NCBI & BLAST

동물생리학

23.11.13

Lab. of Cellular and Developmental Biology (LCDB)

Department of Biology
Chungbuk National University

Regeneration and Evolution Development

 National Center for Biotechnology Information

Regeneration and Evolution Development

 Basic Local Alignment Search Tool

Regeneration and Evolution Development

 BLAST tool 사용 이유
Sequence 들의 연관성이 생물학적 측면에서 가지는 의의

Regeneration and Evolution Development

 Program Query Database
( 사용되는 프로그램 ) ( 검색하는 서열 ) ( 검색되는 data)

blastn DNA DNA

blastp Protein Protein

blastx DNA Protein

tblastn Protein DNA

tblastx DNA DNA

Regeneration and Evolution Development

 How to use the BLAST tool of NCBI

Regeneration and Evolution Development

 1. Sequence 복사 (Sequence 들은 대부분 FASTA file 로 되어있음 )

Regeneration and Evolution Development

 2. NCBI BLAST site 에서 Nucleotide BLAST click

Regeneration and Evolution Development

 3. Sequence 입력 후
4. BLAST 실행

Regeneration and Evolution Development

 5. Description Check ( 원하는 종 , 원하는 유전자 등 )

Regeneration and Evolution Development

 6. E-value, Per Ident. Check

Regeneration and Evolution Development

 보고서에 적어야할 필수 항목들

1. gDNA extraction & electrophoresis 의 원리 및 시약들의 필요성

2. CO1 analysis 가 생리학적인 부분에서 가지는 의의
3. BLAST 각자 돌려서 나온 결과값 및 도출되는 결과

Regeneration and Evolution Development