÀN LUẬN

4.1. Về kết quả

Bacopa monnieri (L.) Wettst là một loại dược thảo được tìm thấy ở khắp
châu Á và được biết đến với tác dụng tăng cường trí nhớ [60]. Trong mô hình động
vật, B.monnieri đã chứng minh hiệu quả trong điều trị chứng suy giảm nhận thức và
sa sút trí tuệ do tuổi tác [36, 94]. Những phát hiện này đã dẫn đến việc nghiên cứu
sâu hơn về sự suy giảm nhận thức của người lớn tuổi, điều này đã chứng minh lợi
ích đáng kể của B.monnieri trong việc phục hồi chức năng của vỏ não [30]. Những
nghiên cứu gần đây đã báo cáo những cải thiện đáng kể trong trí nhớ ở người lớn
tuổi khỏe mạnh [68], cũng như ở nhóm người lớn tuổi bị suy giảm trí nhớ do tuổi
tác [76] sau khi dùng B.monnieri. Những phát hiện này cho thấy hứa hẹn cho
nghiên cứu về lão hóa, với thoái hóa cholinergic là một đặc điểm lâm sàng chính
của cả suy giảm nhận thức liên quan đến tuổi tác và chứng mất trí nhớ Alzheimer
[43, 44].
Trong nghiên cứu này, 50 hợp chất có trong cây Rau đắng biển, được tổng
hợp từ các nguồn, cấu trúc các hợp chất được tải về từ cơ sở dữ liệu Pubchem. Sau
khi sàng lọc, 15 hợp chất cho thấy khả năng gắn kết với đích tốt hơn chất đối chứng.
Tuy nhiên chỉ có 3 hợp chất đáp ứng các tiêu chí của một dược chất đường uống
cho thấy tính khả quan về dược động học và độc tính là Apigenin, Ebelin lacton và
Luteolin.
4.1.1. Apigenin (Pubchem CID: 5280443)
Apigenin là một polyphenol thuộc nhóm flavonoid, chủ yếu hiện diện dưới
dạng glycosyl hóa với một lượng đáng kể trong rau (mùi tây, cần tây, hành) trái cây
(cam), thảo mộc (hoa cúc, cỏ xạ hương, rau kinh giới, húng quế) và đồ uống có
nguồn gốc thực vật (trà, bia và rượu) [48]. Apigenin có thể gây giãn cơ, an thần tùy
thuộc vào liều lượng, và nó cũng hoạt động như một chất chống oxy hóa, chống
viêm, chất bảo vệ thần kinh và tăng cường nhận thức có tiềm năng trong việc phòng
và điều trị bệnh Alzheimer [83].
Kết quả docking của Apigenin là cao hơn so với chất đối chứng của ba trong
4 đích đã chọn, đáp ứng cả 5 tiêu chí giống thuốc theo quy tắc RO5. Apigenin thấm
khá tốt qua màng Caco2 (log Papp =1.007), hấp thu tốt ở ruột (HIA = 93,25%). Khả
năng phân bố của apigenin cũng khá tốt, nó thấm được qua hàng rào máu não (log
BB > -1), đi vào hệ thần kinh trung ương (log PS > -3) và đi khắp cơ thể (VDss > -

