Professional Documents
Culture Documents
SLIDE Compressed
SLIDE Compressed
Mục tiêu
• Phân loại và viết được công thức của 20 loại aa thường gặp.
HÓA HỌC ACID AMIN VÀ • Giải thích được sự di chuyển trong điện trường của aa.
PROTEIN • Trình bầy được nguyên tắc phân tích một hỗn hợp acid amin bằng
pp sắc ký trên giấy, sắc ký trao đổi ion, điện di trên giấy.
• Mô tả được các dạng liên kết trong cấu trúc của peptid và protein,
các bậc cấu trúc và tính đặc hiệu của protein
• Trình bầy được các bước xác định thứ tự của các acid amin trong
chuỗi polypeptid
Nội dung(3t)
I. Đại cương III. Peptid
III.1. Cấu tạo và danh pháp
II. Acid amin
III.2. Các liên kết ảnh hưởng đến cấu
II.1. Cấu tạo hh trúc của peptid và protein
II.2. Phân loại
II.3. Hóa học lập thể của aa
III.3. Tính chất của peptid
III.4. Cách xác định thứ tự aa trong
I. Đại cương
II.4. Tính chất lý học của aa chuỗi polypeptide
III.5. Các peptid có hoạt tính sinh học
II.5. Tính lưỡng tính của aa
IV. Protein
II.6. Tính chất hh của aa
IV.1. Cấu trúc của protein
II.7. Phân tích hỗn hợp aa
IV.2. Phân loại protein
IV.3. Tính chất lý hóa của protein
IV.4. Chiết xuất và tinh chế protein
IV.5. Chức năng của protein
Đường Thị Hồng Diệp 3 Đường Thị Hồng Diệp 4
1
4/11/2018
• Protein:
– là tp không thể thiếu của TB và cơ thể sống.
– là nguyên liệu cần thiết tổng hợp những t/p cấu
trúc của cơ thể.
– Là enzyme
– Có khả năng gắn kết với:
• Lipid, glucid, protein khác
• Kim loại, á kim
• Protein:
– Có trọng lượng phân tử cao
– Là polypeptide: nhiều aa l/k với nhau bằng l/k
peptide
– Trong tpct có: C,H, O, N và S, P
• Phân biệt:
– Acid amin (aa): là đơn vị cấu tạo nhỏ nhất của
protein
– Peptide: là pt gồm 2 đến ≤ 50 aa
– Protein: là pt gồm ≥ 50 đến ≥ 1000 aa, có cấu trúc
HeLa cells, with proteins
phức tạp Đường Thị Hồng Diệp labeled in blue and DNA5in red Đường Thị Hồng Diệp 6
2
4/11/2018
Nhu cầu tối thiểu các aa ở người II.1. Cấu tạo hóa học của aa
• R: gốc hydrocarbon riêng cho
từng aa
• chung cho tất cả các aa:
– Nhóm carboxyl: –COOH
– Nhóm amin: –NH2
– Cùng gắn vào carbon α
3
4/11/2018
STT Số C Tên thông dụng và Tên hóa học R là chuỗi STT Số C Tên thông dụng và ký Tên hóa học R có chứa nhóm
ký hiệu (3 chữ và 1 hydrocarbon no hiệu (3 chữ và 1 chữ) ‐OH
chữ)
1 2C Glycin (Gly) (G) Acid α-amino acetic 6 3C Serin (Ser) (S) Acid α‐amino β‐
hydroxy propionic
2 3C Alanin (Ala) (A) Acid α-amino 7 4C Threonin (Thr) (T) Acid α‐amino β‐
propionic hydroxy butyric
3 5C Valin (Val) (V) Acid α-amino
isovaleric R có chứa ‐S
8 3C Cystein (Cys) (C) Acid α‐amino β‐thiol
4 6C Leucin (Leu) (L) Acid α-amino
propionic
isocaproic
5 6C Isoleucin (Ile) (I) Acid α-amino β- 9 5C Methionin (Met) (M) Acid α‐amino γ‐
metyl-valeric metylthio‐n‐butyric
STT Số C Tên thông dụng và ký Tên hóa học STT Số C Tên thông dụng và ký Tên hóa học
hiệu (3 chữ và 1 chữ) hiệu (3 chữ và 1 chữ)
10 4C Acid aspartic (Asp) (D) Acid α‐amino succinic 14 6C Lysin (Lys) (K) Acid α,ε‐diamino n‐
caproic
11 4C Asparagin (Asn) (N) γ‐amid của acid 15 6C Arginin (Arg) (R) Acid α‐amino δ‐
aspartic guanido‐n valeric
4
4/11/2018
II.2.Phân loại(tt) Phân loại aa theo khả năng tổng hợp của cơ
thể: Acid amin cần thiết và không cần thiết
• Phân loại aa theo độ phân cực của gốc R:
Không phân cực Phân cực
Alanin Acid aspartic
Isoleucin Acid glutamic
Leucin Arginin
Methionin Asparagin
Phenylalanin Cystein Acid aspartic
Alanin
Prolin Glutamin
Tryptophan Glycin
Valin Histidin
Lysin
Serin
Threonin
Tyrosin
Acid glutamic
5
4/11/2018
Aa hiếm gặp: các dẫn xuất của aa thường gặp Một số acid amin khác
Gặp trong tp Collagen 5‐hydroxy lysine Trong globulin của tuyến giáp: d/x của tyrosine
Một số acid amin không có trong protein Một số aa không gặp trong tpct protein: d/x
của các aa thường gặp
Đây là những
chất quan
trọng trong
chuyển hóa, • Ví dụ:
một vài aa là
ksinh, – β-alanin
hormon, chất
điều hòa miễn – Acid -aminobutyric (GABA)
dịch… (Neurotransmitter)
6
4/11/2018
Acid amin có tính độc II.3. Hóa học lập thể của α-amino acid
• Cα là carbon bất đối xứng
(trừ glycin)
• có tính quang hoạt: khả
năng quay mặt phẳng của
Á S phân cực sang phải
(+) hoặc trái (-)
• αD20 = góc quay đặc hiệu
của từng aa, phụ thuộc
pH
– D = Độ dài sóng Á S Glycin
• Tùy theo sự sắp xếp của
4 nhóm l/k với carbon bất
đối ta có đồng phân bất
đối D hay L (đồng phân
Zhou, Z. Y et al. (2012). "Evidence for the Natural Toxins from the lập thể)
Mushroom Trogia venenata as a Cause of Sudden Unexpected
Enantiomer = đồng phân đối
Death in Yunnan Province, China". Angewandte Chemie
hình Cấu hình D và L của serine
International Edition 51 (10): 2368–2370 Đường Thị Hồng Diệp Nấm Trogia venenata
25 Đường Thị Hồng Diệp 26
II.3. Hóa học lập thể của α-amino acid: đồng phân Các kiểu đồng phân khác nhau
• Trong hóa học, các đồng phân là các phân tử với cùng công thức hóa
học tổng quát nhưng có công thức cấu trúc (công thức triển khai) khác
nhau
• Có hai loại chính của hiện tượng đồng phân là đồng phân cấu
trúc (constitutional isomerism hay structural isomerism) và đồng phân Đồng phân cấu trúc
Đồng phân lập thể
lập thể (stereoisomerism).
• Trong đồng phân cấu trúc, các nguyên tử và các nhóm chức được
liên kết cùng nhau theo các cách khác nhau.
• Trong đồng phân lập thể thì cấu trúc liên kết là như nhau, nhưng vị trí Đồng phân đối hình
hình học của các nguyên tử và các nhóm chức trong không gian là
khác nhau.
– đồng phân đối hình (enantiomer) trong đó các đồng phân khác nhau là hình Đồng phân phi đối hình
phản chiếu của nhau,
– đồng phân phi đối hình (diastereomer) trong đó chúng không là đối hình
của nhau
7
4/11/2018
Các kiểu đồng phân khác nhau (tt) Một vài ví dụ enantiomer (đồng phân đối hình)
• Trong hóa thực phẩm, hóa y học và hóa sinh học, các đồng phân cis-trans luôn luôn
được lưu ý.
• Trong hóa y học và hóa sinh học, các đồng phân đối hình có tầm quan trọng đặc biệt do
hiện nay người ta đã biết rằng phần lớn các thay đổi trong các kiểu đồng phân này có ý
nghĩa trong các cơ thể sinh vật sống
• Các nhà nghiên cứu dược học và lý thuyết đã phát hiện ra rằng các phương pháp
của ghi sắc học có thể tách các đồng phân này ra khỏi nhau một cách đáng tin cậy. Tuy
nhiên, ở mức độ công nghiệp thì các phương pháp này là rất đắt đỏ và chủ yếu được
dùng để lọc bỏ các đồng phân độc hại tiềm ẩn.
• Trong khi các đồng phân cấu trúc thông thường có các thuộc tính hóa học khác nhau thì
các đồng phân lập thể lại có các phản ứng hóa học gần như là đồng nhất trong phần lớn
các trường hợp
• Tuy nhiên, các enzym lại có thể phân biệt các đồng phân lập thể khác nhau của cùng một
hợp chất và sinh vật nói chung thông thường ưa thích một đồng phân lập thể hơn các
đồng phân lập thể khác. Một số các đồng phân lập thể cũng khác biệt về cách thức mà
chúng làm quay ánh sáng phân cực.
• Các kiểu khác của hiện tượng đồng phân cũng tồn tại bên ngoài phạm vi này:
– đồng phân tôpô : các phân tử lớn có thể cuộn xoắn và tạo thành các vòng lặp hay
các nút thắt nơ có hình dạng khác nhau. : catenan và ADN
– đồng phân đồng vị (isotopomer) với cùng số lượng của mỗi kiểu thay thế đồng vị
nhưng trong các vị trí khác nhau về mặt hóa học. Trong vật lý hạt nhân, các đồng
phân hạt nhân là các trạng thái kích thích của hạt nhân nguyên tử
Đường Thị Hồng Diệp 29 Đường Thị Hồng Diệp 30
II.3. Hóa học lập thể của α-amino acid (tt) II.3. Hóa học lập thể của α-amino acid (tt)
• Các aa thường gặp trong pt protein hầu hết là L-aa.
• D-aa chỉ gặp ở thành TB của một số vi khuẩn
– VD: D-glutamic tìm thấy ở vỏ B. subtilis
• Các aa TH bằng pp HH thường ở dạng đồng phân tử của D
và L và đc ký hiệu là D,L-aa.
• Ký hiệu D và L biểu thị dạng cấu trúc, không chỉ chiều quay
Enantiomer = đồng phân đối hình của Á S phân cực.
• Dạng D và L của cùng 1aa có góc quay đặc hiệu bằng nhau
nhưng trái dấu.
– VD: D (-) alanin có αD20 = - 1,8
– VD: L (+) alanin có αD20 = + 1,8
• Số đồng phân lập thể = 2n (n = số carbon bất đối)
• Đa số aa thường gặp chỉ có 1 C* 2 ĐP lập thể
• Threonin và isoleucin có 2C* 4 ĐP lập thể.
Đồng phân lập thể D hay L
Đường Thị Hồng Diệp 31 Đường Thị Hồng Diệp Threonin 32
8
4/11/2018
II.4. Tính chất lý học của aa II.4. Tính chất lý học của aa
• II.4.1. Tính hòa tan: 2.4.2. Vị:
– Dễ tan trong nước: -COO-/H+ - Các aa có vị ngọt
và -NH3+ Glycin
=280nm
Đường Thị Hồng Diệp 35 Đường Thị Hồng Diệp 36
9
4/11/2018
II.5. Tính lưỡng tính của aa II.5. Tính lưỡng tính của aa
• Tùy theo pH môi trường aa • pH đẳng điện (pHi): isoelectric (pI)
thể hiện tính acid hay tính – là pH môi trường mà tại đó:
base: • tổng điện tích dương và tổng điện tích âm của các aa là ít nhất,
bằng nhau và bằng O.
