BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO

TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH

KHOA KHOA HỌC SINH HỌC

BÁO CÁO THỰC HÀNH

SINH HỌC PHÂN TỬ

Ngành học : CÔNG NGHỆ SINH HỌC

Chuyên ngành : CÔNG NGHỆ SINH HỌC
Nhóm thực hiện : NHÓM 6
Niên khoá : 2021 – 2025

Tháng 06 năm 2023

 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO
TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH
KHOA KHOA HỌC SINH HỌC

BÁO CÁO THỰC HÀNH

SINH HỌC PHÂN TỬ

Giảng viên hướng dẫn Sinh viên thực hiện

TS. HUỲNH VĂN BIẾT NGUYỄN QUỐC KHÁNH

ThS. TRƯƠNG QUANG TOẢN NGUYỄN ĐẠT TIẾN KHOA

NGUYỄN QUỐC TRỌNG

CAO MINH TRỰC

Tháng 06 năm 2023
 LỜI CẢM ƠN
Để hoàn thành được bài báo cáo thực hành này, trước tiên chúng em xin gửi lời
cảm ơn sâu sắc tới hai anh đã luôn tạo điều kiện thuận lợi cho chúng em trong quá
trình học tập,nghiên cứu tại Viện.
Với vốn kiến thức hạn hẹp và không có nhiều kinh nghiệm thực tiễn nên bài
báo cáo của chúng em không thể tránh khỏi những thiếu sót. Chúng em rất mong nhận
được những ý kiến đóng góp, phê bình của quý thầy cô và anh chị trong Viện để bài
báo cáo của chúng em được hoàn thiện hơn.
Một lần nữa, chúng em xin trân trọng cảm ơn sự quan tâm giúp đỡ của các thầy
cô đã giúp đỡ em trong quá trình thực hiện bài báo cáo này.
Xin trân trọng cảm ơn!
Thủ Đức, ngày 2

i
 MỤC LỤC

LỜI CẢM ƠN...............................................................................................................i

MỤC LỤC...................................................................................................................ii
DANH SÁCH CÁC HÌNH.........................................................................................iv
Chương 1: GIỚI THIỆU VỀ TRANG THIẾT BỊ TRONG PHÒNG THÍ NGHIỆM...1
1.1. Máy lắc ổn nhiệt (incubator shaker)....................................................................12
1.2. Tủ hút khí độc (fume hood)...................................................................................1
1.3. Tủ cấy vô trùng (laminar flow hood).....................................................................1
1.4. Máy vortex............................................................................................................2
1.5. Tủ lạnh..................................................................................................................2
1.6. Nồi hấp tự động (autoclave)..................................................................................3
1.7. Máy ly tâm............................................................................................................4
1.8. Bồn ủ nhiệt (waterbath).........................................................................................4
1.9. Máy khuấy từ (magnetic stirrer)............................................................................5
1.10. Cân kỹ thuật (bechtop/balance)...........................................................................5
1.11. Máy luân nhiệt (Themocycler)............................................................................5
1.12. Dụng cụ dùng trong phòng thí nghiệm................................................................5
Chương 2: LY TRÍCH DNA TỔNG SỐ TỪ THỰC VẬT/ ĐỘNG VẬT..................10
2.1. Vật liệu nghiên cứu...............................................................................................5
2.1.1. Dụng cụ và thiết bị.............................................................................................5
2.1.2. Hóa chất.............................................................................................................5
2.2. Phương pháp thực hiện..........................................................................................5
2.3. Quy trình ly trích DNA tổng số bằng SDS............................................................5
2.4. Kết quả và thảo luận..............................................................................................5
2.4.1. Kết quả...............................................................................................................5
2.4.2. Thảo luận............................................................................................................ 5
Chương 3: LY TRÍCH DNA PLASMID VI KHUẨN................................................10
3.1. Vật liệu nghiên cứu ............................................................................................10
3.1.1. Dụng cụ và thiết bị...........................................................................................10
ii
3.1.2. Hóa chất...........................................................................................................10
3.2. Phương pháp thực hiện........................................................................................10
3.3. Quy trình ly trích DNA plasmid vi khuẩn...........................................................10
3.4. Kết quả và thảo luận............................................................................................11
3.4.1. Kết quả.............................................................................................................11
3.4.2. Thảo luận..........................................................................................................11
Chương 4: ĐỊNH LƯỢ NG DNA BẰ NG KỸ THUẬ T ĐO MẬ T ĐỘ QUANG......................10
4.1. Vật liệu................................................................................................................ 10
4.2. Nguyên tắc..........................................................................................................10
4.3. Phương pháp........................................................................................................10
4.4. Kết quả và thảo luận............................................................................................10
4.4.1. Định lượng DNA tổng số.................................................................................10
4.4.2 Định lượng DNA plasmid.................................................................................10
Chương 5: KĨ THUẬ T ĐIỆ N DI....................................................................................................10
5.1. Mục đích..............................................................................................................10
5.2. Điện di acid nucleic.............................................................................................10
5.3. Vật liệu................................................................................................................ 10
5.3.1. Đối tượng nghiên cứu.......................................................................................10
5.3.2. Hóa chất...........................................................................................................10
5.3.3. Thiết bị điện di.................................................................................................10
5.4. Các bước chuẩn bị...............................................................................................10
5.4.1. Chuẩn bị...........................................................................................................10
5.4.2. Thực hiện..........................................................................................................10