45
0.15). Vì vậy, cần có các nghiên cứu và đánh giá sâu hơn về hiệu quả và tác dụng
của Apigenin trong việc điều trị các bệnh về thần kinh.
4.1.2. Ebelin lacton (Pubchem CID: 15559069)
Ebelin lacton là dẫn chất do quá trình thủy phân và acid hóa jujubogenin tạo
thành [10]. Theo nghiên cứu của Ramasamy và cộng sự , Ebelin lactone tạo ra ái lực
liên kết được dự đoán cao hơn đối với tất cả các thụ thể CNS và gắn kết mạnh hơn
với AChE trong mô hình in silico . Chúng cũng có các đặc tính giống như thuốc
trên thần kinh trung ương cho thấy rằng chúng sẽ cho thấy khả năng hấp thu và
phân bố tốt. Trong số các phối tử, ebelin lacton có liên kết mạnh nhất với tất cả các
thụ thể thần kinh trung ương và khả năng thâm nhập BBB được mong đợi cao nhất.
Sự khác biệt này có thể được giải thích bởi sự hiện diện của oxy cacbonyl của vòng
lacton trong ebelin lacton có ái lực liên kết cao nhất đối với các thụ thể M1 và 5-
HT2A [78].
Kết quả docking của Ebelin lacton cao hơn so với chất đối chứng Memantin
của NMDA, LY2886721 của BACE-1 và Marplan của MAO A, đáp ứng 3/5 tiêu
chí giống thuốc theo quy tắc RO5. Ebelin lacton thấm khá tốt qua màng Caco2 (log
Papp =1.181), hấp thu tốt ở ruột (HIA = 93,949%). Khả năng phân bố của Ebelin
lacton cũng khá tốt. Tương tự như Apigenin, nó thấm được qua hàng rào máu não
(log BB > -1), đi vào hệ thần kinh trung ương (log PS > -3) và đi khắp cơ thể (VDss
> -0.15). Vì vậy, cần có các nghiên cứu và đánh giá sâu hơn về hiệu quả và tác dụng
của Ebelin lacton trong việc điều trị các bệnh về thần kinh.
4.1.3. Luteolin (Pubchem CID: 5280445)
Luteolin (3,4,5,7-tetrahydroxy flavone) là một flavonoid được tìm thấy trong
các loại thực vật khác nhau như rau, dược liệu và trái cây. Nó hoạt động như một
chất chống ung thư chống lại nhiều loại khối u ác tính ở người như ung thư phổi,
ung thư vú, u nguyên bào thần kinh đệm, tuyến tiền liệt, ruột kết và ung thư tuyến
tụy. Nó cũng ngăn chặn sự phát triển của ung thư in vitro và in vivo bằng cách ức
chế sự tăng sinh của tế bào khối u, bảo vệ khỏi các kích thích gây ung thư và kích
hoạt quá trình bắt giữ chu kỳ tế bào, và bằng cách gây ra quá trình chết rụng thông
qua các con đường tín hiệu khác nhau [52]. Hơn nữa, Luteolin thâm nhập tốt hơn
vào não, ức chế cả microglia các tế bào mast, đã được báo cáo là làm giảm chứng
viêm thần kinh và rối loạn chức năng nhận thức, bao gồm cả bệnh Alzheimer ở
người và trong các mô hình động vật. Ngày nay, chứng “sương mù não” liên quan

46
đến hội chứng COVID kéo dài và việc sử dụng hóa trị liệu có thể được ngăn ngừa
hoặc giảm thiểu bằng cách sử dụng một cách thích hợp Luteolin [93].
Điểm số docking của Luteolin cao hơn so với chất đối chứng, đáp ứng 4/5
tiêu chí giống thuốc theo quy tắc RO5. Mặc dù kết Luteolin được chỉ số thấm qua
màng Caco2 khá thấp (log Papp =0.096) và khả năng hấp thu tốt ở ruột kém hơn
Apigenin và Ebelin lacton (HIA = 93,949%). Tuy nhiên, khả năng phân bố của
Luteolin thể hiện khá tốt. Tương tự như Apigenin và Ebelin lacton, nó thấm được
qua hàng rào máu não (log BB > -1), đi vào hệ thần kinh trung ương (log PS > -3)
và đi khắp cơ thể (VDss > -0.15). Vì vậy, cần có các nghiên cứu và đánh giá sâu
hơn về hiệu quả và tác dụng của Luteolin trong việc điều trị các bệnh về thần kinh
và một số bệnh ung thư khác.
4.2. Về phương pháp
Việc áp dụng phương pháp docing phân tử trong quá trình nghiên cứu và
phát triển thuốc đang được sử dụng rộng rãi. Kể từ lần đầu tiên xuất hiện vào giữa
những năm 1970, docking đã được chứng minh là một công cụ quan trọng để giúp
hiểu cách các hợp chất hóa học tương tác với các mục tiêu phân tử của chúng, cũng
như để phát hiện và phát triển thuốc. Trên thực tế, số lượng các nghiên cứu báo cáo
về việc sử dụng docking phân tử để xác định các yếu tố quyết định cấu trúc cần thiết
cho sự liên kết hiệu quả với thụ thể phối tử, và sự phát triển của các phương pháp
gắn kết chính xác hơn đã tăng lên nhiều kể từ lần đầu tiên xuất hiện.
Ngày nay, nhiều CSDL lớn về các hợp chất được cập nhật liên tục bởi các
nhà khoa học trên khắp thế giới, việc dự báo các đặc điểm giống thuốc, đặc tính
dược lý, dược động học trở nên dễ dàng hơn. Tất cả các thao thác đều thực hiện trên
máy tính để có thể sàng lọc một số lượng lớn các hợp chất trong CSDL, giúp tiết
kiệm thời gian, công sức và chi phí nghiên cứu.
Tuy nhiên, sàng lọc ảo sử dụng nhiều công cụ tính toán khác nhau, không có
sự đồng nhất nên dễ gây sai số lớn trong quá trình làm. Bên cạnh đó, việc sử dụng
các thuật toán thức tạp cũng dễ gây nhầm lẫn cho người dùng. Việc xác định cấu
trúc 3D của protein đích cũng gây nên nhiều sai khác giữa mô hình trên máy tính
với thực tiễn diễn ra trong cơ thể. Vì vậy, cần phối hợp các kỹ thuật docking với in
vitro, in vivo trong quá trình nghiên cứu và phát triển một hợp chất thành thuốc sử
dụng.

