Week 1

Iedere cel kent hetzelfde pakketje DNA. Iedere cel kent een centrale regio met DNA:
- opslag van erfelijke informatie
- Genen bestaan uit DNA
-Eiwitten ontstaan uit transcriptie van DNA in RNA en translatie in ketens van aminozuren.
-Eiwitten zorgen ook weer dat DNA kan repliceren en de informatie weer in RNA kan kopiëren.

Minimale grootte die je kan zien met:

Blote oog: 0,2mm (bijvoorbeeld cellen)
Licht microscoop: 200 nm (bepaalde organellen)
Elektronen microscoop: 0,2 nm (Moleculen/atomen)

Zichtbaarheid door een microscoop zijn afhankelijk van vergroting en oplossend vermogen. Vooral
oplossend vermogen.
Oplossend vermogen: De kleinste afstand tussen 2 punten die je nog duidelijk en helder kan zien.

0.61 λ
r=
n sin α

Met fluorescentie microscopie is het mogelijk om vaak hele specifieke moleculen te binden, aan te
kleuren, en als dat gebeurt met een fluorescerende component en er wordt licht op ingestraald en je
vangt met behulp van filters heel netjes het exciterende licht uit, dan kun je soms heel selectief
bepaalde moleculen in een cel en daarmee bepaalde structuren in een cel heel makkelijk aantonen.
Dit zegt vaak niet alleen wat over de structuur van het molecuul maar ook over de functie en
activiteit in de cel.

Elektronenmicroscopie: grotere vergrotingen.

Transmissie elektronen microscopie (TEM)
Vanwege de elektronenbundel moet er in vacuüm gewerkt worden. Om het beeld op te kunnen
vangen moet er een bepaald contrast in de cel zichtbaar worden. Dit doe je vaak door bij het fixeren
ook zware metalen te gebruiken.
Scanning elektronen microscopie (SEM)
3 dimensionale structuren bijvoorbeeld een pollenkorrel of vlo 3D bekijken

Eukaryote cellen en hun organellen

Elk organel in een cel heeft zijn eigen specifieke functie en is omgeven door een membraan.
Cytosol=grondplasma van de cel. Waterige oplossing met veel verschillende moleculen. In dat cytosol
zitten veel organellen.
Cytoplasma= Alles in een cel dat buiten de kern ligt , inclusief het plasmamembraan.
Cytoskelet: structuur van draden en buizen, die de cel structureren en voor dynamiek zorgen.
Functies:

Kern: opslag informatie (DNA)

Mitochondria: Genereren alle bruikbare energie uit voedsel
Chloroplasten: vangen energie uit zonlicht
Interne membranen: creëren Intracellulaire Compartimenten met verschillende functies
Cytoskelet: Verantwoordelijk voor gerichte beweging in en van de cel.

Cel heeft een enorme dynamiek. Planten cellen hebben een celwand en daardoor een bepaalde
vorm. Dierlijke cellen hebben geen celwand en kunnen dus steeds een andere vorm aannemen.

Kern

Prokaryoot: Geen kern, DNA ligt in een bepaalde regio van de cel (Nucleoid). Kent geen
kernmembraan en ook geen door membranen omsloten organellen.

In een eukaryoot zit het DNA in de kern-> binnen in die kern wordt het DNA vaak overgeschreven,
vaak eerst pre-messenger RNA-> Dat wordt vaak nog wat geprocessed en wat veranderd->
Vervolgens gaat het kant en klare messenger RNA naar het cytoplasma. In het cytoplasma zal het
afgelezen worden en omgezet worden in eiwitten.
Dit alles gebeurt bij een prokaryoot gewoon allemaal in het cytoplasma. De eigenschappen van de
eiwitten worden dus bepaald door het messenger RNA (boodschapper RNA). Dat gebeurt allemaal op
de ribosomen. Ribosomen zijn complexen van RNA en eiwitten die zorgen voor precies de juiste
assemblage plaatsen voor de eiwitten. Ook wel eiwitfabriekjes.

Ontstaan van het kernmembraan met ER

DNA in een prokaryote cel in omsloten door een instulping van het plasmamembraan dat uiteindelijk
DNA heeft omsloten waaraan ook nog andere membraanstructuren mee verbonden zitten. Op deze
manier is een dubbel membraan om de kern ontstaan.
DNA in een celkern is niet gelijkmatig verdeeld. Je ziet (op powerpoint) kernlichaampjes, die
kernlichaampjes zijn plekken waar heel veel ribosomaal RNA gemaakt wordt om ribosomen te
kunnen vormen. En daar worden alvast eiwitten aangekoppeld. Er zitten dus heel veel kopiën van dat
DNA in de kern, dat betekent uiteindelijk dat er een hele elektronen dichte structuur omstaat.

