David L. Nelson and Michael M.

Cox

LEHNINGER
PRINCIPLES OF BIOCHEMISTRY
Sixth Edition

BÀI. 3
AMINO ACID-PEPTID-PROTEINS

© 2016 PGS.TS. BÙI VĂN LỆ

Một vài chức năng protein
3.1. Các acid amin
Acid amin (Aa) thường được tìm thấy là thành phần của
protein (20 Aa) được cấu tạo bởi một nhóm α-carboxyl,
một nhóm α-amino và một nhóm R đặc biệt được thay thế
trên nguyên tử α-carbon.

side chain
H R
α carbon
H N C C OH

amino group H O carboxyl group

-NH2 -COOH

Nguyên tử α-carbon của tất cả các acid amin (ngoại

trừ glycine) là bất đối xứng và do đó các acid amin
có thể tồn tại ở hai dạng đồng phân lập thể (L;D).
Đồng phân lập thể của amino acid
Chỉ có dạng đồng phân L với cấu hình liên quan đến cấu hình tuyệt
đối của phân tử L-glyceraldehyde chuẩn là được tìm thấy ở protein.
∙Các amino acids dạng D được tìm thấy ở một số peptide nhỏ,bao gồm
một vài peptide của vách tế bào vi khuẩn và một vài loại kháng sinh
(như penicillin)

D-Glu
D-Ala
Acid amin được chia thành 5 nhóm dựa vào tính phân cực
và điện tích (ở pH 7) của các nhóm R.
Two cysteines can form a cystine,
also called a disulfide bond
Cách gọi tên acid amin
 Những acid amin không thông dụng khác cũng
xảy ra hoặc là ở dạng cấu tạo của protein (thông qua
các biến đổi của các acid amin thông thường sau quá
trình tổng hợp protein) hoặc ở dạng chất biến dưỡng
tự do. Caùc acid amin naày thường thấy trong ñôøi
soáng sinh vaät nhöng khoâng tìm thaáy trong
protein. Moät vaøi daãn suaát cuûa acid amin taïo
thaønh sau khi daây polypeptid ñöôïc toång hôïp
nhö: Hai acid amin 4-hydroxyproline vaø
5-hydroxylysin laø caùc caáu töû quan troïng cuûa
collagen, protein phoå bieán nhaát trong caùc moâ
lieân keát. Acid g-carboxyglutamate coù moät goác
cuûa amino acid noái vôùi calcium tìm thaáy trong
prothrombin (protein ñoâng maùu). Söï phosphoryl
hoùa cuûa amino acid chöùa hydroxyl cuûa Serine,
Threonine vaø Tyrosine thöôøng duøng trong caùc
hoïat ñoäng ñieàu chænh cuûa protein.
selenocystein (Sec), which is now
accepted as the 21st amino acids.
Sợi collagen trong mô liên kết
Chu trình Urea
Dạng không ion và Zwitterionic của acd amin
Các acid amin có 1 nhóm amino, 1 nhóm carboxylic và
các nhóm R không bị ion hóa (monoamino
monocarboxylic amino acid) là các acid diprotic
(+H3NCH(R)COOH) ở pH thấp và tồn tại nhiều dạng ion
khác nhau khi pH tăng. Các acid amin có nhóm R có khả
năng ion hóa sẽ có thêm các dạng ion phụ tùy thuộc vào
pH của môi trường và pKa của nhóm R
Các acid amin thay đổi tính chất acid - base của
chúng và có các đường cong chuẩn độ đặc trưng
3.2. Các peptide và protein
Các acid amin có thể được kết hợp đồng hóa trị thông qua
các liên kết peptide để tạo thành peptide và protein. Protein
có thể là các chuỗi peptide rất dài khoảng từ 100 đến hàng
ngàn acid amin. Tuy nhiên, có một số peptide tìm thấy
trong tự nhiên chỉ có vài acid amin
 A tripeptide

