Professional Documents
Culture Documents
ΔG = ΔH - TΔS
ΔG = ΔH - TΔS
ΔG = -RT*lnK
A víz kiszorul, a hélix szerkezet kialakulása miatt. A víz kiszorulás nagy entrópia növekedést okoz. Ez
hajtja a szerkezet kialakulását
Vonal szerű
Gömb alakú
Hengeres
X = (2Dt)1/2
A Hőmérséklet növelésével:
Rendezetlen szerkezet
Alapvető fázisállapotok:
Prokarióta: néhány µm
A fluiditás (= átjárhatóság) azt fejezi ki, mennyire viszkózus az adott membrán. A membrán fluiditása
fontos a sejt védelmének és interakcióinak biztosításához. A viszkozitás reciproka, szoros
kapcsolatban van a permeabilitással.
A diffúzióval szokták jellemezni: adott komponens milyen gyorsan, milyen sebességgel tud
átdiffundálni a membránon. A mérőszáma az a hőmérséklet, amelyen ez a diffuzivitás drasztikusan
megnő.
Minél több a membránban a telítetlen lánc, annál kevésbé tud a 2 apoláris lánc összerendeződni,
mivel más a konformációjuk. Ezáltal fluidabb, átjárhatóbb a szerkezet, a membrán struktúrája
dinamikusabb.
A bennük található kettős kötések száma. Minél kevesebb a kettős kötés (és több az
egyszeres ill. Háromszoros, azaz telítetlen kötés), annál rendezetlenebb a szerkezet, annál
nagyobb a fluiditása. => A telítetlenséggel nő.
Nem fordítva? telítetlen lipidekből felépülő membránok szerkezete kevésbé rendezett, alacsonyabb
hőmérsékleten válnak fluiddá
ER: a foszfolipid szintézisért felel. Szimmetrikus a lipidek megoszlása a membrán belső és külső
oldalán.
Golgi: a kémiai transzformációért felel. Aszimmetrikus a lipidek megoszlása a membrán két oldalán.
Aktív transzporterek: ioncsatornán vagy más módon juttatják át a lipideket a külső oldalra.
A citoplazma vizes, hidrofil közegnek tekinthető, a foszfolipid viszont egy nagy hidrofób csoportot
tartalmaz. A citoplazmán nem tudják átküzdeni magukat, mert az nem túl kedvező nekik. Ehhez a
transzporthoz vezikula kell:
PL kettős rétegből áll, de ideiglenes szerkezetek (rövid idő alatt képződnek és más membránnal
fuzionálnak). A foszfolipidek becsomagolódnak egy kolloidális szerkezetbe, mely szintén amfipatikus
molekulákból épül fel, az apoláris láncaikkal találkoznak. A sejt felőli és belső oldalon poláris
fejcsoportok vannak. Így egy apoláris fázis választ el egymástól egy külső és egy belső vizes fázist. A
belső vizes fázis egy tároló rész középen, így kapszulaként tud szállítani a belső vizes fázisában poláris
molekulákat.
Ugyanakkor a PL molekulák nem szeretnek vizes közegben tartózkodni, mert hosszú az apoláris
láncuk. Úgy szállítódnak, hogy kettős réteg apoláris láncai közé rendeződnek. Így eljutnak a többi
sejtszervecskéhez, melyeknek szintén szükségük van rá.
De ez önmagában még nem elég. -> Másik hajtóerő, hogy olyan erős kölcsönhatást tud
kialakítani, hogy a membránon belül doménekre rendeződik, így töltetek alakulnak ki.
1. Olyan fehérjék, melyeknek önmagukban natív konformációjuk van. Azt preferálják, hogy a
membrán körül ennek megfelelő szerkezetben helyezkedjenek el. A lipid fejcsoportokkal
tudnak kölcsönhatásokat kialakítani, a hidrofil részek képesek erre.
2. Oligomer formájú fehérjék, melyek önmagukban nem olyan kiterjedésűek vagy nem tudnak elég
erős kölcsönhatást kialakítani, de olyan asszociátumokat hoznak létre, melyek önmagukban elérik
ezt a lipid rendeződést.
c. Citoszkeleton a sejtmembránon belül, melyet az aktin fehérje képez. Ez egy vázszerkezet,
mely jól definiált alakot eredményez.
A merevségével tartja meg a görbületet.
A foszfolipid kettősréteget deformáljuk (paint-es ábra), ekkor feszültség keletkezik és fellép
egy olyan erő, ami igyekszik ezt megszüntetni. Ez az állapot nagyon torzított az eredeti kettős
lineáris réteghez képest, a membrán szeretné ezt a görbületet megszüntetni. Ez ellen
dolgozik a citoszkeleton, megtartja a kialakult feszültséget.
