David L. Nelson and Michael M.

Cox

LEHNINGER
PRINCIPLES OF BIOCHEMISTRY
Sixth Edition

SỰ CHUYỂN HÓA AMINO ACIDS

 Sự phân hủy protein trong
thức ăn
Các protease phân
hủy các protein bị
tiêu hóa trong bao tử
và ruột non.
Digestion by
proteases

Digestion by
proteases
Excretion
as
Urea

Conversion to:
pyruvate
acetyl-CoA
citric acid cycle intermediates
 Cytosol
(Transamination)

NH4+

NH4+

mitochondria
Sự loại nhóm
amin
Glutaminase
 Sự loại nhóm amin:
Glutamate dehydrogenase
-ketoglutarate
+
Amino acid NADH + NH4

-keto acid
+
glutamate NAD + H2O

Transaminase Glutamate
Dehydrogenase
 Cytosol
(Transamination)

NH4+

NH4+
mitochondria
 Transamination
(Sự chuyển nhóm amin )
Enzymes Transaminase (aminotransferases) xúc tác sự chuyển
thuận nghịch nhóm amino giữa hai -keto acids.

H
- -
R1 C COO + R2 C COO
+
NH3 O

Transaminase

H
- -
R1 C COO + R2 C COO
+
O NH3
 Aminotransferases
catalyze transfer of amino
groups
of amino acids to
-ketoglutarate
Pyridoxal phosphate (PLP) functions as an amino group
carrier in aminotransferases
Các phản ứng này
được xúc tác bởi các
enzyme được biết đến
như là
aminotransferases, VD:
glutamate-aspartate
aminotransferase
 cytosol NH4+

mitochondria NH4+
Forms of excreted nitrogen
The Urea Cycle
 The Cost of Urea Synthesis
2 ATPs are used in carbamoyl-phosphate synthesis.
1 ATP is used in arginosuccinate synthesis.

The overall equation for the urea cycle is:

2NH4+ + HCO3- + 3ATP + H2O → urea + 2ADP + 4Pi + AMP + 5H+

However, fumarate was produced which feeds into the

citric acid cycle and is converted to oxaloacetate,
producing a molecule of NADH (2.5 ATP)
The citric acid cycle and the urea cycle are linked
Glucose-Alanine
Cycle
 NHỮNG CON ĐƯỜNG PHÂN GIẢI
KHUNG SƯỜN ACID AMIN
Sau khi loại các nhóm amin, sườn carbon của
các acid amin trải qua quá trình oxy hóa thành
các hợp chất có thể đi vào chu trình acid citric để
oxy hóa thành CO2 và H2O. Những phản ứng
của các con đường này cần một số cofactor bao
gồm tetrahydrofolate (THF hay H4 folate) và S-
adenosyl-methionine (SAM hay adoMet) trong
các phản ứng chuyển 1 carbon
• Tùy thuộc vào sản phẩm phân giải cuối cùng, một số
acid amin có thể được chuyển hóa thành các thể ketone,
một số thành glucose và một thành cả 2 dạng này.
Chính vì thế, sự phân giải acid amin được hợp nhất vào
quá trình biến dưỡng trung gian và có thể là cần thiết
cho sự sống còn dưới các điều kiện mà acid amin là
nguồn năng lượng biến dưỡng quan trọng
• Các sườn carbon của các acid amin đi vào chu trình
acid citric thông qua 5 chất trung gian: acetyl-CoA, -
ketoglutarate, succinyl-CoA, fumarate và oxaloacetate.
Một số cũng có thể bị phân giải thành pyruvate là chất
có thể được chuyển hóa thành acetyl-CoA hoặc
oxaloacetate.
Arginine, glutamate, glutamine,
histidine, và proline tạo -ketoglutarate
Isoleucine, methionine, threonine và
valine sinh ra succinyl-CoA
Các nguyên tử 4 carbon của
phenylalanine và tyrosine làm tăng
fumarate ; asparagine và aspartate tạo
ra oxaloacetate.
• Các acid amin phân nhánh (isoleucine,
leucine và valine), không giống những
acid amin khác, chỉ bị phân giải ở các
mô bên ngoài gan (extrahepatic
tissues).
• Những khiếm khuyết di truyền ở các
enzyme tham gia quá trình dị hóa acid
amin có thể gây ra các bệnh nguy hiểm
ở người
 Tổng quan sự biến dưỡng Nitrogen
Nitrogen phân tử chiếm 80% khí quyển trái đất
lại không thể sử dụng được đối với hầu hết
sinh vật cho đến khi chất này được khử.
Sự cố định N2 khí quyển này xảy ra ở một vài vi
khuẩn sống tự do và ở vi khuẩn sống cộng sinh
trong nốt rễ các cây họ đậu.
 ... Tiêu thụ năng lượng cao (8 ATP cho 1 NH3)
ATP từ quang hợp

