DIPLOMSKI RAD

DIPLOMSKI RAD

SADRAJ
SADRAJ..................................................................................................................... 2 UVOD.......................................................................................................................... 3 1.PROTEINI.................................................................................................................. 4 2.Biohemij.................................................................................................................4 3.Sintez..................................................................................................................... 5 3.1 Hemijsk sintez...............................................................................................6 4.Struktur.................................................................................................................6 4.1 Primrn struktur............................................................................................7 4.2 Sekundrn struktur........................................................................................7 4.3 Tercijrn struktur...........................................................................................8 4.4 Kvrtern struktur...........................................................................................8 5.Podel protein........................................................................................................9 6.Funkcij.................................................................................................................10 7. Enzimi...................................................................................................................11 8. elijsk komunikcij...........................................................................................12 ZAKLJUAK............................................................................................................... 13 LITEARTURA..............................................................................................................14

DIPLOMSKI RAD

UVOD

Proteini ili belnevine su veliki orgnski biomkromolekuli sstvljeni od mino kiselin, koje su porene u linerne lnce i spojedne meusobno peptidnim vezm izmeu ugljenikovog tom i mino grupe dve mino kiseline. Sekvenc mino kiselin u proteinu definisn je u genim i sdrn u genetskom kodu. Genetski kod odreuju 20 osnovnih mino kiselin. Proteini mogu d deluju zjedno d bi tko lke dostigli odreene funkcije i zto se vezuju u stbilne komplekse. Ko i svi bioloki mkromolekuli, ko to polishridi i mino kiseline, i proteini ulze u sstv ivih orgnizm i uestvuju u svim procesim meu elijm.

DIPLOMSKI RAD

1.PROTEINI
Proteini ili belnevine su veliki orgnski biomkromolekuli sstvljeni od mino kiselin, koje su porene u linerne lnce i spojedne meusobno peptidnim vezm izmeu ugljenikovog tom i mino grupe dve mino kiseline. Sekvenc mino kiselin u proteinu definisn je u genim i sdrn u genetskom kodu. Genetski kod odreuju 20 osnovnih mino kiselin. Proteini mogu d deluju zjedno d bi tko lke dostigli odreene funkcije i zto se vezuju u stbilne komplekse. Ko i svi bioloki mkromolekuli, ko to polishridi i mino kiseline, i proteini ulze u sstv ivih orgnizm i uestvuju u svim procesim meu elijm. Mnogi proteini su enzimi koji ktliu biohemijske rekcije i znjni su z metbolizm. Drugi imju strukturne ili mehnike funkcije ko proteini u cito skeletu, koji formirju kimu koj ini oblik elije. Znjni su u elijskom signlu, dheziji elij, imunolokom sistemu i elijskom ciklusu1. Neophodni su u noj ishrni, jer ivotinje ne mogu d sintetiu sve mino kiseline, i morju neke d uzimju iz hrne. Re protein potie od Grke rei protos to zni njvniji, prvi . Ove molekule je prvi opiso i imenovo Dons Bercelijus 1838. Prvi protein koji je izdvojen je insulin od strne Frederik Snger, koji je dobio Nobelovu ngrdu z ovo otkrie 1958. Meu prvim su otkriveni i hemoglobin i mioglobin n osnovu kristlogrfje Xzrenj[1, 2, 3].

2.Biohemij
Proteini su linerni polimeri izgreni od 20 rzliitih L- mino kiselin. Sve mino kiseline dele zjednike strukturne krkteristike ukljuujui -ugljenik z koji su mino grup, COO- grup i boni lnc vezni. Smo se prolin rzlikuje u bonoj strukturi jer sdri

