Uiteindelijke Samenvattin Van Mijzelf

Hoofdstuk 1
Agonist: activeren
Antagonist: tegenwerken
Ze lijken hetzelfde qua structuur, maar zijn het tegenovergestelde.
Eukaryoot: cel met kern

Prokaryoot: zonder vaste kern/bacteriën
Wat zijn de bouwstenen van de cel?

Waar komt de cel vandaan?
Hoe ontstond het leven?
Er ontstond zuurstof door de fotosynthese, waardoor cellen konden vormen. Het
nabootsen moet in de oceaan, geen zuurstof, mineralen. → Experiment van Miller.
- Gassen; waterdamp, diwaterstof, methaan en ammoniak
- Hitte
- Water
Er ontstonden aminozuren, zij konden polymeriseren, waardoor macromoleculen
ontstonden zoals RNA, DNA en eiwitmoleculen.
Hoofdstuk 2
Bouwstenen:
- Suikers → polysachariden
- Aminozuren → eiwitten
- Vetzuren → vetten, lipiden en membranen
- Nucleotiden → DNA en RNA
Suikers
Soorten suikers verschillen door de OH-H-groep die van plaats verschillen,
boven/onder. Als ze een polysacharide vormen, kunnen ze niet meer veranderen van
plek. Bèta-vorm is de OH-groep naar dezelfde richting als de aldehyde-groep.
Alfavorm is de OH-groep in tegengestelde richting als de aldehyde-groep.
Disachariden zijn twee suikers die zijn gepolymiseerd. Glycogeen is een
gepolymeriseerde, ontstaan uit alleen glucose eenheden. De 3 meest voorkomende
disacheriden:
- Maltose (glucose + glucose)
- Lactose (galactose + glucose)
- Sucrose (glucose + fructose)
Bij het aflezen van suikermoleculen goed opletten op de plaats waar de
suikermoleculen gebonden zijn. Altijd lezen van 5’→3’. Dus van boven→beneden.
Hierbij tel je na de O, langs de base aan welke C-atoom de zijgroep begint.
Vetzuren
Bestaan uitsluitend uit koolstof en waterstof. Ze hebben een hydrofiele en hydrofobe
kant. Door de dubbele bindingen kunnen vetzuren niet stapelen. Hierdoor komt het
smeltpunt van vetzuren lager te liggen en kan de toestand op lage temperatuur al
veranderen. Vetten met een enkele binding vormen geen knik bij de dubbele binding
Gedownload door Robert van Bekkum
(r.j.van.bekkum@student.rug.nl)
en zijn daardoor wel te stapelen, waardoor het smeltpunt hoger ligt en ze minder snel
van toestand veranderen. Verzadigd is vast, onverzadigd is vloeibaar.
Tryglyceriden ontstaan door vetzuren die veresterd zijn met glycerol. Zo zijn ze ook
opgeslagen in ons lichaam. Er zijn:
- Vrije vetzuren, de carboxylgroep kan ioniseren.
- Esters
- Met aminozuren (soms)
Lipiden bestaan uit:

1. Hydrofiele kop:
- Polaire kopgroep
- Fosfaat
- Glycerol
2. 2 hydrofobe staarten:
- Staart van aminozuur
- Staart van aminozuur met een dubbele binding, waardoor deze
knikt
Fosfolipiden zijn de grootste bestanddelen van celmembranen. Ze zijn een variant op

glycerol, de derde straat is verbonden aan een fosfaatgroep (hydrofiele kant). De
andere twee straten zijn hydrofoob. In het water vormen ze een laag aan het
oppervlak en/of micellen. Micel is een cel waarin de hydrofobe staart naar binnen is
gericht en de hydrofiele kop naar buiten. Zij hebben de neiging naar een cel te gaan
en te fuseren. Lipiden zijn in water onoplosbare moleculen in cellen die oplosbaar
zijn in organische oplossingen. Andere lipiden; isopreen, uitsluitend koolstof en
waterstof, kunnen koppelen. Bouwstenen van belangrijke hormonen, zoals
cholesterol en testosteron.
Nucleotiden
Nucleotide bestaat uit een fosfaat (mono, di en tri), base en suiker.
Basen: pyrimidine (C, U, T; enkele ring) en purine (G, A; dubbele ring).
Suikers: ribose en deoxyribose
Nucleoside = base + suiker

Nucleotide = base + suiker + fosfaat
Functies nucleotiden:
- Het dragen van chemische energie in de fo(ATP)
- Ze combineren met andere groepen om co-enzymen te vormen (Co-
enzym A) - Ze worden gebruikt voor specifieke signalen in de cel (Cyclisch
AMP)
Aminozuur
Altijd een aminogroep (NH2) en carbonzuur(COOH). Vier verschillende groepen aan
het C-atoom (asymmetrisch C-atoom) betekent verschillende versies. Zwitterion is
het ion van een aminozuur (positieve en negatieve kant).
α –C-atoom: het eerste C-atoom (denk aan het vanaf de goede kant tellen).
pK: pH waarde waarbij de geïoniseerde moleculen precies zijn verdeeld in een even
aantal geïoniseerde carboxylgroepen of aminogroepen.
Polymerisatie
Voor het maken van macromoleculen is energie nodig.
- Condensatie, er komt water vrij. Er ontstaat een peptidebinding. Bij de
pijtjes op de slide vindt draaiing plaats.
Voor het splitsen van macromoleculen is minder energie nodig.
- Hydrolyse, water toevoegen.
DNA
Cellen bestaan voor 70% uit water, voor 30% uit chemicaliën en voor 1% uit DNA.
Echter is dat deel heel belangrijk.
- Major en minor groove

- DNA-backbone negatief
- C/G, 3 hydrogeenbindingen
- A/T, 2 hydrogeenbindingen
Organismen (stamboom)
- Bacteriën
- Archaea, oude organismen, primitief
- Eukaryoten, meercellig
Cel is gefuseerd met een aerobe bacterie. Het verlies van membraan van de cel gaat
om de bacterie zitten, waardoor er mitochondria ontstaan met dubbel membraan. Om
de celkern vormen zich ook membranen en zo is de vroege aerobe eucaryotische cel
gevormd. Vervolgens kan dit reageren met een fotosynthetische, waardoor er
bladgroenkorrels ontstaan. Dan is er een eucaryotische cel die klaar is voor
fotosynthese.
Menselijk genoom
- 23 paren
- DNA blijft in de kern.
- MRNA gaat uit de kern en zorgt voor de vorming van de eiwitten.
Het gebruik van gegevens van The Human Genoom Project:

- Vaststellen van nieuwe targets voor geneesmiddelen.
- Opsporen van erfelijke afwijkingen, prenatale diagnostiek.
- Opsporen van individuele verschillen in reactie op medicijnen,
personolized medicine.
Hoofstuk 3
Enzymen
Eiwitten
Geneesmiddelen grijpen aan de receptoren van eiwitten. Eiwitten worden ook
belangrijker om zelf als geneesmiddel te dienen.
First in class; eerste die de ziekte kan bestrijden
Advance in class;
Addition to class; kopie
Biosimilar: gelijk aan de eiwitten met dezelfde werking, maar een andere structuur.
Het PD1-antilichaam is een tumor remmend eiwit. Deze eiwitten zijn erg duur, er is
nu een dilemma, maar uiteindelijk wordt het betaalbaar.
Aminozuur
Vier verschillende groepen aan het C-atoom (asymmetrisch C-atoom) betekent
verschillende versies.
Bij vormen van een eiwit gaan alle polaire zijketens en niet polaire zijketens aan elk
een eigen kant zitten. Zo zitten bijvoorbeeld alle polaire zijketens boven en alle
apolaire zijketens aan de onderkant.
Het opvouwen van een aminozuur in een driedimensionale structuur gebeurt onder
invloed van een 4-tal krachten:
1. Zoutbrug → Deze wordt gevormd door verschil in lading (Ion
binding)
2. Van der Waals interactie → Deze ontstaat door aantrekking van
de atomen. Van der Waals radius = de afstand waarin atomen elkaar
afstoten. Dit wordt veroorzaakt door de elektronen in de schil.
1. Waterstofbruggen → Ontstaan doordat beide negatief geladen
atomen, meestal zuurstof, een waterstofatoom aantrekken. Ook kan het
veroorzaakt worden door een positief stikstof atoom dat water aantrekt.
2. Zwafelbruggen → Deze covalente binding ontstaat alleen onder
oxidante omstandigheden. De zwafelbruggen vormen een stabiele
structuur en zijn dan erg belangrijk in stoffen als insuline.
Polymerisatie
Voor het maken van macromoleculen is energie nodig. Condensatie, er komt water
vrij. Er ontstaat een peptidebinding. Bij de pijtjes op de slide vindt draaiing plaats. De
hydrofobe stukken gaan aan de binnenkant zitten en de hydrofiele aan de buitenkant.
Dat is de beste vorm.
Basische aminozuren
- Lysine
- Arginine
- Histidine
Zure aminozuren
- Asparaginezuur
- Glutamine
Basische aminozuren zijn positief geladen, zure aminozuren zijn negatief geladen.
pK 50% geladen is de waarde waar de moleculen 50% positief geladen zijn of niet.
Histidines zijn vaak schakelaar is eiwitten (schakelen in lading).
Ongeladen polaire aminozuren

- Asparagine (N is polair)
- Glutamine (N is polair)
- Serine (OH-groep is polair)
- Threonine (OH-groep is polair)
- Tyrosine (OH-groep is polair)
Overige aminozuren zijn apolair. Bij cysteïne is SH een hydrofobe groep.
Zie slides voor samenvatting, tabel kennen! 3 letter code wel, 1 letter code niet nodig!
Polaire aminozuren Apolaire aminozuren
Aminozuur Zijketen Aminozuur Zijketen
Asparaginezuur Asp D Negatief Alanine Ala A Apolair

Glutaminezuur Glu E Negatief Glycine Gly G Apolair
Arginine Arg R Positief Valine Val V Apolair
Lysine Lys K Positief Leucine Leu L Apolair
Histidine His H Positief Isoleucine Ile I Apolair
Asparagine Asn N Ongelade Proline Pro P Apolair
n polair
Glutamine Gln Q Ongelade Phenylaline Phe F Apolair
n polair
Serine Ser SOngelade Methionine Met M Apolair
n polair
Threonine Thr T Ongelade Tryptophan Trp W Apolair
n polair
Tyrosine Tyr Y Ongelade Cysteine Cys C Apolair
n polair
De bindingen om de C-alfa kunnen draaien, phi en psi. Daarnaast zitten 2D vlakken.
Stabiliteit molecuul
- Niet-covalente binding; elektrostatische (plus en min; zoutbrug),
waterstofbruggen (proton gevangen tussen negatief geladen ionen), van der
Waals binding
Van der Waals interactie: als twee atomen te dicht bij elkaar komen, stoten ze elkaar
af.
Waterstofbruggen: OH; NH
Ze zijn het meest sterk in vacuüm, in water wordt hij snel verbroken. Je hebt een
donoratoom en een ontvangstatoom.
Elektrostatische interactie: zwak in water, sterk in vacuüm (in eiwit).

Hydrofobe binding/kracht: hydrofobe moleculen willen het oppervlak met het water zo
klein mogelijk te maken door elkaar op te zoeken.
Eiwitten vouwen naar de conformatie die de laagste energetische toestand heeft. De

disulfidebruggen vouwen niet, maar sturen de vouwing. 2 kleuren disulfideketen is
tussen verschillende ketens en in 1 kleur bij dezelfde keten.
Insuline heeft een A-keten en een B-keten. Productie insuline;

- Een specifieke vouw in de keten wordt gestabiliseerd door
disulfidebindingen.
- De peptide-binding wordt verwijderd, waardoor er een 2-keten insuline
molecuul ontstaat.
Ene keten de ene stam en andere keten andere stam.
Structuur
- Alfa-helix; secundaire structuur; veel in eiwitten door de binding van
waterstofbruggen. Zijketens steken naar buiten, als de zijketens apolair zijn,
zal de alfa-helix apolair werken. Dan gaan ze door het membraan. Een streep
van hydrofobe aminozuren werkt als een soort lijm waar 2 helices aan elkaar
kunnen plakken. (Coiled-coil)
- Bèta-sheet; atomen van de linker keten hebben waterstofbruggen met
de atomen van de middelste keten, en zij hebben waterstofbruggen met de
atomen van de rechter keten. Platte structuur, van belang als eiwitten moeten
hechten aan oppervlakten.
Eiwitten hebben alfa-helices en bèta-sheets. Eiwitten bestaan uit verschillende
domeinen, die verschillende functies hebben met een specifieke vouw.
Functie en vouwing wordt geconserveerd, maar volgorde aminozuren kan
veranderen (bij evolutie eiwitten). 3-dimensionale structuur goed geconserveerd,
1dimensionale nauwelijks. Domain shuffling, succesvolle domeinen worden
doorgegeven aan andere eiwitten.
ATP wordt gemaakt door het verschil in protondichtheid binnen en buiten de cel. Het
werkt in beide richtingen. Bij de hydrolyse van ATP komt energie vrij. De energie kan
aangewend worden voor het katalyseren van andere chemische reacties in het
metabolisme die een hoge activeringsenergie hebben, bijvoorbeeld voor de synthese
van organische moleculen, of voor actief transport van stoffen over het celmembraan
Eiwitten hebben altijd een ligand waarmee ze in interactie aangaan. De binding aan
de ligand gebeurt met niet-covalente bindingen. Het zijn altijd specifieke bindingen.
Een eiwit moet de goede conformatie aangaan om werkzaam te worden. De
aminozuren die aan de waterstofbruggen en zoutbruggen binden zijn de aminozuren
met active sites.
Histidine werkt soms als base en dan kan het een proton opnemen.
Reactive serine werkt als een nucleofiel en trekt een positief geladen deeltje aan.
Bij de hydrolyse van een amide-verbinding, stabiliseert het enzym een vorm die lastig
is.
Lysozyme breekt suikers af. Het zorgt ervoor dat de suikerwand van bacteriën wordt
afgebroken.
Sommige enzymen hebben co-enzymen nodig, omdat de bekende aminozuren te

