Amino Acids, Peptides and Proteins

Hàng ngàn protein khác nhau kiến tạo nên một lượng lớn thành phần của bộ máy tế bào. Phân tử
protein xúc tác các phản ứng hóa học, vận chuyển những phân tử nhỏ hơn đi xuyên qua màng tế bào, cảm
nhận (sense – to feel or experience s.th without being able to explain exactly how) sự hiện diện (presence)
của các hormone, và gây nên sự chuyển động của các khung xương tế bào (muscle fibers). Protein tham
gia như một thành phần kiến tạo bên trong và giữa các tế bào với nhau. Protein của máu vận chuyển
oxygen đến các mô (tissue), vận chuyển hormones giữa các tế bào, tấn công các vi khuẩn xâm nhập
(invading bacteria), và hiện diện trong nhiều con đường khác nữa. Không quan trọng là quá trình sinh
học đó được xem xét như thế nào, chúng ta luôn thấy rằng có một nhóm protein đặc biệt luôn được yêu
cầu (No matter what biological process we consider, we find that a group of special proteins is
required).
Các tiểu phần amino acid mà kiến tạo nên protein được sắp xếp cùng nhau thành một chuỗi vô
cùng chính xác (precise – correct without any mistakes) tại ribosome. Chuỗi sau đó được đóng gói lại,
thường là thành một cấu trúc rất đặc khít. Thỉnh thoảng chuỗi được cắt bỏ ở những vị trí đặc biệt. Một số
mảnh được loại bỏ (discard – to throw away/get rid of it since you no longer want or need it) và các phần
khác được thêm vào chuỗi. Một ion kim loại, một coenzyme được nhận (derive – get something from
something else) từ một vitamine, hoặc thậm chí là một nhóm methyl đơn lẻ cũng có thể được sử dụng để
tạo nên protein mang hoạt tính sinh học. Sản phẩm cuối cùng là một cỗ máy phức tạp và tinh vi mà được
thiết kế cho những vai trò riêng biệt của nó.
Chức năng sinh học của một protein được xác định bởi hai thứ là đặc tính của nhóm hóa học
trong các amino acid tham gia kiến tạo protein và cách thức mà chuỗi protein được gấp nếp. Các cách mà
trong đó các tiểu phần khác nhau của protein tương tác với những protein khác và với những phân tử khác
là cực kỳ quan trọng. Những tương tác phân tử như thế này đóng một vai trò chủ đạo trong việc nhận định
những điểm nếp gập cuộn của phân tử và cung cấp những điều lí thú cho chức năng sinh học của một
phân tử protein. Những điều tương tự (similar considerations) cũng được áp dụng cho carbohydrate,
nucleic acid, và các đại phân tử sinh học khác. Vì những nguyên do này, việc tổng quan lại một vài
nguyên lí cơ bản (fundamental) của các cấu trúc và cấu hình không gian (geometry) là vô cùng thích hợp.
A. Những nguyên lí về cấu trúc
Những phân tử hữu cơ vững chắc (stable) được giữ lại với nhau bởi liên kết cộng hóa trị
(covalent bonds) vô cùng chắc chắn. Năng lượng tự do Gibbs tiêu chuẩn của nhiều liên kết cộng hóa trị
đơn lẻ thường nằm trong khoảng -400kJ/mol (96 kcal/mol). Những liên kết này có những chỉ thị
(direction) tuyệt đối bởi góc liên kết và độ dài liên kết.
1. Góc liên kết:
Bởi vì sự sắp xếp tứ diện (tetrahedral) của 4
khung liên kết xung quanh một nguyên tử carbon và
hầu hết nguyên tử phosphorus, tất cả 6 góc từ một
nguyên tử trung tâm có cùng một số đo góc vào

khoảng 109,5o .
Các góc liên kết bên trong chuỗi nguyên tử carbon trong các hợp chất hữu cơ khác biệt một chút
so với điều này (vary only slightly from this), và
thậm chí các nguyên tử được gắn vào ít hơn bốn
nhóm thường có những góc tương tự nhau; ví dụ, góc liên kết của H-O-H trong phân tử nước là 105 o , và
H-N-H của phân tử Amonia là 107o . Trong Ether góc liên kết của C-O-C là 111o . Tuy nhiên, góc liên kết
101o chỉ hiện diện trong phân tử H2O2 và 92o trong H2S và PH3 .