– Trong m.tr kiềm: aa phân
• aa ở dạng ion lưỡng cực nhiều nhất.
ly như một acid (phóng
• Aa không di chuyển trong điện trường
thích H+, deprotonated)
– Trong m.tr acid: h/đ như • pH pHi:
một base (nhận H+, – Là pH môi trường mà tại đó:
protonated) • Aa vẫn có 3 dạng ion
• Nhưng anion (điện tích âm) chiếm tỉ lệ lớn
• Aa di chuyển trong điện trường về cực dương (anode)
-Trong môi trường nước, aa tồn • pH pHi:
tại ở 3 dạng ion: – Là pH môi trường mà tại đó:
-âm, • Aa vẫn có 3 dạng ion
-dương, • Nhưng cation (điện tích dương) chiếm tỉ lệ lớn
-lưỡng cực. • Aa di chuyển trong điện trường về cực âm (cathode)
• Ứng dụng: phân tách hỗn hợp các aa bằng pp điện di
Đường Thị Hồng Diệp 37 Đường Thị Hồng Diệp 38
Các aa thuộc nhóm này có 2 pKa: pKa1 cho nhóm –COOH và pKa2 cho nhóm –NH2
Như vậy pI = (pKa1 + pKa2)/2
Tại pH pKa1: aa sẽ tích điện dương (+)
Tại pH pKa2: aa sẽ tích điện âm (-)
Ví dụ: Glycin. pKa1 = 2.34; pKa2 = 9.6 pI = (2.34 + 9.6)/2 = 5.97.
Nghĩa là tại pH = 5.97 thì Glycin có (+) = (-) và không di chuyển trong điện trường.
Đường Thị Hồng Diệp 39 Đường Thị Hồng Diệp 40
10
4/11/2018
Cách tính pHi (hay pI) (tt) Cách tính pHi (hay pI) (tt)
– Gốc R là acid: – Gốc R là base:
• pI sẽ thấp hơn về phía acid, vì gốc R sẽ mang thêm điện tích • pI sẽ cao hơn về phía base, vì gốc R
âm. pKa3 cho gốc R. mang thêm điện tích dương (+).
• Nghĩa là dạng trung hòa điện tích (neutral form) của aa sẽ • Dạng trung hòa điện tích của aa sẽ tồn
tồn tại khi pH môi trường nghiêng về phía acid để cho điện tại khi pH môi trường nghiêng về phía
tích âm của gốc R có thể trung hòa được. base để cho gốc R trung hòa được
điện tích.
• Ví dụ: aspartic acid
– pKa1 = 1.88; pKa2 = 9.68; pKa3 = 3.65 • Ví dụ: histidin
– pI = (pKa1 + pKa3)/2 = 2.77 – pKa1 = 1.82 (cho –COOH) ; pKa2 = 6.04
(pyrol –NH); pKa3 = 9.17 (amonium –NH)
– Dạng điện tích trung hòa của aspartic acid sẽ chiếm ưu thế ở pI =
2.7 giữa 1.88 và 3.65 – Histidin có thể tồn tại dưới 4 dạng ion tùy
vào pH môi trường.
– pH 1.82: dạng A chiếm ưu thế
– 1.82 pH 6.02: dạng B
– 6.02 pH 9.17: dạng C
– pH 9.17: dạng D
– Như vậy C là dạng trung hòa điện tích
– pI = (6.02 + 9.17)/2 = 7.6
Đường Thị Hồng Diệp 43 Đường Thị Hồng Diệp 44
11
4/11/2018
12
4/11/2018
II.6. Tính chất hóa học của aa II.6.1. Phản ứng do nhóm α-carboxyl và α-amin
1. Phản ứng
Ninhydrin:
– Aa + ninhydrin
II.6.1. Phản ứng do nhóm α-carboxyl và cho ra RCHO +
CO2 + NH3 + H+ +
phức màu tía
nhóm α-amin. – Nhiệt độ cao ~
100oC
II.6.2. Phản ứng của nhóm α-NH2. – NH3 và các peptid
cũng cho pư
nhưng chậm hơn
II.6.3. Phản ứng của nhóm α-COOH. so với aa
– Prolin và
hydroxyprolin tạo
phức màu vàng với
ninhydrin
– Phát hiện α-aa
Đường Thị Hồng Diệp 49 (phương pháp sắc Đường Thị Hồng Diệp 50
ký giấy)
II.6.1. Phản ứng do nhóm α-carboxyl và α-amin (tt) Sự tạo thành liên kết peptid
13
4/11/2018
II.6.2.Hóa tính do chức α-amin (tt) II.6.2.Hóa tính do chức α-amin (tt)
4. Phản ứng Edman: phản ứng với phenylisothiocyanat
3. Phản ứng với acid nitơ (HNO2) (PITC)
-Các aa, trừ prolin và hydroxyprolin là 2 imin, đều t/d với HNO2 giải phóng N2
- Van – Slyke dùng để định lượng N2 của aa.
- PITC phản ứng với acid α-amin tạo thành dẫn xuất PhenylThioCarbamyl-peptide
- Ở mtr acid trong dung môi nitrometan đóng vòng thành phenylthiohydantoin
- Những d/x PTH-aa không màu, dễ tách biệt bằng sắc ký.
Đường Thị Hồng Diệp 55 - phản ứng Edman dùng để x/đ amin N cuối.
Đường Thị Hồng Diệp 56
14
4/11/2018
- Ở pH 8.0: 2e- của nhóm NH2 đầu N tận của peptide chuyển sang C l/k đôi giữa C và N
bị cắt đứt, 2e- chuyển sang cho H+ H+ chia sẻ 1 cặp e- với N tạo NH, N dư 2e- chia
sẻ với C tạo l/k đôi C dư e- nên l/k đôi vơi S bị cắt đứt 2e- chuyển qua Cα chia sẻ e-
với Cα tạo l/k giữa Cα và S đóng vòng 5 cạnh. Cặp e- mới từ HOH của mtr chuyển qua
cho H, chuyển tiếp vào l/k giữa O của OH e- còn dư của Cα chuyển sang cắt đứt l/k
giữa Cα và NH, NH chia sẻ cặp e- với H+ trong
Đường mtr
Thị Hồng tạo NH2.
Diệp 57 Đường Thị Hồng Diệp 58
15
4/11/2018
16
4/11/2018
Các bước tiến hành sắc ký trao đổi ion Nguyên lý sắc ký trao đổi ion dùng cationit
• 1. Chuẩn bị hỗn hợp protein cần tách trong dung dịch đệm (buffer): Nhóm chức carboxylate hay sulphate thường được dùng như pha đứng yên
– ở pH pHi (pH=3) mang điện tích âm gắn lên bản nhựa. Dung dịch elution là pha di động.
– pha di động
– các pt protein tích điện dương.
• 2. Chuẩn bị cột sắc ký với các chất kết bám ( bản nhựa hoặc hạt beads):
– tích điện âm (thường là muối của Na+)
– trong dung dịch đệm (buffer) cùng pH=3.
• 3. Nạp dung dịch cần tách vào cột:
– các pt protein tích điện dương sẽ đẩy Na+ và bám vào cột hoặc hạt beads được giữ
lại (aa kiềm)
– những protein khác sẽ chảy qua: protein chứa nhiều aa acid được thu lại.
• 4. Tách rửa những protein bám vào cột và beads:
– Bằng những dung dịch đệm pH tăng dần: thứ tự tách aa acid, TT, aa kiềm.
– Bằng cách tăng dần nồng độ muối:
– thay đổi ái lực của protein: enzyme purification
• 5. Đo quang OD280 mỗi phân đoạn (fraction) tách được:
– Mỗi protein sẽ có một OD khác nhau
17
4/11/2018
III.Peptid III.Peptid
• Có 2 dạng:
III.1. Cấu tạo và danh pháp:
– Tự do
– Là sp thủy phân dở dang - Nhiều aa liên kết với nhau bằng l/k
của protein peptid.
18
4/11/2018
Bảng mã hóa acid amin III.2. Các liên kết ảnh hưởng đến cấu trúc của
peptide và protein
III.2. Các liên kết ảnh hưởng đến cấu trúc của III.2. Các liên kết ảnh hưởng đến cấu trúc của
peptide và protein peptide và protein(tt)
Insulin (51aa)
LK peptid không quay
Liên kết (-N-C) (Phi) và (-CO-
C -) (Psi) quay tự do
Đóng vai trò quan trọng trong duy
Chuỗi polypeptid được coi là có nhiều trì cấu trúc bậc III
mặt phẳng, có 2 góc quay giữa mỗi mặt
phẳng Khi muốn phân tích protein phải
Vì ảnh hưởng không gian, Phi và Psi quay hạn chế phá vỡ LK này
tạo cấu hình Trans > Cis tạoĐường
cấu trúc không
Thị Hồng Diệp 75 Đường Thị Hồng Diệp 76
gian của protein
19
4/11/2018
III.2. Các liên kết ảnh hưởng đến cấu trúc của III.2. Các liên kết ảnh hưởng đến cấu trúc của
peptide và protein(tt) peptide và protein(tt)
III.2.3. Liên kết hydro III.2.4. Liên kết muối (liên kết ion):
(Hydrogen bond)
(Ionic interaction or salt bridge)
Là lực hút tĩnh điện giữa H và O
(hay N, Cl…) trên cùng chuỗi hay Là lực hút tĩnh điện giữa nhóm –
các chuỗi khác nhau. COO- (Glu, Asp) và –NH3+ (Lys, Arg)
III.2. Các liên kết ảnh hưởng đến cấu trúc của III.2. Các liên kết ảnh hưởng đến cấu trúc của
peptide và protein(tt) peptide và protein(tt)
III.2.5. Lực tương tác
Van der Waals III.2.6. Tương tác kỵ nước:
Là lực tương tác giữa các (hydrophobic interaction)
nguyên tử, phân tử
Tương tác giữa các gốc
khoảng cách ngắn không phân cực bên trong
protein.
cực kỳ yếu
20
4/11/2018
• III.3.Tính chất:
Mỗi phân tử peptid có một pHi tương ứng: – Phản ứng biure:
Những phản ứng tạo màu để xác định protein và Những phản ứng tạo màu để xác định aa đặc biệt
aa tự do
1. Biuret Test: 1. Phản ứng Millon phát hiện Tyrosine
- phản ứng hóa học để xác định sự - phản ứng phát minh bởi Auguste Millon, nhà hóa học Pháp.
hiện diện của l/k peptide - Đặc hiệu cho tyrosine, chứa nhóm phenol, kg đặc hiệu cho
- dương tính: màu tím . protein
(From L to R) 1ml each of 1% egg albumin, 1% glycine, 1% pheylalanine, and distilled water. Each of the - Dương tính: màu đỏ nâu hoặc có tủa.
solutions were added 1ml 10% sodium hydroxide solution and 10 drops of 0.1% cupric sulfate solution.
(L-R) 1% egg albumin, 1% gelatin, and Tyrosin 1% (hoặc 0.2%
The violet coloration in the egg albumin solution indicates a positive visible result for the Biuret test.
salicylic acid solutios). Each of the test tubes were added with 3 dps of
2. Ninhydrin Test: Millon's reagent and were heated in boiling water bath for 2 minutes.
- phản ứng hóa học cho alpha amino acids và proteins 2. Phản ứng Adamkiewics phát hiện Tryptophan
chứa những nhóm amino acid tự do.
- dương tính: xanh đen hoặc đỏ tía. -Dương tính: vòng tím xuất hiện ở mặt phân cắc giữa 2 chất lỏng
(From L to R ) 1ml each of solutions of 1% albumin, glycine, phenylalanine, and dilute
- Ống 1: âm tính, ống 2: dương tính.
NH4OH. All were added 1ml ninhydrin solution. The test tubes were heated in a boiling
water bath for 3 minutes.
21
4/11/2018
III.4. Cách xác định thứ tự aa trong chuỗi polypeptide III.4. Cách xác định thứ tự aa trong chuỗi polypeptide
(sequencing) (sequencing)
III.4.2. Xác định aa N cuối:
III.4.3. Xác định aa C-tận: III.4.4. Thủy phân polypeptide:
III.4.1. Phân tích thành phần aa: 1. Phản ứng Sanger:
1. Thường dùng: 2,4-dinitrofluorobenzen (DNFB), 1. Thành những peptide nhỏ
1. Thủy phân hoàn toàn chuỗi m/tr kiềm yếu. 1. Phản ứng khử:
2. Phản ứng với α-amin của aa đầu N-tận 2. thường dùng enzyme: cắt đặc hiệu
polypeptide 3. Tạo thành DNP-peptid kg tan, tủa.
