VİRÜSLERİN ÇOĞALMASI

Belli başlı viral infeksiyonlar;

1- Litik infeksiyon
2- Transformasyon
3- Kronik (Persistent) infeksiyon.
1- Litik infeksiyon
 
Bu, virüs infeksiyonunun klasik tipidir ve ekseri virüsler
hücrelere bu tarzda saldırma kabiliyetine sahiptirler. Genel olarak,
bir virüs partikülü bir hücreye girer ve oldukça hızlı bir biçimde
çoğalır, böylece çok sayıda yeni virüs partikülleri oluşur, bu yeni
virüs partikülleri yavaş veya hızla hücrelerden serbest hale
geçerler. Bir T fajı ile infekte edilen bir E. Coli 30 dakika içinde
300 kadar yeni faj partikülleri üretir. İnfeksiyon zamanı ile yeni
virüsün üretiminin yapıldığı zaman arasındaki periyot virüs büyüme
(çoğalma) siklusu olarak adlandırılır. Hayvansal virüslerde büyüme
siklusu süresi değişiklik gösterebilir. FMDV ve bovin enterovirüs
gibi bazı pikornavirüsler infeksiyondan 2 saat sonra yeni virüs
partiküllerini üretebilirler. Diğer virüsler için bu süre birkaç gün
olabilmektedir.
2- Transformasyon
 
1911 yılında Peyton Rous civcivlerde tümörlere neden olan bir
virüs keşfetti. Bu buluştan sonra, hayvanlarda veya doku kültürü
hücrelerinde hücreleri transforme eden çok sayıda virüs
belirlenmiştir. Birçok durumda infekte edici partiküller ortadan
kaybolurlar, buna rağmen bu infekte edici partiküller tekrar
ortaya çıkmak üzere fırsat bulduklarında indüklenebilirler ve
hücrelerin lizis olmasına neden olurlar. Temperate (ara) fajlar
olarak bilinen belli bakteriyofajlar da bu şekilde davranabilirler
ve birçok hücre generasyonunda bu fajlar hücreye zarar
vermeden, istenmeyen durumlara neden olmadan, kalırlar. Buna
rağmen, bazen bu temperate fajlar aniden çoğalıp yeni faj
partikülleri üreterek bakteri hücrelerinin lizisine neden olurlar.
Günümüzde bu durum iyi bir şekilde aydınlatılmıştır ve faj nükleik
asidinin bakteriyel DNA ya integre olduğu (dahil olduğu)
gösterilmiştir. Bu durumdaki virüs DNA sı profaj olarak
adlandırılır.
Hayvansal virüsler için durum daha komplekstir ve çok sayıda
değişik virüs grupları transformasyona neden olma yeteneğindedir.
Bu virüs grupları bazı durumlarda tümörlere neden oldukları
gösterildiğinden zamanımızda genel olarak onkogenik virüsler
olarak adlandırılmaktadırlar. Hem DNA hem de RNA virüsleri,
özellikle papovaviridae, adenoviridae ve lökovirüs familyaları üyeleri
olmak üzere, transformasyona neden olabilirler. Sonuç olarak viral
genetik bilgi konak hücre kromozomları içine integre olmakta ve
virüs karakteristiklerinden çok azı belirgin olmaktadır. Buna
rağmen, transforme olmuş hücrelerin yapısı ileri derecede
değiştirilmektedir.
3- Kronik (Persistent) infeksiyon

Üçüncü tip infeksiyon tarzı olan kronik (ısrarlı, persistent)

infeksiyon, özellikle herpes virüsler veya paramiksovirüsler ile
infekte olmuş hayvan hücrelerinde önemlidir. Bu tip infeksiyonda,
litik infeksiyonu tamamlayacak yol başarısız olarak görülür ve
kısmen oluşmuş virüs partikülleri veya nükleokapsidler hücrelerde
birikirler. Onkogenik virüslere zıt olarak, kronik olarak infekte
olmuş hücrelerin hücre zarları, virüs zarflarına çok benzer
özelliklere sahiptirler ve bu zarlar ör, hemaglutine edici aktivite
gösterirler ve virüs spesifik antikorlar ile tanımlanabilirler.
 