47
 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ

Kết luận
Từ kết quả nghiên cứu đã trình này ở trên, chúng tôi rút ra những kết luận
như sau:
- Từ 50 hợp chất tìm được trong cây Rau đắng biển, được tải về từ cơ sở dữ
liệu Pubchem, sau khi dock thu được 15 hợp chất có điểm số docking tốt
nhất, có khả năng liên kết tốt tại vị trí hoạt động của protein đích.
- Trong 15 hợp chất, chỉ có 3 hợp chất thỏa mãn điều kiện giống thuốc theo
quy tắc 5 của Lipinski.
- Sau đó, sàng lọc dưa trên đặc điểm về dược động học hâp thu, phân bố,
chuyển hó, thải trừ và độc tính (ADMET) của 3 hợp chất có tiềm năng thu
được là Apigenin (ID: 5280443), Ebelin lacton (ID: 15559069) và Luteolin
(ID: 5280445).
- Phân tích tương tác của 3 hợp chất với protein tại vị trí hoạt động, định
hướng phát triển thành thuốc điều trị Alzheimer trong tương lai.

Kiến nghị
Kết luận của nghiên cứu này dựa trên kết quả của phương pháp docking phân
tử. Nó có thể có nhiều hạn chế như sai số trong quá trình sàng lọc, sự sai khác giữa
mô hình máy tính với thực nghiệm. Vì vậy, để tiếp tục phát triển kết quả của nghiên
cứu này, chúng tôi có một số đề xuất như sau:
- Tiến hành nghiên cứu thêm về các chất đã sàng lọc dựa trên in vitro và in
vivo: thử hoạt tính, tính an toàn ở các nồng độ khác nhau, sự chuyển hóa và
thải trừ.
- Tiếp tục sử dụng phương pháp docking phân tử cho các nghiên cứu phát triển
thuốc điều trị bệnh Alzheimer đối với các đích khác, với các hợp chất khác.