iii
 DANH SÁCH CÁC HÌNH

Hình 1.1. Máy lắc ổn nhiệt...................................................................................1

Hình 1.2. Tủ hút khí độc.......................................................................................1
Hình 1.3. Tủ cấy vô trùng.....................................................................................2
Hình 1.4. Máy vortex...........................................................................................2
Hình 1.5. Tủ mát..................................................................................................3
Hình 1.6. Tủ lạnh âm sâu 80ºC.............................................................................3
Hình 1.7. Nồi hấp tự động....................................................................................3
Hình 1.8. Máy ly tâm............................................................................................4
Hình 1.9. Bồn ủ nhiệt...........................................................................................4
Hình 1.10. Máy khuấy từ......................................................................................4
Hình 1.11. Cân kỹ thuật........................................................................................5
Hình 1.12. Máy luân nhiệt....................................................................................5
Hình 1.13. Các loại tube thông dụng....................................................................5
Hình 1.14. Micropipetet 1-10 ml..........................................................................6
Hình 1.15. Các đầu tiếp thông dụng.....................................................................6
Hình 2.1. Mẫu thịt ức gà.......................................................................................7
Hình 2.2. Nghiền mẫu ức gà trong tube................................................................8
Hình 2.3. Tube trước li tâm và sau li tâm.............................................................8
Hình 2.4. Tube trong quá trình thu hồi DNA........................................................9
Hình 2.5. Tube ủ lạnh -20ºC trong 30 phút...........................................................9
Hình 2.6. Tube được phơi ở nhiệt độ phòng.........................................................9
Hình 3.1. Tube có dịch khuẩn.............................................................................12
Hình 3.2. Tube có dịch khuẩn sau khi đi ly tâm.................................................12
Hình 3.3. Tube có dung dịch I............................................................................13
Hình 4.1. Định lượng DNA tổng số sau khi đo OD............................................16
Hình 4.2. Định lượng DNA plasmid sau khi đo OD...........................................16

iv
Bài 1: GIỚI THIỆU TRANG THIẾT BỊ, THAO TÁC CƠ
BẢN PHONG THÍ NGHIỆM SINH HỌC PHÂN TỬ

1.1. Máy lắc ổn nhiệt (incubator shaker)

Được sử dụng cho các phản ứng cần nhiệt độ ổn định (phản ứng enzyme,
tăng sinh vi sinh vật). Máy bao gồm buồng có nhiệt độ điều chỉnh được đi kèm
với bộ phận lắc.

Hình 1.1. Máy lắc ổn nhiệt

1.2. Tủ hút khí độc (fume hood)

Dùng chuẩn bị hay thực hiện thí nghiệm sử dụng các hóa chất bay hơi độc,
có mùi khó chịu như phenol, chloroform, β-mercaptoethanol…

Hình 1.2. Tủ 1hút khí độc

 1.3. Tủ cấy vô trùng (laminar flow hood)
Sử dụng khi cần thao tác trong điều kiện vô trùng như tách chiết, pha hóa
chất… Tủ phải luôn giữ sạch, bề mặt thí nghiệm được khử trùng bằng cồn. Trước
và sau khi sử dụng phải thanh trùng bên trong tủ bằng cách bật đèn UV trong ít
nhất 15 phút.