 
Virüs-Konak hücre
ilişkileri
Hayvansal virüslerin hücreler üzerine muhtemel etkileri.
Replikasyon (Çoğalma)

Pratik olarak tüm virüslerin büyüme-çoğalma siklusları farklı

kademelere bölünebilirler. Farklı virüsler için kullanılan mekanizmalar
farklı olabilir, fakat bütün virüsler kesin olarak bir olaylar sırasından
geçmek zorundadırlar. Kısaca virüs hayat (yaşam-çoğalma-büyüme)
siklusu sekiz ana kademe içerir;

1- Tutunma
2- İçeri giriş
3- Gömlek atma
4- Hücresel olayların kontrolü
5- Virüs genlerinin anlatımı (ekspresyonu)
6- Virüs proteinlerinin sentezi
7- Virüs nükleik asidinin çoğalması (replikasyonu)
8- Olgunlaşma ve virüs partiküllerinin açığa çıkışı
Şekil. Genel bir virüs hayat siklusu.
Viral infeksiyonun vücuda giriş yolları
T4 Fajı
1- Tutunma (adsorbsiyon)
 
Bir virüsün çoğalma siklusunun başlayabilmesi için ilk
ve en önemli kademe virüsün konak hücre yüzeyine
tutunmasıdır. Bütün virüsler ileri derecede konak hücre
spesifitesi gösterirler. Küçük RNA bakteriyofajları
bakteri hücrelerinde “F-pili” olarak bilinen hücresel
uzantılara tutunurlar. Hem konak hücre membranında hem
de virüs partiküllerinde tutunma için spesifik reseptörlerin
gerekli olduğu belirtilmesine rağmen, tutunmanın
elektrostatik olarak (iyonik ve Van der Waal’s bağları ile)
meydana geldiği ortaya konmuştur.
 Reseptör yapıları lipoprotein, lipopolisakkarit veya
glikoprotein yapısında olabilir. Virion proteini veya
antireseptör hücre yüzeyindeki reseptöre bağlanır. Bu
işlemin klasik bir örneği influenza virüsünün hemaglutinin
antireseptörüdür. Poksvirüsler ve herpes virüsler gibi
kompleks virüsler birden fazla antireseptöre sahip
olabilirler. Bu nedenle de antireseptör farklı reseptörlerle
ilişkiye girebilen farklı domenlere sahip olabilirler. Bazı
durumlarda tutunma, virion yüzeyinde irreversibil
değişikliklere yol açar.
Virüsler için hücrelerde yer alan reseptör tipleri
Herpesvirüsün adsorpsiyonu
 2- İçeri Girme (Penetrasyon)

Hershey ve Chase (1952) deneyleri, T-fajların sadece

nükleik asidinin E. Coli hücrelerine girdiği, virüs kılıfının ve
diğer kısımlarının hücre yüzeyinin dışında kaldığını göstermiştir.
Son zamanlarda protein kılıfın hücrenin dışında kalmasına
rağmen, bazı proteinlerin nükleik asit ile birlikte içeri girdiği ve
daha sonraki kademelerde önemli bir rol oynadığı ortaya
konmuştur. Bundan farklı olarak birçok virüs, kapsidin hiçbir
kısmını dışarıda bırakmadan hücre tarafından sağlam bir şekilde
içeri alınmaktadır. Bu muhtemelen küçük RNA bakteriyofajları
ve TMV gibi bitki virüslerinde görülen durumdur.
 Hayvansal virüslerde içeri girişin en yaygın tipi ise
fagositoz yoludur. Hücrelerin yabancı partiküllere doğal
cevabı onları sindirip atmaktır fakat bu durumdan virüs
hücre membranına girmek için yararlanır ve içeri girince
de virüsleri parçalayacak olan hücresel mekanizmaları
devre dışı bırakır. Virüslerin bir hücreye tutunması
temperatüre bağlı değildir, giriş ise temperatüre bağımlı
bir kademedir ve bu kademe sodyum florid gibi fagositozu
bloke eden metabolik zehirlerle inhibe edilir.
Temelde penetrasyon işlevi yaygın olarak iki farklı biçimde
gerçekleşebilir;

