lOMoARcPSD|10858968

CSI Samenvatting

CSI rechtbankzitting (Hogeschool Inholland)

StudeerSnel wordt niet gesponsord of ondersteund door een hogeschool of universiteit

Gedownload door Mariam Hajji Abdulsalam (mariamhajji94@gmail.com)
 lOMoARcPSD|10858968

Rechtszitting
Leerdoelen:
Het principe van gebruikte methodes uit te Kennis, inzicht en x x
leggen: toepassen

· DNA te beschrijven: opbouw,

samenstelling en onderdelen van het genoom
(bv. STR’s, genen, allelen)

· Totstandkoming van een profiel uit te

leggen (PCR uitleggen, componenten
daarvan en met name de specifieke primers)

· Opbouw van een profiel uit te leggen (bv.

assen, getallen bij pieken, hoogte en plaats
van pieken in het profiel)

· Primerkeuze in relatie tot de grootte van

een PCR fragment uit te leggen

· SGM-plus (samenstelling en gebruik,

namen pieken verklaren)

· Capillaire elektroforese uitleggen

· Doel van gebruik van kleurenlabels uit te

leggen
Adequate bewerkingen toe te passen op Toepassen x x
meetresultaten

· Aan de hand van de getallen uit een

profiel een statistische berekening kunnen
opstellen
1 Gevonden resultaten in te schatten op Kennis en inzicht x
betrouwbaarheid

· Uit te leggen wat een frequentietabel is en

de totstandkoming

· Het verschil tussen SGM-plus en CODIS

Gedownload door Mariam Hajji Abdulsalam (mariamhajji94@gmail.com)

 lOMoARcPSD|10858968

uit te leggen

· Statistische verantwoording af te leggen

Adequate conclusies te trekken uit Inzicht x x
2 experimentele resultaten; Relatie te leggen
tussen de berekende kans en daderschap

DNA te beschrijven: opbouw, samenstelling en onderdelen van het

genoom (bv. STR’s, genen, allelen)
DNA bestaat uit een dubbele streng bestaande uit vele aan elkaar gekoppelde nucleotide.
Nucleotiden zijn de bouwstenen waaruit DNA- en RNA-moleculen zijn opgebouwd. De
erfelijke informatie ligt in de volgorde, oftewel sequentie, van de nucleotiden in die
moleculen. Een nucleotide bestaat uit een fosfaatgroep een desoxyribose groep en een
stikstof groep. De stikstof groepen kunnen vervolgens weer verdeeld worden in 4 soorten;
adenine (A), guanine (G), thymine (T), cytosine (C) (en uracil (U) voor RNA). DNA-
nucleotiden komen alleen A, C, G en T voor. RNA bevat U in plaats van T. De stikstofbasen
kunnen niet willekeurig binden dit hangt af van 2 eigenschappen; vorm en
waterstofbruggen.
Vorm
● Adenine en guanine zijn grote moleculen. Thymine en cytosine zijn kleine moleculen.
Waterstofbruggen
● Adenine en thymine kunnen ieder 2 waterstofbruggen met elkaar vormen.
● Guanine en cytosine kunnen ieder 3 waterstofbruggen met elkaar vormen.

Deze twee zorgen ervoor dat er alleen bindingen mogelijk zijn tussen A/T en C/G

DNA is negatief geladen: DNA-backbone is negatief geladen door fosfaat; fosfaatgroepen

DNA bestaat uit 3 bestandsdelen:

1. Suikers (ribose)
2. Fosfaat De fosfaat groep wordt ook wel de backbone genoemd bij nucleotide
3. Basen (de nucleotides , A T C G)
Nucleoside: base+ suiker
Nucleotide: fosfaat+ nucleoside

Onderdelen van het genoom

Gedownload door Mariam Hajji Abdulsalam (mariamhajji94@gmail.com)

 lOMoARcPSD|10858968

Genoom: alle genen in de chromosomen van een organisme (Al het DNA in de cel)

Een gen is wat het genotype bepaald van een organisme (hoe het eruit ziet/wat het
kan volgens de genen).
Genen zijn bepalend voor de erfelijke eigenschappen
Genen zijn in essentie volgordes van baseparen die kunnen worden vertaald tot
eiwitten. Genen coderen voor één of meerdere verschillende eiwitten.

Allel: Gen dat in verschillende vormen kan voorkomen. (oogkleur) één van je vader
en één van de moeder je kan bijv homozygoot (bruin) of heterozygoot (bruin en
groen) eigenschap voor oogkleur hebben.

STR
Short tandem repeats: Een short tandem repeat is een serie herhalingen van korte
stukjes nucleotidenvolgorde in het DNA. Het herhaalde stukje DNA bestaat uit twee tot vijf
nucleotiden (meestal zijn het er vier tho). Als je bijvoorbeeld kijkt naar deze DNA-sequentie:
GTTAC GTTAC GTTAC GTTAC, dan zie je dat het herhaalde stukje DNA (GTTAC) uit vijf
nucleotiden bestaat. Met de wetenschap dat STR’s voor ieder individu op dezelfde locaties
liggen (loci), maar ook de wetenschap dat de hoeveelheid STR’s per individu verschillen- kan
door het vergelijken van de hoeveelheid STR’s op verschillende locaties bepaald worden
wiens DNA het meest overeenkomt met bijv. bewijsmateriaal.