Hình 1.3. Tủ cấy vô trùng

1.4. Máy vortex

Giúp làm đồng nhất hóa mẫu hoặc dung dịch một cách nhanh chóng.

Hình 1.4. Máy vortex

2
 1.5. Tủ lạnh (fridge, refrigerator)
Tủ mát (4oC) hoặc tủ lạnh sâu (-20oC, -80oC ) dùng để giữ các sinh phẩm, hóa
chất và mẫu thí nghiệm cần giữ ở nhiệt độ thấp. Đối với mẫu, hoá chất bảo quản ở tủ
lạnh sâu cần xử lí đúng cách và chọn vật chứa phù hợp trước khi bảo quản.

Hình
1.6. Nồi hấp tự động 1.5. Tủ
(autoclave). Hình 1.6. Tủ lạnh âm
mát sâu 80ºC

Hình 1.7. Nồi hấp tự

động
Dùng để hấp khử trùng các dụng cụ và hoá chất thí nghiệm.
1.7. Máy ly tâm (centrifuge)

3
 Dùng để phân tách và thu nhận các phần tử trong một dung dịch dựa vào
kích thước, hình dạng và tỉ trọng, độ nhớt của dung dịch và tốc độ rotor .

Hình 1.8. Máy ly tâm

1.8. Bồn ủ nhiệt (waterbath)

Hình 1.9. Bồn ủ nhiệt

1.9. Máy khuấy từ (magnetic stirrer)

Hình 1.10. Máy khuấy từ

4
 1.10. Cân kỹ thuật (bechtop scale/balance)

1.11. Máy luân nhiệt (Thermocycler)

Thiết bị giúp thay đổi nhiệt độ của hỗn hợp dung dịch phản ứng PCR một cách
tự động theo chương trình cài đặt trước của người sử dụng.

Hình 1.12. Máy luân

nhiệt
1.12. Dụng cụ dùng trong phòng thí nghiệm
Các dụng cụ thủy tinh thông dụng như becher, ống nghiệm, pipette, đĩa petri,
ống đong, erlen.
- Tube: bằng nhựa polyethylen hay polypropylen chịu được nhiệt độ khử trùng
(1atm, 121oC, 20 phút), nhiệt độ thấp (-20oC) và một số dung môi hữu cơ, thường
có dung tích 0,2 mL; 0,5 mL; 1,5 mL; 2mL.

Hình 1.13. Các loại tube thông dụng

5
- Micropipette (pipetman): dùng hút dung dịch thể tích nhỏ, độ chính xác cao.
- Các đầu tip (cone): Các micropipette luôn sử dụng các đầu tip. Các đầu tip này
thường chỉ được sử dụng một lần và có nhiều loại tương ứng với nhiều loại
micropipette khác nhau. Các đầu tip này được hấp khử trùng ở điều kiện thông
thường.

Hình 1.14. Micropipette 1-10 ml Hình 1.15. Các đầu tip thông dụng

Chương 2: LY TRÍCH DNA TỔNG SỐ THỰC VẬT/

ĐỘNG VẬT

2.1. Vật liệu nghiên cứu

Vật liệu sự dụng để ly trích DNA tổng số là mẫu ức gà công nghiệp được mua ở

6
cửa hàng tiện lợi.
2.1.1. Dụng cụ và thiết bị
Các thiết bị sử dụng trong quá trình ly trích DNA tổng số:
- Máy ly tâm
- Pipet 100-100 µL
- Tube 1.5 mL
2.1.2. Hóa chất
Các loại hóa chất sử dụng trong quá trình ly trích DNA tổng số:
- Dung dịch đồ ng nhấ t mẫ u (Homogenization Buffer) gồ m Tris 200 mM (pH 8,0),
EDTA 25 mM, NaCl 250 mM, SDS 0,5%.
- Hỗ n hợ p phenol/chloroform/isoamyl alcohol (PCI, v:v:v) 25:24:1
- Chloroform
- Ethanol 99º
2.2. Phương pháp thực hiện
Phương pháp thực hiện tách chiết DNA gồm các bước cơ bản như sau:
- Phá vỡ tế bào, giải phóng DNA.
- Loại bỏ các thành phần không mong muốn.
- Thu hồi DNA.
2.3. Quy trình thực hiện ly trích DNA tổng số bằng SDS
Các bước thực hiện ly trích DNA tổng số:
- Bướ c 1: Nghiền mẫ u trong tube 1,5 mL có chứ a 400 µL dịch đồ ng nhấ t mẫ u.