1-Virüs partiküllerinin sitoplazmik vesiküller içinde birikmesine

yol açan endositoz yolu. Bu yolun özellikle poliovirüs gibi
zarfsız virüsler için zorunlu olduğu söylenebilir.Bunun yanında
ortomiksovirüsler gibi bazı zarflı virüsler de bu yolu kullanırlar.
Bu yol pH ya bağımlı bir işlemdir.
2-Virion zarfı ile hücresel membranın füzyonudur. Bu durumda
kapsid sitoplazma içinde serbest kalacaktır. Herpesvirüsler
paramiksovirüsler ve HIV de görülen bir yoldur. Bu işlem ise
pH bağımlı değildir.
 Zarflı virüslerin penetrasyon işlevi çok komplekstir.
Paramiksovirüsler gibi bazı zarflı virüsler, aynı veya farklı hücreler
arasında füzyona neden olabilirler. Ör, karışık bir kültürün Sendai
virüsüne maruz bırakılması ile hem insan hem de sıçan kültürlerinden
nükleusları içeren hücreler oluşturulabilir. Measles (kızamık) virüsü
örneği gibi, paramiksovirüslerin ortak bir özelliği “sinsitya” olarak bilinen
çok-nükleuslu büyük hücrelerin oluşumuna neden olma yetenekleridir.

Sonuç olarak sadece istisnai durumlarda nükleik asit tek başına

hücreye girer ve daha çok görülen yol sağlam virüs partiküllerinin
bütünüyle yutulmasıdır. Bu durumun belirgin avantajları vardır, çünkü
virüs replikasyonu için uygun olacak hücre siklusundaki özel bir kademe
veya uygun gelişimleri bekleyerek, virüs genomu belli bir süre yabancı bir
genosferde korunmuş olarak kalabilir.
Hücreye giriş (T fajlarında)
Endositotik vesikülle influenza virüsünün hücreye girişi
Poliovirüs girişi
 3- Virüslerin Kılıf (Kabuk, gömlek) Atması
 
