Professional Documents
Culture Documents
Zelfstudie samenvatting
Zelfstudies
Zelfstudie 1
Hoofdstuk 1
Zuurstof, water en koolstof vormen ongeveer 98% van de atomen in levende organismes.
Organismes zijn erg gelijk op moleculair niveau. Er zijn 4 belangrijke soorten biomoleculen:
1. Proteïnen: Dit zijn aminozuren die verbonden zijn door middel van peptidebindingen
en zo polymeren vormen. Deze moleculen zijn lineair en hebben meerdere functies:
• Signaal moleculen
• Receptoren voor signaal moleculen
• Structuur moleculen
• Bescherming tegen gevaren van buitenaf
• Katalysator enzymen
2. Nucleïne zuren: Dit zijn de bouwstenen voor DNA en RNA. Ze zijn opgebouwd uit vier
verschillende nucleotiden. Een nucleotide is opgebouwd uit een suiker met vijf
koolstofatomen, een base en een fosfaatgroep. Hierin binden de basen aan elkaar
door middel van waterstofbruggen. A – T (in RNA U)& G – C. Deze moleculen zijn ook
lineair en hebben als functie:
• Opslaan en doorgeven van informatie, om andere cellen aan te zetten tot
hun taak.
3. Lipiden: Deze moleculen hebben een hydrofiele kop en een hydrofobe staart. De
functies van lipiden zijn:
• Barrière, door de hydrofobe en hydrofiele delen, en het in stand houden van
een goed milieu in de cel.
• Opslag voor energie
• Signaal moleculen
4. Koolwaterstoffen: Dit zijn organische verbindingen die bestaan uit koolstof- en
waterstofatomen. De meest voorkomende koolwaterstof is glucose. Dit wordt
opgeslagen als glycogeen. De functies van koolwaterstoffen zijn:
• Brandstof
• Helpen cellen elkaar te herkennen
• Zorgt voor communicatie tussen cellen
Membranen zijn essentieel voor het goed functioneren van cellen. Ze scheiden de binnenkant
van de cel af van de omgeving. Een membraan is een dubbele laag van lipiden, waarbij de
hydrofobe staarten naar binnen liggen en de hydrofiele koppen naar buiten steken.
Er zijn twee algemene cel typen:
• Prokaryoten: Deze cellen hebben geen kern en hebben minder structuren binnenin de
cel.
• Eukaryoten: Deze cellen hebben wel een kern en ook veel organellen die te
onderscheiden zijn.
Beide cellen hebben een barrière, het plasmamembraan, en het cytoplasma binnenin de cel.
Het plasmamembraan bevat proteïnen om selectief stoffen door het membraan heen te laten
gaan.
Een plantencel heeft naast een plasmamembraan ook een celwand die door cellulose
moleculen in stand wordt gehouden.
In het cytoplasma vinden alle processen binnen de cel plaats. Dit cytoplasma wordt
ondersteund door het cytoskelet en deze bestaat uit actine filamenten, intermediaire
filamenten en microtubili.
Hoofdstuk 2
• Het random bewegen van vloeistoffen en gassen, de Brownian motion, komt door de
fluctuatie van de energie inhoud van het milieu (thermal noise). De Brownian motion
zorgt voor energie voor meerdere chemische processen.
• Water speelt een belangrijke rol, omdat veel chemische interacties in waterig milieu
plaatsvinden. Water is door het verschil in elektro-negativiteit polair. Door dit verschil
in lading kunnen er bindingen optreden tussen watermoleculen: waterstofbruggen.
2.3
Covalente bindingen zijn bindingen tussen niet-metalen die daarbij een gemeenschappelijk
elektronenpaar hebben. Non-covalente bindingen zijn bindingen tussen niet-metalen en
andere stoffen.
Er zijn drie fundamentele non-covalente bindingen:
1. Ionbindingen: Deze bindingen ontstaan door verschil in lading. Wanneer deze stoffen
in oplossing komen met water, worden de ionbindingen zwakker/verbroken omdat de
zouten oplossen in water.
2. Waterstofbruggen: Deze bindingen ontstaan tussen een elektronegatief atoom en
waterstof. De meest voorkomende zijn waterstof met zuurstof en waterstof met
stikstof. Deze zijn sterker buiten een oplossing van water, omdat er dan niet de
mogelijkheid bestaat dat de OH of NH groepen binden aan de losse watermoleculen.
Waterstofbruggen zijn zwakker dan covalente bindingen.
3. Van der Waals bindingen: Dit zijn bindingen tussen atomen die niet polair en niet
geladen zijn. De lading rond atomen is niet symmetrisch, maar verschilt rondom het
atoom. Door deze verschillen ontstaan er elektrostatische verbindingen. Deze blijven
in sterkte toenemen totdat ze de van der Waals contact afstand hebben bereikt. Bij
kleinere afstanden dan deze afstand houdt de verbinding op met bestaan en stoten
de atomen elkaar af.
Zwakke niet-covalente bindingen hebben ladingsverschillen en zijn dus elektrostatisch. Ze
zijn sterk genoeg samen, maar kunnen ook zwak genoeg om uit elkaar te vallen voor een
proces.
2.4
• Apolaire stoffen binden in water aan elkaar, omdat ze een hoge aantrekkingskracht
hebben en omdat ze de wanorde (van water) vergroten. Dit heet het hydrofobe effect.
2e wet van thermodynamiek: Als iets gebeurt, moet de wanorde toenemen.
Wanneer er een apolaire stof in water komt, ontstaat een holte in het water en
worden bindingen tussen watermoleculen verbroken. Daarna reorganiseren de
watermoleculen zich, zo ook om het apolaire molecuul. Er is dan meer orde
ontstaan. Wanneer er twee apolaire moleculen in water worden opgelost,
binden deze twee moleculen samen tot een grote. Hierdoor worden enkele
watermoleculen die zijn rondom het ene molecuul had georganiseerd afgezet
en ontstaat er meer wanorde.
• Het hydrofobe effect heeft een rol bij:
Het ontstaan van membranen: Fosfolipiden zijn amfipatisch: hydrofiele kop en
hydrofobe staart. Hierdoor kunnen ze membranen vormen. Deze worden
versterkt door Van der Waals bindingen tussen de staarten.
Het vouwen van eiwitten: eiwitten op dezelfde manier vouwen zorgt juist voor
orde, maar hydrofobe zijtakken van aminozuren die met elkaar willen binden
zorgen voor de wanorde van het water: de watermoleculen komen vrij door de
bindingen.
2.5
• pH verandering in het lichaam, kan voor functieverlies zorgen: verbindingen worden
gemaakt of juist verbroken.
pH + pOH = 14
pH = -log[H+]
[H+] = 10-pH
• Een buffer is een oplossing waarvan de pH maar weinig verandert bij toevoeging van
een kleine hoeveelheid zuur of base of bij verdunning.
Een buffer bestaat uit een zwak zuur met zijn geconjugeerde zwakke base.
• Bij een verhouding van 1:1, is de pH gelijk aan de pKz. Als je een buffer van een
bepaalde pH wilt maken, moet je de pH zo dicht mogelijk bij de pKz nemen.
De pKz is het punt waar zuur en zijn geconjugeerde base gelijk zijn.
De pH is afhankelijk van de verhouding tussen het zuur en zijn geconjugeerde
base.
• De Henderson-Hasselbach vergelijking:
• Hemoglobine zorgt voor transport van CO2 en O2, maar werkt ook als buffer. De
buffer is H2CO3/ HCO3-. Verder: H2CO3 CO2 + H2O
Zelfstudie 2
Hoofdstuk 3
3.1
• Fischer projectie: atomen, verbonden via verticale en horizontale lijnen.
• Sterochemische weergave: structuur en functie worden getoond door diepte enz.
• Aminozuren in eiwitten zijn alleen de L-aminozuren (spiegelbeeldisomeer)
• Meestal heeft de NH2 een proton van de COOH dus heeft het aminozuur een NH3+
en COO- einde.
3.2
Hydrofobe zijketens
1. Hydrofobe aminozuren met apolaire restgroepen
Restgroepen bestaan alleen uit C, H en S. Er zijn alifatische (geen benzeenring)
en aromatische ringen.
Deze restgroepen willen weg van het water als groep (hydrofobe effect)
alanine, glycine, valine, leucine, isoleucine, methionine, proline,
phenylalanine, tryptophan
Hydrofiele zijketens
2. Polaire aminozuren met neutrale restgroepen
In de restgroep zitten hydroxyl groepen: deze zijn polair en hydrofiel,
waardoor H-bruggen gevormd kunnen worden.
Een S-H verbinding kan zwavelbruggen vormen: veel sterker dan H-bruggen.
serine, cysteïne, asparagine, glutamine, threonine en tyrosine
3. Positieve aminozuren met positieve lading op de restgroep
Aminozuren met NH3+ of andere positieve groepen aan het einde van de
restgroep kunnen goed binden aan het negatieve O-atoom van water.
lysine, arginine en histidine
4. Negatieve aminozuren met negatieve lading op de restgroep
asparaginezuur en glutaminezuur zijn aminozuren met een negatieve
carbonzuur aan hun restgroep: het carbonzuur heeft z’n H afgestaan.
3.3
Essentiële aminozuren moeten opgenomen worden uit het voedsel: mensen kunnen
•
ze zelf niet aanmaken.
Hoofdstuk 4
4.1
• Aminozuren worden door condensatie aan elkaar gekoppeld: H2O wordt afgesplitst
en een peptidebinding ontstaat. Door hydrolyse wordt de peptidebinding weer
verbroken (hiervoor moet dus H2O toegevoegd worden).
Zelfstudie 3
Hoofdstuk 6
6.1
• Een enzym is specifiek wat betreft zijn reactie: ieder enzym katalyseert een andere
reactie. Ook is een enzym specifiek wat betreft zijn substraten: hij bindt alleen
bepaalde substraten.
• 6 klassen van enzymen:
1. Oxidoreductases: enzymen die een redoxreactie katalyseren. Ze vervoeren elektronen
tussen moleculen.
2. Transferases: enzymen die functionele groepen tussen meerdere moleculen
uitwisselen.
