ARHEOGENETIKA: prouavanje prolosti koritenjem tehnika molekularne genetike primjenom

populacijske genetike i filogeografije u studijama ljudske prolosti

FILOGEOGRAFIJA: podruje istraivanja koje se bavi principima i procesima koji upravljaju

geografskom distribucijom genealokih linija, posebno unutar vrste i izmeu blisko srodnih
vrsta.
KOMPARATIVNA FILOGEOGRAFIJA: usporedba geografske distribucije genealokih linija
razliitih vrsta na koje su djelovali isti evolucijski procesi.
FILOGENIJA: znanstvena disciplina koja prouava evolucijske odnose izmeu vrsta organizama.
Filogenetske odnose prikazujemo pomou filogenetskog stabla.
FILOGENETSKO STABLO: virtualni prikaz evolucijskih odnos izmeu organizama podrijetlom od
zajednikog pretka. Razliiti stilovi stabla, poput filograma (duina grana proporcionalna
evolucijskoj udaljenosti), kladogram, neukorijenjenost stablo (ne znamo smjer promjene)
FILOGENEZA: evolucijska povijest vrsta i njihovih odnosa
POPULACIJSKO STABLO: prikazuje evolucijske odnose izmeu populacija na hijerarhijski nain i
ne odgovara stvarnoj evolucijskog povijesti ovjeanstva.

1. PODRIJETLO MODERNOG OVJEKA/ MODELI MIGRACIJE

4 modela:

1. Multiregionalna hipoteza
2. Out of Africa hipoteza
3. Kandelabra model
4. Asimilacijski model

1. Multiregionalna hipoteza: Model zagovara znaajan tok gena izmeu populacija Homo erectusa koje
su ivjele u razliitim dijelovima svijeta tijekom pleistocena. Moderni ljudi vuku svoje korijene do
multiplih grupa hominina iz multiplih regija. Model ne zagovara paralelnu evoluciju modernih znaajki.

2. Out of Africa hipoteza: Model zagovara jednu, i to nedavnu, tranziciju arhainih hominida u
anatomski moderne ljude u Africi. AM ljudi su migrirali u ostatak svijeta i zamijenili ostale populacije
hominida. Model pretpostavlja izumiranje arhainih populacija te veina genetske raznolikosti
dananjih populacija potjee od 1 ili vie grupa AM ljudi koji su se proirili iz Afrike u zadnjih 55-200
tisua godina.

OuA dokazi: postoji zajedniki afriki predak to potvruje analize y kromosoma i autosomalnih
regija; sve mtDNA haplogrupe izvan Afrike mogu se pripisati ili M ili N haplogrupi koje su
vjerojatno nastale u junoj Africi, a potjeu od L3 iz Afrike.

1
3. Kandelabra model: Prema ovom modelu u posljednjih 1 milijun godina moderni ovjek nastao je
autonomno vie puta i na vie lokacija irom svijeta. Genetski je podran samo u 1 sluaju, a kasnije je
dokazano da se radilo o adaptivnoj introgresiji iz Neandertalaca.

4. Asimilacijski model: Modificirani Out of Africa 2 model. Doputa ogranieni tok gena izmeu
arhainih hominina i AM ljudi. U skladu je s multiregionalnim modelom, ali ne i s kandelabra modelom.

2. ABORIINI

Geni Aboriina su od presudne vanosti. Za sekvencioniranje genoma koritena je kosa Aboriina iz

1920. Sekvencioniranje mtDNA kod Aboriina je pokazalo da su te sekvence vie u skladu s arheolokih
podacima nego rezultatima sekvencioniranja cijelog genoma. Razlog tomu je to se mtDNA ne
rekombinira pa imamo uvid u jednu istu liniju koju moemo pratiti, a sekvenca cijelog genoma je
iskomplicirana rekombinacijama. Zbog introgresije doseljenika slika Aboriina je zamagljena.
Ispostavlja se da su doli prije 30.000 godina, a ne 40-50.000 g. kao to arheoloki nalazi pokazuju.

3. IVOTINJE USPOREIVANE S NARODIMA PERUA

Sekvencioniran 3000 g. star genom Mycobacterium tuberculosis ekstrahirana iz ljudskih ostataka u

Peruu. Analizirano je 40 razliitih sojeva koji inficiraju ivotinje. drevni soj iz Perua nije bio nalik
humanom soju, nego slian formi Mycobacterium pimmipedii koji inficira tuljane i morske lavove.
Pokazano je da soj moe inficirati i ljude. Drevni peruanski soj ne nalazimo u modernim ljudima. Ne zna
se da li se adaptirao na novog domaina i prenosio s ovjeka na ovjek.

4. PAPUANCI: Barem 2% genoma dananjih Papuanaca potjee od rane i izumrle ekspanzije AH ljudi
izvan Afrike. 2016. pronaena sekvenca hominina koji su izumrli u genomu Papuanaca.

5. SEKVENCE: genetika informacija sadri uputu za sintezu proteina, a sastoji se od karakteristinog

slijeda purinskih (A,G) i pirimidskih (T,G) baza. Komplementarni parovi A=T i G=C.

