You are on page 1of 7

Translated from English to Vietnamese - www.onlinedoctranslator.

com

Công nghệ sinh học


DOI 10.1002 / biot.200600195 Biotechnol. J. 2007, 2, 386–392
Tạp chí

Kiểm tra lại

Phân lập DNA bộ gen thực vật: Nghệ thuật hay khoa học

Astha Varma1, Harish Padh2và Neeta Shrivastava1

1Trung
tâm Phát triển Nghiên cứu và Giáo dục Dược phẩm BV Patel (PERD) - Khoa Dược lý và Hóa thực vật,
Ahmedabad, Gujarat, Ấn Độ
2Trung tâm Phát triển Nghiên cứu và Giáo dục Dược phẩm BV Patel (PERD) - Khoa Công nghệ Sinh học, Ahmedabad, Gujarat,
Ấn Độ

Việc cô lập DNA chất lượng từ các mô / tế bào gây ra nhiều vấn đề đặc biệt khi thực vật Nhận ngày 27 tháng 9 năm 2006 Sửa
được sử dụng làm nguyên liệu nguồn. Các đặc điểm cụ thể của thực vật như sự hiện diện đổi ngày 11 tháng 12 năm 2006 Chấp
của thành tế bào polysaccharide cứng, các sắc tố, sự không đồng nhất về mặt hóa học của nhận ngày 20 tháng 12 năm 2006

các chất chuyển hóa thứ cấp được tìm thấy ở các loài thực vật đa dạng, v.v., đòi hỏi sự cân
nhắc và kỹ năng đặc biệt trong quy trình phân lập. Cho đến nay, nhiều giao thức đã được
xuất bản cho mục đích này, nhưng không có giao thức nào được tìm thấy là có thể áp
dụng phổ biến. Các yếu tố khác nhau bắt đầu từ việc lựa chọn nguồn nguyên liệu đến
nồng độ của các chất chuyển hóa có trong cây quyết định quá trình phân lập. Bài tổng
quan hiện tại là bản cập nhật các phương pháp khác nhau được sử dụng để phân lập DNA
bộ gen thực vật,

Từ khóa: Tính không đồng nhất về mặt hóa học · DNA bộ gen · Polyphenolics · Polysaccharides · Chất
chuyển hóa thứ cấp

1. Giới thiệu Các nhà sinh học phân tử thực vật đang phải đối mặt hàng
ngày, đó là khó khăn trong việc thu được DNA bộ gen chất
Lĩnh vực sinh học phân tử thực vật đã chứng kiến lượng cao, không bị ô nhiễm, mà không có bất kỳ phân tích
những tiến bộ liên tục liên quan đến việc nghiên cứu hoặc thao tác nào thêm là không khả thi. DNA càng tinh khiết
và sử dụng các nguồn gen thực vật ở cấp độ phân tử. thì kết quả càng trở nên đáng tin cậy vì axit nucleic bị ô nhiễm
Biên giới mới đang được mở ra với mỗi khám phá mới, thường không cho kết quả chính xác, đáng tin cậy và có thể
thành tựu quan trọng mới nhất là việc hoàn thành giải tái tạo.
trình tự bộ gen lúa. Vật liệu di truyền đã được các nhà Trong hai đến ba thập kỷ trước, các nhà nghiên cứu đã phát
nghiên cứu thao túng đến tận cốt lõi, bao gồm sản triển nhiều quy trình và quy trình để phân lập DNA chất lượng từ
xuất gen chuyển gen và dược phẩm sinh học, nhân nhiều loài thực vật khác nhau, có thể được sử dụng tùy thuộc vào
giống phân tử, lập bản đồ bộ gen, v.v. Tuy nhiên, vấn mục đích phân lập. Một số quy trình được tuân thủ rộng rãi là
đề với các mục tiêu ngoan cố, mà những quy trình được đưa ra bởi Murray và Thompson [1], Doyle
và Doyle [2], Rogers và Bendich [3], Lodhiet al. [4]. Những phương
pháp này đã được chứng minh là thành công trong một số thử
nghiệm cho đến nay. Tuy nhiên, không có phương pháp nào
Thư tín: Tiến sĩ Neeta Shrivastava, Trung tâm Phát triển Nghiên cứu và Giáo trong số này hoặc bất kỳ phương pháp nào khác đã được công bố
dục Dược phẩm BV Patel (PERD), Đường cao tốc Sarkhej - Gandhinagar, tự coi là có thể áp dụng phổ biến cho tất cả các giống cây trồng.
Thaltej, Ahmedabad 380054, Gujarat, Ấn Độ Nói chung, các nhà nghiên cứu cần phải sửa đổi một giao thức
E-mail: neetashrivastava_perd@yahoo.co.in Số
hoặc pha trộn hai hoặc nhiều quy trình khác nhau để thu được
fax: + 91-79-27450449
DNA có chất lượng mong muốn cho một yêu cầu cụ thể. Trong bài
Các từ viết tắt:CTAB, cetyltrimetylamoni bromua;DIECA, axit tổng quan này, chúng tôi đã nhấn mạnh các yếu tố dẫn đến
diethyldithiocarbamic;PVP, polyvinyl pyrollidone;PVPP, polyvinyl những sửa đổi như vậy, và đó là yếu tố bắt buộc trong quá trình
polypyrollidone phân lập DNA bộ gen từ thực vật.

