Les 4

Het menselijke genoom en onze genen

Prof dr ir Kathleen Claes

 Emmanuelle Charpentier en Jennifer Doudna:
Nobelprijs Chemie 2020 voor ‘genetische schaar’

De Nobelprijs Chemie 2020 gaat naar Emmanuelle

Charpentier en Jennifer Doudna, voor de ontwikkeling
van de CRISPR-Cas9-techniek: een ‘genetische schaar’
die precieze wijzigingen in het DNA toelaat.

CRISPR-Cas9 heeft voor een ‘revolutie in de

levenswetenschappen’ gezorgd, aldus het
Nobelprijscomité. De techniek laat toe om met
ongekende precisie wijzigingen aan te brengen in DNA.
Genbewerking met CRISPR-Cas is
standaardgereedschap geworden in het lab, en wordt
onder meer gebruikt om planten te veredelen en
nieuwe behandelingen voor ziektes zoals kanker te
ontwikkelen.

https://www.eoswetenschap.eu/gezondheid/nobelprijs-chemie-voor-g
enetische-schaar
https://www.eoswetenschap.eu/technologie/hoe-werkt-crispr-cas
‘Genetica is niet zwart of wit. Er zal altijd een grijze zone blijven. We
kunnen nooit alles te weten komen over onze genen. Er zullen ook nog
altijd ziektes zijn die we nooit kunnen doorgronden. Genetica helpt wel,
maar we moeten nog steeds leven met wat onzekerheid.’

Pascal Borry, Interfacultair Centrum voor Biomedische Ethiek en Recht, KU Leuven

 DNA, de molecule van het leven

Nucleus = celkern
100 biljoen cellen in een Chromosoom
menselijk lichaam
 Het menselijke genoom leest als een boek

Menselijke Handleiding van de cel

genoom

23 paar 23 hoofdstukken
chromosomen

~20.000
gen gen verhalen/recepten

Paragrafen advertenties

Woorden

codon = 3 nucleotiden (letters)

De genen liggen op de chromosomen
 Het menselijke genoom

■ DNA in de mitochondriën (prokaryotisch?):

mtDNA: gelokaliseerd in mitochondriën
(= structuren/organellen in eukaryotische cellen die energie uit voedsel
omzetten in een vorm die door cellen kan gebruikt worden).

■ DNA in de celkern (nucleair genoom):

 23 paar chromosomen:
• 22 paar autosomen
• 2 geslachtschromosomen
 ~ 20.000 genen
 3 miljard bp of 6 miljard nucleotiden
 DNA, drager van erfelijke informatie
■ DNA = deoxyribonucleïnezuur
■ DNA = polymeer van nucleotiden
■ nucleotide = nucleoside + fosfaatgroep
 Pentose suiker (5C) (deoxyribose)

nucleoside
 N-bevattende basen:
• Cytosine (C) en thymine (T) (pyrimidines)
• Adenine (A) en guanine (G) (purines)
• fosfaatgroep
 DNA-nucleotiden zijn opgebouwd uit 3 onderdelen

desoxyribose

5’
cc
4’
3 fosfaatgroepen, waarvan er 2 c O
verwijderd worden tijdens de
opbouw van het DNA
c c
3’
1’
c
2’ organische base:
- Adenine
- Guanine
- Thymine
- Cytosine
http://www.allesoverdna.nl/woordenboek/dna-replicatie.html
De organische basen waaruit de nucleotiden zijn opgebouwd
De nucleotiden waaruit het DNA is opgebouwd
Nucleotiden kunnen paren vormen via hun basen

pyrimidine + purine

purine + pyrimidine
 nucleotiden polymeriseren via 3’-5’
fosfodiësterbindingen in polynucleotideketens

5’

5’ 3’

3’
DNA is opgebouwd uit 2 ketens van nucleotiden
2 polynucleotideketens in
tegenovergestelde richting
vormen een dubbele helix
(J Watson and F Crick - 1953)
 Francis Harry Compton Crick, James Dewey Watson
and Maurice Hugh Frederick Wilkins
Nobel Pijs voor Fysiologie of Geneeskunde 1962
"for their discoveries concerning the molecular structure of
nucleic acids and its significance for information transfer in
living material".