6. MRCA most recent common ancestor: najblii zajedniki predak, evolucijski najmlai predak
lanova iste skupine vs. LUCA last universal common ancestor: posljednji univerzalni zajedniki
predak svih vrsta

7. POLIMORFIZAM: javljaju se kod 1 osobine u istoj populaciji neke vrste i ispoljavaju 2 ili vie razliitih
fenotipova.; ABO sustav krvnih grupa 1. definirani ljudski genski polimorfizam

2
8. Y KROMOSOM

dva kraka: p krai od q

telomeri, centromeri
SRY spolno determinirajui gen
95% duine nerekombinirajua regija (NRY, NRPY, MSY)
PSEUDOAUTOSOMALNE REGIJE: specijalizirane regije u kojima je sadrana slinost sekvenci, taj
dio se rekombinira sa X kromosomom u mukoj mejozi
genetski siromaan: samo 78 protein-kodirajuih gena koji ukupno kodiraju za 27 proteina;
izgubio veinu ancestralnih gena, a gubitak je posljedica nemogunosti Y kromosoma da
eliminira mutantne alele rekombinacijom s nemutantnim homologom
preostali geni nadopunjeni su nedavnije steenim genima koji imaju funkcije specifine za muki
spol, a neki od njih su se umnoili u multiple kopije.

a) VRSTA POLIMORFIZAMA NA Y KROMOSOMU: Postoji na stotine mikrosatelita (STR) i na tisue

SNPova (svaki 4. krom e u prosjeku nositi 1 novi SNP)

9. KAKO SE KOMBINIRAJU INFORMACIJE O POLIMORFIZMIMA? Haplogrupe se definiraju na temelju

binarnih polimorfizama, a haplotipovi na temelju mikrosatelita. Linije se definiraju kombinacijom
binarnih polimorfizama i mikrosatelita

HAPLOTIP: jedinstvena kombinacija alelnih stanja polimorfizama udru iste DNA molekule
HAPLOGRUPA: genealoke linije koje dijele zajednikog maternalnog pretka

10. NERAVNOTEA UDRUIVANJA =LD: 2 alela se nalaze ee na istom kromosomu nego to bi to bilo
za oekivati da segregiraju nasumino; kao posljedica je povezanost izmeu alela u populaciji

11. STABLO GENA I STABLO VRSTA

Stablo gena: prikazuje pojedinane gene te evolucijsku povijest gena. Razliiti geni nekog organizma
imaju razliite genealogije, odnosno razliiti geni imaju razliite topologije filogenetskog stabla te
razliite filogenije. Uzrok tome su nezavisna segregacija kromosoma, rekombinacija, statistika priroda
evolucije i selekcije.

Stablo vrsta: prikazuje genome te genealogiju istraivanih taksoma. Ima samo jedno filogenetsko
stablo. Ovisi o vremenu izmeu sukcesivnih dogaaja i ne ancestralne populacije.

3
12. MOLEKULARNI SAT je najjednostavnija metoda za odreivanje vremena divergencije vrsta na
temelju podataka o molekularnoj raznolikosti. Pod pretpostavkom da se mutacije dogaaju istom
ratom za sve taksone.

13. BALANSIRAJUA SELEKCIJA: Zadravanje 2 ili vie alela nekog gena u populaciji pod utjecajem
prirodne selekcije. Mehanizam kojim se zadrava genetska varijabilnost populacija. Ukljuuje prednost
heterozigota kao i selekciju ovisnu o frekvenciji.

14. PRIBJEITE ILI REFUGIUM je ogranieno geografsko podruje u kojem su zbog povoljnih klimatskih
uvjeta biljne i ivotinjske vrste mogle opstati, tj. preivjeti pleistocenske klimatske ekstreme.

pr. Apeninski, Pirinejski, Balkanski poluotok

15. OEKIVANA HETEROZIGOTNOST (ILI GENETIKI DIVERZITET)

Vjerojatnost da su 2 nasumino odabrana alela iz populacije meusobno razliita. Prua informaciju o

strukturi i povijesti populacija. Niska razina heterozigotnosti oznaava manju razinu ljudske
raznolikostima moe ukazivati na populacijsko usko grlo ili krianje u srodstvu. Visoka razina
heterozigotnosti moe ukazivati na mijeanja ranije izoliranih populacija

16. ZATO SE MISLI DA JE IZVORINA POPULACIJA BILA VELIKA OKO 10-20 TISUA JEDINKI?

Mutacije unose nove genetske varijacije konstantnom ratom u. Genetski drift eliminira genetske
varijacije stopom koja ovisi o veliini populacije. U odreenom trenutku mutacije i genetski drift e se
nai u ravnotei. Koliina varijacija odgovara m=2Nu. (N broj enki). Izvorina populacija sadravala je
5-10 tisua enki. Veliina populacije je manja od dananje i one u nedavnoj prolosti. Mala ljudska
populacija u jednom trenutku se jako brzo proirila na to upuuje i niski nivo genetske varijabilnosti.
Kako je mala populacija mogla biti rairena Afrikom i Euroazijom? Objanjenje je da je ljudska
populacija bila u to doba puno vea, ali moderni ljudi su potekli od samo jedne lokalne populacije.

