Spatial and Temporal

Properties of fMRI

Signal and Noise in fMRI

1
时空分辨率

lSpatial resolution
¡能够区分地图中不同空间位置的变化.

lTemporal resolution
¡能够区分单个位置的活动随时间的变化。

2
fMRI空间分辨率

l基本术语
¡Field of View (M cm×N cm)

¡Matrix size (R×C) :Powers of 2

lIn-plane voxel size: M/R N/C

¡Slice thickness>= in-plane voxel size

3
fMRI空间分辨率
l如何确定体素大小
¡检查整个大脑：相对较大的体素（3-5毫米）
¡检查单个大脑区域：较小的体素（1-2毫米）
l在fMRI中使用小体素的两个挑战
¡与噪声相比，信号减少
¡采集时间增加（空间覆盖范围、空间分辨率和
采集时间之间的权衡）

4
 voxel体素大小—基本的空间采样单元
non-isotropic（各向异性）
non-isotropic
Isotropic（各向同性）

Slice thickness>in-plane Slice thickness=in-plane

voxel size voxel size
2.1 x 2.1 x 6
3x3x6 3x3x3
= 27 mm3
= 54 mm3 = 27 mm3
e.g., SNR = 71
e.g., SNR = 100 e.g., SNR = 71
一般来说，较大的体素可以为您带来更多的 SNR。
5
除非激活区域未填充体素（部分体积）
 Partial Voluming
部分体积效应：在单个体素内，来自两种或多种不同组织类型
或功能区域的信号贡献的组合(Huettel, Song & McCarthy,
2004)
This voxel contains mostly 灰质
This voxel contains mostly 白质
This voxel contains gray and white
matter 灰质白质都有. 即使体素内的
神经元被强烈激活，信号也可能因白
质中没有激活而被洗掉。

l 随着体素尺寸的增大，部分
体积化成为一个更大的问题
l 最坏的情况：22 cm x 22
cm x 22 cm 体素将包含整
个大脑
6
fMRI和电生理记
录之间的空间对
应关系

7
需要多大的空间分辨率?
l实验的正确空间尺度取决于所提出的问题
¡神经科医生----额叶损伤----5cm
¡电生理学家---神经元放电----0.1mm
¡fMRI研究----从毫米到厘米

8
什么限制了空间分辨率
l噪音 noise
¡smaller voxels have lower SNR
l头动 head motion
¡体素越小，头部运动引起的数据污染就越多
¡时间分辨率 temporal resolution
¡你的体素越小，获得相同volume所需的时间
就越长
l4 mm x 4 mm ×4mm at 16 slices/sec
lOR 1 mm x 1 mm ×1mm at 1 slice/sec

9
会降低空间分辨率的分析步骤

lSpatial Smoothing
¡Improve the validity of statistical tests
lNormalization
lROI analysis
¡通过信号平均，数据的功能分辨率可以大
大提高。
作为一般规则，许多分析步骤会牺牲空间
分辨率以提高功能分辨率。
10
fMRI的时间属性
time to peak
lHRF 5-8 seconds scan time 3 seconds

oxyHB
deoxyHB
BOLD signal amplitude

Hemodynamic Response Function

undershoot

Time
initial dip 11

Stimulus onset
fMRI的时间属性
¡BOLD fMRI，简单定义，测量体素中脱氧血红
蛋白总量随时间的变化。
¡皮质神经元反应发生在感觉刺激后的几十毫秒
内，但第一次可观察到的血流动力学变化直到
1 到 2 秒后才会发生。
¡持续 1 至 2 秒的负 BOLD 反应（初始下降
initial dip），归因于体素中脱氧血红蛋白量的
短暂增加。

