A legdinamikusabban az Erdélyi fejedelemség fejlődött.
Szapolyai János fia János Zsigmond csecsemőként kerül a trónra. Nagykorúságáig édesanya Izabella királyné és gyámja György barát- Fráter György- kormányozta az Erdélyi fejedelemséget. 1570- ben János Zsigmond a Habsburgokkal megegyezik és lemond a királyi címről, de Erdély uralkodója marad. A megegyezés után meghal és Báthori István lesz az Erdély fejedelme. Tudta, hogy egyedül nem győzhet a török ellen, ezért a lengyelekkel szövetséget köt és elveszi a király özvegyét és így elnyerte a lengyel trónt is. Erdély nem teljesen önálló. Belső ügyekben maga dönthet, de éves adót kell fizetnie a töröknek és a török beleegyezése nélkül nem választhat új fejedelmet.
Bocskai István
A 16-17 században a törökök és Habsburgok között megint nagy háború dúlt.
A háború költségeihez úgy szereztek pénzt, hogy a Magyar királyságban pereket a főurak ellen. A vád felségárulás volt. A vádak alaptalanok voltak az ítélet lefejezés és birtokaikat elvették. Sokan elmenekültek a vádak elől . A bujdosók között voltak akiket a hitük miatt üldözték, elbocsátott végvári katonák és pénz nélkül maradt hajdúk Bocskai István az élükre állt, akit szintén megvádoltak. Bocskai számíthatott a hajdúkra az uralkodó elleni harcban. Kezére került É- Magyarország és Erdély. Megválasztják Erdély fejedelmévé Kassa lesz a székhelye. Tisztában van, hogy gyenge serege és nem tudja legyőzni a Habsburgokat és a törököket sem. 1606-ban a Habsburgokkal békét kötött. Tudta, hogy a hajdúk békeidőben veszélyesek, mert a megélhetésért fosztogatnak is. Ezért letelepíti őket földet adományozott nekik. A földesúri szolgálat alól is felmentette és megengedte, hogy protestáns vallásikat kövessék, de ezért cserébe a ha háború esetén katonának kellett állniuk és a fejedelmet szolgálni. Így alakultak ki a hajdúvárosok.