weinig zijn.
Vitaminen zijn belangrijk voor enzymen, dus moet je ze innemen via je dieet.
Soorten enzym katalyse;
Kinase haalt een fosfaatgroep van ATP (ATP wordt dan ADP), om de groep
vervolgens toe te voegen aan een aminozuur zijketen (eiwit). Phosphatase zorgt voor
de omkeerbare reactie, die verwijderd de fosfaatgroep weer.
Kinase kan een eiwit activeren of uitschakelen, dit is afhankelijk van de plek van de
fosfaatgroep en de structuur van het eiwit.
Fentanil is een synthetisch geneesmiddel en is 100 keer sterker dan morfine. Er
overlijden erg veel mensen aan, is dus heel gevaarlijk.
Hoofdstuk 4
DNA
Mensen dachten dat eiwitten erfelijk materiaal bevatten. De twijfel ontstond door een
experiment. Macromoleculen uit elkaar gehaald/geïsoleerd. Alleen de DNA-extractie
is ertoe in staat erfelijk materiaal te dragen. (Figuur 4.2)
Niet pathogeen = geen infectie.
Nucleotiden kunnen met elkaar baseparen, daar heb je een helix voor nodig. C en G
hebben 3 H-bruggen tussen basen, A, T en U hebben 2 H-bruggen tussen basen.
Hoe meer H-bruggen, hoe stabieler de streng.
- G en C → hoog smeltpunt.
- A en T → laag smeltpunt.
DNA-replicatie
Eukaryoten
Eukaryoten hebben gespleten genen, je ziet maar delen terug. Intronen worden niet
omgezet naar eiwitten, exonen wel. Het DNA ligt niet vrij in de cel, maar in de kern.
Donkere plekken in de cel = heterochromatine.
Gespleten genen: hiermee wordt bedoeld dat de informatie voor een bepaalt eiwit
niet direct achter elkaar staan. Er zitten stukken informatie tussen die niet relevant
zijn, ook wel introns genoemd. Dit komt echter niet voor bij prokaryoten (bacteriën).
Chromosomen
Bij mensen is de gen dichtheid laag, daartussen zit junk DNA (herhaling). Grote
delen van de chromosomen coderen niet. 1,5% van het DNA codeert voor eiwitten.
Een centromeer is de plaats waar twee zusterchromatiden (chromosoom), na
verdubbeling, tijdens de mitose en meiose aan elkaar blijven.
‘Philadelphia chromosome’ wordt aangetroffen bij mensen met Leukemie, dan fuseert
het 9e chromosoom met het 22e. Uiteindelijk vormt het een eiwit die de Leukemie
veroorzaakt. Het abl gen op chromosoom 9 wordt voor het grootste deel
overgenomen, waardoor er celdeling plaatsvindt. Mensen hebben gezocht naar een
inhibitor om de celdeling te remmen, maar alleen dat deel. Imatinib.
-Nib geeft aan dat het een inhibitor is van een enzym. -
Mab geeft aan dat het een moleculair antigeen is.
Histonen zijn eiwitten in eukrayoten die het DNA inpakken en ordenen in

nucleosomen. Histonen lijken in het midden erg op elkaar, maar bij de N-terminus
verschillen ze.
DNA-moleculen hebben de neiging om aan de binnenkant AA, TT, TA te hebben

i.v.m. 2 H-bruggen. Daardoor worden de minor en major groove gunstig geplaatst.
N-terminal staarten zitten aan de globulaire domainen van de histonen. De

aminozuren in deze staart, zoals fosfolering en modificering, bepalen de manier
waarop de histonen het DNA oprollen. Dus de N-staart bepaalt de compacte
verpakking van de nucleotiden.
Heterochromatine: dit is sterk opgepakt DNA. Het nadeel is dat dit DNA zo sterk is
opgepakt dat er geen mRNA van gemaakt kan worden. Hierdoor wordt het DNA
inactief. Bij klonen met dezelfde genen kunnen andere eigenschappen ontstaan. Dit
komt door het hetrochromatine, omdat deze namelijk andere stukken DNA opvouwt
in de verschillende klonen.
Euchromatine: minder sterk opgepakt DNA. Dit DNA bevat de meest actieve genen.
Door een translocatie (normaal niet de bedoeling) komt het heterochromitine bij
euchromatine te liggen →Epigenetica.
Acetylatie van lysine verwijderd de positieve lading en methylatie van lysine geeft
een positieve lading aan een histon. Daarbij kunnen de reacties niet achterelkaar
lopen. Fosforylatie van serine geeft een negatieve lading aan een histon.
9% van het genoom heeft een functie.
Epigenetica komt met leeftijd.
BRCA-gen zorgt vaak voor een mutatie, waardoor borstkanker kan ontstaan. Het
maakt zich door los gerold DNA. BRCA-gen zorgt ervoor dat Heterochromatine in
structuur blijft.
Functie chromosomen;
- Meiose
- Epigenetica
Hoofdstuk 5
DNA-replicatie
- Template strand
- Primer strand
- Bouwstenen
- DNA-polymerase
Het groeit van 5’ naar 3’. De onderste streng (lagging strand) wordt discontinu
gevormd. De openingen die dan ontstaan noem je okazakifragmenten.
Asymmetrische replicatie.
3’ naar 5’ kan niet, omdat het nauwkeurig moet en zo min mogelijk fouten. Als er per
ongeluk een verkeerde base wordt geplaats, kan hij niet binden en wordt de boel
gerepareerd. Wanneer er namelijk een verkeerde nucleotide wordt ingebouwd en
deze vervolgens wordt verwijderd, zijn de 2 fosfaatgroepen bij 5’ al gebruikt en
kunnen ze geen energie meer leveren om een nieuwe nucleotide te hechten.
Tautomerie: is een verschijnsel waarbij een chemische verbinding heel af en toe op

een andere manier voorkomt door een proton op andere plek. Dit geldt voor
Cytosine, waardoor de bijzondere versie wel kan binden met A (2 H-bruggen). Even
later valt het weer terug in de normale vorm en dan verbreekt de binding en kan het
hersteld worden. Bij de hypothetische polymerase van 3’ naar 5’ kan C niet meer
vervangen door A.
Er gaat maar 1 op de 1010 fout, door de verschillende reparatieprocessen. Dit zal

ideaal zijn i.v.m. evolutie.
Als er een streng is zonder primer wordt er synthetisch een primer gemaakt door
DNA-primase, dat is een RNA-polymerase. Primase vormt samen met het enzym
helicase een primosoom.
Het verbinden van de okazaki fragmenten: hierbij koppelt het RNA-primer zich,
gemaakt door DNA primase, aan het DNA. Deze maakt een start waarna DNA-
primer het overneemt. Vervolgens wordt de RNA-primer verwijderd en zorgt het DNA
ligase ervoor dat de DNA-primer en de okazakifragmenten aan elkaar worden
geplakt (het gat wordt gedicht). Het ligase voegt eerst een fosfaat groep toe bij het 5’
om deze te activeren. Vervolgens reageert de OH groep met de fosfaatgroep en
verdwijnt de APgroep, waardoor het DNA aan elkaar zit. Voor het DNA Ligase loopt
DNA-helicase.
Helicase opent de dubbele helix om enkele strengen te maken. De enkele strengen

willen weer baseparen vormen, waardoor ze soms dubbelvouwen. Dan kan het
DNApolymerase er niet door heen. Dus ‘single-strand DNA-binding protein
monomers’ voorkomt dat het niet dubbelvouwt.
Clamp loader en sliding clamp zijn essentieel voor het DNA-polymerase om vast te
blijven aan het DNA.
DNA clamb: nodig om het DNA-polymerase te binden. Ze bestaan uit:

- Sliding clamp→Vestigd zich achter de Clamp loader en volgt het
DNApolymerase. Deze clamp zorgt ervoor dat het DNA-polymerase goed
gebonden aan het DNA blijft.
- Clamp loader→Vestigd zich op de DNA streng bij 3’ voor de Sliding
clamp. Wanneer ATP wordt gekoppeld laat de Clamp loader los en kan het
DNApolymerase zich vestigen. Hij zorgt voor het activeren van de replicatie.
Beide zijn verbonden aan DNA-polymerase om het proces zo goed mogelijk
te laten verlopen.
Als Helicase de strengen wil splitsen, moet het DNA draaien en als dat niet snel
genoeg gaat, ontstaat er spanning. De cel heeft enzymen (Topoisemerase1) die een
van de twee strengen doorknipt. Topoisemerase1 bindt met behulp van tyrosine aan
een fosfaat-groep aan de actieve kant, waardoor een fosfordiester-binding wordt
verbroken. Nu is een streng doorgeknipt en kunnen de strengen draaien. De energie
van de verbroken binding is nog opgeslagen, waardoor de reactie omkeerbaar is.
Topoisemerase2 zorgt ervoor dat de twee dubbele helices door elkaar worden
gehaald (uit de knoop). Topoisemerase2 herkent de verstrikking en gaat een
omkeerbare covalente binding aan met de twee helices. De ene streng wordt
opengeknipt (zit vast), waardoor de andere streng wordt vrijgelaten. Vervolgens
wordt de covalente binding weer verbroken en heb je twee aparte helices.
Cytostaticum: Podofyllotoxine wordt veranderd in etoposide en dat is in staat

Topoisemerase2 te remmen. Dit is bedacht voor het bestrijden van tumoren.
DNA-polymerase begint bij een oorsprong (replication origin):
- Bacteriële cellen: ze hebben maar 1 oorsprong. Replicatie is ‘in’ de cel.
- Eukaryoten: ze hebben meerdere oorsprongen. Ze vormen replicatie
vorken.
Telomeren: ze zorgen ervoor dat steeds het laatste stuk DNA ook gerepliceerd wordt,
anders wordt het DNA steeds korter. Dit is mogelijk doordat telomere synthesis het
DNA tijdelijk een stuk verlengt. Hierdoor verschuift de RNA-primer naar het einde van
het telomeer. Het gevolg hiervan is dat het oorspronkelijke DNA door de DNA-primer
wordt gerepliceerd. Zonder Telomerase zouden de chromosomen steeds korter
worden bij polymerase. De lengte van de Telomeren is een indicatie van de
veroudering van de cellen.
Schade in het DNA:

