Kapitulli 17 Kontrolli i shprehjes se gjeneve

Tek prokariotet
Operoni bakterial permban: gjenet strukturore (kodojne per enzimat), promotorin (ku lidhet
ARN polimeraza dhe fillon transkiptimi); operatori (nje zone pas promotorit, qe mbulohet
pjeserisht nga ai. Cdo operator ka 2 half-sites); gjeni rregullator (kodon per proteinen
represore. Proteinat represore jane pergjithesisht homodimere- secili zinxhir i tyre lidhet me
nje half site te operatorit)
Nese represori lidhet tek operatori, ARNpolimeraza nuk mund te lidhet tek promotori dhe
transkiptimi inhibohet. Nese operoni do te jete aktiv (i lire) apo inaktiv (i zene nga represori)
kjo varet nga perqendrimi i laktozes dhe triptofanit ne mjedis.

Lac-operoni
Gjenet strukturale kodojne per: galaktozidazen (shkeput lidhjen midis 2 monomereve te
laktozes glukoze dhe galaktoze); galaktozipermeazen (transporton laktozen brenda qelizes);
transacetilaza (mendohet se largon komponimet me strukture te ngjashme me laktozen)

Sasi e larte e laktozes ne mjedis -> qeliza prodhon allolaktozen (izomer i laktozes) ->
allolaktoza lidhet me represorin, i ndryshon atij konformacionin -> represori nuk lidhet dot me
operatorin -> ARN polimeraza lidhet me promotorin dhe gjenet lexohen njeri pas tjetrit.
Laktoza ketu vepron si induktor.

Sasi e ulet e laktozes ne mjedis -> represori lidhet me 2 monomeret e tij tek sekuencat -7 ne
+11 dhe +11 ne +28 te operatorit -> transkiptimi bllokohet. Kontroll negativ

Gluk-operoni
I vetmi sistem qe mbahet gjithmone i hapur, sepse qelizat bakteriale preferojne glukozen mbi
cdo sheqer tjeter. Nese mjedisi permban edhe glukoze edhe sheqerna te tjere, fillimisht
perdoret glukoza, pastaj fillojne lexohen gjenet qe kodojne per proteinat qe shperbejne
sheqernat e tjere. Si shpjegohet?

Shpenzohet glukoza (sasi e ulet) -> rritet sasia e cAMP -> cAMP lidhet me proteinen receptore
te cAMP (CRP) -> ky kompleks lidhet tek zona CRP e operonit (para promotorit, -85 ne -35) dhe
ADN ne vendin e lidhjes perkulet 90-> kompleksi lidhet me nennjesine te ARN polimerazes
dhe aktivizon transkriptimin.
Fenomeni quhet lidhje koperative. ARN polimeraza vete lidhet dobet me promotorin, po
ashtu dhe cAMP me operatorin. Por duke krijuar kete kompleks, afiniteti i tyre rritet.

Operoni trp
Sasi e larte e triptofanit ne mjedis (qeliza nuk ka nevoje ta sintetizoje vete kete aminoacid) ->
aporepresori (represori i vetem) lidhet me korepresorin (si i tille sherben vete triptofani) ->
holorepresori lidhet me promotorin -> bllokohet transkriptimi, 5 enzimat nuk formohen.

Tek eukariotet
Ne rrugen e diferencimit, nuk ka humbje gjenesh, pra qeliza ruan edhe gjenet e panevojshem
per te; por qelizat marrin urdhra te shprehin vetem gjenet karakteristike per te. Kete e vertetoi
klonimi i deles Dolly. Delja qe u zhvillua nga fuzimi i nje qelize veze pa berthame dhe qelizave
ne kulture te gjendrave te qumeshtit, i permbante te gjitha llojet e gjeneve karakteristike per
keto kafshe.
1. Rregullimi i transkiptimit
Behet permes faktoreve te transkiptimit, te pergjithshem (lidhen me promotorin) dhe specifike
(lidhen me zonat rregullatore proksimale/distale/enhncer). Faktoret specifike ne pergjithesi e
stimulojne transkriptimin, rralle e represojne ate. Nje gjen mund te kontrollohet nga shume
rregullatore dhe e kunderta, ndaj mekanizmi ketu eshte me i nderlikuar se tek prokariotet.
-Marrim si shembull gjenin qe kodon per fosfoenolpiruvat karboksilazen (PEPCK), enzima qe
kthen piruvatin ne glukoze (glukoneogjeneza). Enzima sintetizohet ne melci kur niveli i
glukozes eshte i ulet, psh kur zgjasim distancen mes 2 vakteve, kur demtohemi ose ne nje
situate stresi.
Hormonet qe ndikojne ne nivelin e shprehjes se ketij gjeni jane insulina, glukagoni, hormoni
tiroid dhe glukokortikoidet (hormone te pjeses kortikale te gjendres mbiveshkore, si
kolesteroli/kortizoli). Kolesteroli futet ne qelize -> lidhet me GR (receptori glukokortikoideve) ->
receptori ndryshon konformacion duke zbuluar sinjalin e lokalizimit berthamor -> kompleksi
kolesterol-GR futet ne berthame -> kompleksi lidhet me zonat GRE te disa gjeneve -> keto
gjene aktivizohen ne menyre simulante dhe prodhohet enzima PEPCK.
GR receptor nuklear. Ka nje domen per ligandin (glukokortikoidin), nje domen per ADN, dhe
nje domen te aktivizimit qe lidhet me enzima te tjera per te aktivizuar transkriptimin. GR ka 2
nennjesi, dhe cdo nennjesi ka 2 -helika. Njera helike lidhet me sekuencen GRE te ADN, helika
tjeter lidhet me nennjesine tjeter GR duke ruajtur strukturen dimerike.
GRE- dy renditje simetrike qe ndahen nga 3 nukleotide te papercaktuar 5-AGAACA-nnn-
TGTTTCT-3