=> A már kialakult görbületet stabilizálja, hogy ne legyen feszült.
1. Cukortípusú fejcsoportok.
Poláris fejcsoportok, melyek kölcsönhatásokat képesek kialakítani.
e. Amfipatikus hélixek.
A d) típusú fehérjék alkotják. Dimereket képeznek olyan módon, hogy számos funkciós csoportot
tartalmaznak, melyek a foszfolipid fejcsoportokhoz erős kölcsönhatásokkal tudnak kötődni. Ennek a
kötődésnek az energiája összemérhető azzal, ami a membrán meghajlításához szükséges. => Azért
kötnek, hogy fenntartsák ezt a görbült állapotot.
Sok negatívan töltött funkciós (foszfát) csoportunk van, így a BAR domént tartalmazó fehérjék pozitív
töltésű csoporttal rendelkeznek: Arg és Lys csoportok. Elektrosztatikus kölcsönhatások révén
stabilizálódik ez a szerkezet.
A legtöbbször ez nem elég, vannak szelektív kötőhelyek is (->hidrofób asszociációval kötődnek a lipid
szerkezethez), és ezen kölcsönhatások összessége hozza létre az erős komplexet.
(= Aviditás).
Az adott BAR domén az adott görbülethez felel meg. Nagyobb sugár esetén nem passzol annyira a
fehérje a görbülethez, nem stabilizál olyan jól.
A hidrofób asszociáció (nem egy erős “kölcsönhatás”) révén csak nagyon lassan tud kidiffundálni a
hélix a foszfolipidből. Más szóval, ha egy amfipatikus hélix hozza létre a görbületet, az a görbület
nagyon stabilan megmarad.
21. Tipikus időskálák biológiai rendszerekben: fehérjeszintézis, enzimkatalízis, DNS
konformációváltozás
Fehérjeszintézis: s
A gravitációs tér helyett a centrifugális erőteret használjuk fel. Sokkal nagyobb az elválasztási
hatékonyságot tudunk elérni, mint gravitációs térben.
A hatékonyságot a szedimentációs együtthatóval (s) tudjuk jellemezni.
Nagyon nagy, néhány tízezer g gyorsulás, mivel nagy molekulákat akarunk elválasztani és nem
sokkal nagyobb az a rendszerünk, amiből el akarjuk választani. Emiatt ez nem olyan egyszerű, mint
egy sima centri.
Sok molekula rendelkezik töltéssel, melyek közül a nukleinsavak töltése nem függ a pH-tól, de a
fehérjék töltése igen.
Az ionkromatográfia során fehérjéket választunk el egymástól oszlopon keresztül. Gyantát vagy
szilikatöltetet tartalmaz, amin ionos csoportok vannak és a különböző töltésű ionok közti
kölcsönhatás az, ami az elválasztás alapját adja.
24. Az affin kromatográfia működési elve, kölcsönhatások jellege, szabályozásuk, kompetitív ágens
szerepe, disszociációs állandó nagysága elválasztás során
Elektromos térben gyorsítjuk a töltéssel rendelkező részecskéket, felvesznek egy állandó mozgási
sebességet, mely annak köszönhető, hogy az elektromos térben lévő gyorsító erő és a
közegellenállás egymással egyensúlyra jut. Így a mozgási sebességből a töltéssűrűséget meg lehet
határozni és a molekula szerkezetére lehet következtetni. A kialakult skála összehasonlításra
alkalmas, 10-3 m-es nagyságrendű meghatározás.
27. SDS-PAGE alapjai, az SDS szerepe, elválasztás elve, standard minta alkalmazásának lényege
Csak a méret az elválasztásban szerepet játszó tényező, csak ettől függ a mozgási sebességük
elektromos térben.
SDS: kiegyenlíti a makromolekulák töltés sűrűsség-beli különbségét. Körbeveszi a DNS molekulákat
és egységes (negatív) töltést eredményez nekik.
A cső / oszlop mentén változtatjuk a pH-t, valahol ott van az izoelektromos pontja a fehérjének = 0 a
töltése, a fehérje megdermed és nem mozdul tovább.
Nehéz: Akkor lesz fényszórás, ha az oldószer és az anyag (biológiai minta) törésmutatója különböző.
Pl. sok vizet tartalmazó sejtet akarunk vízben látni.
Az elektromágneses hullámok terjedési sebessége egy anyagi közegben kisebb, mint a vákuumban.
Ennek a mértéke a törésmutató, ami a következő összefüggés szerint adható meg:
n = c0c
Az idő függvényében mérjük az intenzitást, mely egy állandó érték körül ingadozik, mivel elég sokáig
mérjük a mintánkat ahhoz, hogy a mérés során elmozduljanak a felületi komponensek.
