Лабораторна робота № 1.

Тема: Структура ДНК, хімічна природа генів

Мета: Сформувати поняття про сучасні погляди на структуру ДНК, її

компонентів та зав'язків між ними

Теоретична частина
1. Новий етап розвитку генетики починається з моменту розшифровки
структури ДНК Джеймсом Уотсоном і Френсісом Кріком, які узагальнили дані
рентгеноструктурного аналізу, отримані Морісом Вілкінсом і Розалінд
Франклін. 30 травня 1953 р.
Основні положення про структура дезоксирибонуклеїнової кислоти (ДНК)
Уотсона-Крика (1953):
o дволанцюгова спіраль
o цукрово-фосфатний остов зовні
o азотисті основи (A, C, G, T) всередині
o основи утримуються водневими зв’язками (H- або гідростатичні
зв’язки)

Отже: основи на альтернативних ланцюгах паруються за певними

правилами:
• А з Т, G з С
• кожна пара має схожу будову
Існує ще одна форма нуклеїнової кислоти - рибонуклеїнова кислота (РНК).
Азотисті основи. Азотисті основи бувають пуриновими і піримідиновими.
Загальне позначення для всіх основ - N. Азотисті основи це гетероциклічні
сполуки, у кільцях яких містяться карбон і азот, а всі зв'язки мають характер
частково подвійних. До певних атомів кільця приєднані екзоциклічні групи -
аміногрупа чи атом оксигену.
Три головні піримідинові основи — цитозин, урацил і тимін існують
у різних таутомерних формах — лактимній і лактамній, причому остання є
більш стійкою і саме в ній пуринові основи входять до складу нуклеозидів,
нуклеотидів, нуклеїнових кислот, коферментів, макроергічних сполук (ЦТФ,
УТФ, ТТФ) та інших біологічно активних речовин (БАР).

1
Піримідини (одне кільце): цитозин (C) тимін (T) [урацил в РНК (U)]

Піримідини (pyrimidines, Y). Y – це загальне позначення для піримідинів у

записах структури певних речовин.

Можуть бути екзогенного (надходять у складі біологічних молекул їжі),

а також ендогенного походження (їх синтез здійснюється у клітинах організму
людини). Цитозин та урацил входять до складу РНК, а тимін та цитозин —
ДНК.
Крім трьох головних піримідинових основ, відомі також рідкісні або
мінорні піримідини, наприклад, 5-метилцитозин, 5-гідроксиметилцитозин,
5-гідроксиметилурацил та деякі інші, що зустрічаються у складі нуклеїнових
кислот (частіше — у транспортних РНК) у невеликій кількості.
В останні роки деякі синтетичні похідні піримідину використовуються
як лікувальні препарати. Вони за природою подібні до природних метаболітів
(У, Т, Ц), проте не повністю їм ідентичні (антиметаболіти). Наприклад,
флуороурацил використовують як протипухлинний препарат.

2
Пурини (подвійне кільце): аденін (А) гуанін (G) (purines, загальноприйняте
позначення R)

Іншими важливими пуринами є гіпоксантин, ксантин, теофілін, теобромін,

кофеїн, сечова кислота та ізогуанін. Крім найважливіших ролей пуринів
(аденін і гуанін) в ДНК і РНК, пурини також є важливими компонентами в ряді
інших біомолекул, таких як АТФ, ГТФ, цАМФ, NADH і коензиму А. Сам
пурин в природі не знайдений, але його можна отримати шляхом органічного
синтезу. Вони також можуть функціонувати безпосередньо як
нейромедіатори, діючи на пуринергічні рецептори. Аденозин активує
аденозинові рецептори.
2. Найсуттєвішими для структури нуклеїнових кислот та їхніх взаємодій з
іншими молекулами є такі властивості азотистих основ:
• Оскільки всі зв'язки в кільці частково подвійні, азотисті основи є
планарними, тобто усі атоми кільця лежать практично в одній площині.

•
• Атоми азоту, що входять у кільце та приєднані до цього кільця атоми
оксигену є акцепторами, а NH2-групи є донорами водневого зв'язку.
Ланцюги нуклеїнових молекул характеризуються спарюванням основ,
при якому кожна основа пов'язана з комплементарною основою в іншому
ланцюзі за допомогою водневих зв'язків.

3
 • Водневий зв'язок - це слабкий зв'язок, в якому два атома, що беруть
участь, ділять між собою атом водню. Водневі зв'язки забезпечують
один тип сили, що утримує ланцюги разом.
• При спарюванні основ у моделі Уотсона - Кріка аденін (A) поєднується
з тиміном (T) і гуанін (G) з цитозином (C).
Зверніть увагу, що пара A= T має два водневі зв'язки, а пара G= C має три
водневі зв'язки. Це означає, що водневий зв'язок між G і C сильніший в тому
сенсі, що для руйнування потрібно більше енергії; наприклад, кількість тепла,
необхідного для поділу парних ланцюгів в дуплексі ДНК, збільшується з
відсотком G і C.

