Az 1526-os mohácsi csata után a Magyar Királyság védtelen maradt a törökökkel
szemben, elvesztve királyát és haderejének legnagyobb részét. A következő évben két személyt is uralkodóvá koronáztak. Szapolyai Jánost, az ország egyik legnagyobb birtokos nemesét, illetve Habsburg Ferdinándot, későbbi német és cseh királyt, valamint német-római császárt. I. Szulejmán szultán 1529-ben Magyarországra érve hadjáratot indított Ferdinánd ellen az oldalán tudva Szapolyai Jánost, kinek elismerte igényét a budai várra. Szapolyai abban a reményben indult hadba a törökök mellett, hogy sikeres hadjárat esetén az ország kétharmadát is megkaphatja. A Bécs bevételére tett kísérlet eleve kudarcra volt ítélve, mert a mindössze fél hónaposra tervezett ostrom szükségszerűen elhúzódott, ezért a török hadsereg visszavonulni kényszerült. 1532-ben ismét szerencsét próbált a szultán, ekkor azonban Ferdinánd bátyja, V. Károly, német-római császár sietett öccse segítségére. Az ő zsoldosaival megtoldott sereg már igen impozáns számmal rendelkezett, ezen oknál fogva I. Szulejmán bele sem kezdett Bécs ostromába, hanem már Kőszeg váránál megtorpant és azt ostromolta majdnem egy hónapon át. A csata végére sikerült kitűzniük a lófarkas török zászlót, de a vár magyar irányítás alatt maradt. Ezek után a török sereg elvonult. 1538-ban Ferdinánd és Szapolyai titokban megkötötték a Váradi békét, melyben elismerték egymás királyságát, illetve Szapolyai lemondott utódai nevében a trónról, hogy az ország ismét egyesülhessen majd a Habsburgok alatt. Szapolyai halála után, 1541-ben a törökök csellel megszállták Budát, melynek köszönhetően az ország három részre szakadt. A szultán átengedte a Tiszától keletre fekvő országrészeket, Szapolyai fiának és özvegyének, ahol János Zsigmond és gyámja, Fráter György irányítása mellett létrejött az Erdélyi fejedelemség. Északon és nyugaton a Magyar Királyság területén Habsburg Ferdinánd uralkodott. Az ország középső részén pedig a Török Hódoltság helyezkedett el Budával fővárosaként. Fráter György hajlandó lett volna átadni a Habsburgoknak az általuk kormányzott országrészeket, amennyiben képesek lennének visszafoglalni Budát, ezzel bizonyítva, hogy a keleti országrészt is meg fogják tudni tartani a törökkel szemben. A Habsburg próbálkozások azonban sikertelenek voltak, Buda visszafoglalásával meg sem próbálkoztak. A törökök visszavágásként még több várat elfoglaltak. 1551-ben Fráter György halála után Ferdinánd irányítása alá került egy rövid időre az Erdélyi Fejedelemség, amit a szultán nem nézett jó szemmel, s emiatt megindította az 1552- es hadjáratot, melynek célja az Erdély feletti hatalmának visszaállítása, illetve a Tiszántúl elfoglalása volt. Szolnok, Temesvár és Drégely várainak sikertelen védelme után Dobó István vezetésével diadalt arattak az ostromló törökökkel szemben a felvidék kapujánál, Egernél. Ezután a vereség után a szultán másfél évtizedig nem indított újabb offenzívát. Az 1566-ban indított, Bécs elleni hadjárat végállomása végül Szigetvár lett. Szigetvár várát, a várvédő Zrínyi Miklós és bajtársai hősi önfeláldozásának ellenére sikeresen elfoglalta a török. Az ostrom ideje alatt az agg Szulejmán szultán is meghalt. Halála után, 1568-ban, a Habsburgok békét kötöttek a törökkel Drinápolyban, mely többek között évi 30000 magyar aranyforint adó fizetésére kötelezte a császárt. A három részre szakadt ország állandósult.