=> Fluktuáló jelet kapunk.
Fluoreszcencia: [ns]
A fehérjét fluoreszcens festékkel festjük meg. Nem a megvilágító fény hullámhosszán detektáljuk a
fotonokat (nem a szórt fényt követjük közvetlenül), hanem a lézerrel elérjük a festék fluoreszcenciját
és az emittált fluoreszcens fotonokat detektáljuk.
Gerjesztés: fs (10-15 )
Emisszió: ns (10-9 )
A fényszórást mérjük: olyan részecskéket vizsgálunk, melyek Brown-mozgással vagy egyéb transzport
folyamatok révén transzlációs mozgást tudnak végezni, azaz változtatják a helyüket. Ezek által a
diffúziós együtthatót (D, cm2/s) tudjuk meghatározni és az aktív transzportot tudjuk megfigyelni.
Mindebből egy autokorrelációs függvényt kapunk, egy jellemző időállandót ad arra vonatkozóan,
hogy milyen gyorsan mozog, mozdul el a részecske.
A mért jel függ attól, hány részecske van: az intenzitás (I) fordítottan arányos a részecskék számával
(N): ha sok részecske van, nehezebbé válik a detektálás.
Az autokorrelációs függvény értelmezése: a molekulák hány %-a marad a vizsgált térrészen belül
adott idő alatt. Ebből arra tudunk következtetni, hogy mi az adott folyamat mechanizmusa.
(Diffúzió: lassabb, Aktív transzport: gyors).
Teljes korreláció, létrejött a komplex: Ugyanúgy ingadozik a két fény intenzitása az időben,
ha a két részecske együtt mozog (lila).
Szükséges feltételek:
•Rendezettség
•Polarizált fény
A dipólusok az elektromos tér hatására az elektronok beállnak egy irányba, kialakul az elektromos
kettőstörési jelenség. Amikor megszüntetjük ezt az elektromos teret, véletlenszerű pozícióba,
orientációba fordulnak a dipólusok. Lecseng ez a jelenség, nem lesz törésmutató különbség a két
irányba. Ezáltal a jellegzetes törésmutató különbséget és ennek időbeli lecsengését lehet vizsgálni
(exponenciális függvénnyel írják le a lecsengés sebességét). Jellegzetes korrelációt mutat a fehérje
méretével.
Néhány kristályos anyag a beeső fényt két merőlegesen polarizált sugárrá alakítja, amelyek a
közegben különböző sebességgel terjednek. Ezt a tulajdonságot kettős törésnek nevezik. A közeg
kettős törését a két sugár törésmutatójának különbségeként definiáljuk.
Δn = nx - ny
Valójában ezt oszcillációval szokták csinálni. A tér két irányában oda-vissza forgatják a mintát
(folyamatos szinuszos függvény szerint), és a minta kettőstörésének iránya mindig változik.
=> Különböző dinamikájú, viszkozitású közegekben milyen mozgásra és hogyan képes a minta.
Ha átbocsátjuk egy polarizátoron, akkor megvalósítható, hogy csak olyan fényt bocsássunk rá a
mintára, mely egy bizonyos síkban polarizált. = Polárszűrés.
Így a részecske által kibocsátott fluoreszcens fény is csak egy síkban lesz polarizált.
Mikor lehetséges ez?
Fluorofórt tartalmazó molekula [100 ns] -> Megvalósítható, hogy amíg a fluoreszcencia
történik, nem nagyon mozdul el, így lesz egy kitüntetett irány, mely felé halad a fluoreszcens
fény.
A valóságban van egy emelkedés és csak utána jön a lecsengés. De az első szakaszt el lehet tüntetni
és elég a lecsengést vizsgálni, mely legtöbbször természetes alapú logaritmus függvénnyel írható le.
46. A forgási korrelációs idő és molekulatömeg kapcsolata globuláris fehérjék esetén, magyarázat
Makromolekulákat akkor lehet ilyen módszerrel jellemezni, ha a mérés ideje alatt többé-kevésbé
mozdulatlan. Ha elmozdul, változik a polarizációs sík és nem polarizált fényt kapunk (mert akkor
össze-vissza szórják a fényt). De akkor se tudunk sok mindent mérni, ha mozdulatlan a fehérje.
=> Valamilyen változás legyen a polarizációs síkban, de nem veszítsük el a polarizációt teljesen.
Ehhez a különböző méretű fehérjékhez különböző típusú fluoreszcens jelölőket alkalmazunk. A
fluoreszcencia élettartama többé-kevésbé azonos nagyságrendben legyen annak a mozgásformának
az élettartamával, amit vizsgálni szeretnénk.