Mitochondriën

Arbeid: Synthese/afbraak, mechanische activiteit, transport, homeostase, communicatie, warmte.

Energie komt uit bijvoorbeeld planten, door fotosynthese: Suikers + zuurstof. Suikers: chemische
energie.
Alle eucaryotische cellen bevatten mitochondriën
Hebben een buitenmembraan en een ingestulpte binnenmembraan
Mitochondriën zijn vaak langwerpig
Ze hebben Mitochondriaal DNA
Hoe is dit organel ontstaan?
Door symbiose van een eukaryote cel en een bacterie.
Bacterie zou opgenomen zijn door fagocytose in een eukaryotische cel, en daar gaan fungeren als
mitochondrium. Op die manier ontstaat ook een dubbel membraan om het organel. Mitochondria
hebben ook een eigen DNA (net als de kern ook eigen DNA heeft).

Suikers, die in het cytosol al gedeeltelijk afgebroken zijn, worden in de mitochondriën met behulp
van zuurstof geoxydeerd tot water en kooldioxide. Dit gebeurt voor een in hoge mate aan de
ingestulpte membranen, daar zitten veel enzymen daarvoor.
De hierbij vrijgekomen energie wordt vastgelegd in het ATP of GTP. Dit zijn energiedragers van de cel.

ATP kan de energie naar alle delen van de cel transporteren en houdt zo de energievragende
levensprocessen op gang.

Chloroplasten

Bladoppervlak: veel fotosynthetiserende cellen

Stomata: kleine openingen voor zuurstof en kooldioxide uitwisseling.
Bladgroenkorrels liggen in het cytosol.
Bladgroenkorrels hebben een dubbelmembraan met instulpingen in het binnenmembraan.
Binnenmembraan liggen soms ook als pakketjes heel dicht op elkaar, soort korreltjes. Dit noemt men
de grana (elektronendichte pakketjes, donkerder weergegeven onder elektronen microscoop),
hetgeen er tussen in is de stroma (vloeistof).
Chloroplasten hebben ook een eigen DNA en dubbelmembraan, dus daarvoor is dezelfde symbiont
theorie van toepassing als bij het mitochondrium.

Cytoskelet

Opgebouwd uit verschillende compartimenten:

Microtubuli, Intermediaire filamenten en microfilamenten.

Interne membranen

Waarom barst een cel niet?

Omdat er een organisatie is van stoffen die opgenomen zijn binnen bepaalde membranen, en dat er
over die membranen selectief transport plaatsvindt (oa ionenpompen in het membraan), zorgen
voor een specifiek evenwicht van stoffen binnen en buiten de cel of compartiment. Evenwicht is in
een cel altijd dynamisch. Door selectief transport ontstaat dus homeostase, een dynamisch
evenwicht.

Endomembraansysteem
Assemblage, logistiek management en transport
Begint bij het ER, membranen van het ER staan in contact met de kern. Van het ER snoeren weer
allemaal blaasjes af die in het golgi-systeem worden opgenomen. Hier worden ook weer andere
blaasjes afgesnoerd.
Membranen zijn belangrijk voor import en export. Een cel moet weten wanneer er wat moet
gebeuren dus een cel krijg veel informatie tegelijkertijd en ontvangt dat in het membraan en moet de
informatie processen in de cel. Membraan is ook heel belangrijk voor de beweging en expansie van
de cel.
Membranen zijn opgebouwd uit fosfolipiden (vetgroep met fosfaatgroep) en glycolipiden (vetgroep
met suikergroep). Buiten en binnenzijde zijn verschillend tbv structuur, transport en signalering.
Cholesterol zit tussen de fosfolipiden en glycolipiden in: membraanfluïditeit en belangrijk voor
bewegelijkheid van het membraan. Fosfolipiden kunnen op verschillende manieren in de membraan
bewegen. Zelfs van buiten naar binnen en andersom omdraaien met behulp van membraaneiwitten.
In het membraan zitten ook eiwitten ingebouwd, bijvoorbeeld transporters/ionenpompen,
verankering aan cytoskelet, receptoren en enzymen.

Endoplasmatisch Reticulum

Zwarte bolletjes onder microscoop: ribosomen.

