農藝三甲 1072030 夏婷榆

台灣水稻抗稻熱病基因和位點之全基因組關聯分析
Genome-wide association study of rice genes and loci conferring resistance
to Magnaporthe oryzae isolates from Taiwan
一、前言
水稻為台灣及世界主要的糧食作物之一。2019 年，台灣水稻產量為 1,428,251
公噸（糙米） ，種植面積高達 270,068 公頃（臺灣糧食統計要覽，2020） 。稻熱病
由絲狀子囊菌 Magnaporthe oryzae 所引起，是一種水稻常見的毀滅性病害，幾乎
分佈於所有稻米的產區，會感染水稻的各個生育期及侵害各個部位，主要包括葉
稻熱病、苗稻熱病、節稻熱病和穗稻熱病等，受感染後，初期呈墨綠色或灰綠色，
隨後轉為急速型之白色病斑，引起全株枯死（林等，2007）。稻熱病可以透過適
當的使用殺菌劑和抗生素來控制，但濫用會造成額外成本及環境的副作用，所以
選育抗性水稻品種為一種經濟且環保的替代方法，當水稻帶有抗病(Ｒ)基因，會
辨識稻熱病菌非毒性(AVR)基因，誘發抗性產生，為了更有效地控制住稻熱病，
選育新的抗性相關基因很重要。本篇學者使用在台灣收集到的兩種稻熱病菌
D41-2 和 12YL-DL3-2 進行獨立的接種試驗，並分析病葉面積(DLA％) 和病灶類
型(LT)進行評級，用以評估水稻的抗性（DLA ≤ 15%為抗性 R，DLA >15%為敏
感性 S；LT ≤ 3 為抗性 R，LT > 3 為敏感性 S。
全基因組關聯分析（Genome-wide association study, GWAS）用於將基因組
變異模式與不同基因型的表型進行關聯性分析，找出存在的序列變異，從中篩
選出與疾病相關的 SNPs 或 QTL，可以用於解析水稻、玉米和小麥等作物的相
關農藝性狀和抗逆性特徵。
本篇研究目的為利用 GWAS 分析來搜索 RDP1 （421 個品系來自 82 個國家
的地方品種和栽培品種）中的抗稻熱病基因和 QTL，另外利用單倍型分析則有
助於鑑定在候選 QTL 區域中具有有利等位基因的水稻品系，有助於分子標誌的
開發和選擇理想的抗性親本供育種使用。

二、RDP1 抗稻熱病的表現型變異
在整群的 LT 和 DLA 調查數據統計顯示，LT 呈現雙高峰具有抗性(LT ≤ 3)
和敏感性(LT > 3) (Fig. 1a, c)，LT 和 DLA 數據呈正相關(D41-2: r=0.58, p<0.001;
12YL-DL3-2: r=0.66, p<0.001) (Fig. 1a-d)，而在秈稻和稉稻亞群則可以看出秈稻
的 LA 和 DLA 較低，抗性較稉稻大 (Fig. 1e~h)。
Fig. 1 Distribution of blast resistance with Magnaporthe oryzae isolates D41-2 and 12YL-DL-3-2. The histograms
and boxplots show the phenotype distributions in the full population and the two subgroups, respectively. a, e Lesion
type (LT) from inoculation with D41-2. b, f Diseased leaf area (DLA) from inoculation with D41-2. c, g Lesion type
(LT) from inoculation with 12YL-DL-3-2. d, h Diseased leaf area (DLA) from inoculation with 12YL-DL-3-2

三、鑑定兩種水稻稻熱病菌抗性相關的位點
利用 GWAS 分析，可以看到在曼哈頓圖中分別顯示 D41-2 及 21YL-DL-3-2
兩種稻熱病菌所影響病變類型(LT)及病葉面積(DLA)的重要基因區域(D-01~D-16
/ Y-01~Y-18)，總共在水稻的 12 條染色體中的 8 條中（染色體 7、9、10 和 11
中未發現 QTL），鑑定出 32 個與抗稻熱病相關的 QTL (Table 1, Fig. 2 and Fig.
3 )。確定的 32 個候選基因再與前人研究之 R 基因座和 QTL 進行共定位，結果
呈現於 Table 2 和 Table 3，顯示不同種群內有不同的 QTL。其中 16 個針對
D41-2 的 QTL 中有 13 個在全群體中被檢測到，18 個針對 12-YL-DL3-2 的 QTL
中有 12 個在秈稻亞群中被檢測，而 D-13/Y-16 和 D-14 為所有族群上常用於鑑
定之 QTL。

