‫תרגיל בביוכימיה ‪ :‬זרימת המידע הגנטי‬

‫‪RNA‬‬ ‫‪DNA‬‬ ‫חלבון‬

‫שעתוק‬ ‫תרגום‬

‫נושאי התרגיל‪ )1( :‬שעתוק (‪ )2‬תרגום (‪ )3‬בקרת ביטוי גנים‪.‬‬

‫ספרות‪ .)Stryer: Biochemistry (Ed. 1995 :‬פרקים‪.33 ,34 ,36 :‬‬

‫‪ )1‬הגן המקודד לעמידות ל‪ ))ampicillin β- lactamase -‬הוחדר לזן‬

‫‪ .E.coli‬הזן העמיד החדש לא מת בריכוזי ‪ ampicillin‬של ‪.µg/ml 50-100‬‬
‫הזן העמיד עבר מוטגנזה ובודדו זן חדש שעמיד ל‪ ampicillin -‬רק‬
‫בריכוזים של ‪ .µg/ml 5-10‬רמת החלבון ‪ β- lactamase‬הייתה כ‪-‬פי ‪10‬‬
‫יותר נמוכה בזן המוטנטי החדש לעומת הזן העמיד המקורי‪.‬‬

‫סמן את התשובה הנכונה‪.‬‬

‫‪.1‬המוטציה שינתה את אזור ה‪ 35 -‬בפרומוטור הגן ל‪β- -‬‬

‫‪CTCACG‬‬ ‫‪ .lactamase‬רצף ה‪ – 35 -‬השתנה מ‪CTGACG -‬‬
‫(רצף ה‪ Consensus -‬הוא ‪ .)TTGACA‬עקב המוטציה הייתה‬
‫ירידה בשעתוקו של הגן ל‪β- lactamase -‬‬
‫‪.2‬המוטציה שינתה את האזור בקצה '‪ 5‬שאינו עובר תרגום‬
‫(רצף ה‪ )Shine-Dalgarno -‬בגן ל‪ . β- lactamase -‬רצף ה‪-‬‬
‫‪ Shine-Dalgarno‬השתנה מ‪GGAGGAGGA -‬‬
‫‪( GAAGGAGGU‬רצף ה‪ Consensus -‬הוא ‪.)UAAGGAGGU‬‬
‫עקב המוטציה התרחשה ירידה בתרגומו של ה‪ mRNA -‬ל‪β -‬‬
‫‪.- lactamase‬‬
‫‪.3‬במוטציה זורזה מתילציה באי ה‪ CpG -‬בפרומוטור הגן ל‪β- -‬‬
‫‪ .lactamase‬עקב המוטציה הייתה ירידה בשעתוקו של הגן ל‪β -‬‬
‫‪.- lactamase‬‬
‫‪.4‬המוטציה הורידה את יעילותה ויציבותה ה‪Polyadenylation -‬‬
‫בקצה ה‪ 3' -‬של ה‪ mRNA -‬ל‪.β- lactamase -‬‬
‫‪.5‬המוטציה גרמה לשינוי באתר ‪ TATA‬בפרומוטור של הגן‪ .‬לכן‬
‫חלבון ה‪ TBP -‬נקשר אליו בזיקה נמוכה יותר‪.‬‬
‫‪.6‬כל אחת מן התשובות אפשריות‪.‬‬
 ‫‪ )2‬קבוצה מוטנטית של סטודנטים לרפואה מבטאת מעט מדי ‪mRNA‬‬
‫לגן ‪ A‬במוחותיהם‪ .‬עקב מוטציה זו קבוצת הסטודנטים שואלים‬
‫בצוותא‪" :‬מה אמרת?" כל חמש דקות‪ .‬למזלם של הסטודנטים‬
‫המוטנטים‪ ,‬המוטציה עוזרת להם לפתור שאלות קשות במבחני‬
‫ביוכימיה‪ .‬אנשים נורמלים מבטאים ‪ mRNA‬לגן ‪ A‬ברמה גבוהה פי ‪40‬‬
‫במוחותיהם לעומת סטודנטים המוטנטים‪ .‬איפה המוטציה בגן ‪?A‬‬