Het DNA waar STR zich bevindt is niet coderend DNA, intronen zijn niet-coderend DNA,
Ongeveer drie procent van het menselijk genoom bestaat uit short tandem repeats.

Totstandkoming van een profiel uit te leggen (PCR

uitleggen, componenten daarvan en met name
de specifieke primers)
PCR: polymerase chain reaction

Polymare Chain Reaction

Polymerase Chain Reaction (PCR) is een techniek waarmee een kleine hoeveelheid van een
specifieke nucleotidenvolgorde een groot aantal keren geamplificeerd wordt via kunstmatige
DNA-replicatie. Dankzij de PCR-techniek is het mogelijk om een monster met een kleine
hoeveelheid DNA analyseren.

Uitvoering
Het apparaat is instaat heel nauwkeurig de tempratuur te reguleren en voert de volgende
drie stappen meerdere malen uit:
Denaturatie fase 90-95°C
⮚ Het verwarmen van DNA waardoor elke dubbele streng DNA zich splitst in twee enkele
strengen.
⮚ De waterstofbruggen die de complementaire strengen ‘bij elkaar houden’ zijn veel
zwakker dan de covalente bindingen tussen de nucleotiden binnen een keten. Het

Gedownload door Mariam Hajji Abdulsalam (mariamhajji94@gmail.com)

 lOMoARcPSD|10858968

verhitten verbreekt de waterstofbinding waardoor de dubbele streng uit elkaar gaat terwijl
de covalente bindingen onaangetast blijven.
Hybridisatie/Annealing fase (Tempratuur afhankelijk van Primer)
⮚ De temperatuur wordt verlaagd naar een bepaalde tempratuur waarbij de forward en
reverse primers (zie 3.4.1 Primers) het best in staat zijn zich aan hun complementaire
deel van enkelstrengs DNA te binden. Primers zijn kleine stukken DNA die
complementair zijn aan een bepaalde volgorde op enkelstrengs DNA en zich daaraan
zullen binden (zie Figuur 2).
⮚ Tijdens de annealing fase wil je dus dat de primers correct hechten aan het DNA-
template. Dit tempratuur is de ‘primers smeltpunt – 5°C’. Voor het berekenen van een
primers smeltpunt wordt de volgende vuistregel gebruikt:
o GC-AT vuistregel: Tel alle G/C s en alle A/Ts in de primer.
▪ Elke G of C geeft 4°C (3 waterstofbrugen sterker)
▪ Elke A of T geeft 2°C (2 waterstofbruggen iets zwakker)
▪ Tel deze temperaturen bij elkaar op en je hebt de smelttemperatuur van je
primer.
o Dit wordt voer je apart uit voor de Reverse primer en Forward primer.

DNA bouwt van 5’ naar 3’. Let hierbij op waar de 5’ is!!!!!!!!!

Elongatie fase (~72°C)
⮚ Nadat de primers zich hebben gehecht aan hun complementaire deel zal de PCR-
apparaat de tempratuur aanpassen naar de tempratuur waarbij taq-polymerase (zie
3.4.3 Taq-polymerase) het meest optimaal het DNA kan verlengen. Taq-polymerase is
een enzym die de primers kan verlengen met behulp van losse nucleotiden en ook nog
eens de hoge tempraturen te overleven binnen een PCR-apparaat.
⮚ Taq-polymerase heeft naast een optimaal tempratuur, ook een bepaalde tijd nodig waarin
het werkt. Taq-polymerase is namelijk instaat 1000 base paren per minuut te bouwen.
Maar zoveel heb je niet altijd nodig:
o De vuistregel hierbij is dat Taq-polymerase 1000bp/min + 10 seconden voor het
uitvoeren in de PCR.
o In een eerder uitgevoerde experiment op het lab, moesten wij bijvoorbeeld 117
baseparen hebben als product. Met de wetenschap dat Taq 1000 baseparen per
60 seconden synthetiseert—>
▪ Taq doet 7 seconden over 117 baseparen. Tel hier 10 seconden bij op en
je weet dat de benodigde tijd bij de Elongatie fase 17 secondes is.

Gedownload door Mariam Hajji Abdulsalam (mariamhajji94@gmail.com)

 lOMoARcPSD|10858968

Overview PCR

Dubbel
Dubbel strengs
strengs Primers
Primers binden
binden aan
aan Taq-polymerase
Taq-polymerase verlengt
verlengt
DNAwordt
DNAwordt enkelstrengs
enkelstrengs complementair deel DNA
complementair deel DNA
DNA
DNA

Dubbel strengs DNA

Hybridisatie/Anneali
Denaturatie Elongatie
ng fase
fase fase
Figuur 2 Schematische weergave van de stappen zoals die gebeuren binnen een PCR-apparaat. Tijdens de
denaturatie fase verwarmt de PCR waardoor elke dubbele streng DNA zich splitst in twee enkele strengen.
Tijdens de hybridisatie/Annealing fase verlaagd de tempratuur naar een bepaalde tempratuur waarbij de forward
en reverse primers het best in staat zijn zich aan hun complementaire deel van enkelstrengs DNA te binden.
Tijdens de elongatie fase veranderd de tempratuur naar de tempratuur waarbij taq-polymerase het DNA kan
verlengen.

