Enzymologia

Budowa enzymów
(HOLOENZYM) (KOFAKTOR)

NAD, FAD, NADP, ATP, Jony nieorganiczne

witaminy (Zn2+, Mg2+, K+, Mn2+)
 Grupy funkcyjne
aminokwasów wiążące
niekowalencyjnie
cząsteczki substratu
Mechanizm działania enzymów

Jak nazywa się taki model dynamicznego

dopasowania enzymu i substratu?
Model indukowanego dopasowania
Mechanizm działania enzymów

Jak nazywa się model niezmiennego dopasowania

enzymu i substratu?
Model klucza i zamka
Zadanie. (0-1 pkt) (CKE 2017)
Na schemacie przedstawiono fragment cząsteczki białka o strukturze III-rzędowej
oraz warunkujące tę strukturę różne oddziaływania występujące pomiędzy
łańcuchami bocznymi aminokwasów: wiązania chemiczne oparte na przyciąganiu
elektrostatycznym (1), wiązania kowalencyjne (2), interakcje hydrofobowe (3) i
oddziaływania jonowe (4).

Na przykładzie enzymów białkowych wyjaśnij, w jaki sposób struktura

przestrzenna białka warunkuje jego funkcję katalityczną. W odpowiedzi
uwzględnij mechanizm działania enzymów.
• 1 p. – za poprawne wyjaśnienie uwzględniające
(1) odpowiednią konformację łańcucha lub centrum aktywne,
(2) dopasowanie przestrzenne enzymu i substratu (specyficzność substratową enzymu),
(3) obniżenie energii aktywacji reakcji lub zachodzenie określonej reakcji (specyficzność
reakcji).
• 0 p. – za odpowiedź, która nie spełnia powyższych wymagań, lub za brak odpowiedzi.

Przykładowe rozwiązania
• Do utworzonego centrum aktywnego enzymu „pasują” określone substraty i zachodzi
konkretna reakcja.
• Odpowiednia struktura przestrzenna enzymu warunkuje specyficzność kompleksu
enzym-substrat (E-S), co zapewnia powstanie konkretnego produktu.
• Dzięki odpowiedniemu sfałdowaniu łańcucha polipeptydowego enzymy przyłączają w
centrum aktywnym substraty na zasadzie dopasowania przestrzennego, dzięki czemu
obniżona zostaje energia aktywacji reakcji.
• W centrum aktywnym enzymu występują określone łańcuchy boczne aminokwasów z
różnych odcinków peptydu, co warunkuje przyłączenie odpowiednich substratów i
zachodzenie konkretnej reakcji, np. hydrolizy.
Uwaga:
Nie uznaje się odpowiedzi odnoszących się wyłącznie do dopasowania przestrzennego
enzymu i substratu bez określenia, jakie ma to znaczenie dla mechanizmu działania enzymu,
lub tłumaczących katalizę jedynie przyspieszaniem reakcji (tautologia).
 Powinowactwo E-S
Co jest miarą powinowactwa enzymu do substratu?
Stała Michaelisa
 Stała Michaelisa
szybkość
reakcji

stężenie
substratu

Przy którym stężeniu substratu reakcja zachodzi:

a) najszybciej
b) najwolniej ?

a) Km=0,1
WNIOSEK?
b) Km=2
 Stała Michaelisa
szybkość
reakcji

stężenie
substratu

Im mniejsza wartość Km, tym większe powinowactwo

enzymu do substratu, ponieważ mniejsze stężenie
substratu jest potrzebne do osiągnięcia połowy
maksymalnej szybkości reakcji.
 Zadanie
Stała Michaelisa (Km) jest miarą powinowactwa enzymu do
substratu – im większe powinowactwo wykazuje enzym, tym
mniejsze jest stężenie substratu, przy którym szybkość reakcji jest
równa połowie szybkości maksymalnej.
W tabeli przedstawiono wartości stałej Michaelisa dla czterech
różnych substratów reakcji katalizowanych przez określony enzym.
Uszereguj substraty według wzrastającego powinowactwa
enzymu do tych substratów, wpisując w tabelę numery 1–4.

