Genetika - ​reparacija - KOLOKVIJUM

MMR-reparacija

Pirimidinske baze koje ne mogu da se spare, prave razmak (deformaciju) zmedju dva lanca
na ostecenom regionu.
Tu se zatim zakaci veci broj proteina koji imaju sposobnost prepoznavanja greske u
molekulu DNK.
Podsetimo se endonukleaza koje umeju da prepoznaju nukleotidne sekvence za koje se
potom i vezu. Endonukleaze koje se koriste u reparaciji MMR, nisu toliko specificne - traze
kratke ponovke od recimo 3, 4 nukleotidna para koji se nalaze skoro svuda u genomu.
Dakle, kada se na takvom mest….. (?)
DNK, da bi se sanirao, na mestu gde je ostecen, pravi malu petljicu. Na tom delu DNK koji
se presavio, ​endonukeaza​ce napraviti jedan prekid, i to na onom lancu koji treba da se
odstrani. Kada je napravila prekid, krece ka greski koju treba da ispravi, i potom ukloni
nepozeljne nukleotide. Inace, pri savijanju DNK, veze izmedju dva lanca slabe sto dovodi do
pucaja vodonicnih…
Uglavnom, endonukleaza za sobom ostavlja jedan lanac DNK koji ima dva prekida izmedju
kojih su greska i oslabljene veze izmedju dva lanca DNK. Zato se u sledecem koraku
odvajaju ta dva lanca, i tako imamo jedan region molekula koji je jednolancan (ostatak,
naravno, ostaje normalan).
Kada se pojavi jednolancani region, to je uvek jak signal za reparaciju.
Za sve proteine koji se tu nalaze sada se vezuje polimeraza. Polimeraza koja ucestvuje u
polimerizaciji zavisi od nacina na koji popravljaju tu gresku. ​DNK polimeraza​moze biti
gama​, ili ​beta​, ponekad i ​alfa​… (to verovatno nema u knjizi, tako da nije toliko vazno).
Podsetite se - polimeraza pravi veze IZA sebe, tako da, kad zavrsi svoj posao, nece moci da
formira poslednju fosfodiestarsku vezu, pa se zato pojavljuje ​ligaza​koja ce je formirati.

Nacin reparacije “BER” je lak, to procitati iz knjige.

 NER reparacija

Kad imamo nukleotid kod bakterija, virusa i slicnih organizama - sve je mnogo jednostavnije.
Bakteriji je dovoljno da isece jedan nukleotid i da se on zameni novim. Ljudi to ne mogu da
urade.
Šta rade ljudi?
Helikaza​ce iseckati vodonicne veze koje okruzuju ostecen region, kao i one vodonicne koje
povezuju ostecen deo sa drugim lancem. Raskidamo 10ak nukleotidnih parova sa jedne, i
desetak sa druge strane.
Ovo nije bilo koja helikaza, vec helikaza koja ulazi u sastav transkripcionog faktora ​TFIIH​koji
je ujedno i najvazniji transkripcioni faktor koji se sastoji iz 2 subjedinice - HELIKAZE i druga
koja se veze za DNK molekul. Ima kinaznu aktivnost i on ce da aktivira RNK polimerazu II.
Sad se pojavlju dve endonukleaze. ​Dve endonukleaze​seku lanac na na dva mesta, jedna
sa jedne, druga sa druge strane ostecenog dela. Tako, taj ostecen region postaje slobodan
jer ga odvode proteincici koji se zovu ​XPG i XPH​(koje mozemo upamtiti zbog svoje vazne
uloge koje imaju u izazivanju bolesti kseroderma-pigmentozum - jer ako ovaj mehanizam
zakaze, ona nastaje).
Ogoljena DNK je nestabilna. Tokom ​replikacije​, stabilizaciju vrse SSA, SSB i slicni njima
proteini, dok ​ovde​tu ulogu vrse ​RPA proteini​(reparacioni protein A).
Postoje odredjeni mali proteincici koji prepoznaju deo gde se nalazi pocetak dvolancanog
DNK. S jedne strane, oni imaju zadatak da ​vezu polimerazu​, dok s druge strane
zaustavljaju deobu ove celije​!!! ​(ATR proteini). ​Jer dok god postoji greska, ili neispravljeni
region, celija ni pod kojim uslovom ne sme da se deli. Dakle, ovi proteini moraju da pokrenu
sekvencu da zaustave celijski ciklus (to se desava u nekoj od kontrolnih tacaka, npr. iz G2 i
mitoticku deobu).
Ako se celija popravi - super, ako ne - umire apoptozom.
Kad budemo ucili onkogenetiku, videcemo da postoji jako veliki broj proteina koji ucestvuje u
ovome. Jedan od gena koji se vrlo cesto pominje u knjizi je ​ATR ​(ataxia - telangiektazija -
teti related (?)… Inace, kad on mutira nastaje neuroloska bolest, veoma opasna - deca imaju
epilepsiju, mentalnu retardaciju itd. ​ATR​je jako vazan jer on PRVI prepoznaje da nesto nije
u redu, i takodje ucestvuje u replikaciji tako sto se vezuje za replikacionu viljusku i na taj
nacin obavestava celiju da je sinteza DNK u toku, i da mitoza treba da je saceka. Dok se ne
zatvore sve replikacione viljuske, ATR ne prestaje sa radom. Ovde slicno - kao da je
otvorena replikaciona viljuska, i zato zaustavlja celiju.
Setimo se gena p53, to je jedan gen kojeg nazivamo BRKA (vrv BRCA) gen (to su tumor
supresorski geni), i celija upravo zbog njih, ukoliko predugo stoji (tj. ne moze da se popravi),
tj. kad su dugo aktivni, krece apoptoza.
P53​​transkripcioni faktor prepisuje p21 koji ce pokrenuti apoptozu, i uvesti celiju u
celijsku smrt.
Sa druge strane se vezala super ​polimeraza​koja sintetise novi lanac (+​ligaza​).

Reparacija dvolancanog molekula DNK

Setimo se sta pokrece homologu i heterologu rekombinaciju (?)

U svakom slucaju, celijski ciklus sada zaustavlja ​ATM ​(ataxited-mutated???), on prepoznaje
dvolamcani prekid i time zapocinje ceo proces (zaustavlja celiju da krene u reparaciju).
Postoje dva rada: ​rad 50 i rad 51.
Rad 50 je kod nehomologih reparacija, rad 51 je kod homologih. Samo ova dva rada treba
znati, u knjizi se pominju jos mnogi, ali su ova dva najvaznija.
Do vece greske dolazi ukoliko dodje do nehomologe reparacije zato sto se tu pravi velika
delecija.
Zapamtiti bolest ​Nijmegen breakage​sy.