386 © 2007 Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, Weinheim


Biotechnol. J. 2007, 2, 386–392 www.biotechnology-journal.com

2 Các yếu tố chính ảnh hưởng đến phương NaCl-NaN3[16], hoặc làm khô bằng vật liệu như silica gel và
pháp phân lập sau đó được bảo quản để tránh nhiễm bẩn do ẩm [17]. Các
mẫu được lưu trữ ở dạng mô đông khô là lựa chọn tốt hơn
Về cơ bản, quy trình phân lập DNA bộ gen từ bất kỳ tế bào nhiều vì chúng có thể được lưu trữ trong vài năm mà chất
nhân sơ hoặc sinh vật nhân chuẩn nào bao gồm ba bước lượng DNA ít bị giảm sút [18]. Tuy nhiên, nhiều phương pháp
trung tâm, (1) loại bỏ vỏ bọc (thành / màng tế bào) xung phân lập sử dụng các mô khô, mẫu cây cỏ hoặc thậm chí
quanh DNA, (2) tách DNA khỏi tất cả các thành phần tế nhiều vật liệu đã bị phân huỷ cũng đã được công bố [19–23].
bào khác (mảnh vỡ của thành tế bào và chất trao đổi
chất), và (3) duy trì tính toàn vẹn của DNA trong quá trình
tiến hành,I E., bảo vệ khỏi nucleaza và cắt cơ học [5]. Có 2.1.3 Đồng nhất hóa
rất nhiều yếu tố ảnh hưởng đến phương pháp phân lập, Trong tế bào thực vật, sự hiện diện của thành tế bào
làm cho việc phân lập DNA bộ gen từ thực vật, một nghệ polysaccharide cứng làm cho sự phá vỡ các mô hơi
thuật hơn là một khoa học. phức tạp, chiếm khoảng 30-70% tổng thời gian cần
thiết để xử lý mẫu. Các quy trình ly giải vật lý tiêu
2.1 Nguồn nguyên liệu và chế biến chuẩn để giải phóng DNA trở nên kém hiệu quả hơn
trong trường hợp này, vì các lực vật lý tương tự cần
Sự hiện diện của thành tế bào polysaccharide cứng khiến thiết để phá vỡ thành tế bào là đủ để cắt đứt DNA có
tế bào thực vật tương đối khó khăn để tách chiết DNA. Vì trọng lượng phân tử cao [1]. Việc này trở nên khó khăn
vậy, trước khi quyết định quá trình khai thác từ nguồn hơn với những cây lâu năm hoặc những loài cây có lá
nguyên liệu thực vật, một số yếu tố chính cần được xem cứng, có thể yêu cầu các quy trình nghiền đặc biệt [16,
xét. 24, 25] để đạt được sự phá vỡ hoàn toàn của mô để lấy
DNA. Đồng nhất thích hợp là cần thiết vì nó cũng làm
2.1.1 Loại mô và tuổi giảm độ nhớt do các hợp chất có trọng lượng phân tử
Tuổi và loại mô nguồn ảnh hưởng lớn đến chất lượng và cao như cacbohydrat phức tạp gây ra [26]. Nhiều
sản lượng của DNA phân lập. Các mô non, khỏe mạnh và phương pháp làm gián đoạn vật lý được sử dụng,vân
mềm, đặc biệt là các lá nở ra một phần là lựa chọn lý vân. Nghiền mô trong nitơ lỏng bằng quy trình đông
tưởng vì chúng có thể mang lại chất lượng và số lượng lạnh nhanh được ưa thích hơn, phần lớn là nhanh
DNA tốt do số lượng tế bào lớn hơn và ít lắng đọng tinh chóng, áp dụng được cho cả mô mềm và mô cứng và
bột và các chất chuyển hóa thứ cấp [1, 2, 6, 7]. Các lá non cũng ngăn ngừa nhiễm bẩn chéo khi nhiều mẫu đang
được phân tách cũng được báo cáo là nguồn nguyên liệu được xử lý [4, 27–30]. Hạn chế cơ bản của nitơ lỏng là
tốt để phân lập DNA. Trồng cây nguồn trong 3–4 ngày điều kiện bảo quản đặc biệt và giá thành cao nên
trong bóng tối trước khi thu hoạch để phân lập mô lá làm không phù hợp với các phòng thí nghiệm ít được trang
cho quy trình phân lập dễ dàng hơn, vì nó kích thích lá ([8, bị [31, 32].
9] và www.qiagen.com). Ngược lại, DNA chiết xuất từ lá
trưởng thành được báo cáo là có chất lượng kém và năng Bên cạnh các phương pháp phá vỡ vật lý để đồng nhất
suất thấp do sự hiện diện của nồng độ cao của mô, các phương pháp phá vỡ hóa học thuận tiện cũng có sẵn.
polyphenol, tannin, polysaccharid và các chất chuyển hóa Cách tiếp cận này mặc dù tốn kém nhưng tránh được khả
thứ cấp khác, dẫn đến việc nhúng DNA vào một chất nền năng DNA bị cắt do tác dụng của lực cơ học. Các chất gây rối
sền sệt dính hoặc tạo thành các sản phẩm có màu nâu loạn hóa học chủ yếu bao gồm các enzym thủy phân như
không mong muốn, không thích hợp cho bất kỳ ứng dụng xenluloza, pectinaza hoặc macerase thành tế bào để hòa tan
nào [10–13]. Ngoài lá, các bộ phận khác của cây như thân, thành tế bào. Một loại cocktail chứa nhiều carbohydrase khác
rễ, hạt, phôi, thân rễ,vân vân., cũng có thể được sử dụng nhau cũng được phát hiện là thích hợp cho quá trình tiêu hóa
tùy thuộc vào nhà máy nguồn và sự sẵn có của mô. hóa học ở các loài khác nhau bao gồmIlex aquifolium,Vitis
vinifera, Humulus lupulus, Phong lữsp., vân vân. [33]. Một
2.1.2 Thu thập và lưu trữ cách tiếp cận hơi khác khi sử dụng các hợp chất
Xử lý và bảo quản đúng cách mô thực vật sau khi thu hoạch là xanthateforming, chẳng hạn như natri / kali ethyl
một yếu tố cần thiết được xem xét trong quá trình này. Để xanthogenate, cũng đã được báo cáo về vấn đề này [34].
tách chiết DNA, nguyên liệu thực vật thường được thu thập Những hợp chất này tạo thành polysaccharide xanthates hòa
tươi và trực tiếp qua quá trình xử lý [14], hoặc được bảo quản tan trong nước với các nhóm hydroxyl của polysaccharide
ở –18ºC, –80ºC hoặc trong nitơ lỏng dưới dạng mẫu đông lạnh thành tế bào và hòa tan nó. Nếu không có thành tế bào, tế
trước khi sử dụng. Việc đông lạnh ngăn cản hoạt động của bào thực vật cũng giống như bất kỳ tế bào nào khác có màng
nuclease mà nếu không sẽ làm phân hủy DNA trong mô đã rã có thể bị tách ra bằng cách sử dụng chất tẩy rửa. Phương
đông [15]. Trong trường hợp không thể làm lạnh ngay các pháp này đặc biệt hữu ích đối với các loại lá cứng như lá lúa,
mẫu đã thu thập, như ở các mẫu thực địa hoặc các vị trí xa, có chứa một lượng lớn xenlulo, pectin, tế bào silica, sáp,vân
mô có thể được bảo quản trong các dung dịch như vân. [6]. Tuy nhiên, phương pháp này được báo cáo là mang
cetyltrimethylammonium bromide bão hòa (CTAB) - lại số lượng DNA rất thấp [33, 35].