2
1
4
3
 Zadanie
Enzymy mają zdolność obniżania energii aktywacji przez co
ułatwiają zainicjowanie reakcji. Szybkość reakcji enzymatycznej
(przy stałym stężeniu enzymu, pH i temperaturze) zależy od
stężenia substratu. Stała Michaelisa (KM) to takie stężenie
substratu, przy którym reakcja osiąga połowę szybkości
maksymalnej – V max – w warunkach optymalnych. Poniższy
wykres ilustruje zależność między szybkością reakcji a stężeniem
substratu.

Na podstawie danych z wykresu podaj wartość KM. 1,5

Na wykresie przedstawiono szybkość reakcji enzymatycznych dla dwóch enzymów
(A i B) w zależności od stężenia substratu.
a) Określ, który z dwóch enzymów przedstawionych na wykresie – A czy B –
wykazuje większe powinowactwo do substratu. Odpowiedź uzasadnij,
korzystając z przedstawionych informacji.
Na wykresie przedstawiono szybkość reakcji enzymatycznych dla dwóch enzymów
(A i B) w zależności od stężenia substratu.

b) Wyjaśnij, dlaczego przy pewnym stężeniu substratu szybkość reakcji

enzymatycznej przestaje rosnąć.
 Liczba obrotów enzymu
• Liczba obrotów enzymu (aktywność
molekularna) – liczba cząsteczek substratu,
które w danej jednostce czasu mogą zostać
przekształcone w produkt przez enzym w pełni
wysycony substratem.
 Aktywacja enzymów
• Aktywatory – (jony metali, białka) zmieniają
strukturę przestrzenną centrum aktywnego,
co pozwala na przyłączenie określonych
substratów
• Mg2+, Zn2+, Ca2+
 Aktywacja proenzymów
ATP
ATP
ENZYM
NIEAKTYWNY

FOSFATAZA KINAZA

ENZYM
AKTYWNY
P ADP
ADP
Który typ fosforylacji ma miejsce?
UZASADNIJ ODPOWIEDŹ
PROENZYM (ZYMOGEN) ENZYM
ZNACZENIE?
Zapobieganie uszkodzeń narządów, w których są wytwarzane
Hydroliza wiązań peptydowych pod wpływem kwaśnego
środowiska
Obrane surowe ziemniaki ciemnieją w kontakcie z powietrzem. Proces ten
związany jest z działaniem obecnej w bulwach ziemniaka oksydazy polifenolowej
– enzymu, który katalizuje reakcje utleniania zawartych w bulwach związków
polifenolowych.
Wyjaśnij, dlaczego ugotowane ziemniaki nie ciemnieją w kontakcie z
powietrzem.

W trakcie gotowania ziemniaków pod wpływem wysokiej temperatury zostaje zniszczona

struktura III-rzędowa enzymów i tracą one aktywność, a więc nie mogą katalizować reakcji
utleniania związków polifenolowych.
 INHIBICJA

NIEODWRACALNA ODWRACALNA

NIEKOMPETYCYJNA
KOMPETYCYJNA
 INHIBICJA NIEODWRACALNA
• Inhibitor tworzy z enzymem trwałe wiązanie
kowalencyjne
• Przykłady:
– Penicylina nieodwracalnie hamuje działalność
enzymu niezbędnego do syntezy ściany
komórkowej bakterii
– Składniki gazów bojowych paraliżujących układ
nerwowy hamują enzymy uczestniczące w
przekaźnictwie nerwowym
INHIBICJA ODWRACALNA

W jaki sposób można

znieść inhibicję?
**INHIBICJA ALLOSTERYCZNA
centrum aktywne

miejsce regulatorowe
enzym
(allosteryczne)
AKTYWATOR INHIBITOR

SUBSTRAT
 INHIBICJA PRZEZ UJEMNE SPRZĘŻENIE
ZWROTNE

Enzym 1 Enzym 2 Enzym 3 Enzym 4

SUBSTRAT A B C PRODUKT

Nadmiar produktu hamuje działanie

enzymu 1
„Czego Jaś się nie nauczy…”
Na schemacie przedstawiono ciąg reakcji enzymatycznych.

