8/5/2023

TRƯỜNG ĐẠI HỌC DƯỢC HÀ NỘI

BỘ MÔN HÓA SINH Mục tiêu
1. Trình bày được thành phần cấu tạo, danh pháp, phân loại enzym và
ENZYM coenzym
2. Trình bày được cấu trúc phân tử và tính đặc hiệu của enzym
Giảng viên: TS. Nguyễn Xuân Bắc 3. Giải thích được các đặc tính của trung tâm hoạt động và cơ chế hoạt
Email: bacnx@hup.edu.vn động của enzym
4. Phân tích được động học của enzym một cơ chất, có chất ức chế cạnh
TL học tập : Bộ môn Hoá sinh (2015), Hoá sinh học, NXB Y học
tranh và không cạnh tranh
TL tham khảo : Lehninger, Principles of biochemistry, 7th edition
5. Giải thích được các yếu tố ảnh hưởng đến hoạt động và nguyên lý điều
hòa hoạt động enzym
6. Giải thích được một số ứng dụng của enzym trong y dược

Nội dung I. Đại cương về enzym

I. Đại cương về enzym
1. Khái niệm về enzym
II. Động học enzym
2. Cách gọi tên enzym (Danh pháp)
III. Các yếu tố ảnh hưởng đến hoạt động của enzym
3. Phân loại enzym
IV. Điều hòa hoạt động enzym 4. Đặc điểm của enzym
V. Ứng dụng của enzym trong Y Dược 5. Thành phần cấu tạo của enzym
6. Cơ chế hoạt động xúc tác của enzym

Cách gọi tên enzym (danh pháp)

Enzym = chất xúc tác sinh học có bản chất protein
• Không bị tiêu hao hoặc được sinh ra thêm trong quá trình phản ứng
• Tăng tốc độ nhưng không làm thay đổi hằng số cân bằng của phản ứng
1. Tên thường gọi: pepsin, trypsin, chymotrypsin
2. Tên cơ chất + ase: Urease, proteinase (protease)
3. Tên tác dụng + ase: oxidase, transferase, decarboxylase
4. Tên cơ chất + tên tác dụng + ase: lactat dehydrogenase,
tyrosin decarboxylase, tyrosin hydroxylase, DNA polymerase

• L-asparaginase
• Hydrolase
• L-asparagine
amidohydrolase
• 3.5.1.1

1
 8/5/2023

Cách gọi tên enzym (danh pháp) Cách gọi tên enzym (danh pháp)

E?

E?

Phân loại enzym (theo hội hóa sinh quốc tế)

? Enzym Loại/cơ chế phản ứng Ký hiệu (EC-Enzyme commission)
1. Oxidoreductase Oxy hóa khử EC 1
2. Transferase Vận chuyển nhóm EC 2
3. Hydrolase Thủy phân EC 3
4. Lyase Phân cắt EC 4
5. Isomerase Đồng phân hóa EC 5
Glucose phosphotransferase
6. Ligase Tổng hợp EC 6
2: Loại (vận chuyển)
7: Dưới lớp (vận chuyển gốc phosphat)
EC 2.7.1.1
1. Nhóm (vận chuyển gốc phosphat vào nhóm –OH)
1. Enzym riêng biệt (D-glucose là chất nhận gốc phosphat)

Phân loại enzym (theo hội hóa sinh quốc tế) Phân loại enzym (theo hội hóa sinh quốc tế)
1. Oxidoreductase EC 1
1. Glucose oxidase Enzym Ví dụ
2. Transferase EC 2
3. Hydrolase EC 3
2. Glycoxylate reductase 1. Oxidoreductase -dehydrogenase, -reductase, -oxidase,
4. Lyase EC 4 3. Hexose isomerase peroxidase, catalase, hydroxylase, synthase
5. Isomerase EC 5 4. Alanine transaminase 2. Transferase -transferase, -kinase, -phosphorylase, -thiolase,-
6. Ligase EC 6 5. Heme ligase polymerase, -synthase
3. Hydrolase -esterase,-lipase, -phosphatase, -glycosidase,
1. Lactate dehydrogenase protease, peptidase, nucleosidase (nuclease)
2. Malonyl decarboxylase 4. Lyase -decarboxylase, -dehydratase, -aldolase
1. Glutamate synthase
3. Protein kinase
2. Citrate synthase 5. Isomerase -isomerase, epimerase, racemase, mutase,
4. Lipase
synthetase, synthase
5. Glucose epimerase
6. Ligase -ligase, -synthetase, -synthase
https://enzyme.expasy.org