17. ZATO SU ARHEOLOKI NALAZI KLJUNI ZA RAZUMIJEVANJE EKSPANZIJE ANATOMSKI MODERNIH

LJUDI? Kljuni su jer pruaju dokaze o oblicima ponaanja koji su moderni, kao npr. umjetnost te
mogu pruiti dokaze o njihovoj prisutnosti u vrijeme i na lokacijama gdje nisu naeni ljudski fosili.

18. ZNAKOVI MODERNOG PONAANJA: Izrada alata primjenom kompleksne metodologije i koritenjem
razliitih materijala (kost, rogovi, kamen..), koritenje okera, izrada predmeta za ukraavanje (nakita,
perlice), umjetnost (piljske slike i figure, glazba i instrumenti), sahranjivanje mrtvih

19. DIJASPORA je brojano i geografsko irenje populacija.

4
20. STRUKTURA DNA MOLEKULE se sastoji od 2 spiralno uvijena, antiparalelna, komplementarna
polinukleotidna lanca.

21. NUKLEOTID je osnovna graevna jedinica

DNA, sastoji se od eera deoksiriboze, fosfatne
grupe i duikove baze (4 vrste adenin, gvanin,
citozin, timin)

22. GENI: dijelovi DNA koji sadre instrukciju za sintezu proteina ili RNA molekula sa specifinom
ulogom. Protein-kodirajui gen sastoji se od introna (nekodirajui) i egzona (kodirajui). Odsjeak DNA
koji kodira za protein ili neku od RNA.

Nekodirajua DNA-mcRNA je RNA koji ne prevodi protein u procesu translacije nego ispunjava
svoju funkciju u stanici u obliku RNA molekule. Postoje: mikrosomalne, transportne, male
nuklearne, male nukleolarne i mikro RNA.

23. KROMOSOM: graen je od 1 vrlo dugaka DNA molekule i histonskih i nehistonskih proteina. Svaki
dolazi u stanicama (osim u spolnim) u 2 kopije 1 od majke, 1 od oca. Svaki tip kromosoma (osim
spolnih) oznaen je brojem 1-22, dok su spolni oznaeni slovima x i y. ena ima 23 razliita tipa
kromosoma, dok mukarac ima 24 razliita tipa. Svaki od tipova sadri razliite gene.

24.

LOKUSE: poloaj gena ili DNA sekvence na kromosomu

ALELI: alternativne verzije istog gena ili DNA sekvence

25. MITOHONDRIJSKI GENOM: cirkularna dvolanana DNA molekula. 2-no kopija po mitohondriju. Broj
ovisi o tipu stanice (jajna 100 tisua). Ima 37 gena koji imaju ulogu u procesu oksidativne fosforilacije ili
sintezi proteina. Ostali geni vani za funkciju mitohondrija transferirani u nuklearni genoma. Postoje 2
izvorita DNA replikacije, po 1 na svakom lancu. Nema introna, a intergenske DNA sekvence gotovo ne
postoje.

26. MtDNA: nasljeivanje iskljuivo po enskoj liniji. Homoplazija (samo 1 tip mtDNA u stanici) znai da
su sve mtDNA identine. Heteroplazmija oznaava da u stanici postoji vie od 1 mt haplotipa.

5
27. GLOBALNA LJUDSKA GENETIKA VARIJABILNOST

Genetike razlike unutar i izmeu populacija su posljedica serije demografskih i evolucijskih dogaaja
poput izolacije, prirodne selekcije, populacijskog uskog grla, migracija, mijeanja populacija, genetskog
drifta koji su se odvijali u razliitim dijelovima svijeta u razliitim razdobljima.

28. MUTACIJE: promjene genetikog materijala, promjene genetike informacije uzrokovane fizikom ili
kemijskom alteracijom. Nasumine su i nemogue ih je predvidjeti. Od malih promjena kao to su
zamjena pojedinane nukleotidne baze do velikih poput stjecanja ili gubitka kromosoma. Mutacije koje
doprinose evolucijskog promjeni

moraju nastati u genetskom materijalu spolnih stanica i prenose se na potomstvo

moraju biti kompatibilne s preivljavanjem i fertilnou

29. SNP: pojedinani nukleotidni polimorfizmi; promjene u 1 nukleotidnom mjestu: bazne supstitucije,
insercije i delecije

razlika SNP i SNV: SNP se pojavljuje uestalou u populaciji od bar 1%, a SNV s manje od 1%:

30. MIKROSATELITI ILI STR: uzastopno ponovljeni sljedovi duine 1-7 bp. Svaki ima puno razliitih alela i
visoko su polimorfni.