- Depurinatie; een fout bij de celdeling waardoor de hele base verdwijnt.
- Deaminiatie: een fout bij de celdeling waardoor de amine-groep
verdwijnt en er een nieuwe base ontstaat (bv. Cytosine → uracil).
-
Reparatie met MutS: MutS koppelt zich op een fout in het nieuwe stuk DNA.
Wanneer MutL dan aan MutS koppelt kan er een groot stuk DNA worden verwijderd.
Dit stuk DNA is groter dan alleen de fout. Vervolgens wordt het DNA via synthese (=
transcriptie) weer gerepareerd. Een mutatie in MutS veroorzaakt een erfelijke vorm
van darmkanker.
Reparaties:
- Direct repair (damaged nucleotide)
- Mismatch repair (mismatch, replication error)
- Excision repair (damaged nucleotide)
- Nonhomologous end joining (double strand break)
Hoofdstuk 6
Je kunt eiwitten krijgen die heel veel worden aangemaakt of heel weinig, dat hangt af
van de translatie. Eiwitten voor spieren wil je bijvoorbeeld in grote aantallen hebben.
RNA:
- Ribose i.p.v. deoxyribose.
- Uracil i.p.v. thymine.
- Geen dubbele helix door de ribose. In allerlei vormen opgevouwen.
RNA-transcriptie ook van 5’ naar 3’. Het wordt aangestuurd door RNA-polymerase.
Sigma-factor; helpt de juiste positie vinden waar de RNA-polymerase moet starten,
ook wel promotor genoemd. Terminator is de stopper.
TATA gebied/-10 gebied wordt herkend door de Sigma om daar te beginnen. Zelfde
geldt voor -35 gebied. Het zijn consensus sequenties, ze komen vaak op die
bepaalde plek voor, maar niet altijd. Hoe beter de promotor lijkt op de consensus
sequenties, hoe actiever de genen (functies die je veel nodig hebt).
Bij bacteriën is de gen dichtheid heel hoog. Beide strengen kunnen coderen. De
genen hebben geen in- en exonen.
Eukaryoten hebben 3 polymerase vormen.
Het maakt gebruik van een set transcriptiefactoren. Er is een TATA-box en TF2B
nodig voor de transcriptie.
Men gebruikt de bovenstaande volgorde als leidraad voor het bepalen van de plaats
van de promotor. TATA bindende eiwit brengt het DNA in een knik zodat het
RNApolymerase erbij kan.
Een mediator is een eiwitfactor. Een activator is een regulerend eiwit, het bindt een
stuk DNA. Activator kan reactie aangaan met mediator en er kan een transcriptie
ontstaan.
Verschil Eukaryoten en Prokaryoten:
Eukaryoten:
- Strikte selectie
- Eerst intronen en exonen in het pre-mRNA, daarna verwijdering
intronen, vervolgens gaat het mRNA uit de celkern naar het cytoplasma waar
translatie plaatsvindt.
Prokaryoten:
- 5’ einde wordt gemaakt door het creëren van transcriptie, 3’e einde
wordt gemaakt door het beëindigen van transcriptie. - Transcriptie en
translatie in dezelfde ruimte.
Eukaryoten:
- Bevat een 5’ cap (7-methylguanosine) en een poly-A tail.
- Er is een 5’-to-5’ verbinding tussen 7-methylG en de rest van het
mRNA.
- Bijna altijd alleen informatie voor één eiwit.
Prokaryoten:
- Bevat informatie voor meerdere eiwitten.
Humaan factor8:
Eerst een kopie, daarna worden de intronen eruit gehaald. Kans is groot dat er een
fout optreedt doordat er veel nucleotiden zijn. Humaan factor8 is essentieel voor je
bloedstolling. Exonen coderen voor een bepaald domein. Afhankelijk van welke cel je
hebt kunnen er een andere combinaties optreden, verschillend verbonden. Dit wordt
alternatieve splicing genoemd.
25.000 genen → 100.000 tot 200.000 eiwitten
RNA splicing:
- Een adenine nucleotide in het intron knipt de suiker-fosfaat binding in
de 5’ verbinding van het RNA door.
- De doorgeknipte 5’ verbinding bindt aan de adenine nucleotide,
waardoor er een lus ontstaat in het RNA-molecuul.
- Het vrije 3’-OH einde van het exon bindt aan de volgende exon
sequence en de intron sequence wordt vrijgelaten in de vorm van een lasso
(lariat).
Als het niet precies klopt qua volgorde, zal een deel van het intron worden afgeknipt.
Het splicosoom herkent de A en de 5’ spliceside. De lassostructuur zorgt ervoor dat
de A in de buurt komt van de 5’ spliceside. Figuur 6-28!!
RNA werkt als enzym: Ribozyme. Het RNA-molecuul is er waarschijnlijk al heel lang
en eerder dan andere moleculen.
2 soorten verbindingsfouten:
- Exon1-intron-exon2-intron-exon3 → exon1-exon3, dit is exon
skipping
- Exon1-intron-exon2-3’eind → exon1-3’eind, dit is cryptic slicesote
selection, exon 2 wordt dan per ongeluk gebruikt door het exosoom omdat
het erg lijkt op…
Soorten mutaties:
→Thalassemia, deficiënt hemoglobine.
Zodra het RNA uit het RNA-polymerase komt, gaan de splicing eiwitten aan de slag,
terwijl het RNA nog gemaakt wordt. Dat is erg efficiënt, anders duurt het te lang.
Ziekte van Duchenne; spieren werken op latere leeftijd niet goed. Ze worden niet
ouder dan 20-30 jaar. Dit werkt samen met het eiwit dystrofine. Het probleem zit bij
exon 50, die wordt geskipt (kan ook op andere plekken). Waardoor het eiwit daarna
niet meer wordt ingebouwd. Dan gaan ze exon 51 ook overslaan door het
toevoegen van antisense ODN. Dan blijft het eiwit voor de rest wel intact. Het is een
orphan ziekte, weinig mensen hebben het nodig en het is erg duur. RNA dat niet
meer nodig is wordt afgebroken door exosoom.
RNA-processing enzymes generate the 3’ end of eukaryotic mRNA’s:
CstF (cleavage stimulatie) en CPSF (cleavage en polyadenylation specificatie) gaan
met de RNA-polymerase staart mee en worden overgedragen naar het 3’ end
processing verbinding op een RNA-molecuul als het opduikt. Als CstF en CPSF
binden aan hun herkenningsvolgorde, dan voegen extra eiwitten zich samen met hen
om het 3’ einde van het mRNA te maken. Het RNA splitst van de polymerase, poly-
Apolymerase (PAP) voegt ongeveer 200 adenine nucleotiden bij het 3’ einde
(gemaakt door de cleavage). ATP is de voorloper van deze toevoegingen. PAP heeft
geen template nodig, dus de Poly-A tail is niet gecodeerd in het genoom. Eiwitten
genaamd Poly-A-binding voegen zich erbij om de lengte van de staart te bepalen.
Nadat het 3’ einde van een eukaryoten pre-mRNA molecuul is gesplitst, gaat de
RNA-polymerase2 door met overschrijven. Als eenmaal de 3’ einde kloof opkomt, het
nieuwe RNA dat voortkomt uit de polymerase mist een 5’ cap. Dit onbeschermde
RNA is snel verlaagd door 5’ naar 3’ exonuclease langs de staart. Blijkbaar zorgt de
verlaging ervoor dat de RNA-polymerase zijn grip loslaat van de template en
beëindigt de transcriptie. Zie afbeelding hieronder.
Hoe groter het molecuul is, hoe groter het getal voor de S. Gemodificeerde
moleculen worden herkend door snoRNP’s. Zij doen de splicing van… Ze lijken op
de U1,2,6.
Tijdens de mitose worden de nucleaire deeltjes opgelost.
De rode puntjes in chromosomen zijn actief met het maken van het mRNA en van
een onderdeel van de nucleus, daarna fuseren ze tot 1 geheel.
Experiment van Nirenberg, Ochoa en Khorana:

In dit experiment is er een bacterie voorbereid die eiwitten kon maken zonder dat er
levende cellen aanwezig waren. Ze voegden een vorm van RNA, poly-U, toe aan het
extract. Dit resulteerde in eiwit volledig bestaande uit phenylalanine. Hierdoor is de
codering van codons ontdekt en het toonde aan dat RNA de productie van eiwitten
reguleerde.
Deze code is universeel en redundant (meerdere tripletten voor een aminozuur).
Leesraam: als je 1 nucleotide later begint, zorgt voor een andere aminozuurvolgorde.
Stappen van 3.
Out of frame mRNA: als er een exon ontbreekt bindt bv exon 50 met 52 en dan is de
codering veranderd.
In frame mRNA: 49 bindt aan 52, door stappen van 3 klopt het leesraam weer.
TRNA
Het is opgebouwd uit een klaverbladstructuur. De P- en T-loop zijn specifiek voor
tRNA en dragen bij aan de driedimensionale structuur. Tevens heeft het tRNA een
anticodonloop. Deze bestaat uit gemodificeerde nucleotiden.
TRNA koppelt aminozuren aan de codons in het mRNA. Denk aan de 5’ → 3’

richting!! Elk tRNA heeft een eigen aminozuur die zorgt voor energielevering voor het
maken van aminozuren. TRNA is gevouwen in de vorm van een L. De D of psi zijn
afwijkende nucleotiden en ze zijn belangrijk voor de vouwing.
Inosine heeft de mogelijkheid kan baseparen met U, C en A (veelzijdig).
Wobble base→ De 3e nucleotide in de triplet varieert, maar het tRNA blijft vaak
hetzelfde. Er zijn namelijk 61 aminozuren, maar er zijn geen 61 verschillende soorten
tRNA’s. Dit komt doordat er meerdere koppelingen mogelijk zijn op de wobble
positie.
Vele tRNA’s herkennen meerdere codons. Dat heeft te maken met inosine op de 5’
op het anticodon en op de 3’ op het codon.
Als een aminozuur op het tRNA zit, is het een geladen tRNA. Het juiste aminozuur
aan het juiste codon.
TRNA synthetase:
TRNA synthetases maken soms een fout in baseparen. Om dit op te lossen gaan ze
editen. Als er een verkeerd aminozuur wordt ingebouwd is er ‘proof reading’. Het
foute aminozuur gaat naar de editing site en wordt verwijderd. Bij tRNA is de editing
minder precies dan bij DNA. Als er een verkeerd tRNA is, is een verkeerd aminozuur
niet zo erg omdat het geen erfelijk materiaal is. Er zijn nauwelijks gevolgen.
Als de tRNA’s goed geladen zijn, is het klaar voor de volgende reactie:
De keten groeit steeds met een aminozuur.
EHEC-bacterie is een bacterie met dodelijk DNA, deze bacterie is resistent tegen
veel antibiotica (31 genen). Er moeten nieuwe antibiotica komen tegen bacteriën. Het
is belangrijk om het gebruik van antibiotica te reguleren, zodat er niet onnodig
resistentie ontstaat. De farmaceutische industrie geen zin om nieuwe antibiotica te
ontwikkelen doordat het zo duur is. In de veeteelt wordt veel meer antibiotica gebruikt
dan bij mensen. Het ribosoom is een van de targets van antibiotica. Het ribosoom
gaat muteren, waardoor resistentie ontstaat.
Ribosoom
E: de plek waar het tRNA het ribosoom leeg verlaat.
P: de plek waar tRNA zich bij de translatie aan bindt (peptidepinding).
A: de plek waar aminoacyl-tRNA zich het meest vaak bevindt, hij is ook de acceptor
van de peptiebinding.
Bacteriële ribosomen en eukaryoten ribosomen lijken er veel op elkaar. De

verschillen zitten hem in de sedimentatiesnelheid. Het verschil in ribosomen van
prokaryoten en eukaryoten is belangrijk voor het verschil in reactie op antibiotica en
de ontwikkeling van nieuwe medicijnen.
EF-Tu: controleert of het juiste tRNA/mRNA geplaatst wordt → proof reading

systeem.
EF-G: zorgt ervoor dat het mRNA gedecodeerd wordt na 3 nucleotiden.
Initiator tRNA bindt aan het kleine ribosomen subunit. Het is nodig om te starten, op
zoek naar AUG. Start translatie eukaryoten: AUG is de eerste code (Met) en wordt
gebonden via het scanprincipe. Elk eiwit begint dus met *Met*. Echter wordt dit
aminozuur er in sommige cellen weer afgehakt.
Adenine stabiliseert als katalysator de koppeling van de nucleotiden in het ribosoom.
Release factor, wanneer deze bindt aan een stopcodon (UAG) in de A-site wordt de
translatie afgebroken. Vervolgens schuift deze op naar de P-site, waarna het
ribosoom uiteenvalt in de 2 delen. Wanneer er een mutatie optreedt bij het stopcodon
heeft dit dramatische gevolgen voor de cel.
Ribozyme: RNA dat werkt als een katalysator. (Dit RNA is ontstaan uit de evolutie.
Want RNA-moleculen waren er eerder als eiwitten).
Bacteriën:
- Geen 5’ cap.
- Geen scanning.
- Ribosoom binding sites, plekken waar het ribosoom rechtsreeks bindt. -
Per mRNA molecuul meerdere binding sites.
Polycistronisch mRNA: op 1 mRNA zijn meerdere startcodons (AUG) waardoor er op
meerdere plaatsen een eiwit wordt gemaakt en er dus meer eiwitten gevormd
worden uit 1 mRNA.
Chloraphenicol bindt in de A-site. TRNA in de P-site. Chloraphenicol blokkeert het

nieuwe tRNA dat binnenkomt.
De meeste eiwitten beginnen te vouwen als ze uit het ribosoom komen.
Bij sommige eiwitten liggen de alfa-helices niet dicht genoeg bij elkaar.
Chaperone: helpeiwitten, factoren die helpen om de correcte vouwing te krijgen.

Zodra hert eiwit loskomt van het ribosoom gebruiken ze ATP om het juist te vouwen.
HSP70: Heath shock proteïn. Dit eiwit levert energie om ervoor te zorgen dat eiwitten
goed worden opgevouwen. Zo heb je ook een HSP60 eiwit die verwerkt volgens
hetzelfde principe maar op een iets andere manier (figuur 6-86) Het ATP bindt zich
aan het HSP70 eiwit en hydroliseert tot ADP. Hierdoor ondergaat HSP70 een
conformele verandering en bindt het zich nog steviger aan het eiwit. Wanneer dan
HSP40 bereikt wordt koppelt er nog een ATP-molecuul waardoor het HSP70
molecuul, de ADP en ATP van het eiwit losraken en het eiwit zich op een bepaalde
manier kan vouwen.
HSP 60: Dit is een soort doosje. Het eiwit bindt zich aan het HSP60 molecuul
doormiddel van hydrofobe bindingen. Vervolgens wordt er door toevoeging van ATP
een GroEs cap geplaatst. Hierdoor komt het eiwit in een ruimte waar het opnieuw
kan vouwen. Vervolgens wordt er door hydrolyse van ATP waaruit ADP en Pi
ontstaan de GroEs cap weer verwijderd en kan het goed gevouwen eiwit zich weer
loskoppelen van het HSP60 enzym. (Figuur 6-87)
Als de hydrofobe stukken aan de buitenkant van het molecuul komen (normaal niet
zo), is dat het signaal dat chaperones hun werk moeten gaan doen.
Sommige eiwitten kunnen niet geholpen worden door chaperones. Ze gaan naar het
proteasoom en daar worden ze afgebroken in aminozuren. Aan de binnenkant van
het proteasoom zitten afbraakkamers.
Ubiquitine: dit markeert een eiwit dat verkeert gevouwen is en dat naar het naar het
protease moet. Hierdoor herkent het protease het eiwit en breekt het weer af in
aminozuren. Ubiquitine wordt gekoppeld via het ubiquitine activeringsenzym en ATP.
Ubiquitine wordt vaak vastgebonden aan lysine met een peptidebinding. Ubiquitine
weet dat door ubiquitine ligase. Die ligases worden gereguleerd, omdat sommige
eiwitten gered moeten worden, niet alle. Het ubiquitine ligase wordt geactiveerd door
fosforylatie, ligand binding of eiwit subunit binding.
Activatie van het vermindering signaal komt door fosforylatie, destabilisatie van het
eiwit waardoor de N-term vrijkomt of door eiwit ontbinding waardoor de N-term
vrijkomt.
Protein aggerate (eiwit ophoping): cellen gaan ophopen (bv. bij Alzheimer,
gekkekoeienziekte/BSE-ziekte). De BSE-ziekte is overdraagbaar van
koeienhersenen naar mensen. De incubatietijd is 10 jaar. Het prion eiwit speelt hier
een rol bij. Prion eiwitten monomeren binden aan elkaar, ze hopen op, hersencellen
gaan dood en je hersenen lijken een spons. De vier helices veranderen in 2 helices
en 4 bèta-sheets. Als er een platte structuur is gevormd, trekt het aan dat de rest ook
zo’n platte structuur gaan vormen. Ook andere eiwitten dan het prion eiwit kunnen dit
verschijnsel aannemen. Het komt via het bloed in de hersenen en het duurt 10-13
jaar voor het zich ontwikkelt.
Bij demente mensen zijn ook bèta-sheets gevormd. Het zijn gestapelde restanten
van het eiwit bèta-amyloïde. Amyloïde structuren zijn soms ook nuttig. Eiwitten en
hormonen kunnen worden opgeslagen als amyloïde fibrillen, die scheiden als ze
buiten de cel komen. Bacteriën produceren
amyloïde fibrillen op hun oppervlakte, voor het
beschermen van de bacteriën.
Productie van een eiwit:
RNA
RNA was er als eerst, de belangrijke dingen