‫‪.1‬המוטציה בגן ‪ A‬התרחשה ברצף ה‪ ,Shine Dalgarno -‬לכן‬

‫הוא עובר שעתוק ביתר‪.‬‬
‫‪ .2‬המוטציה בגן ‪ A‬התרחשה בקצה ה‪ ,3‘ -‬לכן ה‪mRNA -‬‬
‫עובר פוליאדנילציה בצורה פחותה יותר‪.‬‬
‫‪.3‬אזור ה‪ 35 -‬בפרומוטור של גן ‪ A‬עבר מוטציה‪ ,‬לכן הוא‬
‫קושר פקטור סיגמה בזיקה חזקה יותר‪.‬‬
‫‪ .4‬מוטציה התרחשה באחד האינטרונים של גן ‪ .A‬המוטציה‬
‫הפכה את איזור האינטרון לאנהנסור (מגביר) הספציפי‬
‫למוח‪.‬‬
‫‪ .5‬תשובות א‪ ,‬ג או ד נכונות‪.‬‬
‫‪ .6‬אין תשובה נכונה‪.‬‬

‫‪ )3‬חוקרים גילו שהאנהנסור של ‪ 20bp‬נמצא באזור ה‪ 5‘ -‬של גן "‪"T‬‬

‫בחולדות‪ .‬גן‬
‫"‪ "T‬מתבטא בשלוש רקמות‪ :‬כבד‪ ,‬כליות ורקמת שומן‪ .‬בחולדות‬
‫בעלות חסר באתר ה‪ ,20bp -‬רמת שעתוק של "‪ ”T‬ירדה בכבד‬
‫ובכליות לכמויות זניחות של ‪ mRNA‬אך ברקמת השומן‪ ,‬כמות ה‪-‬‬
‫‪ mRNA‬לגן "‪ "T‬לא ירדה‪ .‬בחולדות נורמליות טיפול בהורמון ‪ Z‬מגדיל‬
‫שעתוק של גן "‪ "T‬פי ‪ 5‬בכבד ובכליות אך ברקמת השומן אין השפעה‪.‬‬

‫סמן את התשובה הנכונה‪:‬‬

‫‪.1‬פקטורי שעתוק ספציפיים לשומן נקשרים לאתרי אנהנסורים‬

‫אחרים בגן "‪."T‬‬
‫‪.2‬טיפול בהורמון ‪ Z‬משפעל פקטורי שעתוק חיוביים בכבד‬
‫ובכליות‪.‬‬
‫‪.3‬הורמון ‪ Z‬לא מדכא משפעלי שעתוק של הגן ‪ T‬ברמת השומן‪.‬‬
‫‪.4‬רצפי אנהנסורים שנקשרים אליהם פקטורי שעתוק בשומן‪,‬‬
‫לא קושרים את אותם הפקטורים בכבד‪.‬‬
‫‪.5‬כל התשובות נכונות‪.‬‬
‫‪.6‬אף תשובה לא נכונה‪.‬‬
 ‫‪ )4‬הגן ‪ PEPCK‬מתבטא בכבד רק לאחר הלידה‪ .‬עובר הוזרק בחומר‬
‫‪( -5AZA-C‬הגורם לדימתילציה) ‪ 6‬ימים לפני הלידה‪ .‬העכברים‬
‫המוזרקים התחילו לבטא את ‪ PEPCK‬יום לאחר הטיפול (‪ 5‬ימים לפני‬
‫הלידה)‪ .‬כאשר בדקו את דגם המתילציה בגן ‪ PEPCK‬ברקמת הכבד‬
‫בעכברים‪ ,‬החוקרים גילו שהגן כבר אינו ממותל ‪ 7‬ימים לפני הלידה‪.‬‬

‫סמן את התשובה הנכונה‪:‬‬

‫‪.1‬למתילציה אין אף תפקיד אפשרי בבקרת ביטוי הגן ‪.PEPCK‬‬

‫‪.2‬מתילציה מדכא ביטוי של פקטורי שעתוק שליליים המבקרים‬
‫את ביטוי ה‪ PEPCK -‬במהלך ההתפתחות העוברית‪.‬‬
‫‪.3‬לפני הלידה‪ ,‬מתילציה מדכא פקטורי שעתוק חיוביים‬
‫המפעילים ביטוי ה‪ PEPCK -‬לאחר הלידה‪.‬‬
‫‪ AZA-C-5.4‬מבקר את דגם המתילציה בגן ‪ PEPCK‬מן ההפריה‬
‫עד שבוע לפני הלידה‪.‬‬
‫‪.5‬אף תשובה לא נכונה‬

