Professional Documents
Culture Documents
อ.รัชนีกร Protein - synthesis - 2557 Handout
อ.รัชนีกร Protein - synthesis - 2557 Handout
2557
Protein synthesis
2
Translation
การสงั เคราะห์โปรตีนเริม
่ จากจุดเริม
่ ต ้นทางด ้าน NH2-terminal
ไปสนิ้ สุดที่ COOH-terminal
L-amino acid
t-RNA
Genetic code
Aminoacyl-tRNA synthetase
ribosome
Amino acid
4
Transfer RNA (tRNA)
5
Wobble position
Transfer RNA (tRNA)
6
Wobble position
7
Second position
U C A G
UUU UAU Tyr UGU Cys U
U UUC Phe UCU
UCC Ser UAC UGC C
UUA Leu UCA UAA STOP UGA STOP A
UUG UCG UAG UGG Trp G
CCU CAU His CGU U
First position
CUU
Third position
C CUC Leu CCC Pro CAC CGC C
CUA CCA CAA Gln CGA Arg A
CUG CCG CAG CGG G
ACU AAU Asn AGU U
lle ACC Thr AAC AGC Ser C
A AAA Lys AGA
AUG Met ACA
ACG AAG AGG Arg
A
G
GCU GAU Asp GGU U
G GUC Val GCC Ala GAC Gly C
GCA GAA Glu GGA A
GCG GAG G
Genetic code
9
รหัสพันธุกรรม
สงิ่ มีชวี ต
ิ ทุกชนิด ทัง้ prokaryote และ eukaryote ใช ้ genetic
code เดียวกัน (ยกเว ้นใน mitochondria ของมนุษย์มรี หัสบางรหัส
ต่างออกไป) จึงอาจเรียกว่า universal genetic code
ั ้ ลง (truncated polypeptide
Nonsense mutation : โปรตีนสน
chain)
CGA (Arg) UGA (stop)
Silent mutation
AAA (Lys) AAG (Lys)
Frameshift mutation
Pro Gln Trp Ser Arg His
PPi 2Pi
เอนไซม์นม
ี้ ี 20 ชนิด แต่ละชนิดจำเพาะกับกรดอะมิโนแต่ละตัว
Aminoacyl-tRNA synthetase
15
Initiation
Elongation
Termination
Initiation
18
้ น
ปั จจัยทีใ่ ชในขั ้ ตอน initiation
mRNA
Met-tRNA (ใน prokaryote ใช ้ formyl methionyl-tRNA)
ribosome
initiation factors (IF)
GTP
ATP
Process of initiation (eukaryotes)
19
AUG
5' 3' mRNA
เกิดขึน
้ หลังการเกิด initiation complex
ปั จจัยทีใ่ ช ้ คือ
initiation complex
aminoacyl-tRNA ทีร่ วมกับ eEF1α และ GTP เป็ น complex
elongation factors (EF)
GTP
Process of elongation
24
eEF-1α ทีจ
่ ับกับ GTP จะพา aa-tRNA ไปรวมกับ initiation
complex ที่ A site
เมือ
่ A site ว่าง aa-tRNA ตัวใหม่จะเข ้ามาจับ และเกิด
ขบวนการต่าง ๆ ดังทีก ่ ล่าวมาใหม่
Process of elongation
26
Termination
27
Translocation
Termination
Polyribosome (polysome)
30
mRNA สายเดีย
่ วแต่ม ี ribosome เกาะอยูห
่ ลายกลุม
่
เกิดจากเมือ
่ ribosome เริม ่ สงั เคราะห์โปรตีนไปแล ้ว ribosome
่ สงั เคราะห์โปรตีนอีกโมเลกุลได ้โดยไม่ต ้องรอให ้
ตัวใหม่จะเริม
ribosome ตัวแรกสงั เคราะห์โปรตีนจนจบสายก่อน
lung destruction
Protein translocation (protein targeting)
36
การเคลือ
่ นย ้ายโปรตีนจากบริเวณทีส่ งั เคราะห์ไปยังบริเวณที่
โปรตีนทำงาน แบ่งได ้เป็ น 2 กลุม
่
1. Post-translational translocation
2. Cotranslational translocation
Post-translational translocation
37
โปรตีนในกลุม
่ นีจ
้ ะมี signal sequence ทีด