-Pervec TATA box, ka edhe 2 sekuenca te tjera CAAT-box dhe GC-box qe rregullojne frekuencen
e leximit te gjenit.
-Elementet enhancer jane te vecante pasi ne kushte eksperimentale mund te levizin nga nje
zone ne tjetren dhe te invertohen 180. Ato ndodhen mijera nukleotide larg promotorit, por ne
vendin ku ndodhet enhanceri ADN perkulet duke formuar nje lak. Enhanceri nuk lidhet me
promotore te gabuar, sepse ai dhe promotori i tij jane te izoluar nga elementet e tjere nga
sekuenca izolatore apo insulatore, ku lidhen proteina qe pengojne veprimin e enhancerit me
promotore te gabuar.

Faktoret e transkiptimit specifike (qe lidhen tek enhanceri) stimulojne transkiptimin:

-Duke rekrutuar faktoret e pergjithshem dhe ARN polimerazen ne TATA box per te formuar
kompleksin bazal te inicimit te transkriptimit.
-Duke stabilizuar kete kompleks (psh faktori bicoid BCD dhe hunchback HB)
-Duke u lidhur me kompleksin permes nje ndermjetesi qe quhet koaktivator (kompleks me 15-
20 njesi)

Nisur nga tipi i domenit qe lidhet me ADN, faktoret e transkriptimit klasifikohen ne:
1. Homeodomene tek Drozofila. Gjeni qe i kodon quhet homeobox. Mutacionet e ketyre
gjeneve
cojne ne transformim te pjeseve te trupit. Gjenet me te njohur jane Antennapedia (Antp) dhe
Ultrabitoraks (Ubx). Proteinat homeodomene kane nje sekuence 60 aminoacidesh te
perbashket qe eshte gjetur edhe tek njeriu.
2. Zink-Finger klasa C2H2 (nje zink midis 2 cisteinave dhe 2 histidinave te zinxhireve
anesore. Jane monomere); klasa C4 (ku perfshihen receptoret nukleare psh GR. 2
grupe me 4 cisteina, cdo grup lidhet me nje jon Zn. Jane struktura dimerike); klasa C6 (6
cisteina me 2 zink)
3. A-helix (forkhead) lidhen me ADN e histonit H5. Gjenden tek drozofila dhe gjitaret ne
zhvillimin e hershem embrional. Monomere.
4. Leucine-zipper strukture helike me 30-40 aminoacide. Ne cdo 7 aminoacide, njeri
eshte leucine. Lidhen tek ADN si dimere, me nje sekuence aminoacidike bazike te tyre,
ndaj quhen bZIP.
5. Helix-loop-helix nje heliks ne skajin N, nje zone ne forme laku, nje heliks ne skajin
C. Jane dimerike. Lidhen me ADN me sekuence bazike ndaj quhen bHLH.
6. HMG box high mobility group. 3 helikse ne forme bumerangu. Quhen arkitektonike,
pasi nuk lidhen direkt me ADN, por permes faktoreve ndihmes. Ketu perfshihet SRY, qe
kodohet nga gjeni sry ne krahun e shkurter te kromozomit Y. Aktivizon transkriptimin e
gjeneve qe diferencojne testikujt. Mutacionet ne sry bejne qe individi XY te zhvillohet si
femer (inversion seksual). Ketu perfshihet edhe UBF, qe aktivizon transkriptimin e
gjeneve te rARN.