Sự hiện diện của liên kết đôi dẫn đến Planarity (sự phẳng) và các hợp chất với góc liên kết rơi
vào 120o , các góc bên trong một hình lục giác. Cấu hình phẳng (The planar geometry) đã áp đặt (impose
upon) một nguyên tử bằng liên kết đôi thường được vận chuyển (transmit) với nguyên tử nitrogen hoặc
oxygen liền kề như là kết quả của một sự cộng hưởng (Resonance). Ví dụ, nhóm Amide mà cấu thành
nên liên kết peptide trong protein gần như có dạng hình phẳng và các góc đều trong khoảng four degrees
of 120o .
2. Độ dài liên kết:
Các nhà hóa học miêu tả độ dài liên kết như những khoảng cách giữa các nhân nguyên tử trong
liên kết. Liên kết đơn C-C có độ dài khoảng 0.154 nm.
Liên kết C-O là khoảng chừng 0.01, liên kết C-H điển
hình có độ dài là khoảng 0.109 nm. Khoảng cách của
liên kết C-N nằm trong khoảng giữa của C-C và C-O.
Độ dài của liên kết đôi giữa hai nguyên tử bất kì (ví dụ như C=C) thường vào khoảng 0,02 nm,
ngắn hơn liên kết đơn ở cùng nguyên tử. Nếu xảy ra sự
cộng hưởng, chỉ xảy ra ở liên kết đôi trong cộng hưởng, liên kết sẽ ngắn hơn (hence only partial double
bond character, the shortening is less). Ví dụ, độ dài liên kết đôi C=C trong phân tử Benzene là 0,14 nm;
còn khoảng cách C-O trong gốc Carbonxylate là 0,126 nm.
Bằng cách sử dụng hình học lập thể cơ bản, việc tính toán độ dài trung bình của phân tử trở nên
vô cùng dễ dàng; dưới đây là hai khoảng cách nên nhớ:

Trong cấu trúc đơn giản nhất của Benzene (in the preceding simplified structural formula for
Benzene), sáu nguyên tử Hydro được loại bỏ (omit – to fail to include or do something). Sự cộng hưởng
giữa hai cách sắp xếp có thể xảy ra của ba liên kết đôi trong cấu hình dạng vòng. Việc tốc ký hóa học
được sử dụng xuyên suốt cuốn sách này. Nguyên tử carbon có lẽ sẽ được thay thế bởi một góc hay tận
cùng của một đường thẳng – đầu mút, nhưng các nguyên tử khác sẽ luôn luôn được thể hiện.
3. Khoảng cách tương tác:
Khoảng cách của liên kết cộng hóa trị và các góc cho chúng ta biết được hạt nhân nguyên tử được
phân bố như thế nào trong không gian, nhưng chúng không nói lên được bất kỳ điều gì về bề mặt bên
ngoài của phân tử (outside surfaces of molecules). Khoảng cách từ trung tâm nguyên tử đến điểm mà tại
đó nó liên kết với với một nguyên tử liền kề (adjacent – very near, next to) trong một cấu trúc khép kín
(ví dụ như Tinh thể) được biết đến là bán kính Van de Waals. Cách thúc mà các phân tử sinh học vừa vặn
với nhau được xác định phần lớn là nhờ tương tác Van de Waals. Trong mọi trường hợp, chúng xấp xỉ
bằng với bán kính của liên kết cộng hóa trị.
Tương tác Van de Waals thường không ổn định (constant – happening all the time) như liên kết
cộng hóa trị bởi vì các nguyên tử có thể bị “bóp méo” một chút, nhưng chỉ đủ để giảm bán kính tương tác
khoảng 0,005-0,01 nm.
4. Cấu hình quang học (Asymmetry): Những phân tử có cấu trúc Tay phải và Tay trái
Bàn tay phải nhìn trông rất giống bàn tay trái, nhưng chúng lại thực sự khác nhau. Cái này chính
là ảnh qua gương của cái kia. Điểm khác nhau dễ dàng nhận thấy đó là bàn tay phải của bạn sẽ chẳng vừa
với cái găng tay trái. Mặc dù sự hiểu biết sơ lược hằng ngày (daily acquaintance) với “thuận tay” dường
như khó khăn để giải thích rõ ràng rằng bằng cách nào tay trái và tay phải lại khác nhau. Tuy nhiên, bởi vì
hầu hết những hợp chất hóa sinh là Asymmetric (with two sides, parts that are not exactly the same in
shape and size), khả năng hình dung những phân tử này trong không gian 3 chiều (in three dimensions)
và vẽ những cấu trúc của chúng lên giấy là rất quan trọng. Một trong những cách tốt nhất là học những
phân tử hình mẫu (molecular model). Bạn sẽ học một cách tốt nhất bằng việc hình dung được những
khuôn mẫu riêng của mình (by making your own models).
Bất cứ khi nào bốn nhóm khác nhau được gắn vào cùng một nguyên tử Carbon trung tâm, phân tử
này vẫn Asymmetric và bốn nhóm có thể được sắp xếp lại trong hai configuaration (the particular
arrangement or pattern of a group of related things) khác nhau. Xém xét phân tử Alanine, một nhóm
alpha-amino acids mà từ đó protein được tạo ra.