3. Hydrolyases: enzymen die moleculen splitsen door de toevoeging van water.
4. Lyases: enzymen die atomen of hele groepen toevoegen aan een dubbele binding, of
juist hele groepen verwijdert om zo een dubbele binding te vormen.
5. Isomerases: enzymen die functionele groepen uitwisselen binnen hetzelfde molecuul.
6. Ligases: Enzymen die twee moleculen aan elkaar binden door middel van ATP-
hydrolyse.
• Enzymen zijn genoemd naar de bijbehorende substraten en de reactie die ze
katalyseren, met als achtervoegsel ‘ase’. Ze zijn onder te verdelen met een 4-cijferige
code. Zie pagina 20-21 van de syllabus.
6.2
• Enzymen bevatten vaak cofactoren: kleine moleculen, stevig gebonden in de buurt
van het actieve centrum en essentieel voor de katalytische functie van het enzym. De
cofactor/co-enzym is nodig voor de binding van het substraatmolecuul aan het
enzymmolecuul.
Er zijn 2 groepen: metalen en kleine organische moleculen, co-enzymen
genaamd. Co-enzymen zijn meestal afgeleiden van vitamines, organische
moleculen die in kleine hoeveelheden aanwezig moeten zijn in het dieet van
bepaalde dieren.
Een inactief enzym zonder cofactor wordt apo-enzym genoemd en na
koppeling van de cofactor heet het katalytisch actieve enzym een holo-
enzym.
Coenzymen kunnen zowel losjes als stevig gebonden zijn aan het enzym.
Stevig gebonden worden ze een prosthetische groep genoemd. Los
gebonden zijn ze ook wel cosubstraten: ze binden en gaan weer los.
• Veel enzymen bevatten een stevig gebonden metaal-atoom in de buurt van hun
actieve centrum. Dat metaal-atoom neemt deel aan de chemische reactie en is
essentieel voor de catalytische werking. Zo bevat hexokinase een magnesium-ion,
glutathion peroxidase een selenium-ion en carboxypeptidase een stevig gebonden
zink-atoom in het actieve centrum.
6.3
• Of een reactie kan optreden of niet, hangt af van vrije Gibbs energie (G). G is een
maat voor de hoeveelheid arbeid per molecuul.
• Een reactie hangt af van
1. Het verschil in Gibbs energie (G) tussen de beginproducten en
eindproducten.
▪ G bepaalt of de reactie spontaan verloopt.
2. De vrije energie die nodig is voor de reactie.
▪ De benodigde energie beïnvloedt de snelheid: enzymen spelen een rol.
Ze kunnen G niet beïnvloeden, maar de activeringsenergie wel.
Regels:
1. Een reactie kan alleen spontaan verlopen als G negatief is. Met spontaan bedoelt
men zonder input van energie en met vrijlating van energie (exergonic)
2. Een spontane reactie kan dus niet verlopen bij een positieve G. Zo’n reactie heet
endergonic: er moet energie bijgevoerd worden.
3. Bij een evenwicht is G nul. G hangt alleen af van verschil tussen de energie van de
reactieproducten en de beginstoffen.
4. Hoe de reactie verloopt maakt geen verschil voor G (verbranding/enzymwerking)
5. G zegt niks over de snelheid: als G negatief is, zegt dat alleen dat
thermodynamisch gezien de reactie kan verlopen, maar niet hoe snel.
6. G hangt af van de soort stoffen en de concentratie waarin ze voorkomen. Lees het
volgende:
We hebben net gezien dat een reactie AB verloopt in de richting van AB wanneer de
daarmee gepaard gaande verandering in ∆G negatief is. Maar voor een chemische reactie
hangt die ∆G niet alleen af van de energie in elk individueel molecuul, maar ook van de
concentratie van de moleculen in het reactiemengsel. De ∆G van een reactie kan dus
geschreven worden als de som van twee dingen:
1. de intrinsieke energie van de reactanten (∆G0): drukt de aard van beginstoffen uit
2. een bijdrage van de concentraties van de reactanten.
Dat leidt tot de volgende formule:
• ∆G = ∆G0 + R T ln K
R = gasconstante = 8,3 . 10 -3 kJ mol-1 per Kelvin
T = Kelvin (298 K = 25 oC)
∆G0 = “standard free-energy change”
K = [B]/[A]
∆G = verschil in vrije energie in kJ/kcal. (1 kJ = 0,239 kcal)
Dit leidt tot ∆G = ∆G0 + 2,48 ln K.
’
• Je kan ∆G0 berekenen door de concentraties van de stoffen te meten in een
evenwicht: ∆G is dan 0, dus ∆G0’ = -R T ln[B]/[A].
’
∆G0 is the standard free-energy change at pH 7
• Keq = e-∆G0’/2,47
• ∆G is doorslaggevend voor een reactie, door ∆G0’ aan te passen (energie toe te
voegen) kan je ∆G negatief maken.
6.4
• Voordat een substraat in een product veranderd, wordt het eerst een tussenproduct
met een hogere G: dit is in de transition state X. De activatie-energie (∆G) is de
energie die nodig is om van het substraat in de transition state X te komen.
• Enzymen veranderen ∆G niet, maar verlagen deze activatie energie. Hierdoor hebben
meer moleculen de energie om de transition state te bereiken en wordt er sneller
product gevormd.
• Om de taak uit te voeren, binden enzymen aan een substraat en vormen zo een
enzym-substraatcomplex. Substraten binden aan de actieve zijde van het enzym.
De actieve zijde bestaat ook uit de aminozuur groepen, die bindingen maken
en verbreken: de katalytische groepen. De interactie tussen het enzym en het
substraat zorgt voor de formatie van de overgangsfase.
1. De actieve zijde is een 3D opening, gevormd door verschillende delen van de
aminozuren.
2. De actieve zijde neemt is een klein deel van het totale volume van het enzym. Niet
alleen de aminozuren bij de actieve zijde zijn nodig voor een goed werkend enzym,
maar alle aminozuren samen.
3. Een actieve zijde is een uniek micromilieu. Water komt er niet voor, alleen als het een
reactieproduct is. Het apolaire milieu zorgt voor goede binding van het substraat. Er
zijn echter ook polaire delen en die zijn een uitzondering op de regel dat polaire
delen altijd aan de oppervlakte liggen.
4. Substraat en enzym zijn gebonden door zwakke niet covalente bindingen:
elektrostatische bindingen, H-bruggen en Van der Waalsbindingen. Van der
Waalsbindingen zijn groter wanneer enzym en substraat passende vormen hebben
(groter contactoppervlak).
5. Substraat en enzym moeten precies op elkaar passen.
‘slot-sleutel’-model: de vorm van het substraatmolecuul en de vorm van het
actieve centrum zijn complementair aan elkaar.
‘induced-fit’-model: de vorm van het enzymmolecuul verandert als het
substraatmolecuul aan het actieve centrum bindt binding. Zo kan het substraat
ook alleen gaan binden bij bepaalde vormen van het actieve centrum van het
enzym: conformation selection.
• Er komt energie vrij bij de binding van het substraat met het enzym, genaamd de
bindingsenergie. Deze bindingsenergie komt vrij in de transition state, waardoor de
activeringsenergie verlaagd wordt.
• Transition-state analogs lijken op de substraten, maar kunnen niet omgevormd
worden tot product door het enzym.
Zelfstudie 4
Hoofdstuk 7
7.1
• Enzymkinetiek: studie over snelheid van enzymreacties.
• First-order reactions: snelheid is evenredig met concentratie beginstoffen
A V= k x [A] V in s-1
• Second-order reactions: meerdere beginstoffen
2A s = k x [A]2
A+B s = k x [A][B]
-1 -1
Eenheid: M s
• Pseudo-first-order reactions: second-order reactions lijken first-order reactions,
doordat de concentratie van de ene stof veeeeeel lager is dan de ander.
• Zero-order reaction: snelheid is onafhankelijk van de concentratie beginstoffen (komt
voor bij enzymreacties)
7.2
• De enzym concentratie is relatief constant, maar substraat concentratie niet
snelheid bestuderen.
• De snelheid van de enzymreactie wordt constant, als het evenwicht is bereikt.
• In 1913 stelden Leonor Michaelis en Maud Menten een simpel model op dat deze
kinetische karakteristieken van veel enzymatische reacties kon verklaren. Zij stelden
dat een specifiek complex van enzym en substraat (ES) een noodzakelijk iets is in de
katalyse van de reactie. Dus: E + S ES
• Dit ES-complex kan zowel weer uit elkaar vallen tot E + S, maar het kan ook verder
reageren en dan het product P vormen, waarbij het enzym dan weer beschikbaar
komt voor een volgende reactie. E + S ES E + P. Hierbij wordt aangenomen dat
er geen product terug reageert tot substraat, een voorwaarde waar in het begin van
de reactie, als er nog bijna geen P is, aan voldaan wordt.
• Uit deze simpele vergelijking werd door hen de volgende relatie tussen de initiële
snelheid van de reactie en de substraatconcentratie afgeleid:
• Zoals je al aan de formule kunt zien, zal een grafiek van 1/V tegen 1/[S] leiden tot een
rechte lijn: (y = b + ax). Zo’n grafiek heet een Lineweaver-Burk grafiek.
richtingscoëfficiënt a: Km/Vmax
Snijpunt met de Y-as: 1/Vmax = b
Snijpunt met de X-as: -1/Km
• De Km van een reactie is díe substraatconcentratie waarbij de reactie de helft van de
maximale snelheid heeft. Dat betekent dat dan de helft van de active sites gevuld zijn
en de Km is dus een maat voor de affiniteit van een enzym voor zijn substraat.
Een hoge Km betekent dat pas bij een hoge substraatconcentratie die half-
maximale snelheid bereikt wordt. Het enzym heeft dus een lage affiniteit voor
het substraat.
Een lage Km betekent daarentegen dat al bij een lage substraatconcentratie
die half-maximale snelheid bereikt wordt en dus heeft dát enzym een hoge
affiniteit voor zijn substraat.
Zelfstudie 5
7.3
• Het Michaelis-Menten model voor de kinetiek van enzymatische reacties heeft
weliswaar de ontwikkeling van de enzymchemie fantastisch vooruit geholpen door
zijn simpelheid en toch brede inzetbaarheid, maar na enige tijd bleek wel dat niet alle
enzymatische reacties met dat model beschreven konden worden.
