Osnovan je 1846. i bio je u sastavu Narodnog muzeja. Osamostaljuje se 1939.
U muzeju se nalazi oko
460 000 predmeta iz cijele povijesti. Smješten je u palači Vranyczany-Hafner na Zrinjevcu. Palača je zapravo ugrađena stambena zgrada napravljena za karlovačkog industrijalca Dragana Vranyczany- Dobrinovića. Glavno pročelje izgrađeno je u neorenesansnom stilu s detaljima inspiriranim talijanskom arhitekturom iz 16. st. Cijela zgrada je u zlatnoj boji što ju ističe u odnosu na zgrade koje ju okružuju. Ulaz je najukrašeniji dio zgrade. Možemo vidjeti skulpture anđela te dorske stupove koji drže terasu na kojoj se nalaze korintski i jonski stupovi te također dvije skulpture. Svaki prozor na zgradi je ukrašen nekim detaljima , a iznad prozora 2., 3., 4. kata vidimo portrete osoba. Zgraada je građena simetrično i sve je uređeno i obnovljeno osim nekih dijelova terasa pa je naš prijedlog za poboljšanje da se obnove terase. Ispred zgrade je park Zrinjevac koji je jedan od najljepših zagrebačkih parkova pa samim time pridonosi izgledu Arheološkom muzeju.