Hình 2.2. Nghiền mẫu ức gà trong

tube

7
- Bướ c 2: Bổ sung và o tube 500 µL PCI và lắ c nhẹ 1 phú t, li tâ m vớ i vậ n tố c 10.000
rpm trong 5 phú t, sau đó hú t dịch nổ i cho và o ố ng tube mớ i.
- Bướ c 3: Bổ sung 400 µL chloroform và o, lắ c nhẹ 3 phú t, li tâ m 10.000 rpm/5
phú t, hú t dịch nổ i chuyển qua tube mớ i.

8
 C D

Hình 2.4. Tube trong quá trình thu hồi DNA.

(C) dung dịch tách thành 3 lớp; (D) tube chứa
dung dịch CI để loại bỏ phenol .

- Bướ c 4: Thêm 600 µL isopropanol 0,6V , lắ c nhẹ 2 phú t. Ủ ở -20 ºC trong 30

phú t. Sau đó li tâ m 12.000 rpm/5 phú t, bỏ dịch nổ i, thu phầ n tủ a. Phơi tube ở
nhiệt độ phò ng.

Hình 2.5. Tube ủ lạnh

-20ºC trong 30 phú t

Hình 2.6. Tube được phơi ở nhiệt độ phòng

- Bướ c 5: Thêm và o kết tủ a DNA 30 µL nướ c khử ion hấ p khử trù ng (khô ng chứ a

9
DNase) hoặ c 30 µL TE 0,5X, vortex nhẹ và bả o quả n ở 4ºC hoặ c -20ºC.
2.4. Kết quả và thảo luận
Quy trình ly trích DNA tổng số qua các bước làm cho kết quả như sau:
2.4.1. Kết quả
Sau khi thực hiện bước 4 ( Ủ ở -20 ºC trong 30 phú t và bỏ dịch nổ i) thu đượ c
tủ a nhỏ có kích thướ c 1 mm ở đá y tube.
2.4.2. Thảo luận
Kết quả cho thấy có tủa ở đáy tube cho thấy quá trình ly trích DNA tổng số đã
thu được DNA. Để kiểm tra mật độ DNA, định tính và định lượng có trong mẫu cần
thực hiện đo mật độ quang và điện di.

10
 Chương 3: LY TRÍCH DNA PALSMID VI KHUẨN

3.1. Vật liệu nghiên cứu

Vật liệu sự dụng để ly trích DNA plasmid là mẫu E.coli được cấy plasmid.
3.1.1. Dụng cụ và thiết bị
Các thiết bị sử dụng trong quá trình ly trích DNA plasmid vi khuẩn:
- Ống 1,5 Ml
- Bình tam giá
- Máy ly tâm
- Máy vortex
- Bồn ủ
3.1.2. Hóa chất
- Dung dịch I (lạ nh)
- Dung dịch II
- Dung dịch III (lạ nh)
- Isopropanol
- Nướ c (khử ion, tiệt trù ng)
Dung dịch I Dung dịch II Dung dịch III

- 50mM glucose (lọ c khử - 0,2 N NaOH - 5M potassium acetate

trù ng) (Kali acetate)
- 1% SDS
- 25mM Tris-HCl (pH - Glacial acetic acid
8,0)

- 10mM EDTA (pH 8,0)

3.2. Phương pháp thực hiện

Qui trình ly trích plasmid này đượ c dù ng để ly trích DNA plasmid từ huyền
phù tế bà o vi khuẩ n và dự a trên qui trích ly trích kiềm tính phá t triển bở i
Birnboim và Doly (1979). Qui trình ly trích dự a trên sự khá c biệt về hình thá i giữ a
DNA plasmid – cá c phâ n tử DNA có kích thướ c nhỏ , ở trạ ng thá i siêu xoắ n, và DNA
nhiễm sắ c thể. Sự khá c biệt nà y giú p phâ n biệt giữ a kết tủ a DNA nhiễm sắ c thể,

