Transkrypcja u prokariota

- RNA powstaje z nukleotydów trifosforanowych z udziałem polimerazy RNA. Organizmy

prokariotyczne posiadają tylko jedną polimerazę RNA. Składa się ona z 5
podjednostek: dwóch podjednostek alfa - wiążących białka regulatorowe, podjednostki
beta - tworzącej wiązania fosfodiestrowe, podjednostki beta' - wiążącej matrycę DNA
i podjednostki epsilon 70 - rozpoznającej promotor i inicjującej transkrypcję.

- Najlepiej scharakteryzowano polimerazę RNA z Escherichia coli:

* wiąże się z DNA w miejscu inicjacji transkrypcji
* rozwija na krótkim odcinku (około 17 par zasad) podwójną helisę DNA,
udostępniając matrycę DNA do syntezy RNA, przemieszcza się w kierunku do 5' nici
matrycowej
* wytwarza wiązania fosfodiestrowe, nie wymaga startera, nie posiada aktywności
nukleazowej
* jedna cząsteczka polimerazy RNA katalizuje syntezę całej cząsteczki RNA. Wykrywa
miejsca terminacji procesu transkrypcji

Inicjacja: Pierwsza sekwencja promotorowa w okolicy nukleotydu -10 składa się z par
AT, w jej obrębie następuje rozdzielenie podwójnej helisy, w celu udostępnienia
nici matrycowej. Druga natomiast jest rozpoznawana przez podjednostkę epsilon70
polimerazy RNA, co powoduje związanie tego enzymu z matrycowym DNA. Zasadniczą
rolę w odnalezieniu miejsca promotorowego odgrywa podjednostka epsilon70. Po
spełnieniu tej funkcji odłącza się od holoenzymu. Funkcję tę spełnia polimeraza
RNA. Rozplata ona podwójną helisę na odcinku około 17 par zasad

Elongacja. Proces elongacji jest katalizowany przez rdzeń polimerazy RNA,

pozbawiony podjednostki a70, a zawierający pozostałe podjednostki. Rozpoczyna się
od wytworzenia pierwszego wiązania fosfodiestrowego. Synteza RNA postępuje od końca
5' do końca 3'.
Obszar zawierający rozpleciony fragment DNA, polimerazę RNA oraz powstający
łańcuch RNA jest nazywany „bąblem transkrypcyjnym''. Cząsteczka polimerazy RNA
przesuwa się zgodnie z kierunkiem wydłużania nici RNA, rozplatając kolejne skręty
podwójnej helisy DNA i udostępniając dalsze fragmenty nici matrycowej

Terminacja: Transkrybowane rejony matrycy DNA zawierają sekwencje nukleotydowe,

które wysyłają sygnał „stop". Sygnał taki wysyła fragment DNA bogaty w pary GC, za
którym
występuje region bogaty w pary AT. W miejscu, gdzie w matrycy występuje AAAA, w RNA
pojawia się UUUU. Wiązanie typu A=U jest najsłabszym z występujących pomiędzy
zasadami purynowymi i pirymidynowymi, dlatego nowo powstały RNA łatwo odłącza się
od matrycy DNA, a następnie
od polimerazy RNA. Uwolniona nić matrycowa DNA ponownie łączy się z nicią kodującą,
odtwarzając podwójną helisę. Rdzeń polimerazy (bez podjednostki epsilon70) ma
mniejsze powi
nowactwo do podwójnej helisy niż do jednoniciowego DNA, dlatego uwalnia się z
matrycy. Podjednostka a70 przyłącza się powtórnie do rdzenia enzymu, odtwarzając
holoenzym, któ
ry ponownie wiąże się z promotorem, aby rozpocząć syntezę kolejnej cząsteczki RNA.
W procesie terminacji uczestniczy także białko p i inne białka.