48
 TÀI LIỆU THAM KHẢO

1. Akbar, Shahid (2020), "Handbook of 200 medicinal plants: A comprehensive

review of their traditional medical uses and scientific justifications".
2. Bammidi, Srinivasa Rao, et al. (2011), "A review on pharmacological studies
of Bacopa monniera". 1(2), p. 250.
3. Barnard, EA (1974), In Hubbard, JI (Ed.) The Peripheral Nervous System,
Editor^Editors, Plenum, New York, NY.
4. Basile, Livia (2018), "Virtual screening in the search of new and potent anti-
alzheimer agents", Computational modeling of drugs against Alzheimer’s
disease, Springer, pp. 107-137.
5. Chatterji, N, Rastogi, RP, and Dhar, ML (1963), "Chemical examination of
Bacopa monniera Wettst.: Part I-Isolation of chemical constituents".
6. Chương, PGS.TS. Nguyễn Một số vấn đề cần biết về bệnh Alzheimer,
accessed, from https://hoithankinhhocvietnam.com.vn/mot-so-van-de-can-
biet-ve-benh-alzheimer/.
7. Dong, Jie, et al. (2017), "ChemBCPP: a freely available web server for
calculating commonly used physicochemical properties". 171, pp. 65-73.
8. Goodman, Louis Sanford (1996), Goodman and Gilman's the
pharmacological basis of therapeutics, Vol. 1549, McGraw-Hill New York.
9. Joshi, Vinod Kumar, Joshi, Apurva, and Dhiman, Kartar Singh %J Journal of
ethnopharmacology (2017), "The Ayurvedic Pharmacopoeia of India,
development and perspectives". 197, pp. 32-38.
10. Kulshreshtha, DK and Rastogi, RP %J Phytochemistry (1973),
"Identification of ebelin lactone from Bacoside A and the nature of its
genuine sapogenin". 12(8), pp. 2074-2076.
11. Lipinski, Christopher A, et al. (1997), "Experimental and computational
approaches to estimate solubility and permeability in drug discovery and
development settings". 23(1-3), pp. 3-25.
12. Manual, MSD (2019), Bệnh Alzheimer, accessed, from
https://www.msdmanuals.com/vi/chuy%C3%AAn-gia/r%E1%BB%91i-
lo%E1%BA%A1n-th%E1%BA%A7n-kinh/s%E1%BA%A3ng-v%C3%A0-
sa-s%C3%BAt-tr%C3%AD-tu%E1%BB%87/b%E1%BB%87nh-alzheimer.
13. Minh, Khoa Dược - Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí, "Loài Bacopa
monnieri (L.) Wettst. (Cây Rau đắng biển)".
14. Morris, Garrett M. and Lim-Wilby, Marguerita (2008), "Molecular
Docking", in Kukol, Andreas, Editor, Molecular Modeling of Proteins,
Humana Press, Totowa, NJ, pp. 365-382.
15. National, Alzheimer's Association, "Treatment".
16. Tsao, Anil Kumar; Jaskirat Sidhu; Amandeep Goyal; Jack W. (2021),
Alzheimer Disease.
17. Abraham, M. H., Takács-Novák, K., and Mitchell, R. C. (1997), "On the
partition of ampholytes: application to blood-brain distribution", J Pharm
Sci. 86(3), pp. 310-5.

i
18. Aguiar, S. and Borowski, T. (2013), "Neuropharmacological review of the
nootropic herb Bacopa monnieri", Rejuvenation Res. 16(4), pp. 313-26.
19. Anand, P. and Singh, B. (2013), "A review on cholinesterase inhibitors for
Alzheimer's disease", Arch Pharm Res. 36(4), pp. 375-99.
20. Apostolova, L. G. (2016), "Alzheimer Disease", Continuum (Minneap
Minn). 22(2 Dementia), pp. 419-34.
21. Barber, J. M., Murphy, F. M., and Cheeseman, E. A. (1962), "A clinical trial
of isocarboxazid ('marplan') in angina pectoris", Br Heart J. 24(2), pp. 192-4.
22. Berellini, G., et al. (2009), "In silico prediction of volume of distribution in
human using linear and nonlinear models on a 669 compound data set", J
Med Chem. 52(14), pp. 4488-95.
23. Breijyeh, Z. and Karaman, R. (2020), "Comprehensive Review on
Alzheimer's Disease: Causes and Treatment", Molecules. 25(24).
24. Butterfield, D. A. and Pocernich, C. B. (2003), "The glutamatergic system
and Alzheimer's disease: therapeutic implications", CNS Drugs. 17(9), pp.
641-52.
25. Calabrese, C., et al. (2008), "Effects of a standardized Bacopa monnieri
extract on cognitive performance, anxiety, and depression in the elderly: a
randomized, double-blind, placebo-controlled trial", J Altern Complement
Med. 14(6), pp. 707-13.
26. Caspi, A., et al. (2002), "Role of genotype in the cycle of violence in
maltreated children", Science. 297(5582), pp. 851-4.
27. Coyle, J. T., Price, D. L., and DeLong, M. R. (1983), "Alzheimer's disease: a
disorder of cortical cholinergic innervation", Science. 219(4589), pp. 1184-
90.
28. Cull-Candy, S., Brickley, S., and Farrant, M. (2001), "NMDA receptor
subunits: diversity, development and disease", Curr Opin Neurobiol. 11(3),
pp. 327-35.
29. Chakravarty, A. K., et al. (2001), "Bacopaside I and II: two
pseudojujubogenin glycosides from Bacopa monniera", Phytochemistry.
58(4), pp. 553-6.
30. Chaudhari, K. S., et al. (2017), "Neurocognitive Effect of Nootropic Drug
Brahmi (Bacopa monnieri) in Alzheimer's Disease", Ann Neurosci. 24(2), pp.
111-122.
31. Chen, G. F., et al. (2017), "Amyloid beta: structure, biology and structure-
based therapeutic development", Acta Pharmacol Sin. 38(9), pp. 1205-1235.
32. Cheung, J., et al. (2012), "Structures of human acetylcholinesterase in
complex with pharmacologically important ligands", J Med Chem. 55(22),
pp. 10282-6.
33. De-Paula, V. J., et al. (2012), "Alzheimer's disease", Subcell Biochem. 65,
pp. 329-52.
34. Deepak, M., et al. (2005), "Quantitative determination of the major saponin
mixture bacoside A in Bacopa monnieri by HPLC", Phytochem Anal. 16(1),
pp. 24-9.