Michaelis-Menten enzymen werken als er substraat is: massa actie.
• Een belangrijke groep enzymen met een afwijkende kinetiek is de groep van de
allostere enzymen. Allostere enzymen zorgen voor orde in het metabolisme:
Feedback inhibition: Bindt substraat A aan het actieve centrum van het enzym,
dan volgt na een keten van omzettingen eindproduct F. Is er voldoende F, dan
bindt deze stof aan de allosterische zijde van het 1e enzym van de keten zodat
F niet meer gevormd wordt. De committed step vindt niet meer plaats: de stap
die leidt tot vorming van het eindproduct.
Feedforward activation: 2 reeksen van omzettingen moeten samen 1 product
vormen. Deze blijven in balans doordat de eindproducten elkanders enzymen
stimuleren/blokkeren.
• Concerted model:
Een allosteer enzym bevat meerdere active sites in zijn subunits.
Dan zijn er twee conformaties van de subunits mogelijk: een gespannen (of
“tense”, T) en een ontspannen (of “relaxed”, R). De T-vorm heeft een lage
affiniteit voor het substraat, terwijl de R-vorm een hoge affiniteit voor het
substraat heeft. De allostere constante L0 is de verhouding tussen T en R.
Binding van substraat aan een van de subunits doet de subunits overgaan van
de T- naar de R-vorm: het is óf helemaal R óf helemaal T. Dit heet de
symmetry rule.
• De allostere enzymen levert bij het uitzetten van de reactiesnelheid tegen de
substraatconcentratie vaak een sigmoïdale in plaats van de hyperbole curve op.
Bij allostere enzymen kan de binding van substraat aan
één active site, de eigenschappen van de andere active
sites van hetzelfde molecuul beïnvloeden. Een
mogelijke uitkomst zou kunnen zijn, dat binding van
het eerste substraatmolecuul de binding van de
volgende substraatmoleculen aan de andere active
sites vergemakkelijkt: cooperativity. Dit zal leiden tot
de sigmoïdale curve van hiernaast door het
drempeleffect: onder een bepaalde [S] blijven de
enzymen in T vorm, daarboven gaan ze opeens allemaal in de R vorm.
• De activiteit van een allosteer enzym kan ook beïnvloed worden door regulerende
moleculen (activerend of remmend) die binden op andere plaatsen dan de
catalytische site.
Een allostere remmer bindt bij voorkeur aan de Tvorm, terwijl een allostere
activator met name aan de R-vorm bindt. Daardoor verschuift een allostere
remmer het RT conformatie-evenwicht naar de T-richting, terwijl een
allostere activator het evenwicht verschuift in de richting van R. Het resultaat is
dat een allostere activator de binding van substraat aan enzym bevordert,
maar dat een allostere remmer de substraatbinding vermindert.
• Dit soort effecten van remmers en activatoren op allostere
enzymen komt als volgt tot uitdrukking in de grafiek van
de snelheid versus substraatconcentratie.
Activator verschuift de grafiek naar links: door de
drempelwaarde van [S] te verlagen, gaan subunits
eerder in R-vorm.
Remmer verschuift de grafiek naar links: door de
drempelwaarde van [S] te verhogen, duurt het
langer voordat subunits in R-vorm komen en zo
gaan katalyseren.
Hoofdstuk 8
8.1
• 4 belangrijke reactie-mechanismen die door enzymen gebruikt worden om het hele
metabolisme regelen:
Covalent catalyse: in de active site zit een reactieve groep, die tijdelijk
covalent wordt.
General Acid-Base Catalysis: een molecuul, anders dan water, speelt de rol
van proton donor/acceptor.
Metal Ion Catalysis: het metaal werkt als elektrofiel (neemt – op)/maakt een
nucleofiel/zorgt voor een grote bindingsenergie: cofactor.
Catalysis by Approximation and Orientation: er worden tegelijk 2 substraten
gebonden op een bepaalde manier, waardoor de V verhoogd.
• De activiteit van enzymen is afhankelijk van:
Temperatuur
• Bij verhoging van de temperatuur, verhoog je ook de snelheid: de deeltjes gaan
harder bewegen waardoor er meer interactie is.
• Dit kan tot een bepaalde temperatuur, dan denatureert het enzym doordat bindingen
kapot gaan.
• Bij warmbloedigen (endotherms) kunnen is het effect van de omgevingstemperatuur
op enzymen minimaal. Bij koudbloedigen (ectotherms) is de temperatuur belangrijk
voor biochemische processen.
pH
• Elk enzym heeft zijn eigen pH-optimum: de substraten hebben dan de juiste lading
waardoor het enzym het best werkt.
• pH verandering kan soms nuttig zijn: het kan een enzym uitschakelen als dit nodig is.
Specifieke moleculen
• Veel chemotherapeutica en toxines werken door enzymen te remmen.
• De remmers, die de enzymactiviteit verlagen of stoppen en activatoren, die de
enzymactiviteit stimuleren, zijn vaak gewone producten van het celmetabolisme, die
dus een uiterst belangrijke rol vervullen bij het reguleren van dat metabolisme.
• De remming van enzymen kan zowel reversibel als irreversibel zijn.
Irreversibele remmers maken een enzym voorgoed onwerkzaam. Een
irreversibele remmer dissocieert zeer langzaam van het enzym, omdat het
heel sterk gebonden is aan het enzym, covalent dan wel niet-covalent. De
werking van zenuwgassen bijvoorbeeld, die het enzym acetylcholineesterase
remmen, werken door hun irreversibele binding aan dit enzym, dat een
cruciale rol speelt in het doorgeven van zenuwimpulsen.
In tegenstelling tot irreversibele remmers, worden reversibele remmers
gekenmerkt door een snelle dissociatie van het enzym-remmer complex. Op
grond van het werkingsmechanisme onderscheiden we 3 soorten reversibele
remmers:
▪ competitieve remmers:
Bij competitieve remming kan het enzym alleen het substraat òf de remmer binden, maar niet
beide tegelijkertijd. Veel competitieve remmers lijken dan ook op het substraat en binden
aan de active site. Het substraat wordt daardoor verhinderd aan het enzym te binden
wanneer de remmer gebonden is. Een competitieve remmer verlaagt dus de reactiesnelheid
door te zorgen dat een geringer deel van de enzymmoleculen substraat gebonden heeft. Dit
betekent ook dat remming door een competitieve remmer teniet gedaan kan worden door
het toevoegen van een overmaat substraat.
Competitieve remmers worden gebruikt als medicijnen, bijv. ibuprofen. Ibuprofen
stopt de ontstekingsreactie door aan een enzym te binden.
De Km wordt groter: de maximale snelheid wordt later bereikt, dus de concentratie bij
de helft van Vmax is ook groter. De Vmax blijft dus hetzelfde.
Lineweaver-Burk: helling steiler door grotere Km,
y = ax + b
snijpunt Y-as blijft hetzelfde.
• richtingscoëfficiënt a: Km/Vmax
▪ on-competitieve remmers:
• Snijpunt met de Y-as: 1/Vmax = b
Bij on-competitieve remming bindt de remmer alléén het
• Snijpunt met de X-as: -1/Km
enzymsubstraat complex (ESI-complex). In tegenstelling tot
competitieve remmers, lijken on-competitieve remmers niet op het substraat en hun effect
gaat ook niet verloren bij hele hoge substraatconcentraties.
De Vmax verlaagt en de Km wordt ook lager (de half maximale snelheid wordt bereikt
bij een lagere [S]).
Lineweaver-Burk: helling blijft hetzelfde, snijpunt Y-as wordt groter.
▪ niet-competitieve remmers:
Bij niet-competitieve remming bindt de remmer (inhibitor, I) zowel het ‘kale’ enzym E als het
ES-complex, waardoor dat in de inactieve EIS -vorm zal zijn. De maximale reactiesnelheid
wordt daardoor verlaagd, omdat een gedeelte van de ES-complexen in die EIS-vorm zal zijn.
In tegenstelling tot competitieve remmers, lijken niet-competitieve remmers niet op het
substraat en hun effect gaat ook niet verloren bij hele hoge substraatconcentraties. Niet-
competitieve remmers remmen dus geen ES-complex: het substraat kan gewoon binden.
Vmax wordt verlaagd
De affiniteit van het enzym voor zijn substraat is niet veranderd en Km blijft dus gelijk.
Lineweaver-Burk: de helling is groter, snijpunt Y-as groter,
y = ax + b
• richtingscoëfficiënt a: Km/Vmax
• Snijpunt met de Y-as: 1/Vmax = b
• Snijpunt met de X-as: -1/Km
Zelfstudie 6
Hoofdstuk 11
11.1
• Lipiden: onoplosbaar in water, wel in hydrofobe vloeistoffen.
1. Vrije vetzuren: veel gebruikte brandstof, variëren in ketenlengte.
2. Triacylglycerolen: opslagvorm van vetzuren. (verestering van glycerol en
vetzuren)
3. Fosfolipiden: membraan lipiden, die aan hun glycerol 2 vetzuren en 1 fosfaat,
met daaraan een andere binding, hebben gebonden.
4. Glycolipiden: membraan lipiden, die deels uit koolhydraten bestaan.
5. Steroïden: polycyclische koolwaterstoffen met een aantal functies (hormoon)
• Vetzuren bestaan uit lange onvertakte ketens met een even aantal C-atomen. Ook
kunnen er dubbele bindingen (cis-vorm) in voor komen: onverzadigde vetzuren.
Een triglyceridemolecuul met verzadigde vetzuren heeft een vast patroon
ruimte tussen moleculen klein sterke vanderwaalsbinding, hoger smeltpunt
vast bij kamertemperatuur. Dit is een vet.
Een triglyceridemolecuul met onverzadigde vetzuren heeft een
onregelmatigere vorm afstand tussen C-ketens (intramoleculair) en afstand
tussen moleculen (intermoleculair) groter zwakke vanderwaalsbinding, lager
smeltpunt vloeibaar bij kamertemperatuur. Dit is een olie.
• Essentiële vetzuren: vetzuren die je uit je voedsel moet opnemen, je lichaam kan deze
niet maken. Bijv. omega 3- en omega 6-vetzuren.