Sağlam virüs partiküllerinin hücre içine alındıktan sonra,
virüsün bir etki göstermeye başlamasından önce oldukça bir
gecikme söz konusudur. Bu etki TMV infeksiyonu ile
gösterilmiştir; öyleki, konak hücreyi infekte etmek için çıplak
RNA kullanıldığında elde edilen ilk semptom için geçen zamandan
birkaç saat daha uzun sürenin sağlam TMV infeksiyonu için
gerektiği gösterilmiştir. İnfeksiyon periyodunun hiçbir şey
olmayan bu zaman periyodu eklips periyodu olarak adlandırılır.
Bu eklips süresi çok değişkendir. Ör, pikornavirüsler için bu süre
2 saat iken vaskinya virüsü için 10-12 saat olabilmektedir.
 Kabuk atma işlevi, örneğin
ortomiksovirüslerde, fagositik vesiküllerde gerçekleşen
bir işlevdir. Adenovirüs ve herpes virüs gibi bazı DNA
virüsleri, nükleuslarda replike olmaktadırlar ve
nükleokapsidler muhtemelen kabuk atma işlevini
tamamlamadan önce nükleusa taşınmaktadırlar.
 Poksvirüs grubu üyelerinin kabuk atma işlevi oldukça
karışıktır. Virüs fagositoz yolu ile alınmaktadır ve tüm kılıfları sağlam
olan tam bir viral partikül halinde vakuollerde görülebilmektedir. Kabuk
atma olayı iki kademede gerçekleşmektedir. İlk kademe penetrasyondan
hemen sonra başlar ve dış zarf materyalinin ortalama yarısının yıkımı ile
sonuçlanır, buna rağmen bu işlevde merkezde bulunan viral DNA zarar
görmez. Bu, muhtemelen konak hücre tarafından yürütülen bir işlevdir,
çünkü fagositik vesikül herhangi bir yabancı partiküle cevap vereceği
gibi virüse cevap vermekte yani tavır almaktadır. Buna rağmen bu
kademede virüs partiküllerinin konak hücreleri tarafından sindirilmesi
durur ve vesiküllerin normal davranışında dramatik değişimler meydana
gelir. Vesiküllerin çeperleri yok olur ve virüs merkezi (genetik materyali)
sitoplazmada serbest şekilde yer alır.
 Kabuk atmanın ikinci kademesinde DNA’ nın
merkez ( kor) den ayrılması gerçekleşir ve bu olayın DNA
hala merkez (kor) içinde iken virüs genomu tarafından
üretilen bir kabuk atma (uncoating) proteini ile etkilendiği
düşünülmektedir. Vaskinya virüs partikülleri kor yapıda ve
kordan çıktıktan sonra virüs DNA sının
transkripsiyonundan sorumlu olan, bir DNA bağımlı RNA
polimeraz içerirler. Öyle görülmektedir ki kabuk atmanın
başlangıç kademeleri hücrenin kontrolü altında
olabilmekte halbuki final kademeler virüs tarafından
kontrol edilmektedir.
 Kabuk atma işlemini izleyen işlevler nükleik asidin
yapısına bağlıdır. DNA virüsleri ele alındığında, virüs DNA
sı önce virüs-spesifik mRNA ya anlatımı yapılmalıdır
(transkripsiyonu yapılmalıdır) ve daha sonra bu mRNA,
virüs-spesifik proteinlerin sentezini yapmak için hücresel
ribozomları kullanabilecektir. Buna karşın RNA
virüslerinde, virüs proteini üretimi yapılmadan önce, RNA
sentezinin olması her zaman gerekli değildir. Ör,
pikornavirüs nükleik asidi kendisi mRNA gibi iş görebilir ve
nükleik asit virüsten serbest kalır kalmaz derhal hücre
ribozomlarına bağlanabilir.
VİRÜSLERDE REPLİKASYON MEKANİZMALARI

Virüslerde genetik materyal yapı ve biçim bakımından çok

çeşitlilik göstermektedir. Bu yapısal çeşitliliğe uygun olarak
virüslardaki replikasyon da çok değişik mekanizmalarla
gerçekleşmektedir. Genetik materyalin DNA veya RNA, tek zincirli
veya çift zincirli olmasıyla ilişkili olarak replikasyon mekanizmasının
özellikleri de değişmektedir.
Virüslerin bazıları replikasyonda kendi enzimlerini kullanırken
bazıları da replikasyonları sırasında konak hücre enzim sistemlerini
kullanırlar.
DNA Virüslerinin Replikasyon Mekanizmaları
 