่ ้าน N-terminus
ขัน
้ ตอนการเกิด cotranslational translocation
Signal sequence จะจับกับ signal recognition particle (SRP)
SRP จะพาโปรตีนและ ribosome ไปจับกับ SRP receptor (docking protein)
ที่ ER และโปรตีนจะถูกสง่ เข ้าไปใน lumen ของ ER
เมือ่ สงั เคราะห์โปรตีนเสร็จ singal sequence จะถูกตัดออก
โปรตีนใน lumen ถูกสง่ ไป Golgi body และเกิด exocytosis
Cotranslational translocation
39
Secretion
40
Constitutive secretion
่ การสง่ plasma protein ออก
ตัวอย่างเชน
นอกเซลล์
Regulated excretion
โปรตีนทีส่ งั เคราะห์จะถูกเก็บไว ้ใน
secretory vesicle
เมือ
่ เซลล์ถก ู กระตุ ้น โปรตีนจะถูกปล่อย
ออกมาโดยวิธ ี exocytosis
Intracellular protein
41
degradation
โดยทั่วไปโปรตีนแต่ละ
ชนิดจะมี half-life ต่างกัน
เชน่ ในเซลล์ตบั เอนไซม์
ทีค
่ วบคุม metabolism
จะสลายเร็วกว่าโปรตีนอืน ่
โปรตีนทีม ่ ี PEST
sequence (proline-
glutamate-serine-
threonine) มากจะมี
half-life สน ั้
Intracellular protein
42
degradation
การสลายโปรตีนในเซลล์
Lysosome degradation
Other proteolytic systems
- Apoptosis หรือทีเ่ รียกว่า programmed cell death
อาศยั เอนไซม์ caspases
- Calcium-dependent thiol proteases ทีเ่ รียกว่า
calpains
Ubiquitin-ATP dependent pathway
43
ทำหน ้าทีส
่ ลายโปรตีนทีผ
่ ด
ิ ปกติ หรือหมดอายุการใชงาน ้ เชน่
regulatory protein และ protein ทีเ่ กีย
่ วข ้องกับการแบ่งตัว
ของเซลล์
จากนัน
้ protease complex จะสลายโปรตีนและปล่อย
้ ้ใหม่
ubiquitin ออกไปใชได
44
Ubiquitin-ATP
dependent
protein
degradation
Lysosome degradation
45
ขบวนการเปลีย
่ นแปลงนี้ ได ้แก่
proteolytic cleavage : การเปลีย
่ น zymogen หรือ prohormone ให ้
เป็ น active form
covalent modification : γ-carboxylation, hydroxylation, N-
methylation, phosphorylation, acylation และ prenylation
Proteolytic cleavage
48
การเปลีย
่ น zymogen เป็ น enzyme ทีอ
่ อกฤทธิไ์ ด ้
trypsinogen trypsin
การเปลีย
่ น prohormone เป็ น hormone
proinsulin insulin
ปฏิกริ ย
ิ านีต ั vitamin K
้ ้องอาศย
Hydroxylation
50
ขบวนการนีจำ
้ เป็ นต่อการเกิด H-bond ระหว่างสาย collagen
ปฏิกริ ย
ิ านีต ั vitamin C
้ ้องอาศย
Phosphorylation
51
้
การเติมหมู่ phosphate จาก ATP โดยใชเอนไซม์ protein
kinase
ATP + protein phosphoprotein + ADP
ขบวนการนีเ้ ป็ นวิธท ้
ี เี่ ซลล์ใชควบคุ
ม activity ของเอนไซม์และ
โปรตีน
กรดอะมิโนทีถ
่ ก
ู เติมหมู่ phosphate ได ้ คือ serine, threonine
และ tyrosine
Glycosylation
52
้ lysosome จะมี
เอนไซม์ทใี่ ชใน
mannose-6-phosphate จับทีส่ ว่ นปลาย
ถ ้าไม่ม ี mannose-6-phosphate
โปรตีนทีม
่ ป
ี ริมาณมากทีส
่ ด ั ว์เลีย
ุ ในสต ้ งลูกด ้วยนม
โครงสร ้างหลักของเนือ
้ เยือ
่ เกีย ่ ผิวหนัง,
่ วพันหลายชนิด เชน
กระดูก
ชนิดของ collagen
Type I : 90% ของ collagen ในร่างกาย