ii
35. Dethe, S., Deepak, M., and Agarwal, A. (2016), "Elucidation of Molecular
Mechanism(s) of Cognition Enhancing Activity of Bacomind(®): A
Standardized Extract of Bacopa Monnieri", Pharmacogn Mag. 12(Suppl 4),
pp. S482-s487.
36. Dhanasekaran, M., et al. (2007), "Neuroprotective mechanisms of ayurvedic
antidementia botanical Bacopa monniera", Phytother Res. 21(10), pp. 965-9.
37. Dubey, T. and Chinnathambi, S. (2019), "Brahmi (Bacopa monnieri): An
ayurvedic herb against the Alzheimer's disease", Arch Biochem Biophys.
676, p. 108153.
38. Dubois, B., et al. (2016), "Preclinical Alzheimer's disease: Definition, natural
history, and diagnostic criteria", Alzheimers Dement. 12(3), pp. 292-323.
39. Furukawa, H. and Gouaux, E. (2003), "Mechanisms of activation, inhibition
and specificity: crystal structures of the NMDA receptor NR1 ligand-binding
core", Embo j. 22(12), pp. 2873-85.
40. Garai, S., et al. (1996), "Dammarane-type triterpenoid saponins from Bacopa
monniera", Phytochemistry. 42(3), pp. 815-20.
41. García-Ayllón, M. S., et al. (2011), "Revisiting the Role of
Acetylcholinesterase in Alzheimer's Disease: Cross-Talk with P-tau and β-
Amyloid", Front Mol Neurosci. 4, p. 22.
42. Geha, R. M., et al. (2002), "Analysis of conserved active site residues in
monoamine oxidase A and B and their three-dimensional molecular
modeling", J Biol Chem. 277(19), pp. 17209-16.
43. Geula, C. (1998), "Abnormalities of neural circuitry in Alzheimer's disease:
hippocampus and cortical cholinergic innervation", Neurology. 51(1 Suppl
1), pp. S18-29; discussion S65-7.
44. Geula, C., et al. (1998), "Relationship between plaques, tangles, and loss of
cortical cholinergic fibers in Alzheimer disease", J Neuropathol Exp Neurol.
57(1), pp. 63-75.
45. Gohlke, H., Hendlich, M., and Klebe, G. (2000), "Knowledge-based scoring
function to predict protein-ligand interactions", J Mol Biol. 295(2), pp. 337-
56.
46. Greenblatt, H. M., et al. (2003), "Acetylcholinesterase: a multifaceted target
for structure-based drug design of anticholinesterase agents for the treatment
of Alzheimer's disease", J Mol Neurosci. 20(3), pp. 369-83.
47. Gu, L. and Guo, Z. (2013), "Alzheimer's Aβ42 and Aβ40 peptides form
interlaced amyloid fibrils", J Neurochem. 126(3), pp. 305-11.
48. Hostetler, G. L., Ralston, R. A., and Schwartz, S. J. (2017), "Flavones: Food
Sources, Bioavailability, Metabolism, and Bioactivity", Adv Nutr. 8(3), pp.
423-435.
49. Hou, T. (2015), "Editorial. In silico ADMET predictions in pharmaceutical
research", Adv Drug Deliv Rev. 86, p. 1.
50. Huang, W. J., Zhang, X., and Chen, W. W. (2016), "Role of oxidative stress
in Alzheimer's disease", Biomed Rep. 4(5), pp. 519-522.