Водневі зв’язки між нуклеотидами

Оскільки ніщо не обмежує послідовність основ в одному ланцюгу, будь-
яка послідовність може бути присутньою уздовж одного ланцюга. Це пояснює
спостереження Чаргаффа, що ДНК різних організмів може відрізнятися за
основним складом.
Однак, оскільки ланцюги в дуплексній ДНК доповнюють один одного,
правила Чаргаффа [A] =[T] і [G] =[C] вірні незалежно від базової композиції.

Цукри. Інший тип «будівельних блоків» нуклеїнових кислот – цукри.

Нагадаємо, що Феб Левін показав, що молекули цукрів, які знаходяться в
нуклеїнових кислотах, бувають двох типів: рибоза (містять тільки п'ять атомів
вуглецю замість шести, як у загальновідомих цукрів) і дезоксирибоза (як
рибоза, тільки в молекулі на один атом менше кисню).
Кожна молекула нуклеїнової кислоти містить тільки один тип цукрів - але
не обидва разом. Таким чином, розрізняються два типи нуклеїнових кислот:
рибонуклеїнова кислота (РНК) і дезоксирибонуклеїнова кислота (ДНК).

ДНК 4 РНК
Молекули цукрів, що входять до складу нуклеїнових кислот, мають форму
кільця, яке називають фуранозним, і яке складається з 4 атомів карбону і атома
оксигену, один атом карбону знаходиться поза кільцем. За вміст 5 атомів
карбону ці цукри ще називають пентозами. Дезоксирибоза відрізняється від
рибози відсутністю гідроксильної групи (ОН-), яка замінена в положенні С2′
фуранозного кільця на атом гідрогену (Н-). Тому дезоксирибозу ще називають
2-дезоксирибоза.
До карбону пентозного цукру глікозидним зв’язком приєднується атом
N у складі азотистої основи. Цей атом пентози позначається як С1′.
Інші С′-атоми пентози нумеруються далі за порядком їхнього
розташування (символ ′ прийнято додавати, щоб відрізняти атоми
фуранозного кільця пентози від атомів азотистої основи).
Якщо молекула складається з пуринової або піримідинової основи та
цукру рибози або дезоксирибози, хімічна одиниця називається нуклеозидом.
Якщо до нуклеозиду додається фосфатна група, молекула називається
нуклеотидом. Нуклеозиди та нуклеотиди називаються відповідно до
конкретної азотистої основи (A, T, G, C або U), яка входить до складу
молекули.
Атом С1′ цукру бере участь у хімічному зв’язку з азотистою основою.
Якщо основа є пурином, атом N-9 ковалентно зв’язаний із цукром; якщо
основа є піримідином, з цукром зв’язується атом N-1. У
дезоксирибонуклеотидах фосфатна група може бути зв’язана з атомом С2′, С3′
або С5′ цукру. Фосфатна конфігурація в положенні С5′ є, безумовно,
поширеною формою в біологічних системах і такою, що міститься в ДНК і
РНК.
А) Нуклеозиди - двокомпонентні органічні
сполуки, які складаються з азотистої основи
пуринового чи піримідинового ряду та
пентози-D-рибози або 2-дезокси-D-рибози.
Модифіковані нуклеозиди пуринового
та піримідинового ряду виступають у ролі
антиметаболітів і використовуються в
медичній практиці. Наприклад,
противірусний препарат ацикловір — 9-(2-
гідрокси)етоксиметилгуанін — аналог
пуринового нуклеозиду дезоксигуанозину,
нормального компонента ДНК.

5
 НУКЛЕОЗИД= АЗОТИСТА ОСНОВА + ПЕНТОЗНИЙ ЦУКОР
Назви нуклеозидів:
тимідин (dT), дезоксицитидин (dC), дезоксиаденозин (dA),
дезоксигуанозин (dG)

Б) Нуклеотиди. Фосфорилювання ОН-групи (приєднання залишку фосфорної

кислоти) при 5′-атомі пентози у складі нуклеозиду приводить до утворення
нуклеотиду.
Нуклеотид є нуклеозидфосфатом або нуклеозидмонофосфатом
(NMP). Зокрема, нуклеотид, зображений на рисунку, є
аденозинмонофосфатом (АМР).