Rosalind Franklin
1920 – 1958
X-ray diffraction images of DNA which led to the discovery of
the DNA double helix
Watson suggested that Franklin would have ideally been
awarded a Nobel Prize in Chemistry, along with Wilkins, but
the Nobel Committee does not make posthumous
nominations
 DNA = deoxyribonucleïnezuur

20 Å (= 2 nm)

Major groove: Minor groove:

34 Å (= 3.4 nm)

http://en.wikipedia.org/wiki/File:ADN_animation.gif
 DNA, dubbele helix

■ H-bruggen tussen de basen verbinden de 2 polynucleotidestrengen

Adenine Thymine
(baseparen/bp)
Cytosine Guanine

■ Basecomplementariteit belangrijk bij

- replicatie
- herstel van fouten (pathogene varianten)
 youtube
Amoeba Sisters
https://www.youtube.com/watch?v=_POdWsii7AI
 Chromosoom: bijzonder sterk opgewonden DNA streng
■ DNA streng windt zich rond een eiwittencomplex

= nucleosoom (eenheid van chromatine;  200 bp)

vergelijk met een parelsnoer

Dwarsdoorsnede: de kristal structuur van het

Nucleosoom (DNA in geel en histonen in blauw) nucleosoom core partikel bestaande uit histonen
(= eiwitten: H2A , H2B , H3 en H4) en DNA.

Fig.: Wikipedia
 Chromosoom: bijzonder sterk opgewonden DNA streng

■ chromosomen: gecondenseerd chromatine

■ eiwitten (histonen en niet-histonen) spelen een cruciale rol in het

samenpakken van DNA

vb. lengte chromosoom 1 (~250 miljoen bp)

zonder eiwitten : 15 cm
met eiwitten : 1,5 cm (1/10)
 Chromosoom: bijzonder sterk opgewonden DNA streng

■ nucleosoomvezel windt zich op in een helixvormige structuur:

chromatinevezel
■ elke winding van de chromatinevezel telt ongeveer 6
nucleosomen. Opnieuw 1/5 reductie van de lengte
■ chromatinevezel vormt lussen door te binden op een centrale
stellage (“scaffold”)
■ microband op chromosoom
 Chromatine structuur

nucleosoom nucleosoom- chromatine- chromatinevezel vormt lussen door te binden op een centrale as (“scaffold”)
vezel vezel

Fig.: Wikipedia
Chromatine structuur

nucleosoom-
vezel

chromatine-
vezel
 Chromatine structuur
30 nm
30 nm

Chromatin Metaphase
scaffold
loops chromosome

Chromatin Bij maximale condensatie (vb. metafase) is de DNA streng gereduceerd

fiber naar ongeveer 1/50.000 van zijn oorspronkelijke lengte
Het centrale dogma/hypothese van de moleculaire biologie

Transcriptie Translatie
DNA mRNA Eiwit

Replicatie
 DNA replicatie: tijdens de S-fase van cel cyclus
Voorafgaand aan de celdeling dient het DNA in de kern gekopieerd te worden.

Stap 1: de ketens worden gesplitst door het enzym helicase

• Helicase breekt de waterstofbruggen tussen de twee strengen van de dubbele helix, zodat de strengen elkaar
loslaten door hydrofobe interacties
• Elke enkele streng vormt nu een sjabloon/template voor een nieuw te maken streng, doordat elke base alleen met
de complementaire base kan paren.