iii
51. Ibrar, A., et al. (2018), "Combined in Vitro and in Silico Studies for the
Anticholinesterase Activity and Pharmacokinetics of Coumarinyl Thiazoles
and Oxadiazoles", Front Chem. 6, p. 61.
52. Islam, M. A. and Pillay, T. S. (2019), "β-secretase inhibitors for Alzheimer's
disease: identification using pharmacoinformatics", J Biomol Struct Dyn.
37(2), pp. 503-522.
53. Janelidze, S., et al. (2016), "CSF Aβ42/Aβ40 and Aβ42/Aβ38 ratios: better
diagnostic markers of Alzheimer disease", Ann Clin Transl Neurol. 3(3), pp.
154-65.
54. Jayaram, B., et al. (2012), "Sanjeevini: a freely accessible web-server for
target directed lead molecule discovery", BMC Bioinformatics. 13 Suppl
17(Suppl 17), p. S7.
55. Jeyasri, R., et al. (2020), "Bacopa monnieri and Their Bioactive Compounds
Inferred Multi-Target Treatment Strategy for Neurological Diseases: A
Cheminformatics and System Pharmacology Approach", Biomolecules.
10(4).
56. Jusril, N. A., et al. (2020), "Combining In Silico and In Vitro Studies to
Evaluate the Acetylcholinesterase Inhibitory Profile of Different Accessions
and the Biomarker Triterpenes of Centella asiatica", Molecules. 25(15).
57. Jyoti, A. and Sharma, D. (2006), "Neuroprotective role of Bacopa monniera
extract against aluminium-induced oxidative stress in the hippocampus of rat
brain", Neurotoxicology. 27(4), pp. 451-7.
58. Kalaria, R. N., Galloway, P. G., and Perry, G. (1991), "Widespread serum
amyloid P immunoreactivity in cortical amyloid deposits and the
neurofibrillary pathology of Alzheimer's disease and other degenerative
disorders", Neuropathol Appl Neurobiol. 17(3), pp. 189-201.
59. Kamkaew, N., et al. (2013), "Bacopa monnieri increases cerebral blood flow
in rat independent of blood pressure", Phytother Res. 27(1), pp. 135-8.
60. Kean, J. D., Downey, L. A., and Stough, C. (2017), "Systematic Overview of
Bacopa monnieri (L.) Wettst. Dominant Poly-Herbal Formulas in Children
and Adolescents", Medicines (Basel). 4(4).
61. Kim, S., et al. (2021), "PubChem in 2021: new data content and improved
web interfaces", Nucleic Acids Res. 49(D1), pp. D1388-d1395.
62. Kumar, S., Chowdhury, S., and Kumar, S. (2017), "In silico repurposing of
antipsychotic drugs for Alzheimer's disease", BMC Neurosci. 18(1), p. 76.
63. Khalid, S., et al. (2018), "Biaryl scaffold-focused virtual screening for anti-
aggregatory and neuroprotective effects in Alzheimer's disease", BMC
Neurosci. 19(1), p. 74.
64. Lipinski, C. A. (2004), "Lead- and drug-like compounds: the rule-of-five
revolution", Drug Discov Today Technol. 1(4), pp. 337-41.
65. Macarrón, R. and Luengo, J. I. (2011), "Yin and Yang in medicinal
chemistry: what does drug-likeness mean?", Future Med Chem. 3(5), pp.
505-7.

