일반생물학 및 실험

1. Title : 유전자의 분자생물학 – DNA 분리

2. Date : 6월 11일 목요일
3. Object: 유전물질인 DNA를 분리하여 유전자의 구조와 특징을 이해하고 분자생물
학 기법에 대해 익힌다.
4. Introduction
1. DNA의 구조
1) DNA nucleotide : DNA를 구성하는 nucleotide는 인산기, deoxyribose, 4종류의
질소염기 중 하나를 포함하여 3개의 부위로 구성. 당은 인산과 염기를 연결시킨다.
* deoxyribose는 리보오스의 2'탄소에 있는 -OH기 대신 -H기를 가지고 있음
* 4종류의 염기는 adenine, guanine, thymine, cytosine 이다.
pyrimidine : adenine, guanine. 질소와 탄소로 구성된 6각형 고리로 이루어짐
purine : thymine, cytosine. 질소와 탄소로 구성된 6각형과 5각형의 2중 고리로 이루어짐

2) Watson & Crick(1953)의 DNA구조모형

두 개의 DNA가닥이 서로 마주보고 있는 상태에

서 당-인산-당 골격이 바깥쪽에 위치하고, 두 사
슬의 염기들이 수소결합에 의해 쌍을 이루고 있
는데 A는 항상 T와 G는 항상 C와 쌍을 이루고
있다. 이와 같은 A와 T, G와 C사이 결합을 상보
적인 염기쌍이라고 한다. 상보적 염기쌍은 한쪽
사슬의 염기 배열 순서를 알면 상대 사슬의 염
기 배열 순서를 자동적으로 결정해 준다.

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2. 중심원리(Central dogma)
1) 전사
① DNA를 주형 (template)로 하여 RNA를 복사해낸다
: 진핵세포는 핵에서 나타나며, 원핵세포는 세포질에서 나타난다.
: DNA와 상보적인 RNA 배열의 전사

: G는 C, A는 U, C는 G, T는 A로 전사
② 두 가닥 DNA 중 한 가닥만을 주형으로 사용하여 5‘에서 3’ 방향으로 전사
: sense strand와 anti-sense strand
2) 번역
전사된 mRNA는 세포질에서 번역되어 단백질로 전환된다
: 원핵세포의 경우는 핵과 세포질의 구별이 없어서 전사와 동시에 번역될 수 있다.

3. DNA 추출 원리
① DNA를 추출하고자 하는 sample을 잘게 잘라 표면적을 넓혀 반응이 잘 일어나게 해야한
다. 잘려진 sample은 완충용액에 넣어둔다.
② 세포 및 조직의 파괴 : 세포막, 핵막 제거
③ 단백질 변성 : DNA분해효소 변성
④ DNA 침전

5. Materials & Methods

바나나, 구강세포, 시험관 2개, 비이커, 막자사발, 소금, 주방세제, 물, 거즈, 95% 에탄올,
일회용 스포이드, 종이컵, 얼음

<나의 DNA>
① 깨끗한 물을 입에 물고 가글링 한다.
② 가글한 용액 중 5ml를 일회용 스포이드로 시험관에 옮겨 담고 8% 소금물 1ml를 넣
어준다.
③ 시험관에 4배로 희석한 주방세제를 5ml 넣어준다.
④ 시험관을 약 5분간 얼음에 담가 식힌 후, 차게 한 95% 에탄올 용액 10ml을 넣어
준다. 이때 조심스럽게 부어주어 물과 에탄올의 층이 생기게 한다.
⑤ 약 1분간 시험관을 곧바로 세워두면서 시험관에서 일어나는 변화를 관찰한다.

<바나나 DNA>
① 껍질을 벗긴 바나나를 막자사발에서 으깬다.

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② 막자사발에 DNA 추출용액 20ml (물을 18ml, 주방세제 2ml 넣고, 소금 0.3g)을 넣은
후 잘 섞고 5분간 둔다.
③ 용액 속의 큰 덩어리는 거즈와 비이커를 사용하여 거른다.
④ 거즈에 걸러서 나온 용액을 시험관에 5ml 넣는다.
⑤ 차가운 95% 알코올을 20ml 넣어준다. 이때 조심스럽게 부어주어 물과 에탄올의 층
이 생기게 한다.
⑥ 약 1분간 시험관을 곧바로 세워두면서 시험관에서 일어나는 변화를 관찰한다.

