Noli Me Tangere Si Crisostomo Ibarra ay isang binatang Pilipino na pinag-aral ng kanyang ama sa Europa.

Pagkatapos ng pitong taong pamamalagi roon ay nagbalik ito sa Pilipinas. Dahil sa kanyang pagdating ay naghanda si Kapitan Tiyago ng isang pagtitipon kung saan ito ay dinaluhan nina Padre Damaso, Padre Sibyla, Tinyente Guevarra, Donya Victorina at ilang matataas na tao sa lipunan. Sa hapunang iyon ay hiniya ni Padre Damaso na siyang dating kura ng San Diego, ang binata ngunit itoy hindi na lamang niya pinansin at magalang na nagpaalam at nagdahilang may mahalagang lakad. Si Ibarra ay kasintahan ni Maria Clara, isang napakangandang binibini at larawan ng dalagang Pilipina. Siyay kilala bilang anak-anakan ni Kapitan Tiyago. Ang binata ay dumalaw sa dalaga kinabukasan at sa kanilang pagkikita ay di nakaligtaang gunitain ang kanilang pagmamahalan simula pa sa kanilang pagkabata. Di nakaligtaang basahing muli ni Maria Clara ang mga liham ng binata sa kanya bago pa man ito mag-aral sa Europa. Bago tumungo si Ibarra sa San Diego ay ipinagtapat sa kanya ni Tinyente Guevarra ang tungkol sa pagkamatay nga kanyang amang si Don Rafael. Ayon sa Tinyente, si Don Rafael ay pinaratangan ni Padre Damaso, na Erehe at Pilibustero, gawa ng di nito pagsisimba at pangungumpisal. Minsan ay may isang maniningil ng buwis na nakaaway ng isang batang mag-aaral, nakita ito ni Don Rafael at tinulungan ang bata. Nagalit ang kubrador at sila ang nagpanlaban, sa kasamaang palad ay tumama ang ulo nito sa isang bato na kanyang ikinamatay. Ibinintang ang pagkamatay na ito kay Don Rafael, pinag-usig siya, nagsulputan ang kanyang mga lihim na kaaway at nagharap ng iba-ibang sakdal. Siya ay nabilanggo at ng malapit nang malutas ang usapin ay nagkasakit ang matanda at namatay sa bilangguan. Di pa rin nasiyahan si Padre Damaso sa pangyayaring iyon. Inutusan niya ng tagapaglibing na hukayin ang bangkay ni Don Rafael sa kinalilibingan nitong sementeryo at ibaon sa libingan ng mga Intsik. Umuulan noon at sa kabigatan ng bangkay ay ipinasya ng tagapaglibing na itapon na lamang ito sa lawa. Hindi binalak ni Ibarra ang maghiganti sa ginawang kalapastangang ito ni Padre Damaso at sa halip ay ipinagpatuloy ang balak ng kanyang ama na magpatayo ng paaralan. Sa pagdiriwang ng paglalagay ng unang bato ng paaralan ay kamuntik nang mapatay si Ibarra kung hindi siya nailigtas ni Elias. Sa paglagpak ng bato habang itoy inihuhugos ay hindi si Ibarra ang nasawi kundi ang taong binayaran ng lihim na kaaway ng binata. Sa pananghaliang pagkatapos ng pagbabasbas ay muling pinasaringan ni Padre Damaso ang binata. Hindi na lamang niya sana ito papansinin ngunit nang hamakin ang alaala ng kanyang ama ay hindi na siya nakapagpigil at tinangkang saksakin ang pari. Napigilan ito ni Maria Clara. Dahil sa pangyayaring ito ay ineskomonyon si Ibarra ng Arsobispo ng simbahang Katoliko Romano. Sinamantala ito ni Padre Damaso upang utusan si Kapitan Tiyago na sirain ang kasunduan sa pagpapakasal nina Ibarra at Maria Clara. Nais ng pari na ang mapangasawa ng dalaga ay si Linares na isang binatang kastila na bagong dating sa Pilipinas. Si Maria Clara ay nagkasakit. Dahil sa ipinadalang gamot ni Ibarra na siya namang ipinainom ni Sinang gumaling agad ang dalaga. Sa tulong ng Kapitan Heneral ay napawalangbisa ang pagkakaeskomunikado ni Ibarra at ipinasya ng arsobispo na muli siyang

tanggapin sa simbahan. Nagkataon naman na sinalakay ng mga taong pinag-uusig ang kwartel ng sibil at ang napagbintangang may kagagawan ay si Ibarra. Siya ay dinakip at ibinilanggo. Wala talagang kinalaman dito ang binata sapagkat nang kausapin siya ni Elias upang pamunuan ang mga pinag-uusig ay tahasan siyang tumanggi at sinabing kailanman ay hindi siya maaring mamuno. Napawalang-bisa ang bintang kay Ibarra sapagkat sa paglilitis na ginawa ay walang sino mang makapagsabi na siyay kasabwat sa kaguluhang naganap. Subalit ang sulat niya kay Maria Clara ay napasakamay ng hukuman na siyang ginawang kasangkapan upang siyay mapahamak. Nagkaroon ng handaan sa bahay nina Kapitan Tiyago upang ipahayag ang kasunduan sa pagpapakasal ni Maria Clara kay Linares at habang nagaganap ito ay nakatakas si Ibarra sa bilangguan sa tulong ni Elias. Bago tuluyang tumakas ay nagkaroong ng pagkakataon si Ibarra na makipag-usap ng lihim kay Maria Clara. Ipinagkaloob ng binata ang kalayaan nito at sanay lumigaya siya at matahimik na ang kalooban. Ipinaliwanag ni Maria Clara na ang liham na siyang ginamit sa hukuman ay nakuha sa kanya sa pamamagitan ng pagbabanta at pananakot. Ipinagpalit sa mga liham na ito ang dalawang liham na isinulat ng kanyang ina bago siya ipanganak na nakuha ni Padre Salvi sa kumbento. Nasasaad sa mga liham na ito na ang tunay niyang ama ay si Padre Damaso. Sinabi niya kay Ibarra na kaya siya pakakasal kay Linares ay upang ipagtanggol ang karangalan ng kanyang ina subalit ang pag-ibig niya sa binata ay di magbabago kailanman. Samantala, tumakas na si Ibarra sa tulong ni Elias. Sumakay sila ng bangka.