© 2007 Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, Weinheim 387


Công nghệ sinh học
Biotechnol. J. 2007, 2, 386–392
Tạp chí

2.2 Sự hiện diện của chất gây ô nhiễm nant trong thực vật chẳng hạn nhưQuercus rubra,Castanea
nha khoa, vân vân. Một cách đơn giản và hiệu quả có thể là
Các vấn đề thường gặp nhất với hầu hết các quy trình là pha loãng dịch chiết DNA hoặc rửa chất đồng nhất hai hoặc
sự hiện diện của các hợp chất gây ô nhiễm trong các mẫu ba lần bằng dung dịch đệm chiết để giảm sự ô nhiễm
DNA, đặc biệt là RNA, protein, polysaccharid, polyphenol polysaccharide [11, 21].
và DNA không nhân. Các chất chuyển hóa thứ cấp khuếch
đại những khó khăn đối với tế bào thực vật, đặc biệt khi 2.2.2 Polyphenol
cây thuốc được sử dụng làm nguồn gốc. Các hợp chất Có lẽ vấn đề thường gặp nhất trong các quy trình phân lập DNA thực vật là
mang lại hiệu quả điều trị cho cây có thể là trở ngại lớn sự suy thoái DNA bộ gen do sự hiện diện của polyphenol. Polyphenol rất
trong quy trình phân lập bằng cách liên kết với DNA và khác nhau về sự xuất hiện và loại của chúng. Trong quá trình ly giải tế bào,
được kết tủa cùng với nó [36]. Do đó, tùy theo sự đa dạng polyphenol đi ra khỏi không bào và dễ dàng bị oxy hóa bởi các oxy hóa tế
của các chất hiện diện cùng với DNA, các giao thức cần bào. Các polyphenol bị oxy hóa trải qua các tương tác không thể đảo ngược
được điều chỉnh theo từng loài thực vật (và đôi khi thậm với axit nucleic và gây ra hiện tượng hóa nâu do enzym của viên DNA, do đó
chí cả mô), làm cho quá trình phân lập trở thành một kỹ khiến nó trở nên vô dụng đối với hầu hết các quá trình sau [4, 7, 9, 13, 29,
năng hoặc một nghệ thuật phải được phát triển bằng 43–45]. Các polyphenol như flavonoid, tecpenoit và tanin, tất cả đều xuất
cách thực hành lặp đi lặp lại. Một số chất gây ô nhiễm hiện rất rộng rãi trong giới thực vật, khi liên kết với axit nucleic không thể
chính được mô tả dưới đây. loại bỏ bằng các quy trình chiết xuất thông thường. Để đối phó với vấn đề ô
nhiễm polyphenolic, chất chống oxy hóa được thêm vào đệm chiết xuất để
ngăn chặn quá trình oxy hóa phenol trong quá trình ly giải tế bào. Polyvinyl
2.2.1 Polysaccharid pyrollidone (PVP) và polyvinyl polypyrollidone (PVPP) là những hóa chất
Polysaccharid là những chất cản trở chính trong quy trình được sử dụng phổ biến nhất để loại bỏ polyphenol vì chúng hoạt động như
phân lập DNA vì chúng không thể bị phát hiện và khó loại chất hấp phụ polyphenol, đặc biệt là ở pH thấp. Chúng tạo phức với các hợp
bỏ. Sự hiện diện của một lượng lớn polysaccharid, như chất polyphenol thông qua liên kết hydro, cho phép các polyphenol được
trong trường hợp thực vật có chất nhầy nhưSedum tele[ tách ra khỏi DNA, do đó làm giảm mức độ của chúng trong sản phẩm [4, 43,
27], làm cho mô đồng nhất rất nhớt và cho dấu hiệu sai về 45–47]. Một trong hai hoặc cả hai hợp chất có thể được sử dụng với tỷ lệ
sự hiện diện của một lượng lớn DNA. Polysaccharide thích hợp, như Basak đã chứng minh Chúng tạo phức với các hợp chất
thường đồng kết tủa với DNA và tạo ra một đặc tính dính, polyphenol thông qua liên kết hydro, cho phép các polyphenol được tách ra
nhớt cho DNA. Ở dạng này, chúng cũng can thiệp vào khỏi DNA, do đó làm giảm mức độ của chúng trong sản phẩm [4, 43, 45–47].
hoạt động của một số enzym sinh học như polymerase, Một trong hai hoặc cả hai hợp chất có thể được sử dụng với tỷ lệ thích hợp,
ligases và endonuclease giới hạn [10, 21]. Các chất gây ô như Basak đã chứng minh Chúng tạo phức với các hợp chất polyphenol
nhiễm giống polysaccharide cũng có thể gây ra động học thông qua liên kết hydro, cho phép các polyphenol được tách ra khỏi DNA,
tái liên kết bất thường [1] và làm cho DNA không thích do đó làm giảm mức độ của chúng trong sản phẩm [4, 43, 45–47]. Một
hợp cho quá trình xử lý xuôi dòng. DNA bị ô nhiễm có xu trong hai hoặc cả hai hợp chất có thể được sử dụng với tỷ lệ thích hợp, như
hướng dính vào giếng trong quá trình điện di trên gel [37, Basak đã chứng minhet al. [48] trongVigna mungovàBambusa balcoa,vân
38]. vân., với kết quả tốt. PVP 10 được ưu tiên hơn PVP 40, vì sau này đôi khi có
Sử dụng NaCl nồng độ cao (hơn 0,5 M) thích hợp để thể kết tủa với axit nucleic, do đó hoạt động như một chất gây ô nhiễm [37].
loại bỏ polysaccharid khỏi dung dịch DNA bằng cách Chất chống oxy hóa như β-mercaptoethanol, BSA, natri azit, axit ascorbic,
tăng khả năng hòa tan của chúng trong etanol. Nồng DTT, natri sulfit, natri iso-ascorbate,vân vân., cùng với PVP thường được sử
độ NaCl thay đổi tùy theo loài thực vật nguồn [4, 14, dụng để giải quyết các vấn đề liên quan đến phenol [8, 17, 28, 35, 37, 39,
39, 40],ví dụ., Zidaniet al[40] đã sử dụng 1,4 M NaCl 49]. β-Mercaptoethanol nói riêng được sử dụng rộng rãi, và ngăn chặn sự
trong hạt kê ngọc trai (Pennisetum glaucum) và trùng hợp của tannin cản trở quá trình phân lập theo cách tương tự như
Aljanabi và Martinez [14] đã áp dụng NaCl cao tới 6 M polysaccharid. Ở thực vật có hàm lượng polyphenol cao, chẳng hạn như cà
cho lúa mì giàu polysaccharide (Triticum aestivum) và chua, nho,Arabidopsis, canola, ca cao,vân vân., việc sử dụng chất ức chế
lúa mạch (Hordium vulgaris). NaCl kết hợp với chất tẩy polyphenol oxidase cụ thể, chẳng hạn như DIECA cũng được báo cáo [19,
cation CTAB cũng đã được chứng minh là có lợi trong 35, 46, 50]. Permingeatet al. [46] đã sử dụng glucose làm chất khử trong
việc phân lập DNA từ thực vật giàu polysaccharide [1, bông (Gossypium hirs đờm) để tránh nhiễm bẩn và hóa nâu bởi polyphenol.
41]. CTAB giúp kết tủa DNA bằng cách tạo phức với nó
trong môi trường có cường độ ion thấp, và ở nồng độ
muối cao, nó tạo phức không hòa tan với protein và
hầu hết các polysaccharide có tính axit, để lại axit
nucleic trong dung dịch, sau đó có thể dễ dàng phân 2.2.3 Protein và RNA
lập . Trong các bộ phận của thực vật có quá nhiều Một lượng đáng kể protein và RNA có thể kết tủa với DNA.
polysaccharide, như trong trường hợp củ và hạt, có thể RNA thường được thanh lọc bằng cách sử dụng DNasefree
sử dụng nhựa liên kết polysaccharide để loại bỏ sự ô tụy RNase; nếu điều này không có sẵn, liti clorua có thể được
nhiễm. Rogstadet al.[42] sử dụng các enzym thủy phân sử dụng hiệu quả cho mục đích [27, 31]. Protein thường bị
như pectinase để tiêu hóa chất xúc tác giống pectin loại bỏ bằng cách sử dụng các hóa chất như SDS,