Complex membraansysteem van cisternen
Cisternen zijn holtes met een membraan en gevuld met een waterige oplossing
Het milieu binnen (lumen) en buiten de cisternen is verschillend
Ruw ER(RER) en Glad ER (SER)
Functie SER: Belangrijk voor synthese en voorraad fosfolipiden en de calcium huishouding.
RER: Eiwitten opnemen en assembleren en op transport zetten.
Dynamisch netwerk, met behulp van motereiwitten worden er nieuwe cisternen uitgetrokken.

Die eiwitten die door de ribosomen gemaakt worden, worden via andere eiwitten weer in dat
endoplasmatisch reticulum getransporteerd, die worden daar behandeld en geassembleerd en
worden op transport gesteld. Voordat transport worden er vesikels afgesnoerd en die gaan met het
volgende organel samenvallen: het golgi apparaat. Het golgi apparaat is weer een stelsel van
verschillende cisternen. De eiwitten die fuseren met de cisternen van het golgi-apparaat (aan de cis-
zijde), die zullen weer afsnoeren van een cistern en in het volgende cistern opgenomen worden. Het
eiwit wordt wederom weer veranderd in het golgi-apparaat. Uiteindelijk wordt er aan de transzijde
van het golgi-apparaat weer een vesikel gevormd. Deze vesikels zijn allemaal anders en weten
allemaal wat ze moeten doen en waar ze naar toe moeten.

Golgi-apparaat:
Netwerk van golgi-lichaampjes
Een golgi lichaampje bestaat uit een stapel schijfvormige cisternen omgeven door vesikels.
In bepaalde cisternen vindt bepaalde assemblage, verandering van eiwitten, plaats en productie van
koolhydraten
Daarna snoeren vesikels af naar het cytosol of naar het celmembraan.
Eiwit synthese

Ribosomen maken tRNA binding en vorming van peptidebindingen mogelijk. tRNA, met aminozuur
leest de RNA code en brengt nieuw aminozuur binnen aan de A-kant van het ribosoom. Het
anticodon aan het tRNA bindt aan het mRNA. Het ribosoom beweegt van het 5’eind naar het 3’eind
van het mRNA, hierdoor verschuift het tRNA met het aminozuur van de A kant naar de P kant, het
aminozuur wordt toegevoegd aan de polypeptide keten en vervolgens wordt het ribosoom nog meer
naar het 3’eind verschoven en komt het tRNA zonder aminozuur weer vrij aan de E kant.

Signaalsequentie

Het eerste deel van een eiwit dat gemaakt wordt is vaak een signaalsequentie. Er bleek dat eiwitten
met een bepaalde signaalsequentie uiteindelijk eindigden in het ER, en eiwitten die de
signaalsequentie niet hadden bleven in het cytosol. Als eiwitten die normaal gesproken in het cytosol
bleven een stukje van een bepaalde signaalsequentie kregen dan gingen ze naar het ER. Terwijl
eiwitten waarvan de signaalsequentie verwijderd was en normaal gesproken in het ER verbleven, die
gingen/bleven in het cytosol.

Eiwit die naar de kern moet

In de kernenvelop zitten veel kernporiën. Dat zijn de plekken waar het mRNA naar het cytoplasma
moet. En daar moeten eiwitten die naar de kern moeten doorheen.
Eiwit dat gemaakt is in het cytosol is gebonden aan een kern localisatie signaal-> bindt aan een
transporteiwit-> zal via het transporteiwit (receptor) opgenomen worden in de kern-> in de kern zal
het eiwit met het localisatie signaal weer worden ontbonden van het transporteiwit. Transport eiwit
zal terug gaan naar het cytosol, eerst bindt hij hiervoor Ran-GTP (Ran eiwitten met GTP gebonden).
Voordat hij weer aan een nieuw eiwit bindt wordt het GTP weer gehydrolyseerd, Ran-GDP wordt
afgescheiden.