2
 8/5/2023

Đặc điểm của enzym Khả năng xúc tác của enzym
Thời gian bán hủy Tốc độ p/ư (kcat) Tốc độ p/ư (kcat) Hệ số tăng
Enzym khi không có enzym không enzym (số pt/s) có enzym (số pt/s) tốc độ phản ứng
• Bản chất protein => có những đặc điểm chung của protein (cấu
năm
trúc, tính chất lý hóa)
năm
• Đặc điểm riêng của enzym: (1) Khả năng xúc tác cao; (2) Đặc năm
hiệu: Cả loại phản ứng và cơ chất năm
tuần
ngày

giờ
giây

Ghi chú:
OMP decarboxylase: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase (Enzym trong tổng hợp pyrimydin)
AMP: Adenosin monophosphat
kcat: số chuyển hóa (catalytic number) của enzym

Tính đặc hiệu của enzym Tính đặc hiệu của enzym

Khái niệm: Mỗi enzym chỉ có khả năng xúc tác cho sự chuyển
hóa một hay một số chất nhất định, theo một kiểu phản ứng nhất • Đặc hiệu kiểu phản ứng:
định.
• Đặc hiệu kiểu phản ứng: chỉ xúc tác cho 1 phản ứng hoặc các
phản ứng gần giống nhau: phản ứng thủy phân.
• Đặc hiệu cơ chất: Biến đổi 1 cơ chất hoặc nhóm cơ chất gần
giống nhau: đặc hiệu tuyệt đối, đặc hiệu nhóm tuyệt đối, đặc
Liên kết peptid
hiệu nhóm tương đối, đặc hiệu quang học. (Tự học ví dụ)
Ví dụ: protease

Liên kết este

Tính đặc hiệu của enzym

Trypsin
• Đặc hiệu cơ chất: papain, trypsin,
Cơ chất
thrombin Cơ chất

TTHĐ

Phức hợp ES Phức hợp ES

Thrombin

Enzym Enzym

Mô hình “Khóa và chìa khóa” Mô hình “Nhận diện cảm ứng”

(Fisher-1890)

3
 8/5/2023

Tính đặc hiệu của enzym Đặc điểm chung của TTHĐ
1. Thường có các acid amin có nhóm chức đặc biệt:
serin (-OH), cysteine (-SH)
Tương tác chính xác glutamic (-COO-), lysin (-NH3+), histitin (imidazole)
giữa enzym và cơ chất
tryptophan, phenylalanine, valin (các nhóm kỵ nước).
Cơ chất
2. Cơ chất thường gắn với enzym bằng các liên kết yếu (hydro, ion, kị nước)
TTHĐ 3. Chỉ chiếm một phần nhỏ phân tử enzym, tối thiểu khoảng 100 acid amin
(các acid amin khác hỗ trợ cấu trúc phù hợp của TT hđ). Một enzym có thể có
Phức hợp ES
một hay nhiều TTHĐ.
(Cơ chất) 4. Có môi trường riêng biệt: Không có H2O (trừ khi nước là chất tham gia phản
Enzym
ứng). Môi trường không phân cực giúp tăng gắn cơ chất và tăng khả năng xúc
tác.