Nó được gọi là một alpha-amino acids bởi vì nhom amino -NH2 được gắn vào một Carbon alpha
(hoặc Carbon thứ hai). Để hình dung được cấu trúc 3 chiều trên một mặt phẳng giấy, các liên kết mà nằm
phía trên mặt phẳng giấy và hiện trước mắt người đọc thường được vẽ như những tam giác dài Elongated
(longer and thinner than usual), trong khi các liên kết mà nằm ở dưới của mặt phẳng giấy sẽ được thể
hiện thành những đường nét đứt (dashed). Những đồng phân của Alanine có configuration về nguyên tử
alpha-carbon được thể hiện trong cấu trúc phân tử ở tên được gọi là S-alanine hoặc L-alanine. Đồng phân
mà là ảnh qua gương của S-alanine sẽ là R-alanine hoặc D-alanine. Các cặp hợp chất R và S được biểu thị
như cấu trúc Enantiomorphic (đối quang) hoặc Enantiomers (đồng phân quang học).

Để ý rằng trong những cách

vẽ trước đó, nhóm Carbonxyl -COOH được thể hiện việc thiếu mất một proton để trở thành ion
Carbonxylate -COO- . Tương tự như thế, nhóm Amino được gắn thêm một proton để hình thành ion -
NH3+ . Kết quả là cấu trúc lưỡng cực ion (Dipolar ionic) hay Zwitterionic là cấu trúc thực sự tồn tại cho
các amino acid trong thể trong dung dịch và dạng tinh thể.
Họ D- và L- của các amino acids. Các amino acid mà cấu tạo nên protein có liên hệ với L-
alanine nhưng có nhiều chuỗi bên (nhóm R) đa dạng trong vị trí nhóm Methyl của Alanine. Trong phần
trước, cấu trúc của L-alanine được cho bởi bốn cách khác nhau. Để nhận thấy rõ tất cả chúng nhưng một
cấu trúc chung, chúng ta có thể quay chúng trong không gian để định hướng theo cách nhóm Carbonxyl ở
trên, chuỗi bên ở dưới, và cả hai được thể hiện sau tờ giấy. Nhóm Amino và nguyên tử Hydrogen sẽ thể
hiện trước mặt phẳng giấy. Theo như quy ước được giới thiệu từ khi bắt đầu thế kỷ này bởi Emil Fischer,
amino acid sẽ là L- nếu được định hướng theo cách này, nhóm Amino nằm về bên trái và sẽ là D- nếu
nhóm Amino nằm về bên phải.