Begrippen met betrekking tot PCR

Primers
Een primer is een klein stukje DNA of RNA dat gebruikt wordt als startpunt van
de polymerasekettingreactie. Een primer is complementair aan het stuk DNA waar het aan
moet binden (zie onderstaande figuur). Er zijn steeds twee primers nodig, één voor de
coding-streng en één voor de template-streng. Deze worden de forward (bind aan 3’-5’
template streng DNA) en de reverse primer (bind aan 5’-3’ coding streng DNA) genoemd.

1) Goede PCR-primers zijn 20-30 nucleotiden lang

a. Hoe specifieker (langer dus) de primer, hoe minder de kans is dat de primer
op een verkeerde locatie bindt.
b. Keep in mind tho, de langer een primer is, is de kans ook aanwezig dat het
accidentaly aan zichzelf gaat plakken (primer dimer) (doordat de kans groter

Gedownload door Mariam Hajji Abdulsalam (mariamhajji94@gmail.com)

 lOMoARcPSD|10858968

is dat er complementaire delen aanwezig zijn). Echter, de kans hiertoe is

minimum (maar dus wel aanwezig).
2) Goede PCR-primers bestaan voor 35-65% uit G’s en C’s
a. Bereik je makkelijk een hoge tempratuur en zit je ook bij de benodigde lengte
3) Eindigen het liefst op een GC combinatie aan de 3’ kant
a. Kans bestaat dat delen die eindigen met AT los gaan door de hoge tempratuur
i. Gaan ze flapperen en dat is niet goed voor het product
ii. Als je het nog steeds niet snapt vraag het aan Risheet,
1. Het lukt me even niet lekker te verwoorden
4) Primers mogen geen delen bevatten die complementair zijn aan zichzelf
a. Als het goed is ben je nu wel bekend met wat een primer dimer is. Als er
teveel delen zijn die mogelijk met elkaar kunnen binden, gaat het niet goed
komen.
b. Hairpin kan optreden (primer klapt dubbel en bind aan zichzelf)
5) Reverse en Forward Primer mogen geen delen bevatten die complementair zijn aan
elkaar
a. Moet ook voor zich spreken, als dit wel het geval is zullen ze binden aan
zichzelf.
Taq-polymerase
Taq-polymerase is afkomstig van bacterie Thermus aquaticus, een bacterie die dat leeft in
hete bronnen en dus in het bezit van enzymen die bij zeer hoge temperaturen werkzaam
zijn, zodat het enzym de (herhalende) denaturatie stappen in bovenstaand proces overleeft
en vervolgens zijn (DNA verlengende) werk kan doen. Taq is een enzym, optimum
temperatuur van taq is ~72°C graden. Het polymerase enzym in het menselijk lichaam heeft
een optimum temperatuur van 37 graden. Die gaat compleet stuk tijdens denaturatie fase en
kan dus niet gebruikt worden in een PCR.

Een DNA-profiel is de unieke set van genetische merkers van een individu. Een genetische
merker is een stuk DNA-sequentie dat binnen een populatie varieert. Bij het maken van
DNA-profielen van mensen wordt als genetische marker de variatie in de lengte van short
tandem repeats (STR’s) gebruikt.
Primerkeuze

Een primer is een klein stukje DNA of RNA dat gebruikt wordt als startpunt van de
polymerasekettingreactie (PCR, polymerase chain reaction). Er zijn steeds twee primers
nodig, één voor de coding-streng en één voor de template-streng. Deze worden de forward
en de reverse primer genoemd.

De beste primer voor een PCR is een korte streng, waarvan de sequentie alleen
overeenkomt met het stuk DNA voor het DNA-fragment (vaak een gen/exon) en na het DNA-
fragment dat men wil dupliceren. Is dit namelijk niet het geval, dan zal de primer op
meerdere plaatsen binden aan het DNA en dus stukken gaan dupliceren die niet gewenst
zijn.

Vanaf de primer wordt het DNA richting 3' gebouwd en richting 5' gekopieerd.
Een primer mag geen homoloog stukje groter dan 3 baseparen bevatten, omdat anders de
primer tijdens de periode van paring kan dubbelvouwen en zo een dubbele streng
met zichzelf kan maken, waardoor de primer niet aan de te repliceren DNA-streng gaat
zitten. Ook mogen de twee primers geen homoloog stukje bevatten, omdat anders de twee
primers met elkaar hybridiseren.

Gedownload door Mariam Hajji Abdulsalam (mariamhajji94@gmail.com)

 lOMoARcPSD|10858968

Opbouw van een profiel uit te leggen (bv. assen,

getallen bij pieken, hoogte en plaats van pieken in
het profiel)
Opbouw DNA-profiel
DNA kenmerken op een loci worden weergegeven als pieken. De hoogte en breedte van een
piek weerspiegelt in welke mate -in welke hoeveelheid- het DNA-kenmerk aanwezig is. Elke
loci kan één of twee pieken hebben bijvoorbeeld 17 en 18 (17/18). Dit betekent dat deze
persoon op het ene DNA-molecuul voor dit locus DNA- kenmerk 17 heeft en op het andere
DNA-molecuul DNA-kenmerk 18. wanneer er één piek zichtbaar is, bijvoorbeeld 15 (15/15).
Deze persoon heeft hier op beide DNA-moleculen het DNA-kenmerk 15. Deze piek is
ongeveer twee keer zo groot als de twee pieken die verkregen zouden zijn wanneer dit locus
twee verschillende DNA-kenmerken zou hebben. Daarnaast is er nog een kenmerk dat
aangeeft of de persoon een man of een vrouw is. Bij een man geeft dat kenmerk twee
pieken, weergegeven als X en Y. Bij een vrouw is er op deze plaats één piek, weergegeven.