- nhóm α-COOH tự do của aa
- Chymotrypsin
4. Lọc tủa, thủy phân bằng HCl, to = 100oC cắt
1. Thường dùng: HCl 6N, to= đứt l/k peptide.
đầu C-tận bị khử thành alcol
- Trypsin
100oC-120oC aa tự do. 5. Thu được aa và DNP-aa đầu N-tận
- sắc ký: định danh aa đầu C-tận
6. Sắc ký: định danh aa đầu N-tận - pepsin
2. Hoặc thủy phân bằng kiềm 2. Phản ứng Edman 2. Dùng enzyme: - carboxypeptidase
nóng. 1. Thường dùng: Phenylisothiocyanat (PITC)
2. Tác dụng với α amin của aa N-tận PTC- carboxypeptidase 3. hoặc bằng hóa chất
2. Xác định t/p aa: peptide
4. Điện di, sắc ký tách riêng từng
3. Thủy phân bằng acid, to = 40oC, nhiều giờ đặc hiệu cắt đứt aa đầu C-
1. Sắc ký, điện di 4. Các l/k peptide còn nguyên, trừ l/k peptid với peptid nhỏ.
aa gắn PTC tận.
2. Định tính, định lượng. 5. Đi kèm sự đóng vòng của d/x 5. Thủy phân hoàn toàn aa tự do
phenylthiohydantoin tương ứng của aa gắn
3. Cho biết số lượng aa trong PTC 6. xác định t/p aa từng đoạn peptide
chuỗi polypeptide, nhưng 6. Sắc ký định danh aa gắn PTC
nhỏ
7. Peptide ngắn đi 1 aa. Aa kế tiếp lại nằm ở N-
không cho biết trình tự. tận 7. đối chiếu, so sánh, tổng hợp kết
8. Đây là ưu điểm của pp Edman chế tạo
Đường Thị Hồng Diệpsequencer. 85 quả
Đường Thị Hồng Diệp 86
III.5. Một số Peptide có hoạt tính sinh học III.5. Một số Peptide có hoạt tính sinh học (tt)
Neuropeptid: Có mặt ở não bộ, Peptid kháng sinh: do vi khuẩn,
ảnh hưởng lên hoạt động của TKTW, nấm tạo ra; chứa cả L và D aa ;
chủ yếu do tuyến yên và vùng hạ đồi chứa một số aa không có trong
sx. protein
Enkephalin (5 aa)
Enkephalin (5AA), endorphin (15AA); Gramicidin S (Bacillus brevis): tác dụng
oxytocin… trên vi khuẩn Gram (+), làm hư màng
phospholipid của vi khuẩn.
Hormon peptid:
Peptid tham gia hệ thống oxy hóa – khử
Insulin (51AA); glucagon (29AA); Gramicidin S
gastrin (16AA)… Glutathion: glutamyl-cystein-glycin (3 aa)
Insulin (51aa)
‐2H
Đường Thị Hồng Diệp 87 2 G‐SH 2 G‐S‐S‐G Đường Thị Hồng Diệp 88
+2H (dạng oxh)
22
4/11/2018
IV. Protein
23
4/11/2018
Xoắn α
IV.1. Protein - cấu trúc bậc II khác: uốn β IV.1. Protein - cấu trúc: bậc III
* Cấu trúc uốn : cho phép xoắn
và lá gấp sắp xếp side-by-side
(prolin và glycin)
* Xoắn collagen
Chứa nhiều glycin, prolin và
hydroxyprolin tạo dạng ba sợi gắn với
nhau nhờ LK hydro.
24
4/11/2018
25
4/11/2018
Một vài hình ảnh protein thuần Collagen – protein thuần của mô liên kết
IV.2. Protein- phân loại theo tp hóa học (tt) Một vài hình ảnh protein tạp
26
4/11/2018
Đường Thị Hồng Diệp 105 Đường Thị Hồng Diệp 106
IV.3. Protein - Tính chất lý hóa IV.3. Protein - Tính chất lý hóa
IV.3.1. Lý tính Chạy thận nhân tạo
Thẩm phân phúc mạc
Protein/nước tạo dd keo (kích
thước hạt chất tan từ 1-100nm)
27
4/11/2018
IV.3. Protein - Tính chất lý hóa IV.3. Protein - Tính chất lý hóa
Protein/nước tạo áp suất (p) thẩm thấu (p keo) IV.3.2.Tính chất lưỡng tính (tính chất acid-
P keo <30-40 mmHg nhưng quan trọng trong vận chuyển base)
nước, chất dinh dưỡng và sản phẩm chuyển hoá qua thành
mạch
Giống AA và peptid, protein/dung dịch tồn tại cả 3
dạng ion P+/-, P+, P-. Tuỳ pH môi trường so với pHi
Mao mạch
Mao TM
của protein mà protein tích điện (+) hay (-)
Mao ĐM
ASTT> ASK ASTT = ASK ASTT < ASK Ứng dụng trong điện di protein
40 28
16 40 (electrophoresis)
NT: dựa vào
90%
Bạch huyết
tính chất tích điện ở pH mt pHi
10% Điện tích
di chuyển trong điện trường Trọng lượng
Kích thước…
Đường Thị Hồng Diệp 109 Đường Thị Hồng Diệp 110
IV.3.2.Tính chất lưỡng tính (tính chất acid- IV.3. Protein - Tính chất lý hóa
base) IV.3.3. Tính chất hòa tan và
kết tủa:
Điện di protein huyết thanh KQ bất thường Dd keo bền vững nhờ:
- lớp áo nước
- sự tích điện cùng dấu
Các yếu tố ả/h độ hòa tan:
- pH:
pH = pHi độ tan thấp nhất
pH pHi độ tan gia tăng.
KQ bình thường - Nồng độ muối: muối trung
BT và bệnh đa u tủy tính
Nồng độ muối thấp: tăng độ tan.
Nồng độ muối cao: giảm độ tan,
có thể gây tủa protein.
ứng dụng: chiết xuất và tinh chế
Đường Thị Hồng Diệp 111
protein. Đường Thị Hồng Diệp 112
28
4/11/2018
IV.3. Protein - Tính chất lý hóa IV.3. Protein - Tính chất lý hóa
Ứng dụng: chiết xuất protein IV.3.4. Sự biến tính của protein:
- Nghiền nát nguyên liệu To, pH, chất tẩy, UV
- Dung môi: Alcol, ceton, amoni sulfat giảm Cấu trúc không gian bị đảo lộn
độ tan Các l/k giữ cấu trúc bậc II, III, IV bị phá vỡ
(ion, hydro,S-S …) Biến tính thuận nghịch của
- Nhiệt độ: 0oC đến 40oC: độ tan tăng ribonuclease
Chỉ còn liên kết peptid (giữ cấu trúc bậc I)
- Tủa protein: (NH4)2SO4 Gốc kị nước (R) quay ra ngoài
- Dùng sắc ký, điện di, siêu
Tính chất ban đầu của protein bị mất
ly tâm phân tách các
Phương pháp diêm tích: phân đoạn protein. 2 loại biến tính: thuận nghịch và không thuận
- tủa globulin: muối amoni sulfat bán bão hòa -Tinh sạch protein. nghịch.
- ktra độ thuần chất của
- tủa albumin: muối amoni sulfatĐường
bão Thị
hòaHồng Diệp Đường Thị Hồng Diệp
protein. 113 114
– Dự trữ: ovalbumin (LTT), gliadin (lúa mì), casein (sữa), ferritin (lách).
– Bảo vệ: kháng thể, interferon, các protein tham gia q/tr đông máu.
– Điều hòa hoạt động của cơ thể: truyền thông tin, trao đổi chất, đ/h
b/h gene.
Đường Thị Hồng Diệp 115 Đường Thị Hồng Diệp 116
29
4/11/2018
Đường Thị Hồng Diệp 117 Đường Thị Hồng Diệp 118
Đường Thị Hồng Diệp 119 Đường Thị Hồng Diệp 120
30
MỤC TIÊU (2t)
HÓA HỌC NUCLEOTID VÀ
1.Phaân bieät ñöôïc caáu taïo cuûa Nucleozid, Nucleotid, Acid
ACID NUCLEIC nucleic.
2.Vieát ñöôïc coâng thöùc cuûa Ribose, Deoxyribose, caùc
base Purin vaø Pyrimidin vôùi caùc daïng lactim, lactam
cuûa caùc base naøy.
3.Vieát ñöôïc caáu taïo vaø vai troø cuûa moät soá nucleozid di vaø
triphosphat.
4.Trình baøy ñöôïc caáu truùc cuûa DNA vaø RNA vaø nhöõng
ñieåm khaùc bieät veà caáu truùc cuûa 2 loïai phaân töû naøy. Naém
TS. Đường Thị Hồng Diệp
ñöôïc qui luaät boå sung ñoâi base.
5.Neâu ñöôïc vai troø sinh hoïc cuûa RNA; cô caáu toå chöùc cuûa
caùc loïai RNA .
TS. Đường Thị Hồng Diệp 1 TS. Đường Thị Hồng Diệp 2
NỘI DUNG
DÀN BÀI
I.Đại cương:
I.1.Khái niệm
I.2.Vai trò
I.Đại cương II.Nucleozid và nucleotid
II.1.Thành phần hóa học của nucleotid
II.2.Cấu tạo của nucleozid và nucleotid
II.Nucleozid và nucleotid II.3.Những nucleotid tự nhiên
II.4.Những sản phẩm tổng hợp tương tự nucleozid và
nucleotid
III.Acid nucleic III.Acid nucleic (A.N.)
III.1.Polynucleotid
III.2.DNA
III.3.RNA
III.4.Một số tính chất của acid nucleic
TS. Đường Thị Hồng Diệp 3 TS. Đường Thị Hồng Diệp 4
TS. Đường Thị Hồng Diệp 5 TS. Đường Thị Hồng Diệp 6
Nucleosome - nucleoprotein
Mitosis: phân bào
nguyên phân
1. Prophase: Tiền kỳ
trước
2. Prometaphase: Kỳ
trước
3. Metaphase: Kỳ giữa
4. Anaphase: kỳ sau
5. Telophase: kỳ cuối
6. Cytokinesis: sự
phân chia bào chất
TS. Đường Thị Hồng Diệp 9 TS. Đường Thị Hồng Diệp 10
Hệ thống truyền thông tin thứ 2 nội bào - Cấu tạo hóa học của nucleotid
cAMP
cAMP
TS. Đường Thị Hồng Diệp 15 TS. Đường Thị Hồng Diệp 16
II.NUCLEOZID VAØ NUCLEOTID II.1. TP HOÙA HOÏC CUÛA NUCLEOTID:
Nucleotid Pentose
Đường ribose và deoxyribose ảnh hưởng đến tính chất II.1. TP HOÙA HOÏC CUÛA NUCLEOTID
của DNA và RNA như thế nào?
- RNA bị thủy phân • II.1.3.Base coù nitô: coù 5 loaïi, chia 2 nhóm
→ 2-3 nucleotides
- Vòng 6C trong
Pyrimidine và Purine
được đánh số ngược
nhau.