Table 1. Number of QTLs identified from different phenotypes, populations, and M. oryzae isolates
 Fig. 2 Genome-wide association study (GWAS) of loci
associated with resistance to M. oryzae isolate D41-
2. a Manhattan plots show significant genomic regions (D-
01 to D-16) identified by using lesion type (LT) and
diseased leaf area (DLA) dataset. X axis: rice
chromosomes; Y axis: − Log10(P). b Quantile–quantile (Q–
Q) plots show the fitness of the selected models used for
different traits in the full population or subgroups. X axis:
expected − Log10(P); Y axis: observed − Log10(P)
Table 2. Genetic regions significantly associated with resistance to the Magnaporthe oryzae isolate D41-2
Fig. 3 GWAS of loci associated with resistance to M.
oryzae isolate 12YL-DL-3-2. a Manhattan plots show
significant genomic regions (Y-01 to Y-18) identified by
using lesion type (LT) and diseased leaf area (DLA)
datasets. X axis: rice chromosomes; Y axis:
− Log10(P). b Quantile–quantile (Q–Q) plots show the
fitness of the selected models used for different traits in the
full population or subgroups. X axis: expected − Log10(P);
Y axis: observed − Log10(P)
Table 3. Genetic regions significantly associated with resistance to the Magnaporthe oryzae isolate 12YL-DL3-2

四、結論
利用 GWAS 針對稻熱病的危害程度進行準確定量的評估，分析 RDP1 對水
稻稻熱病的抗性，找到 32 個與抗稻熱病抗性有關的候選 QTL，與前人研究成果
相比，因稻熱病種的來源不同而有不一致的結果，顯示不同稻熱病菌種的 Avr 基
因及 RDP1 質與量的抗性基因具有地理上的多樣性，並確定出 100 個編碼富含亮
氨酸重複序列的蛋白質、轉錄因子、泛素化蛋白質的候選基因和過氧化物酶。在
32 個 QTL 中也推定出抗性和易感性的單倍型，對之後的基因/QTL 驗證及選擇
應用具有幫助。

五、參考文獻
林慶元、洪士程、徐保雄、施錫彬、陳治官、黃益田、劉清和、劉達修、蔣永正、
蔣慕琰、鄭清煥和羅幹成。2007。植物保護圖鑑系列 8−水稻保護（上冊）
。
再版。行政院農業委員會動植物防疫檢疫局。pp. 265-272。

行政院農業委員會農糧署。2020。臺灣糧食統計要覽。行政院農業委員會農糧署。

Lin, H. A., S. Y. Chen, F. Y. Chang, C. W. Tung, Y. C. Chen, W. C. Shen, R. S. Chen,

C. W. Wu and C. L. Chung. 2018. Genome-wide association study of rice
genes and loci conferring resistance to Magnaporthe oryzae isolates from
Taiwan. Bot stud. 59:32.
六、文章閱讀心得
因為最近圖書館前的水稻田也差不多完成一季的收成，再加上育種課時上
到有關分子育種基因定位的部分，發現到關聯性分析相較於連鎖定位更可以適
用於範圍較廣的族群，所以對此產生好奇決定以水稻相關的基因關聯性定位為
主題進行深入實際研究的學習。
在這篇文章中首先認識到水稻的稻熱病，藉著進一步進入到如何尋找有關抗
病基因的 QTL，雖然可以理解學者的實驗結果的圖及表格大致上在說明什麼，
但在 GWAS 的分析還是遇到了不少的疑惑，無法清楚理解結果圖是如何跑出來
的，及為什麼要這麼做，這部分可能還需要日後多加的閱讀及學習來補足這部分
的了解，在我目前所能理解的部分看起來，雖然根據水稻品種及稻熱病菌種的不
同而有不同的後選抗性基因，每個 QTL 也包含著帶有不同特性的片段，但如果
更近一步的整理及試驗，對於日後要找抗稻熱病基因的基因定位還是很有幫助的，
加上這篇又是針對台灣的稻熱病菌種來進行試驗，相信找到這些 QTL 後可以針
對其進行分子標誌的設計及育種，加速台灣具稻熱病抗性水稻的育成。