Pl. fémkomplexek [ms]-os élettartam ; foszforeszcencia [µs]
A véralvadásban fontos szerepe van egy fehérje tetramer kialakulásának. Két dimer fehérje
kapcsolódik össze. Egyensúlyi depolarizációs méréssel lehet vizsgálni: titrálással nézik a
polimerizáció változását. Az egyik dimer fehérjét fluoreszcensen jelölik, ezt titrálják. A másik
dimert elkezdik adagolni, a komplex fluoreszcens depolarizációját vizsgálják. Milyen
koncentrációnál lesz a jellemző polarizáció változás, ebből lehet következtetni az egyensúlyi
állandóra. [nM]
Enzimatikus bontás pl. RNáz. Az optikailag aktív molekula (DNS, fehérje) ha már nem
makromolekulaként, hanem kisebb egységekben van jelen, mozgékonyabbá válik és kisebb
polarizációval rendelkezik, mely az időben követhető.
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Rúd alak esetén sokkal nagyobb a viszkozitása mint a gombolyagnak, azonos molekulatömeg mellett.
Összenyomhatatlan folyadék
Newtoni folyadék
Lamináris áramlás
Nem newtoni
Diffúzió: a kisebb koncentráció felé. Termikus energia révén, véletlenszerű mozgás (általában vizes
fázisban (3D), vagy membránokban (lipid fázis, 2D)
J is the diffusion flux, of which the dimension is amount of substance per unit area per unit
time. J measures the amount of substance that will flow through a unit area during a unit
time interval.
D is the diffusion coefficient or diffusivity. Its dimension is area per unit time.
φ (for ideal mixtures) is the concentration, of which the dimension is amount of substance
per unit volume.
Fick 2:
t :idő
Több határoló rétegen is át kell haladniuk, együttesen ~1 um diffúziós távolságot adva. A diffúziós
együtthatókból számolt idők:
lipid-zsírsavláncok „csapkodó
(Híg oldatok ozmózisnyomása (anyagtól függetlenül) ugyanakkora, mint amekkorát az oldott anyag
az oldattal azonos térfogaton és hőmérsékleten gázalakban kifejtene:)
V: térfogat
R: egyetemes gázállandó
T: abszolult hőmérséklet
Ozmózis:
Jelentősége: pl. növények vízfelvétele, izotóniás sóoldat (kb. 0,9 m/v%),hipertóniás vizelet,
hipotóniás nyál kiválasztása
3. Korlátozott számú „közvetítő” molekulán (A) keresztül valósul meg, ezért sebessége
maximumot mutat: a gradiens növekedésével „telíthető”
4. Mindkét irányban működhet: irányát a transzportálandó molekula koncentráció gradiensével
ellentétes irány határozza meg.
(Ca2+, Na+, K+) transzportja, melyek méretük / töltésük / poláros természetük miatt
Passzív Aktív
Koncentráció gradiens alapján. Termikus ATP vel működő, fénnyel működő, csatolt (ko-)
energia révén véletlenszerű mozgás transzporterek (másodlagos aktív transzport)
Lasabb Gyorsabb
66. A Na-K pumpa működési iránya (mely ionok áramlanak extra-, illetve intracelluláris irányban,
az egyes ionok gradiens iránya)
Idegrendszeri funkciók:
• Receptor
• Affektor
• Effektor
Def.: a sejtmembrán külső és belső felszíne között elektromos potenciálkülönbség, azaz feszültség
van. Ez a membránpotenciál
Mérés mikroelektródákkal:
Kis sejtek vagy akár membrán darabok egyedi ioncsatorna szintjén is mérhetőek vele.
Negatív.
Nernst potential for K+ = -90mV (bent sok → negatív nyugalmi membrán potenciál. A belső potenciál
negatív)
71. A passzív ionmegoszlás elve
Aktív transzport mellett az állandó koncentráció gradiens fenntartásában vesz részt. A membrán
nem minden ion számára átjárható - ez okozza a passzív ionmegoszlást.
Donnan szabály:
4. [K+]b>>[Cl–]b, ezért [K+]b változása nem számottevő, azonban a Cl– ionok kifelé mozgása
miatt a [Cl–]b percek alatt ~negyedére csökken (0,6 mmol/l)
5. Mivel a [Cl–]k-t állandó értéken tartjuk ami ismét kielégíti a Donnan-egyensúly feltételét φm
= –98,5 mV lesz újra.