11
protein tế bà o vớ i plasmid và cá c phâ n tử RNA. Ở điều kiện kiềm, cá c tế bà o đượ c
phâ n giả i, cả nucleic acid và protein đều bị biến tính. Khi dung dịch đượ c trung
hò a bở i Kali Acetate (CH3COOK), DNA nhiễm sắ c thể và protein kết tủ a vì cá c
phâ n tử nà y khô ng thể phụ c hồ i lạ i cấ u trú c ban đầ u (do kích thướ c lớ n). Cá c
plasmid hồ i tính ổ n định và tồ n tạ i trong dung dịch, tá ch hẳ n ra khỏ i DNA nhiễm
sắ c thể và protein.
3.3. Quy trình thực hiện ly trích DNA plasmid vi khuẩn
Vi khuẩ n E.coli mang plasmid đượ c nuô i cấ y trong mô i trườ ng LB lỏ ng (trypton
1%, Yeast extract 0,5%, NaCl 1%) ở 37 oC, tố c độ lắ c 200 rpm. Dịch huyền phù vi
khuẩ n sau 16 giờ nuô i cấ y (nuô i qua đêm) đượ c sử dụ ng để ly trích plasmid theo
qui trình gồ m cá c bướ c như sau:
Bướ c 1: Lấ y 1 mL dịch khuẩ n cho và o tube 1,5 mL.

Hình 3.1. Tube có

dịch khuẩn

Bướ c 2: Ly tâ m dịch khuẩ n ở tố c độ 5.000 rpm trong 2 phú t.

Hình 3.2. Tube có dịch

12
khuẩn sau khi đi ly tâm
Bướ c 3: Loạ i bỏ dịch nổ i. Nhẹ nhà ng ú p tube lên giấ y thấ m để loạ i mô i trườ ng
khỏ i kết tủ a.
Bướ c 4: Thêm 100 μL dung dịch I (đượ c giữ lạ nh), vortex kỹ.

Hình 3.3. Tube có

dung dịch I

Bướ c 5: Thêm 200 μL dung dịch II. Đả o tube để trộ n đều hỗ n hợ p.

Giữ tube trên đá .
Bướ c 6: Thêm 150 μL dung dịch III (đượ c giữ lạ nh). Đả o tube để trộ n đều hỗ n
hợ p. Giữ tube trên đá khoả ng 1 phú t.
Bướ c 7: Ly tâ m ở 10.000 rpm trong 10 phú t. Chuyển dịch nổ i sang tube mớ i (1V).
Bướ c 8: Thêm 2V isopropanol, vortex nhẹ; để yên trong 20 phú t ở -20ºC. 10. Ly
tâ m 10.000 rpm/ 5 phú t để thu kết tủ a DNA. Loạ i dịch nổ i phía trên. Thêm 500 μL
ethanol 70%, ly tâ m 10.000 rpm/5 phú t. Loạ i bỏ dịch nổ i và phơi ố ng cho đến khi
khô ng cò n dung dịch nà o bên trong ố ng.
Bướ c 9: Thêm 30 μL nướ c khử ion (khô ng chứ a Dnase) hoặ c TE. Vortex nhẹ và
bả o quả n ở - 20ºC.
3.4. Kết quả và thảo luận
Quy trình ly trích DNA plasmid qua các bước làm cho kết quả như sau:
3.4.1. Kết quả
Kết quả cuối cùng thu được giọt nước trong suốt, muốn kiểm tra bên trong có DNA
plasmid hoặc DNA có sạch hay không cần thực hiện đo OD và điện di để xác định
chính xác.

13
3.4.2. Thảo luận
Kết quả sẽ xuất hiện các trường hợp sau:
- Thử nhất, trong mẫu phát hiện DNA plasmid của vi khuẩn, sạch và không lẫn
tạp chất, chứng tỏ quá trình thao tác đúng, đạt yêu cầu, DNA có thể đem sử
dụng trong quá trình sinh học phân tử.
- Thứ hai, trong mẫu không phát hiện có DNA, chứng tỏ quá trình thao tác không
đúng, mẫu có vấn đề, hoặc lượng DNA trong mẫu quá ít không phát hiện được.
- Thứ 3, trong mẫu có DNA plasmid nhưng bị lẫn tạp chất hoặc phát hiện bộ gen
của vi khuẩn, chứng tỏ quá trình thao tác có vấn đề, cần thực hiện lại.