12
BOLD Time Course

13
 Evolution of BOLD Response

14
Hu et al., 1997, MRM
fMRI的时间属性

lTR:
fMRI中时
间分辨率
的基础采
样单元

15
提高时间分辨率的代价

l信号强度减弱
¡必须使用较短的翻转角度（以允许达到稳定状
态），导致信号减少
l获得的slices 更少
¡14 slices TR=1s
¡ 7 slices TR=0.5s
¡ 28 slices TR=2s

16
fMRI的时间属性
l Typical Experiment (TR=3s)
¡刺激将在 TR 开始时呈现.
l 交错刺激呈现
l 刺激将在TR内的不同点呈现
¡ 例如，刺激呈现在 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 秒
¡ 1/3 的试次将正常采样。
¡ 1/3 个试次将以 1s 4s 7s 采样
¡ 1/3 个试次将以 2s 5s 8s 采样
l 局限：减少为每个延迟条件获得的试次trails数量
并增加可变性。
17
 血流动力学反应的线性 Linearity of
the Hemodynamic Response

A B
Linear
addition
线性增加

C D
Nolinear
addition
非线性增加

18
The fMRI Linear Transform

19
线性系统
l Scaling
¡输入比率决定输出比率.
¡示例：如果 Input1 是 Input2 的两倍，则 Output1 将是
Output2 的两倍.

20
线性系统
l Superposition 叠加
¡对输入总和的响应等效于对单个输入的响应之和.
¡Example: Output1+2 = Output1+Output2

-5 0 5 10 15 20 25 30

21
 Evidence for rough linearity
Boynton et al., 1996

Superposition

Scaling: 在所有刺
激持续时间内，在
较高的相对
contrast水平下，
激活振幅更大

22
Linearity of BOLD response
Linearity:
“Do things add up?”
red = 2 - 1
green = 3 - 2

Sync each trial response

to start of trial

Not quite linear

but good enough!

Source: Dale & Buckner, 1997 23

Dale & Buckner, 1997

l 对第二和第三个试次的反应通常与第一个试次相似，
特别是对于间隔为5秒的试次对。
l 对刺激连续呈现的反应以“大致线性”的方式添加
l 与线性的微妙偏离是显而易见的
24
对线性的挑战

lRefractory Period.不应期
¡在出现刺激后的时间段内，在此期间，
后续刺激引起反应降低.
¡初步建议是，fMRI血流动力学反应，间
隔约为2至6秒时可能是非线性的，但间
隔更长之后是线性的.
Superposition: duration of 6 s not 3 s
intervals of 5s is better than 2s

25
 Intra-Pair Inter-Trial
Interval Interval
6 sec (IPI) (16-20
IPI seconds)
4 sec
IPI

2 sec
IPI
1 sec
IPI
Single-
Stimulu
s 500 ms
duration
Huettel & McCarthy, 2000
26
对紧密间隔刺激的血流动力学反应
Hemodynamic Responses to Closely Spaced Stimuli
2.00 0
2
1.50

1.00

0.50

0.00

-0.50
-5 -4 -3 -2 -1 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17

27

Huettel & McCarthy,

fMRI血流动力学反应中的不应期效应

1.40 0
6
Signal Change over Baseline(%)

1.20

1.00
4
2
0.80
1
0.60

0.40

0.20

0.00

-0.20

-0.40
0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13
Time since onset of second stimulus (sec)
28

Huettel & McCarthy,

大脑区域间非线性的差异

SMA

主要区域可能在整个刺激呈现过程 M1
中显示持续活动（更线性）
次要区域可能在刺激开始时暂时活
跃。（ 不应期效应较大）
29
神经适应 Neural Adaption

l如果一个人反复向被试呈现相同的刺激，
那么对该刺激的反应将随着时间的推移而
减弱。

l通过稍微改变刺激，我们可以推断被试适
应刺激的哪个方面。

30
神经适应 Neural Adaption

31
Neural Adaption

32
Neural Adaption

33
34
总结：不应期（Refractory Effect）
l Duration
¡长时程刺激诱发的HRF小于短时程刺激卷积所预测的
HRF
¡呈现持续时间<~6s
¡Inter-stimulus interval
¡由刺激诱发的HRF被先前的类似刺激降低
¡呈现持续时间<~6s
¡Differences across brain regions
¡某些区域显示出与线性的明显偏差
¡可能是由于处理差异造成的
¡Source of non-linearity not well understood
¡神经元效应至少占整体效应的一部分
¡血管差异也可能造成 35
Signal and Noise in fMRI