Każdy etap tego ciągu jest katalizowany przez inny enzym. Produkt
końcowy ciągu reakcji (D) może hamować aktywność enzymu 1.
Wyjaśnij, w jaki sposób na przebieg tego ciągu reakcji wpłynie:
a) sukcesywne odprowadzanie produktu D z miejsca reakcji
Sukcesywne odprowadzanie produktu D będzie umożliwiało
dalszy przebieg ciągu reakcji (do wyczerpania się substratu A).

b) wzrastające stężenie produktu D

Wzrastające stężenie produktu D będzie (coraz silniej)
hamować aktywność enzymu 1, aż w końcu zahamuje /
uniemożliwi przebieg reakcji.
Zadanie. (0-2 pkt) (CKE 2017 stara)
Enzymy mogą być regulowane za pośrednictwem efektorów, które przyłączają się do
enzymu w innym miejscu niż centrum aktywne – w tzw. centrum allosterycznym. Ta
regulacja może polegać na hamowaniu lub aktywowaniu enzymów. W szlaku
metabolicznym aktywność enzymów allosterycznych jest często regulowana przez końcowe
produkty tego szlaku. Na schemacie przedstawiono sposób regulacji allosterycznej enzymu
katalizującego pierwszy etap szlaku metabolicznego, składającego się łącznie z trzech
różnych reakcji enzymatycznych. Końcowy produkt jest efektorem pierwszego enzymu
szlaku.

a) Określ, czy efektor, którego działanie zilustrowano na schemacie, ma charakter

aktywatora, czy – inhibitora. Odpowiedź uzasadnij, uwzględniając zmiany
struktury przestrzennej tego enzymu.

b) Wyjaśnij, w jaki sposób nadmiar produktu końcowego wpłynie w opisanym

przypadku na łańcuch katalizowanych reakcji.
a) Określ, czy efektor, którego działanie zilustrowano na schemacie, ma
charakter aktywatora, czy – inhibitora. Odpowiedź uzasadnij,
uwzględniając zmiany struktury przestrzennej tego enzymu.

1 p. – za poprawne określenie, że efektor jest inhibitorem, wraz z uzasadnieniem

odnoszącym się do jego wpływu na zmianę struktury przestrzennej centrum
aktywnego enzymu, co uniemożliwia przyłączenie się substratu lub powoduje
unieczynnienie enzymu.
0 p. – za odpowiedź, która nie spełnia powyższych wymagań, lub za brak
odpowiedzi.

Przykładowe odpowiedzi
• Efektor ma charakter inhibitora, ponieważ jego przyłączenie się do centrum
allosterycznego powoduje zmianę kształtu centrum aktywnego enzymu i substrat
nie może się do enzymu przyłączyć.
• Ma charakter inhibitora, ponieważ przyłączając się do enzymu zmienia jego
centrum aktywne, co powoduje dezaktywację enzymu.
b) Wyjaśnij, w jaki sposób nadmiar produktu końcowego wpłynie w
opisanym przypadku na łańcuch katalizowanych reakcji.

Przykładowe odpowiedzi
Produkt końcowy łączy się z pierwszym enzymem i powoduje, że reakcja
katalizowana przez ten enzym zostaje zahamowana, a przez to cały łańcuch
reakcji przestaje funkcjonować.
Hamowanie przez produkt końcowy ma charakter ujemnego sprzężenia
zwrotnego – nadmiar produktu, łącząc się z centrum allosterycznym pierwszego
enzymu, wpływa hamująco na pierwszy enzym szlaku metabolicznego, hamując
tym samym zachodzenie kolejnych reakcji łańcucha.

