An mikroskop elektronik është një mikroskop i degës që përdor një rreze elektronesh të
përshpejtuar si burim ndriçimi. Meqenëse gjatësia e valës së një elektroni mund të jetë deri në 100,000 herë më e shkurtër se ajo e një fotoni të dritës së dukshme, mikroskopët elektronikë kanë një rezolucion më të lartë se laboratori i mikroskopit të dritës dhe mund të zbulojë strukturën e objekteve më të vogla. Mikroskopët elektronikë përdorin fusha magnetike në formë për të formuar një sistem lentesh elektron-optike që janë analoge me thjerrëzat e qelqit të një mikroskopi drite optik. Mikroskopë elektronikë janë aplikuar në ultrastrukturën e një game të gjerë ekzemplarësh biologjikë dhe inorganikë, duke përfshirë mikroorganizmat, molekulat e mëdha, mostrat e biopsisë, qelizat, metalet dhe kristalet. Në fushën e industrisë, ato përdoren shpesh për analizën e dështimit dhe kontrollin e cilësisë.
La laborator me mikroskop elektronik skanues është i popullarizuar në mesin e studiuesve
nga agjencitë qeveritare, universitetet dhe industritë. Një mikroskop elektronik skanues (SEM) fokuson një rreze elektronike në një objekt, por në këtë rast, rrezja e fokusuar troket elektronet nga sipërfaqja e objektit, i cili më pas mblidhet dhe rindërtohet për të siguruar një imazh të sipërfaqes së objektit. Mostrat gjithashtu duhet të jenë plotësisht të thata si me TEM, por mund të përbëhen nga një mushkonjë e tërë. Zmadhimet e mundshme variojnë nga 15x në 200,000x.