1. Một vài vi sinh vật sống tự do hoặc cộng sinh có thể chuyển N2 thành ammonia.
2. Ammonia được kết hợp chặt chẽ với các phân tử sinh học, các phân tử này sẽ phân hủy sau đó,
tái tạo ammonia.
3. Nhiều vi khuẩn đất và thực vật có thể khử nitrate thành ammonia thông qua nitrite.
4. Một vài vi khuẩn chuyển ammonia thành nitrite. Các vi khuẩn khác oxid hóa nitrite thành
nitrate, và một số có thể khử nitrate thành N2. – chu trình N2 hoàn chỉnh
There are two significant pathways:

Main pathway (99% of N entering biosphere)

NO3- + 2H+ + 2e- ------> NO2- + H2O nitrate reductase (NR)

NO2- + 8H+ + 6e- ------> NH4+ + 2 H2O nitrite reductase (NiR)

Second pathway (1% of N entering biosphere)is by nitrogen fixation

N2 + 8H+ + 8e- ------> 2 NH3 + H2 dinitrogenase reductase

and dinitrogenase

NR and NiR are found in bacteria, algae, and plants. There exist a number of
distinct types of NR and NiR enzymes.

Nitrogen fixation by dinitrogenase reductase and dinitrogenase occurs only

in certain bacteria. These enzymes are homologous (the ability to
fix atmospheric nitrogen only evolved once).
Nitrate & Nitrite reduction
 NO3- and NO2- Reduction

2 ATPs plus 8
electrons per
molecule of
NH4+!!!!!

Step 1: NO3- + 2H+ + 2e- NO2- + H2O

Step 2: NO2- + 8H+ + 6e- NH4+ + H2O
 Nitrate reduction
Three ways to think about NO3 reduction
NO3 may be reduced:
• to NH4 for the purpose of assimilation, i.e. used
as a nitrogen source
• To consume extra electrons, i.e used as an
electron sink for fermentation reactions
• For use during respiration, i.e. protons are pumped
for the synthesis of ATP via F0F1ATPase
 Nitrate Reductase (NR)
• Cytoplasmic enzyme
• Metalloenzyme
• 100kD polypeptide
• Active as homodimers and homotetramers
• Two active sites
• NADH and NADPH serve as reductants
• Three cofactors function as redox center
– FAD, heme-Fe, MoCo
– Covlently coupled to enzyme
 Nitrate Reductase

NR molybdopterin cofactor
 Regulation of NR is key to
nitrate assimilation
• Nitrite and ammonia are toxic to plant cells
• NR concentration and activity are controlled
by:
– [NO3-] , glutamine, CO2, sucrose, cytokinins, light
• Control is exerted at three levels:
– NR expression (transcriptional control)
– NR catalytic activity (post-translational
modifications
– NR protein degradation
Signals that regulate [NR] and activity
Signals Effect on NR expression/activity

• Glutamine • Down-regulates transcription

• Nitrogen starvation • Down-regulates transcription
• Circadian rhythm • Peaks at dawn, diurnal cycling
• Nitrate • Up-regulates transcription
• Cytokinin • Up-regulates transcription
• Sucrose • Up -regulates transcription
• Light • Up -regulates transcription and activity
• Dark • Down-regulates transcription and activity
• High CO2 • Up-regulates activity
• Low CO2 • Down-regulates activity
• Oxygen • Down-regulates activity
• Anoxia • Up-regulates activity
 Nitrite Reduction
▪ Nitrite reduction (6 electron reduction of nitrite to
ammonium) occurs in the chloroplast or proplastids
▪ ~60-70 kDa nuclear encoded protein
▪ In plastids reduced ferredoxin is produced in
chloroplasts via PSI
▪ In colorless plastids of root NADPH derived from
oxidative pentose phosphate pathway reduces
ferredoxin via the enzyme ferredoxin-NADP+ reductase
Nitrite reductase
Nitrogen fixation
Biological nitrogen fixation is the reduction of
atmospheric nitrogen gas (N2) to ammonium ions (NH4+)
by the oxygen-sensitive enzyme, nitrogenase. Reducing
power is provided by NAPH/ferredoxin, via an Fe/Mo
centre.

Plant genomes lack any genes encoding this enzyme,

which occurs only in prokaryotes (bacteria).

Even within the bacteria, only certain free-living

bacteria (Klebsiella, Azospirillum, Azotobacter),
blue-green bacteria (Anabaena) and a few symbiotic
Rhizobial species are known nitrogen-fixers.
Another nitrogen-fixing association exists between
an Actinomycete (Frankia spp.) and alder (Alnus spp.)
The enzyme nitrogenase catalyses the conversion of
atmospheric, gaseous dinitrogen (N2) and dihydrogen (H2)
to ammonia (NH3), as shown in the chemical equation below:

N2 + 16 ATP + 8e-+ 8H  2 NH3 + H2 + 16 ADP + 16 Pi

The above reaction seems simple enough and the

atmosphere is 78% N2, so why is this enzyme so important?