erban, M, Nada: Hemija - strukture i oblici, ZUNS, Beograd, 2001., str:77

DIPLOMSKI RAD
neuobijen prsten n N-krju mino grupe koji dri CO-NH polovinu u fiksnoj konformciji. [4] Boni lnc mino kiselin, iji su detlji dti u listu stndrdnih mino kiselin, imju rzliite hemijske krkteristike koje reprodukuju 3D strukturu. Amino kiseline u polipeptidnom lncu su povezne peptidnim vezm. Peptidn vez je sinjen od COO- i [NH3] + grupe. Peptidn vez je osnov peptidnog lnc. Formirnje peptidne veze rezultuje otputnjem H2O. NCC ponovljeni niz je kim peptid dok s strne stoje boni lnci . Oznvnje linernog red mino kiselinskih osttk ide od N-terminus k C-terminusu. Delimino dvogubi krkter peptidne veze uzrokuje d lnc im smo dv stepen slobode po mino kiselinm, tko d se kiseonik iz krbonilne grupe i midni vodonik nlze u istoj rvni ko i peptidn vez i jedino je mogu rotcij oko CO-C i N-C. Kiseonik iz krbonilne grupe i vodonik iz midne grupe se zbog sternih interkcij nlze u trns poloju koji je energetski njpovoljniji (trns je u odnosu n cis stbilniji z 8 KJ/mol). Krj protein s slobodnom COO- grupom je oznen ko Cterminus, krj [NH3] + ko N-terminus.

3.Sintez
Proteini su sklopljeni od mino kiselin iji je rspored zpisn u genim. Svki protein im jedinstvenu mino kiselinsku sekvencu koj je odreen sekvencom nukleotid u genu, nju odreuje protein. Genetski kod je set tri nukleotid koji se zovu kodoni. Sve tri nukleotidne kombincije su svojstvene z jednu minokiselinu, npr. AUG je kombincij z metionin. DNA sdri etiri rzliit nukleotid, to zni d je broj moguih kombincij kodon 64. Geni sdrni u DNA se prvo trnskribuju u informcionu RNA preko (iRNA) poiljoc, ko to je RNA-polimerz2. Nkon tog ide u ribozome. U prokriotim iRNA moe d se koristi ko sm ili d se vee z ribozome koji je odnose iz nukleotid. Eukrioti prve iRNA u elijskom jedru i ond se premetju kroz membrnu jedr u citoplzmu gde dolzi do sinteze protein. [6]

Grozdanovi-Radovanovi, Jelena: Citologija, ZUNS, Beograd, 2000

DIPLOMSKI RAD
Proces sinteze protein pomou iRNK se zove trnslcij. iRNK se ubcuje u ribozome i pronlzi tri nukleotid koji joj odgovrju. Enzimi minocil-tRNK sintetz puni tRNK s odgovrjuim mino kiselinm. Proteini se uvek sintetiu od N-terminus do C-terminus [5, 7].

3.1 Hemijsk sintez

Krtki proteini mogu d budu sintetisni grupom metod pozntih ko peptidne sinteze, koje se oslnjju n tehnike orgnske sinteze [8]. Hemijsk sintez je uvod u neprirodne mino kiseline u polipeptidnim lncim, ko dodtk z fluorescenciju mino kiselinskim spoljnjim lncim [9]. Ove metode su veom korisne u lbortorijm z biohemiju i mikro-elijsku biologiju, p generlno nije z komercijlnu upotrebu. Hemijsk sintez je neupotrebljiv z polipeptidne lnce due od 300 mino kiselin. Proteini se uvek sintetiu od N-terminus do Cterminus, nkon hemijskih rekcij.

4.Struktur
Proteini nstju formirnjem lnc u iji sstv ulzi 20 minokiselin koje se nzivju proteinogenine ili stndrdne minokiseline. Proteini su veliki molekuli ij ms moe dostii i vrednosti od nekoliko milion dlton struktur moe obuhvtiti i neproteinske molekule. U tom smislu rzlikujemo proteine sstvljene od minokiselin i tzv. heteroproteine sstvljene od isto proteinskog del koji se nziv poprotein i prostetine grupe: Heteroprotein = poprotein + prostetin grup

DIPLOMSKI RAD
Ono to proteine ini posebnim jesu stdijumi vie orgnizcije molekul koje nstju specifinim vezivnjem lnc minokiselin koj mogu biti: 1.Primrn 2.Sekundrn 3.Tercijrn 4.Kvrtern

4.1 Primrn struktur

Primrn struktur protein je njegov jedinstven mino-kiselinsk sekvenc i rspored disulfidnih mostov. Broj i rspored mino kiselin vrir od protein do protein. Direktn informcij o rsporedu je sdrn u genim, rspored disulfidnih mostov i 3D struktur zvisi i od drugih fktor. I njmnj promen u primrnoj strukturi moe znjno uticti n ukupnu strukturu i funkcionisnje protein.