- DNA: A, G, T, C
-RNA: A, G, U, C
Acid nucleic bị thủy phân hoàn toàn trong môi trường
acid hoặc có sự hiện diện của enzyme
TS. Đường Thị Hồng Diệp 19 TS. Đường Thị Hồng Diệp 20
Base Purin trong tự nhiên Dẫn xuất của base purine
• - ÔÛ thöïc vaät, coù nhieàu base purin coù chöùa moät soá goác
methyl, moät soá coù döôïc tính
• Td:
O CH3 O
N N Theophylin
H3C Cafein H3C
N N
( 1,3 - dimethyl - xanthin )
( 1,3,7 - Trimethyl - xanthin ) N
Co trong cafe Co trong tra
O
O N N N N
H
CH3 CH3
O CH3
N
HN Theobromin
TS. Đường Thị Hồng Diệp 21 TS. Đường Thị Hồng Diệp 22
NH2 NH O OH
Tautomerism of the oxo- and amino- functional groups of purines and pyrimidines
Sự chuyển đổi qua lại các dạng tautomer cho đến khi đạt trạng thái cân bằng
TS. Đường Thị Hồng Diệp 23 TS. Đường Thị Hồng Diệp 24
Uracil có 3 dạng đồng phân lactam, lactim và Các dạng lactim – lactam của purine
double lactim NH NH2
6 N 6 N
HN N
CH
N N N N
H H
(lactam) (lactim)
N N
HN N
H2N N N H2N N N
H H
Enol (lactim)
Ceton (lactam)
TS. Đường Thị Hồng Diệp 25
GuaninTS.
( 2Đường Thị Hồng Diệp
- amino - 6 - oxypurin ) 26
Các dạng lactim – lactam của pyrimidine Tautomer hóa: chuyển dạng amin sang imin
của Adenine gây nên đột biến điểm trên ADN
TS. Đường Thị Hồng Diệp 27 TS. Đường Thị Hồng Diệp 28
Khi sợi DNA có mang ĐB điểm nhân đôi:
II.1.3.3. Moät vaøi tính chaát vaät lyù vaø hoùa hoïc
tautomer có thể dịch chuyển trở lại như ban
cuûa caùc base Purin vaø Pyrimidin (tt)
đầu
• Tính hoøa tan:
• Các base nito là base yếu (pKb = 10 – 11) do
nhóm -NH2, ít tan trong nước ở pH sinh lý.
• Trong TB: purine và pyrimidine là TP CT của
polynucleotid → tính tan cao hơn.
TS. Đường Thị Hồng Diệp 29 TS. Đường Thị Hồng Diệp 30
CH2OH CH2OH
CH2OH
CH2OH O O
O 1' 1'
1' H H H H
1' H H H H H H
H H
H H
H H OH OH OH H
OH R OH R
Uridin Deoxyadenozin
R = OH or H
TS. Đường Thị Hồng Diệp 33 TS. Đường Thị Hồng Diệp 34
TS. Đường Thị Hồng Diệp 35 TS. Đường Thị Hồng Diệp 36
Ribonucleozid II.2.1.Nucleozid: danh pháp
Base N Ribonucleo Deoxyribonu
• Tuøy theo base, sid cleosid
ta coù purin –
nucleozid vaø Adenin Adenosin Deoxyaden
pyrimidin – (A) osin
nucleozid. Guanin Guanosin Deoxyguan
• Tuøy theo (G) osin
Deoxyribonucleozid pentose, ta coù
Cytosin Cytidin Deoxycytidi
ribonucleosid
vaø (C) n
deoxyribonucl Uracil (U) Uridin -
eosid
Thymin - Deoxythymi
TS. Đường Thị Hồng Diệp 37
(T) TS. Đường Thị Hồng Diệp din 38
Vd: 3 regulartory
nucleotides →
secondary
messengers
TS. Đường Thị Hồng Diệp 45 TS. Đường Thị Hồng Diệp 46
(1)
ADP + H3PO4 ATP
• Td: moät soá nucleotid quan troïng vôùi (2)
nhöõng vai troø nhaát ñònh.
E H2O
TS. Đường Thị Hồng Diệp 51 TS. Đường Thị Hồng Diệp 52
ATP
ñoù coù hormon, tham gia kieåm soaùt hoaït ñoäng Cyclic 3', 5' - AMP
TS. Đường Thị Hồng Diệp 53 5' - AMP TS. Đường Thị Hồng Diệp 54
Methionin Adenozin
TS. Đường Thị Hồng Diệp 55 TS. Đường Thị Hồng Diệp 56
II.3.2.Daãn xuaát cuûa Guanozin: II.3.2.Daãn xuaát cuûa Guanozin:
GTP
• *GDP vaø GTP: • * GMP voøng
• - guanozin diphosphate vaø guanozin (cGMP): Guanylate cyclase
triphosphate, cuõng ñöôïc duøng ñeán trong moät • 3’, 5’ –
soá heä thoáng caàn naêng löôïng. guanozin
• - GTP laø chaát caàn thieát cho söï hoaït hoùa monophosph c GMP
adenylate cyclase. ate, cuõng
• - GTP cuõng laø nguoàn naêng löôïng caàn cho söï tham gia moät Phosphodiesterase
toång hôïp Protein ôû polyribosome soá p.ö. ngoaøi
TB.
5' GMP
TS. Đường Thị Hồng Diệp 57 TS. Đường Thị Hồng Diệp 58
TS. Đường Thị Hồng Diệp 59 TS. Đường Thị Hồng Diệp 60
II.3.5.Dinucleotid:
II.3.5.Dinucleotid:
NH2
O
• Moät soá ñoùng vai troø laø coenzym.
N
N Adenin
Nicotinamid NH2
• Td: +
N
N
N
– NAD+ (Nicotinamid Adenin dinucleotid) O O
CH2O P O P CH2O
O OH OH O
– NADP+ (Nicotinamid Adenin dinucleotid Ribose Ribose
phosphate) H H H H
H H H H
OH OH OH OH
TS. Đường Thị Hồng Diệp 61 TS. Đường Thị Hồng Diệp 62
NH2
O N
N Adenin
Nicotinamid NH2
+ N
N N
O O
CH2O P O P CH2O
O OH OH O
Ribose Ribose
H H H H
H H H H
O
OH OH OH O P OH
OH
NADP+ ( Nicotinamid Adenin Dinucleotid P )
TS. Đường Thị Hồng Diệp 63 TS. Đường Thị Hồng Diệp 64
FAD (Flavin Adenin Dinucleotid)
II.3.6.Oligonucleotid:
NH2
N
N Adenin
• goàm 1 soá nucleotid noái vôùi nhau
O O N N
H2C O P
OH
O P
OH
CH2O
O • laø sp thuûy phaân dôû dang cuûa A.N.
H OH
D - ribitol H H D - Ribose
H OH H
H
H OH
OH OH
H OH
H3C N N O
Flavin
NH
H3C N
O
TS. Đường Thị Hồng Diệp 65 TS. Đường Thị Hồng Diệp 66
II.4.NHÖÕNG SP TOÅNG HÔÏP TÖÔNG TÖÏ II.4.NHÖÕNG SP TOÅNG HÔÏP TÖÔNG TÖÏ
NUCLEOTID VÀ NUCLEOZID NUCLEOTID:
• Cytarabin
• ñöôïc söû duïng roäng raõi trong y hoïc. (arabinosylcytosine
hay AraC):
• Chuùng coù theå coù 1 trong 2 taùc – Coù chöùa Arabinose
duïng: thay vì Ribose ñeå
– Öùc cheá nhöõng enzym ñaëc hieäu ñieàu trò ung thö vaø
cuûa söï TH A.N. nhieãm sv.
– Taùc duïng leân söï keát hôïp ñoâi
base.
5-iodo-2’deoxyuridin:
Phaàn lôùn caùc öùng duïng laâm saøng
ñeàu khai thaùc vai troø tieàn chaát
duøng ñeå ñieàu trò
cuûa nucleotid ñoái vôùi A.N. vaø vieâm giaùc maïc do
khai thaùc thôøi ñieåm TB phaân sieâu vi Herpes (ức
chia, laø luùc DNA ñöôïc nhaân ñoâi chế sth virus, thay
thế thymidine trong
• Chaát 4 – DNA synthesis)
hydroxypyrazolopyrimidin
(Allopurinol) ñöôïc duøng ñeå ñieàu trò 5-fluorouracil: duøng
taêng a.uric maùu vaø beänh guùt ñeå ñieàu trò ung thö.
(thoáng phong): öùc cheá söï TH purin
vaø hoaït ñoäng cuûa xanthin oxydase.
TS. Đường Thị Hồng Diệp 67 TS. Đường Thị Hồng Diệp 68
Tóm lại Tóm lại
TS. Đường Thị Hồng Diệp 69 TS. Đường Thị Hồng Diệp 70
Một đoạn oligonucleotide từ chiều 5’ o 3’ Cấu tạo hóa học của A.N.
TS. Đường Thị Hồng Diệp 75 TS. Đường Thị Hồng Diệp 76
Acid nucleic là phân tử định hướng 5’ o 3’
Mô hình ctpt A.N.
TS. Đường Thị Hồng Diệp 77 TS. Đường Thị Hồng Diệp 78
ADN ARN
TS. Đường Thị Hồng Diệp 79 TS. Đường Thị Hồng Diệp 80
Monomer: Nucleozidmonophosphat III.2.1. Caáu truùc cuûa DNA:
TS. Đường Thị Hồng Diệp 81 TS. Đường Thị Hồng Diệp 82
Moâ hình phaân töû DNA (Watson, Cricks, Moâ hình phaân töû DNA (Watson, Cricks,
Wilkins) Wilkins)
5’
• 2 chuoãi polynucleotid xoaén ñoái song 3’→5’ vaø
Lieân keát Hydro 3’
5’→3’.
• Caùc Base quay vaøo trong
• Base cuûa sôïi naøy noái vôùi base cuûa sôïi kia
baèng lieân keát hydro, theo quy luaät boå sung
ñoâi base hay nguyeân lyù boå sung base:
• A=T
• C≡G
3’ 5’
TS. Đường Thị Hồng Diệp 83 TS. Đường Thị Hồng Diệp 84
Caáu truùc cuûa DNA Caáu truùc cuûa DNA
– Phaân töû xoaén ñoâi coù ñöôøng – Thöù töï base trong sôïi
nucleotid beân naøy quyeát
kính 2nm ñònh thöù töï base trong sôïi
nucleotid beân kia.
– Moãi voøng xoaén daøi 3,4nm
vaø coù 10 ñoâi base – Thoâng tin di truyeàn naèm
trong chuoãi nucleotid treân 1
sôïi ñöôïc goïi laø sôïi khuoân;
– Coù 2 raõnh lieân tuïc chaïy sôïi ñoái dieän ñöôïc goïi laø sôïi
voøng theo phía ngoaøi cuûa sôïi maõ hoùa vì noù phuø hôïp vôùi
xoaén ñoâi, goïi laø raõnh lôùn vaø baûn sao laø ARN maõ hoùa
raõnh nhoû. cho protein.
• Trong caùc raõnh, caùc protein
coù theå töông taùc ñaëc hieäu vôùi – Qui luaät ñoâi base coù yù
nhöõng nguyeân töû cuûa caùc nghóa to lôùn vì nhôø ñoù ngöôøi
nucleotid (thöôøng baèng lieân ta ñaõ giaûi thích ñöôïc cô cheá
keát hydro). nhaân ñoâi cuûa DNA, cô sôû
• Nhöõng protein ñieàu hoøa coù phaân töû cuûa quaù trình sinh
theå kieåm soaùt söï bieåu hieän saûn.
gen cuûa nhöõng gen ñaëc hieäu
nhôø töông taùc ñoù. – Khuùc coù nhieàu C-G beàn
TS. Đường Thị Hồng Diệp 85
hôn khuùc coù nhieàu A-T.TS. Đường Thị Hồng Diệp 86
C
G+T
C=G =1
=1
G A+C
TS. Đường Thị Hồng Diệp 87 TS. Đường Thị Hồng Diệp 88
III.2.3.Söï bieán tính cuûa DNA:
Ñaëc ñieåm chung
-Cấu trúc sợi đôi bị tách ra:
- khi n to
• Thaønh phaàn base cuûa DNA: - khi p nồng độ muối
– ôû moät loaøi nhaát ñònh: khoâng thay ñoåi theo - Tm = điểm nóng chảy của 2 sợi đôi
tuoåi, traïng thaùi dinh döôõng, hoaëc moâi - Tm phụ thuộc:
tröôøng - thành phần base của ADN
- nồng độ muối trong dd
– nhöng thay ñoåi töø loaøi naøy sang loaøi khaùc - G-C nhiều o Tm cao
vaø coù tính ñaëc hieäu theo loaøi. - A-T nhiều o Tm thấy hơn
- Formamid: chất o p Tm
TS. Đường Thị Hồng Diệp 89 TS. Đường Thị Hồng Diệp 90
TS. Đường Thị Hồng Diệp 93 TS. Đường Thị Hồng Diệp 94
III.2.4.Nhöõng loaïi caáu truùc xoaén ñoâi cuûa III.2.5.Caùc daïng caáu truùc cuûa DNA:
DNA • DNA coù moät soá daïng caáu truùc xoaén khaùc nhau:
– daïng xoaén ñôn: gaëp ôû moät soá virus.
