gDNA extraction

&
Analysis of the mitochondrial CO1 gene

동물생리학

23.10.16

Lab. of Cellular and Developmental Biology (LCDB)

Department of Biology
Chungbuk National University

Regeneration and Evolution Development

 gDNA

Regeneration and Evolution Development

 gDNA = ge-
nomic DNA
생물체의 게놈에 포함된 모든 DNA

Regeneration and Evolution Development

 1. 유전체 연구 : gDNA 추출은 생물체의 전체 게놈을 분석하는 유전체 연구에 필수적 . 이를 통해 게놈의
구조와 DNA 서열 정보를 알 수 있으며 , 유전자 위치 , 인접성 , 유전자 다양성 , 돌연변이 등을 연구할 수
있음

2. 유전자 발현 연구 : gDNA 는 유전자 발현 연구의 기반 데이터로 사용됨 . 특정 유전자의 발현 수준을

분석하고 다른 조건에서의 비교를 수행하여 유전자의 기능과 조절을 연구

3. 분자 진단 및 유전체학 : gDNA 추출은 질병 진단 , 유전적인 변이 검사 , DNA 지문 분석 및 영장류 종별

동정에 필수적

4. DNA 클론화 : DNA 클론화를 위해 gDNA 는 벡터 DNA 와 결합되어 재조합 DNA 를 생성하는 데 사용됨 .
이는 유전자 조작 및 재조합 연구에 중요한 역할을 함

5. PCR (Polymerase Chain Reaction): PCR 는 특정 DNA 서열을 증폭하는 기술로 , gDNA 는 이러한 분자
생물학 실험에서 필요한 출발물질로 사용됨

5. 기초 연구 및 응용 연구 : gDNA 는 생물학적 연구의 기초로 사용되며 , 진화 생물학 , 생리학 , 생물학적

다양성 , 생물정보학 및 기타 분야에서 다양한 연구 목적으로 활용됨

Regeneration and Evolution Development

 1. gDNA 추출 : 생물체에서 전체 gDNA 를 추출 . 이 단계는 생물체로부터 DNA 를 확보하는 첫
번째 과정임

2. PCR 수행 : CO1 유전자를 타겟으로 하는 PCR 반응을 수행 . PCR 은 해당 유전자를 증폭하여

복사본을 얻는 데 사용됨 .

3. DNA 서열 분석 : PCR 로 증폭한 CO1 유전자의 DNA 서열을 결정 . 이것은 유전자 서열의
정보를 얻는 데 사용됨 .

4. 서열 비교 및 분석 : 분석된 CO1 서열을 다른 관련 종의 CO1 서열과 비교 . 이를 통해 종 간의

유전적 다양성과 차이를 확인할 수 있음 .

5. 종 동정 : 분석된 CO1 서열을 사용하여 생물체의 종을 동정하거나 분류 . CO1 서열은

바이오다이버시티 , 분류학 및 생물학적 종분석에 널리 활용됨 .

따라서 종 분석을 위한 전체 과정은 gDNA 추출을 포함하여 총 5 단계로 나뉘며 이 프로세스는

생물학적 다양성 연구와 생물종 동정에 중요한 도구로 활용됨

Regeneration and Evolution Development

 gDNA 추출
DNA(deoxyribonucleic acid)
실험방법 DNA 추출
1. 샘플 조직 0.02g 을 해부가위로 최대한 잘게 자른 후 1.5ml tube 에 조직을 넣고 buffer CL 200ul,
RNase A 5ul, Proteinase 20ul 를 첨가하고 균질하게 5~10 초 vortex
2. 15 분 동안 56 도 water bath 에서 incubation
3. Buffer BL 200ul 넣고 뚜껑을 닫은 후 위아래로 흔든다 .( 절대 vortex 하지 x)
4. 5 분 동안 70 도 water bath 에서 incubation
5. 13,000rpm 으로 5 분 동안 조직용해물을 원심분리하고 , 상층액 ( 약 400ul) 만 조심스럽게 pipet-
ting 하여 새 1.5ml tube 에 넣은 후 absolute ethanol 200ul 첨가 후 뚜껑을 닫고 위아래로 흔든다 .
6. Tube 에 들어있는 용액 600ul 를 column 과 collection tube 가 합쳐 있는 column 으로 옮긴다 .

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 gDNA 추출
DNA(deoxyribonucleic acid)
실험방법 7. 1 분간 원심분리 후 collection tube 내에 생긴 여과액은 버린다 .
8. Buffer WA 700ul 를 넣고 1 분간 원심분리 후 여과액은 버린다 .
9. Buffer WB 700ul 를 넣고 1 분간 원심분리 후 여과액은 버린다 .
10. 한 번 더 원심분리
11. 새 1.5ml tube 에 column 만 넣고 column 중앙에 CE buffer 20ul 첨가하고 1 분간
상온에서 incubation 후 1 분간 원심분리 한다 .

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 Gene Cloning
PCR(Polymerase Chain Reaction)
목적 - 유전체에 있는 특정 DNA 서열을 대량으로 증폭

과정

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 Gene Cloning
Electrophoresis( 전기영동 )
목적 - PCR product(DNA) 를 크기 (bp) 별로 분리

Gel 종류 - Agarose gel

- Polyacrylamide

Gel %

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 Gene Cloning
Electrophoresis( 전기영동 )
과정
DNA : (-) charge

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 CO1
Regeneration and Evolution Development
 Cytochrome Oxidase Subunit 1 gene

CO1

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 1. 모든 종은 Mitochondria 를 갖고있다 .
2. Mitochondria 는 모계유전 된다 .
3. Mitochondria 만의 DNA 를 갖고있다 .

Mitochondria

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Regeneration and Evolution Development
Regeneration and Evolution Development
 1. gDNA extraction

2. PCR & Electrophoresis

3. CO1 analysis & NCBI Blast

Helobdella eurpaea

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