‫מגן לחלבון‬

‫סמסטר א' תשפ"ב ‪2021-2022‬‬

‫נועה גודין ‪godinn@post.bgu.ac.il‬‬
 ‫מגן לחלבון‬

‫מבנה ה ‪DNA‬‬
‫חשיבות קשרי המימן בין גדילי ה ‪DNA‬‬

‫מערכת תשאף להיות באי סדר אנרגטי‬ ‫‪-‬‬

‫נדרש רווח אנרגטי במצב המסודר למראה של מולקולת ה ‪DNA‬‬ ‫‪-‬‬

‫הבסיסים יכולים לייצר קשרי מימן עם המים ולהשאיר את ה ‪ DNA‬במצב חד גדילי‬ ‫‪-‬‬

‫הבסיסים הם הידרופוביים ולכן האפקט ההידרופובי מקרב אותם אחד לשני‬ ‫‪-‬‬

‫יש צורך בהשקעת אנרגיה כדי ליצור קשרי מימן עם המים‬ ‫‪-‬‬

‫קשרי המימן מייצבים את האפקט ההידרופובי ומונעים ממים להכנס כי הם בין שני‬ ‫‪-‬‬
‫בסיסים‬

‫קשרי מימן מייצבים מצב שטוח של ה ‪ DNA‬שמאפשר יצירת קשרי מימן נכונים‬ ‫‪-‬‬

‫קשרי מימן ואפקט הידרופובי חיוניים למבנה ה ‪DNA‬‬ ‫‪-‬‬

 ‫מגן לחלבון‬

‫מבנה ה ‪DNA‬‬
‫טאוטומרים של בסיסים חנקתיים‬

‫מופעים שונים של אותה מולקולה ‪ -‬תנועה של אטומים‬ ‫‪-‬‬

‫בתוך המולקולה‬
‫‪ -‬פירימידינים ‪ -‬אמינו ואימינו‬
‫‪ -‬פורינים ‪ -‬קטו ואנול‬

‫נפוץ‬ ‫נדיר‬ ‫תדירות סטטיסטית לטובת מצבים יציבים יותר‬ ‫‪-‬‬

‫במצב רגעי לא יציב הבסיס יכול להסתובב מסביב לציר‬ ‫‪-‬‬

‫השלד‬

‫מולקולת ה ‪ DNA‬דינמית כמו כל המבנים הביולוגים‪,‬‬ ‫‪-‬‬

‫למרות היציבות היחסית שלה‪.‬‬
 ‫מגן לחלבון‬
‫מבנה ה ‪DNA‬‬
‫שכפול החומר הגנטי בשני גדילים משלימים‬

‫ווטסון וקריק שיערו שמבנה ה ‪ DNA‬קשור לפעילותו‬ ‫‪-‬‬

‫בהעברת הידע בצורה מדוייקת מדור לדור‬

‫שני הגדילים משלימים אחד את השני ולא זהים‬ ‫‪-‬‬

‫כל אחד מהגדילים מכיל את המידע השלם על מה שיש‬ ‫‪-‬‬

‫בגדיל השני‬

‫הגדילים מופרדים בהכפלה וכל אחד מהם מוכפל‬ ‫‪-‬‬

‫בנפרד‬

‫על כל אחד מהם מסונתז הגדיל השני ‪ -‬שהוא הגדיל‬ ‫‪-‬‬

‫המשלים‬

‫מתקבלות שתי מולקולות דו‪-‬גדיליות זהות‬ ‫‪-‬‬

 ‫מגן לחלבון‬

‫מבנה ה ‪DNA‬‬
‫סוגים ותדירויות של הליקס כפול‬
‫‪high humidity‬‬ ‫‪low humidity‬‬

‫שני גדילי ה‪ DNA -‬מתפתלים זה סביב זה ויוצרים מולקולה לוליינית‬ ‫‪-‬‬

‫‪" -‬סליל כפול"‪.‬‬

‫סוגי פיתולים‪:‬‬ ‫‪-‬‬

‫‪ - A -‬ימני‪ ,‬קומפקטי‪ ,‬בסביבה יבשה‪ ,‬ימני‪ 90<> ,‬מעלות בין‬
‫בסיס לסוכר‬
‫‪ - B -‬ימני‪ 99% ,‬מהמופעים‪ ,‬בסביבה נוזלית‪ 10 ,‬נוקלאוטידים‬
‫לסיבוב באורך של ‪A 3.4‬‬
‫‪ - Z -‬שמאלי‪ ,‬עשיר ב ‪ ,G-C‬נוצר בזמן שיעתוק בתא‬
 ‫מגן לחלבון‬

‫מבנה ה ‪DNA‬‬
‫הפרדה וחיבור של גדילי ה ‪DNA‬‬
‫ניתן להפריד בין שני הגדילים ולחבר ביניהם מחדש‬ ‫‪-‬‬