locus chromosoom
D19S433 19
FGA 4
D8S1179 8
HUMTHO1 11
VWA 12
D18S51 18
D21S11 21
Amelogenine X en Y-chromosoom; dit allel is op het
X-chromosoom 6 basenparen korter
dan op het Y-chromosoom.
D2S1338 2
D16S539 16

Gedownload door Mariam Hajji Abdulsalam (mariamhajji94@gmail.com)

 lOMoARcPSD|10858968

Gedownload door Mariam Hajji Abdulsalam (mariamhajji94@gmail.com)

 lOMoARcPSD|10858968

Frequentietabel

Van elk paar chromosomen is één DNA-molecuul geërfd via de vader en één via de moeder.
Een persoon kan dus ten aanzien van locus D2S1338 maximaal twee verschillende DNA-
kenmerken bezitten.
Neem bijvoorbeeld DNA-kenmerken 17 en 18. Bij bevruchting kunnen er 4 combinaties
gevormd worden:
· 17/17
· 17/18
· 18/17
· 18/18

Stel nu dat bij een persoon DNA-kenmerken 17 en 18 waarneembaar zijn. DNA-kenmerk 17

komt in de bevolkingsgroep voor met een frequentie van 0,203 (20,3% (ofwel 1 op de 4,9)).
DNA-kenmerk 18 komt voor met een frequentie van 0,076 (7,6% (ofwel 1 op 13,2)).
De kans dat een persoon DNA-kenmerk 17 en 18 bezit is dan als volgt te berekenen. Eerst
vermenigvuldig je de frequenties van beide DNA-kenmerken: 0,203 (20,3%) x 0,076 (7,6%) =
0,015 (1,5%).
Omdat er voor DNA-kenmerk 17 en 18 in totaal twee mogelijkheden zijn: 17/18 en 18/17
(kenmerk 17 is van de vader geërfd en kenmerk 18 van de moeder, of andersom: kenmerk
18 is van de moeder geërfd en kenmerk 17 van de vader) is een vermenigvuldiging met een
factor twee nodig.

Gedownload door Mariam Hajji Abdulsalam (mariamhajji94@gmail.com)

 lOMoARcPSD|10858968

SGM-plus (samenstelling en gebruik, namen pieken

verklaren)
SGM-plus
SGM-plus staat voor second generation multiplex plus. Het is een DNA- profileringsysteem
en wordt al sinds 1998 gebruikt. Voor dit Multiplex systeem worden alle loci van het SGM-
systeem geanalyseerd. Loci is meervoud voor locus en is een vaste plaats waar een gen of
een reeks nucleotiden op een chromosoom bindt. Met deze multiplex PCR-techniek kunnen
er 10 merkers op verschillende chromosomen en één geslacht specifieke DNA-merker
worden vermenigvuldigd en geanalyseerd. Dit geslacht specifieke DNA-merker kan het
geslacht van de DNA-donor bepalen

De SGM plus DNA-fingerprint

Multiplex techniek
Van 1996 tot eind 1999 gebruikten de Europese laboratoria een multiplex PCR techniek,
waarmee in één keer zes merkers op verschillende chromosomen en
één seksspecifieke DNA-merker worden vermenigvuldigd en geanalyseerd. (Met deze
laatste merker kan het geslacht van de DNA-donor worden achterhaald). De kans dat een
willekeurig, onschuldig individu met deze methode eenzelfde DNA-profiel vertoont als het
achtergelaten spoor is kleiner dan één op een miljoen. Eind 1999 is binnen Europa het SGM
Plus multiplex PCR systeem geïntroduceerd. Met dit multiplex systeem worden vier nieuwe
DNA-merkers aan het systeem toegevoegd. Daarmee is de identificatie quasi zeker
geworden. Het meest voorkomende SGM Plus Profiel heeft een frequentie van minder dan
één op twee miljard.

De ´SGM plus´ DNA fingerprint wordt verkregen door de volgende stappen:

● Isoleren van het DNA

● Amplificeren van het DNA
● Scheiden van het DNA
● Het detecteren van het DNA
● Het aflezen van een electropherogram
Deze stappen worden hieronder uitgebreid uitgelegd.

Isoleren van DNA

Men begint met het opsporen van het erfelijke materiaal dat men nodig heeft. Hierbij kan
gedacht worden aan haren, bloed, speeksel, sperma of huidschilfers op de plaats van het
delict. Daarna wordt het DNA geïsoleerd. Dit kan men op verschillende manieren uitvoeren,
men kan bijvoorbeeld chemische stoffen gebruiken of de celkern onder druk zetten waardoor
het DNA eruit komt.