iv
66. May, P. C., et al. (2015), "The potent BACE1 inhibitor LY2886721 elicits
robust central Aβ pharmacodynamic responses in mice, dogs, and humans", J
Neurosci. 35(3), pp. 1199-210.
67. Meng, X. Y., et al. (2011), "Molecular docking: a powerful approach for
structure-based drug discovery", Curr Comput Aided Drug Des. 7(2), pp.
146-57.
68. Morgan, A. and Stevens, J. (2010), "Does Bacopa monnieri improve memory
performance in older persons? Results of a randomized, placebo-controlled,
double-blind trial", J Altern Complement Med. 16(7), pp. 753-9.
69. Mullard, A. (2018), "2017 FDA drug approvals", Nat Rev Drug Discov.
17(2), pp. 81-85.
70. Murphy, M. P. and LeVine, H., 3rd (2010), "Alzheimer's disease and the
amyloid-beta peptide", J Alzheimers Dis. 19(1), pp. 311-23.
71. Nemetchek, M. D., et al. (2017), "The Ayurvedic plant Bacopa monnieri
inhibits inflammatory pathways in the brain", J Ethnopharmacol. 197, pp.
92-100.
72. Parsons, C. G., et al. (2013), "Memantine and cholinesterase inhibitors:
complementary mechanisms in the treatment of Alzheimer's disease",
Neurotox Res. 24(3), pp. 358-69.
73. Pires, D. E., Blundell, T. L., and Ascher, D. B. (2015), "pkCSM: Predicting
Small-Molecule Pharmacokinetic and Toxicity Properties Using Graph-
Based Signatures", J Med Chem. 58(9), pp. 4066-72.
74. Pham-The, H., et al. (2018), "In Silico Assessment of ADME Properties:
Advances in Caco-2 Cell Monolayer Permeability Modeling", Curr Top Med
Chem. 18(26), pp. 2209-2229.
75. R, A. Armstrong (2019), "Risk factors for Alzheimer's disease", Folia
Neuropathol. 57(2), pp. 87-105.
76. Raghav, S., et al. (2006), "Randomized controlled trial of standardized
Bacopa monniera extract in age-associated memory impairment", Indian J
Psychiatry. 48(4), pp. 238-42.
77. Rajan, K. E., Preethi, J., and Singh, H. K. (2015), "Molecular and Functional
Characterization of Bacopa monniera: A Retrospective Review", Evid Based
Complement Alternat Med. 2015, p. 945217.
78. Ramasamy, S., et al. (2015), "In Silico and In Vitro Analysis of Bacoside A
Aglycones and Its Derivatives as the Constituents Responsible for the
Cognitive Effects of Bacopa monnieri", PLoS One. 10(5), p. e0126565.
79. Rastogi, M., et al. (2012), "Amelioration of age associated
neuroinflammation on long term bacosides treatment", Neurochem Res.
37(4), pp. 869-74.
80. Rogawski, M. A. and Wenk, G. L. (2003), "The neuropharmacological basis
for the use of memantine in the treatment of Alzheimer's disease", CNS Drug
Rev. 9(3), pp. 275-308.
81. Rosales-Hernández, M. C. and Correa-Basurto, J. (2015), "The importance
of employing computational resources for the automation of drug discovery",
Expert Opin Drug Discov. 10(3), pp. 213-9.

v
82. Russo, A. and Borrelli, F. (2005), "Bacopa monniera, a reputed nootropic
plant: an overview", Phytomedicine. 12(4), pp. 305-17.
83. Salehi, B., et al. (2019), "The Therapeutic Potential of Apigenin", Int J Mol
Sci. 20(6).
84. Seltzer, B. (2005), "Donepezil: a review", Expert Opin Drug Metab Toxicol.
1(3), pp. 527-36.
85. Singh, B., et al. (2021), "Neuroprotective and Neurorescue Mode of Action
of Bacopa monnieri (L.) Wettst in 1-Methyl-4-phenyl-1,2,3,6-
tetrahydropyridine-Induced Parkinson's Disease: An In Silico and In Vivo
Study", Front Pharmacol. 12, p. 616413.
86. Siramshetty, V. B., et al. (2016), "WITHDRAWN--a resource for withdrawn
and discontinued drugs", Nucleic Acids Res. 44(D1), pp. D1080-6.
87. Sivaramakrishna, C., et al. (2005), "Triterpenoid glycosides from Bacopa
monnieri", Phytochemistry. 66(23), pp. 2719-28.
88. Son, S. Y., et al. (2008), "Structure of human monoamine oxidase A at 2.2-A
resolution: the control of opening the entry for substrates/inhibitors", Proc
Natl Acad Sci U S A. 105(15), pp. 5739-44.
89. Stern-Bach, Y., et al. (1994), "Agonist selectivity of glutamate receptors is
specified by two domains structurally related to bacterial amino acid-binding
proteins", Neuron. 13(6), pp. 1345-57.
90. Suenderhauf, C., Hammann, F., and Huwyler, J. (2012), "Computational
prediction of blood-brain barrier permeability using decision tree induction",
Molecules. 17(9), pp. 10429-45.
91. Sussman, J. L., et al. (1991), "Atomic structure of acetylcholinesterase from
Torpedo californica: a prototypic acetylcholine-binding protein", Science.
253(5022), pp. 872-9.
92. Szegletes, T., et al. (1999), "Substrate binding to the peripheral site of
acetylcholinesterase initiates enzymatic catalysis. Substrate inhibition arises
as a secondary effect", Biochemistry. 38(1), pp. 122-33.
93. Theoharides, T. C., et al. (2021), "Long-COVID syndrome-associated brain
fog and chemofog: Luteolin to the rescue", Biofactors. 47(2), pp. 232-241.
94. Uabundit, N., et al. (2010), "Cognitive enhancement and neuroprotective
effects of Bacopa monnieri in Alzheimer's disease model", J
Ethnopharmacol. 127(1), pp. 26-31.
95. Valko, M., et al. (2007), "Free radicals and antioxidants in normal
physiological functions and human disease", Int J Biochem Cell Biol. 39(1),
pp. 44-84.
96. Veitch, D. P., Friedl, K. E., and Weiner, M. W. (2013), "Military risk factors
for cognitive decline, dementia and Alzheimer's disease", Curr Alzheimer
Res. 10(9), pp. 907-30.
97. Wang, N. N., et al. (2016), "ADME Properties Evaluation in Drug
Discovery: Prediction of Caco-2 Cell Permeability Using a Combination of
NSGA-II and Boosting", J Chem Inf Model. 56(4), pp. 763-73.