7. De φ N,K marad, így φm= –112 mV értékre hiperpolarizálódik, majd visszaáll eredeti értékére
Vezető: ioncsatorna
membránt homogén, folytonos közegnek tekintjük, amely bizonyos ionok számára átjárható
a) diagram monoton nő
???
Vízzel telt csatorna amit fehérjék vesznek körül. Szelektíven átjárható bizonyos ionoknak
Kapu:
Szűrő:
Ionszelektálás
Kapunyitási hatások:
Amikor feszültség áram függését vizsgáljuk, meghatározott nagyságú áramot injektálunk a sejt
belsejébe (áramgenerátor vagy áram-rögzítés: current-clamp), és a hatására létrejövő feszültség
változást mérjük.
Az idegsejtek nyugalmi potenciálja általában -70mV. Hiperporalizáció esetén a polarizáltság nő, tehát
az abszolút értéke nagyobb lesz, értéke kisebb.
Depolarizáció esetén a polarizáltság megszűnése felé mozdul a rendszer, vagyis 0mV-ot közelíti.
Akciós potenciál akkor alakul ki, ha a stimulus elég nagy ahhoz, hogy a potenciál elérjen egy
küszöbértéket. Ez a küszöbérték általában -55mV.
78. A Noble-model alapjai, feszültség-áram diagram, stabil pontok, az akciós potenciál
kialakulásának mechanizmusa, ioncsatornák szerepe a folyamat egyes lépéseiben, az akciós
potenciál jelalakja, a jelalak magyarázata
Um kis pozitív [negatív] változására pozitív [negatív], kifelé [befelé] folyó áram indul meg, aminek
hatására a sejt hiperpolarizálódik [depolarizálódik], visszaállítva az eredeti Ur értéket
a) A küszöb depolarizációnál a feszültségvezérelt Na-csatornák kinyitnak további depolarizációt (és
Na-beáramlást) eredményezve
szöb).
d) A K-csatornák teljesen kinyitnak. Az aktív pumpa is káliumot pumpál be, ezzel egyidejűleg
nátriumot pumpál ki – végeredményben visszaáll az eredeti nyugalmi állapot.
alakul ki, vagy addig hiperpolarizálódik, míg vissza nem áll az Ur értékre. Ez a folyamat
gyorsan lezajlik, azaz a membrán soha nem tartózkodik stabilisan a negatív meredekségű
tartományban.
(Előző ábra)
Az akciós potenciált erősíteni kell. Ezt feszültésgfüggő ioncsatornák végzik. Időigényes és nagy
ioncsatorna-sűrűség kell és ezeken a helyeken nagy a membránkapacitás értéke, ami lassítja a jel
terjedését.
Ennek kiküszöbölésére kis kapacitású az extracelluláris tértől jól elszigetelt szakaszok helyezkednek
el az axon mentén. A jó szigetelést az ún. myelin hüvely biztosítja, ami az axonmembrán külső
oldalán helyezkedik el Szivárgó áram, mind a membránkapacitás lecsökken.
Az ilyen szakaszokon a csatornasűrűség is jóval kisebb, biztosítva a gyors jelterjedést. Ennek ára
viszont az aktív jel regenerálás hiánya, aminek következtében a jel amplitúdó a terjedés irányában
(exponenciálisan) csökken. Ennek feloldására a myelin hüvely helyenként – az ún. Ranvier-
befűződéseknél – hiányzik, lehetőséget teremtve a jelerősítésre. Miután a gyors, de csillapodó és
lassú, de erősített jelterjedés váltakozik az axon mentén, az ilyen terjedést „ugráló” (szaltatórikus)
ingerületvezetésnek nevezzük.
Myelin hüvely: szigetel, kis kapacitás, gyors jelterjedés, nincs aktív jelerősítés
bármilyen típusú idegsejtről is legyen szó, mindegyik sorrendben 4 különböző jelet generál
különböző funkcionális területein.
1. Bemeneti komponens
2. A stimulus hathat közvetlenül pl. A neuron receptor területén, vagy más neuronok
dendrit oldali szinaptikus kapcsolatain.
b. Vezető komponens
1. felelős a „mindent vagy semmit” elven kiváltott akciós potenciál eljuttatásáért a más
idegsejteken végződő szinapszisokig. Az akciós potenciál korábban ismertetett
jelalakja univerzális, azaz gyakorlatilag független a neuron típusától. Az akciós
potenciálnak csak két paramétere hordoz információt: az akciós potenciálok száma
és ismétlődési idejük. A bemenő komponens által szolgáltatott jel nagyságát az
akciós potenciál-sorozat frekvenciája határozza meg, míg időtartamát az
impulzussorozat teljes ideje. Azt a jelenséget, amikor az idegsejt a stimulusra akciós
potenciál-sorozattal válaszol, tüzelésnek (firing) nevezzük.
b. Kimeneti komponens
Csapok: Nappali és színes látásért felelnek. (Érzékenységük 1-10^5 lux, számuk 6.5millió. Három féle,
különböző hullámhosszra érzékeny van. Fotopszint tartalmaznak, melyek fényérzékeny molekulája a
retinál Sárga foltban koncentrálódnak
Retinal: Karotin származék, szervezet nem tudja szintetizálni, étrenddel lehet szervezetbe juttatni
(megfelelő karotinok, húsokból közvetlen felvétel). Béta-karotin→ A vitamin (retinol)→ retinal.