Eiwit transport over het membraan

Signaal sequentie van een eiwit kan een binding aangaan met receptor eiwitten die zijn ingebouwd in
het membraan. Het receptor eiwit zit gekoppeld aan een translocator eiwit. Als het translocator in
het binnen membraan het complementaire deel tegenkomt dan zal het eiwit hier ontkoppeld
worden en binnen het organel terecht komen. Hier wordt de signaal sequentie door bepaalde
enzymen afgebroken. (college voorbeeld was er 1 waarbij een eiwit de mitochondriale matrix
binnenkwam).
Eiwit transport van cytosol naar het ER

- Eiwitten worden gemaakt zoals eerder uitgelegd aan het boodschapper RNA
- Bij eiwitten met een signaalsequentie dan zullen deze in staat zijn om te binden aan het
membraan van het endoplasmatisch reticulum.
Eiwit met signaalsequentie (aan het mRNA) zal binden aan een signaal herkennings particle
(SRP)-> SRP zal binden aan een SRP receptor in het ER membraan, deze receptor zit
gekoppeld aan een translocation channel-> Bij een geslaagde koppeling zal het
herkenningseiwit weer worden afgebroken en zal het eiwit door gesluisd worden in het ER,
de signaal sequentie blijft in het translocation channel-> Eiwit gaat ER binnen (wordt ook
steeds langer) -> Signaal eiwit wordt afgeknipt door peptidase en blijft in het membraan->
Eiwit zit in het ER lumen./ Als het membraan van het ER het eiwit zelf nodig heeft, dan bezit
het eiwit een hydrofoob stop-transfer sequentie, het eiwit wordt dan binnen het ER gehaald
tot dat gedeelte van het eiwit en het eiwit is dus voor een deel binnen het membraan en
voor een deel daar buiten, dus in het membraan opgenomen./ Er kan ook een situatie zijn
waarin de start-transfer sequentie er niet uit geknipt kan worden, in dit geval ontstaat er een
lus binnen het ER.

Eiwitten kunnen al gemodificeerd worden tijdens het binnenhalen in het ER, bijvoorbeeld
suikergroepen toevoegen. Chaperone eiwitten kunnen fout gevouwen eiwitten herkennen en
voorkomen dat zo’n eiwit op transport wordt gezet. Zo’n chaperone eiwit zorgt er voor dat het eiwit
weer goed gevouwen wordt.
In stappen:
Fout gevouwen eiwit wordt herkend door receptoren in een membraan-> ketenreactie in het cytosol-
> signaal gaat over het kernmembraan naar de genen die de chaperone eiwitten maken- > mRNA
wordt gemaakt-> mRNA gaat naar het cytosol-> Chaperone eiwit wordt gemaakt bij de ribosomen en
het chaperone eiwit gaat in de ER lumen het eiwit op correcte wijze vouwen.

Transport via membraan gaat 2 kanten op, endocytose en exocytose.

Afsnoeren van vesikels

Moleculen hechten aan receptoren in een membraan-> Clathrine eiwitten gaan binden aan de
receptoren-> Er ontstaat een mantel van clathrine eiwitten die met de 5 en 6 hoekige structuur een
bal vormen: een coated vesikel-> Mantel van clathride eiwitten wordt weggenomen als het vesikel is
losgelaten in het cytosol

Als een vesikel specifiek ergens moet worden gebracht: Er zijn factoren waaraan herkend kan worden
waar het vesikel heen moet: Eiwitten binnen en buiten het membraan-> contact ontstaat tussen
vesikel en membraan-> snare eiwit kan met een ander snare-eiwit hechte koppeling aan gaan, er kan
een goede binding ontstaan tussen het vesikel en het membraan. Vesikel membraan vormt 1
membraan met het plasmamembraan.
Golgi apparaat functies:

Herverdelen van membranen

Sorteren van eiwitten
Glycosyleren van eiwitten tot glycoproteïnen
Synthese van polysachariden
Vormgen van vesikels met specifieke enzymen of specifieke opslageiwitten
Rol bij exocytose

Gereguleerde secretie:
Alleen als er een bepaalde receptor in het membraan zit en dit molecuul wordt herkend wordt er een
cascade van reacties geïnitieerd om de membraanfusie plaats te laten vinden en secretie
plaatsvinden.
Constitutive secretie: De eiwitten worden hier altijd op transport gesteld en zijn altijd nodig.
Plasmamembraan eiwitten nodig.

Opname in de cel door fagocytose en endocytose.

Lysosomen hebben een lagere pH dan de omgeving. Lysosomen verteren macromoleculen voor de
cel. Dat zijn nucleinezuren, eiwitten en polysachariden. Ze breken ook organellen af als zij hun functie
verliezen. Lysosomen bevatten tientallen enzymen die actief zijn bij een lage pH. Lysosomen bevatten
ook ionenpompen (H+ pomp) die er voor zorgt dat waterstof in de lysosoom verdwijnt (ATP wordt
ADP+fosfaatgroep).