Thành phần cấu tạo của enzym Coenzym oxy hóa khử (vận chuyển điện tử) (1)
Coenzym nicotinamid Coenzym flavin
NAD+-Nicotinamid adenin dinucleotid FAD-Flavin adenin dinucleotid
NADP+-Nicotinamid adenin dinucleotid phosphat FMN-Flavin mononucleotid
2e, 1H+ 2e, 2H+

Vị trí phản ứng (trên nhân

nicotinamide)
Vị trí phản ứng (trên nhân
Enzym thuần flavin –d/c của isoalloxazine)
= protein (đơn giản) Nicotinamid (vit B3)

Enzym phức tạp = protein (apoenzym)

Riboflavin (vit B2)
+ chất cộng tác (cofactor)
Ví dụ enzym: SV tự liệt kê các enzym
Thiamine pyrophosphate (TPP)…: coenzym sau khi đã học chuyển hóa các chất
2’
Zn, Cu, Mn, Fe, Se….

Coenzym oxy hóa khử (vận chuyển điện tử) (2) Coenzym vận chuyển nhóm
Coenzym hem Coenzym Q (CoQ)
Coenzym A: VC nhóm acyl
Vị trí phản ứng

CoQ10: n=10 (ĐV có vú)

Coezym từ acid lipoic

Acid lipoic Acid dihydrolipoic Pyridoxal phosphat: VC nhóm amin;
1e Biocytin: VC nhóm carboxyl;
Fe2+ Fe3+ Tetrahydrofolat: VC 1 đơn vị carbon;
Số e được v/c:?
Ví dụ enzym: α-ketoglutarat dehydrogenase, 5’-deoxyadenosyl cobalamin: VC nhóm methyl
Ví dụ enzym: catalase, peroxidase,
monooxygenase, dioxygenase, pyruvate dehydrogenase, ketoacid dehydrogenase,
cytochrom oxidase 2-oxoadipate dehydrogenase Nguồn gốc của các coenzyme, ví dụ enzym? (SV tự tìm hiểu)

4
 8/5/2023

7. Cơ chế hoạt động xúc tác của enzym

Phân biệt coenzym và cơ chất?

Glyceraldehyd
3-phosphate
dehydrogenase

• Một coenzym thường được sử dụng bởi nhiều enzym

• Coenzym thường có nguồn gốc từ vitamin

Cơ chế hoạt động chung của enzym?

Cơ chế enzym làm giảm năng lượng hoạt hóa
TT chuyển tiếp X‡
Giảm NL
Không xt hoạt hóa • Gắn đồng thời các cơ chất vào TTHĐ để các cơ chất tiếp xúc gần
Có xt nhau
Cơ chất • Sử dụng năng lượng liên kết (Binding energy)
Năng lượng tự do

của
phản ứng
• Tạo liên kết cộng hóa trị (chymotrypsin)
• Acid-base: cho nhận proton giữa enzym và trạng thái trung gian
Sản phẩm
• Ion kim loại: tạo tác nhân ái nhân, ái điện tử, ổn định điện tích âm
Enzym làm tăng tốc độ phản ứng Chiều phản ứng
trên chất trung gian, cầu nối giữa enzym và cơ chất làm tăng
Không làm thay đổi cân bằng phản ứng
năng lượng gắn và giữ cơ chất ở cấu hình phù hợp cho phản
ứng xảy ra

Cơ chế cho nhận proton (acid-base)

TT chuyển tiếp X‡
Dạng acid Dạng base
Acid amin
(cho proton) (nhận proton)
Không xt
Vì sao giảm NL hoạt hóa lại
Có xt
làm tăng tốc độ phản ứng?
Cơ chất
Năng lượng tự do

của
phản ứng

Sản phẩm

Chiều phản ứng

5
 8/5/2023

Nội dung ĐỘNG HỌC ENZYM

I. Đại cương về enzym Khái niệm: Sự nghiên cứu tốc độ các phản ứng có sự xúc tác
của enzym
II. Động học enzym Vai trò: nghiên cứu các đặc tính xúc tác của enzym
III. Các yếu tố ảnh hưởng đến hoạt động của enzym
1. Động học phản ứng enzym một cơ chất
IV. Điều hòa hoạt động enzym 2. Động học enzym có chất ức chế
V. Ứng dụng của enzym trong Y Dược