Mặc dù hệ thống L- và D- của việc thiết kế

configuration đã cũ, tuy nhiên nó vẫn được sử dụng rộng rãi. Nhớ rằng D và L ám chỉ configuration tuyệt
đối về một nguyên tử được chọn để tham khảo trong phân tử (about a selected reference atom in the
molecule); đối với amino acid thì là Carbon thứ 2 hay là alpha-carbon.
Sự đo lường liên quan đến Asymmetric của phân tử là góc quay quang học (optical rotation) có
thể đo đạc được bằng thực nghiệm. Kí hiệu góc quay quang học (+ hoặc -) thường được đi kèm với tên
của hợp chất, ví dụ như D(+)-glucose. Những danh pháp cũ hơn là d(dextro) và l(levo) chỉ thị tương ứng
cho + và - . Tuy nhiên, các hợp chất với configuration D có lẽ có một trong hai góc quay quang học +
hoặc - .
Trong các tài liệu về Đồng phân quang học đề cập đến cặp D và L thường được thảo luận trong
thuật ngữ “các nguyên tử Carbon bất đối xứng” hoặc là “trung tâm bất đối”. Bây ngờ thuật ngữ chiral
được ưa chuộng hơn.
Kí hiệu RS cho configuration. Kí hiệu này (this notation), sáng chế (devise) bởi Cahn, Ingold,
và Prelog, cung cấp một một cách xác định configuration rõ ràng (unambiguous) ở bất kỳ tâm đối xứng
nào. Nó rất hữu dụng cho các lớp hợp chất (classes of compounds) mà không thể thiết kế một cách chính
xác bởi hệ thống DL có sẵn. Các nhóm hoặc các nguyên tử xung quanh nguyên tử Carbon trung tâm, hoặc
các nguyên tử trung tâm khác, được sắp xếp (rank) theo một trình tự ưu tiên (priority sequence). Sự ưu
tiên các nhóm được xác định bởi một số lượng các quy tắc sắp xếp, đầu tiên là (1) Số lượng nguyên tử
cao hơn đứng trước số nguyên tử thấp hơn (higher atomic number precedes lower). Để dễ hình dung, sự
ưu tiên của các nhóm trong D-alanine được biểu thị bởi các chữ cái a > b > c > d. Ưu tiên cao nhất là
nhóm NH2 , chứa liên kết Nitrogen với nguyên tử trung tâm. Để xây dựng configuration, người quan sát
nhìn phân tử theo trục liên kết giữa nguyên tử trung tâm với nhóm có sự ưu tiên thấp nhất (d). Bằng cách
nhìn theo cách này, sự sắp xếp của các nhóm a,b và c sẽ có thể là các nhóm theo chiều tay phải (thuận
chiều kim đồng hồ) như hình vẽ hoặc là theo chiều tay trái (ngược chiều kim đồng hồ).
 Để xây dựng chuỗi ưu tiên của các nhóm đầu tiên nhìn vào các nguyên tử được liên kết trực tiếp
với nguyên tử trung tâm, sắp xếp chúng theo chiều giảm dần số lượng nguyên tử. Then if necessary,
move outward to the next set of atoms, again comparing atomic number. Trong trường hợp của Alanine,
nhóm b và c phải được xem xét theo cách này bởi vì cả hai đều chứa Carbon được liên kết trực tiếp với
nguyên tử trung tâm. Khi các liên kết đôi được xuất hiện tại một trong những nguyên tử đang được xem
xét, ví dụ như nhóm Carbonxyl của Alanine, hãy tưởng tượng rằng các nguyên tử ảo (phantom atoms) mà
là bản sao của những nguyên tử thực sẽ xuất hiện tại tận cùng liên kết:

Những nguyên tử ảo này sẽ điền vào các hóa trị (valence) của các nguyên tử bên trong các liên
kết bội và được coi như có số hiệu nguyên tử và trọng lượng đều bằng 0. Chúng không được xem xét
trong việc xây dựng sự ưu tiên.
Nếu những điều luật đầu tiên và sự mở rộng của các liên kết bội không hợp lí để xây dựng sự ưu
tiên, hãy sử dụng các điều luật bổ sung: (2) khối lượng nguyên tử lớn hơn đứng trước khối lượng nguyên
tử nhỏ hơn (3) khi một liên kết đôi thì Z đứng trước E. Đối với hệ vòng, một sự sắp xếp cis của các nhóm
thế được ưu tiên cao hơn đứng trước các nhóm trans. (4) Khi một cặp tâm bất đối xuất hiện như R,R hay
S,S sẽ đứng trước R,S hay S,R. (5) Một tâm bất đối R đừng trước tâm bất đối S. Các nhóm được đề cặp
được xem xét trong thuật ngữ giảm dần sự ưu tiên: SH > OR > OH > NH-COCH3 > NH2 > CỎO >
COOH > CHO > CH2OH > C6H5 > CH3 > 3H > 2H > H.
Mặc dù hệ thống RS là rõ ràng, các hợp chất có liên quan mật thiết với nhau mà thuộc chung một
configuration trong hệ thống DL sẽ có configuration đối nghịch nhau trong hệ RS. Do vậy, L-cysteine
(nhóm bên là CH2SH) có configuration R. Điều này là một trong những límdo vì sao mà hệ thống DL vẫn
còn được sử dụng cho các amino acid và đường.
Đồng phân không đối quang (Diastereoisomers) Trong khi các hợp chất với một tâm bất đối tồn
tại một cặp đối quang (Enantiomorphic), các phân tử với hai hoặc nhiều tâm bất đối cũng tồn tại các
đồng phân không đối quang. Những cặp đồng phân này có configuration đối lập tại một hoặc nhiều tâm
bất đối, nhưng không hoàn toàn là ảnh qua gương của nhau. Ví dụ như L-threonine có configuration là
2S,3R. Các đồng phân không đối với với 2S,3R được biết đến như L-allo-threonine, L-isoleucine, đều có
chuỗi bên là CH(CH3)CH2CH3, cũng có configuration 2S,3R. Nó có thể được gọi là 2(S)-amino-3(R)-
methyl-valeric acid nhưng tên đơn giản hơn L-isoleucine ngụ ý (imply) cho configuration chính xác cho
cả hai tâm bất đối xứng.
Thỉnh thoảng kí hiệu s hoặc g cũng được thêm vào tiền
tố D hay L để biểu thị có hay không tính bất đối của hợp chất có
liên quan đến Serine, cấu hình truyền thống tiêu chuẩn cho
amino acids, hoặc cho Glyceraldehyde. Trong các trường hợp
sau, quy ước của đường (chương 4) được đi kèm. Trong quy ước
này các configuration của các tâm bất đối xa nhất tính từ C1
được so sánh. Threonine thông thường là Ls- hoặc là Dg-
threonine. Configuration của dextrorotatory (+)-tartaric acid có
thể được miêu tả là 2R,3S hoặc Ds hay Lg.
 Các phản ứng hóa sinh thường được cố định trong không gian (stereospecific) và được enzyme
phúc tác cho duy nhất một configuration. Một sự thật liên quan là các Protein thông thường bao gồm toàn
là các amino acid dạng L.
Đồng phân hình học (Geometrical isomers). Hệ thống RS cũng đưa đến một bản thiết kế rõ ràng
về các đồng phân hình học chứa một liên kết đôi. Tại các tận cùng liên kết, chọn ra nhóm có sự ưu tiên
cao nhất. Nếu hai nhóm này cùng nằm về một phía của liên kết đôi thì configuration là Z (bắt nguồn từ
Zusammen – cùng nhau, trong tiếng Đức), và nếu nằm về hai hướng ngược nhau, thì được gọi là E
(entgegen – đối nghịch).

Các configuration của các liên kết amide hoặc ester cũng có thể được chuyên biệt trong quy tắc
này. Điều này là có thể bởi vì liên kết C-N của amide có một phần bản chất của liên kết đôi, nhưng mức
độ thấp hơn liên kết C=O về cầu oxygen trong ester. Trong trường hợp này, đưa sự ưu tiên thấp hơn cho
cặp electron chưa tham gia liên kết trong cầu oxygen ủa ester.

Một amide trong configuration Z thường được xem như là dạng trans trong hóa học protein bởi lẽ
các nguyên tử chuỗi bên là dạng trans.
5. Tautomer hóa và Sự cộng hưởng:
Nhiều hợp chất hữu cơ đơn giản tồn tại như một hỗn hợp của hai hay nhiều đồng phân hoán đổi
lẫn nhau (interconvertible) hoặc là các dạng Tautomer. Các dạng tautomer thường có thể được phân tách
dạng này ra khỏi dạng kia tại nhiệt độ thấp hơn mà tại đó tỉ lệ chuyển đổi là rất thấp. Một ví dụ cơ bản là
cân bằng oxo-enol (hay là keto-enol).
 Mặc dù kém bền hơn Keto, dạng Enol vẫn hiện diện với tỉ lệ rất nhỏ. Enol được hình thành bởi sự
tautomer hóa oxo bởi các nguyên tử Hydrogen gắn với các nguyênt tử Carbon mà liền kề với nhóm
Carbonyl thường có tính acid. Sự phân tách dễ dàng của proton là điều kiện tiên quyết (prerequisite