– Daïng xoaén ñoâi: phoå bieán nhaát.
– Daïng xoaén ñôn voøng: DNA ty theå vaø moät soá virus.
– Daïng xoaén ñoâi voøng: daïng nhaân ñoâi cuûa virus hay DNA
cuûa virus
• ÔÛ moät soá sinh vaät nhö vi khuaån, bacteriophage vaø
nhieàu virus ñoäng vaät coù chöùa DNA, thì DNA coù
theå ôû daïng sieâu xoaén hoaëc xoaén thöôøng.
TS. Đường Thị Hồng Diệp 95 TS. Đường Thị Hồng Diệp 96
III.2.6.Vai troø cuûa DNA: Tóm lại
2 vai troø chính: • Bộ gen người được tạo nên từ ADN , một chuỗi
• Tích tröõ thoâng tin di truyeàn: laøm nguoàn thoâng tin cho xoắn kép gồm 2 sợi deoxyribonucleotide xoắn đối
söï toång hôïp taát caû caùc protein cuûa TB vaø cuûa cô theå. song xung quanh một trục tưởng tượng và được ổn
• Cung caáp thoâng tin maø caùc TB con chaùu ñöôïc höôûng định nhờ các liên kết hydro giữa các base nito của
töø TB meï mỗi chuỗi theo qui luật bổ sung đôi base.
• → laøm khuoân cho söï chuyeån maõ vaø sao cheùp. • Các nucleotide ngoài việc tham gia vào thành phần
cấu tạo của acid nucleic (ADN, ARN) còn có thể tồn
tại dưới dạng tự do với những vai trò sinh học nhất
định
Chuyeån maõ giaûi maõ
• Những sản phẩm tổng hợp tương tự nucleoside và
Sao cheùp DNA RNA protein nucleotide được dùng trong điều trị bệnh nhiễm và
ung thư
TS. Đường Thị Hồng Diệp 97 TS. Đường Thị Hồng Diệp 98
TS. Đường Thị Hồng Diệp 99 TS. Đường Thị Hồng Diệp 100
RNA - CAÁU TAÏO CHUNG Moät soá ñieåm khaùc bieät vaø ñaëc hieäu cuûa RNA:
• pentose: ribose
• Lieân keát 3’,5’ –
phosphodiester, ngoaøi
ra coøn coù: • base pyrimidin: Cytosin
2’,3’- phosphodiester vaø Uracil
(hieám: RNAt coù Thymin)
• Coøn coù theå chöùa 1 soá
base hieám(RNAt )
• RNAt laø phaân töû 1 chuoãi,
- Chæ coù moät maïch coù theå gaäp laïi ñöôïc
ñöôïc ñònh höôùng 5’->3’
- 1 soá virus coù RNA • G ≠ C vaø A ≠ U
chuoãi keùp
Ñònh höôùng maïch:
TS. Đường Thị Hồng Diệp
5’P -> 3’OH 101 TS. Đường Thị Hồng Diệp 102
TS. Đường Thị Hồng Diệp 105 TS. Đường Thị Hồng Diệp 106
3’
Sau khi hình thaønh töø maïch khuoân cuûa gen,
Vuøng khoâng maõ hoùa UAA UAA UAA
mRNA seõ traûi qua 1 quaù trình caét xeùn
maõ keát thuùc maõ keát thuùc maõ keát thuùc (splicing) ñeå loaïi boû caùc ñoaïn intron, trôû
P1 P2 P3
thaønh mRNA tröôûng thaønh.
TS. Đường Thị Hồng Diệp 107 TS. Đường Thị Hồng Diệp 108
III.3.2.2.RNAt (transfer RNA): laø RNA vaän
Caáu truùc moät mRNA ôû Eukaryote chuyeån
• 15% toång löዘng RNA
• Base: A, G, C, U vaø nhieàu
base hieám
Vuøng khoâng maõ hoùa • 75 – 90 nucleotid
Maõ keát thuùc UAA • Phaân töû löôïng ≈ 23.000 –
5’ 30.000
A-A-A- -
• Heä soá laéng 4S
G P P P
3’
AUG
• Ñöôïc taïo ra töø 1 tieàn chaát
5’ CAP
Vò trí gaén Rb Vuøng khoâng maõ hoùa trong nhaân
• RNAt goàm 1sôïi
polynucleotid cuoän khuùc
hình laù cheû ba, coù choã xoaén
ñoâi theo qui luaät ñoâi base.
TS. Đường Thị Hồng Diệp 109 TS. Đường Thị Hồng Diệp 110
TS. Đường Thị Hồng Diệp 111 TS. Đường Thị Hồng Diệp Nhánh đối mã 112
RNA vaän chuyeån RNA vaän chuyeån
• Phaân töû goàm 4 nhaùnh chính: • + Nhaùnh D (hay DHU):
• + Nhaùnh tieáp nhaän: ● coù teân töø base Dihydrouridin
● chöùa 7 ñoâi base l/k nhau = l/k hydro ● coù 3 hoaëc 4 ñoâi base
● keát thuùc: CCA (5’→3’) • + Nhaùnh Tψ C:
● aa gaén vaøo RNAt bôûi l/k ester (giöõa nhoùm –COOH ● coù 5 ñoâi base
cuûa aa vaø 3’-OH cuûa Adenosin)
● coù teân töø: thymidin, Pseudouridin,
• + Nhaùnh ñoái maõ: Cytidin
- Coù 5 ñoâi base.
• + Nhaùnh phuï boå sung:
• ● mang 3 nucleotid ñoái maõ → noù seõ nhaän ra maõ 3
töông öùng treân pt RNAm khuoân
● soá ñoâi base thay ñoåi → giuùp phaân bieät
caùc lôùp RNAt
TS. Đường Thị Hồng Diệp 113 TS. Đường Thị Hồng Diệp 114
TS. Đường Thị Hồng Diệp 115 TS. Đường Thị Hồng Diệp 116
GIAÛI MAÕ = DÒCH MAÕ
RNA ribosom ÑAËC ÑIEÅM CHUNG
Coù trong Rb, ty theå, luïc laïp Ñöôïc thöïc hieän bôûi caùc ribosome
Rb goàm 2 subunit (sub):
Coù theå coù caáu truùc baäc 1, baäc 2. - Lôùn(SubL)
- Nhoû(SubS)
Ñöôïc toång hôïp töø gen rARN
Chieám gaàn 0.3% boä gen
) rRNA (28s, 18s, 23s, 16s) o töø E.coli
) rRNA (5s) o töø caùc gen raõi raùc treân caùc NST
(ôû ngöôøi o NST1)
TS. Đường Thị Hồng Diệp 117 TS. Đường Thị Hồng Diệp 118
III.4.THUÛY PHAÂN ACID NUCLEIC BAÈNG III.4.THUÛY PHAÂN ACID NUCLEIC BAÈNG
NUCLEASE: NUCLEASE:
• Nuclease : enzym thuûy phaân lieân keát • Coù moät soá ñöôïc goïi laø endonuclease
phosphodieste. haïn cheá (restriction endonuclease):
• Coù 3 loaïi: + hieän dieän ôû moät soá vi khuaån, haïn cheá söï phaùt
1.Theo vò trí hoaït ñoäng: trieån cuûa 1 soá virut (theå thöïc khuaån).
• Endonuclease : caét lieân keát beân trong chuoãi polynucleotid
• Exonuclease : caét lieân keát phosphoester töø ñaàu chuoãi + caét 1pt DNA moät caùch ñaëc hieäu thaønh nhöõng
ñoaïn ngaén.
TS. Đường Thị Hồng Diệp 119 TS. Đường Thị Hồng Diệp 120
III.4.THUÛY PHAÂN ACID NUCLEIC BAÈNG III.4.THUÛY PHAÂN ACID NUCLEIC BAÈNG
NUCLEASE: NUCLEASE:
Td:
– Endonuclease EcoR1, vi • 2.Theo lieân keát bò taán
coâng:
khuaån laø E.coli.
• - loaïi a hay 3’ : caét lieân
keát 3’ phosphoester
– Endonuclease Hind III, vi • Td: phosphodiesterase
khuaån laø Haemophilus cuûa noïc raén, ñoù laø
influenzae: exonuclease ñaàu 3’, cô
chaát coù theå laø DNA hoaëc
RNA.
• - loaïi b hay 5’ : caét lieân
keát 5’ - nt-
• Td: phosphodiesterase
cuûa chuoät, laø moät
exonuclease ñaàu 5’, cô
chaát laø DNA hoaëc RNA.
TS. Đường Thị Hồng Diệp 121 TS. Đường Thị Hồng Diệp 122
TS. Đường Thị Hồng Diệp 125 TS. Đường Thị Hồng Diệp 126
Mục tiêu
1. Trình bày được khái niệm về phản ứng oxy hoá khử
sinh học.
CHUYỂN HOÁ NĂNG LƯỢNG 2. Phân tích được các giai đoạn và vai trò của chu trình
acid citric.
3. Phân tích được quá trình vận chuyển điện tử và tổng
Lâm Vĩnh Niên hợp ATP trong ti thể.
Bộ môn Hoá sinh
Thế khử chuẩn ở một số bán phản ứng sinh học quan trọng
Thế khử Bán phản ứng khử
+ −
Acetyl CoA + CO2 + H + 2e →pyruvat + CoA
E′° (V)
−0,48
Ferredoxin (Fe3+) + e−→ferredoxin (Fe2+) −0,43
• Liên hệ giữa thế khử thực sự (E) với E°: phương trình 2H+ + 2e−→ H2 (ở pH 7) −0,42
Nernst : α-Ketoglutarat + CO2 + 2H+ + 2e−→ isocitrat −0,38
Lipoyl dehydrogenase (FAD) + 2H+ + 2e−→lipoyl
dehydrogenase (FADH2) −0,34
• Ở 25 °C + + −
NADP + 2H + 2e → NADPH + H + −0,32
NAD+ + 2H+ + 2e−→ NADH + H+ −0,32
Acid lipoic + 2H+ + 2e−→ acid dihydrolipoic −0,29
• Điều kiện chuẩn hiệu chỉnh: pH 7. ký hiệu: E′°. + −
Glutathion (bị oxy hoá) + 2H + 2e → 2 glutathion (bị
• Quy ước: ∆E′° = E′°chất oxy hoá – E′° chất khử. khử) −0,23
FAD + 2H+ + 2e−→ FADH2 −0,22
FMN + 2H+ + 2e−→ FMNH2 −0,22
Acetaldehyd + 2H+ + 2e−→ ethanol −0,20
Pyruvat + 2H+ + 2e−→ lactat −0,18
+ −
Oxaloacetat + 2H + 2e → malat −0,17
Thế khử chuẩn ở một số bán phản ứng sinh học quan trọng
Bán phản ứng khử
3+ − 2+
Cytochrom b5 (Fe ) + e → cytochrom b5 (Fe ) (vi thể)
E′° (V)
0,02
CHU TRÌNH ACID CITRIC
Fumarat + 2H+ + 2e−→ succinat 0,03
Ubiquinone (Q) + 2H+ + 2e−→ ubiquinol (QH2) 0,04
Cytochrom b (Fe3+) + e−→ cytochrom b (Fe2+) (ti thể) 0,08
Cytochrom c1 (Fe3+) + e−→ cytochrom c1 (Fe2+) 0,22
Cytochrom c (Fe3+) + e−→ cytochrom c (Fe2+) 0,25
3+ −
Cytochrom a (Fe ) + e → cytochrom a (Fe )2+ 0,29
O2 + + 2H+ + 2e−→ H2O2 0,30
Cytochrom a3 (Fe3+) + e−→ cytochrom a3 (Fe2+) 0,35
(ferricyanid) + e− → (ferrocyanid) 0,36
Cytochrom f (Fe3+) + e−→ cytochrom f (Fe2+) 0,36
+ 2H+ + 2e−→ + H2O 0,42
3+ −
Fe + e → Fe 2+ 0,77
O2 + 2H+ + 2e−→ H2O 0,82
lượng.