11.2
• Triacylglycerolen slaan veel meer energie op dan glycogeen. Doordat vetzuren in de
vorm van triacylglycerolen opgeslagen worden, zijn ze veel lichter en energierijker.
Glycogeen voorziet het organisme van energie voor 18-24 uur, triacylglycerolen
opslag kan dit voor meerdere weken.
11.3
Drie typen membraanlipiden:
1. Fosfolipiden
• Bestaat uit alcohol (glycerol/sphingosine) met daaraan 2 veresterde vetzuren en een
fosfaatgroep, die gebonden is met een ander alcohol.
Phosphatidyl- serine/choline/ethanolamine/inositol/glycerol.
• Phosphoglycerides: fosfolipiden met glycerol als platform.
• Sphingolipids: fosfolipiden met sphingosine als platform.
Sphingosine heeft een NH3 en OH groep. Hieraan veresteren vetzuren.
2. Glycolipiden
• Bestaan deels uit koolhydraten/suikers.
• De suiker ketens zitten altijd aan de extracellulaire kant van het membraan.
• Het platform is sphingosine: aan de NH3 verestert een vetzuur, aan de OH een suiker.
• Cerebroside: 1 suikerketen aan OH. Ganglioside: meerdere vertakte suikers aan OH.
3. Steroïden
• Hormoon (testosteron), vertering, membraanonderdeel.
• Polycyclische koolwaterstoffen: steroid nucleus = 3x cyclohexaan + 1 cyclopentaan.
• Cholesterol komt het vaakst voor: zorgt voor viscositeit van membraan.
• Komt niet buiten cel voor: dan veresterd met vetzuur.
Lipiden worden soms toegevoegd aan eiwitten, zodat deze kunnen functioneren in een
hydrofobe omgeving.
Hoofdstuk 12
12.1
• Membranen zijn selectief permeabel: ze laten niet alle stoffen zomaar door
Actief transport: pompen vervoeren ionen/moleculen tegen de
concentratierichting in. Dit kost ATP.
Passief transport/gefaciliteerd transport: ionen/moleculen stromen met de
concentratierichting mee door poorten. Dit kost geen ATP.
Hormonen, groeifactoren enz. doen hun werk d.m.v. een receptor: deze bindt
op het celmembraan waardoor een proces in de cel begint.
• De primaire functie van biologische membranen is het handhaven van de essentiële
verschillen aan weerszijden van het membraan, bijvoorbeeld tussen verschillende
cellen of tussen de inhoud van celorganellen en de rest van de cel.
Ze zijn velvormige structuren met dichte grenzen tussen verschillende
onderdelen.
Bestaan uit lipiden, eiwitten en koolhydraten.
Lipiden hebben een hydrofiele kop en hydrofobe staart, waarmee ze een
bilaag vormen.
Eiwitten in het membraan functioneren als poort, pomp, enzym enz.
Membranen hebben niet-covalente bindingen.
Membranen zijn asymmetrisch. De 2 kanten verschillen altijd.
Membranen zijn vloeibare structuren.
Membranen zijn elektrisch gepolariseerd: de binnenkant is negatief.
• Lipiden zijn amfipatisch: de koppen zijn hydrofiel en de staarten hydrofoob.
Hydrofobe staarten communiceren met elkaar en vormen een laag.
Hydrofiele koppen communiceren met de waterige omgeving.
Het hydrofobe effect zorgt ervoor dat er vanzelf een dubbellaag van
fosfolipiden wordt gevormd: H2O moleculen komen vrij en zorgen voor
wanorde.
De Van der Waals bindingen pakken de staarten dicht tegen elkaar.
Ook zijn er H-bruggen tussen de polaire koppen en het waterige milieu.
Ionen gaan met hun ‘solvation shell’ door de laag koppen, dan lossen ze op in
de hydrofobe staarten, waarna ze vervolgens weer door de koppen gaan.
12.2
• Boven het kookpunt worden de membranen vloeibaar: deze T hangt af van de lengte
van de vetzuren en de mate van verzadiging.
Verzadigd: door sterke Van der Waals binding ook hoog kookpunt.
Onverzadigd in cis-vorm: door een buiging van de dubbele binding zijn de
Van der Waalsbindingen zwakker en is het kookpunt lager.
• Cholesterol zorgt voor de viscositeit:
OH-groep aan ene zijde: maakt H-brug met hydrofiele kop.
Koolhydraatgroep aan andere zijde: bevindt zich in hydrofobe kern.
Doordat cholesterol een andere vorm heeft dan fosfolipiden, stoppen de
interacties tussen vetzuren.
Lipid rafts (drijvende vet vlotten): caveolae (gaten) in het membraan voor
transport/communicatie.
12.3
• Membranen met verschillende functies hebben ook verschillende hoeveelheden
eiwitten in hun membraan.
Membranen met weinig eiwitten zijn goed als isolator: hydrofobe delen
geleiden niet goed.
• integrale eiwitten: eiwitten die door de fosfolipiden gaan.
De meeste integrale eiwitten zijn a helixen die helemaal door het membraan
gaan.
Ook β-sheets kunnen door het membraan: ze rollen zich op en vormen zo een
soort van tunnel: buitenkant hydrofoob, binnenkant hydrofiel.
• perifere eiwitten: gehechte eiwitten aan
de koppen van fosfolipiden.
integrale eiwitten
het celmembraan m.b.v. een lipide.
het celmembraan m.b.v. een a helix met hydrofobe zijketens: deze steken in de
hydrofobe kern.
▪ prostaglandine-H2-synthase zit zo aan het membraan vast. Dit enzym
zet arachidonzuur om in prostaglandine-H2, een signaal-molecuul,
lokaal lipid-hormoon. Arachidonzuur wordt in de membraan gevormd,
maar moet dus in de active site van dat enzym terecht komen. Het
arachidonzuur gaat via de hydrofobe kern van de dubbellaag naar een
hydrofobe tunnel van het eiwit, waarna hij in de active site komt.
▪ Ibuprofen/aspirine blokkeren de tunnel door het afgeven van een
acetyl groep, zodat er geen arachidonzuur bij het enzym komt om
prostaglandinen te maken. Zo wordt de pijn verminderd.
• Het beeld dat membraaneiwitten vrijelijk 'drijven' in een laag van lipiden, is iets te
simpel. Lipiden en eiwitten zijn enerzijds beweeglijk, maar het is ook mogelijk dat
eiwitten in een membraan slechts op bepaalde plekken aanwezig zijn.
Membranen en eiwitten zijn constant in beweging: lateral diffusion.
▪ Ontdekt met FRAP (fluorescence recovery after photobleaching):
1. Stof op celoppervlak wordt met fluorescerende stof gelabeld
2. Een deel daarvan wordt gebleekt
3. Dan vervangen ongebleekte stoffen de gebleekte stoffen: beweging.
Lipide moleculen kunnen van de ene naar de andere kant van de bacterie
reizen.
▪ Transverse diffusie/flip-flopping: fosfolipide springt van ene monolaag
over naar de andere (met hulp van een enzym).
▪ Laterale diffusie/rotatie:
Daarentegen zijn niet alle eiwitten zo mobiel. Ze zitten soms vast aan het
celskelet/extracellulair matrix of zijn erg polair waardoor ze veel langer doen
over een verplaatsing.
• Asymmetrie in membranen: er zit een verschil in fosfolipide samenstelling tussen de
binnenkant en buitenkant.
Binnenkant: fosfolipiden met andere kopgroepen (negatief geladen)
Buitenkant: meer glycolipiden.
Zelfstudie 7
• Voor normaal functioneren moeten cellen over voedingsstoffen kunnen beschikken
en moeten ze hun afvalstoffen kwijt kunnen. Zowel voedings- als afvalstoffen zijn in
de regel polair en kunnen moeilijk de apolaire barrière van de lipide bilaag nemen.
Normale diffusie is te traag om gelijke tred te houden met de hoge vraag van cellen
naar bijv. glucose of aminozuren. Cellen hebben dan ook membraaneiwitten om het
transport van bepaalde stoffen door membranen te versnellen. Dergelijke
transporteiwitten zijn mede verantwoordelijk voor de ionsamenstelling, de pH en het
volume van cellen; ze concentreren bouw- en brandstoffen, voeren afval af, vormen
iongradiënten voor transport of voor de geleiding van prikkels.
• Of een stof door de cel gaat, ligt aan de concentratie gradiënten en zijn
oplosbaarheid in een hydrofobe omgeving.
lipofiele moleculen kunnen oplossen en gaan via diffusie door de laag.
Soort transportproces
• Passief transport/gefaciliteerd transport
netto-transport zolang er concentratieverschil voor 'n stof bestaat aan de twee
zijden van het membraan
netto-transport van een hoge naar een lage concentratie
afhankelijk van de gradiënt kan het transport beide richtingen uit
energietoevoer onnodig.
2 vormen van passief transport:
• Poriën (channel proteins)
Transporteiwitten vormen waterige kanalen waardoor moleculen van de juiste
grootte en lading de lipide bilaag kunnen passeren door simpele diffusie.
De eiwitten zijn zeer snel en specifiek: laten niet alle ionen door hun poort.
Voltage-gated channels: reageren op veranderingen in membraan potentiaal.
Ligand-gated channels: reageren op binding van kleine moleculen.
K+-kanaal: in begin is de porie groot genoeg, K+ kan erin met zijn
watermantel. Vervolgens moet hij deze afstaan door de smalle opening van de
tunnel zelf, zodat hij kan reageren met carbonyl oxygen groepen het
selectieve filter: deze binden alleen met K+.
Natrium komt er niet door: de energie, die het zou kosten om Na+ te
ontwateren is te groot. Binding met het selectieve filter zou deze hoeveelheid
energie compenseren, maar deze binding vindt niet plaats.
• Transporter-eiwitten binden de te transporteren moleculen alvorens ze over het
membraan te transloceren.
• Actief transport (pompen)
Eiwitten fungeren als pompen die actief de beweging van specifieke
moleculen bevorderen tegen hun (electro)chemische gradiënt in.
Actief transport vindt plaats in één richting en gaat in de regel van lage naar
hoge concentratie.
In tegenstelling tot passief transport, dat spontaan verloopt, vereist actief
transport metabole energie.