Transkrypcja u eukariota

Synteza RNA w komórkach eukariotycznych cechuje się pewną odrębnością. Komórki te

zawierają trzy polimerazy RNA, różniące się wrażliwością na hamujące działanie
amanityny.
Inhibitor ten jest oktapeptydem, zawierającym kilka rzadko występujących
aminokwasów. Polimerazy RNA komórek eukariotycznych składają się z 8- 12
podjednostek. Wszystkie działają podobnie jak polimeraza bakteryjna.

Polimeraza I występuje w jąderku, syntetyzuje rRNA o stałych sedymentacji 5,8S, 18S

oraz 28S. Nie jest hamowana przez amanitynę.

Polimeraza II występuje w nukleoplazmie, syntetyzuje

prekursory mRNA, jest bardzo wrażliwa na działanie amani
tyny. Hamujący efekt jest widoczny nawet przy bardzo niskich
stężeniach inhibitora.

Polimeraza III występuje w nukleoplazmie, syntetyzuje

tRNA oraz rRNA o stałej sedymentacji SS. Podobnie jak polime
raza II jest wrażliwa na hamujące działanie amanityny, ale efekt
ten uwidacznia się tylko przy wysokich stężeniach inhibitora.

W DNA eukariotycznym miejsca promotorowe są inaczej

rozmieszczone. Ich stałymi elementami są sekwencje nukleo
tydowe: TATA, GC i CAAT.

W pierwszej kolejności z rejonem TATA wiąże się (czynnik transkrypcyjny 2) TF II D,

a następnie kolejno: TF II A, TF II B, polimeraza II, a w ostatniej kolejności TF
II E. Tak powstaje kompleks zwany podstawowym aparatem transkrypcyjnym. Funkcje
promotorów są pobudzane przez sekwencje wzmacniające, zlokalizowane w miejscach
odległych o kilka tysięcy par zasad. Aktywność niektórych sekwencji wzmacniających
jest pobudzana przez hormony steroidowe

Transkrypcja u prokariota
RNA powstaje z nukleotydów trifosforanowych z udziałem polimerazy RNA. Organimy
prokariotyczne posiadają jeden rodzaj polimerazy RNA, posiada ona 5 podjednostek; 2
podjednostki alfa - wiążące białka regulatorowe, podjednostkę beta - tworzy
wiązania fosfodiestrowe, podjednostkę b' - wiąże matrycę DNA oraz podjednostkę
epsilon70, która ropoznaje promotor i inicjuje transkrypcje. Najlepiej
scharakteryzowano polimerazę RNA z Escherichia coli:
- rozplata na krótkim odcinku podwójną helisę
- tworzy wiązania fosfodiestrowe
- porusza się w kierunku do 5' matrycowego DNA
- wiąże się z DNA w miejscu inicjacji transkrypcji
- nie wymaga startera, nie wykazuje aktywności nukleazowej

Inicjacja: Pierwsza sekwencja promotorowa znajduje się na odcinku -10 nukleotydu, w

jego obrębie następuje rozplecenie podwójnej helisy, podjednostka epsilon70
rozpoznaje drugie miejsce promotorowe, co powoduje związanie tego enzymu z DNA.
Podjednostka epsilon70 odłącza się od holoenzymu

Elongacja: Proces elongacji jest katalizowany przez polimerazę RNA bez podjednostki
epsilon70, ale z innymi podjednostkami. Rozpoczyna się od wytworzenia pierwszego
wiązania fosfodiestrowego. RNA jest wydłużane w kierunku od 5' do 3'. Polimeraza
RNA, rozpleciona helisa DNA i nić RNA tworzą tzw. bąbel transkrypcyjny. Cząsteczka
polimerazy RNA przesuwa się rozplatając kolejne skręty helisy DNA.
Terminacja: Sekwencja nukleotydowa bogata w pary GC, a potem AT wysyła sygnał stop.
Wiązanie A=U jest najbardziej nietrwałym wiązaniem wśród zasad purynowych i
pirymidynowych co powoduje, że nić mRNA odłącza się od DNA, a następnie od
polimerazy RNA. Uwolniona nić matrycowa ponownie wiąże się z nicią kodującą. Rdzeń
polimerazy wykazuje mniejsze powinowactwo do podwójnej helisy, dlatego wiąże
podjednostkę epsilon70 i wyszukuje inne miejsce promotorowe. W procesie terminacji
uczestniczy także białko p i inne białka.