DNA replikasyon mekanizması üzerine bu güne kadarki
bilgilerimizin çoğu bakteriyofaj DNA sı üzerindeki çalışmalardan
ortaya çıkmıştır. Polimerazlar, ligazlar nükleazlar ve unwindazlar
(sarmalı açan enzimler) gibi çok sayıda enzimler DNA
replikasyonunda iş görmektedir. Özet olarak açıklarsak: DNA
polimerazlar; primer ipliğin 3’ (OH) ucuna 5’ nükleotidlerin
katılmasıyla 5’---------->3’ yönünde polinükleotid ipliklerini
uzatırlar, Ligazlar; çift iplikli DNA moleküllerinde tek iplikteki
kopuklukları tamir ederler. Nükleazlar; DNA moleküllerini
spesifik boyutlarda keserek önemli bir rol oynarlar, bazen bunlar
virüs kapsidinin yapısal proteinleridirler.
Virüslerin, konak hücreler gibi genetik materyal olarak
DNA taşımaları virüslere bazı avantajlar sağlar. Ör.,
replikasyonda konak hücrenin enzim sistemlerinden ve
onarım sistemlerinden yararlanırlar. Bazı hayvansal
virüsler (herpes virüs, vaskinya virüs) kendi genomlarının
replikasyonu için gerekli bazı özel proteinlerin sentezini
teşvik ederler, bazıları ise ya hücresel DNA
replikasyonunu hızlandıran proteinleri üretirler ya da
sadece viral DNA replikasyonuna özgü proteinler meydana
getirirler.
 Tek zincirli DNA virüslarının genomları genellikle
halka biçimindedir ve DNA ları viral ya da (+) zincir olarak
adlandırılır. Halka biçimindeki tek zincirli virüs DNA
larının replikasyonunda öncelikle tamamlayıcı bir (-) zincir
sentez edilerek genom çift zincirli biçime (replikatif form,
RF, olarak adlandırılan) dönüşür.
 Tek zincirli DNA fajlarının replikasyon mekanizması en iyi
X174 fajında araştırılmıştır. Bu fajın halka biçimindeki DNA sı E. coli
içine girer girmez, konak hücrenin enzimlerini kullanarak,
replikasyona başlar ve tamamlayıcı bir ( - ) zincir meydana getirir.
( + ) ve ( - ) zincir bir arada kalarak RF molekülü oluştururlar. RF
daha sonra replikasyonla 10-15 kadar yeni RF molekülü meydana
getirir. Bundan sonra RF moleküllerinin yerine sadece tek ( + )
zincirler sentez edilir. Bu halkalar virüs partikülü içinde
paketlenirler ve olgun fajları oluştururlar. X174 fajının replikasyon
mekanizması modeli yuvarlanan halka (rolling circle) olarak
adlandırılır. Bu mekanizma X174 ten başka bütün tek zincirli DNA
fajlarında ve diğer bazı virüslerde de görülen replikasyon
mekanizmasıdır.
 
 Hayvansal virüslerden parvovirüsler ise küçük tek
zincirli doğrusal DNA içerirler.

Çift zincirli DNA virüslerinde genomun biçimine göre

bazı değişik replikasyon mekanizmaları rol oynar. E. coli’ye
özgü T serisi fajlardan T4 fajının genomu oldukça büyüktür.
Doğrusal ve çift zincirli DNA içerir. T4 fajı infeksiyonunda
öncelikle konak hücrenin makromolekül sentezi durur, DNA sı
parçalanır ve serbest nükleotidler fajın replikasyonunda
kullanılır. Bazı faj genleri tarafından DNA replikasyonu için
gerekli enzimler sentez edildiğinde replikasyon belli bir
noktada başlar ve iki yönlü olarak yapılır.
 5’---------->3’ yönünde sentez edilen kısa Okazaki
fragmentleri meydana gelir, bunlar ligazlarla birbirine
eklenir. Konak hücre bir ya da daha fazla sayıda çok uzun
DNA molekülleriyle (konkatamer; aynı molekül içinde uç
uca kovalent biçimde bağlanmış birden fazla genomu içeren
molekül) dolmaya başlar. Büyük olasılıkla T4 DNA sı
replikasyon yaparken halka biçimini alır ve replikasyon
yuvarlanan halka şeklinde meydana gelir. Çok uzun
moleküllerin oluşumu, kalıp görevi yapan zincirin
tamamlayıcısı olan zincir sentezinin bir devir
tamamlandıktan sonra kesilmeden devam etmesiyle sağlanır.
 Genel olarak, DNA virüslerinin replikasyonu
hücresel DNA nın replikasyonunda iş gören benzer
enzimlerin kullanılması ile olur ve DNA virüslerinin ortak
bir özelliği, replikasyon işlevleri sırasındaki bazı kademede
dairesel bir yapının varlığıdır. Yeni sentezlenen
moleküllerin ekseriya anaya ait ipliklerden uzun
olduklarının keşfi, siklik bir mekanizmanın iş gördüğü tezi
ile kolayca anlaşılabilir.
•Genomu çift zincirli, doğrusal ve uçlarda aynı dizilerin tekrarlandığı
DNA dan ibaret olan T7 fajında ise replikasyon bir uca yakın sabit
bir noktada çift zincirli yapının denatürasyonuyla başlar ve her iki
zincirde iki yönlü olarak yapılır.