A 45 B 50

与图像之间的总空间和时间变异性相比，
C 50 - 45 D (50-45)/45
与任务相关的BOLD信号变化非常小

36
Signal and Noise in fMRI
l信号，字面意思定义
¡接收器线圈中的电流量
l我们可以控制什么？
¡扫描仪属性（例如场强）
¡实验任务计时
¡被试合规性（通过培训）
¡头部运动（在某种程度上）
l我们无法控制什么？
¡扫描仪的电力变异性
¡生理变异（例如心率）
¡一些头部运动
¡被试之间的差异 37
Raw signal to noise ratio (raw SNR)

l信号来自磁化强度的变化，我们以前称之为
MR信号。
l噪声来自扫描仪内的热运动。
l原始 SNR 用于评估扫描仪硬件的性能。
l原始信噪比=（大脑内的MR信号）/（大脑外
的热噪声）

38
Functional SNR in fMRI

Task-Related
Variability

Non-task-related
Variability

39
Differences in Voxel 1

functional SNR

790 830 870

Voxel 2

690 730 770

Voxel 3

功能性信噪比反映有多容易看到实验条件之间的差异。 770 810 850

40
The effect of SNR on fMRI data
SNR = 4.0 SNR = 2.0

SNR = 1.0 SNR = .5

41
Functional SNR
l 影响信噪比的一个因素是BOLD响应的强度
l 信号强度还取决于被测区域。
¡fMRI信号变化在初级运动或感觉区域最大，在
与高级认知功能相关的区域，振幅通常降低。
l 与它们之间的差异相比，对每个刺激的反应很大。
l 决定函数SNR的第二个因素是数据中的总体噪声。

42
What are typical SNRs for fMRI
data?
lSignal amplitude
¡Percent signal change: 0.5-2%
lNoise amplitude
¡Percent signal change: 0.5-5%
lSNR range
¡Total range: 0.1 to 4.0
¡Typical: 0.2 – 0.5

43
fMRI噪声的来源
lfMRI数据中的噪声具有时间和空间特征.
TR=250ms

Temporal features

44
fMRI噪声的来源

l1. 噪声的空间特征
.
¡该图像最明显的特征是
大脑的大部分解剖结构
都恢复(recovered)了，
这表明大脑内部的变异
性远高于大脑外部的变
异性。.

45
fMRI噪声的来源

l2. 热噪声.
¡被试和扫描仪电子设备内的电子设备热
运动。
¡热噪声随场强线性增加。
¡理想的热噪声没有空间结构。

46
fMRI噪声的来源

l热噪声Thermal Noise
¡给定强度的热噪声的影响取决于体素的信号强度.

Inside brain: Outside brain:

Gaussian distribution Rayleigh distribution
47
fMRI噪声的来源

l3.系统噪声 System Noise

¡成像硬件功能的变化。
¡主场的均匀性 - 图像之间的空间失真或强度变
化
¡梯度场中的非线性和不稳定性 - 形状和位置随
时间变化
¡射频发射器和接收器线圈中的非谐振 - MR 信
号随时间波动.

