A korai középkorban már a létező kolostoriskolák mellett a városokban
káptalani iskolák is voltak, ezekből alakultak ki később az egyetemek. Ezek általában 4 karból, azaz facultasból álltak. Az első a szabad művészetek kara volt ide 14 és 20 éves koruk között jártak a diákok és a 7 szabad művészetet tanulták: a grammatikát, ami latin nyelvtanból és ókori írók műveinek tanulmányozásából állt. Tanultak retorikát, ez latin beszéd és fogalmazás volt, dialektikát, ami vitázásból és érvelésből állt ezek a tantárgyak a triviumba tartoztak. A másik része a quadrívium volt itt artimetikát azaz számtant, geometriát,asztronómiát és muzsikát ami egyházi énekből állt. A második tanulmányi év után megkaphatták itt a diákok a bachlorátust a 6. év után pedig a doktorátust. A tanulók választhatták még az orvosi és jogi kart. Ide 20 és 25 éves kor között járhattak. Az orvosi karon Hippokratész műveit tanulmányozták a jogi karon pedig egyházi és világi jogot tanultak, ez a római jogon alapult. Az egyetemeken volt még teológia kar is ez egyházi művek tanulmányozásából állt, általában ide felnőtt férfiak járhattak a kart pedig 30 és 36 éves koruk között fejezték be, ez adta a legmagasabb képesítést a középkorban. Az első egyetem a bolognai egyetem volt, ezt Barbarossa Frigyes alapította a 12. sz második felében. Ezután alapították a párizsi az oxfordi az cambridge-i és a prágai egyetemet. Magyarországon az első a pécsi egyetem volt, amit 1367ben alapítottak, ezt követte az óbudai egyetem 1395ben. Az egyetem a tanárok és diákok egyesületét jelentette, akik kiváltságokkal rendelkeztek. Az egyetem élén a rektor állt, akit a magiszterek, azaz tanárok választottak. A különböző karokat pedig a dékán vezette. Az egyetemi polgárok a rektor bírói hatalma alá tartoztak, egyetemeken állami tisztviselők nem járhattak el. Az egyetem maga alkotta meg szabályzatát és az ügyeket is saját tisztviselők intézték el. A tanárok és hallgatók szabadságukat a helyi püspöktől vagy királytól vívták ki, de klerikusoknak számítottak, ami azt jelentette, hogy papi rend tagjaiként tekintettek rájuk. Az egyetemek sokszor a pápa védelme alatt álltak, de elő volt írva az egyházi ruha viselete a misehallgatás és a nőtlenség is. Az egyetemi tanárok a tandíjból és egyházi jövedelemből éltek erre kivétel volt, ha a tanár egy koldulórend tagja volt. A diákok általában szegénységben éltek és kollégiumokba tömörültek, de a városok lakói sokszor panaszkodtak rájuk féktelen életmódjuk miatt. A középkor legfőbb tudománya a skolasztika volt. Ezt tanították az egyetemeken is. Legfőbb elve az volt, hogy a hit és a tudomány összeegyeztethető ezt Aquinói Szent Tamás állapította meg. Fő műve volt a Summa teologiae, ebben szétválasztotta az értelemmel vizsgálható filozófiát és az isteni kinyilatkoztatáson alapuló teológiát. Az egyetemet latinul Alma Maternek is nevezik, ami tápláló anyát jelent latinul, ezzel fogalmazták meg a tudás fontosságát.