Amplificeren van DNA met multiplex PCR

DNA vertoont nauwelijks natuurlijke fluorescentie, daarom is het nodig het DNA fluorescent
te labelen. Dit doet men met de Multiplex-PCR methode. Dit is een PCR methode waarbij
meerdere stukjes DNA gelijktijdig gekopieerd worden. Elke kopie wordt geïnitieerd met
primers die toegevoegd worden aan de reactie en die elk gekoppeld zijn aan een
fluorescente merker. Op die manier is na de multiplex PCR-reactie elk relevant DNA-
fragment geamplificeerd en fluorescent gemerkt. Voor de primers van de 11 verschillende
merkers zijn 3 verschillende fluorescente labels beschikbaar. De kleuren die hier voor
worden gebruikt zijn blauw, groen en geel.

Gedownload door Mariam Hajji Abdulsalam (mariamhajji94@gmail.com)

 lOMoARcPSD|10858968

Knippen van DNA

Omdat dit een verouderde methode is, wordt deze bij het SGM plus profiel niet meer
gebruikt.

Scheiden op grootte met capillaire electroforese

Daarna worden de stukjes gescheiden met capillaire electroforese.
Bij capillaire electroforese(CE) wordt een monster pneumatisch of electrokinetisch in een
capillair gebracht, hierna wordt er een spanning tot maximaal 30 kV over het capillair gezet
waardoor de diverse componenten worden gescheiden. Als monster is minimaal circa 15
microliter benodigd, hiervan wordt een klein deel in het capillair gebracht (bij eiwitten is een
concentratie van 0,1 microgram per microliter meestal voldoende bij UV-detectie).

Als er UV detectie wordt gebruikt noemt men dit een CE-LIF

(capillaire electroforese laser introduced fluorescent detector)

Electropherogrammen
De verkregen data wordt door de computer geanalyseerd en het resultaat is het DNA-profiel.
Deze kan weergegeven worden in een soort grafiek, die een electropherogram wordt
genoemd.

Gel view
De verkregen data kan ook op een andere manier weergegeven worden, namelijk met
de gelview van het SGM plus systeem. Deze “gelview” van het SGM Plus systeem is
verkregen door de automatische sequencer. Voor de primers van de 11verschillende merkers
zijn drie verschillende fluorescentie labels beschikbaar (blauw, groen en geel). De vierde
kleur (rood) is gereserveerd voor de internal lane standaard. Deze standaard met DNA-
fragmenten van een bekende lengte loopt met elk te onderzoeken monster op de gel mee.
Door interpolatie worden lengtes van de PCR-fragmenten berekend. Uit de verkregen lengte
volgt het aantal merkers in het fragment. De primers van de loci die een overlappende
fragmentlengte bezitten, dragen een verschillende kleur label, waardoor de PCR-fragmenten
ondubbelzinnig voor het betreffende locus worden herkend

· Capillaire elektroforese uitleggen

Capillaire elektroforese (CE) is de gezamenlijke naam van een aantal analytisch-chemische
scheidingstechnieken waarbij geladen deeltjes (ionen) migreren onder invloed van een
elektrisch veld dat door een capillair geleid wordt. In 1830 liet Arnes Tiselius de
mogelijkheden van elektroforese zien door middel van een experiment waarbij de scheiding
van eiwitten in een oplossing werd tentoongesteld. Dit liet niet heel veel indruk achter tot dat
James W. Jorgensen en Krynn D. Luckacs een verslag hadden geschreven over het gebruik
van een capillair bij elektroforese. Capillaire elektroforese werkte toen nog niet optimaal,
maar de efficiëntie van het scheidingsvermogen van het capillair zorgde ervoor dat er meer
onderzoek kwam naar de techniek1. Bij capillaire elektroforese worden de geladen deeltjes
gescheiden op basis van hun elektroforetische mobiliteit2. Capillaire elektroforese is een
alternatief voor gelelektroforese, maar het voordeel van deze variant is dat de capillairen
zeer klein zijn waardoor monsters met een klein volume van zelfs een picoliter gescheiden
kunnen worden (Lingeman).
Als eerst vindt er monsteropname plaats. Het capillair wordt hierbij in het monster geplaats,
waardoor door middel van capillaire werking de vloeistof uit het monster wordt opgenomen.
Dit is weergegeven in Figuur 1.

Gedownload door Mariam Hajji Abdulsalam (mariamhajji94@gmail.com)

 lOMoARcPSD|10858968

FIGUUR 1 MONSTEROPNAME
HET CAPILLAIR DAT ZICH IN HET VAT MET HET
MONSTER BEVINDT, NEEMT VLOEISTOF OP DOOR MIDDEL VAN CAPILLAIRE WERKING.
Het capillair wordt daarna in het vaatje waar de bron zich bevindt, teruggeplaatst en dan
wordt het capillair onder stroom gezet. Door het grote potentiaalverschil gaan de ionen
migreren. Hoe hoger het deeltje geladen is, hoe sneller het deeltje migreert (Wielders, 2000).
In figuur 2 is de standaardopstelling bij capillaire elektroforese te zien. Deze opstelling wordt
gebruikt voor de scheiding die plaats vindt als het capillair onder stroom staat.