Fény áthalad szem különböző optiaki elemein: szaruhártya – csarnokvíz – lencse – üvegtest
Hangnyomás:
Decibel:
85. Az erősítés szerepe a hallás során: a jelek elvesztésének oka és az erősítés fizikai
mechanizmusai
Külső és középfül közege a levegő, míg a belső fül közege folyadék. A közegváltásnál a levegő-víz
határfelületén igen nagy a hang reflexiója - a nagy akusztikus - impedencia különbség miatt.
A csiga járatba átadott rezgésekre az alap- és fedőhártya egymáshoz képest elmozdul, az érzékelő
szőröcskék nyíró irányú elmozdulását eredményezve. A szőrsejteket ez az inger gerjeszti, vagyis
mechano-elektromos átalakítóként működnek
Passzív erősítőként is működnek-kövi kérdés
Felület érintősíkjában ható összehúzó erő (mN/m), mely a felületben levő, egységnyi hosszú
szakaszra merőlegesen hat
(Dimenziómentes skalár mennyiség, amely leírja két test közötti súrlódási erőt és az erőt ami
összenyomja őket)
Nem newtoni folyadék. Shear thinning - nyírássebességgel növekedés hatására kb. lineárisan
csökken a viszkozitása
(Gélszerű állag)
96. Az „Asymmetric flow field flow fractionation” elve, szerepe a mucin jellemzésében
There are two components that make up the FFF system. Firstly, the laminar flow that carries the
sample through the separation chamber and secondly the separation field applied perpendicular to
the channel, against the sample flow.
As particles flow along the channel the cross flow separation field pushes the molecules towards the
bottom of the channel. As they pass by the bottom they undergo a counter acting diffusion back into
the channel against the carrier flow. The extent to which the molecules can diffuse back into the
channel is dictated by their natural Brownian motion, a characteristic based on size that is unique to
each individual species. Smaller particles have a higher Brownian motion than larger ones and are
able to diffuse higher into the channel against the carrier flow.
The rate of laminar flow within the channel is not uniform. It travels in a parabolic pattern with the
speed of the flow increasing towards the center of the channel and decreasing towards the sides.
Therefore, the rate at which particles will be carried through will depend on their position within the
channel. Those with a greater diffusion, located in the center of the channel, will be transported with
a greater velocity. The larger particles in the shallow, slower moving stream are transported with
lower flow velocity and elute later than smaller particles. This results in a gentle separation of
particles based on mass with the elution order of smallest to largest.
???
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------
ΔG = -RT*lnK
103. Az aviditás definíciója
Különböző doménekre határozzuk meg, hiszen az E-S kölcsönhatás kialakításában, nem feltétlen csak
egy domén vesz részt. Tehát a domének az adott szubsztrátra vonatkozóan rendelkeznek egy-egy
egyensúlyi állandóval.
Van’t Hoff entalpiaváltozás: kisebb egységek (részdomének); ha van köztes állapot is, és először csak
a fehérje egy része alakul át, majd az egész, jellemzően és jól mérhető módon, akkor nem egyezik
meg a kétféle entalpiaváltozás.
Van’t Hoff entalpiaváltozás: nagyobb részek; két egység kölcsönhat egymással, összehangolva
dimerként vagy köztes dimer képzéssel alakul át a kettő.
Nem túl gyors kalorimetriás mérés esetén (0. feltétel) akkor egyeznek meg, ha nincs más stabil
köztes állapot. Ha natív vagy denaturált a fehérje, akkor két állapotú az átmenet.
Cp,other: egyéb kölcsönhatások, pl. Ionizálható (savas vagy bázikus) oldalláncokat tartalmazó
csoportok (pl hisztidine, lizin) protonációs állapota. Általában elhanyagolható
Össze kell adni az egyes aminosavak hozzájárulását és korrigálni a peptid kötés létrejöttének erejével
(ez negatív, mivel a peptidkötés létrejötte energiafelszabadulással jár).
