DNA ve RNA

Yrd. Doç. Dr. Muhammed Kamil TURAN

Karabük Üniversitesi Tıp Fakültesi
Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Watson-Crick Modeli

 DNA helix sarmal şeklindedir.

 Omurga kısmında (dışta)
 Fosfat
 Pentoz halkası
 İç kısımda
 Azotlu bazlar
 A;T;G;C
Watson-Crick Modeli
Watson-Crick Modeli
Watson-Crick Modeli

 İki antiparalel DNA zincirinin double helix yaparak

birbirine sarılması sonucu oluşur.
 İki nükleotid arasında 0,34 nm ve
 Bir tam dönüşte ise 10 nükleotid bulunur
Watson-Crick Modeli
Watson-Crick Modeli
Watson-Crick Modeli

 İç kısımda bulunan azotlu bazlar birbirleri ile hidrojen

bağı yaparak DNA ‘nın antiparalel iki zincirinin bir
arada kalmasını sağplarlar.
 Bu bağlar 1 pürin ile 1 primidin bazı arasında olur.
 Pürin bazları: A,G
 Primidin bazları: C,T
Watson-Crick Modeli
Watson-Crick Modeli
Watson-Crick Modeli
Watson-Crick Modeli
Watson-Crick Modeli

 DNA 5’-P ucunda 3’-OH ucuna doğru uzar.

 İki nükleotid arasında 3’-5’ Fosfodiester Bağı bulunur.
 Bu bağ kondensasyon tepkimesi sonucunda oluşur.
Watson-Crick Modeli
Watson-Crick Modeli
Nükleotid= azotlu baz + pentoz şekeri ( 5 karbonlu) + fosfat grubu içerirler
 Azotlu bazlar: İki çeşittir
 9 atomlu, iki halkalı pürinler (Adenin, Guanin)
 6 atomlu tek halka içeren pirimidinler (Sitozin, Timin, Urasil)
 A,C,G,T ve U şeklinde simgelenirler.
 A,G,C DNA ve RNA’da ortak bulunur
 T->DNA’da, U->RNA’da bulunur.
Şeker= Pentoz
 Nükleik aside adını taşıdığı şeker verir.
 Ribonükleik asitlerde-RİBOZ
 Deoksiribonükleik asitlerde-DEOKSİRİBOZ bulunur.
 Deoksiribozun ribozdan farkı C-2’ pozisyonunda OH grubu
olmamasıdır.
 Nükleik Asit Kimyası
•Nükleozit- baz + şeker
•NMP = nükleozit + 1 PO4
•NDP = nükleozit +2 PO4
•NTP = nükleozit + 3 PO4
•Nükleik asitlerin yapı taşıdır
•özel NTPs: ATP & GTP
Nükleotitlerde Bağlanma

 Nükleotid yapısındaki bağlar

son derece özgüldür.

 Şekerin C-1’ atomu azotlu

bazla kimyasal bağ yapar.
 Pürinlerde N-9,
 pirimidin ise N-1 atomu şekerin
C-1’ atomu ile bağ yapar.

 Nükleotidlerde fosfat grubu,

şekerin C-2’, C-3’ yada C-5’
atomu ile bağ kurar.

 Bu yapı, biyolojik sistemlerde

en yaygın olan ve DNA ve
RNA’da bulunandır.
Polinükleotitler

 İki mononükletit arasında bağ

yapısında, iki şekere bağlı fosfat
grubu yer alır oluşan bağ
fosfodiester bağıdır, çünkü
fosforik asit her iki taraftaki alkol
grubu ( iki şekerdeki OH grubu )
ile ester bağı yapar. Aynı bağ,
RNA da da bulunur.

 dinukleotitler & trinükleotitler

 oligonükleotitler (<20)
 polinükleotitler (>20)
 Uzun polinükleotid zincirleri
varyasyon sağlamaktadır.
 1000 nt oluşan bir zincir 41000
kombinasyon ile oluşturulabilir.
 Levene’nin tetranükleotid
hipotezi bu varyasyonu
sağlamamaktadır.
Fosfodiester bağları DNA ve
RNA’nın kovalent iskeletidir
DNA: Temel özellikleri

 DNA ‘yı bir arada tutan bağlar azotlu bazlar arasındaki

zayıf hidrojen bağlarıdır.
 pH 4 ile pH 11 arasında kararlıdır.
 Yüksek ısıda kararlılığını kaybeder.
 Zincirler kırılır ve DNA iki uzun tek zincir haline gelir.
 Zincirlerin ayrılması olayına DNA’nın denaturasyonu denir.
 Zincirlerin tekrar bağlanmasına ise renaturasyonu denir
DNA: Temel özellikleri

 Chargaff kuralları:
 Avusturyalı biyokimyacı Edwin Chargaff tarafından 1949-
1951'de yayımlanan, DNA'daki çeşitli azotlu bazların
miktarları arasındaki ilişkileri ifade eden ampirik kurallardır
DNA: Temel özellikleri