•Adenovirüslerde DNA replikasyonunun iki özelliği vardır. Birincisi,

her zincirin replikasyonunun sırasıyla yapılmasıdır. Önce bir zincirin
sentezi tüm zincir tamamlanana kadar devam eder yani sentez
süreklidir. Yeri alınan zincir daha sonra diğer yavru molekülün aynı
yolla oluşumunda kalıp görevi yapar. Ayrıca replikasyonda primer
olarak RNA yerine protein kullanılır ve Okazaki fragmentleriyle
yapılan kesintili replikasyon meydana gelmez.

 
Adenovirüs replikasyonu
Adenovirüs DNA replikasyonu
Herpesvirüslerde replikasyon
Herpesvirüslerde gen ekspresyonu
Herpesvirüsler
Herpesvirüsler
Herpesvirüsler
Herpes virüsler
Sitoplazma ve vakuol içinde olgun herpesvirüsler
Herpesvirüsler
RNA Virüslerinin Replikasyon
Mekanizmaları
RNA genom konfügrasyonları

1. Çift zincirli RNA veya tek zincirli RNA olabilir,

2. (+) zincirli, (-) zincirli veya her ikisi (ambi-sense)
olabilir,
3. Segmentli veya segmentsiz olabilir.
 RNA virüsleri genom konfügrasyonlarına göre 7
gruba ayrılabilir;