FIGUUR 2 STANDAARDOPSTELLING VOOR CAPILLAIRE

ELEKTROFORESE
HET VAATJE WAAR DE BRON ZICH BEVINDT, WORDT ONDER STROOM GEZET WAARDOOR DE
VLOEISTOF IN HET CAPILLAIR GESCHEIDEN WORDT DOOR MIDDEL VAN POTENTIAALVERSCHIL. DE
DETECTOR DIE ZICH AAN HET EIND VAN HET CAPILLAIR BEVINDT, GEEFT EEN RESPONS ALS ER EEN
DEELTJE PASSEERT VAN HET TE SCHEIDEN MENGSEL.
Bij capillaire elektroforese was de gevoeligheid van de detectie altijd beperkt doordat er
vaak alleen gebruik werd gemaakt van UV-Vis-detectoren. Het probleem zat in de zeer kleine
lichtweg die werd veroorzaakt door de kleine diameter van het capillair. De laatste jaren is
onderzoek binnen de capillaire elektroforese vooral gericht op het vergroten van de
gevoeligheid van de detector (H.A.M Voorbij, 2000).

Capillaire elektroforese is de meest gebruikte techniek binnen forensisch onderzoek om een

DNA-profiel te maken. De CE zorgt voor de scheiding van het DNA dat tijdens PCR is
geamplificeerd, doordat het DNA naar de positieve pool zal migreren door zijn negatieve
lading. Hoe korter het DNA-fragment, hoe langzamer het door het capillair beweegt3. Elk
fragment kan gedetecteerd worden doordat de 5’ van het DNA gefluoresceerd wordt tijdens
PCR. Hier zal dieper op in worden gegaan in het hoofdstuk over het gebruik van
kleurenlabels.

Om de gedetecteerde DNA-fragmenten te registreren, moet er UV-detectie plaats vinden. De

detector bestaat hierdoor uit een deuteriumlamp met filter. Een bundel Uv-licht van gewenste
golflengte wordt naar het capillair geleid waar de hoeveelheid doorgelaten licht met een foto-
elektrische cel gemeten wordt (Wielders, 2000). Door het CE-apparaat aan een computer te
koppelen kunnen de signalen van de detector omgezet worden in pieken en dalen waardoor
er als het ware een DNA-profiel tot stand komt.

Gedownload door Mariam Hajji Abdulsalam (mariamhajji94@gmail.com)

 lOMoARcPSD|10858968

· Doel van gebruik van kleurenlabels uit te leggen

DNA fluoresceert niet van zichzelf, daarom is het nodig om DNA te labelen met kleurenlabels
om voor fluorescentie te zorgen. Het labelen gebeurt via Multiplex-PCR. Meerdere stukjes
DNA worden gelijktijdig gekopieerd door middel van specifieke primers waar een
fluorescente marker aan gekoppeld is. Op deze manier wordt elk DNA-fragment van
interesse geamplificeerd en fluorescent gelabeld1.
In de reactie die nodig is voor PCR zijn naast deoxynucleotiden (dNTP’s) ook
dideoxynucleotiden (ddNTP’s) aanwezig. Dideoxynucleotiden zijn deoxynucleotiden zonder
hydroxylgroep op het derde koolstofatoom2. Normaal gesproken bindt de fosfaatgroep van
een nucleotide tijdens PCR aan de hydroxylgroep van het laatst gebonden nucleotide, maar
door toevoeging van dideoxynucleotiden aan de reactie zal door de afwezigheid van de
hydroxylgroep de DNA-synthese stoppen. De truc van het gebruik van kleurenlabels is het
toevoegen van een kleurenlabel aan de dideoxynucleotide3. Hierdoor zullen de DNA-
fragmenten zichtbaar zijn tijdens gelelektroforese, waar de DNA-fragmenten worden
gescheiden.
Er zijn vier verschillende soorten ddNTP’s: ddATP, ddGTP, ddCTP en ddTTP. De eerste letter
van de ddNTP staat voor het basepaar waar hij aan gekoppeld wordt. Elk hebben ze een
eigen fluorescente kleur. Een basepaar kan hierdoor worden geïdentificeerd doordat de kleur
van de label een basepaar representeert (zie tabel 1). Zwart staat voor guanine, blauw voor
cytosine, rood voor thymine en groen voor adenine. Wanner het DNA tijdens elektroforese
wordt gescheiden, fluoresceren de kleurenlabels onder UV licht. Om achter de sequentie van
het DNA te komen, wordt er een machine gebruikt die de kleuren op de gel runt en
lokaliseert4. Een computer leest de volgorde van de kleurcode en zet dit om in piekjes. Elk
piekje representeert een basepaar. Hierdoor kan de sequentie van het DNA afgelezen
worden.