НУКЛЕОТИД = НУКЛЕОЗИД + ФОСФАТ

6
 Пуринові нуклеотиди

Піримідинові нуклеотиди

Нуклеотид складається з двох елементів, які розрізняються за полярністю та

конформаційною рухливістю:
• Полярна й досить гнучка частина –
пентозний цукор із фосфатним
залишком, причому останній має
негативний заряд.
• Жорстка планарна азотиста основа,
яка в цілому є неполярною, хоча й
містить донорні та акцепторні групи.
• Середня молекулярна маса одного
нуклеотиду дорівнює 345 умовних
одиниць. Однак, звичайно, кожен
нуклеотид – унікальний і має свою
молекулярну масу:
Аденозинмонофосфат 347.224
Тимидинмонофосфат 322.21
Гуанозинмонофосфат 363.22
Цитидинмонофосфат 323,1965

7
В) Полінуклеотид. Дві хімічні групи ОН-група при 3′-атомі пентози одного
нуклеотиду та PO4-фосфат при 5′-атомі іншого використовуються для
утворення фосфодіефірного зв'язку між нуклеотидами.
Полярний остов полінуклеотидного ланцюга являє собою фосфатні
залишки та пентози, що чергуються. Від цього остова відходять азотисті
основи як бокові залишки.
Сусідні нуклеотиди одного ланцюга ДНК (полінуклеотида) з'єднані
фосфодіефірним зв'язком між їх 3' і 5' -атомами вуглецю. (Нагадаємо, що
складноефірний зв'язок являє собою R-O-R. Тут зв'язок є C-O-P-O-C).
Це означає, що відповідні 5'- і 3'-атоми вуглецю оголені на будь-якому
кінці полінуклеотида, які тому називаються 5'-кінцем і 3'-кінцем. Вони також
називаються гідроксильованими і фосфорильованими кінцями, відповідно,
через хімічні групи, що зазвичай знаходяться на цих кінцях.
Полінуклеотид = нуклеотид + нуклеотид + нуклеотид + тощо

цукрофосфатний
в
остов

Схема ланцюга ДНК

Таким чином полінуклеотидний ланцюг має напрямок. На одному

його кінці залишається 5′-фосфат (5′-кінець), на іншому 3′-ОН-група (3′-
кінець).
Послідовності нуклеотидів прийнято записувати в напрямку 5′ →
3′, у тому ж напрямку відбувається синтез усіх нуклеїнових кислот.
Слід також розуміти, що конформаційні особливості ланцюга
залежать від напрямку, в якому розташовані сусідні нуклеотиди.
Наприклад, послідовність СА має інші особливості, ніж послідовність АС.
Загалом у складі ланцюга може бути 16 типів таких динуклеотидних контактів
(16 можливих комбінацій із чотирьох по два).

Хід роботи

1. Розглянути структурні блоки нуклеїнової кислоти: азотисті основи,

цукор. Нуклеозид, нуклeотид. Замалювати структуру пуринових та
піримідинових азотистих основ.
2. Замалювати схему ДНК і вказати структурні частини її молекули
8
 3. Розв’язати задачі за темою лабораторної роботи
Задачі. Приклад розв’язання.
Визначити довжину ділянки ДНК, що складається із 340 нуклеотидів.
Визначити її молекулярну масу, якщо відомо що ділянка містить 86
аденозинмонофосфатів (мол.м. 347.224), 95 цитидинмонофосфатів (мол.м.
323,1965), 56 гуанозинмонофосфатів (мол.маса 363.22) і 103
тимидинмонофосфатів (мол.маса 322.21)

Дано Розв’язання
Ділянка Mr= (Na*347.224)+(Nc*323,1965)+(NG*363.22)+(NT*322.21)
ДНК, Lr= ΔL* Nнукл
Nнукл=340
Mr-? Mr= (86*347.224)+(95*323,1965)+(56*363.22)+(103*322.21)=114093
Lr-? Lr=0,34*340=115,6 нм

Ma=347.224
Mc=323,1965
Mg=363.22
Mt=322.21
ΔL=0,34 нм
Відповідь: молекулярна маса даного гена 1140, довжина гена 115,6 нм.
Задачі
1. ДНК містить 16% аденіну. Чому дорівнює кількість у відсотках
кожного нуклеотиду в ДНК? Використайте для розв’язання правила
Чаргаффа.
2. У молекулі ДНК міститься 24 % пар G-C. Яка кількість у відсотках
кожного нуклеотиду в ДНК?
3. Маса гену становить 62 100 у.о.м.. Він містить 46% пар тимін-аденін,
і 54% цитозин-гуанін. Чому дорівнює довжина цього гену, якщо один
нуклеотид займає відстань 0,34 нм. Для розрахунку використайте
дані про молекулярну масу нуклеотидів з теоретичної частини.
4. Два ланцюга ДНК утримуються водневими зв'язками. Визначте число
водневих зв'язків в цьому ланцюзі ДНК, якщо відомо, що нуклеотидів
з аденіном 14, з гуаніном 25.