Hoofdstuk 16
16.1
• Waarom wordt glucose als brandstof gebruikt?
Het was al een bron voor primitieve biologische processen.
Het is het meest stabiele monosacharide, door minimale afstoting van
zijgroepen.
Glucose blijft in ringvorm en heeft dus niet de neiging eiwitten te veranderen.
Glycolyse (in cytoplasma)
STAGE 1: in deze eerste stappen wordt geen ATP geproduceerd, alleen verbruikt.
1. Hexokinase: glucose glucose 6-fosfaat. – ATP irreversibel
Doel van deze omzetting:
▪ Glucose 6-fosfaat kan de cel niet meer uit: er is geen transporteiwit
voor.
▪ Door toevoeging van fosforgroep kan er makkelijker een C3 met hoge
fosforyl-transfer potential gemaakt worden.
Kinases zijn enzymen die een fosforgroep van ATP verplaatsen.
Hexokinase heeft Mg2+ of Mn2+ nodig voor activiteit.
Hexokinase laat het induced fit model zien: door hechting van glucose
verandert de vorm van het enzym, zodat de omgeving voor de katalyse wordt
verbeterd. Als de vorm niet zou veranderen, zou hydrolyse van ATP
plaatsvinden, wat ongunstig is.
2. Phosphoglucose isomerase: glucose 6-fosfaat fructose 6-fosfaat
Glucose had een aldehyde groep op C1 fructose heeft ketongroep op C2.
F-6P is verdeeld in 2x een C3: het uiteindelijke doel van stage 1.
3. Phosphofructokinase: fructose 6-fosfaat fructose 1,6-biphosphate – ATP irreversibel
Er wordt weer een fosforgroep van ATP afgestaan.
Er is nu een suiker ontstaan met twee fosfaat-groepen en dat molecuul kan nu
door aldolase gesplitst worden in twee triosen, elk met één fosfaat-groep.
4. Aldolase: fructose 1,6-biphosphate glyceraldehyde 3-phosphate (GAP) +
dihydroxyacetone phosphate (DHAP) reversibel
Triose phosphate isomerase (TPI): DHAP GAP.
Alleen GAP kan namelijk verder gebruikt worden in de glycolyse.
Tekort aan TPI is dodelijk.
STAGE 2: er zijn 2 C3’s gevormd, dus alles is 2x.
5. Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase: glyceraldehyde 3-phosphate (GAP) +
NAD + Pi 1,3 biphosphoglycerate.
Dehydrogenases zijn enzymen die redox-reacties katalyseren: vaak voegen ze
een H+ aan NAD+ toe/halen ze een H+ van NADH af.
Reactie bestaat uit 2 gekoppelde reacties (ene heeft een negatieve G):
▪ oxidatie: aldehyde wordt carbonzuur doordat NAD+ een H opneemt
en H2O zijn OH aan de carbonzuur.
▪ Aan de OH van de carbonzuur komt een fosfaatgroep.
De reacties zijn gekoppeld door een tussenliggend thioester enzym.
6. Phosphoglycerate kinase: 1,3 biphosphoglycerate (1,3-BPG) 3-phosphoglycerate
+ ATP
De fosfaatgroep van 1,3-BPG wordt afgestaan aan ADP en vormt zo ATP.
7. Phosphoglycerate mutase: 3-phosphoglycerate 2-phosphoglycerate
Mutases zijn enzymen die een verplaatsing van een chemische groep binnen
een molecuul katalyseren.
Een fosfaatgroep wordt verplaatst.
8. Enolase: 2-phosphoglycerate phosphoenolpyruvate
Er ontstaat een dubbele binding en H2O wordt afgesplitst.
Hoge transfer potential: het molecuul is erg instabiel met zijn fosfaatgroep en
wil deze dus graag afstaan.
9. Pyruvate kinase: phosphoenolpyruvate pyruvate + ATP irreversibel
Fosfaatgroep wordt afgestaan aan ADP en pyruvaat blijft over met ATP.
NETTO GLYCOLYSE
Glucose + 2 Pi + 2 ADP + 2 NAD+ 2 pyruvate + 2 ATP + 2 NADH + 2 H+ + 2 H2O.
Winst: 2 ATP.
We hebben nu gezien hoe glucose afgebroken wordt via de glycolyse tot pyruvaat. Voor de
meeste cellen is de glycolyse pas het begin van de glucose-afbraak. Pyruvaat wordt namelijk
meestal in de mitochondriën verder afgebroken tot acetyl-CoA, dat dan in de Krebscyclus
verder volledig afgebroken wordt tot CO2. De glycolyse is echter de belangrijkste bron van
energie voor cellen of organismen die geen mitochondriën hebben, òf wanneer er geen
zuurstof beschikbaar is. MÁÁR, om de glycolyse te laten verlopen, zal de cel wèl NAD+
moeten maken:
16.2
• De cel heeft maar een beperkte hoeveelheid NAD+ en moet het daarom
‘hergebruiken’. Dit kan door pyruvaat verder te omvormen, waardoor er weer NAD+
gewonnen kan worden.
• Pyruvaat kan worden omgezet tot:
CO2 en H2O
ethanol/lactaat (fermentatie: gedeeltelijke afbraak van verbinding zonder
gebruik van zuurstof)
Ethanol
• Pyruvate decarboxylase: haalt CO2 van pyruvaat af acetaldehyde.
• Alcohol dehydrogenase: laat NADH zijn H+ en elektronen afstaan ethanol.
Lactaat
• Lactate dehydrogenase: laat NADH zijn H+ en elektronen afstaan aan pyruvaat
lactaat.
de NAD+ die vrijkomt bij beide omzettingen, kan weer worden gebruikt voor de glycolyse:
stap 5 heeft namelijk NAD+ nodig, om de H+ en elektronen op te nemen.
• Deze omzettingen gebeuren wanneer een cel geen mitochondrium heeft, in anaerobe
omstandigheden en bij burst type exercises.
CO2 en H2O
• Gebeurt in mitochondria, onder aerobe
omstandigheden.
Biological insight:
• obligate anaeroben: organismen die niet kunnen
leven als zuurstof aanwezig is.
• Facultatieve anaeroben: kunnen met én zonder
zuurstof overleven door aeroob en anaeroob te
kunnen verbranden.
• Micro-organismen kunnen naast alcohol en lactaat
nog veel meer andere stoffen produceren door
middel van fermentatie.
Zelfstudie 9
Hoofdstuk 17 Gluconeogenese
17.1
• Gluconeogenese (in lever): het maken van glucose uit niet-koolhydraat precursors.
Dit is nodig wanneer het leverglycogeen op is: hersenen en rode bloedcellen
hebben altijd glucose nodig.
Glucose kan niet gemaakt worden door omkering van glycolyse reacties
(glucose pyruvaat/lactaat) want er zijn drie onomkeerbare reacties. Bij
gluconeogenese moeten deze reacties omzeild worden.
• Er kunnen 4 substraten gebruikt worden om glucose te vormen:
Eiwitten. De aminozuren worden omgevormd tot oxaloacetaat.
Vet. Glycerol kan via gluconeogenese of glytolytic pathway omgevormd
worden tot dihydroxyacetone phosphate.
Propionaat. Bacteriën in de pens van een herkauwer zetten cellulose uit gras
om in proprionaat/butyraat/acetaat. Proprionaat propionyl-CoA malaat.
Lactaat. Wordt omgezet in pyruvaat.
al deze verbindingen kunnen gemakkelijk via omgekeerde glycolyse omgezet worden in
glucose; ze komen namelijk al voor in de reeks glycolyse reacties. (waarbij wel 3 reacties
omzeild moeten worden).
De eerste stap van de gluconeogenese - carboxylering van pyruvaat tot oxaloacetaat - vindt
plaats in het mitochondrion. Dan wordt oxaloacetaat omgezet in malaat: deze kan via een
transporteiwit naar het cytosol. Daar vindt het volgende deel van de gluconeogenese tot aan
glucose 6-fosfaat plaats.
Hoofdstuk 24
24.1
• Naast de glycolyse is er nog een andere mogelijkheid voor de verwerking van glucose
in de cel, namelijk opslag in de vorm van een polymeer van glucose, glycogeen.
• Koolhydraten uit de voeding die niet onmiddellijk in de stofwisseling gebruikt
worden, worden opgeslagen:
als glycogeen in lever/spier, maar die opslagcapaciteit is beperkt
▪ de lever regelt de hoeveelheid glucose in het bloed voor onze
hersenen.
▪ spieren regelen hun verbruik zelf: bij samentrekking wordt glucose
verbrand om ATP te verkrijgen.
na omzetting tot TAG als vet in het vetweefsel en die opslagcapaciteit is
nagenoeg onbeperkt.
▪ Vetten zijn energierijker, maar glycogeen kan veel sneller omgezet
worden tot glucose + hier is geen zuurstof voor nodig.
• Glycogeen is een snel mobiliseerbare vorm van glucose. Het is een vertakt polymeer
van glucose-eenheden, die gekoppeld zijn via α 1,4- en α 1,6glycosidische
bindingen. Hierdoor ontstaat een groot vertakt netwerk. De opslag vindt plaats in het
cytoplasmatisch deel van de cel in de vorm van granulae.
Glycogenolyse:
1.Het afsplitsen van glucose-1-fosfaat moleculen van de uiteinden van de ketens
1. Glycogen phosphorylase: voegt orthofosfaat toe.
n glycogeen + Pi glucose 1-fosfaat + glycogeen (n-1)
Phosphorolyse: splitsing door toevoegen van HPO42-
Dit is gunstig:
▪ Een glucose eenheid is afgesplitst,
▪ Glucose 1-fosfaat lijkt op glucose 6-fosfaat: een product van de
glycolyse.
▪ In spiercellen kan glucose 1-fosfaat niet uit de cel.
2.Het knippen van de vertakte ketens, "debranching".
2. Glycogen phosphorylase stopt met splitsen, 4 eenheden weg van een vertakking:
vanaf dan kan het enzym er niet meer bij. Deze enzymen zorgen ervoor dat
phosphorylase weer verder kan door één lange glycogeen keten te maken:
Transferase: verplaatst de zijtak naar de lange ‘hoofd’keten van glycogeen.