“stemvork”

http://www.allesoverdna.nl/woordenboek/dna-replicatie.html
 DNA replicatie

Stap 2: met de hulp van DNA polymerase worden nieuwe ketens gemaakt

• Op de plek waar de replicatie moet beginnen (“origin of replication”-ORI), hecht zich een klein stukje
RNA-primer

• DNA-polymerase beweegt vanaf de RNA primer langs de sjabloonstreng, en leest de streng af van de 3’-
kant naar de 5’-kant van die streng, en koppelt nucleotiden aan elkaar tot een nieuwe streng

• DNA-polymerase brengt de 3’-5’ fosfodiësterverbinding tot stand en voegt dus telkens nieuwe
nucleotiden toe aan de 3’-kant van de nieuwe streng

• De DNA replicatie verloopt op beide strengen op verschillende wijze

 DNA replicatie: leading strand ↔ lagging strand

Leading strand
5’ Leidende streng 3’

Okazaki
fragment
3’ Okazaki fragment: 100-200 nt 5’
Lagging strand
Volgende streng
 DNA replicatie: lagging strand

De stukjes worden aan elkaar gekoppeld door het enzym DNA-ligase

Lagging strand
Volgende streng
 DNA replicatie

origin of replication

template 3’-5’

leading strand 5’-3’ DNA polymerase helicase

Okazaki fragment 3’-5’

lagging strand

template 5’-3’
 DNA replicatie:
Leading vs lagging strand
 DNA replicatie
■ gedurende de S fase van de celcyclus wordt het DNA gekopieerd en als
chromosomen verdeeld over 2 dochtercellen
■ de complementaire DNA strengen gaan op de origins of replication uit elkaar
onder invloed van DNA helicase
■ DNA polymerase zorgt voor aanmaak nieuwe streng
■ DNA polymerase brengt 3’-5’ fosfodiësterbindingen tot stand
■ op één streng: continu proces (leading strand)
■ op andere streng: Okazaki fragmenten (lagging strand)
■ DNA ligase verbindt de Okazaki fragmenten
■ resultaat van DNA-replicatie = twee DNA-moleculen bestaande uit een nieuwe en
een oude keten van nucleotiden  DNA-replicatie is semi-conservatief, de helft
van de keten maakt deel uit van het oorspronkelijke DNA-molecule, de helft is
nieuw
■ Er gebeuren weinig fouten: van elke 109 gekopieerde basen is er gemiddeld
slechts 1 fout
 youtube
Amoeba Sisters
https://www.youtube.com/watch?v=5qSrmeiWsuc
Het centrale dogma/hypothese van de moleculaire biologie

Transcriptie Translatie
DNA mRNA Eiwit

Replicatie
Eukaryoot (mens): DNA in kern ↔ prokaryoot (bacterie)

DNA (gen) kern

EIWITTEN cytoplasma
 Wat
Genen;
is een eiwitten
gen (“verhaal”)?

GEN = afgebakend stuk DNA op een chromosoom dat informatie bevat voor één of meerdere specifieke
eiwitten; m.a.w. een gen codeert voor een eiwit. Elk gen heeft een vaste plaats op een chromosoom (locus).
Op die plaats kunnen van hetzelfde gen verschillende varianten voorkomen (allelen).

EIWIT = genproduct dat een erfelijke eigenschap tot uiting kan brengen; bijv, bloedgroep, kleur ogen

Product:
- structurele eiwit van de extracellulaire matrix
- membraaneiwit
- transportermolecule
- enzym
- transcriptiefactoren

Regulatie van
- embryogenese
- ontwikkeling en groei
- stofwisseling
- reproductie
 RNA
• ribonucleïnezuur
• suiker: ribose
• enkelstrengig
• purines: adenine; guanine
• pyrimidines: uracil; cytosine
DNA
• deoxyribonucleïnezuur
• suiker: deoxyribose
• dubbelstrengig
• purines: adenine; guanine
• pyrimidines: thymine; cytosine
 youtube
Amoeba Sisters
https://www.youtube.com/watch?v=0Elo-zX1k8M
Het centrale dogma/hypothese van de moleculaire biologie

Transcriptie Translatie
DNA mRNA Eiwit

Replicatie
Van DNA naar RNA: transcriptie

http://www.youtube.com/watch?v=WsoH466lqk
Van DNA naar RNA: transcriptie
 Transcriptie

