Az agykoponya ürege alapvetően a központi idegrendszer legtömegesebb részének, a
nagyagynak és a kisagynak, valamint azok járulékos részeinek befogadására szolgál. Felső
részét a viszonylag egységes szerkezetű koponyaboltozat, alsó részét a sokkal tagoltabb koponyaalap alkotja. A két rész határa nem kifejezetten éles, mégis elég jól meghatározható azon görbület alapján, ahol a koponyacsontok megközelítőleg vízszintes részei a függőlegeshez közelibe mennek át.
Az agykoponya boltozatának (calvaria) csontjai jellegzetesen lapos (bár természetesen
görbült) csontok. Egy külső tömör (lamina externa) és egy belső tömör (lamina intena) csontból álló lemez, valamint a kettő közötti szivacsos állományból (diploe) alkotja. Utóbbin az koponyüreget a külső felszínnel összekötő vénák is áthaladnak. A koponyacsontokat a koponyaüreg felől a dura mater külső lemeze béleli, kívülről a hajas fejbőrrel borított rész a fejsisak (galea aponeurotica), vagy skalp, amely a bőrnek egy sajátos szerkezetű része. A koponyaalapon belső (basis cranii interna) és külső felszínt (basis cranii externa) különböztetünk meg. A koponyaalap belső felszínén elölről hátra lépcsőzetesen lefelé haladva három koponyagödör (fossa cranii anterior, media et posterior) található. Ezek a nagy- valamint a kisagy megfelelő részeit és azok járulékos részeit tartalmazzák. Minden koponyagödrön számos nyílás van, amelyeken idegek és erek haladnak át. A koponyaalap a koponya leggyengébb része, így törései baleseti hatásokra, könnyen bekövetkezhetnek. Ez a vele együtt sérült fontos működésű más képződmények miatt általában súlyos, vagy életveszélyes állapotot jelent.