 Chargaff kuralları:
 Chargaff'ın çalışmasına kadar "tetranükleotit" teorisi
hakimdi, bu teoriye göre DNA dört farklı azotlu bazın (
adenin, timin, guanin ve sitozin) tekrar eden birimlerinden
oluşmaktaydı.
 Chargaff ve yardımcıları DNA nükleotitlerini kağıt
kromatografisi ile ayrıştırıp farklı tiplerden nükleotitlerin
miktarlarını ölçtüler.
DNA: Temel özellikleri

 Chargaff kuralları:
 Eğer dört baz tekrar eden birimler içinde olsaydı
oranlarının eşit olması beklenirdi.,
 Oysa ölçümler bunu doğrulamadı…
DNA: Temel özellikleri

 Chargaff kuralları:
 Chargaff tarafından bulunan ilişkiler:
 Adenin (A) miktarı timin (T) miktarına eşitti ve guanin (G)
miktarı sitozin (C) miktarına eşittir.
 A=T
 C =G
DNA: Temel özellikleri

 Chargaff kuralları:
 Chargaff tarafından bulunan ilişkiler:
 Pürinlerin miktarı pirimidinlerin miktarına eşittir
 A+G=T+C
DNA: Temel özellikleri

 Chargaff kuralları:
 Chargaff tarafından bulunan ilişkiler:
 Ancak, farklı biyolojik türlerden elde edilen DNA'daki (A + T):
(G + C) oranı farklıydı.
 DNA: Temel özellikleri

 Chargaff kuralları:
 Chargaff tarafından bulunan ilişkiler:
Organizma %A %G %C %T A/T G/C %GC %AT

φX174 24.0 23.3 21.5 31.2 0.77 1.08 44.8 55.2

Mısır 26.8 22.8 23.2 27.2 0.99 0.98 46.1 54.0
Ahtapot 33.2 17.6 17.6 31.6 1.05 1.00 35.2 64.8
Tavuk 28.0 22.0 21.6 28.4 0.99 1.02 43.7 56.4
Sıçan 28.6 21.4 20.5 28.4 1.01 1.00 42.9 57.0
İnsan 29.3 20.7 20.0 30.0 0.98 1.04 40.7 59.3
Çekirge 29.3 20.5 20.7 29.3 1.00 0.99 41.2 58.6
Deniz
32.8 17.7 17.3 32.1 1.02 1.02 35.0 64.9
kestanesi
Buğday 27.3 22.7 22.8 27.1 1.01 1.00 45.5 54.4
Maya 31.3 18.7 17.1 32.9 0.95 1.09 35.8 64.4
E. coli 24.7 26.0 25.7 23.6 1.05 1.01 51.7 48.3
DNA: Temel özellikleri

 Chargaff kuralları:
 Chargaff tarafından bulunan ilişkiler:
Organizma %A %G %C %T A+T G+C A+T/G+C
φX174 24 23,3 21,5 31,2 55,2 44,8 1,23214286
Mısır 26,8 22,8 23,2 27,2 54 46 1,17391304
Ahtapot 33,2 17,6 17,6 31,6 64,8 35,2 1,84090909
Tavuk 28 22 21,6 28,4 56,4 43,6 1,29357798
Sıçan 28,6 21,4 20,5 28,4 57 41,9 1,36038186
İnsan 29,3 20,7 20 30 59,3 40,7 1,45700246
Çekirge 29,3 20,5 20,7 29,3 58,6 41,2 1,4223301
Deniz kestanesi 32,8 17,7 17,3 32,1 64,9 35 1,85428571
Buğday 27,3 22,7 22,8 27,1 54,4 45,5 1,1956044
Maya 31,3 18,7 17,1 32,9 64,2 35,8 1,79329609
E. coli 24,7 26 25,7 23,6 48,3 51,7 0,93423598
DNA: Temel özellikleri

 Chargaff sonrası ek kural:

 Daha sonraki yıllarda bu kuralların her bir DNA ipliği için
de doğru olup olmadığına bakılmıştır.
 Eğer yeterince uzun DNA dizilerine bakılırsa her bir DNA
iplikçiği %A ~ %T ve %G ~ %C kuralının olduğunu
bulunmuştur.
 Chargaff'a atfen "Chargaff Eşitlik Kuralı 2" olarak
adlandırılan bu kural tek bir DNA ipliğindeki baz
bileşiminin global düzeyde bir özelliğidir, kısa DNA dizileri
için geçerli değildir
DNA: Temel özellikleri

 Zincirlerin ayrılması olayına DNA’nın denaturasyonu

denir.
 Bu olay «DNA Melting» olarak adlandırılır.
 Zincirlerin uygun şartlarda tekrar birleşmesi
renaturasyon denir
 Bu olan «DNA annealing» olarak adlandırılır.
DNA: Temel özellikleri
DNA: Temel özellikleri
DNA: Temel özellikleri
DNA: Temel özellikleri