worden aangestuurd door RNA. Structuren:
Ribozyme: RNA dat werkt als een katalysator.
Bijzondere RNA-moleculen kunnen met ATP

reageren en uiteindelijk fosforyleren. RNA-
moleculen zijn erg divers.
RNA-moleculen vormen het eerste leven op aarde: deze bewering is moeilijk te

bewijzen. Een hypothese is dat RNA-moleculen in staat waren om hun eigen
replicatie te katalyseren. Ook is RNA in staat andere RNA-moleculen te knippen via
een substraat. Dit is aangetoond door een onderzoek van RNA dat gefosfoliseert kon
worden. Hierdoor werden er ribosymen gevonden die konden reageren met zwavel
moleculen, dit kan een bevestiging zijn dat RNA er eerder waren als eiwitten.
RNA-moleculen kunnen zichzelf repliceren door katalyse. Vervolgens kunnen ze zich

omgeven met membranen (liposomen).
Evolutie:
Hoofdstuk 12: blz. 695 t/m 702
Als een eiwit is gesynthetiseerd in het ribosoom en goed is opgevouwen moet er natuurlijk
wel wat mee gebeuren. Het moet worden vervoerd naar andere organellen in de cel. Uit
welke organellen een cel is opgebouwd en hoe dat transport plaatsvindt, wordt in dit
hoofdstuk behandeld.
Een cel kun allereerst ruwweg onderverdelen in de kern en het cytoplasma. In de kern
bevinden zich de chromosomen en het cytoplasma bestaat uit het cytosol en alle organellen.
Je hebt de volgende organellen in het cytoplasma van een dierlijke cel:
➢ ER → Ruw ER is met ribosomen en glad ER is zonder ribosomen;
➢ Golgi apparaat → ontvangt vesicles van ER → gaat richting andere
organellen;
➢ Endosomen → zorgen voor de opname van voedingsstoffen;
Lysosomen → breken de voedingsstoffen af en breekt kapotte organellen af;
➢ Peroxisomen → spelen een rol bij oxiderende reacties, bijv. afbraak van
vetzuren;
➢ Mitochondrium → produceert energie (ATP);
➢ Plastiden → alleen in plantaardige cellen, bijvoorbeeld chloroplasten.
Evolutie van organellen

Veel informatie uit het ontstaan van de organellen in de huidige cellen is gehaald uit de
ontwikkeling van plastiden in plantencellen. Het gaat hier dan om de ontwikkeling van
opslagplastiden, chromoplasten en chloroplasten uit een proplastide. Deze ontstaan door het
afsplitsen van een deel van het binnenste plasmamembraan waardoor bijvoorbeeld een
thylakoid ontstaat. Bij eukaryoten is dat waarschijnlijk op dezelfde manier gegaan.
➢ Voorouder prokaryoot → voorouder eukaryoot: hierbij gaat het om de
ontwikkeling van de kern en het ER. Bij een prokaryoot zat het DNA en de ribosomen
vast aan het plasmamembraan. Er vindt infagernatie plaats, waarbij het DNA binnen
in de cel komt te liggen. Daaromheen bevindt zich het ER met ribosomen gebonden;
➢ Anaerobische eukaryoot → aerobische eukaryoot: hierbij ontstaan
mitochondria met een dubbel membraan. Deze is afkomstig van een aerobische
prokaryoot die via endocytose wordt opgenomen. Bij plantaardige cellen is dit met de
chloroplasten op een overeenkomstige manier gegaan.
Op basis hiervan kun je de cellen op de volgende manier indelen:

➢ Kern en cytosol;
➢ Organellen met vervoersfunctie → ER, Golgi apparaat, endosomen,
lysosomen en transport vesicles;
➢ Mitochondria → omgeven door een dubbel membraan; ➢ Plastiden →
omgeven door een dubbel membraan.
Vervoer van eiwitten

Er zijn drie manieren waarop eiwitten in de cel worden vervoerd:
➢ Gated transport: tussen de kern en het cytosol, gaat via kernporiën;
➢ Transmembraan transport: tussen het cytosol en organellen met een dubbel
membraan (ER, mitochondria, plastiden en peroxisomen). Dit gebeurt door ‘protein
translocators’ waar het eiwit eerst wordt ontvouwen;
➢ Vesiculair transport: gebeurt tussen alle bovenstaande organellen met een
vervoersfunctie. Hierbij splitsen vesicles zich af en fuseren ze met de
eindbestemming. Dit wordt behandeld in hoofdstuk 13.
Signaalsequentie
Dankzij de signaalsequentie op een eiwit weet de cel waar dit eiwit naar toe moet.
De signaalsequentie kan op twee manieren in het eiwit aanwezig zijn:
➢ Aminozuursequentie aan het eind van de peptideketen (N) → worden als het
eiwit op de eindbestemming is aangekomen door signaal peptidases ervan af geknipt;
➢ Aminozuursequentie verdeelt over de peptideketen. Deze kunnen een ‘signal
patch’ vormen, dat is een speciale 3d structuur. Deze sequenties worden na het
sorteren niet verwijderd.
De signaalsequentie is voor elke eindbestemming anders. Deze zijn voor veel eiwitten
hetzelfde. Een bepaalde signaalsequentie wordt herkend door specifieke receptoren. Deze
receptoren brengen het eiwit naar zijn eindbestemming en keert daarna weer terug om het
volgende eiwit te vervoeren. Een dergelijke receptor vervoert niet één specifieke groep van
eiwitten maar sorteert alleen maar o.b.v. de signaalsequentie in het eiwit.
Hoofdstuk 12: blz. 704 t/m 707 → Gated transport
In dit deel gaat het om het transport van eiwitten vanaf het cytosol naar de kern en
andersom. Het gaat hierbij dus om gated transport. Deze moleculen worden vervoerd:
Binnen → buiten: RNA moleculen moeten naar het cytosol kunnen om daar vervolgens
te worden gebruikt;
➢ Buiten → binnen: eiwitten zoals DNA polymerase, RNA polymerase, gen regulerende
eiwitten enz. moeten de in de kern kunnen komen om hun werk uit te voeren.
Nucleoporines
Het transport tussen de kern en het cytosol wordt mogelijk gemaakt door de kernporiën in de
kernenvelop. Deze noem je ook wel nuclear pore complexes (NPCs). Een dergelijk complex
is opgebouwd uit zo’n 50 NPC eiwitten en kan zeer veel moleculen transporteren. Hiervan
zijn er dan ook zeer veel aanwezig in de kernenvelop.
Een nucleoporine complex werkt als volgend:

➢ Kleine moleculen kunnen spontaan naar binnen diffunderen;
➢ Grote moleculen gaan via actief transport naar binnen. Of dit actieve transport
plaatsvindt, hangt af van de signaalsequentie; o De signaalsequentie noem je een
nucleaire localisatie signaal. Deze bestaat vaak uit positieve aminozuren (basisch);
o Het transport is alleen afhankelijk van dit signaal, als daar een mutatie in
plaatsvindt dan zal het eiwit niet meer worden getransporteerd;
➢ RNA moleculen die naar buiten willen, worden ook eerst gecontroleerd. Dit
kwam naar voren in hoofdstuk 6.
Hoofdstuk 12: blz. 713 t/m 721 → Transmembraan transport
Dit deel gaat over transmembraan transport. Hierbij wordt in dit geval gekeken van het
transport van eiwitten vanaf het cytosol naar de mitochondria en het chloroplasten. Deze
hebben als overeenkomst dat eiwitten bij beide een dubbel membraan moeten oversteken.
Hierbij krijgen ze hulp van de protein translocators.
Opbouw mitochondria en chloroplasten Een

mitochondria is als volgend opgebouwd:
➢ Twee subcompartimenten → matrix en intermembraan ruimte;
➢ Een dubbel membraan → Binnen en buiten membraan. Deze zorgen voor het
ontstaan van de twee compartimenten en deze sluiten het organel af.
Een chloroplast is als volgend opgebouwd:
➢ Drie subcompartimenten → matrix (stroma), intermembraan ruimte en de
thylakoid ruimte. De laatste wordt gevormd door het thylakoid membraan;
➢ Ook een chloroplast wordt omgeven door een dubbel membraan.
Bij het transmembraan transport wordt nu alleen gekeken naar de mitochondria.
Signaalsequentie
Verschillende signaalsequenties bepalen in welk subcompartiment in een mitochondrium een
eiwit terecht komt. Zo heeft een eiwit wat in de matrix ruimte moet komen een kenmerkende
α-helix bij de N-terminus. Deze wordt door een eiwit translocator herkend en vervoert naar
dat subcompartiment. Eiwitten die naar een mitochondrium moeten, noem je mitochondrial
precursor proteins.
Eiwit translocators
Je hebt vijf soorten translocators. Sommigen werken samen en zorgen ervoor dat een eiwit
op zijn plek terechtkomt. Andere translocators zorgen er weer voor dat eiwitten in een
membraan worden ingebouwd. Zo draagt elke translocator zijn steentje bij.
➢ TOM complex: gelegen in buiten membraan;
➢ SAM complex: gelegen in buiten membraan
➢ TIM 23 complex: gelegen in binnen membraan met hydrofobe staart in buiten
membraan;
TIM 22 complex: gelegen in binnen membraan; ➢
OXA complex: gelegen in binnen membraan.
Ongevouwen eiwitten
Eiwitten die in de mitochondria terecht moeten komen, blijven ongevouwen in het cytosol. Zij
nemen pas hun uiteindelijke vorm aan als ze op hun plek in een mitochondrium zijn.
Dergelijke eiwitten vouwen in het cytosol niet op door de binding aan chaperones (Hsp70).
Ook kan de vouwing worden voorkomen door andere soorten eiwitten.
Cytosol → Matrix
Dit gebeurt m.b.v. het TOM complex en het TIM23 complex. Dit gaat als volgend:
➢ De signaalsequentie bindt aan de receptor van het TOM-complex;
➢ De cytosolische Hsp70 eiwitten worden verwijderd, hiervoor is ATP hydrolyse
nodig;
➢ De peptideketen gaat door het translocatie kanaal van het TOM complex
heen;
➢ Terwijl het daarmee bezig is, bindt de signaalsequentie aan TIM23;
➢ Door een membraanpotentiaal kan de signaalsequentie door TIM 23 naar de
matrix;
➢ Mitochondriaal Hsp70 bindt aan de peptideketen die in de matrix zit, waardoor
deze keten naar binnen kan worden getrokken → kost ATP; ➢ Als het gehele eiwit in
de matrix is, kan het opvouwen;
➢ De N-terminale signaalsequentie wordt door signaal peptidase er af geknipt.
Inbouwen in buitenmembraan
In het buitenmembraan komen veel transmembrane eiwitten voor die bestaan uit β-sheets.
Deze vormen een tonnetje. Deze komen daar terecht via het TOM complex en het SAM
complex. Dit gaat op de volgende manier:
➢ Eerst gaat de peptideketen door het TOM-complex heen;
➢ Wanneer de peptideketen volledig in de intermembrane ruimte is, bindt het
aan chaperonne eiwitten die voorkomen dat het eiwit zich gaat opvouwen;
➢ De ongevouwen peptideketen gaat dan naar het SAM-complex, welke er voor
zorgt dat het eiwit in het buitenmembraan komt en dat het zich goed opvouwt.
Inbouwen in binnenmembraan en intermembrane ruimte

Hierbij worden dezelfde translocators gebruikt als bij het vervoeren van eiwitten naar de
matrix. Dit zijn het TOM complex en het TIM23 complex. Dit kan op de volgende manieren:
➢ Binnen membraan eiwit: hiervoor zijn de volgende mogelijkheden:
o De peptideketen komt op de normale manier via het TOM-complex in
het TIM23 complex. Hierbij ligt achter de signaal sequentie een specifieke
hydrofobe sequentie. Deze bindt aan TIM23 en zorgt ervoor dat de
translocatie stopt. De signaalsequentie wordt verwijderd en het TOM-complex
zorgt ervoor dat de rest van het eiwit in de intermembrane ruimte komt. Hier
kan de hydrofobe sequentie binden aan het binnen membraan;
o De peptideketen komt volledig in de matrix ruimte terecht. Daar wordt
doordat de signaalsequentie weg wordt geknipt een hydrofobe
signaalsequentie ontmaskerd. Het eiwit komt dan via het OXA-complex in het
binnen membraan terecht;
o Eiwitten die in het mitochondrium zijn gesynthetiseerd komen ook via
het
OXA-complex in het binnen membraan terecht; o Een peptideketen met
een signal patch komt door loop-vorming door het TOM-complex. In de
intermembrane ruimte binden een dergelijke keten aan chaperones. Deze gaan
naar het TIM22 complex. Deze bouwt eiwitten in welke met meerdere gebieden
in het membraan zitten. Hiervoor is wel een membraanpotentiaal nodig;
➢ Intermembrane ruimte eiwit: komt eerst in het binnen membraan terecht via de
eerste twee manieren. Dan knipt een tweede signaal peptidase de hydrofobe
sequentie. Het eiwit zit nu in de intermembrane ruimte van het mitochondrium.
Chloroplasten
Bij chloroplasten vindt de translocatie van eiwitten naar de thylakoid ruimte op een
soortgelijke manier plaats. Je hebt één signaalsequentie waardoor het eiwit in het stroma
terechtkomt (soort TOM-TIM23), deze wordt vervolgens afgeknipt. De volgende sequentie
zorgt ervoor dat het eiwit in de thylakoid ruimte komt. Hier wordt het eiwit correct
opgevouwen en wordt de thylakoid sequentie weggeknipt.
Hoofdstuk 12: blz. 723 t/m 738 → Transmembraan transport
Het ER is misschien wel het belangrijkste organel in een cel. Het neemt meer dan de helft
van al het membraan in een cel in beslag. Het ER is verspreid over de hele cel, zodat er
eiwitten in het cytosol het ER altijd snel kunnen bereiken. De ruimte die het membraan van
het ER en het buitenste kernmembraan omsluit, noem je de ER lumen.
Het ER heeft de volgende functies:

➢ Synthetiseren van
eiwitten → deze worden of
via vesiculair transport
vervoerd of blijven in het
ER;
➢ Synthetiseren van
vetten; ➢ Opbergen van
Ca+ ionen.
Soorten ER
Je hebt twee soorten ER, namelijk het ruw ER en het glad ER. Op de eerste zijn ribosomen
aanwezig en bij de tweede soort splitsen vesicles zich af. Wanneer mRNA moleculen in het
cytosol terechtkomen, binden ze aan een ribosoom. Nu kunnen er twee dingen gebeuren:
➢ Co-translational protein translocation: eiwitten worden al getransporteerd in
het ER terwijl de translatie nog bezig is. Hierbij ontstaat ruw ER. Dit gebeurt alleen bij
eiwitten die bestemd zijn voor vesiculair transport. Ribosomen die aan het ER
gebonden zijn, zijn dus afkomstig uit het cytosol;
➢ Post-translational protein translocation: eiwitten worden pas getransporteerd
als de translatie afgelopen is. Deze translatie gebeurt dus op ribosomen die vrij in het
cytosol aanwezig zijn. Deze eiwitten komen dan vanuit het cytosol in de kern,
mitochondria, peroxisomen of plastiden terecht.
Signal hypothese
Of het transport van een ribosoom vanaf het cytosol naar het ER plaatsvindt, hangt af van de
aanwezigheid van een bepaalde signaalsequentie. Hierbij vindt dus eerst gewoon translatie
plaats in het cytosol maar dit kan worden veranderd door die signaalsequentie. Wanneer
deze ontstaat, wordt ervoor gezorgd dat het ribosoom op een translocator op het ER
terechtkomt. Het ribosoom wordt dan gebonden aan de translocator. Op een gegeven
moment knipt een signaal peptidase de signaalsequentie af waardoor het eiwit wordt
vrijgelaten in het lumen. De translocator sluit dan weer.
Een dergelijke signaalsequentie is dus bepalend voor het verschil tussen ribosomen die in
het cytosol blijven en ribosomen die zich hechten aan het ER.
Signal-recognition particle (SRP)

Eiwit bestaande uit zes subunits en één RNA molecuul.
➢ Deel wat bindt met de signaalsequentie → Dit deel bestaat uit allemaal
flexibele methionine residuen, waardoor deze kan binden met veel signaalsequenties.
Er bestaan namelijk zeer veel signaalsequenties die ervoor zorgen dat een ribosoom
wordt gebonden aan het ER;
➢ Deel wat de translatie stopt → dit doet het door behalve met de
signaalsequentie ook met de grote subunit van het ribosoom te binden. Hierdoor kan
EF-Tu niet binden. De translatie moet even worden gestopt zodat het ribosoom
genoeg tijd heeft om op tijd aan het ER te binden. Hierdoor wordt voorkomen dat het
eiwit per ongeluk in het cytosol terecht komt.
Als het SRP aan het ribosoom heeft gebonden, kan het met de andere kant binden aan de
SRP receptor op het ER. Als deze binding heeft plaatsgevonden wordt het ribosoom op de
translocator gezet.
Het mRNA die gebonden zijn aan het ER blijven daar permanent als onderdeel van een
polyribosoom. Dit tot dat het mRNA niet meer nodig is. Voor een ribosoom geldt dit echter
niet. Deze wordt na de synthese van een eiwit weer vrijgelaten in het cytosol en kan worden
gerecycled.
Translocator
Deze vormt een met water gevulde porie waardoor de polypeptideketens worden vervoerd.
Deze porie zit precies onder de tunnel van het ribosoom zodat alleen dat eiwit wordt
doorgelaten. Deze porie noem je het Sec61 complex welke is opgebouwd uit drie subunits.
De plug is hier één van en deze sluit de porie af. Deze wordt alleen verwijderd wanneer
ribosoom bindt aan de translocator. Verder heeft de translocator een ‘zoom’ waardoor het
schuin kan worden geopend. Hierdoor kunnen bijvoorbeeld gebruikte signaalsequenties en
in te bouwen eiwitten aan de lipide bilaag worden afgegeven
Bij eukaryoten is de translocator opgebouwd uit vier Sec61 complexen. Deze hebben
allemaal, direct of indirect met het transport van de peptideketen te maken. Hoe dit precies
werkt, is nog niet bekend.
Post-translational translocation
Bij ruw ER moeten translocators meestal geen werk te verzetten. Doordat de translatie nog
bezig is, wordt de peptideketen vanzelf door de translocator geduwd. Toch zijn er
uitzonderingen. In sommige situaties zijn eiwitten al volledig gesynthetiseerd.
➢ Eukaryoten: het Sec62,63,71,72 complex bindt aan de translocator. Hierdoor
worden in het ER lumen BiP moleculen aan de peptideketen gebonden. Dankzij de
hydrolyse van ATP wordt de peptideketen naar binnen getrokken;
➢ Prokaryoten: SecA ATPase bindt aan de peptideketen. Dankzij de hydrolyse
van ATP wordt de peptideketen naar binnen getrokken.
Als de translatie dus al heeft plaatsgevonden moet er dus ATP worden verbruikt om de
peptideketen toch in het ER lumen te krijgen.
Start-transfer signaal
De specifieke signaalsequentie die ervoor zorgt dat het ribosoom via SRP wordt gebonden
aan de translocator wordt hierna nog een tweede keer gebruikt. Het dient namelijk ook als
start-transfer signaal. Deze sequentie bindt namelijk aan een specifiek gebied in de
translocator waardoor de porie hierin wordt geopend. Na de translatie kunnen er twee dingen
met het eiwit gebeuren:
➢ Het gehele eiwit komt correct gevouwen terecht in het lumen;
➢ Het gehele eiwit wordt ingebouwd in de lipide bilaag → transmembraan eiwit.
Inbouwen van single pass transmembrane eiwitten

Eiwitten die worden ingebouwd in het ER membraan bevatten meerdere signaalsequenties.
Het gaat hierbij dan behalve om een start-transfer signaal vaak ook om een stop-transfer
signaal. Als een eiwit één stop-transfer signaal heeft, heeft het ook maar één deel wat het
membraan overspant.
➢ Stop signalen komen niet voor bij in water oplosbare eiwitten en verder komen
ze niet voor bij single pass membraan eiwitten met een signal patch;
➢ In water oplosbare eiwitten hebben hun start-transfer signaal altijd bij de N-
terminus.
Bij single-pass transmembrane eiwitten gebeurt dit op drie manieren:

➢ N-terminale start sequentie: hierbij gaat de hydrofobe stop sequentie een
binding aan met de translocator. De laterale kant van de translocator gaat open.
Hierdoor worden de afgeknipte startsequentie en de stopsequentie verplaatst. Het
eiwit komt in het membraan met de hydrofobe startsequentie als deel wat het
membraan overspant. De C terminus zit aan de cytosolische kant en de N terminus
aan de ER lumen kant;
➢ Interne signaalsequentie (signal patch): het start-transfer signaal bindt als een
loop in de translocator. Nu zijn er twee mogelijkheden mogelijk: o C-terminus aan de
cytosolische kant en N-terminus aan ER kant → Veel positieve aminozuren tussen de
C-terminus en de signaalsequentie.
o C-terminus aan de ER kant en N-terminus aan de cytosolische kant → Veel
positieve aminozuren tussen de N-terminus en de signaalsequentie. o De
verdeling van positieve aminozuren bepaalt namelijk de oriëntatie van het eiwit
in de translocator.
Inbouwen van multipass transmembraan eiwitten Kenmerken

van dit soort eiwitten:
➢ Hebben één of meer stop-transfer signalen;
➢ Hebben het start-transfer signaal in de vorm van een signal patch;
➢ Heeft net als een single pass transmembraan eiwit (met N start) een start-
transfer signaal en een stop-transfer signaal;
Inbouwen van een dergelijk eiwit:

➢ Het start-transfer signaal bindt aan translocator in een bepaalde oriëntatie;
➢ Translocatie vindt plaatst totdat een stop-transfer signaal bindt aan de
translocator; ➢ De translocator opent zich lateraal → eiwit wordt in membraan
geplaatst.
Op een dergelijke manier ontstaan multipass transmembrane eiwitten. Deze kunnen ook
meer dan twee keer het membraan overspannen. De translocatie van het eiwit wordt dan
weer opnieuw leven ingeblazen doordat er een tweede start-transfer signaal aanwezig is. De
translocatie stopt weer als een tweede stop-transfer signaal in de translocator bindt. Dit kan
vele malen zo doorgaan. Het SRP eiwit bepaalt het reading frame van de translocatie. Of
een hydrofobe sequentie in het eiwit dient als start of stop signaal hangt alleen af van de
locatie.
Glycolysering van transmembrane eiwitten in ER

Gebeurt bij bijna alle eiwitten in het ER. Het gaat hierbij dus en om de in water oplosbare
eiwitten (lumen) en de transmembranen eiwitten in het ER. In het cytosol komt het bijna niet
voor en wanneer het gebeurt, gebeurt dat op een simpele manier.
Bij de glycolysering wordt een oligosacharide aan het eiwit gekoppeld. Het belangrijkste deel
(core) hiervan bestaat uit vijf sachariden, deze overleven vaak als enige het Golgi apparaat.
Een dergelijke oligosacharide wordt gekoppeld aan een asparagine aminozuur. Een
glycoproteïne ontstaat alleen bij eiwitten met de volgende aminozuursequenties: ➢ Asn-X-
Ser; ➢ Asn-X-Thr.
Glycolysering vindt als volgend plaats:

➢ Het vet dolichol heeft de oligosacharide gebonden;
➢ Het enzym oligosaccharyl transferase scant het eiwit in het lumen voor de
specifieke aminozuursequentie;
➢ Wanneer deze die sequentie heeft gevonden katalyseert het de reactie
waarbij het oligosacharide wordt gekoppeld aan het eiwit.
Glycolysering vindt bijna niet in het cytosol plaats omdat daar niet het enzym aanwezig is.
Deze heeft de actieve kant namelijk in het ER lumen.
Ontstaan van lipide bilaag

In het ER membraan worden de fosfolipiden en het cholesterol die nodig zijn voor de lipide
bilaag gesynthetiseerd. Deze worden daarna vervoerd naar andere membranen in de cel. De
belangrijkste fosfolipide die hier wordt geproduceerd is fosfaatidylcholine. Alle fosfolipiden
worden geproduceerd in de cytosolische helft van het ER membraan. Dit omdat daar de
enzymen die nodig zijn bij de synthese werken.
➢ Twee vetzuren binden in de cytosolische kant van het membraan;
➢ Hieraan worden twee CoA enzymen gebonden;
➢ Deze zorgen ervoor dat glycerol-3-fosfaat kan worden gebonden → CoA
verdwijnt;
➢ Fosfaat wordt verwijderd;
➢ Nu wordt choline met een fosfaat gebonden aan het 3’ uiteinde.
De fosfolipiden moeten natuurlijk ook terechtkomen in de lumenkant van het membraan. Het
systeem waardoor dit gebeurt, is gebaseerd op het feit dat de verdeling van fosfolipiden
tussen de lipide lagen gelijk moet zijn. De lipide bilaag in het ER is dus symmetrisch. Als
nieuwe fosfolipiden worden toegevoegd wordt deze symmetrie verstoord. Speciale enzymen
(een scramblase) zorgt ervoor dat de fosfolipiden gelijk worden verdeeld. Hierbij wordt dus
de flip-flop gekatalyseerd.
Een plasmamembraan is juist asymmetrisch. Wanneer nieuwe fosfolipiden worden