Represioni i transkriptimit te eukariotet

Prokariotet- kryesisht represore. Eukariote- kryesisht aktivatore, por ka edhe represore.
Receptori per glukokortikoidet (GR), kur lidhet me sekuenca nGRE sillet si represor. Disa
represore te tjere lidhen me aktivatoret duke inhibuar funksionin e tyre.

Roli i metilirimit
Tek gjitaret, 1 ne 100 nukleotide permban nje grup metil ne C e 5 te citozines, te shtuar
nga metiltransferaza. Pothuaj te gjitha keto baza metilcitozine jane perberese te
dinukleotideve CG, qe formojne ishuj. Metilirimi e mban gjenin inaktiv, duke penguar
transkriptimin. Ne bazat e metiliruara lidhen proteinat MeCP2 dhe MBD1, qe nxisin
rektrutimin e korepresoreve HDAC (histondeacetilaza) qe paketojne kromatinen dhe
pengojne transkriptimin. (MeCP2 mund te jete inhibitor ne trurin e fetusit sepse mutacioni i
tij sjell sindromin Rett- autizem)
Gjate jetes, qeliza i nderron etiketat e metilirimit. Ne ndarjen e zigotes, hiqen etiketat e
vjetra. Kur embrioni implantohet ne miter, ndodh nje metilirim i ri qe ruhet.
Metilirimi nuk eshte universal. Te tharmet dhe shume invertebrore nuk ndodh metilirimi.

Imprintingu gjenomik
Disa gjene (rreth 100 te gjitaret) paraqiten joaktive vetem prej faktit se trashegohen nga
spermatozoidi apo veza. Keto quhen gjene te imprintuar ne baze te origjines. Imprintingu
eshte shembull i fenomenit epigjenetik, sepse diferencat mes aleleve nuk kane te bejne me
sekuencen e ADN (ajo eshte identike), por me shkallen e metilirimit. Provat: gjene matern
dhe patern dallohen nga shkalla metilirimit; minjte ku mungon metiltranferaza nuk jane te
afte ta ruajne gjendjen e imprintuar.
Sindromi Prader-Willi (PWS) gjeni ne kromozomin 15 njeri alel i metiliruar (inaktiv), aleli
aktiv peson nje delecion asnje alel aktiv -> prapambetje mendore, obezitet, moszhvillim
gonadesh
Gjeni IGF2- te dy alelet aktive (asnjeri i metiliruar) -> ne fetus prodhohet sasi e madhe e
faktorit te rritjes -> rritje jonormale e organeve

Struktura e kromatines dhe transkriptimi

Paketimi i ADN ne nukleosome luan rol inhibitor ne transkriptim, pra e pengon pak, por
qeliza e kapercen kete pengese. Histon acetiltransferaza (HAT) acetilon bazat e lizines te
skajeve terminal N qe zgjaten jashte nukleosomit. Kjo ben qe te neutralizohen ngarkesat
pozitive te lizines dhe te dobesohet lidhja ADN-histone apo histone-proteina te paketimit te
kromatines dhe te filloje transkriptimi. Me tej, ARN-polimeraza eshte e afte ta lexoje ADN
dhe pse eshte e paketuar ne histone. Shume koaktivatore kane aktivitet HAT.

Komplekset e rimodelimit te kromatines- metode tjeter. Perdorin ATP per te degraduar

nukleosomet. Shembulli tipik kompleksi SWI/SNF (switching/sacarose nonfermentation)
me 9-12 njesi. Ky kompleks rekrutohet nga aktivitoret e transkriptimit ne promotor dhe
vepron ne 2 menyra:
1)Prish lidhjet ADN-histone
 2)Nxit levizjen e oktamerit pergjate ADN, duke zhveshur zonen ku do filloje
transkriptimi.

HDAC- histon deacetilaza- jane pjese e korepresoreve I. Terhiqen nga MeCP2 ne zonat e
metiliruara, shkaktojne deacetilimin -> pengojne transkriptimin.