 Denatürasyon AT ‘ce zengin sahalardan başlar ve

sıcaklık arttıkça çözülme GC ‘ce zengin sahalara
doğru ilerler.
 Çift zincirli DNA’nın yarısını (%50) tek zincirli hale getiren
sıcaklık TM olarak adlandırılır.
 DNA: Temel özellikleri
 Bir DNA zincirinin TM değeri
 Bir diğerine göre (aynı uzunlukta) yüksekse

?
 DNA: Temel özellikleri
 Bir DNA zincirinin TM değeri
 Bir diğerine göre (aynı uzunlukta) düşükse

?
DNA: Temel özellikleri

 DNA UV ışığı absorbe eder.

 Çift zincirli DNA UV ışığı en iyi 260 nm dalga boyunda
absorbe eder.
 Buna absorbans denir.
 Daha sonra, emisyon gelir.
DNA: Temel özellikleri
DNA: Temel özellikleri
 DNA: Temel özellikleri

Isıtılan DNA çözeltisinin UV absorbsiyonundaki artış,

hiperkromik kayma olarak adlandırılır
DNA: Temel özellikleri
DNA: Helix formları

 A-DNA right handed (11 baz/ 1 tam dönüş/çap 23

Å)—yüksek tuz kons. Yada dehidrasyon koşullarında
baskındır.
DNA: Temel özellikleri
DNA: Temel özellikleri
DNA: Helix formları

 B-DNA right handed (normal, 10 bases/turn, çap 20 Å)

 Normal şartlarda en kararlı formdur
 Canlılar da normal şartlarda bu nedenle B-DNA formunu
taşır
 C-DNA right handed (dehydrated, 9.3 bases/turn,19Å)
DNA: Helix formları

 D-DNA right handed (no guanine, 8 bases/turn)

 E-DNA right handed (no guanine, 7.5 bases/turn)
 Z-DNA left handed (all GC, 12 bases/turn, 18 Å)
DNA: Helix formları
RNA: Temel özellikleri

 DNA çekirdekten çıkamadığı için taşıdığı yaşam

şifrelerini RNA’ya aktararak emirlerini sitoplazmaya
yollar.Böylece sitoplazma ve hücre zarını yönetir.
 Gerektiğinde DNA tarafından özel olarak üretilir.
 Yapısında fosfat,riboz şekeri , A , G , S , U organik
bazları bulunur.
 Tek zincirlidir.
RNA: Temel özellikleri

 DNA’dan farklı olarak deoksiriboz şekeri ve timin

nükleotidi bulundurmaz.
 Protein sentezinde görev yapar.
 Sentezlenecek olan proteinin ribozomda üretilmesini
sağlar.
 Hücredeki her bir protein için ayrı RNA üretilir ve
kullanılır.
RNA: Temel özellikleri

 Yapısında A,G,C ve U organik bazları bulunur.

 Sitoplazmada ve az miktarda çekirdekte bulunur.
 RNA’lar ihtiyaç duyulduğunda çekirdekte üretilir,
görevi bitiminde yok edilirler.
 DNA kadar stabil değildirler.
 RNAaz aktivitesine çok hassastırlar
RNA: Temel özellikleri

RNA

mRNA rRNA
tRNA
(elçi-mesajcı (ribozomal
(taşıyıcı RNA)
RNA) RNA)
RNA: Temel özellikleri

 Yapısında A,G,C ve U organik bazları bulunur.

 Sitoplazmada ve az miktarda çekirdekte bulunur.
 RNA’lar ihtiyaç duyulduğunda çekirdekte üretilir,
görevi bitiminde yok edilirler.
 DNA kadar stabil değildirler.
 RNAaz aktivitesine çok hassastırlar
İnsan genomu ≈ 3 x 109 bp
İnsan diploidtir, her çekirdek 6 x
109 bp yada ≈ 2 m DNA içerir
5-10 mm çapındaki çekirdeğe
nasıl sığmaktadır?
 Packaging DNA
Histone
octomer

Histone proteins

B DNA Helix 2 nm
 Packaging DNA
Histone
octomer

Histone proteins

B DNA Helix 2 nm
 Packaging DNA
11 nm Histone
octomer

Histone proteins
Nucleosome
B DNA Helix 2 nm
Packaging DNA
Histone H1
DNA Paketlenmesi

Histone H1
 DNA Paketlenmesi
“Beads on 11 nm
a string”

30 nm Looped
Tight helical 200 nm Domains
fiber

Protein scaffold
 DNA Paketlenmesi
11 nm
Nucleosomes
Metaphase
Chromosome
30 nm 700 nm
Tight helical fiber 200 nm Looped Domains

2 nm
Protein scaffold
B DNA Helix
Bir ökaryotik
kromozomda
DNA’nın katlanma
modeli