31.VARIJACIJE U UZASTOPNO PONAVLJAJUIM SEKVENCAMA:Promjene u broju ponavljajuih DNA

sekvenci organiziranih u uzastopne sljedove. Vrlo varijabilni:

ista duina (broj ponavljanja) i sekvenca alela na odraava nuno zajedniko podrijetlo
ne moe se determinirati ancestralno stanje

6
32. POLJOPRIVREDA DEMIKA ILI KULTURALNA DIFUZIJA

Poljoprivreda je kulturalna inovacija koja se brzo proirila svijetom. Do razvoja dolo prelaskom iz
paleolitika u neolitik, prije 10 tisua god. Imala je dramatian utjecaj na veliinu populacije i genetske
raznolikosti. Razvoj predstavlja skup osobina koje su se razvijale postepeno (proces, ne dogaaj).
Kljuna inovacije je udomaivanje (domestifikacija) biljaka i ivotinja, odnosno selektivan uzgoj i
krianja vrsta da bi ih se uinilo to korisnijim ljudima. Tipovi arheolokih nalaza o dokazu poljoprivrede
su ljudske i ivotinjske kosti, ostaci bilja i pratee kulture. Ishodi poljoprivredne ekspanzije su:

utjecaj na demografiju i bolesti: brz demografski rast, malnutricija i zarazne bolesti, vie hrane,
ali suboptimalan unos esencijalnih hranjivih tvari, blizak kontakt sa ivotinjama, sedentizam,
skladitenje hrane
socijalne promjene: dominantna socijalna jedinica vie nije grupa nego kuanstvo, sedentizam
namee potrebu trgovanja s udaljenijim zajednicama, ne moraju se svi lanovi baviti nabavom
hrane

Uzrok genetske raznolikosti kod Europljana? Pretpostavka je da su lovci sakupljai imali uniformirani
sastav genetskih varijacija potpuno drugaiji od onog kod poljoprivrednika.

1. ista demika difuzija bez meusobnog krianja: Demografski voen val napretka
poljoprivrednikih gena. Migracija poljoprivrednika zamijenila bi zalihu gena europskih
starosjedilaca onom imigranata s Bliskog istoka. Sve moderne europske populacije genetski bi
jako nalikovale populaciji s Bliskog Istoka, a razlike meu eur. populacijama bile bi minimalne.
Poljoprivrednici su rasli i irili se na plodna podruja, a zastali bi tamo gdje zemlja nije za
poljoprivredu. Glavni dio europske zalihe gena potjee od poljoprivrednika s Bliskog istoka, a ne
autohtonih mezolitikih lovaca-sakupljaa. Raena je PCA analiza, izraene su sintetike mape
gena te prikazana slinost mapa gena napravljenih na prvoj PCA komponenti i arheolokih mapa
irenja poljoprivrede. Prva glavna sastavnica je najvanija jer objanjava najvei udio ukupne
genetske varijabilnosti.
2. ista kulturalna difuzija: alternativni model demikoj difuziji; pretpostavlja minimalni ulazak
ljudi s Bliskog istoka, neke lokalne populacije lovaca-sakupljaa ule su u neolitik neovisno o
njima ili prijenosom ideja i trgovina itarica. irenje poljoprivrede nije povezano s velikim
genetskim promjenama. Oekuje se otra distinkcija izmeu gena veine Europljana i gena
populacija s Bliskog istoka.
3. Intermedijalni model: poljoprivrednici se ire i kriaju sa starosjediocima. Oekuje se klima gena
od Bliskog Istoka prema sjeverozapadu. Pionirska kolonizacija migracije iz zapadne Azije imale
veliku ulogu, ali se radilo o ogranienim kolonizacijama malih grupa. Prema B. Sykesu glavni
zakljuak intermedijalnog modela je da veina dananjih mtDNA varijacija ima svoje izvorite u
paleolitiku.
Klina: gradijent uestalosti gena izmeu geografskih populacija

7
33. PALEOMIKROBIOLOGIJA: podruje istraivanja koje se bavi pronalaenjem, identifikacijom i
karakterizacijom mikroorganizama u drevnim ostacima (zaleeno ili mumificirano meko tkivo, zubna
pulpa, koprolit). Zaeci discipline 1993. sa molekularnom detekcijom DNA bakterije Mycobacterium
tuberculosis u starim ljudskim kostima.

34. RESTRIKCIJSKI ENZIMI: su enzimi izolirani iz bakterija koji prepoznaju kratke palindromske DNA
sljedove i cijepaju dvolananu DNA na tono odreenom mjestu

35. DNA LIGAZE: enzim koji zatvara prekide u eerno-fosfatnoj okosnici te omoguuje spajanje 2 DNA
fragmenta

36. HOMOLOGNI KROMOSOMI: par kromosoma kod kojih je jedan naslijeen od oca, a jedan od majke.
Nose iste alele, ali nisu genetski identini.

