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故事

Exosome
新趨勢:
Exosome miRNA

Exosome miRNA
打開生物性標記新視野

打開生物性標記新視野
撰稿:詹喬瑋

Exosome是細胞所分泌出的囊泡,可在細胞間傳遞分子訊息。而Exosome microRNAs (exomiRs)近年來備受關


注,因為已有越來越多的證據表明,將microRNAs裝入Exosome中並非『隨機』而是生物體有意為之的行為。許多臨
床前研究更是已經確定exosome miRNAs對於癌症的影響。其中所調控的機制也變得越來越明朗,如exomiR receptor
(miRceptor)。因此exomiRs非常適合作為現今個人化醫療世代的非侵入性生物標記。

MicroRNAs (miRNAs)是一種短片段的non-coding RNA,被認為是轉錄後調控的主調控因子,並且一旦miRNAs呈現失調


狀態,往往就會引起某種疾病。除了針對自體細胞的調控,它們也會存在於Exosome中並隨之在細胞間轉移,因此也有越來
越多的人針對Exosome miRNAs (exomiRs)作為生物標記的可能性進行更深入研究。

Exosome是天然存在於真核生物中,用於包覆物質並釋放至細胞外的特殊小囊泡,平均大小約落在40-100 nm,不同
狀態、不同微環境產生的Exosome亦有不同的組成。這些小囊泡就像是生物體中的外送員,將各種貨物,例如蛋白質、
microRNA、mRNA等,運送 (擴散) 至指定的鄰近細胞或其他位置,進而有效率地控制細胞基因表現和蛋白質功能的表達。

自1981年首次被確認,並在隨後的幾十年裡被證明多種不同細胞類型都會分泌Exosome。然而早在1980年,就有醫學研
究發現在癌症病人身上有特殊的包裹囊泡,將專屬癌症組織的抗體(antibody)由媽媽傳遞給新生兒而造成細胞表現異常1,然而
對比其他胎盤組織的細胞卻沒有直接產生變異。有了這個前例,醫學研究開始發現有許多過去認定細胞變異造成的異常,其
實都是Exosome所造成,而不是細胞原生的惡化或突變。而基因層次的研究也發現,如果exosome中包裹了mRNA或microRNA
,甚至在近似物種間的轉移也能直接影響後續的基因表達。Valadi等人的研究中,就採用人類和小鼠的細胞株進行研究,發現
在人類細胞培養液中可以分離到大量exosome,內含多種在細胞中表現量非常低的mRNA,該exosome可以攜帶這群mRNA
直接傳遞給小鼠細胞株與其他人類細胞,並且可以在接受的細胞中直接看到相關基因表現狀況被造成影響2。

除了蛋白質與mRNA這類可以直接對目標細胞的蛋白表現造成影響的因子之外,近年來對於Exosome中的miRNA的研究
也越來越多,所以甚至創造了新的名詞exomiRNAs來描述這類型miRNA。因為exomiRNAs可以影響的層面相較於蛋白質或
mRNA來的更廣更深,使其極具潛力成為新一代的疾病生物標記。

根據Qiao等人於去年(2019)3所發表的文章中,比較了心臟衰竭患者心臟基質細胞分泌的exosome (FEXO)與正常心臟基質
細胞所分泌的exosome (NEXO),發現後者具有促進內皮血管新生及心肌細胞增生的效果,而來自心臟衰竭患者的exosome反
而破壞了這些細胞再生相關的能力。
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故事
Proliferation 進一步分析兩者miRNA的差異後,發現FEXO
Angiogenesis
中的miR-21-5p的表現呈現失衡的狀態。若是補
Exosome

Apoptosis

Normal cell exosomes 足FEXO中的miR-21-5p的話,則可以將丟失的再


miR-21
生功能再次恢復,如同正常的exosome (NEXO)
Exosomes
一樣。更進一步地探討其中機制的話,則發現
新趨勢:

Proliferation exosome中的miR-21-5p是藉由抑制phosphatase
Angiogenesis
miR-21 Apoptosis 的功能從而強化Akt Kinase的活性而使得細胞有
Patient cell exosomes 更佳的再生功能。由以上的結果可知,心臟衰竭
miR-21
不只影響到心肌細胞本身,更會影響到其所分泌
的exosome並損害心肌細胞原有的再生能力。而
Exosome miRNA