α-1,6-glucosidase: verwijdert het glucose molecuul met zijn α-1,6-binding.
▪ Er komt dus een glucose molecuul vrij, die gefosforyleerd wordt door
hexokinase.
3. Door phosphoylase wordt dus glucose 1-fosfaat gevormd: phosphoglucomutase
maakt hier glucose 6-fosfaat van.
Het enzym geeft zijn fosfaatgroep af aan C6 van glucose 1-fosfaat, en neemt
daarna de fosfaatgroep van C1 op.
4. Alleen de lever en de nier kunnen vervolgens van deze glucose 6-fosfaat glucose
vormen, omdat zij over het enzym glucose 6-phosphatase (in het ER) beschikken, die
een fosfaatgroep er vanaf splitst.
Hoofdstuk 25
25.1
De synthese van glycogeen verloopt in 4 stadia:
1. De vorming van UDP-glucose
• UDP ontstaat doordat glucose 1-fosfaat met
UTP reageert. Hierbij komt PPi vrij.
▪ De reactie wordt gedreven door
hydrolyse van pyropfosfaat: PPi +
H2O wordt 2 Pi
2. Verlenging van de ketens met behulp van
UDP-glucose
• Glycogen synthase: verlengt
glycogeenketens langer dan 4 glucose
moleculen zoals je in de afbeelding
hiernaast ziet.
▪ Glycogenin: de primer. Zorgt voor
de eerste vorming van glycogeen
en ligt altijd in het midden van de keten.
▪ Dit zijn nog α-1,4-glycosidische bindingen.
3. Het introduceren van de vertakkingen, "branching"
• Enzymen verbreken α-1,4-glycosidische binding, plakken het losse deel glycogeen
als vertakking aan de keten met een α-1,6-glycosidische binding.
▪ De vertakking moet 7 glucosemoleculen lang zijn.
▪ De hoofdketen moet minimaal 11 glucose-eenheden lang zijn.
▪ Tussen de nieuwe en al bestaande vertakking moeten 4 glucose-eenheden
zitten.
• De vertakkingen zijn beginpunten voor de enzymen glycogeen phosphorylase en
synthase, dus hoe meer vertakkingen, des te beter de afbraak en opbouw van
glycogeen.
4. Verdere verlenging
Het kost 2 ATP om glucose om te zetten in glycogeen. Glucose afkomstig van het glycogeen
kan 31 ATP opleveren. Opslag is dus een goede investering: anders zou er veel ATP het
lichaam uitgaan.
Zelfstudie 10
H26
26.1
• Naast ATP (glycolyse) is er ook een andere vorm van metabole energie nodig: reducerend
vermogen (fosfaatpad).
• Een deel van de hoge-energie elektronen afkomstig van brandstof wordt niet
overgedragen op zuurstof om ATP te maken, maar wordt gebruikt voor biosynthetische
doeleinden. Om te voorkomen dat deze elektronen bij zuurstof eindigen, worden ze
overgedragen op NADP+ in plaats van op NAD+. Door die extra fosfaatgroep wordt
NADPH onderscheiden van NADH door de eiwitten van de ademhalingsketen en benut
door de biosynthese enzymen in het cytosol.
• Bronnen van NADPH:
* Zelfstudie 14: Eén reactie waarbij NADPH gevormd wordt is van het malic enzyme
(ME), onderdeel van het pad dat het transport van acetyl-CoA van het
mitochondrion naar het cytosol verzorgt, een transportproces dat essentieel is bij
de biosynthese van vetzuren. Daarbij wordt per acetyl-CoA één NADPH gevormd.
Dus voor 8 acetyl-CoA – nodig voor 1 palmitaat - worden op die manier 8 NADPH
gevormd.
* De rest wordt gevormd in het pentosefosfaatpad (PPP).
* Fotosynthetische organismen verkijgen NADPH door de lichtreactie.
Pentosefosfaatpad (hexose-monofosfaat-shunt/ phosphogluconate pathway)
• In dit pad wordt glucose ook in het cytosol afgebroken, maar op een andere manier dan
in de glycolyse. Net als de glycolyse begint dit stofwisselingspad met de fosforylering van
glucose tot glucose 6-fosfaat door hexokinase.
* Irreversibele oxidatieve fase: uit één molecuul glucose ontstaan twee moleculen
NADPH + H+ en één molecuul ribose 5-fosfaat. Deze stoffen hebben in de
stofwisseling een totaal verschillende functie:
▪ NADPH is nodig voor reductieve syntheses, zoals bijv. die van vetzuren: het
geeft zijn elektronen dan af.
▪ Pentosen, daarentegen, zijn nodig als bouwstenen voor nucleotiden in de
synthese van bijv. RNA, DNA, ATP en bepaalde coenzymen.
▪ G-6-P + 2 NADP+ → Ribulose-5-P + CO2 + 2 NADPH + 2H+
* Reversibele niet-oxidatieve fase: ribulose 5-fosfaat dat niet gebruikt wordt voor de
vorming van nucleotiden, wordt via een ingewikkeld reactieschema omgezet in
intermediairen van de glycolyse.
▪ 3 ribulose-5-P → 2 F6P + glyceraldehyde-3-P
15C wordt dus 2x 6C (12) + 1x 3C.
Regulering
• De behoefte van de cel varieert onder verschillende omstandigheden en de activiteiten
van PPP en glycolyse worden op elkaar afgestemd, zodat er steeds ingespeeld kan
worden op de behoefte van de cel aan een van beide stoffen.
• Zowel NADPH als ribose-5-P nodig:
* Het pad volgt de irreversibele oxidatieve weg tot ribose 5-phosphate: er worden 2
NADPH en ribose 5-phosphate gevormd, wat dus nodig is.
• Veel ribose-5-P nodig voor bijvoorbeeld deling van cellen:
* De niet-oxidatieve reactie wordt omgedraaid:
* 2 F6P + glyceraldehyde-3-P → 3 ribulose-5-P
* Vanuit 2 fructose 6-phosphate en 1 glyceraldehyde 3-phosphate worden 3 ribose
5-phosphate gevormd, die gebruikt worden bij vorming van nucleotiden.
• Veel NADPH nodig:
* De oxidatieve fase vormt ribose-5-P: hierbij komen 2 NADPH vrij.
* De niet-oxidatieve fase recyclet de ribose-5-P vervolgens tot 2 F6P +
glyceraldehyde-3-P. Deze stoffen maken deel uit van de glycolyse, zodat ze weer
tot glucose 6-phosphate omgezet kunnen worden en NADPH kunnen maken door
omzetting naar ribulose 5-phosphate.
• NADPH en ATP nodig:
* Zelfde als hierboven: alleen worden de 2 F6P + glyceraldehyde-3-P niet weer
omgezet tot ribulose 5-phosphate, maar maken de stoffen de glycolyse verder af.
• De glycolyse heeft een tweeledige functie, te weten: productie van ATP èn het aanleveren
van bouwstenen voor de synthese van andere stoffen. De snelheid van de afbraak van
glucose is hierom aangepast: het is gereguleerd, d.w.z. is aangepast aan de behoefte van
de cel aan ATP of aan bouwstenen voor de vorming van bijv. bepaalde aminozuren.
* De regulering van de snelheid van de afbraak van glucose vindt voornamelijk
plaats door fosfofructokinase, maar daarnaast spelen ook hexokinase en
pyruvaatkinase een rol.
* Zowel glycolyse als gluconeogenese hebben een sterk negatieve ΔG0 onder
cellulaire omstandigheden en dus is er geen thermodynamische belemmering
voor het cyclisch optreden van glycolyse en gluconeogenese. De activiteiten
van de cruciale enzymen van beide pathways worden echter gereguleerd op
een zodanige manier dat beide processen niet tegelijkertijd op kunnen treden:
als glucose in overvloed is, zal glycolyse plaatsvinden. Als het schaars is, dan
gluconeogenese. De hoeveelheden van die enzymen worden ook hormonaal
gereguleerd.
* De snelheid van de glycolyse wordt ook bepaald door de hoeveelheid
glucose die aanwezig is, terwijl anderzijds de snelheid van de gluconeogenese
afhankelijk is van de hoeveelheid glucogene precursors.
* Als er genoeg energie is, zullen enzymen van de glycolyse gestimuleerd
worden en enzymen van de gluconeogenese geblokkeerd.
* Als er weinig energie is (moet er dus glucose gemaakt worden) en zullen
enzymen van de gluconeogenese gestimuleerd worden, enzymen van de
glycolyse geblokkeerd.
Zelfstudie 11
• Het substraat voor de Krebscyclus is acetyl-CoA. Pyruvaat wordt omgezet in een
irreversibele reactie in acetyl-CoA (aeroob):
Pyruvaat gaat vanuit het cytoplasma naar het mitochrondrium.
Pyruvaat + CoA + NAD+ > acetyl CoA + CO2 + NADH + H+
▪ Door pyruvaat dehydrogenase complex: 1 enzym voert 3 reacties uit.
Decarboxylering, oxidatie en transfer naar CoA.
figuur 18.2: de essentie van de Krebscyclus
▪ Acetyl CoA bindt aan een carrier, wordt dan geoxideerd tot CO2,
elektronen worden afgestaan, carrier wordt opnieuw geproduceerd
voor een nieuwe acetyl CoA.
figuur 18.4: de link tussen de glycolyse en de Krebscyclus.
▪ Vetzuren en pyruvaat zijn een belangrijke bron van acetyl CoA in de
citroenzuurcyclus.
• Principe van de Krebscyclus/citroenzuurcyclus/tricarboxylic acid cycle/TCA cycle
Energierijke elektronen uit de verbindingen halen voor vorming van NADH en
FADH2 (oxidatie)
• “Stage one oxidizes two carbon atoms to gather energyrich electrons”
Acetyl-CoA (C2) condenseert met oxaloacetaat (C4) tot een C6.
Dan wordt er 2x CO2 afgestaan en ontstaan er 2 NADH.
• “Stage two regenerates oxaloacetate and harvests energyrich electrons”.
Er blijft een C4 over die weer wordt omgezet tot oxaloacetaat (C4).
▪ Hierbij wordt NADH, FADH2 gevormd.