toegevoegd wordt dit gewaarborgd door flippase’s. Deze werken specifiek en zorgen ervoor
dat fosfolipiden met een amino groep aan de cytosolische kant van het membraan komen.
Scramblase komt hier alleen maar voor als apoptose nodig is omdat dan de fosfaatidylserine
aan de extracellulaire kant van het membraan nodig is.
In water oplosbare eiwitten worden dus opgenomen in het ER lumen. Deze kunnen daar
blijven of worden getransporteerd naar andere organellen. Hydrofobe eiwitten worden op een
bepaalde manier ingebouwd in het membraan → transmembrane eiwitten. Deze blijven dan
of in het membraan van het ER of komen dan in andere celmembranen terecht. Dit gaat ook
via vesiculair transport.
Cytoskeleton: soort van skelet binnen een cel. Net als een mens een skelet nodig heeft om
normaal te kunnen leven heeft een cel het cytoskeleton nodig. Hierbij spelen drie soorten
eiwitten (filamenten) een rol. Deze geven de cel vorm en structuur, ook zorgen bepaalde
filamenten voor transport. Deze filamenten zouden niet werken zonder de werk van vele
hulpeiwitten.
Functies filamenten
Er bestaan dus drie filamenten. Deze hebben ieder een eigen functie:
➢ Actine filamenten/micro-filamenten: zorgen voor de beweging van cellen,
bepalen de vorm van het cel oppervlakte en zorgen bij de celdeling ervoor dat er twee
cellen ontstaan;
➢ Microtubili: bepalen de positie van organellen, zorgen voor intracellulair
transport en zorgen ervoor dat bij de celdeling de gedupliceerde chromosomen in de
twee verschillende cellen terechtkomen;
➢ Intermediaire filamenten: zorgen voor mechanische kracht (soort botten).
Filamenten zijn zeer dynamische structuren. Dit zorgt ervoor dat een cel zich snel en effectief
kan aanpassen aan veranderingen in het externe milieu. Filamenten zijn dynamisch doordat
ze zijn opgebouwd uit vele monomeren. Deze kunnen snel worden afgebroken opgebouwd.
Positie filamenten
De filamenten bevinden zich op de volgende posities in de cel:
➢ Actine filamenten: bevinden zich als een strengen (hooi) bij het
plasmamembraan;
➢ Microtubili: een eind is gebonden aan een centrosoom (MTOC) en het andere
eind aan het centromeer van een chromosoom;
➢ Intermediaire filamenten: bevinden zich op twee verschillende plekken:
o Binnenkant kernenvelop: dit is dus het binnenmembraan (kern lamina); o
Anderen zijn aanwezig in het cytoplasma als een soort cirkel rond de kern.
Stabiele/sterke structuur
Een cel die een lange levensduur heeft, moet natuurlijk een stabiele structuur kunnen
aangaan. Ook moet het cytoskeleton zorgen voor langdurige polariteit, dat willen zeggen dat
een cel weet wat bijvoorbeeld beneden is en wat boven. Dit zodat stoffen op de juiste
plekken worden getransporteerd.
De combinatie van een stabiele en sterke structuur ontstaat doordat een filament is
opgebouwd uit vele protofilamenten. Je kunt een protofilament vergelijken met een
aminozuurketen. Een dergelijke keten is wel flexibel maar niet erg sterk. Als je echter vele
protofilamenten naast elkaar legt, ontstaat er ook een stabiele structuur. Er moet namelijk
wel heel veel warmte moeten worden toegevoegd wil een dergelijke structuur kapot gaan.
Tussen de verschillende filamenten zit ook nog een verschil in dynamiek en sterkte. Zo is
een intermediair filament een stuk sterker en dynamischer dan een microtubili.
Filament nucleation
Dit is het proces waarbij vele bindingen ontstaan tussen de verschillende subunits in
verschillende protofilamenten. Dit kan lang duren omdat alle subunits moeten binden.
Opbouw actine filament
Een actine filament is opgebouwd uit twee protofilamenten die als een helix om elkaar heen
zijn gedraaid. Elk protofilament is opgebouwd uit actine eiwitten, dit is dus polymerisatie.
➢ Een actine kan een ATP (zorgt voor stevigheid) of een ADP binden;
➢ Een actine is polair, je hebt bij een actine filament dus een positieve en een
negatieve kant;
➢ De positieve kant is de actieve kant.
Opbouw microtubuli
Een microtubili filament is opgebouwd uit 13 protofilamenten die samen een soort cilinder
vormen. Elk protofilament is opgebouwd uit een heterodimeer bestaande uit een α- en een β
tubili. Deze hebben de volgende kenmerken:
➢ α-tubuli heeft het GTP zeer sterk gebonden en β niet;
➢ Dit kenmerk speelt een belangrijke rol bij de dynamische kenmerken van
microtubuli; ➢ Er is hier ook sprake van polariteit, hierbij is ook het positieve uiteinde
(β) actief.
Intermediaire filamenten
Deze filamenten zijn in tegenstelling tot actine en microtubuli lang niet in elk organisme en in
elke cel aanwezig. Een subunit in een intermediair filament is als volgend opgebouwd:
➢ Twee α-helices vormen een samen een coiled-coil structuur waarbij alleen de
uiterste uiteinden niet op deze manier zijn gebonden;
➢ Twee van deze dimeren vormen een anti-parallelle tetrameer;
➢ Deze vormt de hydrofiele subunit waaruit een intermediair filament is
opgebouwd.
Bij veel giftige stoffen wordt de opbouw van filamenten verstoord. Hierdoor sterft een cel en
uiteindelijk een organisme af. Toch kunnen deze giftige stoffen ook nuttig zijn. Dit is bij het
bestrijden van kanker natuurlijk het geval. Hiervan is Taxol een voorbeeld, deze verstoord de
opbouw van microtubuli.
Filamenten bij prokaryoten

Natuurlijk moet een prokaryoot ook een soort cytoskelet hebben. Hierbij worden echter wel
andere moleculen gebruikt dan bij eukaryoten. Hiervan bestaan de volgende voorbeelden:
➢ Microtubuli → Homologe eiwitten (FtsZ): zorgt niet alleen voor het uit
elkaar gaan van gedupliceerde chromosomen maar ook voor het ontstaan van
de contractile ring;
➢ Actine → ParM: wordt gevormd door twee gedupliceerde plasmiden
waardoor ze elkaar als het ware uit elkaar duwen; ➢ Intermediair filament →
Crescentin.
De lengte en opbouw van filamenten moet sterk worden gereguleerd. Dit gebeurt voor het
grootste gedeelte door zogenaamde hulp eiwitten.
Microtubuli en spoelfiguur
De opbouw van een spoelfiguur ontstaat in het MTOC. Dit is een centrosoom opgebouwd uit:
➢ Twee
centriolen;
➢ Centrosoom
matrix;
➢ γ-tubuline ringen.
Hier vindt de nucleatie plaats van een microtubuli. In het begin moet een filament immers op
een zeer specifieke manier worden opgebouwd. Dit proces wordt versneld door speciale
ringen op de rand van een MTOC. Deze noem je γ-tubuline ring complexen. Uiteindelijk kan
een microtubuli snel groeien van de – naar de + kant in de richting van de chromosomen.
Motor eiwitten
Hebben een invloed op actine filamenten en microtubuli. Motor-eiwitten zorgen bijvoorbeeld
voor het transport allerlei organellen over de microtubuli. Alle motor eiwitten voeren hun
functie uit door het hydrolyseren van ATP.
Myosine (2)
Dit is een motor eiwit. Speelt een belangrijke rol bij de werking van de spier.
➢ Opgebouwd uit een coiled-coil structuur, hierdoor is het hydrofiel;
➢ Het grootste deel wordt in beslag genomen door de staart (heavy chain), hier
vindt binding plaats met andere myosines;
➢ Bij de N-terminus bevinden zich aan light chains twee kopjes, dit is de actieve
kant. Een myosine molecuul vormt dus samen met vele andere myosines één groot
filament. Dit noem je een zogenaamd dik-filament. In een dergelijk filament zijn op
een bepaalde plaats geen kopjes aanwezig, dit noem je de ‘bare zone’.
Het deel waar de kopjes aanwezig zijn (motor domein) is bij alle myosines sterk
geconserveerd. De andere delen verschillen sterk.
Werking van myosine

De kopjes op myosine zorgen voor spiersamentrekking. Dit gaat als volgend:
➢ Een kopje is gebonden aan actine;
➢ Door de binding van ATP gaat deze binding verloren;
➢ Het kopje ondergaat een conformationele verandering door de hydrolyse van
ATP;
➢ De fosfaatgroep wordt verwijderd waardoor het kopje weer aan actine bindt;
➢ Daarna wordt ADP verwijderd waardoor het kopje weer in zijn normale vorm
komt; ➢ Hierdoor wordt het actine verschoven.
Hierdoor worden actine moleculen uiteindelijk naar elkaar toegeschoven. Een binding tussen
een kopje en actine is erg kort zodat er veel samentrekkingen kunnen plaatsvinden.
Sarcomeer
Myosine en actine zijn niet de enige eiwitten die een rol spelen bij spiersamentrekking.
➢ Een Z disc scheidt de sarcomeren van elkaar;
➢ Titin houdt het myosine op zijn plaats doordat deze vastzit aan de Z-
disc; ➢ Aan de negatieve kant zit tropomodulin.
Activatie van spiersamentrekking

Dit gebeurt door de neurotransmitter acetylcholine. Een spier moet zich immers niet constant
samentrekking.
Ook h16 samenvatting

Het cytoskelet
Er zijn in de celbiologie 3 typen eiwit filamenten te herkennen. Ten eerste zijn er de actine
filamenten. Deze zorgen vooral voor de bewegelijkheid van de cel. Ten tweede zijn er de microtubuli,
deze zorgen voor een soort transportwegen in de cel. Tenslotte zijn er nog de intermediaire
filamenten. Deze zorgen er voornamelijk voor dat de cel bij elkaar wordt gehouden.
Actine filamenten
Actine is een eiwit dat onderdeel is van het cytoskelet in de
eukaryote cel. Actinemoleculen maken onderdeel uit van
actinefilamenten (ook wel microfilamenten genoemd), een
polymeer van actinemonomeren. Ze geven de cel vorm en
maken het mogelijk dat ze de spanning van de cel kunnen
‘dragen’. In spiercellen zorgen ze samen met myosine voor
samentrekking, waardoor spieren kracht uit kunnen oefenen. Bij
de deling van een dierlijke cel spelen actine en myosine een rol
bij de insnoering van de cel tot twee nieuwe. In het plaatje
hiernaast zijn de actine filamenten rood, en de microtubuli
groen gekleurd.
Het is erg belangrijk dat filamenten in een cel snel afgebroken en opgebouwd kunnen worden (zie
plaatje hiernaast). Zodra er
een signaal de cel binnenkomt, zullen de filamenten in het linker deel van de cel afbreken en zullen
er rechts de benodigde nieuwe gevormd worden.
De stabiliteit van een filament hangt af van het aantal

bindingen dat een subunit van zo’n filament is
aangegaan. In het plaatje hiernaast zie je een voorbeeld.
Het is vrijwel onmogelijk om zo’n filament te breken. De

snelheid van de vorming van zo’n filament hangt af van
de grootte van het filament bij het starten van de
polymerisatie (zie dia’s). Zodra je begint met een groter ‘molecuul’, zal je sneller een groter filament
hebben dan wanneer je met één subunit begint te polymeriseren.
De intermediare filamenten bestaan uit polymeren
van eiwitten die specifiek zijn voor celtypen, met
een diameter van 8-12 nanometer. Zo bestaan deze
filamenten bij neuronen uit andere eiwitten dan
bijvoorbeeld in rode bloedcellen. Ze verrichten
verschillende functies, afhankelijk van het celtype.
Evenals de actine filamenten dragen de
intermediaire filamenten de spanning van de cel
(zie plaatje hiernaast).
Microtubuli
De microtubuli zijn buisachtige structuren met een dikte van ongeveer 25 nanometer. Microtubuli
zijn opgebouwd uit ketens van tubulinedimeren die samen een buis vormen. Microtubili zijn in
principe opgebouwd uit ringen. Deze ringen bestaan uit ieder 13 monomeren. Deze filamenten zijn
meestal aan 'één kant verbonden aan het centrosoom, van waaruit verschillende tubuli in alle
richtingen uitstralen. Microtubuli zijn belangrijk bij de celdeling, waar ze de chromosomen uit elkaar
trekken. Ook zijn ze erg belangrijk voor het transport van organellen door de cel. Hieronder een lijstje
met verschillende eigenschappen van microtubuli
1. opbouw uit asymetrisch

alfa beta-tubuline dimeer.
2. microtubulus filament is
ook asymetrisch.
3. groei en afbraak aan +
kant; - kant stabiel.
4. geen afbraak midden in
filament.
5. de beta-tubuline bindt
GTP en is GTPase.
6. filament is stabiel met
GTP aan + uiteinde, waardoor
meer polymerisatie. 7. filament is
instabiel met GDP aan + uiteinde, waardoor filament afbrokkelt.
8. gevolg is groei en catastrofe.
Het langer worden van een microtubule
GTP zorgt ervoor dat de dimeereenheden (alfa,beta-tubuline
dimeer) blijven ‘plakken’ aan de vormende streng. GTP is dus
niet nodig voor de polymerisatiereactie zelf. Na een tijdje zal
de GTP in de streng veranderen in GDP (zie onderste streng v/d
linker microtubule hiernaast). Dit geeft niet omdat de streng
inmiddels een stuk verder is gepolymeriseerd. Mocht dit
gebeuren op de plek waar de tubule op dat moment aan het
polymeriseren is, dan brokkelen de filamenten af (rechter
situatie).
Aan de - kant (aan de + kant vinden alle groei en afbraakreacties

plaats) wordt de microtubule vastgehouden door zogenaamd
gamma tubuline. Als je goed kijkt in het plaatje op de eerste
pagina, zie je dat veel microtubuli vanaf de kern, richting het
celmembraan lopen.
Zogenaamde motoreiwitten zijn in staat organellen te