Casp3 Apoptosis exosome中的miR-21-5p則是藉由phosphatase/Akt


Angiogenesis
pathway增進血管新生與心肌細胞的存活(圖一)。
圖一、Exosome中的miR-21-5p可透過PTEN pathway影響細胞本身的再生能力 3。
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然而成熟miRNA短片段的特性,讓我們難以用一般的PCR法輕易的放大並得知其表現量如何。再加上其在總RNA中的比例
也非常的低,如果想要直接檢測其存在的話,則會需要非常大量的樣本。其次,Total RNA中不僅包含成熟的miRNA,也包含
了成熟前的pre-miRNA及pri-miRNA,使得引子需要特殊的設計才能準確辨別我們所想要的miRNA。因此RT-qPCR法可說是目
前檢測miRNA最佳的方法。RT-qPCR的檢測結果準確且經濟實惠,亦無需大量的樣本,同時檢測範圍靈活。使用qPCR檢測
miRNA時,有幾個重要因子需要特別留意,包括Total RNA的品質、cDNA合成、引子設計、檢測和資料均一化。

來自新加坡的MiRXES,提供從反
轉錄的步驟開始到PCR放大過程,共
使用三種專一性primer。特殊設計之
反轉錄引子,可以專一性的與成熟
miRNA結合,且不會被結合未成熟之
前趨lncRNA或是序列相似的miRNA
,大幅降低非專一性產物的生成,使
後續PCR放大可以完全不受影響。
PCR放大過程Forward/Reverse皆使
用針對Target設計之專一性引子,更
進一步避免相似miRNA所帶來的偽訊 圖二、利用獨特的專一性三引子設計,MiRXES ID3EAL miRNA qPCR solution得以鑑別僅有
單核甘酸差異的高同源miRNA家族,並且擁有超越其他系統的靈敏度。
號。即使是同一家族僅有1-2個mer差
異的miRNA也可以準確區分。MiRXES獨特的三引子設計使其相較於其他miRNA檢測系統具有更高專一性的靈敏度,即使是非
常微量的miRNA也可以輕易檢測出來(圖二)。

然而經由PCR放大後所得到的結果,畢竟是『間接』的結果,每一次的PCR反應都有可能造成的些許誤差,連鎖反應下來
,這個誤差就會逐漸變得越來越大,因此在miRNA量充足的情況之下,我們也可以考慮另一種全新的方法,運用ELISA的原理
直接偵測樣本內的miRNA含量,最大程度的避免反轉錄與連鎖反應所造成的誤差放大效果。來自捷克的BioVendor MiREIA kit
便是採用這一類檢測法,在底部coating專利抗體,專一性辨識DNA/RNA Hybrid,並以可見光呈色,只要一般的ELISA reader
,無須高階設備即可分析miRNA的含量,靈敏度最高可達0.13 amol/μl,以達到真正且直接的定量(圖三)。

TMB substrate

SAV-HRP
BI BI
OT OT
IN IN

miRNA/DNA-biot hybrids miRNA/DNA-biot hybrids

Incubation with Incubation with


miRNA/DNA hybrids SAV-HRP

CAPTURE MAB CAPTURE MAB CAPTURE MAB


圖三、利用專一性辨識 DNA/RNA Hybrid
16 的抗體偵測樣本中的miRNA。

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Exosome中除了miRNA以外,也帶有大量的蛋白質,而其中的蛋白質組成根據分泌的細胞及環境的不同,也有相當大的
差異。因此為了快速探討Exosome裡的蛋白質,就需要一項高通量的偵測工具。來自新加坡A*STAR Institute of Medical

Exosome
Biology (IMB)研究機構的LAI等人,利用RayBiotech Label-based Human Antibody Array (圖四)結合LC MS/MS,統計出人類
的間質幹細胞Exosome (MSC Exosome)共有857種蛋白質,並利用生物資訊分析軟體 PANTHER,分析出其中部分蛋白質參
與了蛋白水解反應,且序列與20S Proteasome序列相似,因此推斷出MSC的Exosome存在20S Proteasome。20S Proteasome