14
 Chương 4: ĐỊNH LƯỢNG DNA BẰNG KỸ THUẬT ĐO
MẬT ĐỘ QUANG
4.1 Vật liệu:
Vật liệu cần sử dụng trong quá trình định lượng DNA bằng kỹ thuật
đo mật độ quang phổ:
- 50 µg/mL DNA sợi đôi.
- 40 µg/mL DNA sợi đơn hay RNA.
- 20 µg/mL oligonucleotide sợi đơn.
4.2 Nguyên tắc
Dựa vào mức hấp thụ ánh sáng của các phân tử vật chất trong môi trường lỏng 
người ta có thể tính được nồng độ của chúng. Mỗi phân tử có một đỉnh hấp thụ (nơi
chúng  hấp thụ ánh sáng mạnh nhất) ở một độ dài sóng nhất định tùy thuộc vào cấu
trúc của chúng.  Sự hấp thụ này là do sự tương tác giữa các proton với các electron của
vòng purin và  pyrimidin. Đỉnh hấp thụ của nucleic acid là 260 nm trong vùng tử
ngoại. Sự hấp thụ được  tính bằng giá trị OD (Optical Density).
Từ giá trị OD đo được, ta suy ra được nồng độ acid nucleic trong dung dịch.
Dung  dịch acid nucleic được xem là sạch khi tỉ lệ OD260/OD280 nằm trong khoảng
1,8-2,0. Nếu  mẫu nhiễm protein hay phenol tỉ lệ này sẽ thấp hơn; sự hiện diện của
guanidine sẽ làm tăng  giá trị OD260. Đối với cả hai trường hợp tạp nhiễm nêu trên,
giá trị OD320 nm được sử  dụng trong công thức tính hàm lượng nucleic acid.
4.3 Phương pháp:
Định lượng DNA bằng cách đo quang phổ có những phương pháp sau:
- Đo OD260 của dung dịch DNA mẫu  
- Đo OD280 của dung dịch DNA mẫu.  
- Tính tỉ lệ OD260/OD280. 
- Đun cách thủy trong 20 phút dung dịch DNA mẫu, làm lạnh đột ngột trong nước   đá
trong 10 phút. Đo OD260 của dung dịch biến tính.
4.4 Kết quả và thảo luận:
Định lượng DNA bằng kỹ thuật đo mật độ quang phổ sau khi ly trích DNA tổng số
ở mẫu ức gà cho kết quả như sau:

15
4.4.1 Định lượng DNA tổng số:
Kết quả định lượng DNA tổng số trong mẫu ức gà:

Hình 4.1. Định lượng DNA tổng số sau khi đo OD

-Kết quả:
Tỉ lệ đo OD260/OD280= 1,871
-Thảo luận:
Sau khi đo OD mẫu cho thấy tỉ lệ đo OD= 1,871 cho thấy mẫu sạch ,
không bị nhiễn protein hoặc DNA bị gãy trong quá trình thao tác và có thể
tiến hành bước tiếp theo.
4.4.2 Định lượng DNA plasmid:
Kết quả định lượng DNA plasmid trong mẫu E.coli:

Hình 4.2. Định lượng DNA plasmid sau khi đo OD

-Kết quả:
Tỉ lệ OD260/OD280= 1,988
-Thảo luận:
Sau khi đo OD mẫu cho thấy tỉ lệ đo OD= 1,988 cho thấy mẫu sạch , không
bị nhiễn protein hoặc DNA plasmid bị gãy trình thao tác và có thể tiến hành

16
điện di.