‫‪ )5‬גן "‪ "F‬הוא גן משק בית בתאי אדם‪ .‬בתאים מוטנטים גילו שרמת ה‪-‬‬
‫‪ mRNA‬לגן‬
‫"‪ "F‬יורדת פי ‪ 100‬לעומת רמתו בתאים נורמליים‪ .‬גנים למשק בית‬
‫אחרים מתבטאים באופן נורמלי בתאים המוטנטים‪.‬‬

‫סמן את התשובה הנכונה‪:‬‬

‫‪.1‬החלבון ‪ SPI‬עבר מוטציה‪ ,‬לכן גן "‪ "F‬לא מתבטא‪.‬‬

‫‪.2‬אתר הקישור "‪ "CAAT‬עבר מוטציה בגן "‪ "F‬ולכן גן "‪ "F‬לא‬
‫מתבטא‪.‬‬
‫‪.3‬אתר ה‪ "TATA" -‬עבר מוטציה בגן "‪ ,"F‬לכן גן "‪ "F‬לא‬
‫מתבטא‪.‬‬
‫‪.4‬לגן "‪ "F‬מוטציה נקודתית בקודון ה‪)ATG (methionine -‬‬
‫הראשון‪.‬‬
‫‪.5‬תשובות א' או ד' נכונות‪.‬‬
‫‪.6‬תשובות ב' או ג' נכונות‪.‬‬
 ‫‪.7‬תשובות א' או ב' או ג' או ד' נכונות‪.‬‬

‫‪ )6‬לגן "‪ "Z‬שני תעתיקים‪ ,‬והם מתבטאים באופן נורמלי בתאי כבד‬
‫בלבד‪ .‬התעתיק הגדול הוא ‪ 5kb‬והקטן הוא ‪ .3kb‬התעתיק הגדול‬
‫מקודד לחלבון שגודלו כ‪ 100KD -‬והתעתיק הקטן מקודד לחלבון‬
‫שגודלו הוא ‪ .50KB‬שני החלבונים זהים בקצה הקרבוקסי אך שונים‬
‫בקצה האמינו‪ .‬מוטציה התרחשה בגן "‪ "Z‬בעכבר‪ .‬בעכברים מוטנטים‪,‬‬
‫רק מוצאים תעתיק של ‪ 5kb‬וחלבון של ‪ .100KD‬התעתיק והחלבון‬
‫הקטן לא נמצאים בכבד בעכברים מוטנטים‪.‬‬

‫סמן את התשובה הנכונה‪:‬‬

‫‪.1‬האנהנסור האחראי לשעתוק גן "‪ "Z‬עבר מוטציה‪ ,‬לכן ישנם‬

‫תעתיקים גדולים בלבד‪.‬‬
‫‪.1‬מוטציה התרחשה במערכת האנזימתית של הספליסינג‬
‫האלטרנטיבי‬
‫(‪ ,)Alternative Splicing‬לכן רק התעתיק הגדול נוצר‪.‬‬
‫‪.2‬מוטציה התרחשה באתר פוליאנצנילציה של התעתיק הקטן‪,‬‬
‫לכן רק התעתיק הגדול נוצר‪.‬‬
‫‪.3‬מוטציה של "שינוי מסגרת" (‪ )Frameshit‬התרחשה‪ ,‬לכן רק‬
‫התעתיק הגדול נוצר‪.‬‬
‫‪.4‬מוטציה התרחשה באנזים ‪ ,Guanyl Transferase‬לכן ה‪capping -‬‬
‫ניפגע בתעתיק הקטן‪.‬‬
‫‪.5‬אף תשובה אינה נכונה‪.‬‬

‫‪ )7‬מוטציה התרחשה בגן עכבר המקודד לחלבון "‪ ."Y‬בתאים מוטנטים‬

‫ונורמליים מתבטא תעתיק בגודל של ‪2kb‬לגן "‪."Y‬בתאים נורמליים‪,‬‬
‫גודלו של החלבון "‪ "Y‬הוא ‪ 50KD‬אך בתאים המוטנטים גודלו הוא‬
‫‪ .30KD‬החסר בחלבון המוטנטי הוא בקצה הקרבוקסי של החלבון‬
‫ואילו הקצה האמיני זהה בחלבון הנורמלי (‪ )50KD‬ובחלבון המוטנטי (‬
‫‪.)30KD‬‬