C2 H2O
2H 7
3
C4 C6
C6
H2O
2H
4
6
2H
C4 CO2
C5 5
ATP C4
CO2
2H
Chu trình acid citric:
Vai trò chu trình acid citric
Tạo đương lượng khử, GTP (ATP), CO2
• Tạo các đương lượng khử, GTP (ATP) và CO2 Acetyl‐CoA + 3NAD+ +FAD + GDP (ADP) + Pi + 2H2O
2CO2 + 3NADH + FADH2 + GTP (ATP) +2H+ + CoA
• Tạo các chất trung gian sinh tổng hợp
• 2 C từ nhóm acetyl đi vào CT. 2 C rời CT ở dạng CO2.
• 4 cặp H rời chu trình trong 4 phản ứng oxy hoá khử.
Hem A
(trong cytochrom Protein sắt‐lưu huỳnh
loại a)
• Nguyên tử sắt nối với lưu huỳnh vô cơ
và/hoặc lưu huỳnh của Cys (protein).
• Protein sắt‐lưu huỳnh Rieske: sắt nối 2 gốc His.
• Vận chuyển 1 e (1 nguyên tử sắt của cụm Fe‐S
bị oxy hoá hoặc khử).
Hem B
(sắt protoporphyrin IX) Hem C
(trong cytochrom loại b) (trong cytochrom loại c)
Protein sắt‐lưu huỳnh Các phức hợp vận chuyển điện tử
• Các chất vận chuyển điện tử của chuỗi hô hấp:
tổ chức thành các phức hợp siêu phân tử gắn
màng, có thể tách rời về mặt vật lí.
• Mỗi phức hợp xúc tác một phần riêng biệt
trong quá trình dẫn truyền năng lượng.
• Đánh số từ I đến IV. Phức hợp V là ATP
synthase.
1Fe 2Fe-2S 4Fe-4S • Dòng điện tử: theo chiều tăng thế khử.
Các trung tâm sắt-lưu huỳnh
(chỉ tính số nguyên tử lưu huỳnh vô cơ).
Phức hợp I: Phức hợp I:
Từ NADH đến ubiquinon Từ NADH đến ubiquinon
• Tên khác: NADH:ubiquinon oxidoreductase • NADH cung cấp e ở mặt trong của màng cho
hay NADH dehydrogenase. phức hợp I.
• Lớn, 42 chuỗi polypeptid khác nhau • FMN nhận 2 e (dạng ion hydrid) từ NADH và 1
– Có flavoprotein chứa FMN proton từ chất nền, tạo FMNH2.
– Ít nhất 6 trung tâm Fe‐S. • FMNH2 được oxy hoá 2 bước, mỗi lần giải
• Cấu trúc hình L với một cánh tay trong màng phóng 1 điện tử lần lượt vào cụm Fe‐S.
và một cánh tay vươn vào chất nền. • Fe‐S lần lượt chuyển từng e đến ubiquinon (Q)
(gắn với phức hợp I ở bên trong màng)
ubiquinol (QH2).
Phức hợp I:
Từ NADH đến ubiquinon
• Ứng với mỗi cặp e từ NADH đến QH2 4 proton
từ chất nền ra khoang gian màng.
• Phản ứng tổng quát:
NADH + 5 +Q NAD+ + QH2 + 4
P: phía tích điện dương của màng trong (khoảng
gian màng); N: phía tích điện âm (chất nền).
Năng lượng của sự vận chuyển Năng lượng của sự vận chuyển
điện tử điện tử
• Chuyển e từ NADH qua chuỗi hô hấp đến O2: • Phần lớn năng lượng trên được dùng để bơm
NADH + H+ + O2 NAD+ + H2O proton ra khỏi chất nền.
NADH + 11 + O2 NAD+ + 10 + H2O
Điều hoà phosphoryl oxy hoá Điều hoà phosphoryl oxy hoá
• Theo nhu cầu năng lượng của tế bào. • Thiếu oxy vận chuyển e đến oxy chậm lại
– [ADP] phản ánh nhu cầu ATP điều hoà theo làm giảm sức proton động ATP synthase
[ADP] nội bào được gọi là kiểm soát chất nhận. hoạt động theo chiều ngược lại, thuỷ phân
– Tỉ số tác dụng khối lượng của hệ ATP‐ADP ATP để bơm proton ra ngoài.
([ATP]/([ADP][Pi])). Bình thường tỉ số này được giữ Chất ức chế protein IF1 ngăn chặn hoạt động
ở mức rất cao; khi tế bào cần năng lượng, tỉ số này
này, chống lại sự giảm mạnh nồng độ ATP.
giảm tốc độ hô hấp tăng lên.
Các chất ức chế phosphoryl oxy
Tóm tắt
hoá
1. Oxy hoá khử sinh học
4. Chu trình acid citric
5. Vận chuyển điện tử và tổng hợp ATP
O
và carbon đánh dấu di chuyển thành succinyl- O P
O
C
O
CoA. N
H
CH3
N CH3
Pyridoxal phosphate (PLP) H
glycine-PLP Schiff base (aldimine)
Bị ức chế bởi Pb2+. Ngộ độc chì làm tăng tổng hợp COO- CH2 COO- CH2
ALA (do không tổng hợp được heme giải ức chế CH2 CH2 CH2 CH2
KẾT GẮN PBG Thuỷ phân dipyrromethane của enzyme, giải phóng
COO-
hydroxymethylbilane gồm 4 vòng pyrrole
COO-
CH2 COO-
hydroxymethylbilane COO-
TẠO PROTOPORPHYRIN IX
TẠO UROPORPHYRINOGEN III COO
-
uroporphyrinogen III protoporphyrin IX
CH2 COO
- CH2
NH HN NH N
-
OOC CH2 CH2 CH2 COO- -
OOC CH2 CH2 CH2 COO- NH HN N HN
HN HN - -
NH NH OOC CH2 CH2 COO H3C CH3
HO
C NH HN C NH HN
CH2 COO- -
OOC CH2 CH2 COO- CH2 CH2 CH2 CH2
C C
CH2 CH2 CH2 CH2 CH2
- -
CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 COO COO COO- COO-
-
COO COO -
CH2
Uroporphyrinogen III CH2 CH2 - Khử carboxyl 4 chuỗi bên acetyl thành methyl (uroporphyrinogen
COO- Synthase COO- COO- decarboxylase): tạo coproporphyrinogen III
- Khử carboxyl oxi hoá 2 trong số 4 nhóm propionyl thành vinyl
- đóng vòng (coproporphyrinogen oxidase): tạo protoporphyrinogen IX
- Oxi hoá tạo liên kết đôi liên hợp (protoporphyrinogen oxidase): tạo
- xoay một pyrrole để tạo tetrapyrrole bất đối xứng protoporphyrin IX
TẠO HEME
CH2 protoporphyrin IX CH2 heme
CH CH3 CH CH3
H3C
NH N
CH CH2
++ +
H3C
N N
CH CH2
THOÁI HOÁ HEMOGLOBIN
Fe 2H
Fe
N HN N N
H3C CH3 H3C CH3
(Cytochrome P450)
(xanh)
Hệ võng nội mô
(lách: chủ yếu; gan, tuỷ xương)
TẠO BILIRUBIN TỰ DO BILIRUBIN TỰ DO
- màu vàng
- không tan trong nước (2 gốc - 250 – 300 mg được tạo ra/ngày
propionate tạo liên kết H nội phân - nguồn gốc:
tử) • 85% từ phá huỷ hồng cầu già,
- tự do: chưa kết hợp với acid • 15% từ sự tạo nguyên hồng cầu không hiệu
glucuronic quả, chuyển hoá protein chứa heme
- độc hệ thần kinh (myoglobin, cytochrome, peroxidase)
- phản ứng nhận biết diazo chậm - vận chuyển trong máu bởi albumin. Đến màng
bilirubin gián tiếp tế bào gan, bilirubin tách khỏi phức hợp với
albumin, được vận chuyển tích cực vào trong tế
Albumin
bào.
GAN - dư thừa: mô ngoại mạch: vàng da; não: tổn
MÁU
thương não
Chỉ có bilirubin tự do mới qua được hàng rào máu-não bệnh não
tăng bilirubin máu (kernicterus) là do tăng bilirubin tự do.
Chỉ có bilirubin liên hợp mới có thể xuất hiện trong nước tiểu vàng da
có bilirubin nước tiểu: tăng bilirubin LH; vàng da không có bilirubin
nước tiểu: tăng bilirubin không liêp hợp
5/15/2018
MỤC TIÊU
SINH TỔNG HỢP PROTEIN
• NÊU ĐƯỢC QUAN ĐiỂM CƠ BẢN VỀ SỰ
THÔNG TIN DI TRUYỀN: CHUYỂN MÃ VÀ
GiẢI MÃ
I. ĐẠI CƯƠNG
DÀN BÀI • Sự tổng hợp protein rất cần thiết cho sự tồn tại, tăng trưởng
và phát triển của TB.
• ĐẠI CƯƠNG
• Protein có nhiều chức năng quan trọng như:
– Xúc tác phản ứng (enzyme)
• LuẬN THUYẾT TRUNG TÂM VỀ SỰ DT
– Xây dựng TB và mô (protein cấu trúc)
• CÁC YẾU TỐ THAM GIA QUÁ TRÌNH STH – Bảo vệ cơ thể (kháng thể)
– v/ch các chất không tan trong máu (lipid, bil TD…)
PROTEIN
– Duy trì áp suất keo cho máu
• CƠ CHẾ STH PROTEIN • Protein có tính đặc hiệu rất cao
• Tính đặc hiệu này được truyền lại cho thế hệ sau (di truyền)
• BiẾN ĐỔI SAU DỊCH MÃ (PROTEIN FOLDING)
– TB con có khả năng TH được những protein có cấu trúc và t/c
1
5/15/2018
Chuyển mã Giải mã
(sao chép) (phiên dịch)
1 2
Nhân đôi
2.1.Nhaéc laïi veà protein vaø gen 2.1.Nhaéc laïi veà protein vaø gen
• - Protein coù 4 baäc caáu truùc (baäc I,II, III, IV).
• - Soá löôïng, thaønh phaàn, thöù töï cuûa caùc aa
• - Caáu truùc baäc I quyeát ñònh caùc baäc caáu truùc khaùc. Noù trong chuoãi polypeptid töông öùng vôùi thöù töï
bieåu thò soá löôïng, thaønh phaàn vaø thöù töï caùc aa cuûa cuûa caùc maõ ba treân gen caáu truùc.
chuoãi polypeptid.
• - Protein goàm 1 hay nhieàu chuoãi polypeptid vaø ngöôøi • Aa1 – aa2 - aa3 - ……………- aan (Chuoãi polypeptid)
ta xaùc ñònh ñöôïc laø 1 chuoãi polypeptid ñöôïc maõ hoùa • ……ACCGCATTC……………………GTA……(gen caáu truùc)
bôûi 1 ñoaïn DNA goïi laø gen caáu truùc hay cistron, Söï töông öùng giöõa chuoãi polypeptid vaø gen caáu truùc maõ hoùa noù.
trong ñoù cöù moãi boä ba nucleotid ñöôïc goïi laø boä ba maõ
hoùa hay maõ ba.