Transkrypcja u eukariota
RNA jest syntetyzowane z nukleotydów trifosforanowych przy pomocy polimerazy RNA. U
eukariota występują głównie 4 formy polimerazy RNA: I, II, III. Każda z trzech form
wykazuję inną aktywność na działanie inhibitora - amanityny.
Polimeraza I - syntetyzuje rRNA, występuje w jąderku. nie jest hamowana przez
amanitynę
Polimeraza II - syntetyzuje mRNA, występuje w nukleoplazmie, jest hamowana przez
amanitynę już przy niskich stężeniach tego enzymu
Polimeraza III - syntetyzuje tRNA i rRNA, występuje w nukleoplazmie, jest hamowana
przez amanitynę przy wysokich stężeniach

W DNA eukariotycznym sekwencje promotorowe są inaczej rozmieszczone, ich stałymi

elementami są sekwencje nukleotydowe; TATA, GC, CAAT.
W pierwszej kolejności z rejonem TATA wiąże się czynnik transkrypcyjny II D,
następnie kolejno TF II A, TF II B, polimeraza II, a w ostatniej kolejności TF II
E. Tak powstaje kompleks zwany aparatem transkrypcyjnym. Funkcje promotorów są
pobudzane przez sekwencje wzmacniające, niektóre z nich są pobudzane przez hormony
steroidowe.

Witamina C, inaczej kwas askorbinowy, uczestniczy w syntezie kolagenu, jej niedobór

to szkorbut, którego jednym z objawów jest wypadanie zębów, witamina C jest
rozpuszczalna w wodzie, dlatego jej nadmiaru pozbywamy się razem z moczem, wykazuje
silne właściwości antyoksydacyjne, jest ,,zmiataczem,, wolnych rodników, zapobiega
powstawaniu kancerogennych nitrozoamin, zapobiega przechodzeniu jonu Fe2+
potrzebnego do aktywacji enzymów uczestniczących w procesie hydroksylacji reszt
prolilowych i lizylowych w jon Fe3+o człowiek jako jeden z niewielu gatunków nie
może samodzielnie jej syntetyzować, obróbka termiczna wiąże się ze znaczną utratą
witaminy C

Ekspresja genów u eucariota, prokariota, nukleotydy i budowa DNA, RNA

Gen jest to fragment DNA, który determinuje określoną cechę dziedzicznąk zwykle
poprzez syntezę określonego białka lub RNA. W poszczególnych komórkach, tylko
niektóre geny ujawniają swoją obecność. U eukariota jedynie 2% RNA koduje białka.
Wszystkie komórki jednego organizum mają te same geny, lecz nie wszystkie ulegają
ekspresji w jednakowym stopniu. Poszczególne geny są od siebie rozdzielone
sekwencjami niekodującymi, niektóre z nich mają duże znaczenie w regulacji
ekspresji genów. Pobudzanie ekspresji genów eukariotycznych zachodzi na drodze
trzech głównych mechanizmów:
- czynniki transkrypcyjne - wiążą się do liczych miejsc regulatorowych i pobudzają
transkrypcję
- cytoplazmatyczne receptory hormonów steroidowych - receptor po związaniu hormonu
wnika do wnętrza jądra komórkowego i pobudza ekspresję określonego genu
- indukcja substratowa

Ważną rolę w regulacji ekspresji genów pełnią różne regulatorowe cząsteczki RNA.
Hamowanie ekspresji zachodzi głównie poprzez metylację zasad i poprzez wiązanie
histonów - fragmenty DNA nieulegające transkrypcji są w wysokim stopniu metylowane,
są silniej związane z histonami