HETEROLOGNI KROMOSOMI: par kromosoma razliiti po obliku i veliini; ovjekova tjelesne stanice =
46 kromosoma; spolna st. = 23 kromosoma, geni su na kromosomu smjeteni linearno (jedan ispod
drugog), u grau gena ne ulaze bjelanevine

37. NGS SEKVENCIONIRANJE NOVE GENERACIJE

Karakteristike sekvencioniranja nove generacije je multipla paralelna kratka itanja, brzo i jeftino
sekvencioniranje genoma te je vana pokrivenost. Slijedi:

1. priprema knjinice: nasumina fragmentacija DNA i vezanje adaptera za fragmente

2. formiranje klaste: imobilizacija fragmenata na oligonukleotide privrene na povrinu na
temelju komplementarnosti s adapterom
3. sekvencioniranje: detektira se signal prilikom ugradnje nukleotida
4. analiza podataka

38. GENOTIP: moe se odnositi na cijeli genom (genetska konstrukcija nekog organizma) ili na odreeni
lokus (kombinacija alela na najmanje jednom lokusu neke jedinke; Aa)

39. MONOFILETSKA SKUPINA: taksoni sa zajednikim podrijetlom; okarakterizirane zajednikim

obiljejima

PARAFILETSKA SKUPINA: iz monofiletske skupine izdvojeni taksoni s apomorfnim oblicima; skupina

organizama koja ukljuuje samo neke primitivne potomke zajednikog pretka, a iskljuuje neke
naprednije potomke (iskljuenje jedne ili vie monofiletskih grupa. Parafiletska grupa je na taj nain
'gotovo' monofiletska (u skladu sa znaenjem prefiksa 'para', odnosno 'u blizini' ili 'zajedno').

POLIFILETSKA SKUPINA: taksoni s razliitim podrijetlom.

8
40. INTROGRESIJA DENISOVACA - Da li Denisovci po ukupnoj divergenciji DNA sekvenci upadaju u
skupinu morfoloki i geografski definiranu kao Neandertalci ili predstavljaju njihovu sestrinsku grupu?

Sekvencionirani neandertalski genomi i genom djeteta star 70 tisua godina koji je najblii Denisovcima
pokazuju nisku genetsku divergenciju Neandertalaca, 3 puta niu od one kod dananjih ljudi.
Neandertalci iz Vindije i Mezmaiskaya potjeu od iste ancestralne populacije koja je prola kroz
dramatino populacijsko usko grlo nakon to su se razdvojili od pretka Denisovaca.

Mogui razlozi nepodudaranja filogenija:

mtDNA linija unesena je u pretka Denisovaca mijeanjem s nekom drugom linijom hominina
za koju nemamo podataka
nepodudaranje je posljedica nekompletnog sortiranja linija; nasumino sortiranje genetskih
linija zbog genetikog drifta omoguilo je da jedna mt linija preivi u Denisovcima, a ista se
izgubi kod Neandertalaca i modernim ljudima

NEKOMPLETNO RAZVRSTAVANJE LINIJA: pojava u kojoj kopije gena ne koalesciraju za vrijeme trajanja
vrste nego u ancestralnoj vrsti (koalescencija: stapanje genealogija multiplih kopija gena u njihovog
zajednikog pretka)

41. AMII I MORMONI - U Sjevernoj Americi Amii vs. Mormoni. Obje su dobro definirane populacije, i
jedni i drugi potomci europskih doseljenika.

Mormona u poetku bilo oko 2000, nastavkom useljavanja 175 000. 150 god. su parcijalno izolirani od
europskih populacija, ali su im genetski vrlo slini. Razlog je mali utjecaj genetskog drifta na veliku
populaciju.

Amia u poetku ima oko 200, tok gena izvan grupe je ogranien zbog izolacije, ujedno su i genetski
razliiti od europskih populacija. Razlog tome je znaajan utjecaj genetskog drifta na malu populaciju

42. DJEAK MAL'TA I AMERIKI DOMOROCI

Genom 24000 god. starog Mal'ta djeaka pronaenog na Bajkalskom jezeru dijeli genetske znaajke i s
europskim (zapadni Euroazijci) i amerikim domorodakim populacijama (ali nije posebno srodan
istono azijskim populacijama). Ukazuje na genetsko mijeanje populacija za vrijeme nastajanja
ancestralne populacije amerikih domorodaca. To pokazuje na dualno podrijetlo amerikih
domorodaca. Pokazuje da su prije divergencije na amerikom kontinentu nastala mijeanjem linija
povezanih s Mal'ta linijom s jedne te istonoazijskom linijom s druge strane.

9
43. HELIOBACTER PYLORI: bakterija odnosno eluani patogen (sluznica eluca). Prilagoena je ivotu u
kiseloj sredini. Moe uzrokovati gastritis, rak eluca, limfom niskog stupnja i sl. Najuspjeniji je ljudski
patogen, njom je inficirano 50% svjetske populacije. Filogeografska slika bakterije odraava uzorke
povijesti ljudskih migracija. Kad su ljudi napustiti Afriku ve su bili inficirani te su ju prilikom seoba nosili
sa sobom. Infekcija se iri unutar obitelji to rezultira snanim filogeografskim signalom (uestale
lokalne disperzije SNPova homolognom rekombinacijom). Geografska rasporeenost genetske
varijabilnosti pokazala se diskriminativnijom u odreivanju izvorita drevnih ljudskih migracija nego
npr. HVS-I kontrolne regije.

Strukturirana je u multiple, zasebne populacije specifine za velika geografska podruja:

hpEurope, hpAfrica1, hpAfrica2, hpNEAfrica, hpAsia2, hpEastAsia, hpSahul.