Uwaga:
Nie uznaje się
odpowiedzi ogólnych, nieodnoszących się do wpływu produktu końcowego na
aktywność pierwszego enzymu, np. „Nadmiar produktu końcowego spowoduje
zatrzymanie katalizowanej reakcji z powodu zahamowania pierwszego jej etapu.”
 SZLAKI METABOLICZNE
LINIOWY

Enzym 1 Enzym 2 Enzym 3 Enzym 4

SUBSTRAT A B C PRODUKT

• Ciągi reakcji w jednym kierunku

• Prowadzi do rozkładu lub syntezy
 SZLAKI METABOLICZNE
CYKLICZNY

• Odtworzenie jednego ze związków chemicznych, który staje się

produktem końcowym i jednocześnie substratem dla reakcji
kolejnego szlaku
Szlaki metaboliczne
Metabolizm
Jak aktywność enzymatyczna zależy
od pH i temperatury?
aktywność enzymatyczna

Temperatura [C]
 Zatrucie metanolem jest dla organizmu człowieka bardzo groźne,
ponieważ produkty jego utleniania (aldehyd mrówkowy i kwas
mrówkowy) są silnie toksyczne. Utlenianie metanolu katalizuje
dehydrogenaza alkoholowa. Enzym ten katalizuje również proces
utleniania etanolu, ale produktem tej reakcji jest aldehyd octowy,
który jest znacznie mniej toksyczny dla organizmu człowieka. Pierwsza
pomoc osobom, u których podejrzewa się zatrucie metanolem, polega
na jak najszybszym podaniu około 100 ml alkoholu etylowego.
Zaznacz rodzaj hamowania aktywności (inhibicji) dehydrogenazy
alkoholowej, który występuje po podaniu etanolu osobom zatrutym
metanolem. Odpowiedź uzasadnij, odwołując się do mechanizmu
tego procesu.
(A) inhibicja kompetycyjna
(B) inhibicja niekompetycyjna
• Ponieważ metanol i etanol konkurują o centrum aktywne tego enzymu.
• Oba alkohole mają podobną budowę i przyłączają się do centrum
aktywnego dehydrogenazy alkoholowej, która katalizuje ich utlenianie.
Wyjaśnij, w jaki sposób wprowadzenie etanolu do organizmu osoby,
która wypiła metanol, zmniejsza groźne skutki działania metanolu.

• Cząsteczki etanolu łączące się z dehydrogenazą alkoholową

zmniejszają możliwość przyłączenia do niego metanolu,
ograniczając w ten sposób ilość powstających szkodliwych
produktów utleniania metanolu.
• Po spożyciu etanolu zmniejsza się tempo wytwarzania silnie
toksycznego aldehydu i kwasu mrówkowego, gdyż cząsteczki
etanolu łączą się z dehydrogenazą alkoholową, ograniczając
przyłączanie się metanolu.
Uwaga:
Nie uznaje się odpowiedzi zawierających błąd merytoryczny
polegający na stwierdzeniu, że w ogóle nie będzie powstawał
aldehyd / kwas mrówkowy.
Z odpowiedzi zdającego powinno wynikać, że rozumie ilościowy
charakter tego procesu – zmniejsza się jedynie tempo katalizy
metanolu, ale ona nie ustaje.
Obrane surowe ziemniaki ciemnieją w kontakcie z powietrzem. Proces
ten związany jest z działaniem obecnej w bulwach ziemniaka oksydazy
polifenolowej – enzymu, który katalizuje reakcje utleniania zawartych
w bulwach związków polifenolowych.
Wyjaśnij, dlaczego ugotowane ziemniaki nie ciemnieją w kontakcie z
powietrzem.

W trakcie gotowania ziemniaków pod wpływem wysokiej

temperatury zostaje zniszczona struktura III-rzędowa
enzymów i tracą one aktywność, a więc nie mogą
katalizować reakcji utleniania związków polifenolowych.