TS. Đường Thị Hồng Diệp 7 TS. Đường Thị Hồng Diệp 8
2
5/15/2018
TS. Đường Thị Hồng Diệp 9 TS. Đường Thị Hồng Diệp 10
2.2.Maõ di truyeàn
Vò trí thöù Vò trí thöù hai Vò trí thöù
1 (ñaàu 5’) 3 (ñaàu 3’)
U C A G
• - Muoán bieát maõ ba ôû DNA thì aùp duïng quy luaät ñoâi
U Phe Ser Tyr Cys U
Phe Ser Tyr Cys C base. Ví duï: caùc maõ ba UUU cuûa phenylalanin vaø
Leu Ser STOP STOP A
Leu Ser STOP Trp G GCU cuûa alanin treân RNAm thì töông öùng vôùi AAA vaø
C Leu
Leu
Pro
Pro
His
His
Arg
Arg
U
C
CGA ôû DNA.
Leu Pro Gln Arg A
• - Ñeå tìm maõ naøo töông öùng vôùi moät acid amin naøo ñoù
Leu Pro Gln Arg G
hoaëc moät acid amin naøo töông öùng vôùi moät maõ naøo
A Ile
Ile
Thr
Thr
Asn
Asn
Ser
Ser
U
C
Ile Thr Lys Arg A ñoù, ngöôøi ta coù theå döïa vaøo baûng maõ di truyeàn
Thr Lys Arg G
Met chuaån.
G Val
Val
Ala
Ala
Asp
Asp
Gly
Gly
U
C
• - Maõ di truyeàn chuaån neâu caùc maõ ba ôû RNAm cuûa 20
Val Ala Glu Gly A loaïi aa thöôøng gaëp trong caùc pt protein.
Val Ala
TS. Đường Thị HồngGlu
Diệp Gly G 11 TS. Đường Thị Hồng Diệp 12
3
5/15/2018
• Söï chuyeån maõ: coøn ñöôïc goïi laø söï phieân maõ • Transcriptase ngöôïc:
– Hieän dieän ôû 1 soá virus gaây ung thö
hay söï sao cheùp, laø söï toång hôïp RNAm döïa
– Laø enzym x/t söï TH DNA döïa treân khuoân laø ptöû RNA cuûa virus
treân khuoân laø DNA (chöùa caùc maõ) nhôø enzym taïo cDNA (complementary DNA)
RNA polymerase hay transcriptase. • RNA polymerase höôùng RNA (RNA replicase) cuûa E.coli
bò nhieãm virus
• Söï giaûi maõ: coøn ñöôïc goïi laø söï phieân dòch, laø – laø enzym x/t söï taïo thaønh 1 RNA boå sung döïa treân khuoân laø
söï toång hôïp protein döïa treân khuoân laø RNAm. RNA cuûa virus
• Do söï phaùt hieän naøy neân coù söï boå sung luaän thuyeát trung
taâm veà söï truyeàn ñaït tt DT .
TS. Đường Thị Hồng Diệp 13 TS. Đường Thị Hồng Diệp 14
ARNm
TS. Đường Thị Hồng Diệp ở eukaryote 15 TS. Đường Thị Hồng Diệp 16
4
5/15/2018
50S 30S
50S (60S) 30S (40S)
(60S) (40S)
E P A
50S
50S (60S)
(60S)
30S
(40S)30S
(40S)
Ribosome hoµn chØnh
TS. Đường Thị Hồng Diệp 17 TS. Đường Thị Hồng Diệp 18
TS. Đường Thị Hồng Diệp 19 TS. Đường Thị Hồng Diệp 20
5
5/15/2018
TS. Đường Thị Hồng Diệp 21 TS. Đường Thị Hồng Diệp 22
TS. Đường Thị Hồng Diệp 23 TS. Đường Thị Hồng Diệp 24
6
5/15/2018
Giari mã = Dịch mã
ARN ribosom Đặc điểm chung
Được thực hiện bởi các ribosome
Rb gồm 2 subunit (sub):
- Lớn (SubL)
- Nhỏ(SubS)
rARN
Translation
TS. Đường Thị Hồng Diệp 25 TS. Đường Thị Hồng Diệp 26
7
5/15/2018
TS. Đường Thị Hồng Diệp 29 TS. Đường Thị Hồng Diệp Nhánh đối mã 30
8
5/15/2018
TS. Đường Thị Hồng Diệp 33 TS. Đường Thị Hồng Diệp 34
5’
Vùng 3’ không mã hóa và có đuôi poly A
3’
9
5/15/2018
Cấu trúc của một mARN ở Eukaryote Acid amin – cấu trúc
5’
G P P P A-A-A- -
3’
AUG
5’ CAP
Vò trí gaén Rb Vuøng khoâng maõ hoùa
Amino acid
TS. Đường Thị Hồng Diệp 37 TS. Đường Thị Hồng Diệp 38
Vai trò của Enzyme và năng lượng Các bước của quá trình dịch mã
• GTP: Bước 1: hoạt hóa acid amin
- cung cấp NL cho sự chuyển vị
peptide-ARNt ở vị trí A sang vị trí P
- Gắn aa vào TTHĐ của enzyme
• Aminoacyl – ARNt - cần cho việc gắn formyl- Aminoacyl‐
synthetase: methionin (f-Met) và aminoacyl – tARN
ARNt vào ribosome synthetase l/k anhydride
– x/t tạo phức hợp aa – ARNt
– Có tính đặc hiệu cao (đặc • ATP:
biệt với ARNt) - Cung cấp NL cho sự gắn aa –
ARNt
• Peptidyl transferase:
– Có ở bán đơn vị lớn • Creatin-P:
– x/t tạo l/k peptide - cần cho sự tái tạo ATP
• Mg2+:
- 5-10mM cần cho sự gắn f- aa +
Met hay Met (TB có nhân)
- gắn aa-ARNt và ARNm vào P P P Adenosine
TS. Đường Thị Hồngribosome
Diệp → ổn định ribosome.39 TS. Đường Thị Hồng Diệp 40
10
5/15/2018
ARNt
TS. Đường Thị Hồng Diệp 41 TS. Đường Thị Hồng Diệp 42
Phương trình tổng quát bước 1 Sự sinh tổng hợp (sự đọc mã)
• Sự định vị của aa – ARNt trên vị trí P
Aminoacyl
(peptidyl) và A (aminoacyl) trên bán đơn vị
synthetase 50S ( 60S ở TB có nhân).
aai + ATP + E [aai ~ AMP] E tARNaai • Liên kết peptide giữa các aa tạo thành bởi
Adenylate acid amin enzyme ribosome.
• Gồm 3 giai đoạn: khởi đầu, kéo dài, kết thúc.
• 2 bán đơn vị lớn và nhỏ nằm riêng lẻ ở TB
chất
• Khi bắt đầu STH: ARNm gắn vào 30S từ đầu
AMP + E aai ‐ tARNaai 5’ (có codon AUG) với sự hỗ trợ của IF3 →
Aminoacyl ARNt
tạo phức: 30S – ARNm – IF3
1. tạo thành phức hợp adenylate – acid amin – enzyme
2. Gắn aa vào ARNt ở 3’-OH chuyên biệt bằng l/k ester.
TS. Đường Thị Hồng Diệp 43 TS. Đường Thị Hồng Diệp 44
11
5/15/2018
Bước 2: Tạo mạch polypeptid: 3 giai đoạn * Gắn aa đầu tiên Ở TB không nhân: aa đầu
* Giai đoạn mở đầu: tiên là formyl methionine
* Giai đoạn kéo dài: + Chặng 2: tạo l/k peptide Peptidyl transferase
Thêm dần từng aa vào qua đầu N-tận và gồm 3 chặng
+ Chặng 1: Gắn aminoacyl-tARNaa vào vị trí A
+ EF‐Tu + GTP
Hình thành L/k peptide giữa COO- của f-Met và NH2- của aa2
+ GDP Phóng thích EF – Tu và EF – Ts
GTP phân giải Vị trí A có ARNt2 của aa2 – Met (chuỗi peptide đang kéo dài)
EF-Tu và EF-Ts phóng thích F-Met tách khỏi ARNt1, ARNt1 còn ở lại vị trí P
TS. Đường Thị Hồng Diệp 47 TS. Đường Thị Hồng Diệp 48
12
5/15/2018
+ Chặng 3: Chuyển vị *Giai đoạn kết thúc: khi gặp stop codon
RF
Peptidyl transferase
Polysome
TS. Đường Thị Hồng Diệp 51 TS. Đường Thị Hồng Diệp 52
13
5/15/2018
- Biến đổi một số acid amin: Phosphoryl hóa (Ser, Thr, Tyr), gắn
thêm nhóm Carboxyl (Asp, Glu), methyl hóa (Lys)
A. Phosphoserine
- Gắn thêm chuỗi Carbohydrate (tạo Glycoprotein) B. N-
acetylgalactosamine
- Gắn thêm các nhóm ngoại khác C. N-acetylglucosamine
D. Biotin (coenzyme)
TS. Đường Thị Hồng Diệp 53 TS. Đường Thị Hồng Diệp 54
Glycoprotein
14
5/15/2018
Một số kháng sinh ức chế quá trình STH protein Sự khác biệt STH protein ở TB có nhân
và không nhân
TT Tên kháng sinh Cơ chế tác động
1 Cloramphenicol Gắn vào bán đơn vị 50S ức chế • Khác nhau về các yếu tố tham gia:
peptidyl transferase – Ribosom ở TB có nhân là 80S = 40S+60S
2 Tetracyclin Chèn vào trung tâm A của
ribosome ức chế gắn aminoacyl- – Sự khởi đầu ở TB có nhân cần: AUG hay
tARN vào ribosome GUG và methionine
3 Streptomycin, Liều cao: gắn vào bán đơn vị 30S – Ở TB có nhân có 2 ARNt cho methionin khởi
Kanamycin, Neomycin biến dạng ribosome ức chế giai
đoạn mở đầu STH protein. đầu và cho Met AUG.
Liều thấp: gây đọc mã sai – Sự thành lập phức chất khởi đầu cần 3
4 Puromicin Cấu tạo tương tự aminoacyl‐tARN gây proteins: F1, F2, F3
nhầm lẫn cho peptidyl transferase tạo
peptidyl‐puromicin rời khỏi ribosome
TS. Đường Thị Hồng Diệp 57 TS. Đường Thị Hồng Diệp 58
Tóm lại
TS. Đường Thị Hồng Diệp 59 TS. Đường Thị Hồng Diệp 60
15
5/15/2018
Phosphoryl hóa quá mức protein TAU Phosphoryl hóa quá mức protein TAU
16
5/15/2018
Amyloi protein
TS. Đường Thị Hồng Diệp 65 TS. Đường Thị Hồng Diệp 66
Hậu quả của biến đổi protein không hoàn Một vài amyloid protein‐ ví dụ lâm sàng
chỉnh sau dịch mã
• Transthyretin protein: • Islet amyloid
– Protein v/c thyroid polypeptide ( IAPP):
hormone và retinol trong
máu gặp trong TĐ type
– ở những người sống trên II)
80 tuổi, khám nghiệm tử
thi: tìm thấy dạng amyloid – Tạo dạng amyloid ở
ở tim, mạch máu, thận đảo Langer hans
• Amyloid A protein: SAA tuyến tụy.
trong huyết tương → l/qu
tới lipoprotein: khi viêm
nhiễm có sự tăng tích tụ
TS. Đường Thị Hồng Diệp 67 TS. Đường Thị Hồng Diệp 68
17
5/15/2018
Một vài bệnh liên quan amyloid protein -synuclein, protein xuyên màng – thể Lewy
18
5/15/2018
Prion protein
TS. Đường Thị Hồng Diệp 73 TS. Đường Thị Hồng Diệp 74
Prion protein và bệnh bò điên Hai giả thuyết về sự hình thành Amyloid
TS. Đường Thị Hồng Diệp 75 TS. Đường Thị Hồng Diệp 76
19
5/15/2018
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3174086/
Amyloid Precursor Protein Processing and Alzheimer’s Disease
Richard J. O’Brien1 and Philip C. Wong2
Annu Rev Neurosci. Author manuscript; available in PMC 2011 Sep 15.
TS. Đường Thị Hồng Diệp 77 TS. Đường Thị Hồng Diệp 78
Tóm lại
• Ở 1 vài vi khuẩn: t/g STH 150 aa là 15-30s
• Trong sự phiên dịch ribosome di chuyển
theo chiều dài mARN, kéo theo sợi
polypeptide đang dài ra.
