LAMMPS

(Large – scale for Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator)

• Là phần mềm tính tính toán động lực học phân tử, có
thể sử dụng cho mô phỏng tối thiểu hóa năng lượng và
mô phỏng Monte Carlo.
• Có thể mô hình hóa các hệ cấu thành từ một số lượng ít
hạt đến hàng tỷ hạt (nguyên tử).
• Là phần mềm mã nguồn mở (open – source code), miễn
phí.
• Phiên bản hiện tại viết bằng ngôn ngữ C++.
• Được duy trì bởi Sandia National Laboratory (USA).
• Có thể chạy trên máy laptop, máy để bàn (chỉ có 1 bộ vi
xử lý (single-processor), trong môi trường Windows,
Mac, Linux.
MỘT SỐ QUI ƯỚC TRONG LAMMPS
❖ Hộp tính toán mô phỏng
• Đố với hộp chữ nhật :
lx = a
ly = b z
lz = c
• Xlo, ylo, zlo – thường được chọn
là gốc tọa độ, bằng 0
xlo = 0 , xhi = a
c
ylo = 0 , yhi = a
x
zlo = 0 , zhi = a
• Hộp mô phỏng có thể là khối hộp
a b
xiên.
y
MỘT SỐ QUI ƯỚC TRONG LAMMPS
❖ Hệ tọa độ
• Vị trí của mỗi nguyên tử được xác định trong hệ tọa độ Đề - Các (x, y,
z), trùng với trục a, b , c của hệ.

z
P ( x, y , z )

z
x
y

y x
MỘT SỐ QUI ƯỚC TRONG LAMMPS
❖ Điều kiện biên chu kỳ (periodic boundary conditions)
p : chu kỳ (periodic) ; s : không chu kỳ (non-periodic)

p - boundary condition
px

0
x
x

x = x − p x
MỘT SỐ QUI ƯỚC TRONG LAMMPS
❖ Tập hợp nhiệt động học
• NVE – tập hợp chính tắc vi mô (microcanonical ensemble)
• NVT – tập hợp chính tắc (canonical ensemble)
• NPT – tập hợp đẳng áp (isobaric ensemble)

N V E Các biến mở rộng (extensive variables)

 P T Các biến cường độ (intensive variables)

Extensive variables Intensive variables)

V1 V2 P1 P2
V P
V = V1 + V2 P = P1 = P2
MỘT SỐ QUI ƯỚC TRONG LAMMPS
❖ Đơn vị
real metal si

Mass grams/mole grams/mole Kilograms (kg)

Distance Angstroms Angstroms Meters (m)

Time Femtoseconds (fs) Picoseconds (ps) Seconds

Energy Kcal/mole eV Joules

Velocity Anstrom/fs Anstrom/ps m/s

Force Kcal/mole.Anstrom eV/Anstrom Newton (N)

Torque Kcal/mole eV N.m

Temperature Kelvin Kelvin Kelvin

Pressure atmospheres bars Pascals

 MỘT SỐ QUI ƯỚC TRONG LAMMPS
❖ Đơn vị

real metal si
Dynamic viscosity Poise Poise Pascal*second
Multiple of Multiple of Coulombs
Charge electron charge electron charge (1.6021765e-19
(1.0 is a proton) (1.0 is a proton) is proton)
Dipole Charge*Anstrom Charge*Anstrom Coulomb*m
Electric field Volt/Anstrom Volt/Anstrom Volt/m
Density Gram/cm^dim Gram/cm^dim Kg/m^dim
INPUT FILES
Lưu ý:
• Mỗi bài toán mô phỏng cần chạy trong một
directory riêng.
• Trong directory chạy bài toán phải có một số
files cần thiết chứa các thông tin về hệ mô
phỏng, phương pháp áp dụng, thế năng tương
tác, các tham số của bài toán, …
• Trong quá trình chạy mô phỏng, sẽ sinh ra một
số output files chứa kết quả và các thông tin
cần thiết của bài toán mô phỏng.
Danh sách các input files:
• structure.dat : file số liệu chứa các thông tin về kích
thước của hệ, số lượng nguyên tử, số lượng kiểu
nguyên tử (atom types), khối lượng của nguyên tử, vị
trí của mối nguyên tử trong hệ tọa độ (và có thể: tốc
độ tiềm năng của nguyên tử);
• in.filename: chứa các lệnh thực hiện các nhiệm vụ
cần tính toán, các thông số (và có thể có trường lực
tương tác (force-field) hoặc các thế năng thực
nghiệm (empirical potential)), cũng có thể có số liệu
về vị trí của mỗi nguyên tử trong hệ (khi được tính
toán bằng giải tích (vd: cho tinh thể));
• pot.mod: file thế năng (nếu cần), chứa các thông tin
về thế năng được sử dụng.
 structure.dat (file số liệu) điển hình (SiO2.dat):

Hình học box

Khối lượng mole (g/mol)

Tọa độ của các nguyên tử (x, y, z)

Atom’s ID Atom’s type Atom’s charge

Input file điển hình (in.glass):

3-D

BCs : x , y, z -> p, p , p (periodic)

Các thông số nhiệt động sẽ được kiết

xuất sau mỗi 100 steps

Nh. độ, th. năng, áp suất, th. tích, độ dài của hệ theo x, m. độ
Energy minimization

Energy minimisation
Năng lượng

Vị trí
Input file điển hình (in.glass) (tiếp tục) :
Tập hơp NVT Hiệu chỉnh T sau
mỗi 100 steps
Nhiệt độ cuối
Nhiệt độ ban đầu Bước tính
(time step)
Áp suất ban đầu dumping dt = 1 fs
Áp suất cuối
Tập hơp NPT

T (5000 − 300) o K
số lương steps Num. Steps = =
t 1 fs

T 5000 o K
Lỏng

Hình thái cuối cùng

300 o K Thủy tinh
t
file thế năng điển hình (pot.mod):
1 qi q j e 2  rij  Cij i, j atom ID
U buck = + Aij exp  −  − 6
4 o rij   1 - Si
 ij  rij 2 -O
Coulomb Buck Cut-off (buck)

Cut-off (Coulomb)

Si - Si
Si - O
O-O
(i , j) A  C

Cách tính Coulombic interaction: hàm ewald và đ/kiện

Dt = 1 fs

Khoảng cách xa hơn cut-off (bin – thuật toán được sử

dụng)
OUTPUT FILES
Danh sách các output files điển hình
• final-structure.dat (data file): tương tự input data file,
nhưng chứa các thông tin cuối (final) của hệ. Có thể được
sử dụng làm input data file cho bài toán mô phỏng khác.
• md.lammpstrj (trajectory file): chứa vị trí của các nguyên tử
sau mỗi bước tính (để quan sát và cho các phân tích cần
thiết).
• log.lammps (log file): chứa toàn bộ các thông tin về quá
trình tính toán. Thường để xem xét khi nào xảy ra bất ổn
(nếu có) của quá trình tính toán.
• out.filename (output file): chứa các thông tin tóm tắt về các
hoạt động lammps đã thực hiện, các thông báo lỗi (nếu có)
và các số liệu nhiệt động (dump.file).