388 © 2007 Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, Weinheim


Biotechnol. J. 2007, 2, 386–392 www.biotechnology-journal.com

DTT và β-mercaptoethanol, phá hủy tổ chức cấu trúc của tách chiết roform và kết tủa bằng etanol sau khi ly giải nhân
protein. Các enzym thủy phân protein như proteinase K cũng để thu được ADN nhân tinh khiết.
thích hợp cho mục đích này vì chúng phá vỡ nhiều loại liên kết
peptit và nhanh chóng vô hiệu hóa DNase và RNase trong
dịch ly giải của tế bào, tạo điều kiện cho việc phân lập DNA có 3 bộ dụng cụ phân lập DNA
trọng lượng phân tử cao. Có thể cần nghiền nguyên liệu thực
vật trong dung dịch đệm chiết SDS có chứa proteinase K Các quy trình liên quan đến việc phân lập hạt nhân hoặc ly
trong trường hợp mô giàu protein, tâm gradient clorua xêzi có thể thu được DNA chất lượng cao
ví dụ., hạt [14, 51]. Các protein thông thường được loại bỏ nhưng rất tốn thời gian. Do đó, một phương pháp nhanh
bằng cách chiết xuất với các dung môi hữu cơ như phenol và chóng và ít tốn kém mà cho ra DNA chất lượng được đa số
chloroform. Hạn chế chính của quy trình này là các đặc tính các nhà sinh học phân tử ngày nay ưa thích [55]. Một tiến bộ
ăn da và độc hại của phenol và cloroform, ngoài ra làm mất đi đáng chú ý trong phương pháp này là sự sẵn có của các bộ
đáng kể lượng mẫu được thấy sau khi chiết phenol. Thomaset phân lập DNA thương mại, dễ sử dụng và mang lại kết quả
al.[52] đề xuất sử dụng ống rào gel để chiết xuất phenol- nhanh chóng và tốt hơn. Chúng được trang bị các thiết bị phá
chloroform an toàn hơn. Một số lượng lớn các quy trình vỡ tế bào cơ học (để tạo nền tốt cho mô), bộ đệm ly giải,
không khuyến nghị sử dụng phenol [6, 14, 53], hoặc khuyến RNase,vân vân. Protein và polysaccharid được loại bỏ bằng
cáo nên tránh sử dụng khi chiết xuất DNA từ các loài thực vật cách kết tủa muối và ly tâm ([16, 25] và www.qiagen.com).
giàu phenol. Trong trường hợp nguyên liệu nguồn có hàm Phần lớn các bộ dụng cụ này sử dụng nhựa chất lượng cao
lượng lipid cao, như hạt dầu, việc khử chất béo nguyên liệu hoặc cột sắc ký dùng một lần, có các quy trình rửa giải khác
trước khi phân lập DNA tỏ ra có lợi, vì lipid tạo thành một lớp nhau ([56] và www.qiagen.com). Các loại nhựa dựa trên
có thể nhìn thấy trên chất đồng nhất và gây khó khăn trong tương tác trao đổi ion / hấp phụ hỗn hợp để tinh chế, sử dụng
quá trình xử lý tiếp theo [54]. silica gel mà DNA liên kết theo cách thuận nghịch khi có mặt
các muối chaotropic và rửa giải trong nước thải đầu ra của cột
2.2.4 DNA ngoài nhân khi được bù nước bằng cách rửa bằng dung dịch đệm nước
Ngoài các chất gây ô nhiễm được mô tả ở trên, DNA của [57]. Các bộ công cụ chuẩn bị nhỏ DNA có thể tự động hóa
lục lạp và ty thể cũng được coi là chất gây ô nhiễm trong quy mô lớn được cung cấp bởi một số công ty: Qiagen,
một số ứng dụng sinh học phân tử quan trọng, như xây Promega, Epibio, Cartagen, Roche, công nghệ sinh học
dựng và sàng lọc thư viện bộ gen, nghiên cứu lai DNA và Epicenter,vân vân. Do đó, có thể thu được DNA tinh khiết
nghiên cứu về biến tính DNA, vân vân., nơi chỉ có thể sử trong vòng khoảng 1 giờ bằng cách sử dụng các bộ dụng cụ
dụng DNA hạt nhân thuần khiết. Đặc biệt lục lạp được coi sẵn sàng sử dụng này, nhưng hầu hết các bộ này không đủ
là chất gây ô nhiễm chính trong các quá trình liên quan hiệu quả về chi phí để sử dụng trên quy mô phòng thí nghiệm
đến thực vật. Để giải quyết vấn đề này, hạt nhân có thể thông thường. Là một giải pháp thay thế rẻ hơn, nhựa có thể
được phân lập trước khi chiết xuất. Ở các loài thực vật được mua với số lượng lớn và đóng gói trong cột thủy tinh
ngoan cố như bông, nho,vân vân., Phân lập DNA thông thông thường hoặc ống tiêm để sử dụng ngay trong các
qua phân lập nhân giảm thiểu các vấn đề ô nhiễm do mức phòng thí nghiệm [10, 11, 58]. Tuy nhiên, kết quả sử dụng bộ
polysaccharide và polyphenolic cao trong tế bào. dụng cụ đôi khi cũng không hiệu quả khi xử lý các loại thực
vật có hàm lượng polysaccharide cao hoặc polyphenolic cao
Hạt nhân có thể được phân lập từ tế bào thực vật như đậu phộng (Arachis hypogea) và các loài thuộc họ Cúc
bằng cách đồng nhất mô thực vật trong một đệm cách ly (Cichorioideae),ví dụ.,Cichorium intybus, Taraxacum officinale
thích hợp có chứa chất bảo vệ thẩm thấu, chất ổn định vàLactuca sativa[8, 11].
màng nhân, và đôi khi là chất tẩy rửa không ion Triton
X-100 [5, 7, 12, 15, 29]. Sự hiện diện của các chất bảo vệ
thẩm thấu như glucose, và sucrose, và các chất ổn định 4 Đánh giá chất lượng và sản lượng DNA
màng như tinh trùng, tinh trùng, và polylysine trong đệm
đồng nhất làm ổn định màng nhân, do đó tạo điều kiện Một loạt các phương pháp có sẵn để đánh giá chất lượng
phân lập các hạt nhân nguyên vẹn bằng cách ly tâm. Việc của DNA được phân lập, bao gồm điện di trên gel, phân
bổ sung Triton X-100 đặc biệt ly giải lục lạp và ti thể, để lại tích quang phổ, phân hủy giới hạn, khuếch đại PCR và kỹ
các hạt nhân nguyên vẹn [7, 12, 15, 50], sau đó có thể thuật sắc ký. Tuy nhiên, đánh giá chủ yếu dựa trên độ
được phân lập bằng cách ly tâm. Viên hạt nhân thu được nhớt và độ trong của dung dịch DNA. Kỹ thuật được sử
sau khi ly tâm sau đó được ly giải bằng cách sử dụng đệm dụng thường xuyên nhất để đánh giá chất lượng là phân
ly giải hạt nhân và DNA thu được bằng phương pháp siêu tích quang phổ của axit nucleic. Nhanh chóng, dễ dàng và
ly tâm gradient cesium clorua [15, 50]. Kỹ thuật này tạo ra tương đối rẻ, nó thường là phương pháp được lựa chọn.
DNA chất lượng cao, nhưng có nhược điểm nổi bật là tốn Tỷ lệ độ hấp thụ ở bước sóng 260/280 nm là 1,8 đối với
kém, mất thời gian và bất tiện. Hầu hết các quy trình phân một mẫu DNA tinh khiết và sự giảm xuống cho thấy sự
lập hạt nhân gần đây không liên quan đến ly tâm clorua nhiễm bẩn bởi (phần lớn) protein, trong khi sự hiện diện
xêzi, mà sử dụng clo- của RNA làm tăng tỷ lệ (trên 2,0) [9, 57].