‫מבנה דו‪-‬גדילי ‪ -‬נטיבי‬ ‫‪-‬‬

‫הפרדה בין שני הגדילים ‪ -‬דה‪-‬נטורציה‬ ‫‪-‬‬

‫חזרה למצב טבעי ‪ -‬היברידיזציה‪/‬רה‪-‬נטורציה‬ ‫‪-‬‬

‫ההכפלה של ה ‪ DNA‬יכולה להתרחש רק אם שני הגדילים‬ ‫‪-‬‬

‫נפרדים‬

‫ה‪ DNA -‬כ"כ יציב שצריך להשקיע אנרגיה כדי לפתוח אותה‬ ‫‪-‬‬

‫תנאים לדה‪-‬נטורציה‪:‬‬ ‫‪-‬‬

‫חום )‪ 90-92‬מעלות(‬ ‫‪-‬‬
‫מלח‬ ‫‪-‬‬
‫נטיבי‬ ‫דה‪-‬נטורציה‬ ‫היברידיזציה ‪/‬‬ ‫נטורציה איטית למניעת טעויות בזיווגים בין הבסיסים‬ ‫‪-‬‬
‫רה‪-‬נטורציה‬ ‫נוקלאציה‬ ‫‪-‬‬
‫סגירה‬ ‫‪-‬‬
 ‫מגן לחלבון‬

‫מבנה ה ‪DNA‬‬
‫עקומת דה‪-‬נטורציה של ‪DNA‬‬

‫מעקב אחרי תהליך הדנטורציה והרה‪-‬נטורציה‬ ‫‪-‬‬

‫טמפרטורות ההיתוך במרכז‬

‫בליעת ‪ UV‬מול שינויים בטמפרטורה‬ ‫‪-‬‬
‫העליה ‪ 50% -‬מהמולקולות‬
‫עברו דה נטורציה‬ ‫בטמפרטורות נמוכות ערך הבליעה נמוך יותר מאשר‬ ‫‪-‬‬
‫בטמפרטורות גבוהות‬

‫ערך קבוע בנמוכות וערך קבוע בגבוהות ‪ -‬סטורציה )כל‬ ‫‪-‬‬

‫מולקולות ה ‪ DNA‬עברו דה‪-‬נטורציה(‬

‫בסיסים בולעים‬ ‫‪-‬‬

‫‪ -‬פחות חשופים במצב דו‪-‬גדילי ‪ -‬בליעה נמוכה יותר‬
‫‪ -‬יותר חשופים במצב חד‪-‬גדילי ‪ -‬בליעה גבוהה יותר‬

‫נקודת ההיתוך ‪ -‬טמפרטורה בה מחצית מהמולקולות עברו‬ ‫‪-‬‬

‫דה‪-‬נטורציה‬
 ‫מגן לחלבון‬

‫מבנה ה ‪DNA‬‬
‫תלות דה‪-‬נטורציה של ‪ DNA‬בתכולת ‪ G-C‬ובמלח‬

‫קיים קשר ליניארי בין תכולת ה ‪ G-C‬שלה לבין טמפרטורת‬ ‫‪-‬‬

‫ריכוז מלח נמוך‬
‫ההיתוך‬

‫ריכוז מלח גבוה‬ ‫ככל שיש יותר ‪ G-C‬כך טמפרטורת ההיתוך גבוהה יותר‬ ‫‪-‬‬
‫‪ G-C -‬שלושה קשרי מימן מול ‪ A-T‬שני קשרי מימן ‪-‬‬
‫צריך להשקיע יותר אנרגיה כדי לפרק יותר קשרים‬

‫ריכוז מלח גבוה יותר ← טמפרטורת ההתכה של ה ‪DNA‬‬ ‫‪-‬‬

‫גבוהה יותר‬

‫הפוספט על שני הגדילים גורם לדחיה ביניהם‬ ‫‪-‬‬

‫קטיונים מהמלח ממסכים את המטען השלילי‬ ‫‪-‬‬

‫ה ‪ DNA‬יותר יציב‬ ‫‪-‬‬

 ‫מגן לחלבון‬

‫מבנה ה ‪DNA‬‬
‫טופולוגיות של ‪ DNA‬מעגלי‬
‫הפרעה מקומית‬
‫בזיווג בסיסים‬
‫יצירת ‪ DNA‬מעגלי‪:‬‬ ‫‪-‬‬
‫‪ -‬סגירת ‪ '3‬על ‪ '5‬של אותו גדיל‬
‫‪ -‬חד גדילי )‪ +‬קשר פוספודיאסטרי אחד(‬
‫‪ -‬דו גדילי )‪ 2+‬קשרים פוספודיאסטרים(‬