transporteren van + naar - en van - naar +. Het is dus belangrijk dat
je onthoudt dat microtubuli van - naar + groeien. Het eiwit Kinesine
gaat meestal van de - naar de + kant, en Dyneine van + naar -.
Zodra ze het einde van de streng bereiken, zullen ze losraken van de ‘rails (dus de microtubule)’ en
losraken in het cytoplasma waar ze weer opnieuw kunnen worden gebruikt.
Microtubuli zijn erg belangrijk in de cel. Zo wordt bijvoorbeeld de structuur van het Golgi apparaat bij
elkaar gehouden door microtubuli. Ook trekken ze tijdens de celdeling (anafase) de chromosomen uit
elkaar. Om overmatige celdeling (=kanker) tegen te gaan, worden er stoffen (chemo op taxolbasis) in
de bloedbaan van de patient gebracht, die ervoor zorgen dat de microtubuli niet meer in staat zijn
om de chromosomen uit elkaar te trekken. Hierdoor zullen beide dochtercellen sterven, en de kanker
dus geremd worden.
Flagel en cilia (trilhaartjes in longen)
Flagella zijn lange staartvormige structuren, cilia zijn korter. Ze bestaan voornamelijk uit tubuline en
kunnen gebruikt worden bij de voortbeweging, bij het binnenhalen van voedsel of bij aftasten van
de omgeving. Bij eukaryoten bestaat een flagel uit een uitstulping van het celmembraan. Het
centrum bestaat uit een axoneem, een cilinder van 9 paren microtubuli met nog 2 microtubuli in de
kern. De basis van die koker wordt gevormd door het basale lichaampje. Dit is opgebouwd uit een
aan een kern. Het motoreiwit dyneïne beweegt

de microtubuliparen van het axoneem ten
opzichte van elkaar. Omdat ze onderling
verbonden zijn met linking eiwitten, nexin in dit
geval (en dus niet ten opzichte van elkaar kunnen
schuiven) buigt het flagel. Hierdoor ontstaat een
slagbeweging die de cel in een richting loodrecht
op de as van de flagel doet voortbewegen.
cilinder van negen tripletten microtubuli, analoog
Intermediaire filamenten zijn enkel aanwezig in cellen die een meercellige organisatie vertonen. Een
essentiële rol van intermediaire filamenten is het verdelen van trekkrachten over cellen in een
weefsel. In tegenstelling tot microtubuli en microfilamenten (actine eenheden) worden intermediaire
filamenten gevormd uit een groot aantal verschillende proteïnen. Hoewel intermediaire filamenten
veel stabieler zijn dan microfilamenten en microtubuli, wisselen ze gemakkelijk subeenheden uit van
een opgeloste poel.
Omdat een alfa monomeer (keratine),

hydrofobe en hydrofiele kanten
heeft, zullen twee
monomeereenheden om elkaar
draaien en een helix vormen. Ook
deze helices zullen symmetrisch naast
elkaar gaan liggen, zodat er een
lange, symmetrische keten zal
ontstaan.
Werkingsmechanisme actine Ze
geven de cel vorm en maken het
mogelijk dat de cel zich kan bewegen.
In spiercellen zorgen ze samen met
myosine voor samentrekking,
waardoor spieren kracht uit kunnen
oefenen. Bij de deling van een dierlijke cel spelen actine en

myosine een rol bij de insnoering van de cel tot twee
nieuwe.
Enkele eigenschappen van actine:

- Actine asymmetrisch
- Actine filament ook asymetrisch; +kant en –kant -
+kant = barbed end = kant van snelste polymerisatie - Vele
actine bindende eiwitten die:
- Polymerisatie actine beinvloeden
- Nucleatie kern voor polymerisatie zijn
- Filamenten cross-linken
- Actine filament aan membraan hechten
- Over filament bewegen (myosine)
Start
actine
filament
Net als
microtubuli hebben actinemoleculen ook een + en een - kant. In het

plaatje hiernaast kun je zien hoe de polymerisatie verder verloopt.
Spierwerking
De samentrekking van spieren is mogelijk door
twee eiwitten: actine en myosine. Deze twee
eiwitten vormen vezels die in elkaar kunnen
schuiven. De binding tussen actine en myosine
is bijzonder sterk en wordt op verschillende
manieren in de bio-technologie gebruikt. Deze schuifactie kost energie en wordt door ATP en GTP
gevoed. Voor verdere informatie moet je maar even in de dia’s kijken, die plaatjes spreken wel
voor zich. Hieronder nog een weergave van hoe actine langs myosine schuift.
H17
Regulatie van celdeling
Alle organismen (één EN meercelligen) zijn het product van cel groei en celdeling. De cyclus waarin
de cel zijn inhoud dupliceert en deelt heet de celcyclus. Afwijkingen aan deze celcyclus kan leiden tot
vergroting van organen, of zelfs tot kanker.
Mitose
Profase
Na de interfase waarin het erfelijk materiaal verdubbeld is volgt de eerste fase van de mitose: de
profase of voorbereidingsfase. De profase wordt gekenmerkt door:
• vorming van de spoelfiguur

• verdwijnen van de kernmembraan
• spiralisatie van en aanhechting van de chromosomen.
In eukaryote cellen ligt net buiten de kernmembraan het centrosoom, een gebied waarin bij
dierlijke cellen de twee centriolen liggen. De centriolen verdubbelen zich in het begin van de
profase en bewegen zich dan elk langzaam
naar één kant van de kern. Geleidelijk
ontwikkelt zich uit elk van de centrosomen een
structuur van draden. Deze draden zijn
gemaakt van microtubuli (Latijn: tubuli,
buisjes). Een aantal evenwijdig lopende
microtubuli vormt samen bundels,
spoeldraden genaamd, die groot genoeg zijn
om met de lichtmicroscoop te zien. De
microtubuli zijn gemaakt van het eiwit
tubuline.
Metafase
Een cel met een spoelfiguur heeft twee
uiteinden, de polen, en in het midden het
equatoriaalvlak. Wanneer de centromeren van
elk van de chromosomen in één vlak in het
centrum (equatorvlak) van de cel liggen,
begint de metafase. De metafase is afgelopen
zodra de chromatiden loslaten, doordat het
centromeer zich in tweeën deelt. De twee
chromatiden vormen nu elk een zelfstandig
chromosoom.De metafase is de fase waarin de
chromosomen het duidelijkst bestudeerd
kunnen worden, deze chromosomen heten
metafase-chromosomen. De metafase duurt
ongeveer 20 minuten. Het is het langste
onderdeel van de mitose
Anafase
De beslissende fase van de mitose is de anafase. Het is alsof na een signaal de verbindingen tussen
de chromatiden, op de plaats van de centromeren, loslaten en de enkele chromatiden (nu
chromosomen) zich elk in tegenstelde richting naar de polen bewegen doordat de spoeldraden deze
naar de polen trekken. Dit gebeurt omdat de trekdraden verkorten. De anafase stopt wanneer elke
set chromosomen aangekomen is aan zijn pool. Hier zullen de nieuwe kernen gevormd worden. De
anafase is de kortste fase van de mitose. Naar welke pool de chromatiden zich begeven, is
willekeurig. De fase duurt hooguit een paar minuten.
Telofase
Tijdens de telofase despiraliseren de chromosomen , ontrollen zich, en worden weer lange dunne
draden, die niet van elkaar te onderscheiden zijn met lichtmicroscoop. De chromosomen worden
opnieuw 'verpakt' in een kernenvelop en de vorming van twee complete kernen is dan voltooid.
Nadat de telofase ten einde is gekomen, is het resultaat twee nieuwe kernen. Hiermee is de mitose
beëindigd. Nu volgt de cytokinese of celdeling.
Fasen van de celcyclus

Eukaryote cellen hebben eenzelfde celcyclus, deze is
ruwweg in te delen in twee fases, namelijk:
• Interfase, voorbereiden op het delen van de

cel.
• Mitose of meiose, de uiteindelijke deling van de
kern.
De Interfase wordt ingedeeld in drie fases:
• De G1-fase, belangrijke toename van

cytoplasma in de cel. En het aanmaken van
eiwitten, ter voorbereiding op de celdeling.
• De S- of synthesefase, de cel gaat alle chromosomen of anders gezegd alle informatie die de
kern bevat voor het functioneren van de cel kopiëren door replicatie. Het materiaal kan dan
bij de mitose worden gedeeld. Elk van de twee nieuwe chromosomen heet nu chromatide
• De G2-fase, de periode tussen het verdubbelen van het DNA en de deling van de cel. In deze
fase worden stoffen gemaakt die belangrijk zijn voor de celdeling.
• Tussen G1 en S fase en na de G2-fase zijn er ook 'checkpoints' (controlepunten). CH2
(checkpoint 2, na G2)controleert of de DNA-replicatie goed is gebeurd. Kleine fouten worden
hersteld, maar als er zich te grote fouten voordoen gaat de cel in apoptose
(geprogrammeerde celdood)
Karakteristieken van het celcyclussysteem
Zoals je op het plaatje boven aan deze pagina kan zien, worden de verschillende fasen in
chronologische volgorde doorlopen, dit gebeurd altijd! Een cel kan nooit een fase overslaan. De ene
fase zal langer duren dan de andere, maar elke fase wordt doorlopen tijdens een cyclus. Na elke fase
zit een soort ‘stop’, deze stop wordt opgeheven wanneer de laatste fase helemaal afgelopen is
(bijvoorbeeld nadat het laatste chromosoom aangehecht is aan een microtubule). Pas dan zal de
volgende fase van de mitose beginnen.
Controle van de celcyclus

Omdat de celcyclus een heel complex systeem is, dient
het ook gecontroleerd te worden. De celcyclus kent 3
belangrijke controlepunten.
Elk controlepunt heeft twee belangrijke componenten:

een cycline-eiwit en een cycline-afhankelijke base.
Deze eiwitten zijn geprogrammeerd om alleen actief
te zijn tijdens een bepaalde fase van de celcyclus. Na
hun taak worden cycline-Cdk’s inactief, omdat de
cycline eenheden worden afgebroken.
De cycline-Cdk concentraties stijgen telkens voordat

de G1-, de S- en de G2-fase beginnen en vallen
drastisch terug aan het einde ervan. Men neemt aan
dat een controlepunt bereikt wordt op het moment
dat de maximum hoeveelheid van deze cycline-CdK's aanwezig is. Daarna vindt weer een snelle
afbraak van de cycline-CdK's tot cyclines en Cdk's plaats. De CdK's fosforyliseren een groep andere
eiwitten en sturen zo de celcyclus. Hieronder is weergegeven hoe inactieve Cdk’s (in dit geval M-
Cdk, deze stof zorgt er voor de overgang naar de Mfase (mitose)).
Verschillende typen Cdk:
• Cycline D - cdk4 complex : werkt gedurende het midden van de G1 fase, Dit is het restrictiepunt
(R), een cruciaal beslissingspunt dat eens gepasseerd de volledige celcyclus laat doorlopen.
Cycline E - cdk2 complex : werkt ook in het midden van de G1 fase, G1-S overgang.
• Cycline A - cdk2 complex : werkt gedurende de S fase en stimuleert de DNA replicatie, S-G2
overgang.
• Cycline B - cdk1 complex : werkt ter hoogte van de G2-M overgang en initieert de Mitose
Apoptose
Dit proces is essentieel tijdens de ontwikkeling en voor het in stand houden van weefsels in de
adult (celdeling ± 1 kg per dag). Ook is apoptose essentieel voor het verwijderen van niet-
functionele cellen van het immuunsysteem. Het doel van apoptose is dus ook het doodmaken van
een cel, zonder het organisme te beschadigen (dit i.t.t. necrose, het openbreken van cellen,
waardoor er een immuunrespons optreedt).
Caspase
Een caspase is een lid van een groep cysteïneproteasen,
enzymen met een cruciale cysteïnegroep die andere eiwitten
kunnen klieven na een aspartaatgroep. Caspasen vervullen in
de cel een essentiële rol bij de apoptose, een van de
belangrijkste mechanismen voor geprogrammeerde celdood
tijdens de ontwikkeling
en gedurende de meeste stadia van het volwassen
leven. Caspasen zijn wel de 'beul-eiwitten' genoemd
vanwege deze rol in de cel.
In een cel bevinden zich standaard inactieve

procaspases. Deze procaspases zijn een beetje actief.
Uit zichzelf zullen ze nooit opeens overgaan in een
actieve caspase. Dit gebeurt pas wanneer er veel
beetje actieve- procaspases bij elkaar komen. Ook
zal een procaspase overgaan in een caspase wanneer
deze in aanraking komt met een actief-caspasemolecuul.
Zo ontstaat er een lawine van actieve
caspasemoleculen die de cel zullen afbreken.
Apoptose in een witte bloedcel