1). Segmentsiz (+) zincir, ör. pikornavirüsler

2). Segmentli (+) zincir, ör. nodavirüsler
3). Segmentsiz (-) zincir, ör. rhabdovirüsler
4). Segmentli (-) zincir, ör. orthomyxovirüsler
5). Ambi-sense (+/-) zincir, ör. arenavirusler
6). Segmentli çift zincirli, ör. reovirüsler
7). Segmentsiz (+) zincir, DNA intermediate.
Ör.retrovirüsler
 RNA virüsleri replikasyonu için temelde iki ana mekanizma
iş görmektedir. Bazı virüsler, DNA olaya katılmadan, RNA
ipliklerini direkt olarak çoğaltabilen replikaz (RNA bağımlı
RNA polimeraz) diye adlandırılan bir enzimi kodlarlar.
Diğer tip virüsler, viral RNA nın baz sekuenslerini DNA
şekline çevirebilirler, ki bu DNA molekülleri sekuensleri
daha sonraki belli kademede, tekrar geriye yani virüs RNA
sının sentezi için kullanılırlar. Burada iş gören enzimler ise
revers transkriptazlar olarak adlandırılırlar. RNA
virüslerinde replikasyonu kataliz eden enzim virüs genomu
tarafından şifrelenir. Öncü moleküller de (ribinükleozid
trifosfatlar) hücreler tarafından karşılanır.
• RNA virüslerinde de genetik materyal tek zincirli veya çift
zincirli olabilmektedir. Tek zincirli RNA içeren virüslerin
bazılarında viral genom aynı zamanda mRNA nın karşılığıdır
(yani mRNA gibi iş görür) ve virüse özgü proteinlerin
sentezinde translasyonu yapılacak bilgiyi taşır (direkt
translasyona katılırlar). Böyle virüs genomlarına pozitif (+)
zincirli genomlar adı verilir. Diğer tip RNA virüslerinde ise
viral genom, mRNA nın tamamlayıcısıdır ve direkt
translasyona katılmazlar. Böyle virüs genomlarına da negatif
( - ) zincirli genomlar adı verilir.
(+) zincirli RNA virüslerinden poliovirüste
(pikornavirüslerden), + zincirli genomdan önce bol miktarda
( - ) zincir sentezi yapılır, bu zincir de kalıp olarak
kullanılarak (+) zincir sentezi yapılır. Bu sentezi yapılmış
olan (+) zincirlerin bir kısmı protein sentezi için mRNA
olarak görev yapar, bir kısmı başka ( - ) zincirlerin
sentezinde kalıp görevi yapar ve bir kısmı da virüsün
protein kılıfı içinde paketlenerek yeni virionların genomunu
oluştururlar.
Şekil. Pikornavirüslerin replikasyonları esnasında meydana gelen olaylar.
•(-) zincirli RNA virüslerin de ise (vesicular stomatitis virüs, VSV
(rhabdovirüslerden)) önce tamamlayıcı (+) zincir sentezi yapılır.
Daha sonra kalıp olarak kullanılan bu (+) zincirlerden çok sayıda
(-) zincirler yani virüsün genomu yapılır.
•Reovirüslerin genomu ise parçalı (yaklaşık 10 parça) yani
segmentli çift zincirli RNA dır. Bu virüslerde önce (- ) zincir kalıp
olarak kullanılıp sadece yeni (+) zincirler yapılır. İnfeksiyonun
daha sonraki aşamasında mRNA gibi iş gören (+) zincirlere göre
sentez edilen kapsid proteinleri (+) zincirlerle birlikte kapside
benzer bir yapıyı (precore) oluştururlar. Ancak bu aşamadan
sonra (+) zincir virüsün polimerazı tarafından çift zincirli duruma
getirilir. Yani bu virüslerin genomik RNA larındaki (+) zincir
replikasyona katılmaz.
Reovirüsler
 Retrovirüsler; (+) zincirli RNA virüslerinden olan
retrovirüslerde replikasyon mekanizmaları diğer virüs replikasyon
mekanizmalarından farklılık gösterirler. Bu virüslerin replikasyon
mekanizmalarında ara ürün çift zincirli DNA kopyasıdır (provirüs).
(Bakteriyofajlarda profaj; hayvansal virüslerde provirüs). Provirüs
konak hücrenin kromozomlarının yapısına girer ve virüs genomlarının
sentezinde kalıp rolü oynar. Buna göre retrovirüslerde RNA nın
replikasyonu DNA aracılıyla olmaktadır. Retrovirüslerin
replikasyonunda iş gören enzim olan ters transkriptaz (revers
transkriptaz, RT), işlev açısından diğer polimerazlara benzemeyen bir
enzimdir. Diğer polimerazlarda; DNA dan RNA veya RNA dan RNA
sentezlenebilirken RT enzimleri ile RNA dan DNA
sentezlenebilmektedir.
Retrovirüsler
•RNA kalıbından sentezlenen yeni DNA, cDNA olarak
adlandırılır. Bu viral cDNA konak DNA sına integre olur
(katılır, inkorporasyon). Provirüs hücre DNA sı içinde
stabil kalır ve onunla birlikte replikasyon geçirir.
Provirüsün traskripsiyonu ise hücresel RNA polimeraz
tarafından gerçekleştirilir. Meydana gelen tam boydaki
RNA lar ya virüsün genomu olarak ya da viral proteinler
için mRNA olarak iş görürler. Sentezlenen genomik RNA
lar nükleustan sitoplazmaya geçer ve orada yeni virionların
oluşumu için gerekli proteinlerin yapımında iş görürler.
•Yeni virüsler tomucuklanarak konak hücreden ayrılırlar
(kaçarlar). AIDS virüsü, retrovirüs grubundan bir virüstür.
Retrovirüslerin çoğu (ör, Rous sarcoma virus) hayvanlarda
bazı tip kanserlerin oluşumuna yol açarlar.
Orthomiksovirüsler
İnfluenza virüs replikasyonu
Şekil. Ambi-sense (+/-) zincirli virüslerin replikasyonu;
Virüs Genomlarının Translasyonu

