ANALISIS DATA HASIL SEKUENSING (ALIGNMENT BIOEDIT)

Oleh:

Nama : Maretra Anindya Puspaningrum

NIM : B1J013090

LAPORAN PRAKTIKUM GENETIKA POPULASI

KEMENTERIAN RISET, TEKNOLOGI DAN PENDIDIKAN TINGGI

UNIVERSITAS JENDERAL SOEDIRMAN
FAKULTAS BIOLOGI
PURWOKERTO
2016
ATGACGTCCGTTAACGTTAAGCTCCTTTACCGTTACGTCTTAACCAACTTTTTCAAC
CTCTGTTTGTTCCCGTTAACGGCGTTCCTCGCCGGAAAAGCCTCTCGGCTTACCA
TAAACGATCTCCACAACTTCCTTTCCTATCTCCAACACAACCTTATAACAGTAACTT
TACTCTTTGCTTTCACTGTTTTCGGTTTGGTTCTCTACATCGTAACCCGACCCAATC
CGGTTTATCTCGTTGACTACTCGTGTTACCTTCCACCACCGCATCTCAAAGTTAGT
GTCTCTAAAGTCATGGATATTTTCTACCAAATAAGAAAAGCTGATACTTCTTCACG
GAACGTGGCATGTGATGATCCGTCCTCGCTCGATTTCCTGAGGAAGATTCAAGAG
CGTTCAGGTCTAGGTGATGAGACGTACAGTCCTGAGGGACTCATTCACGTACCAC
CGCGGAAGACTTTTGCAGCGTCACGTGAAGAGACAGAGAAGGTTATCATCGGTG
CGCTCGAAAATCTATTCGAGAACACCAAAGTTAACCCTAGAGAGATTGGTATACT
TGTGGTGAACTCAAGCATGTTTAATCCAACTCCTTCGCTATCCGCTATGGTCGTTA
ATACTTTCAAGCTCCGAAGCAACATCAAAAGCTTTAATCTAGGAGGAATGGGTTG
TAGTGCTGGTGTTATTGCCATTGATTTGGCTAAAGACTTGTTGCATGTTCATAAAA
ACACTTATGCTCTTGTGGTGAGCACTGAGAACATCACACAAGGCATTTATGCTGG
AGAAAATAGATCAATGATGGTTAGCAATTGCTTGTTTCGTGTTGGTGGGGCCGCG
ATTTTGCTCTCTAACAAGTCGGGAGACCGGAGACGGTCCAAGTACAAGCTAGTTC
ACACGGTCCGAACGCATACTGGAGCTGATGACAAGTCTTTTCGATGTGTGCAAC
AAGAAGACGATGAGAGCGGCAAAATCGGAGTTTGTCTGTCAAAGGACATAACCA
ATGTTGCGGGGACAACACTTACGAAAAATATAGCAACATTGGGTCCGTTGATTCT
TCCTTTAAGCGAAAAGTTTCTTTTTTTCGCTACCTTCGTCGCCAAGAAACTTCTAA
AGGATAAAATCAAGCATTACTATGTTCCGGATTTCAAGCTTGCTGTTGACCATTTC
TGTATTCATGCCGGAGGCAGAGCCGTGATCGATGAGCTAGAGAAGAACTTAGGA
CTATCGCCGATCGATGTGGAGGCATCTAGATCAACGTTACATAGATTTGGGAATAC
TTCATCTAGCTCAATTTGGTATGAATTAGCATACATAGAGGCAAAGGGAAGAATGA
AGAAAGGGAATAAAGCTTGGCAGATTGCTTTAGGATCAGGGTTTAAGTGTAATAG
TGCGGTTTGGGTGGCTCTACGCAATGTCAAGGCATCGGCAAATAGTCCTTGGCA
ACATTGCATCGATAGATATCCGGTTAAAATTGATTCTGATTTGTCAAAGTCAAAGA
CTCATGTCCAAAACGGTCGGTCCTAATTTGATGTATCTGAGTGCCAACGTTTACTT
TGTCTTTCCTTTCTTTTATTGGTTATGATTAGATGTTTACTATGTTCTCTCTTTTTCGT
TATAAATAAAGAAGTTCAATTCTTCTAT