Hieronder een voorbeeld van hoe een killerlymfocyt een inactieve witte bloedcel tot apoptose
aanzet. Hier koppelt de k-lymfocyt zich aan de target cel met een bepaald koppeleiwit die precies
past op de Fas death receptor. Hierdoor zullen moleculen zich aan de binnenkant van het
celmembraan hechten, waardoor er veel procaspase-moleculen dicht bij elkaar komen. Hierdoor
zullen ze omgezet worden in een actief-caspasemolecuul, die de cel zal afbreken.
Apoptose in mitochondriën
Ook in organellen zoals mitochondrien is het belangrijk dat alles goed verloopt. Zodra een
mitochondrion niet meer goed werkt, of lek is, zullen er cytochromen naar buiten lopen die weer een
cascade van reacties zal veroorzaken wat uiteindelijk zal leiden tot apoptose van de cel (zie
voorbeeld hieronder). Ook hier zullen inactieve procaspases omgezet worden tot caspases die de cel
zullen gaan
‘slopen’.
Een mitochondrion kan zich ook tegen

actieve caspases weren. Zo kunnen
Bcl2moleculen op samengeklonterde poriën
in het membraan van een mitochondrion
gaan zitten, zodat er cytochromen naar
buiten kunnen (wat dus zou leiden tot
apoptose).
Wanneer er een apoptotische stimulus van buiten komt, zal het Bcl2 molecuul van de poriën
afgaan, zodat er toch cytochromen naar buiten zullen lopen. Dit kan je zien als een soort commando
van de cel. Ook kunnen er IAP’s gemaakt worden, die actieve caspasemoleculen zullen inhiberen (en
dus onschadelijk maken). Zoals je in het plaatje hiernaast kunt zien, krijgt een cel constant
overlevingssignalen binnen die er voor zorgen dat de cel in leven blijft. Deze signalen zetten de
volgende reacties in werking. Deze reacties vormen dus die Bcl2 en IAP-moleculen die er voor
zorgen dat caspasemoleculen niet de kans krijgen om de cel kapot te maken. Er zit een bepaalde
hiërarchie in deze reacties, de één
zal dus sterker zijn dan de andere.
Eén ding is zeker, aan één of twee
van de drie overlevingssignalen
heeft de cel niet genoeg om in
leven te blijven.
Hoofdstuk 17: ‘The Cell Cycle’
PAGINA 1053 TOT EN MET 1057, 1059 TOT EN MET 1067, 1071 TOT EN MET 1077 EN DE FIGUREN
17.62, 17.63 EN 17.64 + BIJBEHORENDE TEKST.
4 fasen van de celcylus: G1, S, G2, M → zie figuur 17.4 op 1055. Interfase = G1, S en G2 bij elkaar, G0 is
aan start van G1 en na M is een rustfase. G1 toenamen van cytoplasma, S fase is de DNA replicatie.
Temperatuur gevoelige gist mutanten (Lee Hartwell)→ wanneer er een hoge temperatuur werd
bereikt werd het mitose proces stop gelegd en kon er worden bekeken wat er gebeurde in de cel
op een bepaald moment. Cdc – genen werden gemuteerd → zijn contr
Wee 1 → is een kinase, voegt dus fosfaat toe en zorgt voor inactiviteit. Cdc 25 is de
tegenhanger, fosfatase. Wee reguleert dus de celcyclus. Wee zorgt voor kleine cellen.
Cycline is een eiwit wat betrokken is bij de celcyclus. De concentratie daarvan is niet constant.
Dit komt door afbraak en is beween door continue / pulse.
Technieken zoals kleuring, vorm of FACS kun je gebruiken om bijvoorbeeld de hoeveelheid van DNA
te bepalen → FACS = mengsel in apparaat, elektronen op af vuren, door een magneet en komen in
verschillende bakjes terecht.
Er zijn weinig cellen die zich in de M – fase begeven en dus dubbele hoeveelheid DNA hebben → zie
figuur 17.13 op bladzijde 1060. Dit komt omdat deze fase relatief heel kort duurt. Bij een menselijke
cel duurt het ongeveer 24 uur om zich te delen → de gehele cyclus!
Checkpoints in de cel → controleren of de cel wel door kan gaan met de volgende fase, als dit niet
wordt gedaan en de cel is er eigenlijk nog niet klaar voor is er veel energie verloren gegaan. In de M
– fase is er ook een checkpoint → alle chromosomen aan spoeldraden vast / echt delen van de cel?
Nog een start checkpoint (in G1 fase) en een G2 / M checkpoint om de mitotische fase te betreden.
De loop van Cdk zit opgerold in het eiwit, wanneer cycline wordt gekoppeld aan die loop is het
gedeeltelijk actief door een fosfaatgroep toe te voegen → actief. Wee zorgt voor de inactiviteit. Zie
figuren 17.17, 17.18 en 17.19 op bladzijde 1063 en 1064.
Bij mitose, een APC/C = Anafase Pormoting Complex / Cyclosome, is een ubiquitin ligase. Zorgt er
voor dat M – Cdk wordt afgebroken → zie figuur 17.20 op bladzijde 1065. Plakt ubiguitines aan M
– Cdk en dat gaat naar het proteasome en wordt afgebroken.
Het eiwit CKI wat een actief Cdk complex inactief maakt door op het actieve Cdk te gaan zitten. In de
late G1 fase kan dit eiwit er af worden gehaald door SCF (ook een ubiguitin ligase). Deze herkent een
gefosforyliseerde CKI en weet dan dat deze weg moet. Zie figuur 17.20 op bladzijde 1065. Door dat
het CKI wordt weggenomen van het Cdk complex kan de cel de S – fase in gaan.
Controle over de celcylus, niet alleen de Cdk

complexen hebben invloed op de celcyclus,
ook de omgeving speelt een rol.
Mitose: De toename→De activering van M – cdk → gereguleerd door Wee1 en Cdc 25. Het Cdk –
activating kinase (CAK) zorgt voor de fosforylering van de active side. Daarnaast voegt Wee 1 ook
nog een fosfaatgroep aan het M – Cdk toe waardoor deze inactief wordt (2 fosfaatgroepen). Het
wordt pas actief aan het einde van de G2 fase wanneer Cdc 25 een fosfaat groep weghaalt. Zie
figuur 17.25 op bladzijde 1074.
De afname: Door APC/C.
Chromosomen worden vast gepakt in het centromeer.

Condensin: Is een eiwit bestaande uit 5 sub units. Houdt de loops van het DNA bij elkaar, kan
ATP hydrolyseren → Figuur 17.27 op bladzijde 1075.
Cohesin: Is een eiwit bestaande uit 4 sub units. 2 zijn coiled coil met een ATPase domein. De andere
2 sub units binden aan deze ATPase domeinen, zo vormen ze een ring die 2 chromatiden bij elkaar
houden → figuur 17.24 op bladzijde 1070.
3 klassen van microtubuli: zie figuur 17.28 op bladzijde 1076. Astral microtubules (zitten nergens
aan vast), kinetochore microtubules (binden aan centrosomen) en interpolaire microtubules (zitten
tussen de kinetochore en aan elkaar verbonden).
De microtubuline – afhankelijke motoreiwitten → kinesin en dynein → figuur 17.30 op

bladijzde 1077. Kinesin 14 naar de negatieve kant, kinesin 5 naar de positieve kant, kinesin 4 en
10 zijn chromokinesines duwt het chromosoom weg van het centrosoom. Dynein beweegt van
plasmamembraan naar centrosoom (negatieve kant op).
Signaalmoleculen: Mitogeen (stimuleert celdeling, bv PDGF, EGF). Groeifactor (stimuleert de

celgroei, bv EGF en NGF). Overlevingsfactor (onderdrukt apoptose, bv NGF)
Genen:
Proto – oncogen (normaal gen, stimuleert celdeling, bv myc en ras).
- RAS: GTP switch, oncogeen RAS in 30 % van alle kankers, veel voorkomende mutatie is
G12V zorgt voor altijd gebonden GTP en dus staat RAS altijd aan.
- Myck: Transcriptiefactor, geïsoleerd in patiënten met Burkittlymphoom, is een
chromosomale translocatie van het Myc gen zorgt voor over expressie.
Oncogen (gemuteerde proto – oncogen, stimuleert celdeling te sterk).
Tumor suppressor gen (anti – poliferatie gen, remt of stopt de celdeling, bijvoorbeeld RB1 en p53).
- Retinoblastoma eiwit (RB) is een handrem op de celcyclus. De cel kan niet verder met delen.
- P53 eiwit zit in een complex. Kan de cel in een ruststand laten zetten of tot apoptose aan
zetten. Heeft ook een DNA bindende functie waardoor hij p21 kan afschrijven en laten
transleren → remmend eiwit. P53 kan er voor zorgen dat wanneer er schade is aan het
DNA van de cel de celdeling wordt gestopt.
Zie figuren 17.62, 17.63 en 17.64 op bladzijdes 1104 tot en met 1108.
Hoofdstuk 18: ‘Apoptose’
PAGINA 1115 TOT EN MET 1128.

Necrose →exploderen. Passieve zelfvernietiging.
Apoptose → imploderen en opgeruimd door fagocytose. Actieve zelfvernietiging. Herkenning van
apoptotische cellen door middel van DNA fragmentatie / TUNEL techniek. TUNEL techniek is op
basis van het labelen van uiteinden van DNA fragmenten.
Annexin – V detecteert apoptotische cellen.
Extrinsieke weg:
Cellen kunnen van buitenaf worden geïnstrueerd dat ze dood moeten → zie figuur 18.6 op bladzijde
1120. Extrinsieke weg van apoptose. Dit door middel van geactiveerde caspases → figuur 18.5 op
bladzijde 1119.
TNF liganden familie = Tumour Necrosis Factor
TRAIL = TNF-related-apoptosis-inducing-ligand
Intrinsieke weg:
Ook van binnenuit tot celdood: intrinsieke weg van apoptose. Dit door cytochrome C. → Zie figuur
18.8 op bladzijde 1122. Als er een seintje wordt gegeven dat er apoptose moet worden
plaatsvinden wordt het BH123 eiwit geactiveerd wat er voor zorgt dat cytochrome C uit het
tussenmembraan van de mitochondriën kan. → Figuur 18.10 op bladzijde 1123.
Bcl2 familie → allemaal apoptose regelaars via de intrinsieke weg! Zie figuur 18.9 op bladzijde 1123.
Active anti – apoptose Bcl2 eiwit: Zorgt dat het BH123 eiwit niet wordt geactiveerd waardoor het
cytochrome C de intercellulaire ruimt van de mitochondriën niet kan verlaten. Komt er een
apoptose stimulus dan wordt het actieve anti – apoptose Bcl2 eiwit inactief gemaakt met als gevolg
dat het BH123 eiwit wel actief wordt → Figuur 18.11 op bladzijde 1124.
IAP’s zijn inhibitors van apoptose, binden aan een actieve caspase waardoor deze geblokkerd
wordt en er geen apoptose optreed. Ook de IAP’s kunnen worden geblokkerd als er wel apoptose
moet plaatsvinden dit door anti – IAP’s. → Figuur 18.12 op bladzijde 1125.
Er zijn 3 signaalwegen voor overlevingsfactoren:

Uiteindelijke Samenvattin Van Mijzelf

Uploaded by

Document Information

Copyright

Available Formats

Share this document

Share or Embed Document

Sharing Options

Did you find this document useful?

Is this content inappropriate?

Copyright:

Available Formats

Uiteindelijke Samenvattin Van Mijzelf

Uploaded by

Copyright:

Available Formats

Hoofdstuk 1

Eukaryoot: cel met kern

Wat zijn de bouwstenen van de cel?

Gedownload door Robert van Bekkum

Lipiden bestaan uit:

Fosfolipiden zijn de grootste bestanddelen van celmembranen. Ze zijn een variant op

Nucleoside = base + suiker

Gedownload door Robert van Bekkum

- Major en minor groove

Het gebruik van gegevens van The Human Genoom Project:

Gedownload door Robert van Bekkum

Gedownload door Robert van Bekkum

Ongeladen polaire aminozuren

Aminozuur Zijketen Aminozuur Zijketen

Asparaginezuur Asp D Negatief Alanine Ala A Apolair

Gedownload door Robert van Bekkum

Elektrostatische interactie: zwak in water, sterk in vacuüm (in eiwit).

Eiwitten vouwen naar de conformatie die de laagste energetische toestand heeft. De

Insuline heeft een A-keten en een B-keten. Productie insuline;

Gedownload door Robert van Bekkum

Sommige enzymen hebben co-enzymen nodig, omdat de bekende aminozuren te

Soorten enzym katalyse;

Gedownload door Robert van Bekkum

Niet pathogeen = geen infectie.

Gedownload door Robert van Bekkum

Histonen zijn eiwitten in eukrayoten die het DNA inpakken en ordenen in

DNA-moleculen hebben de neiging om aan de binnenkant AA, TT, TA te hebben

N-terminal staarten zitten aan de globulaire domainen van de histonen. De

Gedownload door Robert van Bekkum

Epigenetica komt met leeftijd.

Gedownload door Robert van Bekkum

Tautomerie: is een verschijnsel waarbij een chemische verbinding heel af en toe op

Er gaat maar 1 op de 1010 fout, door de verschillende reparatieprocessen. Dit zal

Gedownload door Robert van Bekkum

Helicase opent de dubbele helix om enkele strengen te maken. De enkele strengen

DNA clamb: nodig om het DNA-polymerase te binden. Ze bestaan uit:

Cytostaticum: Podofyllotoxine wordt veranderd in etoposide en dat is in staat

Gedownload door Robert van Bekkum

Schade in het DNA:

Gedownload door Robert van Bekkum

Eukaryoten hebben 3 polymerase vormen.

Gedownload door Robert van Bekkum

Verschil Eukaryoten en Prokaryoten:

Gedownload door Robert van Bekkum

25.000 genen → 100.000 tot 200.000 eiwitten

Gedownload door Robert van Bekkum

→Thalassemia, deficiënt hemoglobine.

Gedownload door Robert van Bekkum

Tijdens de mitose worden de nucleaire deeltjes opgelost.

Experiment van Nirenberg, Ochoa en Khorana:

Gedownload door Robert van Bekkum

TRNA koppelt aminozuren aan de codons in het mRNA. Denk aan de 5’ → 3’

Gedownload door Robert van Bekkum

Gedownload door Robert van Bekkum

Bacteriële ribosomen en eukaryoten ribosomen lijken er veel op elkaar. De

EF-Tu: controleert of het juiste tRNA/mRNA geplaatst wordt → proof reading

Gedownload door Robert van Bekkum

Adenine stabiliseert als katalysator de koppeling van de nucleotiden in het ribosoom.

Chloraphenicol bindt in de A-site. TRNA in de P-site. Chloraphenicol blokkeert het

Gedownload door Robert van Bekkum

Chaperone: helpeiwitten, factoren die helpen om de correcte vouwing te krijgen.

Gedownload door Robert van Bekkum

Productie van een eiwit:

Gedownload door Robert van Bekkum