‫סמן את התשובה הנכונה‪:‬‬

‫‪.1‬המוטציה משפיעה על אתרי הספליסינג בקצה ה‪ 5‘ -‬של גן "‬

‫‪."Y‬‬
‫‪.2‬המוטציה משפיעה על פוליאנדנילציה בקצה ה‪ 5‘ -‬של גן "‬
‫‪."Y‬‬
‫‪.3‬המוטציה היא מוטציה נקודתית באמצע אזור הקידוד של גן "‬
‫‪."Y‬‬
‫‪.4‬המוטציה באנהנסור של גן "‪."Y‬‬
‫‪.5‬תשובה א' או ב' נכונות‪.‬‬
‫‪.6‬תשובות א' או ב' או ג' או ד' נכונות‪.‬‬
 ‫‪ )8‬בחיידקי ‪ ,E.Coli‬אופרון ה‪ LZ -‬מבטא ‪ 3‬גנים הנקראים‪Led, Zep, :‬‬
‫‪ .Pelin‬ביטוי האופרון מבוקר ע"י רעש חיצוני‪ ,‬חיידקים אשר מאזינים‬
‫למוזיקת ‪ Rock N'Roll‬מרעישה משפעלים את ביטוי חלבוני אופרון ה‪-‬‬
‫‪ LZ‬ברמות גבוהות‪ .‬בתנאי שקט מוחלט גני האופרון לא מתבטאים‪.‬‬
‫רמות ביניים של רעש מפעילות רמות ביניים של חלבוני האופרון‪ .‬הגן‬
‫המקודד לחלבון ‪ ZAP‬מתבטא בצורה קבועה ב‪ E.Coli -‬אך ביטויו נסגר‬
‫בשקט מוחלט‪ .‬הגן המקודד לחלבון ‪ ZIP‬מתבטא באופן מקסימלי‬
‫בשקט מוחלט‪ ,‬אך ביטויו נסגר באופן הדרגתי ככל שהדסיבלים‬
‫הולכים ועולים‪.‬‬
‫שני החלבונים ‪ ZAP‬ו‪ ZIP -‬נקשרים לרצף ‪ DNA‬זהה באופרון ה‪.LZ -‬‬
‫כל חלבון נקשר ל‪ DNA -‬במצב של הומו‪-‬דימר‪.‬‬

‫סמן את התשובה הנכונה‪:‬‬

‫‪.1‬חלבון ‪ ZAP‬הוא משפעל שעתוק באופרון ה‪.LZ -‬‬

‫‪.2‬חלבון ‪ ZIP‬הוא משפעל שעתוק באופרון ה‪.LZ -‬‬
‫‪.3‬חלבון ‪ ZAP‬הוא מדכא שעתוק באופרון ה‪.LZ -‬‬
‫‪.4‬חלבון ‪ ZIP‬ו‪ ZAP -‬לא מתחרים אחד עם השני כדי‬
‫לבקר את ביטוי שעתוק באופרון ה‪.LZ -‬‬
‫‪.5‬תשובה א' ו‪ -‬ד' נכונות‪.‬‬
‫‪.6‬תשובה ב' ו‪ -‬ג' נכונות‪.‬‬

‫‪ )9‬מוטציה התרחשה באופרון ה‪ .LZ -‬עקב המוטציה‪ ,‬חלבון ה‪ZAP -‬‬

‫נמצא ברמות גבוהות בכל מצבי רעש ושקט והוא נקשר לאתר הקישור‬
‫שלו על ה‪ DNA -‬באופן קבוע‪.‬‬
‫סמן את התשובה המתארת נכון את המוטציה‪:‬‬

‫‪.1‬חלבוני האופרון מתבטאים רק כאשר המוזיקה מרעישה‪.‬‬

‫‪.2‬חלבוני האופרון מתבטאים רק בשקט מוחלט‪.‬‬
‫‪.3‬חלבוני האופרון לא מתבטאים בשקט מוחלט‪.‬‬
‫‪.4‬חלבוני האופרון לא מתבטאים כאשר המוזיקה מרעישה‪.‬‬
‫‪.5‬תשובות ב' ו‪ -‬ד' נכונות‪.‬‬
‫‪.6‬אף תשובה לא נכונה‪.‬‬