Sekuens Hasil Alignment Bioedit yang akan Dianalisis Menggunakan BLAST

Hasil Data Analisis Sekuensing dengan Menggunakan BLAST
 Bioedit adalah software yang digunakan untuk mengkonversi pick PNA hasil
sekuens dalam terjemahan urutan basa nukleotida serta analisis kesejajaran multiple
alignment Clustal W (Hall, 2013). Bioedit biasa digunakan dalam penelitian untuk
melakukan sekuensing DNA. Sekuensing DNA atau pengurutan DNA adalah proses
atau teknik penentuan urutan basa nukleotida pada suatu molekul DNA. Urutan
tersebut dikenal sebagai sekuens DNA, yang merupakan informasi paling mendasar
suatu gen atau genom karena mengandung instruksi yang dibutuhkan untuk
pembentukan tubuh makhluk hidup (Rogers, 2011). Sekuensing DNA dapat
dimanfaatkan untuk menentukan identitas maupun fungsi gen atau fragmen DNA
lainnya dengan cara membandingkan sekuens-nya dengan sekuens DNA lain yang
sudah diketahui (Glick et al., 2010).
Analisis data hasil sekuensing yang dilakukan saat praktikum menggunakan
dua buah sekuen yang diambil di GenBank. Kedua sekuen dimasukkan ke aplikasi
bioedit dan direverse complement. Hasil reverse complement akan menunjukkan
banyak bagian yang kosong, bagian tersebut merupakan variasi antar sekuen. Kedua
sekuen kemudian dialignment, deretan sekuen atas yang tidak direverse kemudian
yang nantinya akan di BLAST (Nejad et al., 2013).
Hasil sekuensing umumnya berupa kromatogram. Kromatogram yang baik
ditunjukkan dengan grafik dengan puncak (peak) yang berwarna warni dan tinggi
serta terpisah satu sama lain. Menurut Febriana et al. (2015) peak yang tinggi
menunjukkan nilai kepercayaan yang tinggi pula. Jadi semakin tinggi peak trace
maka makin dapat dipercaya jenis nukleotida yang ditunjukkannya. Peak yang
lemah, rendah dan saling bertumpuk menandakan kurang baiknya hasil analisis
sekuensing DNA. Namun peak yang saling tumpang tindih juga menunjukkan
adanya varian nukleotida. Hasil sekuensing ini nantinya akan disimpan dalam bentuk
file FASTA, sehingga hanya akan terdapat basa nukleotidanya saja, seperti apa yang
didapat pada hasil praktikum.
Hasil sekuens melalui program bioedit adalah masih terdapatnya bagian yang
kosong, hal ini kemungkinan karena sekuens tersebut berasal dari spesies, famili atau
genus yang berbeda. Langkah selanjutnya saat dilakukan BLAST menunjukkan
bahwa berdasarkan nilai tertinggi yang didapat kemungkinan spesies tersebut adalah
Arabidopsis thaliana yang termasuk gen KCS18. Hasil analisis dengan program
BLASTX dinyatakan dengan besarnya nilai scorebits dan E value. Nilai E value dan
scorebits menunjukkan tingkat homologi gen yang dianalisis dengan protein yang
bersesuaian pada database. Homologi yang tinggi ditunjukkan dengan nilai score bits
yang semakin besar (>150) dan E value yang kecil (<10-4). Nilai score bits
ditunjukkan oleh warna hasil analisis BLASTX yaitu warna hitam, biru, hijau, merah
muda dan merah. Warna hitam menunjukkan nilai score bits kurang dari 40, warna
biru menunjukkan nilai score bits antara 40 sampai dengan 50, warna hijau
menunjukkan nilai score bits 50 sampai dengan 80, warna merah muda menunjukkan
nilai score bits 80 sampai dengan 200, dan warna merah menunjukkan nilai score bits
lebih besar sama dengan 200. Semakin besar nilai score bits maka semakin tinggi
tingkat homologi gen yang diperoleh dengan protein lain yang bersesuaian pada
database.
Query coverage menunjukkan berapa persen sekuens yang sejajar. Pada hasil
dari situs BLAST yang telah dilakukan, query coverage menunjukkan angka 100%
untuk spesies Brassica oleracea. Hal ini berarti spesies yang kita analisis memiliki
tingkat kemiripan gen yang sangat tinggi dengan Brassica oleracea.
 DAFTAR REFERENSI

Febriana A, A Farajallah, D Perwitasari. 2015. Kejadian Indel Simultan pada Intron 7

Gen Branched-Chain -Ketoacid Dehydrogenase E1a (BCKDHA) pada Sapi
Madura (Simultaneous Indel of Intron 7 of Branched-Chain -Ketoacid
Dehydrogenase E1a (BCKDHA) Gene in Madura Cattle). Jurnal Ilmu
Pertanian Indonesia (JIPI), 20 (2): 97-102.
Glick BR, Pasternak JJ, and Patten CL. 2010. Molecular Biotechnology: Principles
and Applications of Recombinant DNA. Washington DC: ASM Press.
Nejad AM, Narimani Z, Hosseinkhan N. 2013. Next Generation Sequencing and
Sequence Assembly. New York: Springer.
Rogers K. 2011. New Thinking about Genetics, New York: Britannica Educational
Publishing.