A hőkapacitás azzal kapcsolatos, hogy milyen mozgásformákra képes a molekula, Tehát minél
többféle a mozgásforma, annál nagyobb a hőkapacitás.
Másodlagos kötések (H-híd). A fehérjék hőkapacitása döntő részt a kovalens kötésekből származik,
így a másodlagos kötőerők hozzájárulása kicsi.
Nagyobb hőkapacitás mint a nem hidratált fehérjének. A teljes hőkapacitás kb. 15%-át adja.
114. Izoterm titrálásos kalorimetria mérési elve, jellemző mérési görbe, meghatározható
termodinamikai mennyiségek
Két reagensünk van. Az egyik reagenshez titráljuk a másikat. Mérjük azt az energiaszükségletet ami
ahhoz kell, hogy fenntartsuk a rendszer konstans hőmérsékletét. Az abszorbált vagy kiadott hő
mennyiségét az energiagörbe adott időre történő integrálásával kapjuk meg.
Minden csúcs egy titrálási lépés. A csúcsok a reagens fogyása miatt csökkennek.
Affinitás konstansg
115. Izoterm titrálásos kalorimetriás görbe alakja egyensúlyi és teljesen végbemenő reakció
esetén
Egyensúlyi:
Teljesen végbemenő: nem tudom, hogy ez az-e, csak tipp
116. Egyensúlyi állandó meghatározása izoterm titrálásos kalorimetriás mérésből nagyon nagy
affinitások esetén
10^8-10^9 1/M asszociációs állandóig meghatározható a K is az ITC mérésekből, fölötte csak alsó
határ állapítható meg (nem elég karakterisztikus az ITC görbe).
Másodjára egy magas affinitású liganddal titráljuk a fehérjét, hogy megállapítsuk a kötödési
entalpiát.
A harmadik titrálásnál (displacement titration), a magas affinitású ligandot egy olyan oldatba titráljuk
amiben a fehérje a gyengébb inhibitorhoz van kötve.
Színi eltérés. A fehér fénnyel történő leképezés során keletkezett kép egyes részei elszíneződnek.
Ennek az az oka, hogy a lencse törésmutatójának értéke függ a fény színétől is, aminek
következtében a széleken áthaladó, tehát nagyobb mértékben eltérített fénysugarak jobban
szóródnak (l. prizma, színszórás), mint amelyek a lencse közepén haladnak át. Így a kép belső része
kékes, külső része vöröses elszíneződést mutat.
119. Egy tárgypontról képződő diffrakciós kép, intenzitás-távolság függvény jellemző alakja
Egy pont képe, nem pontszerű hanem egy diffrakciós kép. Nagysága van, tehát egy folt lesz, vannak
felharmonikusai.
Két pontot akkor tudunk elkülöníteni, ha a diffrakciós maximumok kellően távol vannak egymástól:
az egyik maximumának a másik első felharmonikusával (minimumával) kell egybe esnie (Rayleigh).
Biológiai makromolekulák: sokszor nincs fényelnyelés, áttetszőek, nehéz megjeleníteni azokat világos
térben (nincs amplitudó kontraszt).
Világos látótér esetén ott látunk képet, ahova és ahonnan fény érkezik. Sötét látótér esetén a fény
nagyrészét blokkoljuk, ha nincs minta nincs jel. Ha van minta, a blokkoláson keresztüljutott kevés
fény szórodik a mintán, ezt tudjuk érzékelni. Inverz képet kapunk jó kontraszttal. A nulla
intenzitáshoz képest ez az alacsony jel is elég nagy, nagy a kontraszt.
A fény blokkolására egy opak diszket használunk, így sötét teret kapunk. Egy kevés fény így is eléri a
teret és a minta diffraktálja azt. A felbontás rossz, mert diffrakció által hordozott információ egy
része elveszik.
Kontrasztot növeli. Vékony rétegek esetén alkalmazható. A sejteken áthaladó fény különböző
törésmutatójú fázisokon halad át, ez fáziseltolódást okoz. Ezt konvertáljuk intenzitás különbséggé.
A fény kétszer szenved diffrakciót, egyszer amikor keresztűl halad a mintán, egyszer meg amikor
keresztül halad a tárgy lencsén. A kép tartalmazza a kombinált interferenciákat.
Ha a lencse rendszer úgy van kialakítva, hogy megfelelően nagy fáziseltolódás okozzon a fényben,
azelőtt, hogy a rekombináció megtörténne a képsíkban, akkor elegendő destruktív interferenciát
kaphatunk ahhoz, hogy intenzitás különbségként használhassuk.
Két egymásra merőleges polarizátort alkalmaz. Az egyik a condenser-ben van, egy pedig az objektív
és az okulár között (ezt hívják analyzer-nek).