Type II : พบมากในกระดูกอ่อน
Type III : พบมากในหลอดเลือด
Type IV : สว่ นประกอบสำคัญของ basement membrane
Collagen synthesis
60
ื่ ยีน
การเรียกชอ
COL1A2 : ยีนที่ code 2-chain ทีเ่ ป็ นสว่ นประกอบของ type I collagen
COL2A1 : ยีนที่ code 1-chain ทีเ่ ป็ นสว่ นประกอบของ type II collagen
ื่ สาย collagen
การเรียกชอ
1(I) : 1-chain ทีเ่ ป็ นสว่ นประกอบของ type I collagen
1(III) : 1-chain ทีเ่ ป็ นสว่ นประกอบของ type III collagen
Collagen synthesis
61
Nuclear event
Transcription : ได ้ primary transcript (hnRNA)
RNA processing : ได ้แก่การเกิด 5’ capping, 3’ polyadenylation
และ splicing ได ้เป็ น mRNA
Translation
เกิดบน membrand-bound ribosome ได ้ prepro -chain ทีม ่ ี
signal sequence อยูท่ างด ้าน N-terminus เพือ ้
่ ใชในการเกิ
ด
cotranslational translocation
Biosynthesis of collagen
63
Posttranslational modification
Signal sequence จะถูกตัดออกจาก prepro -chain กลายเป็ น pro
-chain
hydroxylation
glycosylation
Collagen synthesis
65
Biosynthesis of collagen
66
Posttranslational modification
Procollagen triple helix formation : เกิดการรวมกันของ pro -chain
และพันกันเป็ นเกลียว ทิศทางการเกิดเริม
่ จาก C-terminus ไป N-
terminus เรียก triple helix molecule ทีไ่ ด ้นีว้ า่ procollagen
Amino-terminal Carboxyl-terminal
propeptide propeptide
Telopeptide
Biosynthesis of collagen
67
Posttranslational modification
Modification beyond RER : procollagen ถูกสง่ ไปยัง Golgi body และ
สง่ ออกจากเซลล์ในรูปของ secretory vesicle
Extracellular events
amino-terminal propeptide และ carboxyl terminal propeptide
จะถูกตัดออกโดย procollagen N-protease และ procollagen C-
protease ตามลำดับ เรียกโมเลกุลทีไ่ ด ้ว่า tropocollagen ซงึ่ มีความ
สามารถในการละลายลดลง 100 เท่า
Biosynthesis of collagen
69
Extracellular events
Tropocollagen จะจัดเรียงตัวขนานกันและเหลือ
่ มกัน 1 ใน 4 ของ
ความยาวของโมเลกุล
Osteogenesis imperfecta
Diseases due to abnormal
73
collagen
Ehler-Danlos syndrome
Skin fragility, skin hyperextensibility และ joint hypermobility
Type VI : ความผิดปกติของการเกิด hydroxylation ของ lysine
Type VII : ความปกติในการตัด amino-terminal propeptide ออก
Type IX : ความผิดปกติในการเกิด cross-linked
Diseases due to abnormal collagen
74
Lathyrism
Skin fragility, skeletal deformities และ severe blood vessel
weakness
สารพิษจากเมล็ดของ sweet pea มีฤทธิย ์ ับยัง้ เอนไซม์ (lysyl
oxidase) ทีค ่ วบคุมการเกิด cross-linked แบบ irreversible
Scurvy
Vitamin C deficiency
Hydroxylation เกิดได ้ไม่ด ี จึงมีปริมาณ hydroxylysine และ
hydroxyproline ใน pro -chain ลดลง ทำให ้ collagen stability
และ tensile strength น ้อยลง
75 ANY QUESTIONS?
THE END