1) binding van transcriptiefactoren in de promoter regio

2) binding van RNA polymerase met initiatie van transcriptie

3) de enkelvoudige DNA streng (“anti-sense streng”) wordt afgelezen

in 3’ 5’ richting. De complementaire, niet-overgeschreven DNA
streng wordt “sense streng” genoemd omdat ze gelijkenissen
vertoont met de mRNA streng

4) de RNA streng wordt in 5’ 3’ richting aangemaakt

 Promoter
= specifieke DNA sequentie aan het begin van een gen. Hieraan kunnen
transcriptiefactoren binden → regulatie transcriptie:
• Activerende transcriptie factoren → RNA polymerase bindt → start transcriptie
• Inhiberende transcriptie factoren → blokkeren binding RNA polymerase → geen transcriptie

De promoter regio bevat volgende sequenties:

- TATA box (TATAAA) op positie -25 à -30

Weefselspecifieke genen
- CCAAT box op positie -80
“housekeeping” genes
- GC box (GGGCGG) -100 à 150

- andere enhancers verder upstream

transcriptiefactoren
cis-acting elementen
trans-acting elementen
 Posttranscriptionele modificaties van mRNA
1) capping en 2) polyadenylatie

RNA polymerase
 Posttranscriptionele modificaties van mRNA
3) RNA splicing
 Splice sites

Splice donor site Branch point Splice acceptor site

5’ 3’
 Posttranscriptionele modificaties van mRNA

1) Capping (5’)
blokkeren van het 5’ uiteinde (kop) van het mRNA transcript door
toevoegen van 7-methylguanosine aan de eerste nucleotide

2) Polyadenylatie (3’)
toevoegen van een polyA staart aan het 3’ uiteinde (staart)
van het mRNA transcript

3) RNA splicing
Het centraal dogma/hypothese van de moleculaire biologie

Transcriptie Translatie
DNA mRNA Eiwit

Replicatie
Van RNA naar eiwit: translatie
Translatie (“vertaling” van mRNA naar eiwit)

De bouwstenen van een eiwit zijn aminozuren. Er

moet dus een lange keten aminozuren worden
gemaakt bij translatie.

Waar?
aan de ribosomen – in het cytoplasma

Wat?
de nucleotidenvolgorde van het mRNA
wordt herkend, en de bijbehorende
aminozuren worden aan elkaar gekoppeld tot
een eiwit.
 Translatie
ribosoom = groot eiwitcomplex (1/3 deel) en essentiële rRNA’s (ribosomaal-RNA, 2/3 deel). Er zijn ongeveer 10
miljoen ribosomen aanwezig in één cel. Er zijn dus super veel ribosomen aanwezig om al die eiwitten te maken. De
ribosomen zijn ongeveer 20 seconden tot een paar minuten bezig om een mRNA te vertalen in aminozuren.

DNA

kern 5’ 3’

cytoplasma

mRNA
Initiatie van translatie

E = exit
P = peptidyl
A = acceptor
 Elongatie van de polypeptideketen

Snelheid: 5-20 AZ/s

http://www.bio.miami.edu/dana/250/250SS13_9print.html
 Terminatie van translatie

http://www.phschool.com/science/biology_place/
biocoach/translation/term.html
 Translatie

■ mRNA wordt in een 5’ naar 3’ richting afgelezen door de ribosomen

■ per codon (3 basen) wordt een aminozuur ingebouwd aan het carboxyterminaal uiteinde
van de groeiende eiwitketen

■ het codon op het mRNA wordt herkend door het anticodon op het tRNA

■ het genetisch alfabet telt vier letters (A;T/U;G;C); en er zijn 20 soorten aminozuren
(AZen).
DUS: 43 mogelijke codons voor 20 AZ: ‘the genetic code is degenerate’

■ 3 stopcodons (UAA, UAG, UGA)

■ 1 startcodon (AUG = methionine)