‫הליקס רגיל ‪ -‬טוויסט‬ ‫‪-‬‬

‫הליקס רגיל שמסובב על עצמו ‪ -‬סופר קויל‬ ‫‪-‬‬

‫‪ -‬ימני ‪ -‬חיובי‬
‫‪ -‬שמאלי ‪ -‬שלילי‪ ,‬פחות יציב‪ ,‬יותר נפוץ‬

‫‪-‬‬
‫‪Relaxed‬‬
‫‪Negative‬‬
‫‪Supercoiled‬‬
 ‫מגן לחלבון‬

‫מבנה ה ‪DNA‬‬
‫טופולוגיות של ‪ DNA‬מעגלי‬

‫מבנים נפוצים של ‪ DNA‬מעגלי בחיידקים שנועדו‬ ‫‪-‬‬

‫לצמצם את הנפח שתופס ה ‪ DNA‬בתא‬

‫בד"כ סופר קוילים שמאליים שמקלים על פתיחה‬ ‫‪-‬‬

‫ודנטורציה לצורכי שכפול ושעתוק‪.‬‬

‫‪Relaxed Negative‬‬
‫‪Supercoiled‬‬
 ‫מגן לחלבון‬

‫מבנה ה ‪DNA‬‬
‫אנזימים המאפשרים שינויי טופולוגיה‬

‫האנזים ‪ - DNAse‬לא שינוי טופולוגיה‬ ‫‪-‬‬

‫‪ -‬שבירת קשר פוספודיאסטרי‬
‫‪ -‬הגדיל שנותר שלם יכול להסתובב על צירו יחד‬
‫עם שאר מולקולת ה ‪ DNA‬התלויה עליו‬

‫האנזים טופואיזומראז‬ ‫‪-‬‬

‫‪ -‬שבירת קשר )קשרים( פוספודיאסטריים‬
‫‪ -‬שינוי מרחבי‬
‫‪ -‬יצירת קשר )קשרים( פוספודיאסטריים חדשים‬
‫‪ -‬מספר הקשרים הפוספודיאסטריים נשמר‬
‫‪ -‬בקרה על מידת הסיבוביות של ה ‪DNA‬‬
‫‪ -‬מניעת הסתבכויות של ה‪ DNA -‬עם עצמו‬
 ‫מגן לחלבון‬