Ortomiksovirüsler (influenza, -ssRNA) ve reovirüslerde (-dsRNA)

olduğu gibi ekstrem bir durum bazı belli virüsler tarafından ortaya
konmaktadır. Bunların genomları segmentlenmiştir. Yani bir virionda bir RNA
molekülü yerine çok sayıda küçük RNA molekülleri yer almaktadır. Her bir
fragment virüsün bir genini temsil eder. Yani her bir partikül her bir genden
sadece tek bir kopya taşır.
İnfluenza, tek zincirli bir RNA virüsüdür ve protein sentezi
başlamadan önce virion RNA sının transkripsiyonu gerekmektedir (- RNA
olarak kabul edilir ve mRNA ya transkribe edilmelidir, oysa direkt
translasyona girebilen viral RNA lar ise + RNA (mRNA) olarak kabul edilirler).
Reovirüsler çift zincirli RNA içerirler ve ayrıca transkriptaz
moleküllerini de içerirler. Her biri bir genin büyüklüğüne uygun 10 segmentten
oluşur.
DNA virüslerinde, ekseri çift-zincirli DNA virüsleri ile infeksiyondan
sonra, konak hücre transkriptazları virüs-spesifik mRNA üretimi için iş görür.
Bunun yanında poksvirüsler tamamen hücre sitoplazmasında replike olurlar ve
virionda bir transkriptaz içeren tek örneği oluştururlar. Poksvirüs DNA sı
kabuk atma işlemi bitmeden önce bile kısmen mRNA şekline transkribe edilir,
3’ uçları poliadenile edildikten sonra ribozomlara bağlanırlar.
Virüs Partiküllerinin Olgunlaşması

Sadece nükleik asit ve protein içeren basit virüsler

bir self assembly (kendiliğinden kurulma) işlemi ile
olgunlaşırlar. Bunlarda da iki tip bilinmektedir. Biri
(örneğin, TMV) nükleik asidin varlığına gerek duyar ve
kapsid ile nükleik asit arasında ileri derecede bir
interaksiyon (etkileşim) vardır. Diğer tarz olgunlaşma,
daha sonra nükleik asit ile doldurulan, boş partiküllerin
önceden oluşmasını içerir. Özellikle ikozahedral virüslerde
bu durumun varlığı görülür.
•Kompleks virüslerin nükleokapsidi genellikle lipid içeren
bir membran ile sarılmıştır. Bu dış membran (membranlar)
hücre membranı içinden nükleokapsid tomurcuklanması
yolu ile oluşmaktadır. Bazı nükleokapsidler hücrenin dış
membranı içinden geçmeden önce, nüklear membran veya
hücre vesikülleri membranı içinden geçerler. Bu
durumlarda virüsler çift membrana sahip olabilirler.
Herpes virüsler gibi virüsler hücrenin nükleusunda
olgunlaşırlar. Dolayısıyla nükleus membranından
tomurcuklanırlar.
•Genel olgunlaşma mekanizmasında konak hücre
proteinlerinin virüs tarafından belirlenmiş glikoproteinler
ile yer değiştirdiği ve sonra virüs nükleokapsidinin bu
membran içinden sıyrıldığı anlaşılmaktadır. Yani
nükleokapsidi bir memran kısmının kuşatmasıyla olgun
partiküller tomurcuklanarak hücreden ayrılırlar. Sonuçta
membran proteinleri virüsler tarafından belirlenirken,
virüs zarı lipidinin esas vericisi konak hücredir. Ör, aynı tip
virüs farklı hücre tiplerinde çoğaltıldığında virüsün lipid
bileşiminin konak hücreninkine benzer olduğu ortaya
konmuştur. Bazı virüsler, virüsün yapısal bir parçası
olmayan fakat varlığı normal kurulmaları için gerekli olan
morfogenetik faktörler oluştururlar. Bunlar bazen
moleküler şaperonlar olarak adlandırılırlar. Bu işlemde
hücresel şaperonlar da yer alabilirler
Şekil. TMV de olgunlaşma
Nükleik asit kapsit içinde paketlenir.
HIV-1 Elektron mikrografı