44. RAZVOJ MODERNOG OVJEKA

1. Homo erectus: vrsta proirena po gotovo cijelom afrikom kontinentu, mogla se prilagoditi
razliitim uvjetima okolia. Poznati fosilni nalazi u istonoj Africi (1.9 mya) i Dmanisi (1.7 mya).
Dokazi upuuju na ranu uspostavu populacije u JI Aziji. Nalazita na Javi, Mojokerto i Bapang
(fosili), i u Kini, Majuangou (kameno orue. 1.6 mya).
2. Homo heidelbergensis: slijedi nakon Erectusa, smatra se pretkom neandertalaca.
3. Neandertalci: neandertalska linija evoluira u Europi i zapadnoj Aziji. Primjer ranijeg stadija je
nalazite Sima de los Huesos, fosil star 43 ky, ima znaajke heidelbergensisa i
neanderthalensisa.
4. AMH: U Africi, na nalazitu Omo Kibish u Etiopiji pronaen je prvi anatomski moderan ovjek iji
su fosili stari oko 195ky.
5. Denisovci: Na nalazitu Altaj u Sibiru pronaeni Denisovci, jedino nalazite, ali genetski zapis u
dananjim populacijama u Oceaniji, kopnenoj Aziji i genomima amerikih domorodaca.

45. ODVAJANJE MODERNOG OVJEKA - Homo Sapiens vs. Homo neanderthalensis

Sekvenca kompletnih nuklearnih genoma: odvajanje linija neandertalaca i modernih ljudi dogodilo se
prije 270-440 tisua godina. Tok gena iz Neandertalaca u modernoga ovjeka (ne-afrike populacije)
dovodi do kod 1-4% europske populacije i 1.5% istonoazijske populacije. Pretpostavka je da su moda
neki od introgresiranih alela Neandertalaca pomogli modernom ovjeku da se prilagodi na ne-afrike
uvjete okolia. Otkriveni brojni aleli derivirani iz alela Neandertalaca vezani uz rizik za bolesti (dijabetes
tipa 2 i Kronova bolest). Neandertalsko naslijee i danas utjee na biologiju ovjeka.

Sekvenca kompletnih mitohondrijskih genoma: zajedniki predak s modernim ljudima oko 500ky.
MRCA svih Neandertalaca oko 100ky. Neandertalci (u Europi i zapadnoj Aziji) i moderni ljudi (u Africi)
evoluirali su u alopatiji (stanita populacija se ne dodiruju i ne preklapaju).

10
46. SNP IPOVI

Ideja: vea efikasnost i nia cijena cjelogenomskih istraivanja povezanosti.

Princip: imobilizacija velikog broja razliitih DNA fragmenata na vrstu podlogu.

SNP ip ima 12 polja, to znai simultanu analizu vie razliitih osoba. Svako polje sadri nizove kuglica
mikroskopske veliine. Na kuglicu su vezani DNA fragmenti koji su sintetizirani na nain da pokrivaju
DNA sekvencu tono uz odreeni SNP. Dolazi do inkubacije kuglica sa smjesom genomskih DNA
fragmenata osobe koja se testira. DNA je denaturirana (odvajaju se lanci) i svaki lanac sparuje se s
njemu komplementarnim sintetskim fragmentima na kojoj god kuglici postoji. DNA polimeraza dodaje
na taj fragment fluorescentno obiljeen ddNTP komplementaran onom u DNA testirane osobe.

Kako se dizajnira sastav ipa: cijeli genom treba biti jednako pokriven, trebaju se pokriti vani
SNPovi, treba osigurati visoku pokrivenost kodirajuih regija genoma, mtDNA (4 kromosoma,
pokrivenost poznatih strukturnih varijanti)

47. ZATO JE MITOHONDRIJSKA DNA INFORMATIVNA U STUDIJAMA LJUDSKE PROLOSTI?

visoke stope mutacija

niska efektivna veliina populacije: vei potencijal za genetiki drift koji stvara geografsku
strukturu
maternalo nasljeivanje: jednostavno praenje genealogije, uvid u procese specifine za ensku
liniju
velik broj kopija po stanici: olakana analiza u sluaju male koliine uzoraka

48. ANALIZA GLAVNIH SASTAVNICA (PCA): koristi se za grafiki prikaz udaljenosti izmeu populacija na
temelju sirovih podataka o frekvenciji alel. Isto i za prikaz genetske udaljenosti izmeu jedinki na
temelju analize SNPova.

49.PCR-RELP TIPIZACIJA: radi po principu da SNP kreira ili naruava RE mjesto za neki RE enzim

PCR amplifikacija sekvence koja sadri SNP (pas)

razgradnja PCR produkta odgovarajuim RE uz pozitivnu kontrolu (razrepak)
detekcija produkata razgradnje elektroforezom u gelu agaroze (detektiv elektrizira agu)

11
50. KONTROLNA REGIJA ILI D-OMA: mjesto u kojem zapoinje transkripcija i replikacija
mitohondrijskog genoma. Karakterizira ju najvea raznolikost nukleotida i varijabilnost duljine sekvence
u usporedbi s ostatkom mt genoma.