Chương 5: KĨ THUẬT ĐIỆN DI

5.1. Mục đích

Giúp sinh viên hiểu phương pháp thu nhận mẫu acid nucleic phân tích, định
tính và định lượng DNA.
5.2 Điện di acid nucleic
Quá trình điện di sử dụng gel agarose hay polyacrylamide thường được dùng để
phân tích nucleic acid dựa vào kích thước. Kỹ thuật điện di có thể được sử dụng trong
phân tích hay phối hợp với các kỹ thuật khác, có thể định tính và định lượng. Những
đoạn DNA lớn như là nhiễm sắc thể có thể được phân tách bằng kỹ thuật điện di cải
biến pulsed field gel electrophoresis (PFGE), sử dụng sự thay đổi chiều di chuyển của
DNA. Kỹ thuật điện di đơn giản nhất và được sử dụng rộng rãi nhất là kỹ thuật điện di
theo phương ngang.
Để quan sát DNA, cần phải nhuộm phân tử này. Ethidium bromide (EtBr) đã
từng là chất nhuộm DNA phổ biến. Phân tử EtBr chèn vào giữa các cặp base đối diện
nhau trên phân tử DNA và tạo huỳnh quang cam/đỏ khi được chiếu tia UV (~ 300 nm).
Các chất nhuộm thay thế khác với độ nhạy tương đương và ít nguy nguy hiểm hơn, đó
là SYBRGreen, GelRed hay Gelstar.
Gel agarose có thể được sử dụng để phân tách các phân tử lớn hơn khoảng 100
bp. Agarose là một dạng polymer có thể được đun hòa tan, đổ khuôn và tạo thành
nhiều miếng gel với kích thước khác nhau (thường là minigel có chiều dài 10 cm). Các
giếng (well) được định hình bằng lược gel (comb) sau khi đổ gel vào khuôn. Miếng
gel được đặt ngập chìm trong dung dịch điện di và DNA được thêm vào các giếng.
Dòng điện đi qua bồn điện di, theo chiều dài gel làm các phân tử DNA tích điện âm di
chuyển về phía cực dương. Agarose gel là một ma trận gồm các lỗ và các phân tử
DNA có kích thước nhỏ sẽ di chuyển qua dễ dàng hơn các phân tử DNA có kích thước
lớn hơn. Với yêu cầu độ phân giải cao hơn hay việc tách chiết các phân tử DNA ngắn
hơn nên sử dụng gel polyacrylamide.
5.3 Vật liệu

17
5.3.1 Đối tượng nghiên cứu
- DNA tổng số
- DNA plasmid
5.3.2 Hóa chất
- Dung dịch đệm điện di (TAE hoặc TBE)
- Agarose
- GelRed (Loading dye + sample dye)
5.3.3 Thiết bị điện di
- Bộ cung cấp nguồn điện (power source)
- Bồn điện di (gel box)
- Khay gel (casting tray), lược gel (combs)
5.4 Các bước chuẩn bị
5.4.1 Chuẩn bị
- Chuẩn bị dung dịch đệm:
1x Tris-Acetate-EDTA (TAE) (được pha loãng từ dung dịch stock có nồng độ
cao hơn) gồm Tris 40 mM (pH 7,6), acetic acid 20 mM, EDTA 1 mM.

- Chuẩn bị loading dye:

Dung dịch đệm chạy mẫu 10X gồm glycerol 50%, bromophenol blue 0,25%, và
xylene cyanole 0,25% trong đệm TAE 1X. Dung dịch đệm thường được chuẩn bị với
thể tích từ 1-10 mL.

- Chuẩn bị gel:
Xác định lượng agarose cần dùng để đạt được nồng độ, thể tích mong
muốn.Thêm lượng 1 g Agarose vào bình chứa .Thêm vào 100 ml buffer điện di thích
hợp và lắc để phân tán agarose đều trong buffer. Cho dung dịch gel vào lò vi sóng và
đun sôi cho đến khi các hạt agarose tan hoàn toàn. Ngưng microwave sau 30 giây và
lắc đều sẽ làm agarose tan nhanh hơn. Làm nguội agarose xuống khoảng 60oC trước
khi đổ gel vào khay có mang lược gel.

- Chuẩn bị bồn điện di:

Khi gel nguội và đặc lại, khay gel được đặt vào bồn điện di, ngập trong dung
dịch đệm điện di. Lược gel được tháo ra tạo nên các “giếng” rỗng dành để cho mẫu

18
điện di vào. Mẫu được bơm vào giếng bằng micropipette (xem Chuẩn bị mẫu). Có thể
thực hiện điện di với các loại dung dịch đệm điện di khác nhau như Tris-Acetate-
EDTA (TAE) hay Tris-Borate-EDTA (TBE). Buffer TAE tạo sự di chuyển trong điện
trường nhanh hơn cho DNA mạch thẳng và độ phân giải tốt hơn cho DNA siêu xoắn;
đệm TBE có khả năng đệm mạnh hơn cho quá trình điện di với thời gian dài hoặc với
hiệu điện thế cao hơn.
5.4.2. Thực hiện:
- Tiến hành trộn 5 μg mẫu với 10 μg loading dye
- Bơm 15 μg đã trộn vào các giếng trên gel.
- Đậy nắp bồn điện di và tiến hành điện di.

19