▪ Ook vindt er substraat fosforylering plaats: van succinyl CoA gaat een
fosfaatgroep af.
Deze bindt dan een Acetyl-CoA en de cyclus begint weer.
Zelfstudie 12
• In de glycolyse en daarna ook in de Krebscyclus vinden oxidaties plaats waarbij in totaal
per mol geconsumeerde glucose 10 mol NADH en 2 mol FADH2 gevormd zijn. Daar er
maar een beperkte hoeveelheid NAD+ en FAD in de cel aanwezig is, moeten deze stoffen
gereoxideerd worden. Deze oxidatie zorgt voor verreweg het grootste gedeelte van de
ATP die ontstaat bij de aërobe afbraak van 1 mol glucose tot CO2 en H2O.
Oxidatieve fosforylering
• Krebscyclus vindt plaats in matrix (stof in binnenmembraan), oxidatieve fosforylering in
het binnenmembraan van het mitochondrium.
Binnenmembraan is gevouwen (cristae): hierdoor een groot oppervlak. Dit
membraan omsluit de matrix. Impermeabel voor veel stoffen, transporters doen
het werk.
▪ Matrix side en cytoplasmic side
Buitenmembraan is permeabel voor veel kleine moleculen en ionen: het
membraan bevat veel kanalen.
Aan de oxidatie van glucose, zoals je die tot nu toe hebt leren kennen, kleeft nog een klein
probleem. Afgifte van elektronen van NADH, gevormd tijdens de glycolyse in het
cytoplasma, vindt plaats in het mitochondrion. De mitochondriale binnenmembraan is
echter ondoorlaatbaar voor NADH. De twee manieren waarop de cel dit oplost:
• Glycerol 3-fosfaat shuttle (spiercellen):
Elektronen diffunderen door het membraan, NAD zelf niet.
Glyercol 3-fosfaat neemt elektronen op en staat ze ook weer af via enzymen.
De elektronen worden daarna door het enzym aan FAD geplakt en leveren dus
1,5 ATP ipv 2,5 ATP op.
• Malaat-aspartaat shuttle (lever/hartcellen):
Oxaloacetaat neemt elektronen op, malaat ontstaat.
Malaat gaat door het membraan, in ruil voor een a-ketoglutaraat.
Dan geeft malaat zn elektronen af aan NAD, waardoor weer oxaloacetaat
ontstaat.
Oxaloacetaat krijgt een aminogroep van glutamaat (glutamaat wordt daarbij
apartaat) en er ontstaat a-ketoglutaraat. Nu kan het de matrix weer uit.
Vervolgens staat a-ketoglutaraat zijn aminogroep af aan aspartaat (wordt
glutamaat), waarbij oxaloacetaat ontstaat.
• Al die ATP is nu dus in de mitochondriële matrix gemaakt, maar ATP wordt het meest
in het cytosol gebruikt: ATP-ADP translocase (transporteiwit) zorgt ervoor dat het ATP
naar het cytosol wordt getransporteerd en ADP uit cytosol naar het mitochondrium.
• De mitochondriale binnenmembraan bevat zo nog meer speciale transporters.
Zelfstudie 13
• 1 molecuul ATP kost 4 protonen:
3 voor ATP synthase + 1 voor transport.
• 1 paar elektronen kan 2,5 ATP of 1,5 ATP opleveren.
• In totaal worden er 30 ATP gevormd als glucose omgezet wordt tot CO2.
De snelheid van de oxidatieve fosforylering wordt gereguleerd:
• Respiratory control (of ademhalingscontrole) houdt in dat het verbruik van ATP de
snelheid van substraatverbruik reguleert. Zo stromen elektronen niet naar zuurstof
als er geen ATP gemaakt moet worden. Op die manier wordt er voor gezorgd dat
er niet meer substraat wordt verbruikt dan nodig is.
• Het gebruik van moleculaire zuurstof (O2), als uiteindelijke acceptor van de
electronen afkomstig van de oxidatie van substraten zoals glucose en vetzuren, is
ideaal vanwege de grote affiniteit van zuurstof voor electronen. Dat levert een sterke
thermodynamische drijvende kracht op en de productie van veel ATP. Maar de
reductie van zuurstof brengt ook gevaren met zich mee. De transfer van vier
elektronen leidt tot veilige producten (twee moleculen H2O), maar gedeeltelijke
reductie leidt tot gevaarlijke verbindingen.
Bij de transfer van een enkel elektron aan O2 wordt een superoxide radicaal
gevormd
bij de transfer van twee elektronen leidt tot de vorming van peroxide.
• De strategie voor de reductie van zuurstof is dan ook dat cytochroom c oxidase het
molecuul zuurstof gebonden houdt tot de totale transfer van vier electronen heeft
plaatsgevonden en dat er geen tussenproducten vrijkomen.
Superoxide radicalen kunnen in de electronentransportketen ontstaan tijdens
het doorgeven van elektronen van complex I aan ubiquinon en van ubiquinon
naar complex III. Ook laat cytochroom c oxidase soms wat vrij.
• Superoxide anion, peroxide en de verbindingen die daaruit gevormd kunnen worden,
zoals •OH radicalen, worden samen reactive oxygen species of ROS genoemd. Ze zijn
zo gevaarlijk voor de cel omdat ze enzymen, membraanlipiden en nucleïnezuren
beschadigen. De oxidatieve schade die veroorzaakt wordt door ROS, is betrokken bij
verouderings processen en een groot aantal ziektes.
• De cel heeft een aantal specifieke verdedigingsmechanismen tegen oxidatieve schade
veroorzaakt door ROS.
De belangrijkste is het enzym superoxide dismutase. Dit enzym vangt
superoxide radicalen door twee radicalen om te zetten in waterstof peroxide
en moleculaire zuurstof.
▪ Superoxide dismutase: 2 •O2- + 2 H+ > O2 + H2O2
▪ De waterstof peroxide wordt weggevangen door het enzym catalase
dat het omzet in water en moleculaire zuurstof.
catalase: 2 H2O2 > 2 H2O + O2
• Peroxides worden ook onschadelijk gemaakt door het enzym glutathion peroxidase
dat gereduceerd glutathion gebruikt als reducerend agens.
glutathion peroxidase: 2 GSH + RO-OH > GSSG + ROH + H2O
Het gevormde geoxideerde glutathion (GSSG) wordt daarna weer gereduceerd
door glutathion reductase dat daar NADPH als electronenbron voor gebruikt.
Dus: 2 glutationen zitten met zwavelbrug aan elkaar vast, door elektronen van
NADPH worden ze weer gescheiden in GSH.
• Het mitochondrium speelt bij veel biosynthetische processen een belangrijke rol. Er
worden unieke producten gevormd waarvan sommige alleen voor eigen gebruik zijn,
zoals ubiquinon (CoQ) en cardiolipine (een lipid bestanddeel van de mitochondriële
binnenmembraan). Andere stoffen zijn ook weer voor transport.
Zelfstudie 14
• Triacylglycerolen (TAG) zijn esters van
glycerol en 3 vetzuren. TAG dienen in
het organisme als opslagvorm van
vetzuren. Verreweg de grootste
voorraad TAG is aanwezig in de
adipocyten of vetcellen. De voorraad
kan gebruikt worden door andere cellen.
1. TAG wordt gesplitst in glycerol en vetzuren en vervoerd naar het weefsel.
• Levercellen: zetten glycerol om in glucose/pyruvaat.
• Weefsels die energie nodig hebben: gebruiken vetzuren voor ATP vorming.
2. Vetzuren moeten naar mito getransporteerd worden, waar ze afgebroken worden.
3. Vetzuren worden afgebroken tot acetyl-CoA, dat naar de Krebscyclus gaat
Lipolyse
Vorming acetyl-CoA uit vetzuren
• Vetzuren worden aan albumine getransporteerd in het bloed naar de cel. Daar wordt
het vetzuur via transporteiwitten opgenomen.
• Activatie: vetzuren moeten met CoA reageren om acyl CoA te vormen.
(buitenmembraan van mito)
1. Vetzuur + ATP > acyl adenylate + PPi
2. Acyl adenylate + Hs-CoA > Acyl CoA + AMP
De HS groep van CoA neemt de plek van AMP in aan acyl adenylate.
Doordat pyrofosfaat wordt gesplitst in 2 Pi, kan de reactie maar 1 kant oplopen.
Deze vetzuren kunnen nu via kanalen door het buitenmembraan.
• Vetzuren moeten aan het alcohol carnitine gekoppeld zijn om ook door het
binnenmembraan te kunnen:
3. Acyl CoA + carnitine > acyl carnitine + HS-CoA.
Op de CoA plek komt een carnitine molecuul: hier is een transporter voor.
De acylgroep gaat via een ander enzym naar de matrix.
In de matrix gekomen vindt de reactie andersom plaats:
▪ Acyl carnitine + HS-CoA > acyl CoA + carnitine.
Carnitine gaat weer naar de cytoplasma kant, in ruil voor een acyl carnitine
molecuul: zo kan het proces door en door blijven gaan.
• Het vetzuur is nu in de matrix: hier wordt het geoxideerd (2 C’s per keer) om
elektronen te verzamelen voor de oxidatieve fosforylering. Omdat oxidatie aan de 2e
C naast het carbonzuur plaatsvindt, heet het Β oxidatie:
1. Oxidatie: Van acyl-CoA worden elektronen afgestaan aan FAD, dubbele bindingen
tussen C2 en C3 ontstaan.
2. Hydratie: H2O zorgt ervoor dat de dubbele bindingen verdwijnen,
3. Oxidatie: Nogmaals elektronen eraf naar NAD, dubbele bindingen again.
4. Thiolyse door CoA: tjakka enzym zorgt door toevoeging van een HS-CoA dat er
acetyl-CoA en acyl CoA onstaat.
• Acyl CoA is hetzelfde als waarmee je begon, alleen 2 C-atomen korter. De reeks
reacties kan nu opnieuw beginnen. Op deze manier win je meer energie.
• FADH2 : 1,5 ATP. NADH: 2,5 ATP Acetyl CoA: 10 ATP
Lipogenese
• De lipogenese verloopt in 3 stappen:
1. Acetyl CoA gaat van het mitochondrium, waar het is ontstaan, naar het cytoplasma,
waar synthese plaats vindt, in de vorm van citraat. Het binnenmembraan van mito’s is
namelijk ondoorlaatbaar voor CoA-esters.