6. Data & Result

<구강세포> <바나나>

7. Discussion
1. 에탄올 용액 속에서 DNA가닥을 관찰할 수 있는 원리는 무엇인가?
에탄올 용액은 -OH기를 포함하고 있는 극성 유기용매로, 무색의 휘발성 액체이다. 유기용매
인 에탄올은 물에 잘 녹는 부분과 잘 녹지 않는 부분이 함께 존재하는 물질이며 물에 잘 녹
는 친수성부분과 결합할 경우 물에 잘 녹는 특성을 가지고 있다. 따라서 에탄올은 물과 혼
합할 경우 완벽히 섞일 수 있다. 또한, 온도가 낮아지면 용해도가 급격히 낮아지는 특징을
통해 실험에서는 차가운 에탄올을 사용하여 하얀색의 DNA가 잘 분리되고 추출이 가능하도
록 돕는다. DNA는 H, C, N, O, P로 이루어진 뉴클레오타이드의 사슬이다. 뉴클레오타이드는
DNA의 기본구성 단위로 당, 염기, 인산기로 구성되어 있으며 DNA는 인산기로 인해 전체적
으로 음전하를 띠는 특징을 가지고 있다. 시험관의 용액 속에는 공통적으로 소금과 주방세
제가 사용된다. 소금을 사용한 이유를 살펴보면 소금이 물에 녹으면 Na+와 OH-로 나뉘어지
게 되고 DNA는 -를 띠기 때문에 소금물의 Na+를 넣어줌으로써 중화가 되므로 중성상태가
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된다. 따라서 중성상태가 되어 DNA가 잘 뭉쳐지도록 하기 때문에 소금을 사용하는 것이다.

주방세제를 사용한 이유는 세포막은 친수성과 소수성의 인지질 2중층을 형성하고 있는데
인지질층의 특성과 같이 주방세제도 같은 구조로 이루어져 있기 때문에 주방세제의 친수성
부분이 세포막이나 핵막의 친수성부분에 결합하여 진핵세포인 DNA의 핵막을 제거하고 인지
질 2중층의 구조를 깨트려 인지질을 분해하는 역할을 하기 위해 주방세제를 사용하는 것이
다. 또한, 에탄올은 극성용매이기 때문에 염기 간의 수소결합으로 이중나선구조를 하고 있는
DNA의 염기에 작용하여 염기 사이의 수소결합을 방해하기 때문에 DNA 결합을 풀리게 하며
DNA 침전이 일어나게 한다. 따라서, 물을 넣었을 때와는 달리 이러한 에탄올의 특성으로 인
해 DNA에 녹지 않기 때문에 DNA가 하얗게 변한 모습을 볼 수 있게 된다. 결과적으로 소금,
주방세제의 특성과 더불어 에탄올의 특성을 이용하여 흰색의 DNA가 엉켜서 침전되는 형태
로 에탄올 용액 속에서 관찰할 수 있게 된다.

2. 실험에서 추출한 DNA 가닥에 내가 필요로 하는 유전자 부위가 있다면 무엇으로 잘라낼
수 있는가?
첫 번째 방법으로는 크리스퍼 유전자 가위를 들 수 있다. 크리스퍼 유전자 가위는 생명체의
특정 유전물질을 인지해 원하는 부위의 DNA를 잘라내는 인공 효소이다. 교정하려는 DNA를
찾아내는 가이드 RNA와 DNA를 잘라내는 절단효소로 이루어졌으며, Cas9 단백질로 단순하
게 구성되어 있다. 또한, 크리스퍼 유전자 가위는 빠르게 유전자를 재조합하고, 동시에 여러
부위의 교정이 가능하다는 장점을 가지고 있다. 크리스퍼 유전자 가위는 DNA를 잘라내는
인공 효소로서 작용하여 원하는 유전자 부위를 절제하도록 도와준다. 두 번째 방법으로는
중합효소 연쇄반응(PCR)이 있다. 중합효소 연쇄반응(PCR)은 검출을 원하는 DNA의 특정 부분
을 증폭시킴으로써 DNA 조각을 분리하는 방법을 말한다. PCR 기법은 크게 세 가지 단계로
나뉘어지는데, 단계는 DNA 사슬 분리를 위한 열변성, 결합과정, 중합반응 등으로 구성되어
있다. 첫 번째 단계인 열변성 과정은 용기 속 DNA에 90도 정도의 열을 가하여 두 가닥의
DNA 사슬을 한 가닥으로 분리하며 이 단계에서 DNA 두 가닥 사슬 사이의 상보적인 염기대
를 유지시키고 있는 수소결합이 제거된다. 두 번째 단계인 결합과정은 온도를 50도 정도로
낮춰 표적 염기서열의 첫 부분에 DNA 프라이머를 결합한다. 세 번째 과정인 중합반응은 온
도를 70도 정도로 높아주면 중합효소의 효소활성도가 높아지는 것을 이용하여 DNA를 합성
하는 과정이다. 이 세 가지 과정을 여러 번 반복하면 DNA의 기하급수적인 증폭이 가능해진
다. 중합효소 연쇄반응(PCR)는 증폭해야 할 특정 지역의 양쪽 끝에 있는 서열과 프라이머가
결합하기 때문에 특정지역의 DNA만 증폭하게 되고, 열처리를 가해주면서 수소결합이 끊어
지고 이중가닥이 단일가닥으로 풀어지는 등 변성이 일어나면서 원하는 부위의 DNA를 얻을
수 있게 된다.