The sequence is always shown with N-terminus on the left

 Mặc dầu cơ cấu peptid ít phức tạp hơn ptotein nhưng nó có
một vài chức năng sinh học.
TD1: -Glutathione (g-glutamyl-L-cysteinylglycine) là một tripeptid
được tìm thấy trong hầu hết sinh vật nó có nhiều chức năng sinh học
quan trọng như tổng hợp protein, DNA, trong dược phẩm, tham gia
trong biến dưởng môi trường độc và vận chuyển amino acid. Một tính
chất của nhóm SH trong glutathion như là một tác nhân khử (GSH).
Glutathion bảo vệ tế bào tránh sự phân hủy của oxi hóa bởi phản ứng
với các tác chất như peroxides (R-O-O-R là sản phẩm của dinh dưởng
O2). Trong tế bào hồng cầu hydrogen peroxide (H2O2) oxid hóa Fe 2+
của Hemoglobin để tạo thành ion Fe 3+ (ferric), methemoglobin là một
sản phẩm của phản ứng nầy không thể kết nối với O2. Glutathione bảo vệ
trở lại sự tạo thành methemoglobin bởi khử H2O2 trong một phản ứng
xúc tác bởi enzym glutathione peroxidase. 2GSH + H2O2 -> GSSG+ 2
H2O. Do sự hiện diện của tỉ lệ cao GSH:GSSG trong tế bào, glutathione
là một tác nhân khử quan trọng nội tế bào.
Role of NADPH and glutathione (GSH) in protecting cells against
highly reactive oxygen derivatives
 TD2: Met-enkephalin và leu-enkephaline dọc theo nhóm peptid
gọi là opioid peptid tìm thấy phổ biến trong tế bào thần kinh. Opioid
peptid là một phân tử làm giảm đau và mang lại cảm giác dể chịu.
Chúng được khám phá sau khi các nhà nghiên cứu nghi ngờ rằng
hiệu ứng sinh lý của sự dùng thuốc phiện như là morphine kết quả từ
khi chúng nối vối thụ quan tế bào thần kinh cho các phân tử nội
sinh. Leu-kephaline và met-kephaline là một pentapeptid chúng chỉ
khác nhau ở gốc C-terminal của amino acid.
Các tế bào thường chứa hàng ngàn protein khác nhau, mỗi
protein có hoạt tính sinh học khác nhau. Một số protein
được cấu tạo từ các chuỗi polypeptide liên kết không đồng
hóa trị, được gọi là tiểu đơn vị.
The pentapeptide serylglycyltyrosylalanylleucine
Ser-Gly-Tyr-Ala-Leu or SGYAL
Các protein đơn giản chỉ tạo ra các acid amin khi thủy phân; các
protein liên hợp thì chứa một số thành phần phụ khác như một
nhóm kim loại hoặc một nhóm hữu cơ prosthetic
3.3. Thao tác với protein
Các protein có thể được tách chiết và tinh sạch dựa trên sự
khác nhau về tính chất. Các protein có thể được tủa một cách
chọn lọc bằng cách thêm các loại muối. Các phương pháp sắc
ký áp dụng sự khác nhau về kích thước, ái lực liên kết, điện
tích và các tính chất khác. Những phương pháp này bao gồm
trao đổi ion ; lọc gel, và sắc ký lỏng cao áp.
Phương pháp điện di tách các protein dựa vào khối lượng
hoặc điện tích. Điện di gel SDS và điện di đẳng điện có thể
được sử dụng riêng lẻ hoặc kết hợp với nhau để thu được
kết quả tốt hơn.
Xác định khối lượng protein
Điện di đẳng điện protein (Isoelectric focusing)
 Điện di 2
chiều protein
Tất cả các quá trình tinh sạch cần một phương pháp để định
lượng hoặc phân tích protein quan tâm trong hỗn hợp nhiều
protein khác. Sự tinh sạch có thể kiểm soát bằng các thí
nghiệm định hoạt tính.
3.4. Cấu trúc protein: Cấu trúc
bậc 1
Sự khác nhau về chức năng của protein là do sự
khác nhau trong thành phần và trình tự các acid
amin. Một số thay đổi về trình tự có thể xảy ra
với một protein đặc biệt có thể ảnh hưởng rất ít
hoặc không ảnh hưởng đến chức năng của
protein
` Các trình tự acid amin được suy ra bằng cách
phân đoạn các polypeptid thành các peptide
nhỏ hơn với các tác nhân đã biết để cắt các
liên kết peptide đặc hiệu; xác định trình tự
acid amin của mỗi phân đoạn bằng quá trình
phân giải được tự động hóa Edman ; sau đó
sắp xếp các phân đoạn peptide bằng cách tìm
ra các trình tự chồng lấp giữa các phân đoạn
sinh ra bởi các tác nhân khác nhau. Trình tự
protein cũng có thể được suy ra từ trình tự
nucleotide của gen tương ứng trong DNA
Direct Protein
Sequencing
Breaking disulfide bonds in proteins
Các protein và peptide ngắn (lên đến khoảng 100 acid
amin) có thể được tổng hợp bằng phương pháp hóa học.
Peptide được tạo thành , một thành phần acid amin mỗi lần
trong khi bị gắn vào giá thể rắn.

9-fluorenylmethoxycarbonyl (Fmoc)
Các trình tự protein là một nguồn thông tin dồi dào về cấu
trúc và chức năng của protein cũng như sự tiến hóa của sự
sống trên trái đất. Các phương pháp tinh vi đang được phát
triển để theo dõi sự tiến hóa bằng cách phân tích các những
thay đổi chậm trong các trình tự acid amin của các protein
tương đồng.