Az 1526-os mohácsi csata után magyarország védtelen maradt a törökkel szemben,
elvesztve királyát és haderejének legnagyobb részét. A következő évben kettő személy is meg lett koronázva uralkodónak, Szapolyai János, az ország egyik legnagyobb birtokos nemese, illetve Habsburg Ferdinánd, későbbi német és cseh király továbbá német-római császár. Szulejmán szultán 1529-ben Magyarországra érve hadjáratot indított Ferdinánd ellen az oldalán tudva Szapolyai Jánost akinek átadta a budai várat, s aki abban a reményben volt, hogy ha sikeres lesz ez a hadjárat az ország kétharmadát megkaphatja. A Bécs bevételére tett kísérlet azonban sikertelennek bizonyult az ostrom elhúzódása miatt, ami csak fél hónapot jelentett, ezért a török hadsereg visszavonult. 1532-ben ismét szerencsét próbált a szultán, azonban most Ferdinánd bátyja, V. Károly, német-római császár öccse segítségére sietett. Az ő zsoldosaival megtoldott sereg már igen impozáns számmal rendelkezett, ezen oknál fogva Szulejmán nem kívánkozott harcba bocsátkozni, így majdnem egy hónapon át ostromolta Kőszeg várát amire végül kitűzték a lófarkas török zászlót, de a vár magyar irányítás alatt maradt. Ezek után a török sereg elvonult. 1538-ban Ferdinánd és Szapolyai titokban megkötötték a Váradi békét melyben elismerték egymás királyságát, illetve Szapolyai lemondott utódai nevében a trónról, hogy az ország ismét egyesülhessen majd a Habsburgok alatt. Szapolyai halála után, 1541-ben a törökök csellel megszállták Budát, melynek köszönhetően az ország három részre szakadt. A szultán átengedte a Tiszától keleti országrészt, ahol Szapolyai fia, János Zsigmond és gyámja Fráter György alatt létrejött az Erdélyi fejedelemség. Északon és nyugaton a Magyar Királyság funkcionált Habsburg Ferdinánd uralkodása alatt. Az ország középső részén pedig a török Hódoltság helyezkedett el Budával fővárosaként. Fráter György hajlandó lett volna átadni a Habsburgoknak az országot amennyiben képesek voltak visszafoglalni Budát, ezzel bizonyítva, hogy a keleti országrészt is meg fogják tudni tartani a törökkel szemben, viszont ez nem jött össze, ellentétben a török elfoglalt még több várat. 1551-ben Fráter György halála után Ferdinánd irányítása alá került az erdélyi fejedelemség, amit a szultán nem nézett jó szemmel, s emiatt megindította az 1552-es hadjáratot, melynek célja az Erdély feletti hatalmának visszaállítása, illetve a Tiszántúl elfoglalása volt. Szolnok, Temesvár és Drégely várainak sikertelen védelme után Dobó István vezetésével diadalt arattak az ostromló törökökkel szemben a felvidék kapujánál, Egernél. Ez után a vereség után a szultán másfél évtizedig nem indított újjabb offenzívát. Az 1566-ban indított, Bécs elleni hadjárat végállomása Szigetvár lett. Szigetvár várát, a várvédő Zrínyi Miklós és bajtársai hősi önfeláldozásának ellenére sikeresen elfoglalta a török. Az ostrom ideje alatt az agg Szulejmán szultán is meghalt. Halála után, 1568-ban, a Habsburgok békét kötöttek a törökkel Drinápolyban, mely többek között évi 30000 magyar aranyforint adó fizetésére kötelezte a császárt. A három részre szakadt ország állandóvá vált.