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8. Further Study
* DNA가 이중나선 구조를 가지는 이유를 설명하시오.
수소 결합은 전기 음성도가 강한 N(질소), O(산소), F(플루오린)와 직접 결합한 수소가 다른
분자의 N(질소), O(산소), F(플루오린)와 인접했을 때 작용하는 인력을 말한다. 반데르발스 힘
(분산력)은 분자 사이나 분자 내에서 발생하는 인력이나 척력을 말하며 일반적으로 무극성
분자에게 강한 영향력을 미치고, 순간적인 전자의 이동으로 전자의 치우침 현상이 발생하게
된다. 왓슨과 크릭은 DNA가 서로 마주보고 있는 상태에서 당-인산 골격이 바깥쪽에 위치하
고, 인산이 서로 쌍을 이뤄 이중나선을 이룬다는 것을 알아내며 DNA가 이중나선 구조임을
밝혀냈다. DNA에서 반데르발스 힘(분산력)은 뉴클레오타이드가 연속적으로 연결되면서 발생
하는 인력과 균형을 이뤄서 이중나선 구조가 되는데 영향을 미치게 된다. 또한, 두 사슬의
염기들은 수소결합에 의해 쌍을 이루고 있는데 항상 A는 T와 2개의 수소결합을, G는 C와 3
개의 수소결합을 하며 서로 상보적으로 쌍을 이루고 있다. 수소결합이 염기를 붙잡고 있는
상태에서 반데르발스 힘이 위아래로 작용하는 화학결합으로 인해 뒤틀림이 발생하게 되고
이는 DNA의 안쪽에 있는 염기를 보호하기에 구조가 적절하며 반데르발스 힘(분산력)과 수소
결합의 힘들의 균형을 맞게 해주는 이중나선 구조를 통해 안정성을 가질 수 있어서 DNA는
이중나선 구조를 가지게 된다.

**참고문헌
TAYLOR외4명/김명원외10명/2019/생명과학-개념과현상의이해/라이프사이언스/제9판/p.186-191,
238-240, 246-247
[실험13. DNA 분리] zoom 강의 내용, 실험동영상 참고
네이버 지식백과: 크리스퍼 유전자 가위, 중합효소 연쇄반응(PCR), 수소결합, 분산력, 에탄올
개념 검색
권순일/2015년 12월/새로운 유전체 편집용 유전자 가위, 크리스퍼/한국고등직업교육학회/16
권 제1, 2호/p.61-71(11pages)
류필열 외 2명/1995년 08월/FTC-2000 Capillary PCR Machine을 이용한 결핵균의 중합효소 연
쇄반응/대한미생물학회/p.415-424(10pages)
송인영 외 1명/2009년 12월/수소결합에 의하여 형성된 초분자 자기조립체/한국고분자학회
/20권 제6호/p.566-574(9pages)
정선영 외 1명/2004년 06월/음·비이온계 혼합계면활성제 용액에서 α-Fe2O3 입자의 분산안정
성/한국의류학회/28권 제6호/p.854-861(8pages)
오수한/2017/브릴루앙 광산란 분광법을 이용한 에탄올–물 순수 혼합용액과 에탄올 음료의
음향학적 특성 분석/한국물리학회/67권 제7호/p.828-233(6pages)
정헌 외 3명/2008년 06월/바이오 에탄올 생산을 위한 Membrane-Aided Distillation에 의한 물
-에탄올 분리공정에 관한 연구/한구과학기술연구원/14권 제2호/p.129-135(7pages)
신원선 외 1명/2003년 08월/유전자재조합 감자의 검정을 위한 DNA분리 및 PCR검출의 최적
조건 탐색/한국식품과학회지/35권 제4호/p.591-597(7pages)