Động học phản ứng enzym một cơ chất

Một số khái niệm
Tốc độ phản ứng (1) Pư 2 giai đoạn
• Tốc độ p/ư enzym: lượng S bị biến đổi (hoặc P tạo thành) do t/d của E trong một đv t/g
• Tốc độ ban đầu (Vo): t~0 (tốc độ p/ư chưa ảnh hưởng bởi sự thay đổi (2) Khi t ~ 0 Tốc độ
của t°, pH, [S], [P]) (Đ/v: M/s) phản ứng?
• Tốc độ cực đại (Vmax): khi E bão hòa S
Cân bằng
Tốc độ tạo thành ES
[S]
Tốc độ phân hủy ES
Sản phẩm

Tốc độ ban đầu

(3) Giả thuyết “trạng thái ổn

định”
Hằng số
Michaelis-Menten

Thời gian Nồng độ cơ chất

Ý nghĩa của KM
Phương trình
Michaelis-Menten Cơ chất
Enzym
• KM = [S] khi ½ số TTHĐ
Tốc độ ban đầu

được gắn với S (V=1/2 Vmax)

• [S]<<KM ([S]<1/100 KM)  (1) Tính [S] cần thiết để p/ư
P/ư bậc 1: xảy ra đáng kể
• [S]>>KM ([S]>100 KM) • KM ~ [S]in vivo => (2) tính [S]in vivo
P/ư bậc 0: • Nếu k-1 >> k2:
Nồng độ cơ chất
(3) KM thể hiện ái lực lk E-S
• [S] = KM:
= KM

6
 8/5/2023

Ý nghĩa của Vmax

Số chuyển hóa của một số enzym

(1) Vmax cho biết số chuyển hóa kcat (hằng số xúc tác-số phân tử
cơ chất được chuyển hóa bởi 1 phân tử enzym trong
một đơn vị thời gian khi enzym bão hòa cơ chất)
( (3) Xác định Hằng số đặc hiệu:
đo lường hiệu quả xúc tác của enzym )
Số chuyển
Enzym hóa/giây Hằng số đặc hiệu của một số cơ chất của chymotrypsin
Acid amin trong este Gốc acid amin

(2) Xác định tỷ lệ TTHĐ gắn cơ chất

Động học enzym có chất ức chế

Xác định KM và Vmax
• Chất ức chế cạnh tranh
Độ
• Phương trình Lineweaver-Burk dốc • Chất ức chế không cạnh tranh

Giao trục hoành Chất ư/c Cơ chất

cạnh tranh Chất ư/c không
Giao cạnh tranh
trục
tung

Động học enzym có chất ức chế cạnh tranh Động học enzym có chất ức chế không cạnh tranh
Không có
Không có Noncompetitive (doxycyclin + collagenase) chất ư/c
chất ư/c
Tốc độ tương đối
Tốc độ tương đối

Hằng số phân ly chất ức chế: Nồng độ cơ chất

Hằng số
phân ly E-I Nồng độ cơ chất
Đặc điểm:
Đặc điểm:
• KM không thay đổi
• KM tăng
Thuốc: ibuprofen, các statin • Vmax giảm
• Vmax không thay đổi
• Tăng [S] không làm mất ức chế
• Tăng [S] có thể làm mất ức chế

7
 8/5/2023

Nội dung III. Các yếu tố ảnh hưởng đến hoạt động enzym

I. Đại cương về enzym Một số khái niệm

• Hoạt độ enzym: là khả năng xúc tác phản ứng của enzym
II. Động học enzym
• Đơn vị hoạt độ:
III. Các yếu tố ảnh hưởng đến hoạt động của enzym
- U (UI) - Đơn vị quốc tế (đơn vị tiêu chuẩn): 1 U = lượng E
IV. Điều hòa hoạt động enzym xt chuyển hóa 1 µmol S sau 1 phút (µmol/phút) ở đk tiêu chuẩn
- Katal (kat): 1 kat = lượng E xt chuyển hóa 1 mol S sau 1
V. Ứng dụng của enzym trong Y Dược
giây (mol/giây) ở đk tiêu chuẩn; 1 kat =? U
- Hoạt độ riêng: U/mg, U/ml
- Hoạt độ phân tử (kcat số chuyển hóa): số phân tử S được
chuyển hóa bởi 1 phân tử E trong 1 đv t/g (giây)