The incredibly strong (triple) bond in N2 makes this

reaction very difficult to carry out efficiently.
In fact, nitrogenase consumes ~16 moles of ATP for
every molecule of N2 it reduces to NH3, which makes it
one of the most energy-expensive processes known
in Nature.
 Enzymology of N fixation
Only occurs in certain prokaryotes
• Rhizobia fix nitrogen in symbiotic association
with leguminous plants
• Rhizobia fix N for the plant and plant provides
Rhizobia with carbon substrates
• All nitrogen fixing systems appear to be identical
• They require nitrogenase, a reductant (reduced
ferredoxin), ATP, O-free conditions and
regulatory controls
 Nitrogenase
Nitrogenase consists of 2 proteins: dinitrogenase reductase and dinitrogenase

Overall reaction

dinitrogenase
dinitrogenase
reductase

16 ATP required for each reduction of N2 -> 2 NH3

 Nitrogenase
A 220 kD heterotetramer
• Each molecule of enzyme contains 2
Mo, 32 Fe, 30 equivalents of acid-labile
sulfide (FeS clusters, etc)
• Four 4Fe-4S clusters plus two FeMoCo,
an iron-molybdenum cofactor
• Nitrogenase is slow - 12 e- pairs per
second, i.e., only three molecules of N2
per second
 Nitrogenase Complex
A 220 kD heterotetramer
Two protein components: dinitrogenase
reductase and dinitrogenase
• Nitrogenase reductase is a 60 kD homodimer
with a single 4Fe-4S cluster
• Very oxygen-sensitive
• Binds MgATP
• 4ATP required per pair of electrons transferred
• Reduction of N2 to 2NH3 + H2 requires 4 pairs
of electrons, so 16 ATP are consumed per N2
Nitrogenase complex
 bacteroids
(rod-like bacteria) plant cell
nucleus

2 m

Nitrogenase is very sensitive to O2. It is protected in the nodules by a

high concentration of leghemoglobin, a heme protein with a strong affinity
for O2. Leghemoglobin is produced by the plant, but carries electrons to
the bacterial respiratory chain, keeping the O2 concentration low.
Three factors are important in maintaining low
oxygen concentrations in nodules
The host plant provides carbon to bacteroids as dicarboxylic
acids and exporting nitrogen fron the nodules
Amino acid biosynthesis in
plants
Trong các hệ thống sống, nitrogen khử đầu tiên
được hợp thành các amino acid và sau đó thành
nhiều phân tử sinh học khác, bao gồm
nucleotides. Điểm tiếp nhận chính là amino
acid glutamate. Glutamate và glutamine là chất
cho nitrogen trong rất nhiều phản ứng sinh tổng
hợp biosynthetic. Glutamine synthetase, vốn
xúc tác cho sự tổng hợp glutamine từ glutamate,
là một enzyme điều hòa chính của sự biến
dưỡng nitrogen.
 NADH

ADP

NAD+
NH4+

Glutamate
Dehydrogenase

NAD+ & H2O

ATP

NAD+

Hoạt động kết hợp giữa glutamine synthetase và glutamate synthase có thể dẫn đến sự kết hợp
ammonia thành các amino acid.

Sau sự tạo thành từ alphaketoglutarate, glutamate trải qua sự chuyển nhóm amine với các keto
acids khác để hình thành các amino acid tương ứng.
 Con người có thể tổng hợp 10 trong 20 amino acid phổ biến

Các Amino Acid thiết yếu và không thiết

Các amino acids mà yếu cho con người
một sinh vật không thể
tổng hợp đủ lượng Thiết yếu Không thiết yếu
trong một điều kiện cụ
thể được gọi là “thiết
yếu”. Các amino acid
Arginine* Alanine
được tổng hợp đủ số Histidine Asparagine
lượng là “không thiết Isoleucine Aspartate
yếu”. Leucine Cysteine
Lysine Glutamate
Hầu hết vi khuẩn Methionine Glutamine
và thực vật có thể Phenylalanine Glycine
tổng hợp toàn bộ Threonine Proline
20 amino acid.
Tryptophan Serine
Valine Tyrosine

*Arg thiết yếu với trẻ sơ sinh và trẻ

đang lớn nhung lại không thiết yếu với
người trưởng thành
Chorismate
Các phân tử có nguồn gốc từ acid amin

Nhiều phân tử sinh học quan trọng có

nguồn gốc từ các acid amin. Glycine là
tiền chất của porphyrin. Sự phân giải sắt-
porphyrin (heme) sinh ra bilirubin, chất
này bị chuyển hóa thành các sắc tố mật
với các chức năng sinh lý.