4.2 Sekundrn struktur

Ovo je lokln konformcij polipeptidnog lnc zsnovn n vodoninim vezm. Meutim veze koje stbilizuju sekundrnu strukturu su: disulfidni mostovi, polrne interkcije, vodonine veze. Podrzumev loklnu 3D strukturu, zsnovnu n prvilno rsporeenim vodoninim vezm. Osnovni oblici koji se podrzumevju pod sekundrnom strukturom su heliks, -nbrn struktur (-rvn) i -zvoj. Sekundrn struktur protein nije nepromenjiv, te su mogue konformcione promene vezne z funkcionisnje protein, promene u okolini3.

Panti, R, V: Organska i neorganska Hemija, Univerzitet u Beogradu, beograd, 1997., str: 42-56

DIPLOMSKI RAD
4.3 Tercijrn struktur

Ovo je ukupn oblik polipeptid, 3D rspored svih tom u jednom polipeptidu. Tercijrn struktur je zsnovn n nizu rzliitih interkcij: 1.Izmeu bonih grup i peptidnog okoline (vode) 2.Bonih grup i bonih grup 3.Bonih grup i backbone-

Re je o interkcijm izmeu delov polipeptidnog lnc udljenih u primrnoj strukturi.

4.4 Kvrtern struktur

Kvternrn struktur je prostorni rspored polipeptid u proteinim koji imju vie subjedinic. Prostorni rspored subjedinic u okviru protein pretstvlj njegovu kvternrnu strukturu. Neki utori govore i o kvintrnoj stukturi u slujevim kd polipeptidi prve komplekse s drugim tipovim biomolekul (npr. s RNK u ribozomim). Njee su kombincije protein i RNK ili DNK. Mlo se zn o tipovim veze. Kvrternu strukturu protein sreemo, n primer, kod hemoglobin.

DIPLOMSKI RAD 5.Podel protein

Proteini mogu biti svrstni u tri klse: globulrni proteini, fibrilrni proteini, membrnski proteini. Skoro svi globulrni proteini su rstvorljivi, mnogi od njih su i enzimi. Prem tipu sekundrne strukture koj u njim dominir mogu se podeliti n: 1.Antiprlelne heliks proteine 2.Prlelne ili kombinovne -rvn proteine 3.Antiprlelne -rvn proteine 4.Mle metlo-idisulfidim bogte proteine

Unutrnjost i spoljnost protein su dobro definisne: 1.ostci nepolrnih minokiselin usmereni su gotovo iskljuivo k unutrnjosti molekul protein 2.nelektrisni ostci polrnih mino kiselin usmereni su gotovo iskljuivo k povrini 3.nenelektrisni ostci polrnih mino kiselin sreu se i u unutrnjosti, ko i n povrini protein 4.Gotovo sve grupe koje mogu d grde vodonine veze postvljene su tko d se te veze oforme Fibrilrni proteini su veom izdueni molekuli, ij sekundrn struktur ini dominntn strukturni motiv. Njee imju strukturnu ili motornu funkciju. U njih spdju i kertin, fibroin, kolgen, elstin. Membrnski proteini se dele n integrlne i periferne. Integrlni su vrsto ugreni u membrnu z koju su vezni hidrofobnim vezm. Periferni se lko odvjju od membrne, z koju su njee vezni preko integrlnih protein, elektrosttikim interkcijm i vodoninim vezm. Deo strukture membrnskih protein koji je u direktnom kontktu s membrnom,

DIPLOMSKI RAD
ureen je suprotno delu u vodenom rstvoru. Hidrofobne bone grupe i strukture su okrenute prem spolj, dok je jezgro reltivno polrno. Membrnski proteini nisu fiksirni ve im je dozvoljeno trnsverzlno kretnje, nekim i flip-flop. Nisu rsporeeni uniformno u membrni, ve postoje delovi membrne s vie ili mnje nekog protein. Proteini koji grde jonske knle ili kvporini su posebno interesntni, jer deo koji prolzi kroz membrnu mor d bude nepolrn k lipidim, polrn ili k nelektrisn k unutrnjosti knl.