Kleur op gel Basepaar Gebruikte kleurenlabel

Adenine ddATP

Thymine ddTTP

Cytosine ddCTP

Guanine ddGTP

1
2

3
4

Gedownload door Mariam Hajji Abdulsalam (mariamhajji94@gmail.com)

 lOMoARcPSD|10858968

Tabel 1 Lijst van kleurenlabels met hun bijhorende fluorescerende kleur en het basepaar waar ze aan
gekoppeld zijn

Adequate bewerkingen toe te passen op

meetresultaten
?????
Kansberekening
Het houdt in:
Deel van het werk van DNA analyse is bepalen hoe groot de kans is dat een ander individu
hetzelfde DNA-profiel heeft. De berekening is gebaseerd op bekende allelen op loci van een
individu. Die allelen worden vergeleken met een lijst van algemeen voorkomende allelen
binnen een populatie.
Hier is een landelijke lijst met hoeveel % de allelen per loci voorkomt binnen de populatie:

Gedownload door Mariam Hajji Abdulsalam (mariamhajji94@gmail.com)

 lOMoARcPSD|10858968

● Voor heterozygoot wordt de hoeveelheid van de locus met elkaar vermenigvuldigt en

vervolgens nog * 2.
o P(robability) = 2pq
● Voor homozygoot wordt de hoeveelheid van de locus gekwadrateerd
o P = p2
● Uiteindelijk worden alle loci met elkaar vermenigvuldigt
o Profile Probability = (P1) (P2) ... (Pn)
● De probability kan een extreem laag getal zijn wanneer alle 10 loci worden
vermenigvuldigt. In een voorbeeld had iemand een probability van 1.3 x 10-16 en dit
geeft een kans van 1 op 7,7 miljoen biljoen dat iemand hetzelfde profiel heeft.

Voorbeeld met 6 Loci’s voor een man uit België:

Loci STR’s
D3 11,13

Gedownload door Mariam Hajji Abdulsalam (mariamhajji94@gmail.com)

 lOMoARcPSD|10858968

vWA 17,19
FGA 20
D5 8,13
D13 9,12
D7 11,13

1. Zoek in de tabel hierboven de waardes die bij iedere allel horen:

a. D3:
i. 11 = 0.002 = 0.2% vd populatie heeft deze STR ook
ii. 13 = 0.007 = 0.7% vd populatie heeft deze STR ook
b. vWA:
i. 17 = 0.291 = 29.1% vd populatie heeft deze STR ook
ii. 19 = 0.014 = 1.4% vd populatie heeft deze STR ook
c. FGA:
i. 20 = 0.133 = 13.3% vd populatie heeft deze STR ook
ii. 20 = 0.133 = 13.3% vd populatie heeft deze STR ook
d. D5:
i. 8 = 0.002 = 0.2% vd populatie heeft deze STR ook
ii. 13 = 0.162 = 16.2% vd populatie heeft deze STR ook
e. D13:
i. 9 = 0.092 = 9.2% vd populatie heeft deze STR ook
ii. 12 = 0.108 = 10.8% vd populatie heeft deze STR ook
f. D7:
i. 11 = 0.209 = 20.9% vd populatie heeft deze STR ook
ii. 13 = 0.041 = 4.1% vd populatie heeft deze STR ook
2. Vermenigvuldig de waardes met elkaar:
a. D3 * vWA * FGA * D5 * D13 * D7
i. (2* 0.002 * 0.007) * (2* 0.291 * 0.014) * (0.133 * 0.133) * (2* 0.002 *
0.162)
* (2* 0.092 * 0.108) * (2* 0.209 * 0.041) =
Kans dat iemand de zelfde combinatie STR’s heeft binnen de
populatie
ii. 8.9 *10-16 * 100 = 8.9 * 10-14% dat iemand hetzelfde heeft
iii. 1 / 8.9 *10-16 = kans dat iemand dezelfde STR’s heeft
1 op 1.12 x 1015

Verschil SGM-plus & CODIS

Het Combined DNA Index System ( CODIS ) is de nationale DNA-database

van de Verenigde Staten, gemaakt en onderhouden door het Federal Bureau of
Investigation . CODIS bestaat uit drie informatieniveaus; Local DNA Index Systems
(LDIS) waar DNA-profielen vandaan komen, State DNA Index Systems (SDIS)
waarmee laboratoria binnen staten informatie kunnen delen, en het National DNA
Index System (NDIS) waarmee staten DNA-informatie met elkaar kunnen vergelijken.
De CODIS-software bevat meerdere verschillende databases, afhankelijk van het

Gedownload door Mariam Hajji Abdulsalam (mariamhajji94@gmail.com)

 lOMoARcPSD|10858968

type informatie waarnaar wordt gezocht. Voorbeelden van deze databases zijn onder
meer vermiste personen, veroordeelde daders en forensische monsters die zijn
verzameld van plaats delict. Elke staat en het federale systeem heeft verschillende
wetten voor het verzamelen, uploaden en analyseren van informatie in hun
database. Om privacyredenen bevat de CODIS-database echter geen persoonlijk
identificeerbare informatie, zoals de naam die aan het DNA-profiel is gekoppeld. Het
uploadbureau wordt op de hoogte gebracht van eventuele hits op hun monsters en is
belast met de verspreiding van persoonlijke informatie overeenkomstig hun wetten.