In de Krebscyclus vindt de condensatie van Acetyl-CoA en oxaloacetaat plaats,
met citraat als eindproduct.
Citraat wordt voor de Krebscyclus gebruikt tot er geen ATP meer nodig is, dan
wordt het uit het mitochondrium getransporteerd in ruil met malaat.
In het cytoplasma wordt citraat vervolgens omgezet door ATP-citrate lyase tot
oxaloacetaat en Acetyl-CoA.
▪ ATP geeft fosfaatgroep af, citraat en CoA binden en fosfaat groep
komt los, scheiding in acetyl-CoA en oxaloacetaat
▪ Citraat + ATP + CoA + H2O > acetyl CoA + ADP + Pi + oxaloacetaat.
Nu is er ook een oxaloacetaal van binnen naar buiten gegaan. Die wil je weer
naar binnen hebben, maar dit kan niet via een shuttle/transporteiwit, dus:
▪ Oxaloacetaat, malaat, pyruvaat, oxaloacetaat. Deze omweg brengt
NADPH op, maar kost ook 2 ATP. (zie afbeelding hieronder)
▪ NADPH is nodig voor de synthese.
▪ 1 molecuul NADPH per getransporteerd Acetyl-CoA enzym.
▪ De overige NADPH moleculen komen van het PPP.
Citraat in het cytoplasma remt PFK, het geeft aan dat er genoeg energierijke
stoffen zijn.
2. Acetyl CoA zit in cytosol, nu activeren we de stof eerst om er daarna een polymeer
van te maken. Zo wordt er malonyl CoA gevormd: er komt een C bij acetyl-CoA aan
(acetyl CoA carboxylase I), kost een ATP.
ATP wordt gesplitst om een CO2 biotin te maken.
Deze CO2 biotin wordt aan Acetyl-CoA (C2) geplakt en vormt malonyl-CoA
(C3).
3. Vetzuur synthese gebeurt door het multi-enzymcomplex “fatty acid synthase” (FAS).
Acetyl CoA en malonyl CoA staan hun CoA af en binden aan een carrier eiwit
(ACP).
• Fatty acid synthase FAS bestaat uit een dimeer van twee identieke subunits, die elk
weer bestaan uit 7 verschillende enzymactiviteiten. Elke subunit bevat ook een “acyl
carrier protein” (ACP).
• Tijdens vetzuursynthese blijven de intermediairen gebonden aan de SH-groep van
pantotheenzuur in het ACP gebonden. Dit ACP roteert het vetzuur langs de diverse
actieve centra van het vetzuursynthase complex. Het aan ACP gebonden vetzuur
wordt dus steeds aangeboden aan de enzymen van de andere, tegenoverliggende
subunit van FAS.
De activiteit van enzyme wordt zo gecoördineerd.
Ook hoeven de substraten niet getransporteerd te worden: ze kunnen zo
direcht naar het andere actieve centrum.
Vasten zorgt voor een negatieve energie-balans: lipolyse gaat plaatsvinden. Vetzuren gaan
via albumine in het bloed naar:
• Spier. Spier verbrandt ze tot CO2.
• Lever. 3 mogelijkheden:
verbrandt ze tot acetyl CoA, Krebscyclus tot CO2
vorming ketonlichamen
zet acetylCoA om tot TAG, dan VLDL: blaasje waarin vetzuren naar vetweefsel
gaan.
• Bloedplasma is veel vetter.
• 1x B oxidatie levert 4 ATP (FAD en NAD). Je kan de oxidatie 8 keer doen. = 32 ATP
• De overige acetyl CoA levert 10 ATP op. = 10 ATP
• Het kost 2 ATP om vetzuren te activeren. = - 2 ATP
• DUS het levert je 40 ATP op.
Zelfstudie 15
Aminozuren: afbraak en opbouw
• Bronnen van aminozuren:
Eiwitten die we opnemen
Cellulaire eiwitten die omgebouwd worden
• Afbraak:
tot aminozuren: eerst als bouwstoffen voor anabolic reacties, dan afbraak van
aminozuren en backbone wordt gerecycled. N-atoom is giftig in vorm van
ammonia.
Via lysosomen
Via ubiquitine
Afbraak
• Vindt plaats als een eiwit fout is (oxidatieve schade/fout in translatie), of als een eiwit
nutteloos is.
• Het ontdoen door het lichaam van de overmaat stikstof kan in twee stadia verdeeld
worden:
Verwijdering van aminogroepen van de aminozuren
Vorming van ureum
• Daarna blijft het koolstofskelet over.
Verwijdering aminogroep
• Aminotransferases zorgt voor de verplaatsing van N naar een a-ketozuur. Ze zijn
belangrijk in synthese-én afbraak-routes. 2 belangrijkste:
ALT: alanine aminotransferase
▪ Aminogroep van alanine komt op a-ketoglutaraat > glutamaat +
pyruvaat.
AST: aspartaataminotransferase
▪ Aminogroep van aspartaat komt op a-
ketoglutaraat > glutamaat + oxaloacetaat.
• Van glutamaat wordt vervolgens NH4 door oxidatie
(glutamaat dehydrogenase) Resultaat: weer a-
ketoglutaraat.
Glutamaat + NAD/NADP + H2O > a-ketoglutaraat + NADH/NADPH + H+ +
NH4
Enzym is alleen te vinden in de lever
Evenwicht ligt dichtbij 1, maar meestal verloopt de reactie naar rechts doordat
NH4 weggehaald wordt.
Bijzonder: NAD of NADP kan elektronen acceptor zijn.
Koolstofskelet afbraak
• Na verwijdering van de aminogroep resteert een α-ketozuur. Omdat de structuren
van aminozuren zo verschillend zijn, zijn ook de paden waarlangs deze α-ketozuren
afgebroken worden nogal divers. Zo ontstaat er een 7-tal eindproducten,
pyruvaat, acetyl-CoA, acetoacetyl-CoA, α-ketoglutaraat, succinyl-CoA,
fumaraat en oxaloacetaat. Deze stoffen passen allemaal in het metabolisme,
zoals we dat tot nu toe hebben leren kennen.
Deze stoffen zijn intermediairen van de Krebs-cyclus
▪ Glucogene aminozuren: hier kan je nog glucose van maken.
▪ Ketogene aminozuren: aminozuren die tot acetyl-CoA afgebroken zijn.
Acetyl-CoA is niet een intermediair, kan dus geen glucose worden. Wel
kan het ketonlichamen/vetzuren vormen.
▪ Aminozuren kunnen glucogeen én ketogeen zijn; soms vervallen ze tot
acetyl-CoA, soms tot een Krebscyclus intermediair.
• Je moet weten tot welke intermediairen de afbraak van aminozuren leidt en dat dat
de basis is voor de indeling in glucogene en ketogene aminozuren.
• Het koolstofskelet kan dus gebruikt worden voor
Energieproductie: intermediairen kunnen in de Krebscyclus energie leveren.
Gluconeogenese: intermediairen kunnen omgezet worden tot glucose.
Vetzuursynthese: acetyl-CoA kan bij vetsynthese gebruikt worden.
Ketogenese: acetyl-CoA kan omgezet worden tot ketonlichamen.
Synthese
• Een organisme is in staat tot de synthese van een aminozuur als het zelf het
overeenkomstige α-ketozuur kan maken. Dat geldt bij zoogdieren voor 11 van de 20
aminozuren. Deze 11 aminozuren zijn de niet-essentiële aminozuren.
Aminotransferase reacties voorzien deze α-ketozuren van een aminogroep.
Het elfde niet-essentiële aminozuur - tyrosine - kan door zoogdieren zelf
gemaakt worden uitgaande van fenylalanine, een van de essentiële
aminozuren.
• Zoogdieren zijn niet in staat tot synthese van het overeenkomstige α-ketozuur van
de overige 9 aminozuren. Dit zijn de essentiële aminozuren, die dus via de voeding
opgenomen moeten worden, dan wel afkomstig zijn van microbiële activiteit in de
darmtractus.
LEER:
• Pyruvaat kan worden omgezet in alanine (en vice versa) met behulp van alanine
aminotransferase.
• Oxaloacetaat kan reversibel omgezet worden in aspartaat met behulp van aspartaat
aminotransferase, waarbij glutamaat als aminodonor fungeert
• α-ketoglutaraat kan omgezet worden in glutamaat met behulp van glutamaat
dehydrogenase en vrije ammonium-ionen.
• Bij de synthese heb je wel altijd een aminogroep nodig uit een ander aminozuur: er
zitten namelijk geen aminogroepen in de intermediairen van de Krebscyclus.
• Niet-essentiële aminozuren kun je zo in elkaar omzetten.
Turnover
• Het lichaam heeft aminozuren nodig voor eiwitsynthese, maar het heeft niet de
mogelijkheid tot opslag van losse aminozuren uit de voeding. Er is evenmin een eiwit-
reserve (denk aan TAG/glycogeen). Daarom wordt een overschot omgezet tot
vet/glucose.
• Sommige eiwitten worden snel afgebroken: regulerende eiwitten (bestaan een paar
minuten), structurele eiwitten blijven daarentegen jaren bestaan.
Herkauwende zoogdieren.
Ook bij de herkauwer spelen bovengenoemde substraten een rol in de gluconeogenese.
Daarnaast gebruiken zij nog een ander substraat voor de gluconeogenese: propionaat
• Bacteriën in de pens van een herkauwer zetten cellulose uit gras om in 3 vluchtige
vetzuren; proprionaat/butyraat/acetaat.
Vetzuren zijn onoplosbaar in water; ze worden in een blaasje (VLDL) of aan
albumine vervoerd door het waterige bloed.
▪ VLDL: van lever naar vetcel.
▪ Albumine: van vetcel naar bloed.
• Proprionaat propionyl-CoA propionyl-CoA wordt via 2 enzymatische stappen
omgezet in succinyl-CoA, een Krebscyclus intermediair, wat weer gebruikt kan worden
voor gluconeogenese.
• Voor de eigen glucosevoorziening is de herkauwer dus helemaal aangewezen op
gluconeogenese.