Professional Documents
Culture Documents
ADN vµ ARN
trong n-íc
ADN, ARN vµ
Phenol
Protein
protein trong trong
pha n-íc phenol
Phản ứng PCR giúp phân lập nhanh các đoạn ADN đích
• Số lượng bản sao phân đoạn ADN đích được nhân
gấp đôi sau mỗi chu kỳ PCR
Mồi xuôi
Mồi ngược
Sau mỗi chu kỳ lượng ADN đích
tăng gấp đôi
Tách chiết và tinh sạch ADN từ mẫu,
bổ sung ADN polymerase, cặp mồi
oligonucleotide và bốn loại dNTP
(dATP, dGTP, dCTP và dTTP)
1. 94oC trong
Phản ứng trùng hợp kéo 3 – 5 phút
dài bắt đầu tự vị trí của mồi (chu kỳ đầu)
hoặc 30’ (các
3. 72oC chu kỳ sau)
trong
2– 5
phút
2. 50oC-60oC
trong 1– 2
phút
Giai đoạn biến tính Giai đoạn bắt cặp Giai đoạn kéo dài chuỗi
ADN được nhân dòng theo cấp số nhân
1
bản sao
2
bản sao
4
bản sao
8
bản sao
16
32
64
Ứng dụng của PCR
• Lập bản đồ gen
• Xác định kiểu gen
• Phân tích các trình tự ADN
• Các nghiên cứu tiến hóa
– So sánh các trình tự tương đồng giữa các loài có
quan hệ với nhau
– So sánh trình tự từ các nguồn mẫu khác nhau
– Nghiên cứu đa dạng di truyền
• Chẩn đoán bệnh di truyền / bệnh truyền nhiễm
CÁC KỸ THUẬT PHÂN TÍCH AXIT NUCLEIC
40%
ThÓ ®ét biÕn 1
70%
khã biÕn tÝnh h¬n
Kỹ thuật điện di xung trường Kỹ thuật điện di biến tính gradient DGGE
(Pulse-field electrophoresis) (Denaturing gradient gel electrophoresis)
6 bp
8 bp
3 kb
2 kb
0.7 kb
Log kích thước của ADN tỉ lệ nghịch với khoảng cách di chuyển (X).
Khoảng cách di chuyển và mức độ phân tách phụ thuộc vào nồng độ agarose.
Mối quan hệ giữa kích thước phân tử ADN và
khoảng cách di chuyển trên trường điện di
http://chsweb.lr.k12.nj.us/psidelsky/dnagraphing.ht
CÁC KỸ THUẬT PHÂN TÍCH AXIT NUCLEIC
Đặc điểm Thường dạng sợi kép: Mạch đơn Mạch đơn
của vật liệu 0,1 – vài trăm kb với mẫu dò (thường dài vài (thường dài 10 – 50
nhân dòng tế bào; 0,1 – 20 kb
khởi đầu với mẫu dò nhân dòng PCR
nghìn nucleotide) nucleotide)
Kỹ thuật Dùng phản ứng tổng hợp Phiên mã từ ADN Đánh dấu đầu cuối
đánh dấu ADN nhờ ADN polymerase được nhân dòng (vd: dùng kinase)
Vi khuẩn
Phân giải tế
bào/vi khuẩn và
biến tính ADN
Các bazơ Kiềm + protease
Màng
không bắt cặp (80oC, 2h /
chiếu UV)
Phim tia X
Mẫu dò
phóng xạ
Màng
Màng được rửa rồi chụp Xác định tế bào / khuẩn lạc
bằng phim tia X dương tính
Chuyển tế bào / vi
khuẩn sang môi trường
nuôi cấy để tiếp tục
Ảnh phóng xạ tự chụp Cấy chuyển khuẩn phân tích hoặc dùng
cho biết tế bào/ khuẩn lạc mang lạc/tế bào mang ADN tái cho nghiên cứu khác
ADN tái tổ hợp được quan tâm tổ hợp lai với mẫu dò
CÁC KỸ
THUẬT PHÂN
TÍCH AXIT
NUCLEIC Bazơ
nitơ
c) Phân tích bằng phần mềm máy tính để xác định gen đáp ứng với thuốc
Bazơ
nitơ
cADN
b) Phát hiện sản phẩm lai ADN - cADN từ tế
bào
được
Kết cặp xử lý
cADN từ ADN
cADN
tế bào chip
không
được xử lý
c) Phân tích bằng phần mềm máy tính để xác định gen đáp ứng với thuốc / gen
ung thư, v.v
Nhãm khãa
®Çu C5’-OH
Phosphoamidite
Nhãm diisopropylamino
Hai phương ph¸p tæng hîp hãa häc c¸c gen hoµn chØnh
Đánh dấu
phóng xạ Mồi oligonucleotide + ADN polymerase, dATP, dGTP, dCTP & dTTP
Chia hỗn hợp vào 4 ống rồi bổ sung mỗi loại ddNTP vào mỗi ống
Nguyên lý của
phương pháp
Sanger (2)
Các sản phẩm của phản ứng Mạch khuôn
Máy tính đọc trình tự bổ sung với mạch khuôn theo chiều từ trái
qua phải (tương ứng chiều 5’ 3’). Chương trình máy tính tự
động suy ra trình tự mạch khuôn. Các nucleotide bị “nhiễu”
được ghi là “N” và đôi khi có thể suy luận được bằng các kỹ
thuật bổ trợ hoặc bởi cán bộ nghiên cứu giàu kinh nghiệm.
Giải trình tự các phân đoạn dài
Q&A