Vóór 1 januari 2017 vereiste het nationale CODIS-niveau dat bekende daderprofielen
een set van 13 loci hadden, de "CODIS-kern". Sindsdien is de behoefte uitgebreid
met zeven extra loci. Gedeeltelijke profielen zijn ook toegestaan in CODIS in
afzonderlijke indexen en komen vaak voor in monsters van plaats delict die zijn
aangetast of mengsels zijn van meerdere individuen. Het uploaden van deze
profielen naar het nationale CODIS-niveau vereist dat ten minste acht van de
kernloci aanwezig zijn, evenals een profiel zeldzaamheid van 1 op 10 miljoen
(berekend met behulp van bevolkingsstatistieken).
Loci die binnen een gen vallen, zijn vernoemd naar het gen. Bijvoorbeeld TPOX is
genoemd naar het humane t hyroid p er ox idase gen. [15] Loci die niet binnen genen
vallen, krijgen een standaard naamgevingsschema voor uniformiteit. Deze loci heten
D + het chromosoom waar de locus op staat + S + de volgorde waarin de locatie op
dat chromosoom werd beschreven. D3S1358 bevindt zich bijvoorbeeld op het derde
chromosoom en is de 1358e locatie die wordt beschreven. [16] De CODIS-kern wordt
hieronder vermeld; loci met sterretjes zijn de nieuwe kern en werden in januari 2017
aan de lijst toegevoegd.

● CSF1PO
● D3S1358
● D5S818
● D7S820
● D8S1179
● D13S317
● D16S539
● D18S51
● D21S11
● FGA
● TH01
● TPOX
● vWA
● D1S1656 *
● D2S441 *
● D2S1338 *
● D10S1248 *
● D12S391 *
● D19S433 *
● D22S1045 *

Gedownload door Mariam Hajji Abdulsalam (mariamhajji94@gmail.com)

 lOMoARcPSD|10858968

De loci die in CODIS worden gebruikt, zijn gekozen omdat ze zich in regio's van niet-
coderend DNA bevinden , secties die niet coderen voor eiwitten. Deze secties mogen
de onderzoekers geen aanvullende informatie over de persoon vertellen, zoals hun
haar- of oogkleur of hun ras. [18] Nieuwe vorderingen in het begrip van genetische
merkers en afkomst hebben echter aangetoond dat de CODIS-
loci fenotypische informatie kunnen bevatten

Second Generation Multiplex Plus (SGM Plus) , is een DNA-

profielsysteem ontwikkeld door Applied Biosystems . Het is een bijgewerkte versie
van Second Generation Multiplex . SGM Plus wordt sinds 1998 gebruikt door
de National DNA Database in het VK .
Een SGM Plus-profiel bestaat uit een lijst van 10 nummerparen, één nummerpaar
voor elk van de 10 genetische markers , samen met twee letters (XX of XY) die het
resultaat van de geslachtstest weergeven. Elk nummerpaar geeft de
twee allelwaarden voor de marker aan - één waarde wordt geërfd van elk van de
ouders van de patiënt. Als beide allelen hetzelfde zijn, wordt slechts een enkel
nummer in plaats van een paar geregistreerd.

De genetische markers (of loci ) die door SGM Plus worden gebruikt, zijn
allemaal korte tandemherhalingen (STR's). De gebruikte markeringen zijn: VWA,
D8S1179, D21S11, D18S51, TH01, FGA, D3S1358, D16S539, D2S1338 en
D19S433. Waar de aanduiding van een marker begint met D, geven de cijfers direct
na de D het chromosoom aan dat de marker bevat. D21S11 bevindt zich bijvoorbeeld
op chromosoom 21 . SGM Plus gebruikt ook
de geslachtsindicatietest amelogenine (amelo).
SGM Plus verschilt van SGM doordat SGM de markeringen D3S1358, D16S539,
D2S1338 en D19S433 niet gebruikt.
SGM Plus heeft acht markers gemeen met CODIS FGA, TH01, VWA, D3S1358,
D8S1179, D16S539, D18S51 en D21S11. Het verschilt van CODIS doordat het de
aanvullende markeringen D2S1338 en D19S433 gebruikt en niet de vijf markeringen
CSF1PO, TPOX, D5S818, D7S820, D13S317.

Kenmerken van allelen waargenomen in de SGM Plus-loci [2]

Locus Chromosome Gemeenschappelijk Allel Grootte Kleurstof

aanduidin locatie sequentiemotief bereik bereik label
g (bp)

Gedownload door Mariam Hajji Abdulsalam (mariamhajji94@gmail.com)

 lOMoARcPSD|10858968

(TTTC) 3 TTTT TTCT (CTTT) n CTCC 12.2-

FGA 4q28 215–353 NED
(TTCC) 2 51.2

TH01 11p15.5 (AATG) n 3-14 165–204 NED

VWA 12p12-pter TCTA (TCTG) 3-4 (TCTA) n 10-25 157–209 5-FAM

D2S1338 2q35-37.1 (TGCC) n (TTCC) n 15-28 289–341 5-FAM

D3S1358 3p TCTA (TCTG) 1-3 (TCTA) n 8-21 114–142 5-FAM

D8S1179 8 (TCTR) n 7-20 128–172 JOE

D16S539 16q24-qter (AGAT) n 5-16 234–274 5-FAM

D18S51 18q21.3 (AGAA) n 7-39.2 26–345 JOE

(AAGG) (AAAG) (AAGG) (TAGG)

D19S433 19q12–13.1 9-17.2 106–140 NED
(AAGG) n

(TCTA) n (TCTG) n [(TCTA) 3 TA

12-
D21S11 21q11.2 – q21 (TCTA) 3 TCA (TCTA) 2 TCCA TA] 187–243 JOE
41.2
(TCTA) n

X: p22.1–22.3
Amelogenin - - 107113 JOE
Y: p11.2

Gedownload door Mariam Hajji Abdulsalam (mariamhajji94@gmail.com)