© 2007 Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, Weinheim 389


Công nghệ sinh học
Biotechnol. J. 2007, 2, 386–392
Tạp chí

Các chế phẩm DNA thực vật có khả năng có tạp chất polysaccharid và một phương pháp sẽ đòi hỏi một thái độ nghệ thuật với một cách tiếp
polyphenol, có thể được phát hiện bằng cách đọc các phép đọc ở bước cận khoa học, điều này sẽ giúp tạo ra các mục tiêu khá thuận tiện cho
sóng 230 nm và 270 nm. Tỷ lệ A260/MỘT230phải lớn hơn 1,8 và tỷ lệ A260/ những người làm công việc sinh học phân tử thực vật.
MỘT270nên nằm trong khoảng từ 1,2 đến 1,3 trong các chế phẩm DNA
không bị nhiễm polysaccharid và polyphenol tương ứng [7, 20, 31, 35].
Gel agarose cũng có thể cho biết các tạp chất như muối, RNA và Một trong các tác giả (AV) muốn cảm ơn Hội đồng Nghiên
carbohydrate. DNA có thể chịu sự phân hủy của enzyme giới hạn vì cứu Khoa học và Công nghiệp, New Delhi, Ấn Độ đã hỗ trợ
DNA giới hạn được coi là DNA tinh khiết đáng kể. Ngoài ra, sắc ký tài chính.
HPLC cũng có thể được sử dụng để phân tích các dung dịch DNA [9],
trong đó không có đỉnh nổi bật ở 230, 270 và 280 nm và đỉnh nổi bật ở
260 nm trong quang phổ sẽ chỉ ra DNA không bị nhiễm bẩn. Sản 6 Tài liệu tham khảo
lượng DNA có thể được xác định bằng phân tích quang phổ, sử dụng
giả thiết rằng độ hấp thụ 1 ở bước sóng 260 nm tương ứng với 50 μg [1] Murray, MG, Thompson, WF, Phân lập nhanh DNA thực vật cao
DNA sợi kép trong 1 mL. Tuy nhiên, vì DNA và RNA đều hấp thụ mạnh phân tử.Axit nucleic Res. 1980,số 8, 4321–4325.
[2] Doyle, JJ, Doyle, JL, Quy trình phân lập nhanh chóng đối với số
ở bước sóng 260 nm và độ hấp thụ tăng lên khi có sự hiện diện của
lượng nhỏ mô lá tươi.Phytochem. Bò đực. 1987,1911–15.
DNA đơn độc, điều này có thể giải thích sai về số lượng. Do đó, kỹ
[3] Rogers, SO, Bendich, AJ, Chiết xuất DNA từ các mô thực vật, trong:
thuật đo quang phổ không được coi là rất chính xác để định lượng Gelvin, SB, Schilperoort, RA (Ed.),Sổ tay hướng dẫn sinh học phân tử
DNA. Ước tính bằng phương pháp đo lưu lượng DNA bằng thuốc thực vật, A6, Nhà xuất bản Học thuật Kluwer, Boston 1988, trang 1–10.
nhuộm Hoechst 33258 được coi là một lựa chọn tốt hơn. Ngoài ra, ước [4] Lodhi, MA, Ye, GN, Weeden, NF, Reisch, BI, Một phương pháp đơn
tính có thể thu được bằng cách sử dụng gel agarose với các nồng độ giản và hiệu quả để tách chiết DNA từ cây nho,Vitis loài và
khác nhau của chất chuẩn được nạp trong các giếng riêng biệt; ở đây Ampelopsis.Mol thực vật. Biol. Trả lời. 1994,12,6–13.
[5] Gilmartin, PM, Bowler, C. (Eds.),Sinh học thực vật phân tử, tập 1, Nhà
giả định là cường độ dải tần của chúng tỷ lệ với lượng mẫu được tải.
xuất bản Đại học Oxford, Oxford 2002.
ước tính có thể thu được bằng cách sử dụng gel agarose với các nồng
[6] Williams, CE, Ronald, PC, PCR khuôn mẫu-DNA được phân lập nhanh
độ khác nhau của chất chuẩn được nạp trong các giếng riêng biệt; ở chóng từ lá một lá mầm và lá hai lá mầm mà không đồng nhất mô.Axit
đây giả định là cường độ dải tần của chúng tỷ lệ với lượng mẫu được nucleic Res.1994,22,Năm 1917–1918.
tải. ước tính có thể thu được bằng cách sử dụng gel agarose với các [7] Peterson, DG, Boehm, KS, Stack, SM, Phân lập số lượng miligam DNA
nồng độ khác nhau của chất chuẩn được nạp trong các giếng riêng hạt nhân từ cà chua (Lycopersicon esculentum), một loại cây có chứa
hàm lượng cao các hợp chất polyphenolic.Mol thực vật. Biol. Trả lời.
biệt; ở đây giả định là cường độ dải tần của chúng tỷ lệ với lượng mẫu
1997,15,148–153.
được tải.
[8] Michiels, A., Van den Ende, W., Tucker, M., Van Riet, L.et al.,Tách
chiết DNA bộ gen chất lượng cao từ thực vật chứa mủ. Hậu môn.
Hóa sinh. 2002,315,85–89.
5. Kết Luận [9] Puchooa, D., Khoyratty, SS, tách chiết DNA bộ gen từVictoria
amazonica.Mol thực vật. Biol. Trả lời. 2004,22,195a – 195j.
Xem xét các yếu tố khác nhau liên quan, quy tắc ngón tay cái vẫn [10] Sangwan, NS, Sangwan, RS, Kumar, S., Phân lập DNA bộ gen từ
cây sốt rétArtemisia annua.Mol thực vật. Biol. Trả lời. 1998,16,1–8.
sử dụng 'những gì hiệu quả' cho cây trồng quan tâm. Bất kỳ quy
trình nào, dù liên quan đến ly tâm cesium clorua kéo dài, phân lập
[11] Sharma, KK, Lavanya, M., Anjaiah, V., Một phương pháp phân lập và tinh sạch
hạt nhân, thuốc thử đắt tiền, dung môi hữu cơ hoặc bộ dụng cụ DNA đậu phộng thích hợp cho các ứng dụng phân tích.Mol thực vật. Biol. Trả
phân lập DNA, chỉ được chứng minh là xứng đáng khi nó tạo ra lời.2000,18,393a – 393h.
DNA không bị nhiễm độc, tốt nhất là trong thời gian ngắn. Các [12] Hanania, U., Velcheva, M., Sahar, N., Perl, A., Một phương pháp cải tiến để

nhà nghiên cứu nói chung theo đuổi các giao thức cơ bản [1–3] và phân lập DNA chất lượng cao từVitis viniferacác hạt nhân.Mol thực vật. Biol.
Trả lời.2004,22,173–177.
kết hợp các sửa đổi theo yêu cầu của họ. Khi vật lộn với các chất
[13] Sarwat, M., Negi, MS, Lakshmikumaran, M., Tyagi, AKet al., Một
chuyển hóa thứ cấp, những thay đổi quan trọng thường liên quan
giao thức chuẩn hóa để phân lập DNA bộ gen từTerminalia arjuna
đến việc thay đổi nồng độ của thuốc thử như CTAB, NaCl, PVP và để phân tích đa dạng di truyền.Êlectron. J. Biotech. 2006,9, 86–91.
các chất chống oxy hóa khác, enzym thủy phân, thanh lọc cột, v.v.,
có thể thay đổi theo cây trồng và thậm chí cả các mô trong cây. [14] Aljanabi, SM, Martinez, I., Khai thác muối phổ quát và nhanh chóng của DNA
Mặc dù có những ví dụ về quy trình đã được áp dụng cho nhiều bộ gen chất lượng cao cho các kỹ thuật dựa trên PCR.Axit nucleic Res. 1997,

loài thực vật khác nhau [14, 19, 31, 33], sự không đồng nhất về 25, 4692–4693.
[15] Jofuku, KD, Goldberg, RB, Phân tích cấu trúc gen thực vật, trong: Shaw,
mặt hóa học và tính đa dạng của các hệ thống thực vật khiến cho
CH (Ed.),Sinh học phân tử thực vật, một cách tiếp cận thực tế, IRL
một phương pháp duy nhất được sử dụng phổ biến để phân lập
Press, Oxford 1988, trang 37–41.
DNA bộ gen thực vật có thể hạn chế là rất khó. Do đó, có nghĩa vụ [16] Bhattacharjee, R., Kolesnikova-Allen, M., Aikpokpodion, P., Taiwo, S. et al., Một
phát triển một phương pháp phổ rộng tiềm năng có hiệu quả về phương pháp nhanh chóng bán tự động được cải tiến để chiết xuất DNA bộ
chi phí, tránh sử dụng thuốc thử nguy hiểm, ít tốn thời gian hơn gen để phân tích chỉ thị phân tử trong Ca cao,Theobroma cacaoL.Mol thực
và quan trọng nhất là có thể phù hợp với nhiều nguồn thực vật. vật. Biol. Trả lời.2004,22,435a – 435h.