Kontrolli i maturimit
Splicingu alternativ prodhon proteina identike ne pjesen me te madhe, qe ndryshojne nga
nje zone kyce e cila percakton veti te rendesishme. Me kete metode prodhohen antitrupat,
faktoret e transkiptimit etj. Sekuencat amplifikatore ne brendesi te ekzonit, ESE, sherbjen si
site te lidhjes per proteina SR, te cilat rekrutojne faktore te splicingut U1 snRNP ose U2AF
te cilat e kepusin ekzonin (ekzoni trajtohet si intron)

Kontrolli ne nivelin e translatimit

Lokalizimi citoplazmatik i mARN
Shembull: Drozofila. mARN biocoide lokalizohet ne skajin anterior, mARN oscar dhe nanos
ne skajin posterior. Proteinat qe kodifikohen nga mARN biocoide kane rol ne zhvillimin e
kokes, oscar dhe nanos ne zhvillimin e abdomenit. Lokalizimi i mARN me efektiv se i
proteinave sepse nje mARN-> shume proteina.
Sekuencat e lokalizimit gjenden ne 3UTR dhe quhen zipcodes. Ne keto sekuenca lidhen
proteina qe e ndihmojne ARN te transportohet neper shinat e mikrogypthave (me ndihmen
e proteinave motore). Kur mARN ka arritur ne vendin e caktuar, mikrofilamentet e
stabilizojne ate. Kolkicina->depolimerizon mikrogypthat-> pengon transportin e mARN

Kontrolli i translatimit
Gjate ovogjenezes, 80% e gjeneve lexohen me vrull, por nuk perkthehen. Ato mbahen te
maskuara me ane te disa proteinave, dhe perkthehen pasi te kete ndodhur fekondimi. Ky
quhet translatimi i vonuar.
Mekanizma global (tek shumica e mARN)- 1. Kur qeliza i nenshtrohet nje stimuli (shok
termik/mungese nutrientesh), aktivizohet nje kinaze qe fosforilon eIF2. eIF2 humbet
funksionin (nuk hidrolizon dot GTP), nuk ndodh translatimi.
2. Gjate mitozes, eIF4 inhibohet dhe nuk lidhet dot me cap e mARN. Te vetmet mARN qe
vazhdojne te translatohen jane ato qe kane brenda 5UTR site te lidhjes per ribozomin.
3. Ferritina proteine qe kap atomet e hekurit dhe mbron qelizen nga efekti toksik i tyre.
mARN qe kodon per ferritinen, ka ne 5UTR 6 gjene per ferritinen dhe ne 3UTR 4 gjene
per transferinen. Pergjate mARN ka sekuenca IRE element i pergjigjes ndaj hekurit
(prane skajit 5 ne forme laku, dhe prane skajit 3 sekuenca qe perseriten 3-7 here).
Sasi e ulet e hekurit ne qelize -> nuk duhet ferritina -> IRP (proteina rregullatore e hekurit)
lidhet tek IRE ne skajin 5 -> skaji 5 nuk kapet dot tek ribozomi -> inhibohet translatimi
Sasi e larte e hekurit -> IRP1 lidhet me atomet hekur -> gjeni translatohet

Kontrolli i stabilitetit/jetegjatesise se mARN

Tek prokariotet, nderkohe qe 3 sintetizohet, 5 ka filluar te degradohet. Qelizat eukariotet
kane jete me te gjate.
Sa me i gjate bishti poli A, aq me e gjate jeta e qelizes. Nje PABP lidh 30A. Kur shkurtohet
me poshte se 30A, bishti
poliA fillon te degradohet. Menjehere pas tij, fillon te degradohet mARN nga skaji 5. Pra
poli A mbron edhe skajin
5.
Sekuencat 3UTR luajne gjithashtu rol ne jetegjatesine e qelizes.
1. Sekuenca ARE (AU rich elements) AUUUA - ndahen ne 3 klasa: 1-3 njesi pentametike; jo
te tipit ARE (GUUUG) dhe me shume njesi pentametike. Keto zona lidhin proteina
stabilizuese, zgjasin jeten e qelizes.
2. Sekuencat GRE (GU rich elements) me 11 nukleotide, fillojne dhe mbarojne me U,
UGUUUGU lidhin proteina destabilizuese qe shkurtojne jeten e qelizes. Kjo eshte e
rendesishme sepse ne te kundert qelizat mund te ktheheshin ne malinje.
3. CARE (CA rich elements) stabilitet
4. CURE edhe stabilizojne edhe destabilizojne.

miARN ARN joinformative me 20-30nuk. qe rregullojne 60% te translatimit. Rreth 100

gjene te njeriut mbajne info per to. Kur kopjohen, krijojne nje strukture dopio, qe lidhet me
6-8 nukleotide me 3utr te mARN duke penguar inicimin e translatimit. Ndersa te qeliza
bimore, nuk lidhen ne 3utr por ne sekuencat koduese, duke e ndare ADN me dysh.
Mutacionet e gjeneve te miARN shkaktojne humbje degjimi, kancer gjiri, katarakt, defekte
skeleti. Perdoren si ARN antisens shkaktojne apoptoze te qelizave kancerogjene duke mos
lejuar zhvillimin e kancerit. Keto lloj ARN rimodelojne kromatinen (bllokim qe ne nivelin e
transkriptimit)