vi
98. Wattmo, C., Minthon, L., and Wallin Å, K. (2016), "Mild versus moderate
stages of Alzheimer's disease: three-year outcomes in a routine clinical
setting of cholinesterase inhibitor therapy", Alzheimers Res Ther. 8, p. 7.
99. Wishart, D. S. (2007), "Improving early drug discovery through ADME
modelling: an overview", Drugs R D. 8(6), pp. 349-62.
100. Yan, A., Wang, Z., and Cai, Z. (2008), "Prediction of human intestinal
absorption by GA feature selection and support vector machine regression",
Int J Mol Sci. 9(10), pp. 1961-76.
101. Zhang, Y., et al. (2016), "Dysfunction of NMDA receptors in Alzheimer's
disease", Neurol Sci. 37(7), pp. 1039-47.

vii
 PHỤ LỤC
PubChem
STT Tên hợp chất Cấu trúc hóa học
CID

1 89594 Nicotine

2 6251 D-Mannitol

3 92043183 Bacoside A

4 101995276 Bacopasaponin A

5 101996847 Bacopasaponin B

6 21599443 Bacopasaponin C

7 102000288 Bacopasaponin D

viii
 PubChem
STT Tên hợp chất Cấu trúc hóa học
CID

8 101062564 Bacopasaponin E

9 16216038 Bacopasaponin F

10 10605023 Bacopasaponin G

11 21599442 Bacopaside I

12 9876264 Bacopaside II

13 15922618 Bacopaside III

ix
 PubChem
STT Tên hợp chất Cấu trúc hóa học
CID

14 10865594 Bacopaside IV

15 102080692 Bacopaside VIII

16 102418533 Bacopaside XII

17 9847922 Plantainoside B

18 64971 Betulinic acid

19 5281315 Cucurbitacin A

x
 PubChem
STT Tên hợp chất Cấu trúc hóa học
CID

20 5281316 Cucurbitacin B

21 5281317 Cucurbitacin C

22 5281318 Cucurbitacin D

23 5281319 Cucurbitacin E

24 5281 Stearic acid

25 9823887 Rosavin

xi
 PubChem
STT Tên hợp chất Cấu trúc hóa học
CID

3,4-
26 717531 Dimethoxycinnamic
acid

27 54670067 Ascorbic acid

28 119034 Asiatic acid

Madecassic acid
29 73412
(Brahmic acid)

30 5281703 Wogonin

31 3084961 Oroxindin

32 100332 Loliolide

xii
 PubChem
STT Tên hợp chất Cấu trúc hóa học
CID

33 5280794 Stigmasterol

34 222284 -Sitosterol

35 15559069 Ebelin lactone

36 241572 Stigmastanol

37 101389368 Bacosterol

38 71312547 Bacosine

39 5280443 Apigenin

xiii
 PubChem
STT Tên hợp chất Cấu trúc hóa học
CID

40 5280343 Quercetin

41 64945 Ursolic acid

42 5280445 Luteolin

Madecassol
43 11954171
(Asiaticoside)

44 91827005 Bacoside A3

45 15515703 Jujubogenin

46 101324856 Pseudojujubogenin

xiv
 PubChem
STT Tên hợp chất Cấu trúc hóa học
CID

47 133561661 Bacoside A1

48 33032 Glutamic acid

49 5951 Serine

Alanine
50 5950
(-Alanine)

50 hợp chất được tìm kiếm có trong cây Rau đắng biển (Bacopa monnieri
(L.) Wettst) dựa trên nhiều nguồn.

xv