Thiết kế của như vậy có thể liên quan đến nhiều nguồn thực vật. [17] Wang, XD, Wang, ZP, Zou, YP, Một quy trình cải tiến để phân lập
DNA hạt nhân từ lá của cây nho dại được làm khô bằng silica gel.
Thiết kế của như vậy có thể liên quan đến nhiều nguồn thực vật.
Mol thực vật. Biol. Trả lời. 1996,14,369–373.
Thiết kế của như vậy

390 © 2007 Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, Weinheim


Biotechnol. J. 2007, 2, 386–392 www.biotechnology-journal.com

[32] Kang, TJ, Yang, MS, Trích xuất nhanh chóng và đáng tin cậy DNA bộ gen
Shrivastavacó bằng tiến sĩ sau
từ các loại cây dại và cây chuyển gen khác nhau.BMC Biotechnol. 2004,
đại học về khoa học thực vật 4, 20.
Các lĩnh vực nghiên cứu của cô là [33] Manen, JF, Sinitsyna O., Aeschbach, L., Marlov, AV,et al., Một phương pháp
khoa học thực vật, sinh học phân enzym hoàn toàn có thể tự động hóa để tách chiết DNA từ các mô thực vật.

tử và hóa học và dược lý học. BMC Plant Biol. 2005,5, 23.