51. UZROCI VISOKE MUTACIJSKE RATE mtDNA

funkcija mitohondrija: generiranje energije u procesu oksidativne fosforilacija

vei broj replikacija u jedinici vremena u odnosu na nDNA
zbog naina replikacije mtDNA vei dio vremena provede na mutacije osjetljivom jednol. obliku
D-oma
nema histiona i osjetljiva na mutacije

mtDNA i 4 kromosoma: nema rekombinacija; haplotipovi tih molekula nakupljaju razlike iskljuivo
putem mutacija (za razliku od toga, ostatak genoma skuplja razlike mutacijom i rekombinacijom)

52. UZROCI GENETSKIH VARIJACIJA UNUTAR GRUPA

1. Mutacija: niska frekvencija, odravanje tetnog alela

2. Selekcijska prednost heterozigota: prirodna selekcija odrava varijabilnost uz vei fitness

heterozigota

pr. srpasta anemija: normalan Hb i Hb tetan alel; visoka uestalost gdje je malarija endemina
bolest, heterozigoti imaju najviu ansu za preivljavanje, zato se tetan alel zadrava u
populaciji
pr. talasemija: alel za talasemiju smanjuje ukupan broj smrti od malarije po cijelu manjeg broja
smrti od talasemije

3. Varijacije postoje zbog promjene okolia: geni koji su nekad bili korisni nisu eliminirani

pr. dijabetes tip 2: inulin; geni u prolosti korisni jer su omoguavali brzo stvaranje masnih
rezervi za vrijeme probave hrane to je omoguavalo bolje preivljavanje gladnih razdoblja

12
53. UZROCI VARIJACIJA IZMEU GRUPA

1. Selekcija koja favorizira razliite gene u razliitim okoliima: Ljudska vrsta naseljava irok raspon
stanita. Prirodna selekcija u razliitim stanitima moe favorizirati razliite gene. Ako je dovoljno
snana moe odravati genetske razlike usprkos homogenizirajuem djelovanju toka gena. Evolucija
djelovanjem prirodne selekcije nije beskonano spor proces.

pr. distribucija Hb alela i mogunost probave laktoze u odrasloj dobi

2. Genetski drift uzrokuje varijacije izmeu izoliranih populacija: Kada 2 populacija postanu izolirane
dolazi do promjene frekvencije alela i postaju genetski razliite. Efekt osnivaa je genetski drift
uzrokovan ekspanzijom male populacije osnivaa

pr. Amii i Mormoni

3. Migracije: Uzorci genetske varijacije odraavaju povijest migracija i populacijskog rasta. Zbog
migracija dolazi do razmjene gena izmeu populacija.

54. GENETIKA KLASIFIKACIJA KOD RASA

RASA: skupina jedinki koja se moe jasno razlikovati od ostalih grupa iste vrste. Da bi grupe bile
klasificirane kao rase izmeu njih treba pronai 25% ili vie varijacija

Skupine u kojima su 2 nasumino odabrane jedinke meusobno genetski slinije nego to su sline 2
nasumino odabrane jedinke iz ope populacije. Slinije su zato to dijele vei broj zajednikih predaka,
a razlog tom je endogamija (sklapanje brakova unutar skupine)

pr. Parsi: etniko vjerska zajednica podrijetlom iz Irana, 70 tisua jedinki, populacijsko usko grlo
migracijom u Indiju, nakon tog prakticirali endogamiju koja je dovelo do smanjenje genetske
varijabilnosti. Imaju visoke anse pojave razliitih karcinoma, neplodnosti, neurolokih bolesti i
osteoporoze
pr. Akenazi idovi i Amii: visoke anse Tay-Sachove bolesti, populacijsko usko grlo prvo i
poslije demografska ekspanzija; mala populacija. Nekoliko heterozigota nose tetnu mutaciju
(Aa). Potomci, jer je mutacija rijetka, e rijetko biti homozigoti aa tipa i oboljeti, samo ako se
kriaju 2 heterozigota. Krianjem Aa x aa 50% potomaka bit e heterozigoti. Rastom populacije
raste broj Aa i vjerojatnost krianja i bolesti.

13
55. AMERIKANCI I RASE

Razumijevanje pojma rase kod stanovnika sjeverne Amerike temelji se na pogrenim pretpostavkama
(mnogi smatraju tonim, ali nisu u skladu sa znanstvenim saznanjima o ljudskoj varijaciji):

1. Ljudska vrsta se moe prirodno podijeliti na manji broj rasa

1 ovjek = 1 rasa mjeanci 3 rase u SAD-u

2. Pripadnici razliitih rasa znaajno se razlikuju (biomedicini, inteligenciji, karakteru..)

3. Razlike u rasama posljedica biolokog nasljea, pripadnici 1 rase slini, a razliiti od drugih rasa

pr. afriki: europski Amerikanci 2 rase

pr. Hrvati i Srbi 2 etnike grupe

56. PRODUENJE POETNICE: dizajnira se poetnica tako da joj je zadnji nukleotid na 3' kraju
neposredno uz SNP poziciju. Slijedi produenje poetnice ugradnjom 1 nukleotida komplementarnog
SNPu. Detekcija npr ugradnjom fluorescentno obiljeenog ddNTP (mini sekvencioniranje)