‫מבנה ה ‪DNA‬‬
‫סוגי טופואיזומרזות ‪ -‬טופואיזומראז ‪2‬‬

‫שובר שני קשרים פוספודיאסטריים‬ ‫‪-‬‬

‫מעביר את שני הגדילים אחורה‬ ‫‪-‬‬

‫"מדביק" )ליגציה( של שני הקשרים הפוספודיאסטריים‬ ‫‪-‬‬

‫מצריך הידרוליזה של ‪ATP‬‬ ‫‪-‬‬

‫מעלה ומוריד מספר ליפופים‬ ‫‪-‬‬

 ‫מגן לחלבון‬

‫מבנה ה ‪DNA‬‬
‫סוגי טופואיזומרזות ‪ -‬טופואיזומראז ‪1‬‬

‫שובר קשר פוספודיאסטרי יחיד בגדיל אחד‬ ‫‪-‬‬

‫מעביר גדיל אחורה‬ ‫‪-‬‬

‫חתך )‪(nick‬‬

‫"מדביק" )ליגציה( של הקשר שחתך‬ ‫‪-‬‬

‫לא מצריך ‪ATP‬‬ ‫‪-‬‬

‫מוריד את מספר הליפופים‬ ‫‪-‬‬

 ‫מגן לחלבון‬

‫מבנה ה ‪DNA‬‬
‫מנגנון פעולה של טופואיזומרז‬

‫נשאר קשור לקצה ה‪ DNA -‬אותו שבר )לפעמים ל ‪'5‬‬ ‫‪-‬‬

‫ולפעמים ל ‪('3‬‬

‫טופואיזומרז ‪ 2‬אז לשתי קצוות כי הוא שובר שני‬ ‫‪-‬‬

‫גדילים‬

‫חומצה אמינית טירוזין באתר הקטליטי )בטופואיזומרז‬ ‫‪-‬‬

‫‪ 2‬ישנם שני אתרים עם טירוזין בכל אחד מהם(‬

‫טירוזין מכילה טבעת פנול‬ ‫‪-‬‬

‫פנול יוצר חתך )‪ (nick‬בגדיל אחד ונשאר קשור אליו‬ ‫‪-‬‬

 ‫מגן לחלבון‬

‫מבנה ה ‪DNA‬‬
‫הפרדה בין ‪ DNA‬בטופולוגיות שונות‬

‫הפרדה בין מבנים טופולוגיים שונים של ‪ DNA‬ע"י‬ ‫‪-‬‬

‫הרצה בג'ל בשדה חשמלי‬

‫‪ DNA‬טעון שלילית באותו יחס בכל סוגי ה‪DNA -‬‬ ‫‪-‬‬

‫ירוץ מקוטב שלילי לחיובי‬ ‫‪-‬‬

‫מולקולות קומפקטיות רצות מהר יותר מגדולות‪ ,‬בלי‬ ‫‪-‬‬

‫קשר למסה‬

‫סימון באתידיום ברומיד ‪ -‬פלואורסצנטי‬ ‫‪-‬‬

 ‫מגן לחלבון‬

‫‪RNA‬‬
‫מבנה פולימרי של חומצות גרעין‬
‫‪RNA‬‬ ‫בסיסים חנקתיים‬ ‫‪-‬‬

‫‪OH‬‬
‫סוכר עם חמישה פחמנים )פנטוזה(‬ ‫‪-‬‬
‫‪ -‬ריבוז ‪ -‬מכיל קבוצת הידרוקסיל על פחמן ‪2‬‬

‫קשרים פוספודיאסטריים בין הבסיסים )דרך פוספט(‬ ‫‪-‬‬

‫בסיס ‪) U‬אורציל( במקום ‪T‬‬ ‫‪-‬‬

‫חד גדילי‬ ‫‪-‬‬

‫‪ -‬יכול להתקפל על עצמו‬
‫‪ -‬זיווג בסיסים בתוך המולקולה החד גדילית‬
‫‪G-C -‬‬
‫‪A-U -‬‬
‫‪ -‬אנטיפרלליות פנימית‬
‫‪ -‬יכול לייצר מבנים דו גדיליים הליקליים‬
 ‫מגן לחלבון‬

‫‪RNA‬‬
‫מבנים דו‪-‬גדיליים ב ‪RNA‬‬

‫לולאה‬

‫זיווג אנטיפרללי של בסיסי ‪RNA‬‬ ‫‪-‬‬

‫‪AU -‬‬
‫‪GC -‬‬

‫בכל זיווג ישנם איזורים שלא ניתן לזווג )לא משלימים(‬ ‫‪-‬‬
‫בליטה‬ ‫‪) loop -‬לולאה(‬
‫‪) bulge -‬בליטה(‬
‫‪) Hairpin -‬סיכת ראש(‬

‫סיכת שיער‬
 ‫מגן לחלבון‬

‫‪RNA‬‬
‫מבנים ראש סיכה ‪ -‬טטרה‪-‬לופ ‪(UCGU) tetraloop‬‬
‫אחד מהרצפים יוצרי הלופים הנפוצים‬ ‫‪-‬‬

‫רצף שיוצר מבנה יציב מאוד בגלל הזיווג הלא‪-‬‬ ‫‪-‬‬

‫סטנדרטי ‪) GU‬שני קשרי מימן(‬

‫‪ CU‬פנימיים נשארים לא מזווגים‬ ‫‪-‬‬

‫נוצרת "פניית פרסה" שמאפשרת מבנה הליקס‬ ‫‪-‬‬

‫דו גדילי בתוך מולקולת ה ‪RNA‬‬

‫מיוצב ע"י קשרי מימן נוספים‪:‬‬ ‫‪-‬‬

‫‪U6-C9 -‬‬

‫מבנים נוספים מיוצבים ע"י היכולת של ‪ A‬לייצר‬ ‫‪-‬‬

‫קשרי מימין עם שני בסיסי ‪ U‬במקביל‬
‫)שלישיית בסיסים(‬
 ‫מגן לחלבון‬

‫‪RNA‬‬
‫ריבוזים ‪ RNA -‬קטליטי‬

‫שייר אבולוציוני מעולם ה ‪RNA‬‬ ‫‪-‬‬

‫נמצא גם בריבוזום‬ ‫‪-‬‬

‫בעל מבנה שלישוני מוגדר‬ ‫‪-‬‬

‫פעילות קטליטית‪:‬‬ ‫‪-‬‬

‫‪ -‬פירוק קשר פוספודיאסטרי ע"י‬
‫הידרוליזה‪:‬‬
‫‪ -‬ספלייסינג של ‪RNA‬‬
‫‪ -‬חיתוך הידרוליטי של עצמו‬
‫‪ -‬קישור חומצות אמינו בתרגום‬
‫‪ -‬שכפול וירלי‬
‫‪ -‬סינטזה של ‪tRNA‬‬
‫מגן לחלבון‬
‫‪RNA‬‬
‫סוגי ‪RNA‬‬

‫שונים במבנה‪ ,‬בתפקיד ובמקום הייצור )בתא האאוקריוטי(‬ ‫‪-‬‬

‫‪mRNA‬‬ ‫‪-‬‬
‫‪tRNA‬‬ ‫‪-‬‬
‫‪rRNA‬‬ ‫‪-‬‬