6.Funkcij
Proteini u zvisnosti od svoje gre, provode itv niz rzliitih ktivnosti unutr orgnizm. Prvi i osnovni zdtk protein je njihov neophodnost u procesu rst i rzvoj. Z bilo koji deo neg tel koji prolzi kroz proces rst ili regenercije proteini su neophodni u svkodnevnici4. U zvisnosti od pol i godin unos protein treb korigovti. Proteini uestvuju prktino u svim procesim u jednom orgnizmu. Proteini su biomolekuli s njrznovrsnijim funkcijm: 1.Strukturn (kolgen, kertin) 2.Skldin (lbumin, kzein) 3.Trnsportn (hemoglobin) 4.Ktlitik (enzimi) 5.Kontrktiln (miozin) 6.Odbrmben (ntitel) 7.Signln (insulin)

8.Modulcion (PKA)
4

Dikli, Vukosava, Kosanovi, Marija, Duki, Smiljka, Nikoli, Jovanka: Biologija sa humanom

genetikom,*Grafopan, Beograd, 2001., str: 111

10

DIPLOMSKI RAD
9.Egzotin (vn podele npr. lepk-proteini kod koljki)

Proteini zmenjuju izumrle elije. elije koje tre ovkvu zmenu s proteinim su obino: elije krvi, bubreg, jetre, mii, kose, noktiju, zub i kosti. Tkoe proteini su potrebni telu kko bi mogo d stvori itv niz enzim i hormon i ntitel. Proteini grde velike molekule hemoglobin-mterij koj prenosi kiseonik i omoguv nm odvijnje proces disnj u svim mestim u kojim se tj proces odvij.

7. Enzimi
Njvei poso protein u elijm obvljju enzimi, kd se rdi o ktlitikim rekcijm unutr elije. Enzimi su ktliztori u ktlitikim rekcijm. Enzimski efekti rekcij uestvuju u velikom broju metbolitikih i ktbolitikih proces, ko to su DNK preslikvnje ili pk RNK sintetisnje. Neki enzimi pomu proteinim d dodju ili oduzmu neku hemijsku grupu u hemijskim rekcijm, proces poznt ko post-trnslcion modifikcij. Poznto je oko 4 000 rekcij koje ktliu enzmi[14]. Aktivno mesto smo jedn mli deo protein je direktno ukljuen u rekciju, osttk slui z regulciju, z druge rekcije, z specifine interkcije (s inhibitorim, kofktorim, membrnom itd).

11

DIPLOMSKI RAD 8. elijsk komunikcij

Neki proteini ko to je insulin, su ekstrcelulrni proteini koji prenose signl iz elije u kojoj su se sintetisli do drugih elij5. Alostern regulcij podrzumev zvisnost vezivnj jednog lignd (molekul kog protein vezuje z sebe, d bi g trnsportovo, hemijski obrdio i sl) od vezivnj drugog lignd, koji se oznv ko modultor. Ako se rdi o istim ligndim (istim molekulim) homotropni efekt, ko su rzliiti heterotropni. Efekti mogu biti pozitivni i negtivni, u zvisnosti d li modultor povev ili smnjuje finitet protein z sledei lignd. Antitel su proteini koji uvju imunoloki sistem ovek, tko to se bore protiv elij koje ele d g rzore.

Dikli, Vukosava, Kosanovi, Marija, Duki, Smiljka, Nikoli, Jovanka: Biologija sa humanom

genetikom,*Grafopan, Beograd, 2001., str:92

12

DIPLOMSKI RAD ZAKLJUAK

Osnovni cilj ovog diplomskog (maturskog) rada je da pojasni i definie pojam proteina. Takoe, pokuala sam da prikaem njihovu podelu i njihov znaaj. Meutim, najvaniji i praktini deo rada odnosi se na strukturu protein in a njihov znaaj. Koristei dva izvora informacija ( knjige i internet ) o proteinima a takoe i mojim interesovanjem i eljom da to dublje predstavim pojam proteina, mislim da sam doprinela kvalitetu diplomskog ( maturskog ) rada.

13

DIPLOMSKI RAD LITEARTURA

1. erban, M, Nada: Hemija - strukture i oblici, ZUNS, Beograd, 2001

2. Grozdanovi-Radovanovi, Jelena: Citologija, ZUNS, Beograd, 2000

3. Panti, R, V: Organska i neorganska Hemija, Univerzitet u Beogradu, beograd, 1997

4. Dikli, Vukosava, Kosanovi, Marija, Duki, Smiljka, Nikoli, Jovanka: Biologija sa humanom genetikom,*Grafopan, Beograd, 2001

5. Petrovi, N, ore: Osnovi enzimologije, ZUNS, Beograd, 1998.

6.

Wallin E, von Heijne G (1998). "Genome-wide analysis of integral membrane proteins from eubacterial, archaean, and eukaryotic organisms". PMID 9568909. Protein Science 7 (4): 102938.

7. K. PETER C. VOLLHARDT, NEIL E. SCHORE

14