[34] Bằng sáng chế Hoa Kỳ số 5352777, phân lập DNA từ tế bào động vật.
sở thích tìm kiếm cũng bao gồm
[35] Chen, DH, Ronald, PC, Một phương pháp phân tích ngắn DNA nhanh chóng
ngành dược học. Hiện tại, cô làm việc như
thích hợp cho AFLP và các ứng dụng PCR khác.Mol thực vật. Biol. Trả lời.
một nhà khoa học thực vật tại Trung tâm 1999,17,53–57.
PERD BV Patel, Ahmedabad. Cô có 37 ấn [36] Pirttila, AM, Hirsikorpi, M., Kamarainen, T., Jaakola, L.et al.,Phương pháp
phẩm, bao gồm các bài báo nghiên cứu, phân lập ADN cây thuốc và cây thơm.Mol thực vật. Biol. Trả lời. 2001,
được mời đánh giá, các chương trong cuốn sách và chuyên khảo. Cô đã 19,273a – 273f.
[37] Puchooa, D., Một phương pháp đơn giản nhanh chóng và hiệu quả để
hướng dẫn nhiều sinh viên làm luận văn tốt nghiệp. Cô ấy có ba sinh viên
tách chiết DNA bộ gen từ vải thiều (Vải chinensisCon trai.).Afr. J.
làm việc với cô ấy cho chương trình tiến sĩ.
Biotechnol. 2004,3,253–255.
[38] Chakraborty, D., Sarkar, A., Gupta, S., Das, S., Quy trình phân lập
DNA bộ gen quy mô nhỏ và lớn cho đậu xanh (Cicer arietinumL.),
[18] Sharma, AD, Gill, PK, Singh, P., phân lập DNA từ các mẫu khô và tươi thích hợp cho phân tích chỉ thị phân tử và chuyển gen.Afr. J.
của thực vật giàu polysaccharide.Mol thực vật. Biol. Trả lời. 2002,20, Biotechnol.2006,5,585–589.
415a – 415f. [39] Fang, G., Hammer, S., Grumet, R., Một phương pháp nhanh chóng và rẻ
[19] Stewart, CN, Jr., Chiết xuất nhanh DNA từ thực vật, trong: Micheli, M. tiền để loại bỏ polysaccharide khỏi DNA bộ gen thực vật.Công nghệ
R., Bova, R. (Ed.),Phương pháp lấy dấu vân tay dựa trên PCR được sơn sinh học1992,13, 52–54.
lót tùy ý, Springer, Heidelberg 1997, trang 25–28. [40] Zidani, S., Ferchichi, A., Chaieb, M., Phương pháp tách chiết DNA
[20] Singh, M., Bandana, Ahuja, PS, Phân lập và khuếch đại PCR của DNA bộ bộ gen từ cây kê ngọc trai (Pennisetum glaucum) lá.Afr. J.
gen từ các mẫu trà khô trên thị trường.Mol thực vật. Biol. Trả lời. 1999, Biotechnol. 2005,4,862–866.
17,171–178. [41] Syamkumar, S., Lowarence, B., Sasikumar, B., Phân lập và khuếch
[21] Tel-Zur, N., Abbo, S., Myslabodski, D., Mizrahi, Y., Quy trình CTAB sửa đại DNA từ thân rễ của nghệ và gừng.Mol thực vật. Biol. Trả lời.
đổi để phân lập DNA từ xương rồng Epiphytic của chiHylocereusvà 2003,21,171a – 171e.
Selenicereus(Họ Xương rồng).Mol thực vật. Biol. Trả lời.1999, [42] Rogstad, SH, Keane, B., Keiffer, CH, Hebard, F.,et al.,Tách chiết DNA từ
17,249–254. thực vật: Việc sử dụng pectinase.Mol thực vật. Biol. Trả lời. 2001,
[22] Warude, D., Chavan, P., Joshi, K., Patwardhan, B., phân lập DNA từ các 19,353–359.
mẫu tươi và khô với dịch chiết mô có tính axit cao.Mol thực vật. Biol. [43] John, ME, Một phương pháp hiệu quả để phân lập RNA và DNA từ
Trả lời. 2003,21, 467a – 467f. thực vật có chứa polyphenol.Axit nucleic Res. 1992,20, 2381.
[23] Cheng, YJ, Guo, WW, Yi, HL, Pang, XMet al., Một quy trình hiệu quả để [44] Kim, CS, Lee, CH, Shin, JS, Chung, YSet al., Một phương pháp đơn giản
tách chiết DNA bộ gen từ các loài cam quýt.Mol thực vật. Biol. Trả lời. và nhanh chóng để phân lập DNA bộ gen chất lượng cao từ cây ăn quả
200321, 177a – 177 gam. và cây lá kim bằng cách sử dụng PVP.Axit nucleic Res. 1997,25, 1085–
[24] Mace, ES, Buhariwalla, HK, Crouch, JH, Một quy trình tách chiết DNA thông 1086.
lượng cao cho các chương trình nhân giống phân tử nhiệt đới. Mol thực vật. [45] Porebski, S., Bailey, LG, Baum, BR, Sửa đổi quy trình tách chiết
Biol. Trả lời.2003,21,459a – 459 giờ. DNA CTAB cho thực vật có chứa thành phần polysaccharide và
[25] Karakousis, A., Langridge, P., Một phương pháp chiết xuất DNA thực vật thông lượng polyphenol cao.Mol thực vật. Biol. Trả lời. 1997,15,8–15.
