Дизайн на биологичен

експеримент
 Дизайн на експеримент...

• Целта на дизайна на един експеримент

е да се планира експеримента по
начин, който да позволи отговор на
конкретен биологичен въпрос.

• Дизайна на един експеримент се

документира в плана на експеримента.
 Какво представлява план на
експеримент?

• Добре описан, подробен документ,

детайлно описващ целта на конкретен
експеримент и как ще бъде проведен.

• Планът на един експеримент се

подчинява на старото журналистическо
правило за 5-те К-та: Кой, Какво, Къде,
Кога и Как.
 Биологичен аспект (1)
• Каква е вашата хипотеза или научен въпрос?
✔ Пробите, които ще анализирате отразяват ли ги?

• Какво е известно до момента по проблематиката?

✔ Нива на експресия на известни интересни гени?

• Какви проби са налични?

✔ Повече на брой проби от предходно проучване?
✔ Всички биопсии трябва да бъдат взети от една и
съща част от конкретна тъкан!
✔ Има ли достатъчно РНК от всички проби или се налага
да обедините РНК-ите в един общ пул?
 Биологичен аспект (2)

• Избор на подходяща моделна система.

• Сравняване на правилните неща:

✔ Дали клетките експресират гена от
интерес?
✔ Убедете се, че няма противоречиви
ефекти.
 Биологичен аспект (3)
• Повторения/реплики;
✔ Колко големи разлики търсите?
✔ Каква е очакваната разлика в експресията на целевите
гени в тези проби?
✔ Дали „липсата на промяна“ е желания значим резултат?

• Биологични с/у технически повторения;

✔ Използвайте биологични повторения, за да отговорите на
биологични въпроси и технически повторения, за да
отговорите на технически въпроси.
✔ Какво е биологично повторение?
• Биологични или технически реплики са клетъчните култури,
които произхождат от един и същи биологичен източник?
 Технически аспект (1)
• Избор на платформа:
✔ Тясно свързан с биологичния въпрос.
✔ Трябва да се вземе решение преди да се
направи подробно планиране на вземане
на проби и извличане.
✔ Един канал срещу два канала?
● Един канал - един масив - една проба;
● Два канала - един масив - две проби.
✔ Естествено сдвояване между проби за
сравнение?
✔ Уверете се, че ключовите гени са в
масива!
 Технически аспект (2)
• Допълнителни въпроси за двуканални
платформи:
✔ Образците, естествено свързани ли са?
• Преди и след третирането?
✔ Пряко срещу непряко сравняване?
✔ Смяна на начина на белязване?
✔ Дизайн на референтните образци
• Представителна, независима РНК;
• Силно се препоръчва смяна на белязването;
• Повече „шум“;
• По-гъвкав експеримент.
 Технически аспект (3)
• Избягвайте технически грешки:
✔ Техническите грешки трябва да се предвидят на всяка една
стъпка от експеримента;
✔ Идеалния случай: всяка стъпка, един човек, един протокол,
един ден;
✔ Важно е да се идентифицират тези стъпки, за да можем да
ги контролираме!
✔ Групите на пробите трябва да бъдат балансирани по
партидите;
✔ Използвайте една и съща партида от масиви и реагенти в
рамките на един експеримент.
• Планирайте биологични повторения:
✔ За статистическа достоверност на получените резултати;
✔ Изберете резултати за валидиране.
 Физически аспект
• Ограничения, от наличното лабораторно
оборудване.
✔ Кой е ограничителния момент?

• Трябва да познавате добре вашето

лабораторно работно място.
✔ Колко образеца можете да обработвате по едно и
също време, на различни етапи от експеримента?

• Колко човека трябва или ще бъдат включени?

✔ Кой какви дейности ще изпълнява?
 Икономически аспект
• С какъв бюджет разполагате?
✔ Експериментални разходи;
✔ Разходи за анализ;
✔ Време!

• Необходими ли са предварителни проучвания?

Планирайте експеримента така, че предварителните
проучвания да могат да се включат във финалните
резултати.

• Определете важните групи (с контрастиращи

характеристики) и предвидете повече
биологични повторения!
 Обща стратегия
• На всяка една стъпка от планирания експеримент,
трябва да се осъществява контрол:
✔ Разпределете биологичните групи;
✔ Разделете ги на приблизително еднакви по размер
групи, в зависимост от възможностите ви за всяка
една стъпка от експеримента.

• Рандомизация и балансиране, по отношение на

аспекта на биологичния интерес:
Разграничете техническото от
биологичното вариране на данните!
 ОБОБЩЕНИЕ

• Планирайте в перспектива;

• Рандомизация и балансиране;

• Опишете всичко подробно в плана на

експеримента;

• Следвайте стриктно набелязания план

на експеримента.