57. VRSTE OTEENJA aDNA: gubitak baza, inter i intra molekularna unakrsna povezivanja eerno-
fosfatne okosnice i proteina, pucanje eerno-fosfatne okosnice, kemijska modifikacija baza

58. POKAZATELJ KRIANJA SA NEANDERTALCIMA

Sekvencioniranje genoma arhainih ljudi i modernog ovjeka te njihova usporedba. Neki dijelovi iz
arhainih ljudi se nalaze u modernim ljudima. Primjerice na Altaju u Sibiru tragovi DNA H.sapiensa u
genomu neandertalke i smatra se kako su se moderni ljudi poeli kriati s neandertalcima prije oko
100ky. Jedna od pretpostavki je da arhaine regije introgresirale u genom kroz krianje s arhainim
homonimima mogu se otkriti u potomcima pa ih tako i identificirati. Neandertalski udio je otkriven u
istoj niskoj razini (1-3%) u svim istraenim ne-afrikim populacijama. Smatra se kako je do krianja AMH
i Neandertalaca dolo u Levantu. Na podruju Rumunjske, Oase, otkrivena DNA jedinke koja je imala
6-9% genoma derivirano od neandertalaca. Krianje s Neandertalcima nije se dogodilo samo jednom te
njihovi geni i danas utjeu na biologiju ovjeka.

14
59. USPOREDBA AFRIKANACA I EUROPLJANA PO GENETICI

Uestalost SNPova pokazuje veu raznolikost afrikih genoma jer se u sekvencama afrikog podrijetla
SNP javlja svakih 1006 pb, a kod onih europskog podrijetla svakih 1250 pb. Manja raznolikost
Europljana moe se vidjeti i u mtDNA jer su se oni razvili iz haplogrupe L3 koja se podijelila na M i N,
gdje je N znaajna za Europu, dok su Afrikanci naslijedili haplogrupe koje su se razvile i razdijelile u
Africi. Takoer u Africi nisu naeni fosili neandertalaca dok Europljani imaju primjesu njihovih gena jer
su se mijeali s njima na podruju Bliskog Istoka nakon ekspanzije iz Afrike. (Za prouavanje nae
evolucijske povijesti najvanija je ekspanzija koja se dogodila 70-50kya to oznaava poetak uspjenog
naseljavanja cijelog svijeta.)

60. ODAKLE POTJEU DANANJI EUROPLJANI? Veina potjee od 3 visoko diferencirane populacije:

1. zapadnoeuropski lovci-sakupljai: pridonijeli Europljanima, ali ne populacijama Bliskog Istoka

2. drevni sjeverno Euroazijci povezani s gornjo-paleolitikim populacijama Sibira: doprinijeli i
populacijama Europljanima i Bliskog Istoka
3. rani europski poljoprivrednici koji su uglavnom podrijetlom s Bliskog Istoka, ali su sadravali i
zapadnoeuropsko naslijee lovaca-sakupljaa

61. EKSPANZIJA AMH IZ AFRIKE

Sjeverni izlaz: od sj. Afrike do Levanta preko Sinajskog poluotoka

Juni izlaz: od i. Afrike do Arapskog poluotoka preko prolaza Bab-el-Mandeb

62. AMERIKA HIPOTEZA 3 MIGRACIJE: Amerika je naseljena u 3 odvojena vala koji odgovaraju
jezinim obiteljima: eskimsko-aleutska 4kya, ma-dere 9 kya, Amerind 11kya

63. NEPODUDARANJE U NIVOU RAZNOLIKOSTI UNUTAR I IZMEU VRSTA SIGNALIZIRA djelovanje

prirodne selekcije, razliitu strukturnu i evolucijsku povijest populacija te razliit efektivne veliine
populacija

64. BIFURKACIJA: iz vora idu 2 grane

POLITOMIJA: iz vora idu 3 grane

15
65. JEDINSTVENA GENETIKA OBILJEJA LJUDI I HOMININA:

Iako se genom ovjeka razlikuje od genoma ovjekolikih majmuna za samo nekoliko posto, tih nekoliko
posto ini milijune strukturnih razlika i varijacija u pojedinanim nukleotidima. Veina od njih nema
utjecaj na fenotip, ali su neki povezani za ljude sa specifinim morfolokim karakteristikama ili
znaajkama ponaanja. Sekvencioniranje neandertalskog i denisovskog genoma otvorilo je mogunosti
otkrivanja genetskih promjena po kojima se razlikujemo. Ujedno moemo razlikovati promjene koje je
zajedniki predak donio i one koje su jedinstvene za moderne ljude.

66.

INTERSPECIFINA FILOGENIJA: filogenetski odnosi izmeu vrsta; ima duboka grananja (dugo vrijeme
odvajanja), razliite DNA sekvence, ancestralne sekvence nisu prisutne u populaciji (filogenetsko
stablo)

INTRASPECIFINA FILOGENIJA: filogenetski odnosi unutar vrste; plitka grananja (kratko vrijeme
odvajanja), mala razlika u DNA sekvencama, ancestralne sekvence prisutne u populaciji (filogenetske
mree)

16