48
fMRI噪声的来源

l系统噪声System Noise
¡Scanner drift

静态场强度的细微
变化

扫描仪漂移也
可能由头部移
动引起。
49
fMRI噪声的来源

l4. 运动和生理噪声
¡小运动可以部分校正
¡运动很少是随机的，通常与实验任务相关
¡运动引入了空间和时间相关性。
¡呼吸还通过磁场中的系统性扭曲引入fMRI信号的
变化。

l5. 非任务相关神经变异性
生理噪声而非热噪声或系统噪声是fMRI研究
中变异性的主要来源。 50
 fMRI噪声的来源
l6.行为及认知变化
¡来自被试如何执行实验任务的可变性.
¡被动观看设计
¡被试产生响应的任务
l反应时间Reaction time：该任务只需要检测刺激。
l响应时间Response time：该任务要求被试对刺激做
出一些判断
l被试内和被试间的反应、反应时间的内置变异性。
l速度-准确率权衡

51
血流动力学反应的被试间变异性

l被试内Intrasubject variability
¡与热、系统和生理噪声以及任务执行期间大脑活
动模式的可变性有关。
l被试间Intersubject variability
¡一组被试的fMRI数据的变异性
¡包括与被试内变异性相关的因素，以及被试间在
任务表现和生理学方面的差异.

52
提高 functional SNR

l改进实验设计
l增加场强
l跨试次平均数据。

53
1. 通过实验设计提高 functional SNR

l对于研究人员来说，选择能够引起大而可
重复的信号变化的刺激至关重要.
lMinimize the noise component
¡确保 MR 扫描仪电子元件尽可能稳定。
¡最小化生理和认知变异性
¡练习总是必要的。

54
2.增加场强提高SNR

lRaw SNR
¡MR信号随场强的平方而
增加
¡热噪声随场强线性增加
¡原始SNR随场强线性增
加，
¡随着原始SNR的增加，
从每个体素恢复的总信号
也会增加。（提高空间分
辨率） 55
 2.增加场强提高SNR

lFunctional SNR
¡功能性信噪比包括热
噪声和生理噪声。
¡热噪声随场强线性增
加
¡生理噪声随场强的平
方而增加。
¡功能信噪比可能在高
场处达到渐近线. 56
2.增加场强提高SNR
lFunctional SNR
functional SNR

该体素通过阈值的概率

spatial extent of activation

57
3. 通过平均信号提高SNR

l信号平均的基本假设是，目标信号在重复刺
激下是相同的，而噪声是随机的.
l平均对估计血流动力学反应（HDR）的影响.
¡样本均值的标准误随独立观测值数的平方根而减小
.
如果噪声在每个试次上
的标准偏差为 M 个单
位，则对 n 个 traial 求
平均值将使噪声降低
Noise=M/ n 的系数

n *( signal/noise)
58
SNR=
3. 通过平均信号提高SNR
l平均对血流动力学反应估计的影响
¡信号平均不会增加信号，而是降低噪声.

59
3. 通过平均信号提高SNR
l平均对活动体素探测的影响
¡通过信号平均改善了fMRI活动的检测。
¡体素是否被标记为活动状态仅取决于两
个因素：其统计值和阈值。

60
3. 通过平均信号提高SNR

l平均信号对活动
体素检测的影响.
¡鉴于功能SNR随信
号平均而增加，激
活的空间范围也将
随着信号平均而增
加

61
3. 通过平均信号提高SNR

l平均对活动体素检测的影响
¡当将活动体素的数量绘制为试次次数的
函数时，结果是一个指数函数，该函数
接近但在 100 多次试次后没有达到渐近
线。
¡更典型的fMRI研究是每种情况 20 到 50
个试次的设计.

62
信号平均的替代方式

l当噪声频率与目标信号的频率非常不同
时，滤波器工作得特别好。
¡scanner漂移可以通过高通滤波器消除。
l回归分析似乎是信号平均的替代方法。
¡回归模型中包含的试次越多，检测活动体
素的可能性就越大.

63
Conclusion

l在fMRI研究中，提高信噪比的最常见
方法是信号平均，即收集每种情况的
多个观察结果。
l信号平均可以显著改善HRF的估计，
并增加检测活动体素的可能性.

64