III. Các yếu tố ảnh hưởng đến hoạt động của enzym IV. Điều hòa hoạt động enzym
Hoạt độ tương đối (%)
100
• Nồng độ cơ chất • Tăng nhiệt độ 10°C:
Điều hòa enzym
tốc độ phản ứng tăng 2 lần
• Nồng độ enzym
50 • Nhiệt độ thích hợp: 35-45°C
• Nhiệt độ
(37oC)
• pH môi trường (trypsin 7,8) • Ngoại lệ: Papain 70-80oC Thay đổi hoạt tính E Thay đổi số lượng E
• Chất hoạt hóa (Cl-) (1,2,3,4) (5)
20 40 60 toC
• Chất ức chế 1,6 7,8 1. Điều hòa dị lập thể
• Ánh sáng 2. Tạo isozym
• Tia xạ
3. Tạo liên kết cộng hóa trị thuận nghịch
• Sóng siêu âm
4. Loại bỏ bỏ một phần enzym (phân cắt protein)
5. Điều hòa sinh tổng hợp enzym

1. Điều hòa dị lập thể

Feedback (-) (điều
D
hòa ngược âm tính) o x
S D
Chất điều
hòa
Tốc độ tạo thành N-
carbamoylaspartat

D tạo ra
quá nhiều

Ghi chú: ATCase - Aspartate transcarbamoylase

8
 8/5/2023

2. Tạo isozym (isoenzym) 3. Tạo liên kết cộng hóa trị

Lactat dehydrogenase tim chuột cống Lactat dehydrogenase ở các cơ quan
ở các độ tuổi khác nhau khác nhau của chuột cống Ví dụ
Hồng Bạch Kiểu biến đổi Chất cho nhóm VD E bị biến đổi
Não Cơ Gan
Tim Thận cầu cầu

Chuột
trưởng
thành

Tiểu đv H (H-heart) isozym : Các E cùng xúc tác 1 pư nhưng tồn tại ở
các dạng phân tử ≠, trong cùng một cơ thể, ở các mô ≠ ,
Tiểu đv M (M-muscle)
cơ quan ≠ , giai đoạn phát triển ≠

4. Loại bỏ một phần enzym (zymogen hoặc proenzym) 5. Điều hòa sinh tổng hợp enzym

• Enzym tiêu hóa

• Enzym trong quá trình đông máu • Cảm ứng, ức chế sinh tổng hợp enzym: thường thông qua điều
• Enzym của quá trình chết theo chương trình hòa quá trình phiên mã (Xem chương Protein)
Ví dụ: Enzym tiêu hóa • Yếu tố điều hòa: Hormon (Xem chương Hormon)
• Đặc điểm: chậm nhưng kinh tế (tiết kiệm nguyên liệu để tổng
hợp enzym-chỉ tổng hợp khi cần thiết)
Vị trí tổng hợp Zymogen Enzym hoạt động

Dạ dày
Tụy
Tụy
Tụy

V. Ứng dụng của enzym trong Y Dược

• Bệnh lý chuyển hóa di truyền: >100 bệnh
Galactose máu (E: galactose-1-phosphate
• Xét nghiệm enzym trong chẩn đoán bệnh uridyltransferase), không dung nạp sữa (E: lactase), tan
• Sử dụng enzym trong các xét nghiệm hóa sinh máu (E: G6PD)
• Sử dụng enzym làm thuốc • Thiếu hụt enzym do phẫu thuật dạ dày, tụy
• Chẩn đoán bệnh: ALT, AST, LDH, CK, ALP, ACP
• Sử dụng thuốc tác dụng trên enzym
• Thuốc là enzym: urokinase, nattokinase, α-chymotrypsin,
• Sử dụng enzym để tổng hợp dược chất asparaginase
• Thuốc tác dụng trên enzym: > 300 thuốc, tác dụng trên
>70 enzym (người, vi khuẩn, virus, nấm)

9
 8/5/2023

Enzym Số EC Ví dụ thuốc Chỉ định

10