cao để phân tích điểm đánh dấu.Mol thực vật. Biol. Trả lời. 2003,21, 95a – 95f. [46] Permingeat, HR, Romagnoli, MV, Vallejos, RH, Một phương pháp đơn giản để
phân lập DNA chất lượng và năng suất cao từ bông (Gossypium hirs đờmL.)
[26] Wilson, K., Walker, J. (Biên tập):Các nguyên tắc và kỹ thuật của Hóa sinh rời đi.Mol thực vật. Biol. Trả lời.1998,16,1–6.
thực hành,Nhà xuất bản Đại học Cambridge, New York 1994, trang 17– [47] Pich, U., Schubert, I., Phương pháp Midiprep để phân lập DNA từ
18. thực vật có hàm lượng polyphenol cao.Axit nucleic Res. 1993,21,
[27] Barnwell, P., Blanchard, AN, Bryant, JA, Smirnoff, N.et al.,Phân lập 3328.
DNA từ cây mọng nước có nhiều chất nhầySedum tele.Mol thực [48] Basak, J., Das, M., Ghose, TK, Pal, A., Một phương pháp phân lập DNA
vật. Biol. Trả lời. 1998,16,133–138. tương thích PCR hiệu quả và năng suất cao để điều tra công nghệ sinh
[28] Dixit, A., một quy trình đơn giản và nhanh chóng để phân lậpRau dền DNA học từ các cây quan trọng về kinh tế, tại: D'Souza, L., Anuradha, M.,
thích hợp để phân tích dấu vân tay.Mol thực vật. Biol. Trả lời. 1998,16, 1–8. Nivas, S., Hegde, S., Rajendra, K. (Eds.),Công nghệ sinh học cho tương
lai tốt đẹp hơn, Nhà xuất bản SAC, Mangalore 2004, trang 99–105.
[29] Chaudhry, B., Yasmeen, A., Husnain, T., Riazuddin, S., Tách chiết DNA bộ [49] Suzuki, Y., Hibino, T., Kawazu, T., Wada, T.et al.,Tách chiết RNA tổng số
gen quy mô nhỏ từ bông.Mol thực vật. Biol. Trả lời. 1999,17, 1–7. từ lá của cây Bạch đàn và một số cây thân gỗ và thân thảo khác bằng
cách sử dụng natri iso ascorbate.Công nghệ sinh học2003,34, 988–993.
[30] Kuta, DD, Kwon-Ndung, E., Dachi, S., Bakare, O.et al.,Tối ưu hóa
các giao thức để tách chiết DNA và phân tích RAPD ở Tây Phi fonio [50] Bryant, JA, chiết xuất DNA, trong: Dey, PM, Harbourne, JB (Eds.), Các phương
(Digitaria exilisvàDigitaria iburua) mô tả đặc tính của tế bào mầm. pháp trong Hóa sinh thực vật, Tập 10b, Academic Press, San Diego 1997,
Afr. J.Biotechnol. 2005,4, 1368–1371. trang 1–12.
[31] Ahmad, SM, Ganaie, MM, Qazi, PH, Verma, V.et al.,Quy trình phân [51] Thangjam, R., Maibam, D., Sharma, JG, Một phương pháp đơn giản và nhanh chóng
lập DNA nhanh chóng cho cây hạt kín.Bulgari. J. Plant Physiol. để phân lập DNA từ phôi được ngâm trong môi trườngParkia timoriana(DC.) Merr.
2004,30,25–33. để phân tích PCR.Thực phẩm, Agric. Môi trường. 2003,1, 36–38.

© 2007 Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, Weinheim 391


Công nghệ sinh học
Biotechnol. J. 2007, 2, 386–392
Tạp chí

[52] Thomas, SM, Moreno, RF, Tilzer, LL, chiết xuất DNA bằng dung [55] Hosaka K., Một phương pháp chiết xuất DNA dễ dàng, nhanh chóng và rẻ
môi hữu cơ trong ống rào gel.Axit nucleic Res. 1989,17,5411. tiền, chiết xuất DNA trong một phút cho PCR ở khoai tây.Là. J. Potato Res.
[53] Richards, EJ, Chuẩn bị DNA bộ gen từ các mô thực vật, trong: 2004,81,17–19.
Ausubel, FM, Brent, R., Kingston, RE, More, DD, (Eds.),Các giao [56] Đơn xin PCT số. WO 00/63362 Bộ tách chiết DNA từ tính cho thực
thức ngắn trong sinh học phân tử, John Wiley và Sons Inc., New vật.
York 1990, tr. 60. [57] Sambrook, J., Russell, DW (Eds.),Nhân bản phân tử, Tập 1. Nhà xuất bản
[54] Sangwan, RS, Yadav, U., Sangwan, NS, Phân lập DNA bộ gen từ bã hạt Phòng thí nghiệm Cold Spring Harbor, Cold Spring Harbor 2001.
dầu đã khử chất béo của cây thuốc phiện (Papaver sominiferum).Mol [58] Rogstad, SH, Tách chiết DNA thực vật bằng silica.Mol thực vật. Biol. Trả lời.
thực vật. Biol. Trả lời. 2000,18, 265–270. 2003,21,463a – 463 gam.

392 © 2007 Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, Weinheim

You might also like