A kettőstörő anyagok csak parallel polarizált fényt adnak amikor a fény párhuzamos a hosszanti
tengelyére az anyag részecskéinek. Amikor a polarizált fény 45°-os szögben halad át egy kettőstörő
anyagon a fény párhuzamos és merőleges komponensekre bomlik. Ha a polarizátorok 90° fokban el
vannak fordítva egymáshoz képest a fény nem képes keresztül haladni rajtuk és sötét teret látunk.
Ha egy kettőstörő tárgyat 45°-os szögbe helyezünk mindkét polarizátorhoz képest, egy kevés fény
keresztüljut, és igen fényesnek látszik a sötét térhez képest. Hosszúláncú molekulák rendezett
szerkezete, korong alakú részecskék párhuzamos elrendeződése fényesen látszik 45°-nál, mivel
mindekettő kettőstörő anyag. Egy compensator segítségével megállapíthatjuk, hogy pozitív vagy
negatív kettőstörő az anyagunk.
(Szelektívebb mint az optikai mikroszkópia. Minta elnyeli a fényt, az energia egy részét alacsonyabb
energia szinten vissza sugározza (nagyobb hullámhosszon).Vannak inherensen fluoreszcens minták,
pl triptofán. Bevihetünk egyéb fluorofórokat is)
A filter cube housing a dichroic mirror, excitation filter and barrier (emission) filter is mounted in the
infinityspace behind the objective.
Fluoreszens mikroszkópia. Egy vastag minta esetén a képet különböző mélységről érkező sugarak
alkotják, ami homályos képet eredményez.
A kontrasz növelhető, ha csökkentjük a megfigyelt térfogatot. Ezt megtehetjük pinhole
használatával. A pontszerű fényforrást úgy vetítjük a megfigyelendő pontba, hogy konfokális legyen
a fényforrással. A megfigyelő optika a képet egy pinhole-ra vetíti.
Egy nagyobb energiájú foton helyett, két egymást nagyon rövid idő (10-18s) után követő kisebb
energiájú fotont alkalmazunk a gerjesztéshez. A két foton energiája külön-külön körülbelül fele
akkora kell legyen mintha csak egy fotont használnánk (dupla hullámhossz, fele frekvencia). Például
egy fluorofór, ami normális esetben UV fénnyel (~350nm) gerjeszthető, két piros fotonnal (~700nm)
is gerjeszthető, ha nagyon kis különbséggel érik el a fluorofórt.
Ahhoz, hogy szignifikáns kétfoton abszorpciót érjünk el (ahol megfelelően rövid idő alatt lép mind a
két foton interakcióba az anyaggal), a foton sűrűségnek kb. milliószor nagyobbnak kell lennie, mint
az egy foton abszorpciónál.
Előnyei:
· Csak a fókuszban generál fluoreszenciát, így nincs háttér, amit ki kell szűrni és nincs szűkség
résre sem.
Célja a felbontás növelése (increase far-field resolution in the axial direction). Ezt úgy éri el, hogy két
egymással szemben lévő magas numerikus apertúrával rendelkező objektív lencsét használ, amikkel
ugyan az a pontja a tárgynak koherensen van megvilágítva és megfigyelve. A két körhullám
összeadódik egy közös hullámmá, így a teljes apertúra szög is megduplázódik. Ez megvalósítható a
megvilágításnál vagy a detektálásnál, illetve egyszerre mindkettőnél
· Diffrakciós oldalról közelíti meg. Két különböző hullámhosszal rendelkező lézert alkalmaz. Az
egyik nyaláb gerjeszti a másik kioltja a fluorofórt. Egy rövid (200fs) látható tartományban lévő
nyalábot lövünk egy diffrakció limitált pontra, ahol ez által az össze fluorofórt gerjesztjük. Egy
második közeli infravörös és hosszabb ideig (40ps) tartó nyalábbal emissziót váltunk ki a fókusz külső
részén is, amit aztán rögtön alapállapotba kényszerítünk vissza. A hosszabb időnek köszönhetően
teljes kioltást kapunk, reabszorpció nélkül. Ezzel csökkentjük az első lézer gerjesztési tartományát,
ami növeli a felbontást.
· Alkalmazási lehetőségek:
1. Sok fajta sejtben kifejezhető, amikben spontán módon, kofaktor nélkül fluoreszcens lesz
2. Hozzáfuzionálható a host proteinhez. Így olyan fúziós fehérjét kapunk ami általában
fluoreszcens a GFP miatt, és megtartja a host biokémiai funkcióit is
1. Specifikus
Hátrányai:
1. Limitált érzékenység
2. Relatív nagy