• Một pt ARNm có thể được phiên dịch cùng
một lúc bởi nhiều ribosome
• Sau khi dịch mã chuỗi polypeptide cần
chỉnh sửa để có chức năng hoàn chỉnh và
trách bị phân hủy.
TS. Đường Thị Hồng Diệp 79 TS. Đường Thị Hồng Diệp 80
20
5/15/2018
21
2018
Đại cương:
• Các chất đều có con
đường chuyển hoá riêng.
LIÊN QUAN VÀ • Con đường chuyển hoá
ĐIỀU HOÀ CHUYỂN HOÁ của các chất có những
điểm chung, liên quan
chặt chẽ tạo nên mạng
lưới chuyển hoá chung rất
phức tạp của cơ thể.
• Ví dụ: Nuôi gà vịt bằng
ngô, thóc gà vịt béo.
1 3
1
2018
Liên quan giữa chuyển hóa các chất glucid, lipid, protid và acid nucleic 5 7
6 8
2
2018
Sự biến đổi qua lại giữa G, L, P: thông qua các chất ngã ba đường
• Chất ngã ba đường : sản phẩm thoái hóa chung
Sự liên hợp giữa các phản ứng và quá trình
: tiền chất chung
GLUCID LIPID
Chất ngã 3 đường
PROTID Sự liên quan chuyển hoá còn là sự liên hợp giữa các phản ứng và quá
VD: PYRUVAT, ACETYLCoA, OAA, GLYCEROL trình.
COOH COOH COOH COOH
l l l l
H2N- CH C=O GPT C=O H2N- CH Phản ứng liên hợp: sự kết hợp 2 phản ứng: phản ứng thoái hoá
l l l l
Pyruvat → tân tạo glucid giải phóng năng lượng và phản ứng tổng hợp thu năng lượng.
CH3 + CH2 CH3 + CH2
→ acetyl CoA → AB
l l
CH2 CH2
l l
COOH COOH
Ala αCETO GLUTARAT PYRUVAT Glu
• Quá trình chuyển hoá này liên quan đến quá trình chuyển hoá kia qua
các sản phẩm chuyển hoá
Tuy nhiên các chất không thể thay thế nhau hoàn
+ HMP → NADPHH+ → tổng hợp AB
toàn được vì: Ribose 5 P → tổng hợp AN
Citrulin Aspartat
chế độ dinh dưỡng cần hợp lý, đủ chất với tỷ lệ nhất Oxalo acetat
định.
Arginosuccinat malat
Arginin Fumarat
10 12
3
2018
Quan hệ chuyển hóa giữa các bào quan Quan hệ chuyển hóa giữa các mô
BÀO DỊCH
NHÂN TY THỂ
• Đường phân
NÃO:
• TỔNG HỢP • HMP • CHHTB
ADN • Tổng hợp AB • βOxh AB Mô não có tốc ñộ hô hấp cao, lấy ñến 20% lượng oxy tiêu thụ
ARN • CTAC lúc nghỉ.
NAD+ • Tạo thể ceton Nguồn năng lượng chủ yếu là con ñường HDP từ glucose
PO → não cần được cung cấp thường xuyên glucose và oxy.
RIBOSOM
Khi ñói, các thể ceton thay thế glucose
ATP
TY THỂ VÀ BÀO DỊCH CƠ:
ATP
Nguồn nhiêu liệu chính của cơ là glucose, acid béo và các thể
• Tân tạo G
ceton.
• CT urê
Tổng hợp protein Cơ không có glucose 6-phosphatase nên không giải phóng
• Tạo Hem
glucose vào máu. Cơ cũng không tham gia tân tạo ñường vì thiếu
THỂ TY : nơi chuyển hóa năng lượng (ATP)
NHÂN : tổng hợp ADN, ARN, NAD+ bộ máy enzym cần thiết.
13 15
RIBOSOM : STH Protein
Quan hệ chuyển hóa giữa các mô Quan hệ chuyển hóa giữa các mô
Ngoại trừ TG từ bữa ăn được chuyển hóa chủ yếu tại mô mỡ, hầu hết các chất
dinh dưỡng đến gan để được xử lý và phân phối. CƠ VÂN:
Lúc nghỉ, sử dụng 30% lượng oxy tiêu thụ. ↑khi làm việc nặng.
GAN : chức năng glycogen và nơi xảy ra βoxh Acid béo
ATP lúc ñầu từ creatin phosphathết (4’’ chạy nước
Glycogen AcetylCoA CTAC
rút)ñường phân G6P↑yếm khí tạo lactat. Mỏi cơ xảy ra chỉ
khoảng 20’’ sau vận ñộng tối ña do H+ & lactat giải phóng làm
Glucose Thể ceton
↓pH trong cơ.
Hầu như GAN ñóng vai trò trung tâm trong mối liên quan chuyển hoá giữa các14 mô. 16
4
2018
MÔ MỠ là nơi dự trữ TG, nơi xảy ra quá trình tổng hợp và phân giải TG.
Glucose Glycerol P
Chu trình Glucose-alanin
TG VLDL (TG) AB AcylCoA
Alanin ñóng vai trò như một chất
TG mang ammonia và bộ khung carbon
AB AB-albumin AB của pyruvate từ cơ ñến gan.
Ammonia ñược bài tiết và pyruvat
Glycerol Glycerol ñược dùng ñể tạo glucose, glucose
lại quay trở lại cơ.
Gan Mỡ
17 19
Thận
Cơ sử dụng glycogen như một
Thận lọc urê và các chất thải ra khỏi máu, giữ lại các sản phẩm nguồn năng lượng, tạo lactate thông
chuyển hóa quan trọng. qua con ñường ñường phân. Lactate
Thận cũng giúp duy trì thăng bằng acid base thông qua tái hấp ñược chuyển tới gan và chuyển
thu bicarbonat, bài tiết H+ và các acid chuyển hóa. thành glucose thông qua quá trình
tân tạo ñường.
Glucose này ñược phóng thích vào
Máu máu trở về cơ ñể bổ sung dự trữ
glycogen của cơ. Toàn bộ con
ñường này (glucose →
Máu giúp vận chuyển các chất chuyển hóa giữa các mô.
lactate → glucose) tạo thành chu
Một số con đường chuyển hóa có các pư xảy ra ở những cơ
trình Cori.
quan khác nhau.
18 20
5
2018
a) Cơ chế DLT dương: sự hoạt hóa DLTchất tác dụng: chất hoạt hóa, làm
TTHĐ dễ tiếp nhận cơ chất và hoạt độ enzym tăng lên (activator)
ĐiỀU HÒA CHUYỂN HÓA ATP ADP UTP PP
G G6P UDPG + Glycogen
• Khả năng kiểm soát tốc ñộ các quá trình glycogen synthase (GS)
chuyển hóa nhằm ñáp ứng với thay ñổi của môi +
UDP Glycogen-G
trường bên trong và bên ngoài. b) Cơ chế DLT âm: sự ức chế DLT
Chất tác dụng: chất ức chế (inhibitor) TTHĐ khó tiếp nhận cơ chất
• 2 mức ñộ: mức tế bào và mức hệ thống (toàn
E1 E2 E3
cơ thể) A → B → C → D… → Z
-
Ức chế ngược
E1: enzym DLT
Z : sản phẩm của 1 quá trình đồng thời là chất ức chế DLT
TD: E. coli
-
L-ThreoninTD→ → → → L.Isoleucin
(TD: threonin dehydratase)
21 23
6
2018
Operon ↓
ARNm
↓ Gen cấu trúc
• Ở vi khuẩn, các gen có chức năng liên quan với Hoạt động
nhau: xếp gần nhau, phiên mã vào cùng một R’
( Chất kìm hãm - Repressor )
ARNm polycistron.
( Môi trường có Glucose )
• Cụm gen này và các ñoạn ñiều hoà operon.
R’
Phức chất “ Kìm hãm – cảm ứng”
: Lactose ( chất cảm hứng – Inducer)
2.2 Cơ chế ảnh hưởng STH ENZYM (lượng enzym thay đổi) b. Cơ chế kìm hãm tổng hợp enzym (đối với enzym của 1 quá trình tổng hợp)
TD1: Nuôi Salmonella typhi trong môi trường có histidin thì sự tổng hợp các enzym xúc
a. Cơ chế cảm ứng tổng hợp enzym (đối với enzym của tác tổng hợp histidin ngừng
1 quá trình thoái hóa)
R P O S1 S2 S3 S4 ….. S9
MONOD & JACOB: nuôi cấy E. coli …..
↓
+ Môi trường có glucose: 3 enzym lượng rất nhỏ ARNm
β-Galactosidase ↓ ARNm
Galactosid permease E9
R’ (Aporepressor) E1 E2 E3 E4
Galactosid transacetylase Không hoạt động His
PRPP
7
2018
29 31
30
8
Mục tiêu
1. Trình bày được thành phần nước và c ác
CHUYỂN HOÁ NƯỚC điện giải trong cơ thể
THẰNG BẰNG NƯỚC – ĐIỆN GIẢI THĂNG BẰNG NƯỚC – ĐIỆN GIẢI
Ở người khoẻ mạnh, thể tích dịch và nồng Tổng lượng nước cơ thể có thể được chia
độ điện giải được duy trì ở giới hạn thành 2 khoang theo giới hạn của màng tế
nghiêm ngặt nhờ sự tương tác giữa một bào:
số hệ cơ quan 1) Dịch ngoại bào (Extracellular fluid, ECF)
dịch bên ngoài tế bào
1/3 tổng lượng nước cơ thể
(Ngoại bào)
DỊCH KẼ
Mao mạch
TỔNG LƯỢNG NƯỚC CƠ THỂ
Lúc mới sinh: ~75% khối lượng cơ thể
1 tuổi – trung niên:
Nam: ~60% KLCT
Nữ: ~55% KLCT
Sau tuổi trung niên: ~50% KLCT
HUYẾT TƯƠNG
Thành phần Huyết tương Dịch kẽ Dịch nội bào
(cơ vân)
Thể tích, H2O 3,5 l 10,5 l 28 l (TBW=42 l)
Thể tích 1300-1800 ml/m2 bề mặt cơ thể
Na+ (mEq/l) 142 145 12
K+ 4 4 156 5% thể tích cơ thể (~3,5 l/người 66 kg) [tổng thể tích cơ
thể: ước lượng từ khối lượng cơ thể với tỉ trọng cơ thể
Ca2+ 5 2-3 3
1,06 kg/l]
Mg2+ 2 1-2 26
Nồng độ khối lượng của nước/huyết tương: 0,933 kg/l
Hiếm 1
(phụ thuộc thành phần protein và lipid)
Tổng cation 154
Nồng độ molal natri: 140 (mmol/l) / 0,993 (kg/l) = 150
Cl- 103 114 4
mmol/kg H2O
HCO3- 27 31 12
Khối lượng chất tan/1 l huyết tương: 1,026 (tổng khối
Protein- 16 - 55
lượng của 1 l huyết tương) – 0,933= 0,093 kg
Acid hữu cơ- 5 - -
Nồng độ ion protein ~12 mmol/l, điện tích chủ yếu là do
HPO4- 2
albumin, còn globulin không đáng kể.
SO42- 1
Tổng anion 154
DỊCH KẼ DỊCH NỘI BÀO
Chủ yếu là dịch siêu lọc từ huyết tương ~66% tổng thể tích cơ thể
26% (~17 l) tổng thể tích cơ thể
Ngăn cách với huyết tương bởi lớp nội mô mao Thành phần dịch nội bào rất khó đo lường
mạch, vai trò như màng bán thấm: cho phép vì bị lây nhiễm từ môi trường xung quanh.
nước và các chất khuếch tán được đi qua, giữ lại Hồng cầu: dễ tiếp cận, nhưng không đại
chất có khối lượng phân tử lớn như protein
(không tuyệt đối) diện.
Sốc (nhiễm trùng): tính thấm nội mô mạch máu
tăng trầm trọng thoát albumin, giảm thể tích
tuần hoàn hữu hiệu, tụt huyết áp giảm tưới
máu não tử vong.