‫‪ )10‬חייזר הגיע לחיפה ומדענים מבריקים הצליחו להפיק ממנו ‪.mRNA‬‬

‫באופן מפתיע ה‪ mRNA -‬של החייזר עבר תרגום יעיל במערכת תרגום‬
‫‪ in-vitro‬של חיידקי ‪ .E.Coli‬כדי לבצע תרגום יעיל‪ ,‬היה צורך להוסיף‬
‫למערכת התרגום ‪ tRNA‬טעון של החייזר‪ mRNA .‬של החייזר לא עבר‬
‫תרגום במערכת תרגום ‪ in-vitro‬של יונקים‪ .‬התברר שהחומצה האמינית‬
‫הראשונה בחלבוני החייזר הייתה ‪ .Isoleucine‬בבני אדם‬
‫וב‪ ,E.Coli -‬חומצה אמינית זו מקודדת ע"י הקודונים‪AUA, AUC,AUU:‬‬
‫‪ .‬אין ח‪.‬אמינית ‪ Methionine‬בחלבוני החייזר‪ ,‬אבל קודוני ‪ AUG‬נמצאים‬
‫ב‪ mRNA -‬של החייזר‪.‬‬

‫סמן את התשובה האפשרית‪:‬‬

‫‪.1‬ה‪ mRNA -‬של החייזר מכיל ‪.Guanosine Cap‬‬

‫‪.2‬ה‪ mRNA -‬של החייזר מכיל רצף ‪.Shine Dalgarno‬‬
‫‪.3‬ה‪ mRNA -‬של החייזר מתחיל תרגום בקודון ‪.AUG‬‬
‫‪.4‬לחייזר ‪ tRNA formyl-isoleucine‬המכיל אנטי קודון ‪.'CAU-5-'3‬‬
‫‪.5‬ל‪ mRNA -‬של החייזר אין אפשרות להתחיל תרגום בקודון‬
‫‪.AUG‬‬
‫‪.6‬תשובות ב'‪ ,‬ג' ו‪ -‬ד' אפשריות‪.‬‬
‫‪.7‬תשובות א'‪ ,‬ד' ו‪ -‬ה' אפשריות‪.‬‬

‫‪ )11‬אנטיביוטיקה פותחה אשר עוצרת סינתזת חלבון בחיידקים‬

‫מטופלים‪.‬‬
‫חמש דקות לאחר הטיפול הופסקת סינתזת חלבונים‪ .‬כאשר ריבוזומים‬
‫בודדו מחיידקים מטופלים‪ ,‬חוקרים גילו שרק חלבונים שלמים נמצאים‬
‫והם עדיין מחוברים קוולנטי ל‪ tRNA -‬על גבי הריבוזום‪ .‬האנטיביוטיקה‬
‫החדשה מעכבת‪:‬‬

‫‪.1‬זיקה בין קודון לאנטי קודון‪.‬‬

‫‪.2‬פעילות האנזים ‪.Methionine Transformylase‬‬
‫‪.3‬פעילות האנזים פפטידיל טרנספראז‪.‬‬
‫‪.4‬פעילות החלבון ‪.EF-TU‬‬
‫‪.5‬פעילות החלבון ‪.EF-G‬‬
‫‪.6‬קישור פקטורי שחרור (‪ )Release Factors‬לקודוני הטרמינציה‪.‬‬

‫‪ )12‬שמרים טופלו בחומר מוטגני‪ ,‬ובודד זן חדש אשר קצב הגידול בו‬
‫איטי מאוד‪ .‬רמת ה‪ mRNA -‬הגרעיני בזן המוטנטי דומה לזן הנורמלי‪.‬‬
‫אך רמות ה‪ mRNA -‬בציטופלסמה נמוכות פי‪ 20-‬בזן המוטנטי לעומת‬
‫הזן הנורמלי‪ .‬כמובן הייתה ירידה ברמת החלבון בזן המוטנטי לעומת‬
‫הזן הנורמלי‪.‬‬
‫איזה גן עבר מוטציה?‬

‫‪RNA Polymerase II.1‬‬

‫‪.Aminoacyl-tRNA Synthethase .2‬‬
‫‪.Polyadenylate Cyclase.3‬‬
‫‪.Guanyl Transferase .4‬‬
 ‫‪.5‬פקטור סיגמה‪.‬‬
‫‪.6‬אין אף תשובה נכונה‪.‬‬
‫‪.7‬כל התשובות א‪-‬ה אפשריות‪.‬‬