新趨勢:
的功能為降解不穩定、變性或錯誤折疊的蛋白質。因此Lai團隊推論MSC Exosome具有組織修復的能力。在進一步動物實驗證
實,在心肌缺血再灌注myocardial ischemia/reperfusion (MI/R) injury的小鼠中注入MSC exosome,一天後可以明顯降低缺血
再灌注所造成的損傷,減少損傷後心臟中錯誤摺疊的蛋白質 (圖五)。由此原理能進一步推斷,MSC exosome不只能降低心肌
缺血再灌注所造成的心臟損傷,並且也能緩和由變性蛋白累積引起的疾病,如阿茲海默症、帕金森氏症及Prion疾病等,為未
來疾病治療將帶來極大的幫助。

Exosome miRNA
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圖四、Label-based Human Antibody Array 圖五、Exosome降低oligomer之in vivo實驗

另外,Exosome除了影響生理性失調所導致的疾病,現在
發現Exosome也會影響病毒的傳播模式。病毒可將病毒蛋白
、病毒基因或完整的病毒顆粒載入Exosome中,從而感染周
圍正常細胞。美國喬治梅森大學的Jaworski團隊發現,在被
人類T淋巴細胞白血病病毒(human T-cell leukemia viruses 1,
HTLV-1)感染的細胞Exosome中,帶有病毒的致癌因子Tax蛋
白。Tax為引起成人T細胞自血病(ATL)的重要致病蛋白。研究
證實帶有Tax的細胞,抗apoptosis能力增加,具有促癌作用。
作者進一步使用RayBiotech Human Cytokine Array C1證實,
受到HTLV-1感染的細胞Exosome比起未受到HTLV-1感染的細
胞Exosome,含有更多的促炎性Cytokine GRO、GRO-α、GM-CSF、IL-6。綜合研究結果,在HTLV-1 infected cell的Exosome
中,會攜帶病毒之致癌因子及豐富的促炎性Cytokine,從而影響周圍的正常細胞,改變正常細胞的存活率及炎症因子的表現。藉
由了解Exosome中的蛋白質成份,將有助於了解HTLV-1感染的發病機制,在未來有助於應用在治療更多的白血病患者。

miRNA長期以來都是探討疾病生物標記的熱門選項,現在發現miRNA與Exosome之間存在一定的關係,使miRNA的影響
將不再侷限於病灶附近,而是有可能隨著體內循環系統影響到身體的各部位。與此同時,也為miRNA的功能性開啟了全新的
研究領域。而Exosome中所帶蛋白質針對疾病的生理微環境的影響,一直以來也都是疾病研究的主角,現在更發現除了
Exosome除了攜帶自體的蛋白質,也有可能裝入病毒的蛋白、基因甚至病毒顆粒,這使得Exosome一定程度的參與病毒感染
的過程,也讓病毒學家對於病毒感染途徑研究有了一個新的方向。然而這些研究通常都需要高通量檢測,對實驗室的人力與資
源需求也比較高,岑祥公司能體會您的煩惱,特別設立檢測代做實驗室並成為亞洲唯一通過RayBiotech原廠認證的代測中心
,協助您獲得穩定且有效的實驗數據。

References:
1. Taylor DD, Homesley HD, Doellgast GJ. Binding of specific peroxidase-labeled antibody to placental-type phosphatase on tumor-derived
membrane fragments. Cancer Res. 1980 Nov;40(11):4064-9
2. Valadi H, Ekström K, Bossios A, Sjöstrand M, Lee JJ, Lötvall JO. Exosome-mediated transfer of mRNAs and microRNAs is a novel mechanism
of genetic exchange between cells. Nat Cell Biol. 2007 Jun;9(6):654-9.
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QIAO, Li, et al. microRNA-21-5p dysregulation in exosomes derived from heart failure patients impairs regenerative potential. The Journal of
clinical investigation, 2019, 129.6.
4.
Lai, Tan, Teh, Sze, Arslan, de Kleijn, Choo, Lim. Proteolytic Potential of the MSC Exosome Proteome: Implications for an Exosome-Mediated
5. Delivery of Therapeutic Proteasome. Int J Proteomics.2012;2012:971907.
Jaworski, Narayanan, Van Duyne, Shabbeer-Meyering, Iordanskiy, Saifuddin, Das, Afonso, Sampey, Chung, Popratiloff, Shrestha, Sehgal,
Jain, Vertes, Mahieux, Kashanchi. Human T-lymphotropic virus type 1-infected cells secrete exosomes that contain Tax protein.J Biol Chem.
2014 Aug 8;289(32):22284-305.
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