■ slechts 1 codon voor tryptofaan en methionine

 youtube
Amoeba Sisters
https://www.youtube.com/watch?v=h5mJbP23Buo
De genetische code
 Posttranslationele modificaties van het eiwit

Het eiwit is nog niet helemaal af na translatie:

1) het wordt gemodificeerd, aangepast, gevouwen of opgeslagen in het

endoplasmatisch reticulum
2) daarna kan het eiwit getransporteerd worden naar het Golgi-systeem en wordt daar
verder gemodificeerd, opgeslagen of getransporteerd

Mogelijke modificaties:

■ vorming van een driedimensionele structuur

■ associatie met andere polypeptideketens

■ toevoegen van suikers

■ klieving van het eiwit

 Structuur
Overzicht: structuur vangen
van een een- gen
sequenties belangrijk
voor transcriptie en translatie
human genome project: 2001
 Nature, February 10, 2021

19.757 protein coding genes

 Organisatie van het humane genoom

 totaal: 3 miljard bp, ~19,757 eiwit-coderende genen

 gensequenties: ~5%
exonen: 1.5%
intronen: 3.5%
 chromosoom 1: 250Mb
 chromosoom 22: 50Mb
 gen: gemiddeld 3.000 bp
 functie van ~50% van de genen is onbekend
 ‘junk’ (afval) DNA: ~95%
 ‘repeats’ (herhalingen): >50%
 lage variabiliteit: 99,8% identiek tussen individuen
 variatie: op 10 miljoen plaatsen mogelijk (SNPs)
 gemiddeld: 6 miljoen verschillen tussen 2 individuen
 Variaties in genomen

99,8%: 0,2% = 6 miljoen verschillen

98%

70%

De meerderheid van de variaties leiden niet tot ziekte =

Meerderheid van de varianten inneutrale
polymorfismen/ het genoom leidt niet tot
varianten ziekte
Organisatie
Hetvan genomen:
menselijke aantalevolutionair
genoom: genen/chromosomen
perspectief zegt
weinig over complexiteit van een organisme

organisme genoom aantal genen overeenkomst

bacterie 4,6 miljoen bp ~4.500 -
fruitvlieg 165 miljoen bp ~13.600 50%
mens 3 miljard bp ~19.757 100%
muis 3 miljard bp ~30.000 ~90%
plant 125 miljoen bp ~25.000 -
platworm 97 miljoen bp 19.099 40%
Gist 12 miljoen bp ~6.000 31%

Mens:
- beperkt aantal genen!
- genoom met complexe structuur
Eva Mouton
 Nucleair genoom
25% 75%

genen en genverwante sequenties buiten de genen

sequenties “extragenisch DNA”

10% 90% 60% 40%

coderend niet-coderend uniek of matig tot

DNA DNA laag repetitief sterk repetitief

intronen; UTR;
pseudogenen
Wat kunnen we leren uit ons genoom?
Variaties in het genoom bepalen
normale kenmerken
Variaties in het genoom dragen bij tot normale kenmerken
Variaties in genomen kunnen ziekte veroorzaken
 Variaties in genomen kunnen ziekte veroorzaken

dementie obesitas

mucoviscidose
(taaislijmziekte)

Ziekte van Crohn

Parkinson

albinisme

Gespleten lip/verhemelte ADHD, schizofrenie

 Goede genetische test beschikbaar?
ja neen

dementie obesitas

mucoviscidose
(taaislijmziekte)

Ziekte van Crohn

Parkinson

albinisme

Gespleten lip/verhemelte ADHD, schizofrenie

 IQ =
multifactorieel….
 Les 4: take home messages
1. Wat is een genoom?
• Zegt aantal genen/chromosomen iets over de complexiteit van het organisme?
• Welke informatie zit vervat in ons genoom?

2. Verschil tussen DNA en RNA

3. Hoe verloopt DNA replicatie?

4. Transcriptie – posttranscriptionele modificaties

5. Translatie – posttranslationele modificaties

6. Structuur van een gen: gebieden belangrijk voor regulatie van transcriptie/translatie